The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
125
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structure length |
125
|
Chain Sequence |
GAMGMSVADFYGSNVEVLLNNDSKARGVITNFDSSNSILQLRLANDSTKSIVTKDIKDLRILPKNEIMPKNGTKSPSTNSTKLKSAETYSSKNKWSMDCDEEFDFAANLEKFDKKQVFAEFREKD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structural Basis of Edc3- and Scd6-Mediated Activation of the Dcp1:Dcp2 Mrna Decapping Complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
EDC3
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| molecule tags |
Rna binding protein
|
| source organism |
Schizosaccharomyces pombe
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| total genus |
10
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| structure length |
125
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| sequence length |
125
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GAN f; 4Y91 A; 3BFM A; 1N9S A; 4JUV A; 4EMK C; 2E64 A; 5GMK l; 5GAN j; 5GAO p; 3JCM f; 4M7A C; 3HFO A; 2VXF A; 4NL2 A; 1U1T A; 5GAN 5; 3BDU A; 4XTZ A; 3JCM b; 4XU1 A; 5GAN 4; 2VXE A; 3V7R A; 5GAN 3; 3RKY A; 4EMH A; 1BIB A; 3JCM J; 3FB9 A; 3GIB A; 4M75 D; 3FJP A; 3JCM V; 4PJO D; 4C8Q D; 4NOY A; 3QSU A; 4EMK A; 2DXU A; 4C92 D; 5CAI A; 5GAN 2; 2ZGW A; 4HA8 A; 4RCB A; 4F7U G; 1HK9 A; 3EFR A; 3PGG A; 4M75 E; 4PJO E; 4J6W A; 2DKG A; 1LJO A; 4C8Q E; 3JB9 I; 5GAO l; 2VC8 A; 2YLB A; 4DQ2 A; 4C92 E; 2DXT A; 4M75 A; 4PJO A; 3RIR A; 4C8Q A; 5GAO m; 3QHS A; 4M75 F; 5GAM h; 4PJO F; 2DTI A; 4C92 A; 4C8Q F; 3VU3 C; 4F7U E; 5GAM e; 4M75 B; 4PJO B; 4C8Q B; 4C92 F; 4QVD A; 2RM4 A; 2E10 A; 2DVE A; 2FB7 A; 2YHT A; 4C92 B; 4F7U A; 5LJ3 d; 2EJ9 A; 3FIF A; 4J6X A; 4XTY A; 4M75 C; 4PJO C; 5LJ3 h; 3RER A; 4F7U F; 4C8Q C; 3JCM P; 4HT9 A; 5GAM j; 2JN0 A; 4OP0 A; 3RKX A; 4A53 A; 3L1A A; 5LJ3 e; 2RB6 A; 4C92 C; 4F7U B; 3JCM Q; 3M4G A; 4N0A A; 5LJ5 h; 3INZ A; 3L2Z A; 3V8L A; 1M8V A; 4V2S A; 3EFS A; 5LJ5 e; 4M78 D; 1I4K 1; 4J5Y A; 5GAN d; 5GAN 6; 4M7D D; 5GAN h; 4M75 G; 5LJ3 j; 4PJO G; 5GAN e; 4C8Q G; 