The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
55
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structure length |
55
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Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain at pH 9
rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
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| total genus |
11
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| structure length |
55
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| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CT4 A; 2GTJ A; 2W0Z A; 1M8M A; 3U23 A; 4ORZ A; 1NEG A; 2RMO A; 1GBR A; 3EHQ A; 1SRM A; 2EW3 A; 3JV3 A; 2BZ8 A; 4WCI A; 2FPD A; 3THK A; 4RTV A; 2DVJ A; 3TSZ A; 2HDA A; 2JTE A; 1HD3 A; 3REB B; 2AZS A; 1FYN A; 2AK5 A; 4IIO A; 1QLY A; 2EGA A; 4IIM A; 2DYB A; 4ESR A; 2SEM A; 2AKK A; 1WX6 A; 1NYG A; 2LNH B; 1PHT A; 2VWF A; 1OPK A; 2KGT A; 2V1Q A; 1UEC A; 5IXF A; 2M0Y A; 5FWC A; 1QWE A; 1OV3 A; 4D8K A; 1UFF A; 1EFN A; 2ECZ A; 2KNB B; 4JZ4 A; 2LJ3 A; 1UJ0 A; 4M4Z A; 1M3C A; 2C0O A; 1Y0M A; 5I22 A; 1BBZ A; 1VYT A; 4F14 A; 1K0S A; 1YCS B; 2JT4 A; 1U3O A; 1PWT A; 2DMO A; 4OMP A; 3NGP A; 3EGU A; 3H0H A; 4Y92 A; 4HVV A; 1YP5 A; 4OMM A; 4ZNX A; 5FW9 A; 2DL5 A; 2KRM A; 1WXT A; 1AWW A; 2I0N A; 2A36 A; 1W6X A; 2KRO A; 1NLO C; 3PE0 A; 2YDL A; 3PVQ A; 1RLQ C; 1AD5 A; 2CH4 W; 1J3T A; 1YN8 A; 1PNJ A; 1W70 A; 1HSQ A; 2O9S A; 1KSW A; 3QWX X; 1H92 A; 1I1J A; 2RQV A; 3ULR B; 2MIO A; 1UHF A; 1Y57 A; 2K6D A; 2CUD A; 2FEI A; 2EYW A; 2XMF A; 2P4R A; 3H41 A; 1K4U S; 1E6H A; 4RTY A; 1X6G A; 2C0I A; 4HVU A; 1PKS A; 2KXD A; 2X3W D; 1PKT A; 1QKW A; 2HCK A; 2K9G A; 2RN8 A; 2KT8 A; 3M0U A; 2JMA A; 1K76 A; 2OI3 A; 2ROT A; 1K0X A; 4FSS A; 1SSH A; 3KFV A; 1WYX A; 3M0T A; 2QDL A; 4JJB A; 2FRW A; 3M0P A; 1T0H A; 3A98 A; 3EHR A; 1YWP A; 2A28 A; 2MOX A; 3VS3 A; 2KR3 A; 2JS2 A; 1JXO A; 4F16 A; 4JJC A; 2DL7 A; 2EGE A; 2J05 A; 2RNA A; 3O5Z A; 1RUW A; 1SEM A; 2ED1 A; 2IIM A; 2ROL A; 