The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
LTYGVALYRFQALEPNELDFEVGDKIRILATLEDGWLEGSLKGRTGIFPYRFVKLCPA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the SH3 Domain of DNMBP protein [Homo sapiens]
rcsb |
| molecule keywords |
Dynamin-binding protein
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
11
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BU1 A; 2EYX A; 1RLQ C; 4RUG A; 4OMQ A; 1PRM C; 2O9V A; 1WYX A; 2AZV A; 2RPN A; 3M0P A; 2YDL A; 1ABQ A; 1WXT A; 2A28 A; 2HCK A; 1N5Z A; 2KRN A; 2F2W A; 1I07 A; 2CSI A; 2JM9 A; 4J9E A; 1JQQ A; 3NPF A; 2DL3 A; 1AWJ A; 1YWP A; 2C0I A; 2JMC A; 3VS7 A; 3VS1 A; 1PKS A; 2K6D A; 3KFV A; 2RN8 A; 4JPB W; 1QCF A; 1Y57 A; 2OJ2 A; 1NM7 A; 2L3S A; 4AG2 C; 1T3L A; 1CKA A; 1AWW A; 1EFN A; 1M30 A; 2XMF A; 3PVL A; 2DBK A; 1YNZ A; 1YWO A; 2ABL A; 1GFC A; 2CT4 A; 1FMK A; 2O9S A; 1GBQ A; 2RNA A; 4RTV A; 1E6G A; 4D8D A; 4J9D A; 2LQN A; 2P4R A; 2BZY A; 2DA9 A; 4X1V A; 2DL8 A; 4LNP A; 3VRZ A; 1BK2 A; 2M51 A; 3VRY A; 1NLP C; 2GTJ A; 2DL5 A; 2MIO A; 5IHI A; 4RTX A; 3H0F A; 1JEG A; 3THK A; 4AG1 C; 2M0Y A; 1AEY A; 4M4Z A; 2JMA A; 4RTY A; 1QWF A; 2YSQ A; 1TUC A; 2KEA A; 2YUN A; 4E6R A; 2KBT A; 1QKX A; 2DE0 X; 2LJ1 A; 2GNC A; 1M3B A; 2RQW A; 2DLP A; 2L0A A; 4AFQ C; 2FRW A; 5HCK A; 4J9G A; 4Z89 A; 4LE9 A; 3EG0 A; 4FSS A; 2ECZ A; 2DX1 A; 2RF0 A; 1SRL A; 3GBQ A; 2DMO A; 1AD5 A; 3UA6 A; 3RBB B; 2VVK A; 2VWF A; 3M0T A; 3PE0 A; 1B3Q A; 2J06 A; 1QKW A; 1VA7 A; 1OV3 A; 1ZUK A; 4J9I A; 3M0U A; 2EGC A; 2K7A A; 1K0X A; 2ESW A; 2PZ1 A; 2MOX A; 1TG0 A; 1U3O A; 2YUQ A; 3EG1 A; 3REB B; 2J6F A; 2CDT A; 4Z88 A; 3LH5 A; 1NEG A; 1Y0M A; 3UAT A; 5I22 A; 4ZNX A; 2BZX A; 3U23 A; 1WXB A; 3H41 A; 4AFS C; 1B07 A; 2YUO A; 4J9C A; 1KFZ A; 2L2P A; 4J9B A; 2CRE A; 2HBW A; 1W1F A; 4OMO A; 2LP5 A; 2ENM A; 1KSW A; 3TVT A; 5FWC A; 1T0H A; 4CC4 B; 1NYF A; 2ED1 A; 4WCI A; 1PNJ A; 2J6O A; 1X27 A; 1RLP C; 2KRS A; 4IIM A; 1VYV A; 1NG2 A; 1UJ0 A; 2EYW A; 2KXC A; 2HEQ A; 4RTW A; 2LZ6 B; 4LUD A; 1UDL A; 5L23 A; 1UHF A; 2EVR A; 4HCK A; 2MCN A; 1YN8 A; 4QT7 A; 2EGA A; 1PKT A; 4KRT A; 4F16 A; 2DNU A; 5IH2 A; 1H92 A; 2PTK A; 2DM1 A; 3I5R A; 1GCQ A; 2EKH A; 2DRM A; 3TSZ A; 4D8K A; 1ZUY A; 1GL5 A; 1UUE A; 1I0C