The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
61
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sequence length |
280
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structure length |
280
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Chain Sequence |
VLGTYKEIVSARSTDREIQKLAQDGGIVTGLLAYALDEGIIEGAVVAGPGEEFWKPQPMVAMSSDELKAAAGTKYTFSPNVMMLKKAVRQYGIEKLGTVAIPCQTMGIRKMQTYPFGVRFLADKIKLLVGIYCMENFPYTSLQTFICEKLGVSMELVEKMDIGKGKFWVYTQDDVLTLPLKETHGYEQAGCKICKDYVAELADVSTGSVGSPDGWSTVITRTDAGDSIFKQAVEAGLFETKPIEEVKPGLGLLEKLAAQKKEKAEKNIAARKEMGLPTPF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| publication title |
Atomic Model of the F420-Reducing [Nife] Hydrogenase by Electron Cryo-Electron Microscopy Using a Direct Electron Detector.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
F420-REDUCING HYDROGENASE, SUBUNIT ALPHA
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| total genus |
61
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| structure length |
280
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| sequence length |
280
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| ec nomenclature |
ec
1.12.98.1: Coenzyme F420 hydrogenase. |
| pdb deposition date | 2013-12-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF04422 | FrhB_FdhB_N | Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit N-term |
| C | PF04432 | FrhB_FdhB_C | Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CI0 C; 4OMF B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CH4 A; 4BDY A; 2MAM A; 2M16 A; 1NE8 A; 2K3Y A; 4A4F A; 3NGP A; 4FT2 A; 1Y0M A; 2GNC A; 4RG8 A; 3LGF A; 2L0A A; 1GL5 A; 3CMA A; 1XNI A; 3CC2 T; 2FZC B; 2JXB A; 4J9I A; 1QVG S; 1X6B A; 2A0F B; 1YN8 A; 2HCK A; 1SSH A; 1AEY A; 2O4X B; 3TVT A; 1QP2 A; 3RER A; 1KQ2 A; 1RAB B; 4J9C A; 2X9H A; 3M56 A; 3MET A; 4M75 G; 1Z9Z A; 1S72 T; 1VQ4 Q; 1PSF A; 5LJ3 f; 5KYW A; 3LLR A; 1YJ9 T; 1D0X A; 1VIE A; 2EYY A; 2ZPE B; 5GAN 5; 3QDR B; 2HQX A; 2CP3 A; 1WX6 A; 1YIT Q; 3D7S B; 3RES A; 4BUG A; 3QXE B; 4QW2 A; 3CXC P; 1HJD A; 4PJO D; 2LNH B; 4BI8 B; 1ZSZ A; 5KE3 A; 4LDV A; 5AYF A; 2YLC A; 4PFP A; 1VQL T; 1W2B