The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
96
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structure length |
96
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Chain Sequence |
MGMSVADFYGSNVEVLLNNDSKARGVITNFDSSNSILQLRLANDSTKSIVTKDIKDLRILPKNEIMPKNGTKSPSTNSTKLKSAETYSSKNKWSMD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structural Basis of Edc3- and Scd6-Mediated Activation of the Dcp1:Dcp2 Mrna Decapping Complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
EDC3
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| molecule tags |
Rna binding protein/hydrolase
|
| source organism |
Schizosaccharomyces pombe
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| total genus |
11
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| structure length |
96
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| sequence length |
96
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4C8Q F; 2QTX A; 3JCM g; 3M4G A; 3RER A; 5GMK i; 4M7A D; 1MGQ A; 2RA2 A; 3QSU A; 4XTY A; 5DY9 A; 3V7R A; 1WPY A; 4X9C A; 4F7U G; 5GAM j; 3FJP A; 4C92 E; 4M78 G; 4XTV A; 3BDU A; 4F7U B; 1BIA A; 3QUI A; 4XTW A; 5GAN d; 4M78 B; 3QHS A; 3RKX A; 4M75 E; 2YLC A; 3JCM e; 3JB9 J; 1KQ1 A; 1LJO A; 1LOJ A; 4EMK B; 1HXD A; 4JRK A; 4C8Q B; 4EMG A; 2VXF A; 5LJ5 f; 2FB7 A; 2Y90 A; 3AHU A; 3JCM b; 2YHT A; 4A54 A; 3BFM A; 4XTU A; 1H64 1; 4J6W A; 1M8V A; 2EJ9 A; 2ZGW A; 4M78 A; 5GAO q; 4EMK A; 3RUX A; 2DKG A; 3FIF A; 3JCM d; 4JUV A; 4C8Q A; 5LJ5 g; 2DJZ A; 4XTZ A; 4F7U E; 3L2Z A; 4PJO A; 1HK9 A; 5GAN 4; 1U1S A; 5LJ3 f; 4N0A A; 4PJO F; 3JCM J; 4RCC A; 1X01 A; 2FYK A; 4M77 D; 1I81 A; 4NL2 A; 5GAN 3; 4HT9 A; 4M7D D; 3JCM c; 5GAM f; 3V7S A; 4XU2 A; 5LJ5 e; 4M7A A; 3EFS A; 4M7A F; 5LJ3 g; 4M78 C; 4C8Q G; 3JB9 D; 5CAI A; 4EMK C; 5GAN h; 5GMK h; 4PJO G; 1M5Q 1; 4C92 D; 2DEQ A; 4C8Q C; 4NL3 A; 5GAM g; 2RD1 A; 3SWN B; 2DTO A; 4Y91 A; 4PJO B; 4PJO C; 1U1T A; 5I21 A; 1BIB A; 4N0A C; 4M75 D; 5GAN 6; 1WQW A; 5LJ3 e; 4M7A G; 4PNO A; 4OP0 A; 2JN0 A; 3BY7 A; 4HA8 A; 4NOY A; 5GMK j; 