A; 2YUP A; 3IQL A; 1WFW A; 1A0N B; 2CT3 A; 2V1Q A; 2J05 A; 1ARK A; 2ROL A; 1AOJ A; 4HVW A; 1UGV A; 2J7I A; 1WLP B; 4RTU A; 3SEM A; 1JU5 C; 1SHF A; 1MV3 A; 2OI3 A; 2KT1 A; 4JJD A; 2PNI A; 3EG2 A; 2SRC A; 2D8H A; 2IIM A; 1UTI A; 2K3B A; 1ZBJ A; 2DVJ A; 1H3H A; 2RMO A; 2E5K A; 2KXD A; 4JJC A; 2A37 A; 3A98 A; 2H8H A; 1RI9 A; 1NEB A; 5FW9 A; 2FPE A; 1M27 C; 5IXF A; 3M0Q A; 2FPF A; 3NGP A; 3UA7 A; 3I5S A; 1ZLM A; 4EIK A; 1VYT A; 2RQU A; 2VKN A; 2HDA A; 2CUB A; 4DEX A; 1ZX6 A; 2EYZ A; 2DBM A; 4OMM A; 2LCS A; 2EQI A; 2X3X D; 3ULR B; 3QWX X; 2DL7 A; 2LJ3 A; 1HD3 A; 1T3S A; 4LUE A; 4AFZ C; 2CSQ A; 2GBQ A; 2O88 A; 4HVU A; 2LJ0 A; 1AWX A; 3FJ5 A; 2JS2 A; 1OPL A; 2AK5 A; 1UE9 A; 2KT8 A; 2LX7 A; 1IO6 A; 1V1C A; 1OEB A; 4R0K A; 2KRM A; 1JXM A; 3VS4 A; 2D8J A; 3REA B; 1WXU A; 1MUZ A; 4DEY A; 2DIL A; 1AZG B; 1M8M A; 2NUZ A; 2EYY A; 2O31 A; 1M3A A; 1KJW A; 3EHR A; 4OMN A; 2AZS A; 1JO8 A; 3O5Z A; 1UHC A; 2KGT A; 4GLM A; 5EC7 A; 3EGU A; 2ED0 A; 1K1Z A; 1PRL C; 2RQR A; 2QDL A; 2ROT A; 5IXB A; 1OPK A; 1BBZ A; 1CKB A; 1H8K A; 1SEM A; 1ABO A; 1QLY A; 4K11 A; 1AVZ C; 1UJY A; 4RTT A; 4JZ3 A; 2JXB A; 2LNH B; 1QWE A; 2F2V A; 2K9G A; 1WIE A; 2YT6 A; 3VS6 A; 2BZ8 A; 2GQI A; 4RTZ A; 1K76 A; 2FRY A; 3RNJ A; 4JJB A; 3VS0 A; 2JS0 A; 2C0O A; 3EG3 A; 3CQT A; 4CC7 A; 2RQV A; 2JT4 A; 3UF4 A; 4JZ4 A; 1LCK A; 3I35 A; 1U5S A; 4A63 B; 3TSW A; 1CSK A; 1RUW A; 2JM8 A; 2JTE A; 2JW4 A; 3PVQ A; 3C0C A; 1MV0 B; 2RQT A; 1S1N A; 2GGR A; 4HVV A; 4F17 A; 1GRI A; 1HSQ A; 2G6F X; 3JV3 A; 1OOT A; 2L3P A; 5I11 A; 1X2K A; 1K9A A; 1G83 A; 2FEI A; 1K0S A; 2CH4 W; 1WDX A; 1UEC A; 2W0Z A; 2KE9 A; 1BB9 A; 3SHW A; 2KR3 A; 2A36 A; 1J3T A; 1UFF A; 4Y92 A; 1KIK A; 1I1J A; 2GTO A; 2KNB B; 3R6N A; 2KYB A; 3ZL7 C; 2DYB A; 2EPD A; 1YCS B; 1G2B A; 4J9H A; 4ESR A; 4ORZ A; 1HJD A; 4HXJ A; 2L3Q A; 2DJQ A; 1WX6 A; 1U06 A; 5FWB A; 3VS2 A; 4F14 A; 1E7O A; 3M0R A; 1ZSG A; 4IIO A; 1SSH A; 2EW3 A; 1VYU A; 1SHG A; 2DRK A; 4CC2 A; 5IHN A; 3QWY A; 1SRM A; 2HSP A; 1K4U S; 2C0T A; 1GFD A; 1NLO C; 1AZE A; 1GCP A; 1UG1 A; 1W70 A; 4OMP A; 1PHT A; 4GBQ A; 3M0S A; 1YP5 A; 1NYG A; 4J9F A; 2FPD A; 1ZUU A; 2K79 A; 2X3W D; 4AFU C; 2D0N A; 5IHK A; 1GCQ C; 2V1R A; 3NHN A; 2F2X A; 2EBP A; 2AKL A; 1Z9Z