The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
55
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structure length |
55
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Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain at pH 9
rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Gallus gallus
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| total genus |
11
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| structure length |
55
|
| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YNZ A; 1E6G A; 1Z9Q A; 1RUW A; 4J9H A; 1UUE A; 2DM1 A; 2DL5 A; 4D8K A; 1UG1 A; 2KR3 A; 3I9Q A; 1X2K A; 3CQT A; 2YUQ A; 3M0P A; 2O88 A; 1T3L A; 1K1Z A; 4Z8A A; 1YWO A; 1NYF A; 4J9C A; 2H8H A; 2AKL A; 2IIM A; 1JEG A; 1X69 A; 3I35 A; 3H0F A; 4HXJ A; 2DX1 A; 1NYG A; 2GTO A; 1ABO A; 1KFZ A; 1M3C A; 2KGT A; 1X6G A; 5IHK A; 1J3T A; 1G2B A; 1PNJ A; 2CSQ A; 2HCK A; 1VYU A; 4IIO A; 2QDL A; 1GCP A; 1W6X A; 2FPE A; 1AWW A; 4JZ3 A; 2V1Q A; 2AK5 A; 3R6N A; 3EG0 A; 2J05 A; 1B3Q A; 1YCS B; 3JV3 A; 1MV0 B; 1GL5 A; 1BK2 A; 2HSP A; 2AZV A; 2NUZ A; 1CKB A; 2RQT A; 3VS5 A; 1X43 A; 1AOJ A; 2C0T A; 4J9I A; 2GNC A; 1QKW A; 4ZNX A; 2DIL A; 2EYW A; 2V1R A; 2YUO A; 1MUZ A; 4CC4 B; 1WXT A; 2ED1 A; 2J6O A; 1HJD A; 2DL4 A; 2MCN A; 2RF0 A; 2EW3 A; 4RUG A; 1Y57 A; 3EG2 A; 4HVU A; 4D8D A; 1WIE A; 4AG2 C; 1FYN A; 1ZLM A; 2OJ2 A; 2AKK A; 2J7I A; 2YDL A; 1X2Q A; 2L3P A; 1CSK A; 2ABL A; 2JW4 A; 2FRY A; 2EGC A; 3EG3 A; 2DBK A; 5IHI A; 4Y92 A; 3UA6 A; 2FO0 A; 4EIK A; 3VS4 A; 1ZUY A; 1AZG B; 3FJ5 A; 1X27 A; 2OAW A; 2JMA A; 4RTT A; 2KE9 A; 1M3B A; 1KIK A; 1U3O A; 1BBZ A; 2K9G A; 3M0S A; 3VS2 A; 2LZ6 B; 2PZ1 A; 1T3S A; 2LJ1 A; 4AG1 C; 1WX6 A; 2KRM A; 4RTY A; 2ECZ A; 2VVK A; 4DEY A; 1SRM A; 1NM7 A; 2KYB A; 2RQR A; 1T0H A; 5I11 A; 3UAT A; 2FPD A; 2GGR A; 1ABQ A; 2HDA A; 3RNJ A; 1Z9Z A; 2JXB A; 2DJQ A; 4RTX A; 1JXM A; 4J9F A; 1RLP C; 2W0Z A; 2C0O A; 4LE9 A; 1M8M A; 1GCQ A; 2FRW A; 1WDX A; 2J6F A; 1VA7 A; 4OML