5GAN j; 1B34 B; 1JBM A; 4M7A B; 2I2L A; 3RES A; 3SWN A; 3JCM h; 5GAM e; 4XU3 A; 2E64 A; 2EJF A; 4M78 E; 4M77 B; 3V7C A; 3V8L A; 4HT8 A; 4M7D B; 2RB6 A; 4C8Q E; 1KQ2 A; 5GAN 5; 3FB9 A; 5GAN 2; 4PJO E; 5GAO n; 1B34 A; 3PGG A; 4M78 D; 5GAO r; 4M77 A; 3HFO A; 2E65 A; 4M7D A; 2K57 A; 4JRI A; 3V8K A; 4C92 B; 1WQ7 A; 4M77 F; 5GMK m; 4M7D F; 1N9S A; 2DVE A; 2DXT A; 3L1A A; 4XQ3 A; 1I5L A; 2DXU A; 4V2S A; 2DTH A; 2CGH A; 2DZC A; 4EMH A; 4M75 B; 1JRI A; 3SWN C; 5GAO p; 2RM4 A; 1N9R A; 4QVC A; 5GAO l; 1YCY A; 3RKW A; 3JB9 F; 5LJ5 d; 3HFN A; 4XU0 A; 2E41 A; 4C92 A; 3JCM X; 4JLI A; 2E1H A; 4A53 A; 4C92 F; 5LJ5 h; 4M77 G; 5GAO m; 4M7D G; 3V8J A; 4M7A C; 4J6Y A; 1I8F A; 4J6X A; 4M75 A; 5GAN f; 3JCM W; 2EWN A; 4M77 C; 2EJG A; 4M7D C; 4M75 F; 1LNX A; 3JB9 H; 2HNI A; 1I4K 1; 4WF2 A; 3JCM V; 4DQ2 A; 3JB9 G; 4XTX A; 4XU1 A; 1WNL A; 2DZ9 A; 4MMK A; 4X9D A; 3RIR A; 2E10 A; 5LJ3 d; 5GMK l; 4RCB A; 1D3B B; 4C92 G; 4J5Y A; 5LJ5 j; 5GAN 8; 5GAN g; 4QVD A; 1Y96 B; 5LJ3 h; 3SB2 A; 3INZ A; 3VU3 C; 4MML A; 4C92 C; 5GAM d; 1TH7 A; 4M75 G; 4C8Q D; 3JCM f; 2VC8 A; 3QO3 A; 4F7U A; 5LJ3 j; 2DTI A; 3JCM Q; 5GAM h; 4F7U F; 4M7A E; 4PJO D; 2EAY A; 2YLB A; 3RKY A; 4M75 C; 4M78 F; 4M77 E; 1D3B A; 2VXE A; 3GIB A; 3EFR A; 3JB9 I; 3JCM P; 3HSB A; 1Y96 A; 4M7D E; 5GAN e; 5GMK e; 5GAN 7; 3BW1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GMK i; 2ZPF B; 1M90 R; 2KEA A; 4F7U B; 5HKC A; 2JMA A; 1UJ0 A; 2VVK A; 5IAY A; 1K9M R; 3N5B B; 5DM7 R; 2FB7 A; 4BI8 B; 1Q7Y R; 2Y90 A; 1QVG A; 1WDX A; 3MP6 A; 4XTU A; 3G1J A; 1N6A A; 5GAO q; 2MCN A; 2LCC A; 3CPW S; 1TUG B; 1ZHI A; 3L2Z A; 4PJO A; 1NYG A; 1U1S A; 3MHX A; 4PFP A; 4KGZ B; 5GAN 3; 2DL4 A; 4E7I A; 2OTL T; 1OX9 A; 1GL5 A; 2JUF A; 3HRT A; 2DRK A; 4PJO G; 2L3R A; 2O4X A; 1FXX A; 2GF7 A; 4PJO C; 1UG1 A; 1U1T A; 3CCV Q; 5GAN 6; 4F16 A; 1BKB A; 4HA8 A; 2WAC A; 4BY6 B; 3SWN A; 4XU3 A; 4M77 B; 3I56 A; 1JQQ A; 1B7T A; 1NZ9 A; 1V1C A; 1X69 A; 3PMT A; 1VQO A; 4KUI A; 1UFF A; 2EKH A; 4M7D A; 2YUQ A; 3G4S T; 3EGD A; 4HVV A; 3CCR A; 2VKN A; 2DZC A; 3SWN C; 4OMN A; 3C12 