The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
55
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structure length |
55
|
Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain at pH 9
rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Gallus gallus
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| total genus |
11
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| structure length |
55
|
| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IXB A; 3SHW A; 4LN2 A; 2HBW A; 1T3L A; 2LJ0 A; 4A63 B; 4E6R A; 1SSH A; 1WXT A; 3LH5 A; 1HSQ A; 2LJ1 A; 1K1Z A; 2LNH B; 5GJV B; 3C0C A; 1GFD A; 2RQW A; 1X69 A; 3UF4 A; 1WXU A; 2SRC A; 1ZUU A; 3EG2 A; 3ZL7 C; 2DL3 A; 1OPL A; 1BU1 A; 1MV3 A; 2JS2 A; 1BK2 A; 4RTZ A; 1U3O A; 1NLO C; 2F2X A; 1GCQ C; 1PNJ A; 2KT1 A; 3EG0 A; 2H8H A; 2AK5 A; 2BZ8 A; 4J9E A; 1CSK A; 2K7A A; 2OAW A; 1T3S A; 5IHN A; 1UGV A; 1PKT A; 2GTJ A; 2KBT A; 2SEM A; 2YDL A; 2AZV A; 1WIE A; 1HJD A; 2RN8 A; 1UJ0 A; 2KR3 A; 1B07 A; 1X6G A; 1K76 A; 1SHF A; 2LQW A; 2M51 A; 3VRY A; 1GCQ A; 1H92 A; 1YN8 A; 5I11 A; 1Z9Q A; 4JZ3 A; 4KRT A; 2MIO A; 4LE9 A; 1AZE A; 2O2O A; 2CDT A; 4OMP A; 2CH4 A; 4J9C A; 2MOX A; 1YNZ A; 2K6D A; 1QKX A; 2J05 A; 4J9D A; 2LCS A; 2DL4 A; 2ROL A; 1UUE A; 1ZUY A; 2C0O A; 2JM8 A; 2A08 A; 2AKK A; 2F2W A; 5L23 A; 1ZBJ A; 4LUE A; 1XOV A; 2DL7 A; 2P4R A; 2JT4 A; 3NPF A; 4GLM A; 2HDA A; 3VS1 A; 1OPK A; 1N5Z A; 2CUD A; 1U06 A; 2CRE A; 3M0U A; 4IIO A; 2DMO A; 3REB B; 4Z89 A; 3I9Q A; 1J3T A; 1AWO A; 2GTO A; 2BZX A; 4HXJ A; 2A36 A; 2D8H A; 1K0S A; 1GBR A; 1MUZ A; 1T0H A; 2L3Q A; 1X2K A; 1UJY A; 5ECA A; 1H8K A; 2RQR A; 2EYZ A; 2NUZ A; 5FWB A; 2RNA A; 4JJB A; 3I35 A; 2A28 A; 2ECZ A; 4AFQ C; 4AG1 C; 2ROT A; 4DEY A; 1VYV A; 3RNJ A; 1UHC A; 5FWC A; 4CC7 A; 4AFZ C; 1IO6 A; 3I5S A; 2YSQ A; 2YUP A; 3SEM A; 3CQT A; 3THK A; 1BBZ A; 2GQI A; 4FSS A; 2LX7 A; 4OMQ A; 2YUQ A; 2RMO A; 2I0N A; 2LJ3 A; 2EGA A; 1FYN A; 1HD3 A; 2GNC A; 4M4Z A; 5I22 A; 2J6K A; 2BTT A; 4F16 A; 1TG0 A; 4AFS C; 3EHQ A; 1NG2 A; 1YCS B; 2D8J A; 4J9H A; 1AOJ A; 2RPN A; 4CC2 A; 2LQN A; 1NYF A; 3UAT A; 2KEA A; 1KFZ A; 1AWX A; 5IH2 A; 1X27 A; 1PHT A; 1V1C A; 2X3W D; 1GL5 