P; 1YJN T; 1T0H A; 3VS1 A; 2LQK A; 3OYY A; 4CC7 A; 2BZ8 A; 1KQS S; 4FYV B; 2HBP A; 1QCN A; 1QW1 A; 3HTR A; 1X27 A; 4M75 A; 5IXF A; 2HMA A; 2L3R A; 3SEM A; 3S3N A; 2QYZ A; 2RF0 A; 3OYL A; 1IGQ A; 2F5T X; 1YI2 Q; 4ATO A; 2DL7 A; 4EMH A; 4JJN K; 4A54 A; 2X3W D; 2CP6 A; 2LCS A; 3EHQ A; 4RUG A; 3I55 A; 4FIB A; 1ZQ1 A; 2DIG A; 3CCU Q; 2L2P A; 1JO8 A; 4HVU A; 3JCM P; 4RMO A; 1XTD A; 4KGX B; 2DM1 A; 3VU3 C; 4XTX A; 3CBM A; 4JRQ A; 4BDZ A; 2VGN A; 1FYN A; 1ZA1 B; 3G71 Q; 3S3M A; 5J3B A; 1D3B B; 3M55 A; 3M9Q A; 1PM3 A; 4Q5W A; 1IGU A; 3CC4 Q; 1O9S A; 1TWB A; 3PGG A; 1B34 A; 1JQQ A; 2K2M A; 4XTW A; 2QTV A; 4N0A A; 1PD0 A; 2DIL A; 1NZ9 A; 3DLM A; 2B86 A; 3MEV A; 2RJF A; 4JPB W; 1YBY A; 2ESW A; 1GBQ A; 1QWF A; 3UT1 A; 3FLG A; 1VQ9 T; 1ABO A; 2O31 A; 2DX1 A; 2DXU A; 2RI2 A; 4J9E A; 1G2B A; 1LPL A; 2OTJ Q; 3RMQ A; 3CMA T; 4AG1 C; 3OS1 A; 3FRN A; 3CCE Q; 1SKU B; 2R57 A; 4M77 F; 1PG5 B; 2DVE A; 2YDL A; 1YCS B; 2M9U A; 2RI5 A; 1YHQ Q; 2YWW A; 2X4W A; 3OQ5 A; 2JW4 A; 2DKG A; 1PRL C; 5FU7 B; 4N4G A; 4CC3 A; 5A0G A; 4DEY A; 3L2V A; 1UEB A; 2DK3 A; 2ZPH B; 2F2W A; 4M78 D; 2E4H A; 2MOX A; 2LX9 A; 1OUL A; 3M57 A; 5A2Q E; 3OYF A; 5KYX A; 4DBH A; 3FEO A; 1WFW A; 2AKK A; 4XU2 A; 5LJ5 e; 4FYW B; 3CXC A; 3NTK A; 1JXO A; 4M77 B; 1VQN Q; 4XAX B; 3BDL A; 3CME Q; 5I2M A; 4OGE A; 2JTM A; 2RM4 A; 2K5I A; 4M7A B; 1BU1 A; 1ZSG A; 1YIJ Q; 4X9D A; 2ROT A; 1G83 A; 1TG0 A; 4PJJ A; 2EQU A; 3M4Y A; 1ABQ A; 1F1B B; 3MPU B; 2MIO A; 5GMK e; 3CBP A; 3FJ5 A; 3ME9 A; 4WF2 A; 2A7Y A; 2JZ2 A; 4FW1 A; 2DZC A; 4A53 A; 1I1J A; 2NUP A; 1VYV A; 3TQ7 P; 2AZS A; 3CXC S; 2QQS A; 1MMG A; 2CP0 A; 5CQX A; 5GAM f; 2RJC A; 2KNB B; 2JNG A; 2DTO A; 2ZAE A; 5KYN A; 1W2B S; 2YUP A; 3I55 T; 4BAC A; 1YJW A; 1JU5 C; 4M75 E; 3RUX A; 2JS0 A; 2VUB A; 3U23 A; 4EDU A; 2E5K A; 3SD4 A; 2DF6 A; 2DXB A; 2DBM A; 1QKW A; 3C12 A; 2P4R A; 4M7D C; 3VUZ A; 3EFO A; 1TH7 A; 4FYX B; 3J81 E; 2QGG A; 2HBW A; 3G4S Q; 1K9A A; 1IHV A; 2KBT A; 3R6O A; 2QXF A; 1KC8 R; 2R5M A; 3OS0 A; 3H0H A; 1OZ3 A; 4AFS C; 4ELZ C; 2RHZ A; 4DQ2 A; 3MHX A; 1S1N A; 3MJX A; 3JB9 I; 1M1F A; 2CP2 A; 2E6N A; 2QGF B; 3DB3 A; 2KMT A; 1NLP C; 1UGP B; 5L23 A; 4TVR A; 4ZGJ B; 1TOV A; 1MMD A; 2QQ9 