The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
55
|
structure length |
55
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Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain at pH 9
rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Gallus gallus
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| total genus |
11
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| structure length |
55
|
| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1E6H A; 5FWC A; 4ESR A; 1X43 A; 4F14 A; 1WYX A; 1OPL A; 1UEC A; 2KXC A; 2FPE A; 4CC4 B; 4AG2 C; 1V1C A; 2ED1 A; 2JM9 A; 1UJ0 A; 1QLY A; 3VRZ A; 3I5R A; 1B07 A; 2AKL A; 2DMO A; 1Y57 A; 2YUO A; 1YNZ A; 1PKS A; 1Z9Z A; 2KRM A; 1AZE A; 3REA B; 2LP5 A; 2J06 A; 1JXO A; 4J9E A; 2EW3 A; 2GTJ A; 5IXF A; 1ZUK A; 2OI3 A; 4LE9 A; 1E6G A; 2LJ0 A; 2ENM A; 4QT7 A; 4F16 A; 4KRT A; 3KFV A; 3C0C A; 1VYV A; 4J9F A; 1M30 A; 3EG3 A; 4JZ3 A; 2DNU A; 1K76 A; 2DL3 A; 4OMQ A; 5IHN A; 2EYZ A; 4Z89 A; 3RNJ A; 1X69 A; 2VKN A; 4JPB W; 3UF4 A; 1T3L A; 1ZUU A; 2K6D A; 4CC3 A; 2NWM A; 1AWO A; 2BZ8 A; 1TG0 A; 1K9A A; 4ZNX A; 4AFZ C; 5IHI A; 2ROT A; 2MCN A; 2MOX A; 2CT4 A; 2RQV A; 3NGP A; 4FSS A; 5GJW B; 1RI9 A; 1W6X A; 2HDA A; 2JMC A; 5IXB A; 3IQL A; 1UFF A; 2KXD A; 1WXU A; 2A36 A; 1KFZ A; 1I0C A; 4JJD A; 1UJY A; 4OMP A; 4AG1 C; 2DM1 A; 2CUD A; 2SEM A; 2B86 A; 1HSQ A; 2JM8 A; 1WLP B; 4HXJ A; 1GFD A; 1T0J A; 2NUZ A; 3EHQ A; 2X3W D; 3U23 A; 1CKA A; 2EYX A; 4RUG A; 1IO6 A; 1I07 A; 1VA7 A; 1BB9 A; 3GBQ A; 2RMO A; 2ROL A; 4M4Z A; 1GRI A; 4OMM A; 1AOJ A; 2VVK A; 3M0P A; 4AFQ C; 1K1Z A; 4LNP A; 1OOT A; 2K9G A; 3TVT A; 2HBW A; 1M27 C; 1B3Q A; 4OMN A; 1GCQ A; 3REB B; 1X6G A; 4A63 B; 1RUW A; 2YT6 A; 1AWX A; 2CSQ A; 3LH5 A; 2LNH B; 2X3X D; 3UA7 A; 2CSI A; 2W0Z A; 2EQI A; 1AVZ C; 2DBM A; 2DBK A; 2RF0 A; 3R6N A; 1J3T A; 1G2B A; 1TUC A; 1PRL C; 2EGC A; 1X6B A; 1PHT A; 2FRW A; 2KEA A; 1QCF A; 4D8D A; 2BTT A; 4J9H A; 4F17 A; 2JXB A; 1FYN A; 2D8J A; 2O2O