A; 2JMA A; 4RTX A; 2AZS A; 1ABO A; 2NWM A; 1NYG A; 1NEB A; 2X3X D; 4RTW A; 2EGE A; 4WCI A; 5FW9 A; 1YWP A; 3EGU A; 3O5Z A; 1UHF A; 2K2M A; 1JO8 A; 2DX1 A; 2D1X A; 2DRM A; 4Y92 A; 1QKW A; 1SRM A; 3H0I A; 2XMF A; 1OOT A; 2EYW A; 2KRS A; 1Z9Z A; 1UFF A; 2MCN A; 2LZ6 B; 1W70 A; 2KXD A; 4Z88 A; 1Y0M A; 1X6B A; 1QWE A; 4F14 A; 1ZLM A; 1PRL C; 2FPE A; 3UA7 A; 1WDX A; 1K0X A; 1AD5 A; 4RTU A; 4JJC A; 4Z8A A; 2OI3 A; 1I07 A; 4K11 A; 1FMK A; 1RUW A; 2KNB B; 2KRN A; 1RLP C; 2K9G A; 2VVK A; 1M30 A; 3REA B; 2DNU A; 1M3B A; 4RTV A; 3NMZ C; 1CKB A; 2D0N A; 3TVT A; 2A37 A; 3M0T A; 2FRY A; 1A0N B; 2KGT A; 2LP5 A; 4J9G A; 2VKN A; 2EYY A; 3VS2 A; 3R6N A; 4JPB W; 3TSW A; 2EQI A; 1CKA A; 1WLP B; 1U5S A; 2HEQ A; 1VA7 A; 4OML A; 3NHN A; 1PKS A; 1QWF A; 1UG1 A; 2FEI A; 4AFU C; 4OMN A; 1VYU A; 4JJD A; 2IIM A; 2PTK A; 1YWO A; 1WA7 A; 2PZ1 A; 3VS3 A; 1RLQ C; 4LNP A; 1OEB A; 2V1R A; 1G83 A; 2DF6 A; 1QCF A; 2DVJ A; 2KXC A; 2DE0 X; 2KT8 A; 2VWF A; 2KYM A; 4ORZ A; 1ZX6 A; 1M27 C; 2JTE A; 3RBB B; 2QDL A; 1OV3 A; 4HCK A; 4CC3 A; 2EKH A; 1VYT A; 3VS6 A; 2DJQ A; 2RF0 A; 1M8M A; 1LCK A; 2RQV A; 1BB9 A; 1AVZ C; 2JM9 A; 4AG2 C; 1WYX A; 1MV0 B; 4J9I A; 1M3C A; 3A98 A; 4QT7 A; 4F17 A; 1PWT A; 4J9B A; 5IXF A; 3I5R A; 2CH4 W; 2ENM A; 1K9A A; 5IHI A; 2O31 A; 5EC7 A; 2PNI A; 2EVR A; 2DBK A; 2J6F A; 1GRI A; 2FG0 A; 2FPD A; 1JQQ A; 1H3H A; 1UTI A; 1EFN A; 2DBM A; 3JV3 A; 1SPK A; 4OMO A; 1WI7 A; 2K79 A; 4HVW A; 3VS7 A; 4RTT A; 4HVV A; 2FPF A; 2YT6 A; 1SHG A; 1K4U S; 1SRL A; 1WX6 A; 2DL5 A; 4EIK A; 2HSP A; 2CT4 A; 2L3S A; 3H0H A; 3PE0 A; 1G2B A; 1KSW A; 1AZG B; 2YUO A; 3H0F A; 3VRZ A; 2E5K A; 4IIM A; 3QWY A; 1NM7 A; 2JMC A; 4RTY A; 1QLY A; 2DM1 A; 2W0Z A; 3KFV A; 2GGR A; 2BZY A; 2EW3 A; 2CSI A; 2CT3 A; 2JS0 A; 3FJ5 A; 1AWJ A; 1TUD A; 1S1N A; 2KRM A; 3M0P A; 4ESR A; 2EYX A; 2O9S A; 2O88 A; 2KE9 A; 2GBQ A; 3H41 A; 2EGC A; 2DRK A; 3M0S A; 1NLP C; 3PVL A; 3VS0 A; 1GFC A; 3NGP A; 1PRM C; 2ABL A; 2HCK A; 2DLP A; 2RQT A; 2F2V A; 1E7O A; 1ABQ A; 2G6F X; 2CSQ A; 1X2Q A; 1ZUK A; 1UDL A; 3GBQ A; 1JXM A; 1JU5 C; 5HCK A; 1NEG A; 2DIL A; 2EPD A; 2J6O A; 1W1F A; 2EBP A; 2J7I A; 2O9V A; 3PVQ A; 3EG1 A; 1ZSG A; 1TUC A; 4DEX