A; 1X69 A; 2K2M A; 4OML A; 2KYM A; 2NWM A; 1X43 A; 1Z9Q A; 3EHQ A; 3H0I A; 1AWO A; 2SEM A; 1W6X A; 1SPK A; 3H0H A; 3VS5 A; 3VS3 A; 5ECA A; 2OAW A; 5GJW B; 2LQW A; 1WI7 A; 1JXO A; 2B86 A; 1X2Q A; 2DL4 A; 1M3C A; 1PWT A; 4CC3 A; 1GBR A; 2A08 A; 1E6H A; 2FG0 A; 2I0N A; 2BTT A; 4LN2 A; 1XOV A; 1FYN A; 1X6G A; 4Z8A A; 3I9Q A; 2D1X A; 1TUD A; 1T0J A; 2LMJ A; 2KRO A; 2O2O A; 2EGE A; 2DF6 A; 3NMZ C; 2W10 A; 2CH4 A; 1WA7 A; 2AKK A; 2FO0 A; 5GJV B; 1X6B A; 2CUD A; 2J6K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QVG A; 4XTZ A; 1MMD A; 2LX9 A; 3CCQ Q; 4AT1 B; 1M9S A; 3CCQ T; 2O9V A; 1M5Q 1; 1M90 U; 2AZV A; 2RPN A; 1B34 B; 4ME7 A; 2F5T X; 1KQS A; 4R55 A; 1WGS A; 2HCK A; 4PKC C; 4JS4 A; 1RL2 A; 4J7I A; 3CME T; 3JB9 H; 1RAG B; 4FT2 A; 1YWP A; 4IUQ A; 3X28 B; 2EQJ A; 2OJ2 A; 1NM7 A; 2L3S A; 3I55 A; 1T3L A; 2I2L A; 4C8Q B; 1Y71 A; 3EG9 A; 1CKA A; 4E2F B; 1AWW A; 2IPO B; 4A4G A; 4C0F A; 3L2W A; 4EMG A; 2KVQ G; 1Q86 U; 3G71 A; 4QQD A; 3S6W A; 1EX4 A; 4LNP A; 4BY6 C; 3OS1 A; 2M51 A; 2HSE B; 5DLO A; 3VRY A; 1NLP C; 1YIT T; 2DL5 A; 2MIO A; 1S72 Q; 3QO3 A; 3EH2 A; 2DD4 A; 2QA4 Q; 1VQN A; 2QA4 T; 4XTY A; 2YUN A; 1LPL A; 1FX7 A; 3GP8 A; 4ZTF A; 2GNC A; 3KUF A; 2K57 A; 4E7S A; 4AFQ C; 1WQ7 A; 2FRW A; 4KH1 B; 3BDU A; 5HCK A; 1BIA A; 1UGQ B; 4Z89 A; 4LE9 A; 5KYX A; 4FSS A; 3CCM A; 4ZN1 A; 2X4Y A; 3CCR Q; 2L89 A; 3CCR T; 3UA6 A; 4X34 A; 2VVK A; 3CCL T; 2E70 A; 3M0T A; 3HRU A; 2LQ8 A; 2VGM A; 2LT1 A; 3EH1 A; 1VQ7 Q; 4J9I A; 3M0U A; 1Q82 U; 2EGC A; 2DXU A; 5LJ3 h; 1M90 C; 3TU4 K; 2MOX A; 2DER A; 2YUQ A; 1U3O A; 3CC2 T; 2RK2 A; 2CDT A; 5KCO A; 1TOV A; 4Z88 A; 5CKF A; 2E1H A; 4VUB A; 1NEG A; 4M77 G; 2H3E B; 4ZNX A; 4DOW A; 1RAC B; 4M78 G; 2CRE A; 3CCU A; 2B8A A; 4C5E A; 2F69 A; 3EFR A; 1T0H A; 4CC4 B; 4WCI A; 2QI2 A; 5GAN e; 1Q86 C; 3CC7 Q; 1C1A A; 1PNJ A; 3M9Q A; 1X27 A; 1M1G A; 2DD5 A; 2KRS A; 1UJ0 A; 1M90 R; 5L23 A; 1UHF A; 2MCN A; 2D0Q B; 1V29 B; 3CD6 T; 4KRT A; 4F16 A; 2DNU A; 2YRC A; 2LT4 A; 3CCS A; 4MDW A; 5KYW A; 4C92 A; 4E47 A; 1IGU A; 5LJ3 f; 4NOY A; 1GL5 A; 1I0C A; 4RMO A; 3OYJ A; 4DA4 A; 1YJ9 Q; 1WFW A; 2P0K A; 4OB0 B; 1YJ9 T; 1SKU B; 3OW2 A; 4M75 A; 2DIG A; 2BIV A; 2ROL A; 1AOJ A; 4HVW A; 1UGV A; 2J7I A; 4LXC A; 