A; 1BBZ A; 1WX6 A; 3PE0 A; 2V1Q A; 1LCK A; 2LJ1 A; 2KGT A; 3VS7 A; 2FRY A; 1JQQ A; 2LZ6 B; 2HCK A; 1I1J A; 3A98 A; 1ARK A; 2K3B A; 4RTT A; 1X2K A; 2RPN A; 4R0K A; 1M3A A; 3JV3 A; 4GLM A; 1H92 A; 2EPD A; 1JO8 A; 3M0U A; 1U06 A; 4OMO A; 1SHG A; 1G83 A; 2D1X A; 2CRE A; 2F2W A; 2F2X A; 4WCI A; 3UA6 A; 3H41 A; 2L3S A; 1M3B A; 3H0F A; 2AZV A; 4JJC A; 2L3P A; 2ESW A; 4RTY A; 2ED0 A; 2RNA A; 2DL8 A; 1UG1 A; 1UHC A; 1W70 A; 3EGU A; 1AWJ A; 2KT1 A; 2EYW A; 2CH4 A; 1T0H A; 2DVJ A; 3I9Q A; 5I22 A; 2EVR A; 4Y92 A; 2EYY A; 4Z8A A; 1OV3 A; 1UGV A; 3EG1 A; 2KRN A; 2CUB A; 2KYM A; 2AK5 A; 4HVW A; 1BK2 A; 2DX1 A; 1Y0M A; 1U5S A; 4IIO A; 5GJV B; 2OAW A; 3O5Z A; 3RBB B; 2AZS A; 2LQW A; 2DL4 A; 1UTI A; 4RTX A; 2DL5 A; 2YUP A; 4AFU C; 2M51 A; 3CQT A; 2LQN A; 2LCS A; 4D8K A; 2ECZ A; 2KBT A; 4OML A; 2L2P A; 2EGA A; 2IIM A; 2O31 A; 2VWF A; 2PZ1 A; 4RTW A; 2PNI A; 1MV3 A; 3PVL A; 2DL7 A; 2K7A A; 1GCQ C; 1UUE A; 3TSW A; 2GNC A; 2V1R A; 5HCK A; 3VRY A; 2H8H A; 1ZBJ A; 3PVQ A; 2LX7 A; 1RLP C; 1YWO A; 1FMK A; 2LJ3 A; 2E5K A; 1OPK A; 2A28 A; 1T3S A; 4JZ4 A; 4RTZ A; 1H8K A; 4X1V A; 4AFS C; 2JW4 A; 2DJQ A; 2I0N A; 4RTU A; 2DRM A; 2SRC A; 1GL5 A; 1YN8 A; 2KRO A; 1AEY A; 1WI7 A; 1QWF A; 1CSK A; 1X27 A; 1RLQ C; 3SEM A; 2RQW A; 2YSQ A; 4JJB A; 1BU1 A; 1ZX6 A; 3TSZ A; 2FPD A; 1WDX A; 1U3O A; 2HSP A; 2FO0 A; 5FWB A; 5IHK A; 1SPK A; 1M8M A; 4J9C A; 2JS2 A; 1NG2 A; 1N5Z A; 4J9G A; 2CDT A; 2O88 A; 2J05 A; 1YWP A; 2CH4 W; 1W1F A; 3M0T A; 2L3Q A; 1ABQ A; 2JTE A; 2KE9 A; 1ZLM A; 1UE9 A; 2BZX A; 4DEY A; 4J9B A; 3VS3 A; 5I11 A; 2P4R A; 4EIK A; 2EKH A; 1NLO C; 4CC7 A; 2JMA A; 2KR3 A; 4RTV A; 1K4U S; 2GBQ A; 3QWY A; 2W10 A; 1SRM A; 1H3H A; 2PTK A; 2FPF A; 3FJ5 A; 2JS0 A; 2BZY A; 1GFC A; 1XOV A; 4LUE A; 5FW9 A; 1JXM A; 5L23 A; 3UAT A; 3VS2 A; 1JU5 C; 5ECA A; 2DRK A; 1MV0 B; 4HVU A; 1KJW A; 3EHR A; 3ULR B; 4IIM A; 1S1N A; 1OEB A; 1GBR A; 2YUN A; 2D0N A; 1GCP A; 1YP5 A; 3NMZ C; 4Z88 A; 2C0I A; 2DIL A; 2YUQ A; 2GQI A; 4CC2 A; 