A; 2DRM A; 1BU1 A; 2EYY A; 2HEQ A; 2DE0 X; 3M0Q A; 3M0T A; 4Z89 A; 2CUB A; 2VWF A; 4RTW A; 3REA B; 4Z88 A; 3UA7 A; 5FW9 A; 3EGU A; 1K9A A; 4AFS C; 1GBQ A; 2BZY A; 1JQQ A; 3H41 A; 1AZE A; 4QT7 A; 1K4U S; 2YUP A; 4AFU C; 1HD3 A; 2F2V A; 2L3Q A; 2EGE A; 3LH5 A; 1UJ0 A; 2E5K A; 2BZX A; 1NEG A; 2KRN A; 1UHC A; 4JJC A; 1QCF A; 1SHG A; 2EGA A; 2DBM A; 2M51 A; 1K0X A; 3SHW A; 1AEY A; 1JU5 C; 2OI3 A; 3RBB B; 1ARK A; 2EYX A; 4JJD A; 2SRC A; 1SHF A; 2DF6 A; 2RQU A; 1GBR A; 4K11 A; 1WI7 A; 3TSW A; 2KBT A; 2JM8 A; 4LUE A; 1GRI A; 4OMN A; 5EC7 A; 1WLP B; 2KXC A; 1FMK A; 1I07 A; 2EPD A; 2LCS A; 3O5Z A; 1PKT A; 2C0I A; 4F17 A; 2RQV A; 1NEB A; 2A37 A; 4WCI A; 2CRE A; 4HCK A; 4J9D A; 1OOT A; 4OMO A; 2A08 A; 2RNA A; 2G6F X; 1S1N A; 1ZX6 A; 2LMJ A; 2CT3 A; 3VS1 A; 1V1C A; 2YUN A; 1AWO A; 1OPL A; 1OPK A; 2O9V A; 2LQW A; 1E7O A; 2F2X A; 3SEM A; 5IHN A; 3QWY A; 1A0N B; 3I5R A; 1SEM A; 3VS0 A; 2LNH B; 1BB9 A; 1T0J A; 2M0Y A; 1NLO C; 3EHR A; 3H0I A; 2I0N A; 3EHQ A; 1PKS A; 1ZSG A; 1JO8 A; 1YP5 A; 1TUD A; 1UFF A; 2CUD A; 3PVL A; 1UGV A; 1UEC A; 5IH2 A; 3NHN A; 1SPK A; 2SEM A; 4ESR A; 1GFC A; 1JXO A; 1W1F A; 2RN8 A; 2ROL A; 3TSZ A; 4J9G A; 2DRK A; 2JTE A; 1UJY A; 1VYV A; 2JMC A; 1PRL C; 1UHF A; 4KRT A; 1B07 A; 2O2O A; 2DL7 A; 1HSQ A; 4IIM A; 1M27 C; 1K76 A; 3QWX X; 1ZBJ A; 4JZ4 A; 2KNB B; 5GJW B; 3A98 A; 2CT4 A; 4GLM A; 1VYT A; 5IXB A; 1E6H A; 2CSI A; 2LQN A; 1UTI A; 1W70 A; 4LN2 A; 2DVJ A; 2DA9 A; 2LP5 A; 5FWB A; 2D8J A; 1AVZ C; 2EKH A; 1IO6 A; 2A28 A; 2K2M A; 1H3H A; 2RQW A; 2AZS A; 2MOX A; 3NMZ C; 2EQI A; 4RTZ A; 3M0R A; 5HCK A; 5FWC A; 2KT8 A; 2ESW A; 5GJV B; 2L0A A; 2JT4 A; 1I0C A; 4E6R A; 2HBW A; 2KXD A; 3C0C A; 4HVV A; 4OMM A; 2EVR A; 3IQL A; 2FG0 A; 4AFZ C; 4GBQ A; 4RTV A; 2DL8 A; 2GTJ A; 2X3X D; 4DEX A; 2ROT A; 1MV3 A; 2PNI A; 2KYM A; 1QWF A; 1M30 A; 4ORZ A; 2JS0 A; 4AFQ C; 1OV3 A; 4LNP A; 1AWJ A; 3UF4 A; 4FSS A; 2EBP A; 2D0N A; 2K3B A; 3GBQ A; 2DYB A; 2KRS A; 1UE9 A; 2ED0 A; 1QKX A; 3I5S A; 5L23 A; 