3HFN A; 5I21 A; 3SB2 A; 3JCM d; 4RCC A; 5GMK i; 3JCM h; 5LJ3 g; 4C92 G; 4M78 E; 5LJ5 j; 2RD1 A; 3QUI A; 4N0A C; 4MML A; 3JCM e; 2I2L A; 5GAM d; 3V8K A; 5GAO q; 4EMG A; 1I5L A; 1Y96 B; 3JB9 D; 4M7D E; 1I81 A; 2DEQ A; 1HXD A; 2EJG A; 1YCY A; 1B34 B; 3QO3 A; 4J6Y A; 1LOJ A; 3BY7 A; 4M78 A; 2DZ9 A; 4XTX A; 2EWN A; 4XTW A; 2EJF A; 4M77 D; 4JRI A; 2E1H A; 4XTU A; 4M78 F; 4WF2 A; 5GAN g; 3V7C A; 3RKW A; 3JCM c; 1X01 A; 4M78 B; 1BIA A; 4NL3 A; 1WQ7 A; 4XU0 A; 1JBM A; 4XU3 A; 3JCM g; 3SWN A; 5GAN 8; 5GAO r; 4M7D B; 3HSB A; 2QTX A; 3JB9 J; 5GAO n; 2K57 A; 1D3B B; 4M77 E; 5LJ5 d; 4PNO A; 4M78 C; 5GAM g; 3SWN B; 1JRI A; 3JB9 F; 2CGH A; 3BW1 A; 5DY9 A; 4M7D C; 4XU2 A; 4M77 A; 4QVC A; 2FYK A; 1M5Q 1; 4M77 F; 3AHU A; 2HNI A; 1TH7 A; 2E65 A; 3SWN C; 1Y96 A; 4A54 A; 3JB9 H; 4M77 B; 3V8J A; 4XTV A; 3JCM X; 1B34 A; 3RUX A; 1KQ2 A; 5GMK m; 4M7A D; 1KQ1 A; 1U1S A; 1WPY A; 1LNX A; 4M78 G; 3V7S A; 1N9R A; 4X9D A; 5GAM f; 5GMK h; 3JCM W; 2DJZ A; 4M7D G; 5LJ5 g; 1WNL A; 5GMK e; 4M77 C; 4HT8 A; 1H64 1; 4MMK A; 2RA2 A; 5GAN 7; 4M7D A; 4M7A E; 4M7A G; 4X9C A; 2DZC A; 1D3B A; 5LJ3 f; 4M7D F; 3JB9 G; 1WQW A; 5GMK j; 1MGQ A; 4M7A A; 3RES A; 2Y90 A; 5LJ5 f; 4M77 G; 2DTH A; 4M7A F; 2EAY A; 4EMK B; 2DTO A; 2YLC A; 1I8F A; 2E41 A; 4JLI A; 4JRK A; 4M7A B; 4XQ3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GAN f; 3BFM A; 4XK8 E; 3PVL A; 2ZCF B; 1U5S A; 4M7A C; 2A28 A; 2BE9 B; 2LX7 A; 3RDV A; 4RKU E; 3LH5 A; 1VQ7 Q; 2EYX A; 3ZBD A; 2XIC A; 4JJD A; 1YCS B; 2EW3 A; 4DOW A; 1KIK A; 2QI2 A; 5I2S A; 1NPR A; 1QVG S; 1VQ9 T; 1S72 Q; 2EIF A; 2WAC A; 1K8A U; 3G6E A; 5LL6 S; 2DJQ A; 2MAM A; 2GFA A; 2WSC E; 2O9S A; 3QHS A; 3OYF A; 1YJW A; 2GTJ A; 2DX1 A; 2RM4 A; 4F7U A; 4FT4 A; 4J9B A; 4J9C A; 1QCO A; 3CCJ Q; 1M8M A; 4X1V A; 4R56 A; 1AD5 A; 4ZTJ A; 3C95 A; 4O6J A; 2RNA A; 3OS5 A; 2BZ8 A; 1PKS A; 2NUP A; 3MHX A; 2B86 A; 1VQ5 T; 3H8Z A; 2QXF A; 5D6W A; 2XHC A; 1IB8 A; 2YRV A; 2C0T A; 2ZPG B; 4MML A; 5AT1 B; 3CXC S; 1EFN A; 4Q5W A; 1B34 B; 4J9D A; 4C5H A; 5FRM A; 3MET A; 3RNJ A; 3PIP A; 2BUD A; 4L5G