A; 1BI0 A; 4M7D G; 3V8J A; 2DM1 A; 5GAN f; 1PRM C; 4M7D C; 1B3Q A; 5KYW A; 1XTD A; 4PJM A; 1Y96 B; 5GJW B; 3SB2 A; 1VA7 A; 3BDL A; 1K8A U; 4M7A E; 1MMD A; 4DBQ A; 4MZP A; 3THK A; 3RER A; 1Q86 C; 1M1K R; 2CP0 A; 4C92 E; 2HDA A; 1Y07 A; 4XTV A; 1YHQ Q; 3JRZ A; 1FWZ A; 3LWH A; 2F69 A; 4M78 B; 2MF2 A; 3JCM e; 1EX4 A; 1KQ1 A; 4OMQ A; 4XK8 E; 2QEX T; 1O9S A; 2L3P A; 4C0D C; 3MCA B; 4FT2 A; 3BFM A; 2FZG B; 2YWW A; 4J6W A; 3REB B; 2ED1 A; 4ME7 A; 2CS7 A; 1LCK A; 1RLQ C; 2KDS A; 2KXD A; 2K5I A; 1JU5 C; 1QCF A; 4KUL A; 3M56 A; 2V8K A; 4N0A A; 1X01 A; 2QTV A; 1G3S A; 3G71 T; 4HVW A; 3JSC A; 5LJ5 e; 3OS2 A; 1G8X A; 1BU1 A; 3OMC A; 5GMK h; 1RAD B; 4Y91 A; 3URG A; 3G7Z A; 1VQM T; 2CSQ A; 4N0A C; 2K3X A; 4IUV A; 2IIM A; 4OP0 A; 2QQS A; 4IIO A; 4FL6 A; 3QDR B; 4AFZ C; 1JB0 E; 3O5Z A; 4HT8 A; 2KYM A; 1M27 C; 3I55 T; 2H3E B; 4FIB A; 3FB9 A; 3CCJ A; 1PC0 A; 3DB4 A; 1S72 A; 3FDR A; 1SKU B; 3TEE A; 2K2V A; 2ZPB B; 3UAT A; 3A8H B; 5FU7 B; 3P8H A; 1FMV A; 2ENM A; 2RK1 A; 1K4U S; 5LJ5 d; 1VQ9 Q; 4XU0 A; 3OYA A; 2E41 A; 4KH1 B; 2M1H A; 2LX7 A; 1QWE A; 2L89 A; 4OMP A; 2EFI A; 3OW2 A; 1D1C A; 3E1S A; 1VQ5 Q; 2A36 A; 4D8K A; 5LJ3 h; 1GXI E; 3CCU A; 1TH7 A; 2VC8 A; 2W10 A; 5GAM h; 4MDX A; 3VS5 A; 4M77 E; 1TWB A; 2O88 A; 2DIQ A; 4ELY C; 2DVJ A; 5GAN 7; 2K5L A; 4LD9 K; 2DL3 A; 4EDU A; 3PIO A; 1PHT A; 1RAB B; 2DFU A; 1UHF A; 2X51 A; 2JVV A; 1BIA A; 2DL8 A; 4KUD K; 1AWJ A; 3OW2 S; 4BI3 A; 2GCX A; 4EMG A; 2HBW A; 2OTJ T; 1PRL C; 3EH1 A; 1BI1 A; 1M8V A; 1MV3 A; 2O9S A; 4IUQ A; 1X6G A; 2ZZD A; 4EMK A; 2ECZ A; 2KNB B; 5A0L A; 1X75 C; 3ZEH A; 1YBY A; 2PQW A; 5AT1 B; 4ZGD B; 2PUK B; 2ABL A; 2KVQ G; 2O4X B; 4XU2 A; 1S1N A; 1X6O A; 3SEM A; 2KI7 A; 2MWP A; 2R5A A; 1KD1 C; 4CC4 B; 5CAI A; 3M0S A; 4EMK C; 1NEB A; 2LVM A; 1M5Q 1; 3QDF A; 1QVF A; 3SWN B; 3SFM A; 2DRM A; 4BDZ A; 2L3S A; 4J9E A; 4HXJ A; 1ZUU A; 3OYE A; 1OPL A; 1JBM A; 3CCM A; 3M0R A; 3MP8 A; 1ZSG A; 4M78 E; 4A63 B; 5C0M A; 2M0O A; 4M7D B; 4RTX A; 1WHL A; 4JRQ A; 3EGD B; 2DBM A; 2KAF A; 1VQN Q; 5CR2 A; 2IVW A; 2MPX C; 2J6O A; 3HFO A; 3CCL Q; 