A; 5IHK A; 1AWW A; 2CUB A; 1YP5 A; 1ARK A; 2KRO A; 2M0Y A; 3M0Q A; 2AKL A; 2JW4 A; 3EG3 A; 3QWX X; 4CC4 B; 2DL8 A; 1UE9 A; 1X43 A; 1KJW A; 2ED1 A; 2FO0 A; 4OMM A; 3VS4 A; 1E6H A; 2DA9 A; 1WXB A; 1JEG A; 4R0K A; 4HVU A; 2L3P A; 2OJ2 A; 4ZNX A; 2L2P A; 1SEM A; 4D8D A; 3TSZ A; 3U23 A; 1I0C A; 1GBQ A; 5GJW B; 1KIK A; 2V1Q A; 4J9F A; 1AEY A; 1I1J A; 2ED0 A; 3UA6 A; 1B3Q A; 4JZ4 A; 2K3B A; 1M3A A; 2RQU A; 1GCP A; 2C0I A; 1JXO A; 2J06 A; 1UEC A; 1WFW A; 3IQL A; 2FRW A; 2C0T A; 4D8K A; 3EHR A; 1W6X A; 1RI9 A; 4RUG A; 3VS5 A; 2B86 A; 2L0A A; 2YUN A; 4X1V A; 2KYB A; 4GBQ A; 2W10 A; 3M0R A; 2ESW A; 3ULR B; 4LUD A; 1E6G A; 2JXB A; 2LMJ A; 1T0J A; 2DYB A; 1Y57 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MGQ A; 5IXB A; 1QVP A; 4OB3 B; 2LJ0 A; 4E6R A; 3A8O B; 3LH5 A; 4C0D B; 1K1Z A; 1QP2 A; 4M77 A; 1N9R A; 2RM4 A; 1QVF A; 1X69 A; 4HCC A; 1ZUU A; 2LRQ A; 1YI2 A; 3LYI A; 3CCV Q; 4PFZ A; 2JJ9 A; 1U3O A; 1HK9 A; 1NLO C; 1YJW Q; 1NPP A; 2ZZD A; 1JJ2 A; 2H8H A; 2AK5 A; 3PFS A; 3JB9 J; 4J9E A; 1RAA B; 1N8R R; 3OBW A; 5CIU A; 1M1G A; 3QDR B; 2KBT A; 2QQS A; 2YDL A; 3L2Q A; 4HT8 A; 1VIE A; 1HJD A; 1K76 A; 4NOY A; 1BYM A; 3X20 B; 1SHF A; 2LQW A; 3VRY A; 3I55 Q; 1BI3 A; 4E7S A; 5I11 A; 2HQH A; 3JCM h; 1TTH B; 3CBP A; 5KCO A; 2DEU A; 3TEE A; 3UWN A; 2MOX A; 1YNZ A; 3OYB A; 2EJF A; 3JB9 F; 4J9D A; 1M2V A; 2DL4 A; 1ZUY A; 3JB9 I; 1S72 T; 2C0O A; 3HHT B; 1VQ4 A; 2RD1 A; 4DBR A; 1N5Z A; 2QEX Q; 2CUD A; 1WGS A; 1TSF A; 7AT1 B; 3JCM W; 3G4S A; 1UEB A; 2D8H A; 2E5Q A; 3OS0 A; 2CP7 A; 2VUB A; 5GMK l; 1IHV A; 3E2U A; 1X2K A; 4E47 A; 2RQR A; 3QUI A; 2EYZ A; 1D0Y A; 2CP6 A; 2NUZ A; 1UB4 A; 2RNA A; 4AG1 C; 3RES A; 4PJO F; 4KGV B; 5FWC A; 4CC7 A; 3RMQ A; 2YSQ A; 4X9C A; 1BBZ A; 3G71 A; 1JB0 E; 4PJN A; 1M1K C; 2A7Y A; 3RKW A; 2RHY A; 3HRT A; 1VQP A; 3X25 B; 4XTZ A; 3SWN B; 3BY7 A; 2I0N A; 1VQ7 T; 4BY6 B; 4Z02 A; 4V2S A; 3M5A A; 4KUL A; 4AFS C; 3CCJ Q; 2K5L A; 1N8R C; 3X26 B; 1AOJ A; 3HFO A; 1FMV A; 3HRU A; 4CC2 A; 3G7Z A; 2NUT A; 3GOX A; 3A8H B; 1KFZ A; 1WPY A; 2E65 A; 2XID A; 2V26 A; 4RTX A; 2Y4X A; 3E9F A; 2NWM A; 1YI2 T; 3I56 Q; 3G6E Q; 3CCQ A; 4WCI A; 1MNE A; 4EMG A; 5FU7 C; 3CCE Q; 