A; 2PU9 B; 2E6N A; 4RTT A; 1UJY A; 2DA9 A; 5KE2 A; 1BU1 A; 3SEM A; 5D6Y A; 1JRI A; 1QMC A; 4JDS A; 2AT1 B; 5FRO A; 3FDR A; 2RHU A; 4M77 F; 9ATC B; 1KG1 A; 2K3Y A; 2O2O A; 1U06 A; 3EGD A; 2AZS A; 5EC7 A; 2DAQ A; 5J26 A; 1WZO A; 2H3J A; 4RTY A; 3PNW C; 5IHN A; 4EPC A; 3QG1 A; 2DZC A; 2M16 A; 4FW2 A; 3G71 Q; 4ME7 A; 5KYY A; 5HKC A; 3EFO B; 1OYX A; 2L3S A; 4HCB A; 4DBQ A; 3MCA B; 3OYM A; 3HFO A; 3MKD A; 4DA4 A; 4OB1 B; 1YNZ A; 2DYB A; 3TVT A; 2K6D A; 4EMH A; 1VQ4 A; 3CCR T; 3ZFJ A; 2HQX A; 3FB9 A; 1YI2 Q; 3GIB A; 2YRC A; 2NUT A; 4BI8 B; 3PT9 A; 5L8R E; 2ECZ A; 5FRN A; 2J6F A; 2ZGW A; 2QGG A; 3PVQ A; 3OYL A; 1M2O A; 3WVD B; 1M90 C; 4KBM B; 4RTZ A; 4IUV A; 1YJN A; 5GAM e; 1M2V A; 2DXB A; 2FZC B; 2L3P A; 3QDF A; 4PJO C; 3WXM B; 2KRS A; 1UG1 A; 3A98 A; 5IN1 A; 2EYZ A; 3OMG A; 1F1B B; 3INZ A; 1AZE A; 3UDC A; 4V2S A; 5J39 A; 1WYX A; 1M3C A; 3NMZ C; 1PRM C; 2ESW A; 1VIF A; 1D1A A; 3OYJ A; 3CCL A; 1RLP C; 2KQW A; 1I1J A; 2RHX A; 2EQM A; 1I5O B; 1FMV A; 4M78 E; 3NGP A; 3HHT B; 4ZNX A; 3V8K A; 1N8R C; 3HPW A; 3JB9 D; 1I81 A; 2IPO B; 3QO3 A; 3CCU Q; 5GAN j; 2RQV A; 1K76 A; 2HSP A; 3OB9 A; 4BE0 A; 4M78 B; 1WDX A; 4XU0 A; 2XK0 A; 3TSW A; 2DL8 A; 4LXC A; 1VUB A; 4Z88 A; 4N4H A; 4B6M A; 1BYM A; 3BW1 A; 3LWH A; 1UGP B; 3SWN C; 1KQ1 A; 2FO0 A; 1JXO A; 1QCF A; 3QJ6 A; 1QKX A; 3E9F A; 1VIE A; 5DLO A; 1D3B A; 3E9G A; 4M7D F; 2E6Z A; 1IGQ A; 1W6X A; 2OTJ T; 4FU6 A; 3EAE A; 5LJ5 f; 4M77 G; 4M7A F; 1FYN A; 1MHN A; 2DVJ A; 3GP8 A; 1ZA1 B; 2JNG A; 3VS1 A; 4ORZ A; 2FZG B; 3X24 B; 2VXF A; 2K3B A; 2LJ3 A; 5KYX A; 1PG5 B; 8AT1 B; 2YRD A; 4KGV B; 5A2Q E; 1JJ2 P; 1NZ9 A; 4C8Q D; 3H0F A; 4PJJ A; 1HK9 A; 3CME A; 3G6E T; 2LX9 A; 1OOT A; 2CP5 A; 2OI3 A; 3E1S A; 3GNG A; 2YLB A; 1WHH A; 5CO7 A; 3CBM A; 4C8Q A; 1YJW T; 1GBQ A; 2DTI A; 4KGZ B; 1OQK A; 2KXD A; 4FYY B; 4F7U E; 1KD1 U; 4BI3 A; 1AOJ A; 1R8O B; 5LJ3 d; 2L0A A; 5LJ3 e; 4F7U B; 4PK4 A; 1ZA2 B; 1OX8 A; 3TEE A; 2OAU A; 5GAN h; 2BIV A; 2AIR B; 1TXQ A; 4NS5 A; 4WCI A; 2P4T A; 2IG0 A; 2LRQ A; 1VQ5 Q; 1E6H A; 2DEQ A; 2EJG A; 1C6V X; 1G3S A; 2K4Y