1B3Q A; 1AEY A; 2AKL A; 2J6K A; 4LN2 A; 3VRZ A; 1AWX A; 4J9G A; 1KJW A; 2B86 A; 2PTK A; 2A08 A; 3NMZ C; 4JZ3 A; 2LQN A; 3H0F A; 2GNC A; 2O2O A; 2RPN A; 2LZ6 B; 1ZUU A; 1G83 A; 3FJ5 A; 1H3H A; 2KRN A; 2DJQ A; 3RBB B; 2DLP A; 1N5Z A; 3PVL A; 1GFD A; 1AOJ A; 2J6O A; 4RUG A; 5IH2 A; 1ZUY A; 3VS6 A; 2EYZ A; 2L2P A; 1UUE A; 3M0S A; 1NLP C; 1JO8 A; 1E7O A; 1Z9Z A; 5I11 A; 4J9C A; 3VS7 A; 1I07 A; 4HCK A; 2M51 A; 3VS5 A; 2C0T A; 1UG1 A; 2D8J A; 2LJ1 A; 1UE9 A; 1V1C A; 2JS0 A; 1ZSG A; 2RQU A; 1PRM C; 4LNP A; 5IXB A; 2L3Q A; 2KT1 A; 4AFS C; 2D1X A; 3UAT A; 1NEB A; 1QCF A; 2ENM A; 3SEM A; 1NM7 A; 4E6R A; 2GQI A; 3R6N A; 4OMN A; 1G2B A; 2E5K A; 2GTO A; 1U06 A; 1X2K A; 4AFQ C; 2K79 A; 2K3B A; 2FRY A; 2DNU A; 4JJD A; 1T3L A; 2OAW A; 2RQT A; 1X69 A; 2A37 A; 3EG2 A; 2O31 A; 4CC3 A; 2LJ0 A; 1YNZ A; 4CC7 A; 4HXJ A; 2HSP A; 3C0C A; 2YUN A; 3LH5 A; 2CSI A; 1GCQ C; 4AG2 C; 1XOV A; 2EVR A; 2NWM A; 4Z8A A; 4R0K A; 1AZE A; 4RTX A; 1JEG A; 2CSQ A; 1WFW A; 1HJD A; 4RTW A; 2GGR A; 2CUB A; 2SRC A; 2JXB A; 1X27 A; 2DRK A; 1M3B A; 1H8K A; 1KIK A; 3RNJ A; 4GBQ A; 2H8H A; 1GCP A; 1YWO A; 4AFU C; 4DEX A; 2JMC A; 2CDT A; 1QKX A; 1BU1 A; 2ABL A; 4EIK A; 2YUP A; 2V1R A; 2LQW A; 4HVW A; 3REA B; 3EG3 A; 1GRI A; 2DL3 A; 2W10 A; 5HCK A; 2BZX A; 2YT6 A; 1ZBJ A; 3I5R A; 1S1N A; 4RTT A; 3VS4 A; 3VS1 A; 1M30 A; 1X6B A; 3NHN A; 4J9H A; 5L23 A; 2PNI A; 3H0I A; 1MV0 B; 2DX1 A; 2YUQ A; 1KFZ A; 2DF6 A; 1SHG A; 1A0N B; 1SPK A; 1NG2 A; 1WDX A; 1ZUK A; 4LUD A; 2CH4 A; 2CT3 A; 3TVT A; 1GL5 A; 2FG0 A; 1JQQ A; 2BZY A; 2DL4 A; 1U5S A; 2JM8 A; 2DE0 X; 2RF0 A; 1SRL A; 2DM1 A; 3M0Q A; 4AG1 C; 1GCQ A; 4F17 A; 5IHI A; 3SHW A; 5ECA A; 2O9V A; 4J9I A; 2KYM A; 2KYB A; 1X2Q A; 4GLM A; 3VS2 A; 1BK2 A; 1UDL A; 2GBQ A; 3VS0 A; 4D8D A; 1LCK A; 3UA6 A; 1JU5 C; 1T0J A; 4OMO A; 2F2W A; 4QT7 A; 2D8H A; 2EYY A; 2K2M A; 1TUC A; 1NYF A; 4LE9 A; 1M27 C; 2JM9 A; 1MUZ A; 1WXU A; 1WLP B; 1M3A A; 1WI7 A; 2D0N A; 2LMJ A; 2NUZ A; 1VYV A; 1JXM A; 1CKA A; 2LP5 A; 1RLP C; 2EPD