The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
|
sequence length |
58
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structure length |
58
|
Chain Sequence |
VTLFVALYDYEARTEDDLSFHKGEKFQILNSSEGDWWEARSLTTGETGYIPSNYVAPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystallization of and selenomethionine phasing strategy for a SETMAR-DNA complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Tyrosine-protein kinase Fyn
|
| molecule tags |
Transferase/protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
13
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2012-04-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2J6K A; 4IIM A; 2KXC A; 1I1J A; 1KIK A; 2CH4 W; 3M0R A; 2X3W D; 2VKN A; 4HCK A; 2J6O A; 4AFU C; 1WLP B; 1U5S A; 3QWY A; 2W0Z A; 2JS2 A; 5L23 A; 1UGV A; 2EPD A; 2M0Y A; 2K6D A; 2CDT A; 4HVW A; 2KRM A; 3M0T A; 2EYY A; 1MUZ A; 2MCN A; 2LQW A; 2H8H A; 1GL5 A; 2LJ1 A; 2KYB A; 2K7A A; 3H0H A; 3RBB B; 2OI3 A; 3UF4 A; 1MV0 B; 2AZV A; 4J9F A; 2JS0 A; 3PE0 A; 4JJB A; 1X2K A; 1YCS B; 4OMM A; 3TSZ A; 2JM9 A; 2KRO A; 2AZS A; 4Y92 A; 1PWT A; 1ZBJ A; 2GNC A; 3I5R A; 4F17 A; 2K3B A; 3A98 A; 2EGC A; 3VS7 A; 2LQN A; 2FPE A; 4Z88 A; 2C0O A; 1Z9Q A; 1KFZ A; 2J06 A; 1NG2 A; 3M0Q A; 3IQL A; 1LCK A; 3VS4 A; 4A63 B; 1H92 A; 4RUG A; 1Y0M A; 3U23 A; 2M51 A; 1X27 A; 2DJQ A; 1WXT A; 1T3S A; 1ARK A; 4GBQ A; 1GBQ A; 2OAW A; 4LNP A; 1W6X A; 5GJV B; 5HCK A; 2DBM A; 1QWF A; 1YP5 A; 2JMA A; 2KXD A; 1YN8 A; 2DMO A; 2QDL A; 2K2M A; 4J9H A; 5IHI A; 3I35 A; 1RUW A; 1OPL A; 2AK5 A; 1AVZ C; 5IXB A; 5EC7 A; 1CKB A; 1UG1 A; 1OOT A; 1ZUY A; 1V1C A; 1RLQ C; 1SRL A; 1PKS A; 4RTV A; 1QCF A; 1T3L A; 2EYZ A; 1W70 A; 2KRN A; 3NMZ C; 3UA7 A; 2FRW A; 1AWO A; 2KRS A; 1KJW A; 2RQT A; 3VRZ A; 1K0X A; 3VS6 A; 3R6N A; 4WCI A; 1M27 C; 3UA6 A; 1JXM A; 2F2V A; 3KFV