1SSH A; 2L3S A; 2KEA A; 2BZ8 A; 3VRY A; 1PWT A; 2RPN A; 2FEI A; 2J6K A; 3VS3 A; 2VKN A; 2YSQ A; 4RTU A; 3M0U A; 1TUC A; 1Y0M A; 2O9S A; 1G83 A; 1TG0 A; 4F16 A; 1WXB A; 2CH4 W; 4M4Z A; 2LJ3 A; 1AD5 A; 1M3A A; 2DL3 A; 2DNU A; 2YT6 A; 1U5S A; 1QWE A; 3THK A; 1H92 A; 2KRO A; 1AWX A; 1GFD A; 1KJW A; 1LCK A; 1YN8 A; 3NGP A; 5ECA A; 2NWM A; 4CC2 A; 2ENM A; 3VS7 A; 2D1X A; 1WYX A; 2D8H A; 1GCQ C; 1EFN A; 2CH4 A; 2K79 A; 5IXF A; 3PE0 A; 2K7A A; 1H8K A; 4JJB A; 3NPF A; 1YWP A; 3VS6 A; 1NLP C; 2L2P A; 1WA7 A; 2K6D A; 2DLP A; 2X3W D; 2JM9 A; 4JPB W; 1N5Z A; 2KT1 A; 3ULR B; 1ZUU A; 2B86 A; 4X1V A; 2XMF A; 2JS2 A; 4J9E A; 2LX7 A; 2DMO A; 1WFW A; 1SRL A; 1X6B A; 2F2W A; 2PTK A; 3VRZ A; 4A63 B; 1KSW A; 1OEB A; 1XOV A; 5I22 A; 1U06 A; 2CDT A; 1RI9 A; 2GQI A; 3PVQ A; 2J06 A; 1UDL A; 4OMP A; 2RMO A; 4CC3 A; 1WXU A; 2LJ0 A; 1RLQ C; 3REB B; 3H0H A; 3U23 A; 4OMQ A; 2A36 A; 3KFV A; 4F14 A; 4CC7 A; 2GBQ A; 3EG1 A; 3TVT A; 2O31 A; 2P4R A; 1PRM C; 1I1J A; 4J9B A; 1PHT A; 2EYZ A; 1CKA A; 2FPF A; 1NG2 A; 4R0K A; 2W10 A; 3ZL7 C; 2BTT A; 1QLY A; 4HVW A; 1ZUK A; 2MIO A; 1K0S A; 4LUD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OYJ A; 3MCA B; 3JCM V; 2OTL Q; 1Q82 U; 3CCM Q; 2HL5 C; 1QQJ A; 2MI6 A; 4D8K A; 2EIF A; 3OB9 A; 2M9U A; 4MDX A; 4M75 F; 3I9Q A; 1H3Z A; 2O88 A; 1QVF A; 2K5F A; 4Z8A A; 2CZ6 B; 2QYZ A; 2DTO A; 4FYX B; 1YJ9 Q; 5J39 A; 3M56 A; 1ABO A; 1KFZ A; 5GAN g; 3CMA A; 2KGT A; 1X6G A; 3RER A; 1WNL A; 5M9O A; 2FPE A; 1AWW A; 1OQK A; 3OYE A; 3N5B B; 1YHQ A; 5GAN 2; 2J05 A; 3KUF A; 3I56 Q; 2ZGW A; 1VQL Q; 4ZN3 A; 2HSP A; 1IB8 A; 2RHI A; 3MP1 A; 5GMK l; 2AZV A; 1M1K C; 2NUZ A; 3MHX A; 2PUO B; 4ELY C; 1NPR A; 5D6W A; 1FXX A; 4FSX A; 5CKE A; 1KC8 R; 4E7I A; 4PJO C; 1AOJ A; 1KD1 U; 4J9I A; 5GAO n; 2DET A; 5KYN A; 2CS7 A; 2GNC A; 1RAI B; 2XHC A; 1TS9 A; 2YUO A; 5FU6 C; 1MUZ A; 1D1C A; 5IT9 E; 4F7U F; 2J6O A; 1HJD A; 2DL4 A; 2QAS A; 5LJ3 j; 2D0Q B; 1FWZ A; 4HVU A; 4J6Y A; 3PGG A; 1FYN A; 4DOW A; 1ACM B; 3FB9 