A; 2PUK B; 2NLU A; 2EJF A; 5GAN 2; 1KC8 C; 3GNF B; 5CAI A; 4LXC A; 1V29 B; 4QVZ A; 3A98 A; 2YUO A; 2KAF A; 5CKB A; 5D6Y A; 2QA4 A; 3RDV A; 3OYK A; 3MEW A; 4PJO C; 2IPO B; 3UDC A; 5IHN A; 4FSS A; 2NUT B; 1YJ9 Q; 2QQR A; 2VXF A; 1H8K A; 1MV3 A; 2GQI A; 4RG2 A; 1D3B A; 2RQT A; 1NBE B; 2A36 A; 3JCM X; 2GQV A; 4J6W A; 3HRS A; 2EGE A; 5GAN e; 5GMK m; 5DLQ E; 3EG2 A; 4Z89 A; 5DM7 R; 2M02 A; 4BB7 A; 3DB4 A; 4JDS A; 3CBO A; 3JCM e; 1RAD B; 4KBM B; 4PL6 A; 2MCN A; 3GOX A; 1O75 A; 4J6X A; 1YJN Q; 1Q82 R; 3WXM B; 3DLL A; 2VGM A; 2DL4 A; 4C0Z A; 1RAC B; 4QVC A; 4J6Y A; 4M75 F; 1KHC A; 3MP1 A; 1TTH B; 5I2S A; 5CK9 A; 1YP5 A; 1QCO A; 2QEX Q; 1VUB A; 2R5A A; 3HL8 A; 4M77 G; 1K73 R; 4FU6 A; 4F16 A; 2DBK A; 4OB2 B; 4M7A G; 2MYS A; 1BK2 A; 1VQM A; 1NEG A; 4GLK A; 2K5F A; 1ZSZ B; 3VS7 A; 2OTL Q; 1BCM A; 3CCV A; 5LJ5 f; 5CO7 A; 1OQK A; 3HSB A; 1D0Z A; 3UA7 A; 1K8A R; 1I4K 1; 3G7Z A; 4E6R A; 1YJW T; 1OPK A; 3PFS A; 4M75 B; 3LH5 A; 4PLI A; 1VQ8 Q; 4PJM A; 4LUE A; 3PTA A; 2LT1 A; 4Z02 A; 3V8L A; 5ECA A; 1VQO Q; 1MHN A; 5GMK i; 2OAU A; 2D8J A; 4R56 A; 1K73 C; 2ZZD A; 1WXT A; 2ROL A; 2MMP A; 1I8F A; 4M77 A; 1QKX A; 2HKQ B; 4HVW A; 2KY9 A; 2XDD A; 1QP3 A; 1GCQ C; 3FIF A; 4HVV A; 1VQ5 A; 3JB9 G; 3QBY A; 1EIF A; 2E10 A; 1K8A C; 4M7A A; 1NJI R; 1TSF A; 2DA9 A; 3UA6 A; 2RHY A; 1TUG B; 2DTI A; 3RKX A; 4JLI A; 3OA6 A; 3LWH A; 1KC8 U; 4AG2 C; 1PNJ A; 3TCJ A; 3RKY A; 5I11 A; 2JTE A; 1AWW A; 5C6S A; 3H0I A; 5LJ3 h; 1IHW A; 5GAN 8; 2QG9 B; 1NG2 A; 4M78 C; 3JSC A; 3CCJ Q; 1RAF B; 5GAN 4; 3QKJ A; 2VB6 A; 2KXD A; 5LJ3 j; 1WQ7 A; 2CZ6 B; 2EYW A; 3WVD B; 2EQI A; 2XHC A; 2LQN A; 2HL3 A; 2KRS A; 2RPN A; 1X75 C; 4IUU A; 5FU6 C; 2QA4 T; 2V1R A; 2IIM A; 3G6E Q; 1WJQ A; 4AFZ C; 1CSK A; 3M59 A; 4HT9 A; 4EMK C; 4PFZ A; 1UJY A; 4ZTF A; 2H8H A; 5GMK l; 3CCL Q; 2K79 A; 1ZUU A; 3SWN B; 2FO0 A; 2KI7 A; 3C95 A; 4AFU C; 3CD6 A; 3EG0 A; 2KDS A; 4A4K A; 1K0X A; 2YRD A; 4EPC A; 2L3P A; 4MZT A; 2XDP A; 1PSE A; 2KK4 A; 2ED0 A; 2FRW A; 4MZM A; 4BI3 A; 1X2K A; 2DYI A; 1KD1 R; 2D8H A; 2AHJ B; 4DBR A; 1GFC A; 3QWX X; 1NEB A; 1OYX A; 2E41 A; 3JCM J; 3QUI A; 4X34 A; 3QII A; 4JJC A; 1M1K R; 4NL2 A; 2EFI A; 5LJ3 d; 3OS5 A; 5KYX B; 1JBM A; 3REA