1N9S A; 1RAA B; 2P84 A; 1E6H A; 4FYY B; 2G6F X; 4ZTJ A; 3QXE B; 1QVF S; 3VUZ A; 3HFN A; 2W0Z A; 4DBH A; 1VQ7 A; 2RJC A; 3VS0 A; 5GAO m; 4J6Y A; 1I8F A; 3L2U A; 2CUD A; 2DD5 A; 3RMS A; 1TU0 B; 1ZUY A; 1VQP Q; 5GMK l; 4ZGE B; 5LJ5 j; 5CVI A; 2PNI A; 4C0D B; 4QVD A; 5IH2 A; 3OA6 A; 1OUL A; 4ZN1 A; 1KQS P; 2EW3 A; 1CKA A; 2RN8 A; 2DTI A; 2JT4 A; 4FU6 A; 3GF5 A; 2RHX A; 2EAY A; 4BUG A; 2KE9 A; 2LQK A; 2COY A; 1AZG B; 3I5R A; 2AK5 A; 1PKS A; 1I0C A; 2DXB A; 4CC2 A; 4JS4 A; 3QSU A; 5D7U A; 1YIJ T; 4BB7 A; 3CMA Q; 3HKS A; 4M4Z A; 5GAN d; 4Z02 A; 4C5H A; 3EFO B; 1LOJ A; 4AFQ C; 5KYN A; 3A8L B; 1VQ6 T; 2LMJ A; 3EAE A; 3JCM b; 2YHT A; 7AT1 B; 2RPN A; 2DNU A; 4A4H A; 2LQN A; 1VQL T; 3OYB A; 3WXM B; 2DIG A; 4C8Q A; 2DJZ A; 3M5A A; 5A2Q E; 2B8A A; 3JCM J; 1RUW A; 2RI3 A; 1I81 A; 1QP2 A; 2PUO B; 4C8Q G; 2RHI A; 3EHR A; 1CSK A; 2DL7 A; 1Y7X A; 2XG8 D; 4C92 D; 4C8Q C; 1RAE B; 3A8O B; 1JJ2 A; 2DTO A; 1R77 A; 1WQW A; 2CT3 A; 2RQU A; 2DL5 A; 2LNV A; 4YTL A; 1WJR A; 2EIF A; 2HKN A; 3EGU A; 1BCO A; 4X34 A; 2GFA A; 3D7S B; 3CXC A; 2EQJ A; 4FCY A; 3CC2 Q; 4PJO E; 2LT4 A; 3M0Q A; 1WHJ A; 4JRI A; 3H8Z A; 1Z9Q A; 2FEI A; 1VQO Q; 1OPK A; 2YRD A; 3X24 B; 3RMQ A; 2HL5 C; 2YUN A; 3JB9 F; 3LWI A; 2A3L A; 2MWO A; 3A8M B; 3G6E Q; 4PJL A; 3A1P A; 3CCR Q; 1W1F A; 2MOX A; 2V1Q A; 1YJN A; 1D0X A; 3QYG B; 2DYI A; 4KGX B; 1EIF A; 3SDZ A; 1PCX A; 3QZ5 B; 1RI9 A; 3MPU B; 1JXO A; 1QWF A; 2QDL A; 1VQ8 Q; 2QA4 T; 3INZ A; 2VGM A; 3DLM A; 3GIB A; 2EQI A; 4M7D E; 3J81 E; 2CUB A; 2YRV A; 2COW A; 3CPW P; 1AZE A; 4XTY A; 3LH5 A; 3FJP A; 3BDU A; 4J9F A; 1C6V X; 3UDC A; 2VWF A; 1RAF B; 4EMK B; 3EH2 A; 2CZ6 B; 3LW5 E; 4JZ3 A; 3OYJ A; 1Q82 U; 2A28 A; 1SG5 A; 1PD1 A; 2V26 A; 1TXQ A; 1G5V A; 4RCC A; 2CP2 A; 4M77 D; 1YI2 T; 4DA4 A; 2MIO A; 2YXY A; 2P4T A; 1W2B A; 3EGX A; 3KFV A; 3BE3 A; 1JO8 A; 4JRP A; 1HJD A; 2FVU A; 2AKL A; 2KBT A; 2EPD A; 4LN2 A; 1OZ3 A; 4GLM A; 1NJI C; 1MUZ A; 3DKM A; 2CYZ B; 3MKD A; 2EYY A; 5KH6 A; 1K9A A; 3QPH A; 4R55 A; 4LNP A; 3GLX A; 2LDM A; 3CCJ Q; 1W2B S; 3TVT A; 4EMH A; 4OGC A; 4QVC A; 3ZBD