A; 1UGS B; 2R5M A; 3QDR B; 2DEU A; 4BE1 A; 2YDL A; 4DBF A; 3WVE B; 3LWI A; 2JZ2 A; 5KYW B; 2HKN A; 3C95 A; 5IHI A; 4RG2 A; 2IVW A; 2XK0 A; 3UA6 A; 2FO0 A; 1VQN T; 3VS4 A; 1ZUY A; 2E5Q A; 3HTR A; 3KBG A; 2OAW A; 2JMA A; 1M3B A; 4X34 A; 3A5Z B; 3CMA Q; 1BBZ A; 4BDY A; 2K5I A; 2GCX A; 1I8F A; 1T3S A; 2DYI A; 2LJ1 A; 1WHM A; 1QW1 A; 4X9D A; 1WJR A; 4FL6 A; 3PT9 A; 2VVK A; 2HNI A; 3EH2 A; 2O01 E; 4DEY A; 5KYW A; 1YIT A; 1YHQ Q; 5I11 A; 3UAT A; 2QEX T; 2WSC E; 3RNJ A; 1Z9Z A; 2W0Z A; 3PMT A; 1VQP T; 3OMC A; 1VQ5 A; 1M8M A; 2V26 A; 4YTL A; 1VA7 A; 4OML A; 5LL6 S; 1BU1 A; 3JSC A; 4M77 G; 3M0T A; 4C0Z A; 4Z88 A; 3A8G B; 2L89 A; 2RJF A; 4PJO D; 1MMA A; 1W2B S; 1JJ2 A; 3P8B B; 4J7F A; 5CCA A; 1IXD A; 4L5G A; 4KUI A; 1IHV A; 2P0Q A; 3QDF A; 2E70 A; 1XTD A; 1K4U S; 2YWW A; 3EAE A; 2M02 A; 3L2R A; 1HD3 A; 2K4Y A; 4XK8 E; 2DXC A; 2E5K A; 1QVG A; 1UHC A; 4O5V A; 4Y28 E; 4JDS A; 2DBM A; 2EQK A; 1NE8 A; 2DXB A; 1AEY A; 4M7A F; 1RI0 A; 3RBB B; 2VGN A; 2EYX A; 1W2B P; 1ARK A; 5GAN 3; 4NL3 A; 4ZGE B; 3M4G A; 3CME T; 2EYQ A; 1KQS A; 2DD5 A; 1GRI A; 4IUU A; 1PKT A; 2HKQ B; 4F17 A; 4C8Q C; 3HFN A; 1NJI U; 2MWP A; 2JNG A; 2MMP A; 1YJN Q; 3JCM X; 2HSE B; 3JB9 F; 4C0G A; 2G6F X; 2LMJ A; 4F7U E; 2GFA A; 3FLG A; 1VQ9 A; 1OPL A; 1OPK A; 2JVV A; 3QZ5 B; 3QHS A; 1TUG B; 3RKW A; 3X28 B; 3QWY A; 1Q81 U; 4J6X A; 1Y7X A; 1Q7Y R; 4M78 G; 3VS0 A; 2LNH B; 4X9C A; 2V8K A; 2OTJ Q; 5CKH A; 1JO8 A; 1UFF A; 3CCQ Q; 3PVL A; 1UEC A; 3GNG A; 1SPK A; 4KGZ B; 4N4I A; 1TXQ A; 2COW A; 2CZ1 B; 2DRK A; 3ZFJ A; 1VQK T; 1UJY A; 1FMW A; 1X75 C; 5FU7 B; 3ME9 A; 5GAN 4; 4KRT A; 5KYY A; 3GF5 A; 3G4S A; 2VAS A; 3RMQ A; 2E1H A; 4BY6 C; 4JZ4 A; 3A1P A; 2QQ9 A; 4KBM B; 1RAE B; 3JCM f; 4E2F B; 3WVD B; 2RHU A; 1HK9 A; 1VQ6 T; 2EKO A; 3RUX A; 2LCL A; 1E6H A; 2CSI A; 2MF2 A; 3OYY A; 1W70 A; 2IG0 A; 2DA9 A; 2RD1 A; 1RAB B; 4CI0 C; 2YRV A; 2K2M A; 2MOX A; 3QJ6 A; 4RTZ A; 2FZK B; 3HL8 A; 1QCN A; 4C8Q D; 2ZPE B; 1PSE A; 2JT4 A; 3JCM h; 3BFM A; 5LJ5 e; 