B; 4QQG A; 5GAN f; 1SEM A; 3QG1 A; 3EFS A; 1X6O A; 2COZ A; 2MWP A; 2X35 A; 1HXD A; 3JCM V; 5DY9 A; 1VQM T; 2QDL A; 3M0S A; 1KD1 C; 3CCV T; 3L2W A; 3M0U A; 3JCM f; 3UPU A; 3EGU A; 3I55 Q; 2IG0 A; 2VVK A; 1K73 U; 2LP5 A; 2NUT A; 2KRO A; 4M77 D; 1IXD A; 1M5Q 1; 3LW5 E; 4EIK A; 3H6Z A; 1M1K C; 4Y28 E; 4D8K A; 3JB9 H; 2J7I A; 1D1B A; 3RR6 A; 1K8A U; 2CS7 A; 2DO3 A; 2RQW A; 4JZ3 A; 1N8R C; 1ZA2 B; 2NUP B; 1TU0 B; 4E7J A; 2FPD A; 2BZY A; 3QZ5 B; 1I07 A; 2J05 A; 1UJ0 A; 2CDT A; 1VQK A; 1Y7X A; 2BIV A; 3HP9 A; 1G3S A; 2FHD A; 5FRN A; 1VQ5 T; 2QAZ A; 3VS4 A; 1W1F A; 3V7C A; 3THK A; 4E7S A; 1NPR A; 2LC4 A; 4ZN1 A; 1U3O A; 2DYB A; 3KFV A; 2NUZ A; 3QZ9 B; 1R0C B; 2KQW A; 4HCB A; 2E6Z A; 4OB0 B; 2DPP B; 3EFO B; 1HK9 A; 4M77 E; 1WPY A; 3TRE A; 3E1S A; 4OB3 B; 2WSC E; 1IRX A; 3E2U A; 1QCF A; 4M7A E; 4J7I A; 2J06 A; 4ZGE B; 4M7D E; 1VQ7 A; 1Y96 B; 4BE1 A; 2F5K A; 1UE9 A; 1B3Q A; 2FB7 A; 2QK0 A; 1VYT A; 3R6N A; 2GFA A; 1PWT A; 3X20 B; 2COW A; 5I21 A; 1SF9 A; 2P0P A; 1EZZ B; 3L2Q A; 2HEQ A; 2CSQ A; 1RUW A; 4XTU A; 1WQW A; 2CRE A; 3H9N A; 5AT1 B; 2DXT A; 2P0K A; 2HL5 C; 1BYM A; 2BE7 D; 4C92 G; 3CC7 A; 1Y07 A; 2KT8 A; 2C0O A; 3CD6 T; 4ME7 A; 4OMN A; 1U1S A; 3CEY A; 2CSI A; 1XOV A; 1RAH B; 4RCB A; 9ATC B; 1N6A A; 1RAA B; 3CCM Q; 3H0F A; 1UG1 A; 5GAM h; 3VYH B; 5KCH A; 4JRI A; 2YRV A; 2PZ1 A; 1WI7 A; 4JJD A; 3GF5 A; 5IXB A; 4DBQ A; 4PFO A; 4CC2 A; 2M0Y A; 1SRL A; 1KD1 U; 2PTK A; 2L3Q A; 2O01 E; 4RTT A; 3L1A A; 5GAM j; 1EFN A; 1WJS A; 3TU4 K; 4IKF A; 2DMO A; 1NPP A; 4KT0 E; 4J9D A; 4C92 A; 4PNO A; 3JCM b; 1WLP B; 1P92 A; 3T9N A; 1M1K U; 2DL3 A; 2ECZ A; 1RI9 A; 3CCQ A; 1K9M R; 2X4X A; 1D0Y A; 3I9Q A; 1N8R U; 1VQ6 A; 3NPF A; 3I56 Q; 1IO6 A; 3JCM Q; 2HD0 A; 1VQ4 A; 2FVU A; 3VKI A; 2JTF A; 3HPW A; 1WYX A; 4LE9 A; 3SWN A; 3TSZ A; 2PU9 B; 1T3S A; 2L89 A; 4RTY A; 2MPX C; 3VS0 A; 2LTO A; 3CCS A; 2YLB A; 4AT1 B; 2VXE A; 1FX7 A; 3QPH A; 1VIF A; 4M7A F; 1PKT A; 1OX8 A; 3M0T A; 4M7D F; 4LD6 A; 4OF1 A; 1VQK T; 1ACM B; 1K9M C; 1B7T A; 2FYK A; 4HA8 A; 1CKA A; 2X51 A; 2X4Y A; 1D1A A; 3EG9 B; 2HKN A; 3OBW A; 1KK7 A; 4XU0 A; 5GAM d; 4FSX A; 1FWZ A; 1M9S A; 2JVV A; 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