A; 2EBP A; 1WX6 A; 2O9S A; 4RTW A; 5I22 A; 1W1F A; 2GGR A; 2L0A A; 1NLO C; 2IIM A; 1CKA A; 2AKL A; 2J6F A; 1X6B A; 1MV3 A; 2LNH B; 2EKH A; 2SEM A; 3VS5 A; 3EG3 A; 1YWO A; 2VWF A; 1GCQ C; 1K0S A; 4HVV A; 3NGP A; 1QWE A; 1T0J A; 1OV3 A; 2SRC A; 2P4R A; 2YUO A; 4JJC A; 1UFF A; 4J9D A; 2DE0 X; 4ESR A; 4K11 A; 4F16 A; 1B3Q A; 4KRT A; 2ED0 A; 4OMQ A; 1JXO A; 1SHG A; 1NEG A; 2DNU A; 2XMF A; 4HVU A; 2RNA A; 1AEY A; 3THK A; 1H8K A; 2LP5 A; 2LCS A; 3EG2 A; 4RTY A; 1BK2 A; 2CSI A; 2JT4 A; 3RNJ A; 3SHW A; 2D8J A; 2LJ0 A; 2DM1 A; 2ECZ A; 2LJ3 A; 5FWB A; 1K1Z A; 2K79 A; 2NWM A; 2O88 A; 4CC4 B; 2W10 A; 4GLM A; 2DLP A; 2HEQ A; 1UE9 A; 1FYN A; 2X3X D; 1ZUK A; 2LX7 A; 4E6R A; 1EFN A; 2BZY A; 2KNB B; 2JM8 A; 3TVT A; 2EYX A; 1HSQ A; 2JMC A; 2FO0 A; 2O9V A; 2VVK A; 1M3A A; 3VS2 A; 3REA B; 4RTT A; 2HDA A; 1JO8 A; 1WXU A; 3EHQ A; 1UUE A; 2HBW A; 4DEY A; 3H41 A; 2O2O A; 2DRK A; 2YUP A; 2L3S A; 4LN2 A; 1WDX A; 2DYB A; 4D8D A; 4J9B A; 2YSQ A; 1BB9 A; 4FSS A; 1VA7 A; 2J7I A; 1ZUU A; 4IIO A; 2EVR A; 4AG1 C; 1K9A A; 1SEM A; 2DL7 A; 1YNZ A; 1PRM C; 4JZ3 A; 1WA7 A; 1H3H A; 2YUQ A; 4AG2 C; 2YDL A; 2E5K A; 2KT1 A; 2HSP A; 1WYX A; 2DX1 A; 2CSQ A; 3I5S A; 2A08 A; 4F14 A; 2FPD A; 2KGT A; 2PZ1 A; 1UEC A; 1GCQ A; 3ULR B; 2GTJ A; 1I07 A; 1U3O A; 1M30 A; 3M0U A; 4OMO A; 4X1V A; 2K9G A; 3C0C A; 5FWC A; 2C0T A; 1M8M A; 1AOJ A; 1KSW A; 2DBK A; 1VYU A; 2RMO A; 1NYG A; 3SEM A; 2ROL A; 2GTO A; 1HD3 A; 1TUC A; 1GCP A; 4JJD A; 1GFC A; 2D0N A; 4JZ4 A; 3EG0 A; 1WFW A; 1ABO A; 1RLP C; 2ENM A; 2CUD A; 2YT6 A; 1WIE A; 3I9Q A; 1G2B A; 2KR3 A; 1NYF A; 1PRL C; 1WXB A; 1PHT A; 4HXJ A; 2RQV A; 4CC2 A; 2DL5 A; 2DRM A; 1JQQ A; 1JEG A; 2D1X A; 1X2Q A; 2EQI A; 1M3B A; 2FG0 A; 1AZE A; 3JV3 A; 4M4Z A; 1VYT A; 2NUZ A; 1X43 A; 2ESW A; 5IHN A; 1WI7 A; 1AZG B; 3REB B; 1RI9 A; 2PTK A; 1QLY A; 3M0P A; 3FJ5 A; 2RQU