A; 1MV3 A; 2EJF A; 4FSS A; 2Z0W A; 4NL3 A; 4DOV A; 5IXF A; 4PL6 A; 5GAN 8; 4Y28 E; 5LJ5 d; 2QQ9 A; 1PKT A; 1ABQ A; 3M0S A; 4OMF B; 1M5Q 1; 2FPD A; 1WI7 A; 2PUO B; 1XTD A; 3QPH A; 1Y96 A; 2CUB A; 2NLU A; 1KSW A; 2QQB A; 2VB6 A; 3EGD B; 4PLL A; 1QVF P; 4KUL A; 2FG0 A; 3H0H A; 4IIO A; 2YUN A; 1K73 U; 2W10 A; 1RAG B; 4ESR A; 4OMQ A; 4J83 A; 4FIB A; 4QKU A; 2E5K A; 1SRL A; 4B9W A; 2M51 A; 2FVU A; 3OYN A; 2GQI A; 2GNC A; 3HRU A; 5GAN 5; 3LH0 A; 1VQ4 T; 2VXE A; 3V7R A; 2DPP B; 1BIB A; 3QWY A; 2AHJ B; 5HY6 A; 2DL5 A; 3CCR Q; 2KNB B; 2JMA A; 2ED1 A; 2D0N A; 3UAT A; 1ZUY A; 1HYO A; 1OPK A; 2ROT A; 2SEM A; 4E7L A; 1KC8 R; 4A4K A; 2VGN A; 3M55 A; 2O31 A; 1YJN T; 1Y7X A; 4B9X A; 2ED0 A; 4PJO F; 4QQG A; 3ER0 A; 2CDT A; 5FWC A; 4F14 A; 3OYK A; 3M56 A; 2X3X D; 4J9E A; 3JCM P; 1R0C B; 4II1 A; 4OP0 A; 2O01 E; 3J80 E; 4J5Y A; 3CCL T; 2RI5 A; 4K11 A; 1VQP A; 3MEV A; 5LJ5 j; 2KSS A; 4N0A C; 3WVE B; 2CZ1 B; 1WJS A; 3DLM A; 1LOJ A; 1QKW A; 2E1H A; 3MP8 A; 4JJN K; 2ZPI B; 5GAO n; 3EH2 A; 3DB4 A; 3HTR A; 2E3H A; 2XKO C; 1N5Z A; 4M78 C; 1GL5 A; 1SRM A; 5J3B A; 5CR2 A; 4FL6 A; 4HCC A; 4RTV A; 4A54 A; 3OBY A; 3QJY A; 5DM7 R; 4XTV A; 4FCY A; 1B34 A; 2RHZ A; 1LNX A; 3H9N A; 1BCM A; 2F2X A; 2L8D A; 4HT8 A; 1GCP A; 2DRM A; 1PD0 A; 2ENM A; 2DM1 A; 1FMK A; 4WTO B; 2OTL A; 1WHL A; 4A4H A; 1PSE A; 4R55 A; 5GMK j; 1HJD A; 1PC0 A; 1SHG A; 5A0L A; 3G1J A; 2DTO A; 1Q81 R; 2OTJ Q; 2DXC A; 3ZL7 C; 4Y91 A; 1GCQ C; 2C0I A; 1FX7 A; 2CP2 A; 4RTX A; 3OS0 A; 2QGF B; 4KH1 B; 1ZX6 A; 2KMT A; 1WJR A; 1M4Z A; 4LUD A; 5D7U A; 1GFD A; 4Z8A A; 4BE2 A; 5HK3 A; 1JJ2 A; 1ZQ1 A; 2DNU A; 2JTM A; 2KVQ G; 3JCM V; 5CKD A; 3CCV A; 3CME T; 1NJI R; 2LCL A; 2H3E B; 2RJE A; 1RAI B; 4E7S A; 4C8Q E; 1SPK A; 2MPX C; 4F04 B; 3EG9 A; 4YTL A; 2JOY A; 3G6E Q; 4HCK A; 1MUZ A; 4C8Q B; 1R77 A; 4IIM A; 1YJW Q; 3DKM A; 3HKS A; 2MWP A; 3FIF A; 2AKL A; 3PIO A; 5CVI A; 2YT6 A; 1WLP B; 3DB3 A; 1W2B S; 5LJ5 h; 3M0R A; 1TWB A; 5GAN 6; 1HSQ A; 2R58 A; 4IUQ A; 4PJO G; 1SKU B; 3GF5 A; 4HVW A; 4N4I A; 1VQN A; 2DLP A; 3VS0 A; 1H92 A; 2YWW A; 1HXD