3G6E T; 3L2V A; 2K2M A; 1JO8 A; 3CCR Q; 2DX1 A; 3NTH A; 3VUB A; 1XQH A; 2DRM A; 1RAF B; 2EIF A; 2MYS A; 1KHC A; 3CCU Q; 3OW2 P; 1VOM A; 1UFF A; 2LZ6 B; 1W70 A; 1Y96 B; 2KXD A; 1QWE A; 2HL5 C; 4FT2 A; 3SDZ A; 4QVC A; 2FPE A; 1FXX A; 5C0M A; 1D1A A; 4BDZ A; 3HSB A; 1K0X A; 1AD5 A; 3M55 A; 4VUB A; 4IUT A; 2KRN A; 2JN0 A; 1RLP C; 4N4G A; 2FZK B; 2VVK A; 2KY9 A; 1M30 A; 2HAX A; 1I5O B; 1AT1 B; 2IG0 A; 4II1 A; 1CKB A; 2K57 A; 1VQ4 T; 2A37 A; 2ZGW A; 5CKF A; 3OYN A; 2DAQ A; 1Q86 R; 2VV5 A; 3QSU A; 2EYY A; 3TSW A; 3OYF A; 2EQI A; 4M75 B; 1WLP B; 4LDX A; 2DJZ A; 3NHN A; 2FEI A; 4FT4 A; 4AFU C; 4OMN A; 4C5H A; 3RR6 A; 2RA2 A; 4JJD A; 2EQJ A; 2IIM A; 1WA7 A; 2VB6 A; 4BE1 A; 5GAO m; 1OI1 A; 3L42 A; 1RLQ C; 1ZSZ C; 4KH1 B; 2VWF A; 4ORZ A; 1ZX6 A; 2JTE A; 2X4J A; 3CMA A; 5CQX A; 4HCK A; 4LDV A; 2L3R A; 2E6Z A; 2RF0 A; 4FL6 A; 2LCC A; 2RQV A; 3LWH A; 1ZSZ A; 1BB9 A; 2JM9 A; 1VQP T; 2CGH A; 2CP3 A; 4BI3 A; 4J9I A; 1XNI A; 4QT7 A; 5IXF A; 2ENM A; 1YJN A; 1G8X A; 2RK1 A; 1WZO A; 3QZ9 B; 2DBK A; 5GAM g; 2E10 A; 2FG0 A; 1UGQ B; 1BI2 A; 1XTD A; 1JQQ A; 1H3H A; 2VXE A; 3SWN A; 2IPO B; 1SPK A; 1WI7 A; 4HVW A; 3VS7 A; 2K2V A; 4XU3 A; 1K4U S; 1SRL A; 2R57 A; 4EMK C; 2DL5 A; 2L3S A; 1YJ9 A; 2DXB A; 1UGS B; 1YBY A; 3OY9 A; 4C92 D; 2YUO A; 5KYX B; 1OYX A; 1VQ5 Q; 5GAN 5; 4JRP A; 2JMC A; 4JRQ A; 3ASK A; 1QLY A; 2KI7 A; 5A0D A; 2DM1 A; 3JCM b; 3KFV A; 2CSI A; 3E19 A; 3EFO B; 4EMK A; 1TUD A; 1YIT Q; 3TQ7 P; 3PNW C; 1KG1 A; 2DZ9 A; 3PMT A; 1Q86 C; 1Q7Y U; 2OTL A; 2QGF B; 3VS0 A; 1R0C B; 3DB4 A; 4NL2 A; 1PRM C; 2HCK A; 1TXQ A; 2DZC A; 1Y96 A; 4IUV A; 4PJM A; 2C06 A; 3OW2 S; 3JB9 G; 4C8Q F; 2DVE A; 4NL3 A; 3PMI A; 3CME T; 1JU5 C; 2XD0 A; 2FVU A; 1NEG A; 2DIL A; 1W1F A; 2NUP A; 3EG1 A; 4A4H A; 3EGX A; 1K73 U; 2M0Y A; 1OZ2 A; 2AKL A; 3MHX A; 4IUR A; 2QQ9 A; 3FDR A; 5KYY B; 2RHU A; 4XAX B; 2FO0 A; 2MWP A; 4IKF A; 1WXB A; 2COW A; 1K9M U; 1KC8 R; 5FU6 B; 4Y28 E; 4PJO G; 4ZNX A; 5DLQ E; 3TSZ A; 4JS5 A; 2EKO A; 1KIK A; 1VQK A; 3CMA T; 2X51 A; 1Q82 U; 1M1F A; 3CC4 Q; 5LJ3 f; 1EZZ B; 3CCS Q; 4JZ4 A; 2B8A A; 2H3E B; 1M3A A; 2JVV A; 1PSE A; 4C92 C; 2DIG A; 1N27 A; 1KQ1 A; 2JZ2 A; 4BE2 A; 2C0T A; 4PL6 A; 