A; 3O5Z A; 4Z89 A; 2EW3 A; 3NHN A; 2FPF A; 2ROT A; 3PVL A; 2KBT A; 4J9G A; 1AWJ A; 1AD5 A; 4LE9 A; 1X69 A; 1G83 A; 2G6F X; 2B86 A; 1OEB A; 3LH5 A; 2L2P A; 1UDL A; 4J9E A; 2C0I A; 2JXB A; 2BTT A; 1A0N B; 1UJY A; 2V1R A; 3GBQ A; 1QKX A; 2CT3 A; 5I11 A; 1AWX A; 3M0S A; 4JPB W; 2DL3 A; 2HCK A; 1AWW A; 2ED1 A; 4AFZ C; 2F2X A; 2DL4 A; 2GQI A; 1IO6 A; 4LUD A; 1E7O A; 2CT4 A; 1TUD A; 2CUB A; 4D8K A; 2JW4 A; 1UJ0 A; 2RQR A; 1TG0 A; 2RPN A; 2A37 A; 2JTE A; 3ZL7 C; 3EHR A; 2L3P A; 1J3T A; 2DL8 A; 2OJ2 A; 2PNI A; 1YWP A; 1NEB A; 4OML A; 2D8H A; 3VS3 A; 3VS1 A; 1SRM A; 2EGE A; 1CSK A; 1S1N A; 3H0I A; 5FW9 A; 3NPF A; 2A28 A; 4EIK A; 2I0N A; 2DF6 A; 1X6G A; 1NM7 A; 4AFS C; 2BZX A; 1NLP C; 4Z8A A; 1Z9Z A; 1FMK A; 2CH4 A; 5ECA A; 1JU5 C; 1N5Z A; 2KEA A; 2DIL A; 1BBZ A; 2MOX A; 2KE9 A; 2J05 A; 3EGU A; 3H0F A; 5IHK A; 1E6G A; 4LUE A; 4CC7 A; 1ZX6 A; 2MIO A; 1OPK A; 1SHF A; 2L3Q A; 1GBR A; 2ABL A; 1I0C A; 2A36 A; 1VYV A; 2EYW A; 1SPK A; 4J9C A; 2CRE A; 3CQT A; 1M3C A; 3UAT A; 1PNJ A; 2F2W A; 2BZ8 A; 4RTX A; 2LZ6 B; 1GRI A; 4ORZ A; 4DEX A; 2YUN A; 2V1Q A; 1T0H A; 2FRY A; 1HJD A; 1XOV A; 2DA9 A; 1K76 A; 2AKK A; 4RTZ A; 4QT7 A; 2DVJ A; 2O31 A; 1E6H A; 2FEI A; 1U06 A; 2GBQ A; 2RF0 A; 1B07 A; 4R0K A; 5GJW B; 5IXF A; 2RN8 A; 2RQW A; 2LMJ A; 1ZLM A; 4OMN A; 5IH2 A; 2EGA A; 2KYM A; 3EG1 A; 1ZSG A; 3PVQ A; 3TSW A; 1BU1 A; 1Y57 A; 1UHF A; 1UHC A; 4AFQ C; 1GFD A; 1QKW A; 3VRY A; 1UTI A; 1PKT A; 4CC3 A; 4ZNX A; 1SSH A; 4OMP A; 3VS0 A; 3QWX X; 2KT8 A; 1ABQ A; 4RTU A; 4J9I A; 1K4U S; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OW2 P; 1WJS A; 4QW2 A; 4PFP A; 1KC8 U; 5AT1 B; 1KIK A; 1Q81 C; 4M7D D; 2VKN A; 2PVG B; 5LJ5 f; 4O6J A; 4OB3 B; 5GMK h; 1U5S A; 4HCC A; 4E2F B; 1EX4 A; 3CCE Q; 2MI6 A; 3J80 E; 4E7S A; 5KYW A; 4PJO G; 1I5L A; 4N4G A; 3JCM W; 1UGV A; 2EPD A; 2XDP A; 