A; 1M3A A; 4M4Z A; 1P92 A; 2CP3 A; 1T3L A; 2A36 A; 5GAN g; 3JRZ A; 3VUB A; 3CC4 A; 1TTH B; 2AK5 A; 3VS2 A; 3CCS A; 3S6W A; 4BDZ A; 1YBY A; 4XU2 A; 3LYI A; 1EIF A; 2EKO A; 3BDL A; 1QLY A; 2EQU A; 3OYE A; 1UJ0 A; 2LC4 A; 3CMA A; 5CQY A; 2QQR A; 5GMK h; 1H3Z A; 2M02 A; 3OW2 P; 1QVF A; 2NUZ A; 1K73 C; 1X6B A; 4E47 A; 3PE0 A; 1X6G A; 5CIU A; 3I55 A; 1JXM A; 4EMK B; 2QAS A; 2RPN A; 2YLC A; 2QQS A; 4JLI A; 1D0Y A; 1YN8 A; 2G3R A; 1WX6 A; 4P5N A; 5KE3 A; 1N9S A; 2KEA A; 1Q86 R; 4MDX A; 2D1X A; 1EX4 A; 1OI1 A; 3VS6 A; 5GAN 3; 1TOV A; 4LNP A; 1IO6 A; 2L3Q A; 4J9I A; 1VQ4 Q; 2MWO A; 2CH4 W; 5ECA A; 4C92 D; 2XID A; 4RCB A; 1WHJ A; 3LW5 E; 3L2W A; 4OMM A; 3CPW P; 1IHV A; 1G5V A; 2QG9 B; 2RI3 A; 2PZ1 A; 2CP6 A; 4C92 A; 2J6O A; 4RMO A; 1IRE B; 2RN8 A; 3VKI A; 2KYM A; 1YJN Q; 1AWW A; 2E10 A; 3QZ9 B; 4RTU A; 4PJM A; 3T9N A; 1VOM A; 1T0J A; 1VQP T; 3R6O A; 1YIJ A; 1Q82 R; 1M27 C; 1CSK A; 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5KCO A; 4Z02 A; 5GAM d; 2EGE A; 4DEY A; 4XTW A; 1IZ6 A; 4XTU A; 2X3W D; 5KCH A; 2HMA A; 1UFF A; 3I56 A; 3CC4 T; 1VYU A; 4JJC A; 3CCS T; 2GGR A; 1KC8 C; 2QK0 A; 1B3Q A; 4OGE A; 3N5B B; 1N27 A; 2CGH A; 2RHI A; 4TVR A; 3OY9 A; 5AYF A; 2EQJ A; 2LTO A; 3CMA T; 3LGF A; 3JCM X; 3EHQ A; 4M78 G; 1PHT A; 1XNI A; 2CYZ B; 2JM9 A; 2H8H A; 3O5Z A; 3M4Y A; 3OW2 A; 1DJ7 B; 2DIG A; 5LJ3 f; 2LJ1 A; 3I55 T; 2ZPB B; 1HD3 A; 3A8M B; 1Q82 U; 1IXD A; 1RI9 A; 2O4X A; 2LMJ A; 2PVO B; 1YWP A; 4XQ3 A; 4DBF A; 2X9H A; 1R0B G; 4EMK C; 4AFQ C; 4BUG A; 2QEX A; 4ZN3 A; 1U1T A; 2D9T A; 3FRN A; 2A0F B; 4UC4 A; 2JW4 A; 4HXJ A; 4BY6 B; 3ULR B; 3CBO A; 3NHN A; 2COZ A; 4A4F A; 3RR6 A; 4C5G A; 5IXB A; 1GBR A; 3PGG A; 5CQX A; 2VC8 A; 3CPW A; 4C92 E; 1VQ8 A; 3RIR A; 1UEC A; 3M0P A; 2XDP A; 4OVA A; 3P8D A; 2DVE A; 4C92 B; 2DYI A; 2CT3 A; 3OYC A; 5I11 A; 3RER A; 5GAM j; 1JU5 C; 1YIJ T; 4KT0 E; 4OMO A; 3I5S A; 2EFI A; 3FLG A; 4BB7 A; 2CSQ A; 1RLQ C; 1VQP Q; 3HFN A; 4LN2 A; 5GMK i; 1H8K A; 4MZM A; 5A0D A; 5CCA A; 2ROL A; 4F7U G; 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