A; 1OEB A; 2J6F A; 3I9Q A; 4J9E A; 4A63 B; 1WIE A; 1VA7 A; 3UA7 A; 1WXB A; 3EG0 A; 3IQL A; 4X1V A; 1UTI A; 4J9D A; 1ZX6 A; 2EQI A; 5IHK A; 1MV3 A; 1ZLM A; 1W1F A; 3UF4 A; 2L3S A; 1TG0 A; 2PZ1 A; 1E6G A; 3CQT A; 2VKN A; 4K11 A; 2DBM A; 3I5S A; 1QWF A; 1UGV A; 4JPB W; 2J06 A; 2KBT A; 2OJ2 A; 3TSW A; 4KRT A; 4CC2 A; 2ESW A; 2FPF A; 5EC7 A; 1I0C A; 2F2V A; 1AZG B; 2KRS A; 2HEQ A; 1ARK A; 1PRL C; 2DIL A; 1UJY A; 2JW4 A; 4CC4 B; 1OOT A; 2RQW A; 1VYU A; 1GFC A; 1SHF A; 3QWY A; 1FMK A; 5GJW B; 1AWJ A; 1CSK A; 2VVK A; 2AZV A; 1T3S A; 2KXC A; 2EGC A; 3I35 A; 1ABO A; 2MCN A; 2FO0 A; 1IO6 A; 2K7A A; 4J9F A; 1BB9 A; 4J9B A; 2O88 A; 2BTT A; 2F2X A; 2FPE A; 2LCS A; 2DRM A; 2KE9 A; 4RTZ A; 2HBW A; 2LX7 A; 1TUD A; 1RI9 A; 4Z88 A; 5GJV B; 3GBQ A; 5FWB A; 1Z9Q A; 4DEY A; 1K9A A; 1AWO A; 2EBP A; 2G6F X; 2YUO A; 1B07 A; 2ED0 A; 3EG1 A; 1AVZ C; 4Z89 A; 3M0R A; 1X43 A; 2RQR A; 5IHN A; 2EYX A; 2L3P A; 2DBK A; 2DL8 A; 4RTU A; 2X3X D; 4LUE A; 3VRY A; 4OML A; 4OMQ A; 1CKB A; 2CRE A; 2J7I A; 1GBQ A; 1OPL A; 2L0A A; 2YSQ A; 3ZL7 C; 2KEA A; 2DA9 A; 1ABQ A; 2EKH A; 1K1Z A; 3NPF A; 1WA7 A; 1UHC A; 4AFZ C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2GTJ A; 2W0Z A; 1M8M A; 5FRM A; 4MZT A; 3U23 A; 2XHC A; 1KQ2 A; 1NBE B; 1NEG A; 3CCL A; 3X24 B; 2EW3 A; 4C5H A; 2BZ8 A; 2NUT A; 3THK A; 4FSX A; 2JTE A; 1HD3 A; 3CD6 Q; 2AZS A; 2AK5 A; 4IIO A; 2QK0 A; 5FU7 C; 4ESR A; 2HL5 C; 2DD5 A; 1PHT A; 1I81 A; 5AYF A; 1VQ8 A; 2KGT A; 3S3O A; 5IXF A; 5IN1 A; 4MDW A; 4BUG A; 5FWC A; 3HFO A; 1K9M U; 3CCM A; 2M0O A; 1K8A R; 2PUO B; 4JZ4 A; 3OSV A; 4M4Z A; 1M3C A; 2RO0 A; 2C0O A; 3EFR A; 4M75 A; 3GNG A; 1G3T A; 1V76 A; 4KH0 B; 1BBZ A; 1VYT A; 1K0S A; 3CBP A; 1YCS B; 4M78 A; 3CCS T; 4A4F A; 4C0G A; 1U3O A; 2EWN A; 2DXT A; 1VQK T; 1D1B A; 3ME9 A; 2NYS A; 3NGP A; 3PMI A; 4Y92 A; 4C8Q F; 2BUD A; 5FW9 A; 1OQK A; 3HKS A; 2ZCF B; 2X35 A; 2KRO A; 1N6A A; 2YDL A; 3PVQ A; 2ZPH B; 1AD5 A; 3SWN A; 1IGU A; 1WHM A; 1HSQ A; 2E10 A; 2RQV A; 1FWZ A; 2PVO