A; 1VQK T; 1IO6 A; 1S72 Q; 2BKD N; 4FSX A; 1YWO A; 3OY9 A; 2BE9 B; 2EQU A; 1YFN A; 1ZBX A; 4IUU A; 2PTK A; 2ESW A; 1MNE A; 2JTE A; 3EG2 A; 4J6X A; 2HSP A; 2LQ8 A; 1I4K 1; 4A4F A; 5CKF A; 3JB9 G; 2RH2 A; 3O8V A; 3QKJ A; 2E10 A; 2WSE E; 4LDY A; 3EG9 A; 3M59 A; 1IZ6 A; 4J8O A; 3L2Q A; 3RBB B; 3NTI A; 3OYD A; 2K79 A; 2VXE A; 3CCU Q; 3M0U A; 4F04 B; 1VQ4 Q; 3M4G A; 2V8I A; 1Q86 R; 1RAH B; 4MDW A; 2E4H A; 2ZPI B; 2ZPG B; 4GY5 A; 1ZBJ A; 5FRN A; 1AOJ A; 4GLK A; 9ATC B; 4C8Q B; 1D0Z A; 3HL8 A; 1OU9 A; 2JNG A; 1IXD A; 1RAG B; 4EPC A; 1NE8 A; 1H64 1; 2ZGW A; 5ECA A; 4J9C A; 3C94 A; 2QGG A; 4J9H A; 1QCN A; 4IUT A; 1UGS B; 3CMA A; 3UT1 A; 5LJ3 f; 2FYK A; 2E70 A; 2DD4 A; 4MZM A; 3OYM A; 4FW2 A; 5GAM f; 2XDB A; 2BZY A; 3SD4 A; 2CH4 A; 2JTF A; 1SRM A; 2HZY A; 4QVZ A; 1XNI A; 4NL3 A; 2CZ0 B; 2QG9 B; 2HQX A; 5I21 A; 1YJW T; 2BE7 D; 2COZ A; 5KYU A; 3GBQ A; 4QQG A; 1VUB A; 4C0F A; 3CME T; 1VOM A; 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1KD1 R; 2AZS A; 4ZNX A; 3HTR A; 5IHK A; 1YWP A; 3CC7 T; 1YJ9 Q; 3RES A; 2QAS A; 1RL2 A; 3JCM h; 3QWX X; 1QVF P; 5I2S A; 3VS6 A; 2QYZ A; 1T0J A; 3I55 A; 4C8Q E; 2PVO B; 3MO8 A; 2CP5 A; 3NTH A; 3UWN A; 4ANJ A; 3X20 B; 2F2W A; 5GMK m; 3PFS A; 4QKU A; 2DXT A; 3L1A A; 4LD6 A; 1TSF A; 1WHH A; 2QDY B; 3H0F A; 5LJ5 h; 2J7I A; 3EG9 B; 4M75 A; 2LJ1 A; 2L5Q A; 2HL3 A; 1LNX A; 1YJN Q; 4DQ2 A; 4II1 A; 4MMK A; 1QMC A; 3EHQ A; 5GAN 8; 1KC8 R; 2K7A A; 4JLG A; 4KGV B; 2GNC A; 4M75 G; 3CC4 Q; 2GGR A; 3QO3 A; 2RJF A; 3TSZ A; 4M75 C; 2MYS A; 2F1L A; 3JB9 I; 3PIP A; 2D9T A; 3VS1 A; 1BK2 A; 2QTX A; 2JW4 A; 4E7L A; 3CCS T; 2RA2 A; 5I2M A; 1NYF A; 4LDX A; 4IUR A; 3GP8 A; 1A0N B; 3NFC A; 3DLL A; 4O6J A; 2EKO A; 4B6M A; 1QKW A; 2X4X A; 1K0S A; 3QJ6 A; 1LJO A; 4J7I A; 4RMO A; 2HQE A; 3CD6 Q; 1R0C B; 2KXC A; 2OTJ A; 3OBY A; 1TUD A; 3M58 A; 1VQ4 A; 3VV0 A; 2V8J A; 2HMA A; 2V1R A; 4TVR A; 3OYN A; 4JUV A; 4JDS A; 1IHW A; 5KYX A; 4RTZ A; 3OS1 A; 1G3Y A; 4BI4 A; 2R57 A; 2LX9 A; 1OZ2 A; 2K6D A; 4M7A F; 3OYI A; 1UGR B; 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