2K6D A; 2RB6 A; 2CDT A; 5HK0 A; 3FRN A; 2KAF A; 4A4H A; 1MUZ A; 2B8A A; 2K3X A; 4OB1 B; 1Q82 C; 1ZSZ B; 3TRE A; 4RCC A; 2JM9 A; 2O4X A; 2HBP A; 3WXM B; 2RA2 A; 3PGG A; 2OTL T; 2JZ2 A; 2QI2 A; 4M77 A; 3I5R A; 1KHI A; 2XDB A; 1N27 A; 2HKQ B; 3VS7 A; 5I21 A; 3L2R A; 2Y4Y A; 2DIG A; 2JOY A; 5GAO l; 4C92 G; 1WXT A; 2L89 A; 2OAW A; 3J81 E; 4LNP A; 4QQD A; 1RAA B; 5HCK A; 2DBM A; 2C06 A; 7AT1 B; 1X6O A; 2RHY A; 1BYM A; 3OSS C; 1M2O A; 2DMO A; 2NUT B; 1YIT A; 2K2M A; 4J9H A; 1AVZ C; 4PNO A; 1WGS A; 1CKB A; 5LJ3 j; 3A8L B; 3OYN A; 3QZ5 B; 3A8M B; 1V1C A; 4E7J A; 1QCF A; 4F7U G; 4OB0 B; 4ANJ A; 2QXF A; 3NMZ C; 3GNF B; 3BFM A; 2KI7 A; 4OGE A; 2X4J A; 2Y4X A; 3OYG A; 1K0X A; 2IVW A; 2RM4 A; 2VGN A; 3KFV A; 3M57 A; 1WX6 A; 1K9M R; 2O9S A; 4OP0 A; 5I22 A; 1W1F A; 2GGR A; 2IIM A; 2X4W A; 1Y07 A; 2QTX A; 2RJF A; 2AKL A; 4M7D B; 3QG1 A; 1M90 R; 1X6B A; 3OYD A; 2DTH A; 1MV3 A; 5GAN 3; 2LNH B; 5FLX E; 1NE8 A; 1BIA A; 1UGQ B; 3GNG A; 4HVV A; 1KQ2 A; 1OV3 A; 2SRC A; 2YUO A; 3CCU T; 2A3L A; 5GAM d; 3OYF A; 4DBQ A; 1IRE B; 4M78 F; 1VQN Q; 1JBM A; 1WQW A; 2QK0 A; 5IT9 E; 5CCA A; 5GAN d; 4KRT A; 2P0Q A; 2OTJ T; 1SHG A; 1NEG A; 2DNU A; 3FDR A; 1VQP A; 4RTY A; 2CSI A; 3RNJ A; 3CCV Q; 2D8J A; 2LJ0 A; 3RMS A; 1QP3 A; 2W10 A; 2HL3 A; 3JCM V; 3CCQ Q; 1UE9 A; 4EMK C; 1ZUK A; 1EFN A; 2ZGW A; 4II1 A; 2DK3 A; 1HSQ A; 1M90 U; 4BY6 C; 4M7D A; 3REA B; 2OTL Q; 5KE3 A; 1K8A R; 1JO8 A; 1UUE A; 3UDC A; 3LYI A; 3JCM f; 4ZTF A; 2HSE B; 3CCS Q; 4KGV B; 3H41 A; 2O2O A; 2YUP A; 4C0D C; 1W2B A; 2L3S A; 1N9S A; 2RH2 A; 1ZA2 B; 3JB9 I; 4J9B A; 2DXU A; 2YSQ A; 3JCM X; 3LLR A; 4FSS A; 4DA4 A; 1WHM A; 4LDY A; 4C8Q E; 4QQ6 A; 2RO0 A; 2HAX A; 4GY5 A; 1C6V X; 4M78 C; 3AHU A; 5FU6 B; 1WJQ A; 4AG2 C; 3OYE A; 2E5K A; 2HSP A; 1S72 Q; 1RAG B; 4E7I A; 2FPD A; 2K57 A; 2QEX A; 1UEC A; 4C8Q F; 3ULR B; 3MKD A; 