3CCM A; 3EHR A; 2R5M A; 3CBM A; 4RUG A; 1I4K 1; 3VS5 A; 1GXI E; 1YIJ Q; 2B86 A; 1LVK A; 2YUN A; 4C92 E; 4FCY A; 2FHD A; 4M7A D; 4LUD A; 2QG9 B; 3OYY A; 1E6G A; 5GMK i; 4PKC C; 4C92 A; 3ZBD A; 4F04 B; 3JCM g; 2BE9 B; 2A0F B; 1KD1 R; 3V8K A; 3J80 E; 2HBW A; 1T3L A; 5KYU A; 1H64 1; 1SSH A; 4MDX A; 1M90 R; 4J6X A; 5GMK m; 4JRI A; 3ZEH A; 2RO0 A; 2EQU A; 5GJV B; 1GFD A; 2RQW A; 3OYD A; 4PLL A; 4E7H A; 3BDL A; 1PC0 A; 2LTO A; 3CCV A; 3AHU A; 4M77 F; 4LDU A; 1YJW A; 2VXF A; 5EG2 A; 4OMF B; 5I2S A; 2QI2 A; 1IRE B; 4OGC A; 3AT1 B; 4JS4 A; 2K7A A; 3OS2 A; 1TH7 A; 1T3S A; 5KCH A; 4LDW A; 5IHN A; 5A0G A; 1UGV A; 2GTJ A; 4N0A A; 2SEM A; 2JTF A; 1WIE A; 4LDY A; 2KR3 A; 1B07 A; 1X6G A; 5KYX A; 2OTL T; 4C0Z A; 1H92 A; 1YN8 A; 2E3H A; 3LH0 A; 2DKG A; 4KH0 B; 1QVG S; 3KXT A; 3GIB A; 1NZ9 A; 2O2O A; 1KC8 C; 3MP8 A; 4DA4 A; 4HT9 A; 4C5G A; 3CPW P; 4UC4 A; 2K6D A; 3CXC S; 3MEW A; 1SG5 A; 2J05 A; 1UUE A; 4M7A C; 3OQ5 A; 2RI5 A; 2A08 A; 2F2W A; 3M58 A; 5LL6 S; 1ZBJ A; 2DL7 A; 3NPF A; 3VS1 A; 1U1S A; 2QEX A; 1U06 A; 1PSF A; 1J3T A; 4XK8 E; 2GTO A; 2BZX A; 4M7D B; 4HXJ A; 3P8B B; 4M7A E; 4BI8 B; 2JUF A; 3VKI A; 1VQN T; 1K0S A; 2F5T X; 3LGL A; 1VQ8 Q; 1RAC B; 5ECA A; 1UJY A; 1QVF S; 3KBG A; 1Q81 R; 4M7A A; 1K8A R; 2Y90 A; 1VQK T; 2LDM A; 4J6Y A; 1YHQ Q; 4PNO A; 4F7U B; 5KYY A; 4JJB A; 1KD1 C; 2A28 A; 2ECZ A; 4AFQ C; 1X75 C; 1OX8 A; 1MMA A; 1IRX A; 4LD9 K; 4QW2 A; 1I81 A; 4C0G A; 2DPP B; 2GQI A; 1WHH A; 2LX7 A; 2YUQ A; 5GAN f; 3OYL A; 4DBH A; 4M77 C; 3M56 A; 1VQ9 Q; 2EFI A; 3MCA B; 1VQ7 A; 3QYG B; 2E4H A; 4PLI A; 2EGA A; 3CD6 Q; 2CZ6 B; 2BTT A; 2V8J A; 1W2B A; 3OS1 A; 3RIR A; 4M7D D; 4M77 E; 1ZHI A; 2V8I A; 4C0F A; 4J9H A; 1BI0 A; 4EPC A; 1B34 B; 4MZP A; 2M9U A; 2KEA A; 2L5Q A; 2FL7 A; 2CZ7 B; 1M1K R; 2X3W D; 3LW5 E; 2PVG B; 2AZS A; 4E7K A; 3PT9 A; 3VV0 A; 2X3X D; 4M78 B; 3CCV T; 3G6E A; 2EGE A; 5FW9 A; 5GAO q; 5C6S A; 3EGU A; 3CC7 Q; 3O5Z A; 1UHF A; 3QG1 A; 1YJW T; 3RMS A; 3RDV A; 3P8D A; 3LLR A; 2K5F A; 3QXE B; 3FJP A; 4Y92 A; 3GNF B; 2XMF A; 5GAN 8; 1OOT A; 1NJI R; 3CCU A; 2EYW A; 2KRS A; 5CO7 A; 1Y0M A; 1X6B A; 4F14 A; 3MET A; 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