B; 4PJO B; 3QZ5 B; 4RTY A; 4HVU A; 4M77 B; 1PKS A; 5FRO A; 1BIB A; 1PD0 A; 2KXD A; 2QA4 Q; 1LNX A; 2DD4 A; 3INZ A; 2CP0 A; 2K9G A; 2DET A; 2HKN A; 4M7D E; 3QHS A; 3P8D A; 1LPL A; 1KC8 U; 1K76 A; 2OI3 A; 4QW2 A; 3EGD B; 4O6J A; 1SSH A; 3GF5 A; 5GAO l; 3G7Z A; 4E47 A; 2EJG A; 4M78 E; 4WTO B; 2F1L A; 3OB9 A; 1T0H A; 3G1J A; 2ZAE A; 4V2S A; 2A28 A; 4C5I A; 2KR3 A; 1JXO A; 2DO3 A; 3S3N A; 3A1P A; 4RCC A; 2HD0 A; 1QVP A; 4HT9 A; 2RNA A; 2NUT B; 1RAD B; 2RHX A; 2E64 A; 3KXT A; 3PTA A; 2ED1 A; 3G6E Q; 2DXB A; 3FB9 A; 3OYF A; 2V8I A; 3OYC A; 4E7H A; 2EYQ A; 4LDU A; 3QDR B; 4N4H A; 4J9G A; 2QEX Q; 3CC4 A; 2L5Q A; 2KK4 A; 1UB4 A; 2A08 A; 2PTK A; 4C5G A; 4JS5 A; 4FYX B; 1D1A A; 4BDY A; 2RPN A; 5J39 A; 2LZ6 B; 4ELY C; 1ZUU A; 2ZGW A; 3VJP A; 5LJ5 d; 1JJ2 A; 1N5Z A; 1WQW A; 3OMG A; 2J6O A; 4X9C A; 1ZUY A; 5IH2 A; 2R58 A; 3V7R A; 1E7O A; 1Z9Z A; 1QVF P; 1O75 A; 2V8K A; 4E7Z A; 1TH7 A; 2M51 A; 1Y96 A; 2DEU A; 3CCU A; 3OS0 A; 4M75 B; 4CRI A; 1ZA2 B; 2VYT A; 1UE9 A; 4IUV A; 1V1C A; 5J26 A; 3CXC A; 1VQ6 Q; 2MMP A; 2GQV A; 2PVD B; 3S6W A; 1VQL A; 5IXB A; 2KT1 A; 2DTH A; 2R57 A; 2D1X A; 2LC4 A; 3QPH A; 1NEB A; 3EG9 B; 1N8R U; 2OTJ Q; 2ENM A; 5DY9 A; 2M02 A; 3R6N A; 1YJ9 Q; 5CK9 A; 5DLO A; 3VUZ A; 4BY6 B; 2GTO A; 1X2K A; 1M2V A; 2CZ7 B; 1S72 A; 4N0A A; 4JJD A; 1T3L A; 3LYI A; 1VQ9 Q; 1X69 A; 2A37 A; 1SG5 A; 4FIB A; 4C92 A; 3OYJ A; 1RAE B; 2O31 A; 4J6W A; 1YCY A; 1YNZ A; 1YIT Q; 1RAC B; 4CC7 A; 4HXJ A; 4FU6 A; 3OY9 A; 4AG2 C; 2DER A; 1XOV A; 2P84 A; 1Y71 A; 5FU7 B; 2NWM A; 4Z8A A; 4JRP A; 4IUT A; 3UPU A; 5KYW A; 1YJN Q; 4RTW A; 3A8G B; 4LDW A; 2BIV A; 2CUB A; 4F7U E; 1D09 B; 3OYB A; 2RD1 A; 5GAN 4; 1H8K A; 1KIK A; 3RNJ A; 1Q7Y R; 1VQ5 T; 1K9M C; 3NTK A; 1VQP T; 3QII A; 5GAN f; 1MNE A; 5KYY A; 2CDT A; 1OX9 A; 1QKX A; 1VQN A; 1M1F A; 2YUP A; 2LQW A; 5GAM h; 4BE1 A; 3J80 E; 2W10 A; 1ZBJ A; 1D0X A; 1M30 A; 1HYO A; 3GP8 A; 1V29 B; 4YTL A; 5L23 A; 3JSC A; 3H0I A; 5I2M A; 2YUQ A; 3OYA A; 1TOV A; 3MHX A; 3CPW P; 1FMW A; 