2LX9 A; 2DJZ A; 2VXF A; 3DLM A; 3QJY A; 3X28 B; 4BUG A; 2JUF A; 1M30 A; 3M0U A; 1XNI A; 4VUB A; 3I55 A; 2K9G A; 2QA4 T; 5CK9 A; 4DBH A; 1K8A U; 2C0T A; 1AOJ A; 6AT1 B; 2COW A; 2COZ A; 2RMO A; 2FZK B; 5LJ5 e; 2GTO A; 1HD3 A; 3FB9 A; 2LC4 A; 4KUL A; 4JJD A; 3G6E A; 3CCR Q; 3EG0 A; 3CC4 T; 4XU1 A; 2CUD A; 1HK9 A; 3CPW A; 2L3R A; 3RDV A; 4XTW A; 4OF1 A; 1PHT A; 1VQM T; 3VV0 A; 2WSE E; 2F1L A; 1X2Q A; 2FG0 A; 1QW1 A; 2BKD N; 3CME Q; 1X43 A; 1BCO A; 3EG9 B; 4KGX B; 1QLY A; 3G71 T; 4Z89 A; 2RQU A; 2EW3 A; 2HKN A; 3CD6 Q; 4X9D A; 4RMO A; 2G6F X; 5GAM g; 3LH5 A; 2JXB A; 2FZC B; 1Y96 A; 3PMT A; 1VQ9 A; 1A0N B; 4JLG A; 1QVG S; 3BY7 A; 1UB4 A; 1AWX A; 1M5Q 1; 1BI3 A; 3QKJ A; 2AIR B; 3S3M A; 1MND A; 4P5N A; 2E3H A; 2L8D A; 2GQI A; 4LUD A; 2EQJ A; 3VU3 C; 2CT4 A; 2V8I A; 3DB4 A; 1EZZ B; 2JW4 A; 2RQR A; 4ZN3 A; 2RPN A; 3X26 B; 1VQ4 T; 2E70 A; 3CC2 A; 1I4K 1; 2PNI A; 4CI0 C; 5KYU B; 3KXT A; 4OML A; 4QKU A; 3VS3 A; 3EG9 A; 3VS1 A; 2EGE A; 3HP9 A; 1CSK A; 1G3S A; 1LNX A; 3G4S T; 3HRU A; 4EIK A; 2I0N A; 5A2Q E; 3QZ9 B; 2BZX A; 1VQ5 Q; 4Y28 E; 4XAX B; 1M1F A; 1NLP C; 2O01 E; 4ZTJ A; 2XD0 A; 1Z9Z A; 2PUK B; 4C8Q G; 1QVP A; 5ECA A; 2EAY A; 2RJE A; 2MYS A; 2ZPF B; 4JLI A; 4GLK A; 1PM3 A; 5J3B A; 1G5V A; 1BBZ A; 2GFU A; 1YJW Q; 2BUD A; 2KE9 A; 3EGU A; 4EMH A; 3RES A; 4M7A E; 2YRC A; 5IHK A; 3C94 A; 2E5Q A; 2YRD A; 1YCY A; 1SHF A; 2CP6 A; 1YJN A; 1GBR A; 1WZO A; 1YIJ A; 1RAB B; 4N4H A; 3CMA T; 5GAM f; 2EYW A; 2CRE A; 1SSF A; 2XKO C; 1M3C A; 4XTX A; 2F2W A; 1VQO A; 3EGX A; 1U1T A; 1AHJ B; 1KQ1 A; 2E4H A; 2HNI A; 5GAN f; 4C0F A; 4JS4 A; 4ORZ A; 4DEX A; 2YUN A; 4M7A F; 1T0H A; 5CKB A; 3MEA A; 5D7U A; 5KYU A; 1HJD A; 4M75 C; 4J8O A; 4JDS A; 3JB9 F; 4RTZ A; 3L2Z A; 3UWN A; 3D7S B; 1MHN A; 2A7Y A; 2QQB A; 3OY9 A; 1U06 A; 2GBQ A; 1RAF B; 1B07 A; 4YTL A; 5IXF A; 3VJP A; 2RN8 