2KNB B; 1E7O A; 2KT8 A; 1QKW A; 1SHF A; 2K79 A; 2K2M A; 3EG0 A; 4J9D A; 1AD5 A; 2J6F A; 1JEG A; 1SRL A; 1WIE A; 1HJD A; 1GBQ A; 1PWT A; 2EGE A; 3I5S A; 1VYU A; 2LMJ A; 2EBP A; 1A0N B; 2L0A A; 1SEM A; 1NYG A; 3VS1 A; 3NPF A; 2JT4 A; 4DEX A; 2MIO A; 2YDL A; 2KRS A; 1K0X A; 1SSH A; 2M0Y A; 2DYB A; 3SHW A; 5EC7 A; 1CKB A; 2ABL A; 3VS4 A; 2C0O A; 1K0S A; 4J9I A; 3M0Q A; 1PRM C; 1UHF A; 2RQU A; 3QWX X; 2CT3 A; 1AZG B; 1QWE A; 2F2V A; 2J6K A; 4HCK A; 4K11 A; 1KIK A; 2XMF A; 3THK A; 1NEB A; 1WFW A; 2QDL A; 4E6R A; 2D8H A; 2DF6 A; 3VS5 A; 3H0H A; 2AKK A; 2DA9 A; 2FG0 A; 1PKT A; 2J7I A; 1NM7 A; 1YCS B; 3VS6 A; 1WXT A; 2J6O A; 1WA7 A; 1M3C A; 4ORZ A; 2DLP A; 2RQR A; 1Z9Q A; 1KSW A; 3NHN A; 2C0T A; 4HVV A; 2RN8 A; 1NEG A; 3ZL7 C; 3H0I A; 2O9S A; 1WXB A; 1NLP C; 1QKX A; 1X2Q A; 1ABO A; 4GBQ A; 3VS0 A; 1HD3 A; 3M0R A; 1UDL A; 1VYT A; 2A37 A; 3M0S A; 2FEI A; 1ZSG A; 4LN2 A; 2OJ2 A; 3I35 A; 2DE0 X; 2HEQ A; 2RQT A; 4LUD A; 1MUZ A; 1ZUY A; 1AWW A; 1PNJ A; 2GTO A; 2GGR A; 1EFN A; 2O9V A; 1NYF A; 2KYB A; 3EG2 A; 2A08 A; 1TUD A; 2G6F X; 5IH2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1E6H A; 5FWC A; 5J39 A; 4FSX A; 1KHC A; 1S72 A; 2MAM A; 2QEX A; 2JM9 A; 2QQR A; 1UJ0 A; 5GAM f; 5GAM d; 2DMO A; 2PUK B; 1YNZ A; 2C06 A; 4Y28 E; 1VQ7 A; 2G3R A; 2LP5 A; 4E7L A; 4J9E A; 2PVD B; 3C4S A; 2GTJ A; 4LDX A; 4LE9 A; 5LJ3 j; 2LJ0 A; 3G71 T; 4ZTJ A; 4QT7 A; 1ZSZ C; 3EGD A; 3KFV A; 3CCM T; 3C0C A; 4XTY A; 3OYB A; 3CCU T; 4OB2 B; 1M30 A; 2LX9 A; 4JZ3 A; 4P5N A; 2DL3 A; 5KCO A; 5IHN A; 2XD0 A; 2RI3 A; 3OBW A; 3OYH A; 4M7D A; 1X69 A; 1VQ8 A; 1T3L A; 1VQO T; 5GMK j; 1D3B B; 1XNI A; 1R77 A; 2K2V A; 1AWO A; 1VQ5 A; 1PM3 A; 4AFZ C; 3L42 A; 2ROT A; 3CEY A; 3CCQ Q; 3CC4 T; 3NGP A; 4FSS A; 1IB8 A; 3SWN A; 1Q86 C; 1W6X A; 2X4X A; 1NJI U; 4N4H A; 2KXD A; 1EZZ B; 1KFZ A; 1I0C A; 1UJY A; 2DM1 A; 4V2S A; 2EQJ A; 2K5F A; 2CUD A; 3M9Q A; 4M75 A; 4BE0 A; 3CCJ Q; 3OA6 A; 1WLP B; 2DZC A; 1T0J A; 2X3W D; 4PJO C; 2FYK A; 