1YI2 A; 1MHN A; 2CS7 A; 2DF6 A; 4PJM A; 4X34 A; 3PNW C; 3MEV A; 1MND A; 4LUD A; 2QA4 A; 4IUR A; 4PJJ A; 2BE7 D; 2YRD A; 3HRS A; 4C8Q A; 1GL5 A; 1FXX A; 4L59 A; 3QSU A; 2BZY A; 3M59 A; 3DKM A; 2DE0 X; 2RF0 A; 1SRL A; 4A4H A; 5A0G A; 1Q82 U; 1TSF A; 2LX9 A; 4EMH A; 2HMA A; 2DXU A; 2FZK B; 3CCR T; 4GLM A; 1YJW T; 3JCM g; 2GBQ A; 1PSE A; 4A4E A; 1IB8 A; 4OMO A; 1ACM B; 2F2W A; 3X25 B; 2FL7 A; 4QT7 A; 1KC8 C; 4J83 A; 8ATC B; 4FT2 A; 1TUC A; 1K73 C; 1M27 C; 3EH2 A; 3MET A; 2JM9 A; 3WVD B; 3CMA A; 3CEY A; 5GMK j; 1M4Z A; 1M2V B; 2NUZ A; 2QEX A; 1JXM A; 3OS1 A; 2LP5 A; 2E6Z A; 2EPD A; 3I9Q A; 4J9E A; 1WIE A; 5GAM e; 1X75 C; 4KGZ B; 4X1V A; 4C92 B; 4NOY A; 3GOX A; 5HK3 A; 1ZX6 A; 2RB6 A; 1OZ2 A; 5C0M A; 2M1H A; 2JN0 A; 2O4X B; 4QQG A; 5GAO m; 4HCZ A; 1M90 U; 5A0L A; 2L3S A; 2V8J A; 3G4S T; 1KK7 A; 1YIJ T; 5I2S A; 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1SSF A; 2RMO A; 1GBR A; 3EHQ A; 3NTH A; 5LJ5 j; 3LH0 A; 4B6M A; 3GIB A; 4WCI A; 4MDX A; 4LDX A; 1YHQ Q; 3CCV A; 1AT1 B; 3J81 E; 2NUP A; 3TU4 K; 5CKD A; 3M55 A; 2DYB A; 2E65 A; 4NL2 A; 4BI8 B; 2M9U A; 2ATC B; 1BI3 A; 3CPW A; 4PJO C; 1RAH B; 2HNI A; 4M75 G; 4FYW B; 1UEC A; 3Q1J A; 4D8K A; 1UFF A; 3CCE T; 1EFN A; 4RG2 A; 5J3B A; 1D0Z A; 1B34 B; 4HCB A; 1UJ0 A; 2KDS A; 2FVU A; 1VQ7 Q; 2BE9 B; 3FC3 A; 3QXE B; 4F14 A; 4TVR A; 1PG5 B; 5IT9 E; 2LDM A; 3JCM P; 2DMO A; 4ZTF A; 1Q82 C; 4M78 D; 4HT8 A; 3LLR A; 3H0H A; 2DL5 A; 4PK4 A; 1VIF A; 2KRM A; 1WXT A; 1KHI A; 3MO8 A; 3QBY A; 5LJ3 g; 2I0N A; 1WPY A; 3JCM h; 1W6X A; 3PE0 A; 3P8B B; 2MWO A; 3QJY A; 3L2V A; 5GAN 8; 2O9S A; 3L2U A; 1KSW A; 3QWX X; 3X26 B; 1RAA B; 3RER A; 2CUD A; 2FEI A; 4J7F A; 1UEB A; 1QW1 A; 1TWB A; 2XMF A; 3OW2 P; 2P4R A; 1E6H A; 4OGE A; 1X6G A; 2C0I A; 5GAN 2; 2PVG B; 2MF2 A; 3DB3 A; 1QKW A; 2HCK A; 2RN8 A; 3PMT A; 5D7U A; 4IUP A; 2X4Y A; 3CC4 Q; 1QVG A; 4E7K A; 2ROT A; 1K0X A; 4M78 C; 1M5Q 1; 4FSS A; 3KFV A; 4NS5 A; 2X51 A; 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