A; 3ZBD A; 2EGA A; 3OS0 A; 3EG1 A; 3JCM e; 2DEU A; 3TSW A; 5FRN A; 4FYV B; 3OA6 A; 1QP2 A; 4FL6 A; 1NBE B; 2HQE A; 3ZFJ A; 3I56 Q; 1YI2 Q; 4XQ3 A; 1QKW A; 3VRY A; 1UTI A; 4ZGJ B; 4M78 D; 3E1S A; 1LOJ A; 3CEY A; 3QWX X; 4IUP A; 1CKA A; 2ATC B; 2E6N A; 1LJO A; 4HCK A; 2J6O A; 2YXY A; 3QWY A; 1RAE B; 3V7S A; 1H3Z A; 4J6Y A; 2DXB A; 5L23 A; 2DPP B; 1SF9 A; 1QVF S; 1VOM A; 2M0Y A; 5J26 A; 3S3N A; 4V2S A; 3M0T A; 5D6W A; 2V8K A; 2DXT A; 1VQ4 Q; 2RK1 A; 1GL5 A; 2LJ1 A; 2KYB A; 3RBB B; 2OI3 A; 3UF4 A; 1MV0 B; 5GAO p; 4JRP A; 2VYT A; 3WVE B; 4C0Z A; 2HD0 A; 3PE0 A; 2RHZ A; 3QHS A; 2AZS A; 3NTI A; 3N5B B; 1VIF A; 3OYM A; 5KYY B; 1V76 A; 2BE7 D; 1KD1 C; 1BIB A; 2ZPB B; 3CCE A; 1KQS S; 2C0O A; 1Z9Q A; 3QDR B; 2V8J A; 2K5I A; 3QUI A; 3M0Q A; 1YHQ Q; 3CBO A; 3VS4 A; 1LVK A; 4A63 B; 4RUG A; 2RK2 A; 2YLB A; 2HMA A; 3U23 A; 3A5Z B; 4EMK B; 4ZGE B; 1ARK A; 4GBQ A; 1GBQ A; 3FJP A; 4N4I A; 4BDZ A; 4BY6 B; 4M7A G; 1MMA A; 1QWF A; 4A4K A; 1NJI R; 1R0C B; 1YN8 A; 4LD9 K; 2QDL A; 2LDM A; 4HCZ A; 1JB0 E; 3JB9 G; 2E6Z A; 1RUW A; 1VQL Q; 1OPL A; 4C0D B; 5GAM h; 5IXB A; 3CCJ T; 1D1C A; 2E12 A; 5GAO m; 1ZUY A; 5LJ3 g; 1SRL A; 1D1B A; 1PSF A; 3CCM Q; 4HCB A; 3FIF A; 4QVD A; 3A8O B; 4PJO C; 3GPL A; 2K5L A; 2YWW A; 2AHJ B; 3MP6 A; 1MMG A; 1G3W A; 3VRZ A; 1VQ6 T; 4M78 B; 4JUV A; 1M27 C; 1Q95 G; 2EBP A; 1IHV A; 2L0A A; 5I2S A; 2FB7 A; 2XIC A; 2E64 A; 2K4Y A; 2EKH A; 3VS5 A; 4C5I A; 1GCQ C; 3MCA B; 1K73 C; 1UGR B; 1T0J A; 3CC7 Q; 1NJI U; 2X4Y A; 1BKB A; 1UFF A; 1PD0 A; 4C0G A; 2DE0 X; 1M2V A; 3PIP A; 1RL2 A; 4F16 A; 1VQ7 Q; 2KDS A; 4OMQ A; 3MEV A; 1JXO A; 1VQ8 Q; 2XMF A; 2CZ6 B; 4C92 C; 4Y91 A; 3EG2 A; 3M56 A; 4JS5 A; 1TU0 B; 5FWB A; 2NWM A; 3JAM E; 5GAN 2; 1G3T A; 4GLM A; 2DLP A; 1OZ3 A; 1FYN A; 2X3X D; 2COY A; 2LX7 A; 4E6R A; 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