1IGU A; 2KXD A; 3C0C A; 2P0K A; 4HVV A; 4OMM A; 2OTL T; 3RDV A; 2FG0 A; 3I55 A; 3CCM T; 2DL8 A; 3D7S B; 2ROT A; 2ZCF B; 4C5I A; 2KYM A; 5D6Y A; 1M30 A; 5GAO m; 2PQW A; 2O4X B; 1YFN A; 4LNP A; 1YJ9 T; 1G5V A; 3L2U A; 2D0N A; 2K3B A; 2AT1 B; 3GBQ A; 3HFO A; 4M7A E; 3OBY A; 2KRS A; 2LQK A; 3GNF B; 4KUD K; 4UC4 A; 1BIB A; 1VIE A; 3I5S A; 3P8H A; 2BKD N; 1SSH A; 2KY9 A; 2KEA A; 2BZ8 A; 3I56 T; 3M5A A; 1PWT A; 1VQ8 A; 2FEI A; 2O4X A; 2J6K A; 1VQL T; 3M0U A; 3S6W A; 1Y0M A; 2O9S A; 1G83 A; 5CR2 A; 1BCM A; 4HCB A; 2JUF A; 3BW1 A; 1AD5 A; 2DNU A; 4P5N A; 4BI4 A; 1H92 A; 1AWX A; 1LCK A; 3FJP A; 4R55 A; 5ECA A; 3CCS A; 5LJ5 d; 4OGC A; 4IUP A; 1B34 B; 1WYX A; 1GCQ C; 4NL2 A; 5IXF A; 2ZAE A; 1N8R U; 1BI2 A; 4E7Z A; 2QTV A; 3LX7 A; 4F04 B; 1M1K U; 5LJ3 e; 2BIV A; 3QJY A; 1KC8 C; 1M5Q 1; 1OZ2 A; 2JS2 A; 5GAN f; 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1PCX A; 5LJ3 g; 3CCR A; 4HA8 A; 1CSK A; 2F5T X; 3L2Q A; 1VQ7 A; 2OTJ T; 2JW4 A; 2FRY A; 1M90 C; 3EGD A; 2V8J A; 3G6E A; 4BE0 A; 3CCQ T; 3ZEH A; 4EIK A; 5A2Q E; 1AZG B; 2MK5 A; 2RI3 A; 3PIP A; 1X27 A; 1D3B B; 3JCM J; 2KE9 A; 1TTH B; 2K9G A; 2C06 A; 5GAO r; 3OS5 A; 2KK4 A; 1KD1 R; 4E47 A; 1G3W A; 2E3I A; 3QUI A; 3CCU Q; 2HD0 A; 4M75 D; 2GGR A; 1MMD A; 3CCJ Q; 1Q7Y C; 3JCM Q; 3O8V A; 1ZHI A; 3MEU A; 4RTX A; 3E19 A; 4J9F A; 5DLO A; 2FRW A; 2LTO A; 2J6F A; 3V7C A; 1ZA2 B; 1SG5 A; 3OMG A; 1ZSZ A; 3CPW A; 4PK4 A; 4C8Q G; 2LRQ A; 4XTX A; 3LWH A; 4IUR A; 2VWF A; 3OSS C; 3UA7 A; 2QI2 A; 3EGU A; 4C92 B; 2AHJ B; 1JQQ A; 3X26 B; 1UEB A; 3H41 A; 3CBP A; 3M4Y A; 4XTW A; 5GAN 6; 4QT7 A; 2XDP A; 4M7D G; 3BY7 A; 3NFC A; 5GMK h; 1U1T A; 2KDS A; 2X51 A; 1UJ0 A; 2DZ9 A; 1NEG A; 3HRU A; 3DB3 A; 2XG8 D; 4NOY A; 1RAF B; 2FL7 A; 4EMK C; 4KH0 B; 4PFZ A; 3GLX A; 1VQ7 Q; 2QAZ A; 4C92 A; 1JU5 C; 3QG1 A; 3VUZ A; 4JJD A; 2VGM A; 2QXF A; 3MJX A; 3LYI A; 1SHF A; 1TU0 B; 2DF6 A; 3OYB A; 1WI7 A; 3TSW A; 2JM8 A; 2EQJ A; 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