1RAD B; 3U23 A; 3BFM A; 3X25 B; 1YIJ A; 1IO6 A; 2RMO A; 3CC2 A; 1QVF A; 5I2S A; 3LGL A; 3MEU A; 4OMM A; 3OYF A; 2VVK A; 3QUI A; 4GLK A; 1UGS B; 4LNP A; 3VUZ A; 4PJO D; 2NYS A; 5GAO m; 1GCQ A; 1KC8 R; 4XTZ A; 4FT2 A; 3REB B; 3E2U A; 1YJW T; 4OB3 B; 3LH5 A; 3CMA Q; 1QVF S; 4L5G A; 2P0Q A; 1Y71 A; 1RAH B; 1N27 A; 5CO7 A; 1D0Y A; 3CCE A; 2DBM A; 2DBK A; 2RF0 A; 2KMT A; 4N4G A; 3R6N A; 4A53 A; 2CYZ B; 3QJY A; 2YLB A; 1FMV A; 4C92 C; 1X6B A; 3P8B B; 2FRW A; 4EMK A; 3GNG A; 3URG A; 1WX6 A; 1LCK A; 3R6O A; 1YBY A; 4DBF A; 2OTJ T; 1M1F A; 2LZ6 B; 1I1J A; 3OW2 A; 1YIT A; 5FRN A; 1ARK A; 1MMN A; 3RMS A; 4C92 D; 5GAN j; 2RHY A; 4GLM A; 4X9D A; 2E10 A; 1W2B P; 4OGC A; 2YRC A; 1Q82 C; 1U06 A; 3I55 T; 2EIF A; 2DZ9 A; 1SHG A; 1AT1 B; 3RKX A; 4PKC C; 2CRE A; 1AHJ B; 2XG8 D; 3OW2 S; 2L3S A; 2HAX A; 5GMK h; 4HT9 A; 2HSE B; 1FXX A; 4PFZ A; 1UHC A; 3OBY A; 2F69 A; 1B7T A; 3CCR Q; 2YRD A; 2CH4 A; 1T0H A; 3I9Q A; 2EVR A; 4Y92 A; 5C6S A; 3OYE A; 3JCM h; 2KSS A; 3GNF B; 1P92 A; 3QO3 A; 2KRN A; 2CUB A; 2VUB A; 4IUR A; 4M75 E; 4IIO A; 2VGM A; 2OAW A; 3O5Z A; 4NOY A; 2AZS A; 3QSU A; 2DIG A; 2GF7 A; 9ATC B; 2DL5 A; 3CQT A; 4LXC A; 2LQN A; 3M54 A; 1U8R A; 4L6V 5; 4XTV A; 3C94 A; 4M7D B; 4AT1 B; 2IIM A; 2DXU A; 2O31 A; 4FYY B; 4MMK A; 4ZGE B; 3N5B B; 4NL2 A; 3AHU A; 4HT8 A; 3SWN B; 3JCM e; 5CQX A; 3CME Q; 4ZGJ B; 8AT1 B; 3G4S A; 4RCB A; 5LJ3 f; 5LJ3 d; 1WQ7 A; 1WGS A; 4M7A C; 2E5K A; 1MMA A; 3LGF A; 2NUT A; 1D0Z A; 2DXC A; 4N4I A; 3UT1 A; 1LVK A; 2R5M A; 4RG8 A; 3CD6 A; 2JW4 A; 2DJQ A; 3JB9 J; 1BI2 A; 2SRC A; 3A8H B; 1G8X A; 1YN8 A; 1WJR A; 3LYI A; 4E47 A; 1NZ9 A; 1M5Q 1; 1VQM T; 3DLL A; 1EIF A; 4DBQ A; 2E3I A; 4FM4 B; 3TSZ A; 2FPD A; 1WDX A; 5LJ3 g; 1N9S A; 2HSP A; 1HYO A; 3OYL A; 1K73 C; 4PJM A; 3JB9 G; 3CPW P; 1KG1 A; 1SPK A; 2DYI A; 4C0F A; 1M90 U; 4J9G A; 4A4K A; 2CDT A; 1U1S A; 4HKE A; 2J05 A; 3MPU B; 1W1F A; 2IPO B; 3C12 A; 3OMG A; 5D7U A; 2COY A; 5LJ5 d; 2KE9 A; 1QP2 A; 2XKO C; 1UE9 A; 4XTX A; 2OTL T; 3X28 B; 2BZX A; 4OGE A; 4J9B A; 2VYT A; 5I11 A; 1YI2 T; 2M02 A; 2P4R A; 2EJ9 A; 3HKS A; 4CRI A; 2JMA A; 4RTV A; 2P4T A; 1UGR B; 1TTH B; 1H3H A; 2W10 A; 1SRM A; 2PQW A; 3I56 T; 4MDX A; 1RAC B; 4C8Q F; 3CCV T; 3FJ5 A; 2JS0 A; 1GFC A; 4OF1 A; 5FRO A; 3O8V A; 3VS2 A; 3JCM g; 3OYK A; 2E6Z A; 1MV0 B; 2COZ A; 1FMW A; 1KJW A; 1VQP A; 3CCL Q; 4BE2 A; 2D0N A; 2JTM A; 2A7Y A; 2RK1 A; 3OSV A; 2CP7 A; 2JVV A; 3NMZ C; 1BIA A; 2DIL A; 4CC2 A; 1NJI C; 1OI1 A; 4M7D G; 1SHF A; 1JEG A; 1YCY A; 1WIE A; 1K9M C; 2EQK A; 1TSF A; 5GAO q; 2EGE A; 3I5S A; 1Q95 G; 2ZAE A; 2CZ7 B; 2LMJ A; 2ZPB B; 4BUG A; 3RKY A; 2QQ9 A; 3PIP A; 4KUD K; 2RJE A; 5GAN f; 5GAN d; 1N8R U; 3M53 A; 4JJN K; 5M9O A; 3A5Z B; 3SHW A; 1YJN T; 5EG2 A; 4M75 G; 1BI0 A; 5EC7 A; 3CCM A; 2KVQ G; 3CCU A; 2O01 E; 4KH1 B; 1N6A A; 3JCM V; 3QZ5 B; 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3L2Z A; 2VKN A; 3CC7 T; 3JB9 I; 1C0M A; 1ZUU A; 2E3H A; 3J81 E; 1VQ7 Q; 2NWM A; 2QQB A; 2DD5 A; 2EAY A; 3CMA T; 2BZ8 A; 1VQ6 A; 5KYY A; 4C0G A; 4LDY A; 1VQ4 T; 1WXU A; 4JJD A; 4OMP A; 3EH1 A; 3ZEH A; 1VQ8 Q; 1HSQ A; 1GFD A; 4DBR A; 1Q86 R; 3EHQ A; 1OYX A; 1SF9 A; 1TU0 B; 4GY5 A; 1VQ5 Q; 2X9H A; 4M78 A; 3JCM X; 1I07 A; 1VA7 A; 3GBQ A; 1BB9 A; 4EDU A; 1MMD A; 3S3O A; 4M4Z A; 3J7A F; 3MET A; 1UB4 A; 1GXI E; 4AFQ C; 1K1Z A; 4QW2 A; 2K9G A; 4DQ2 A; 4OMN A; 3X24 B; 4N0A A; 4A63 B; 1RUW A; 2DD4 A; 3CCR T; 1RI0 A; 2X3X D; 3BDU A; 1M9S A; 1KC8 U; 4FIB A; 4MML A; 1YIJ Q; 3JB9 D; 2VAS A; 2DJZ A; 1TUC A; 2HZY A; 1PRL C; 3NTK A; 4PJO F; 2KEA A; 5HKC A; 3SDZ A; 2BTT A; 4J9H A; 3G1J A; 2JXB A; 2O2O A; 1VIE A; 3PE0 A; 3OYC A; 2LJ1 A; 4C5I A; 1XQH A; 3VS7 A; 4A4E A; 2ZPI B; 2HCK A; 1ZQ1 A; 4FCY A; 4B6M A; 1UEB A; 4R0K A; 3OYM A; 1VQM A; 2EPD A; 1JJ2 P; 4F7U E; 1KQS P; 1ZA2 B; 3L2R A; 2RHU A; 1JO8 A; 1K8A C; 4OMO A; 3M58 A; 2RD1 A; 2D1X A; 2HL3 A; 1YFN A; 4C5G A; 3OQ5 A; 3H41 A; 1M3B A; 3P8H A; 2ED0 A; 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