3OYN A; 1ACM B; 2CP0 A; 2PVD B; 2CP2 A; 2ZPF B; 4FU6 A; 4PFZ A; 3S3O A; 1ZBJ A; 5A0L A; 3V7C A; 1OYX A; 3GF5 A; 2KXD A; 2DAQ A; 3A98 A; 1BI2 A; 2GCX A; 5FW9 A; 2FPE A; 1M27 C; 2JZ2 A; 1ZA1 B; 3NGP A; 1Q82 C; 2HMA A; 4OGE A; 3HKS A; 2KAF A; 1ZLM A; 3TRE A; 2RQU A; 2E4H A; 4M78 D; 4A54 A; 3FIF A; 3V8K A; 1VQL A; 3L2V A; 2QQS A; 2DBM A; 2LCS A; 4A4F A; 3UWN A; 1WZO A; 1QP3 A; 2XDP A; 3QDF A; 3ULR B; 2DL7 A; 1ZA2 B; 1AHJ B; 4LUE A; 4AFZ C; 2CSQ A; 4BE2 A; 5DM7 R; 1VQ5 A; 2O4X B; 2CGH A; 1BCO A; 4BDY A; 4CI0 C; 2KRM A; 4C8Q A; 1JJ2 A; 3PTA A; 4MMK A; 4XU3 A; 1AZG B; 1M8M A; 2M9U A; 1YHQ A; 1VQP T; 2OTJ Q; 2CZ6 B; 2OTJ T; 2LCL A; 4OMN A; 5CR2 A; 2AZS A; 1VQM A; 1JO8 A; 3C95 A; 1UHC A; 3OS0 A; 2ED0 A; 2QDL A; 2ROT A; 4ZGE B; 3G6E A; 1BBZ A; 6AT1 B; 3MEU A; 1SEM A; 3JB9 J; 4K11 A; 1P92 A; 1UEB A; 1R0C B; 2JXB A; 4KGV B; 4QKU A; 3MO8 A; 2FYK A; 3OBY A; 1VIE A; 2GQI A; 4RTZ A; 4M7D G; 1ZBX A; 4LD6 A; 1WPY A; 4JJB A; 3VS0 A; 2C0O A; 2CP3 A; 2VUB A; 3EG3 A; 5D6X A; 3SDZ A; 2RQV A; 3CPW S; 3QJY A; 4JZ4 A; 3I35 A; 4A63 B; 2JM8 A; 2JTE A; 4JJN K; 4DBH A; 2KY9 A; 3CBP A; 2RM4 A; 4C5H A; 4M75 E; 4DOV A; 1M1K U; 4RCC A; 1S1N A; 4HVV A; 3L2Z A; 1OX8 A; 4F17 A; 1QVF P; 1HSQ A; 3OS2 A; 3JCM d; 3GOX A; 1K9A A; 1UGR B; 2CH4 W; 1WDX A; 4M7A B; 3OYF A; 4C92 G; 2FZG B; 2KE9 A; 4XU1 A; 2KR3 A; 4F7U A; 3CC4 A; 2QDY B; 4Y92 A; 1KIK A; 4KGZ B; 4FCY A; 4ESR A; 4ORZ A; 4J5Y A; 1W2B S; 4HXJ A; 3E9G A; 1KHC A; 2L3Q A; 3MJX A; 5FWB A; 4B9W A; 3NTI A; 1KC8 R; 5LJ5 h; 4XTU A; 1VYU A; 5GAM g; 2CYZ B; 3LYI A; 3QWY A; 3EFO B; 4C8Q E; 4DBR A; 4KGX B; 1GCP A; 3ER0 A; 2X4J A; 1W70 A; 3M0S A; 4M7D D; 1YP5 A; 4A4K A; 1Q81 U; 1G3Y A; 2PVG B; 2K79 A; 3H8Z A; 5IHK A; 2F2X A; 1KG1 A; 4FW1 A; 4OML A; 4IKF A; 2NWM A; 3EHQ A; 4IUV A; 1OI1 A; 4M75 C; 1PSF A; 2MMP A; 1SPK A; 2VYT A; 5GJW B; 1YJN A; 3J80 E; 2H3J A; 3JB9 F; 2E5Q A; 1X2Q A; 1OU8 A; 3R6O A; 2VC8 A; 1VQ6 A; 1M1K C; 1LVK A; 3E9F A; 4C92 D; 4JRK A; 2K2V A; 3I9Q A; 5GAN h; 1TUD A; 1I8F A; 2LMJ A; 2HL5 C; 3ASK A; 1IHW A; 2OX7 A; 5LJ5 f; 2X51 A; 3NMZ C; 1WHH A; 4FYV B; 2CH4 A; 3MEV A; 2KI7 A; 2AKK A; 2FO0 A; 2EQK A; 2WSF E; 1X6B A; 5KYN A; 2CUD A; 1VQK A; 4BB7 A; 3VUB A; 1D1B A; 2O4X A; 2EYX A; 4RUG A; 4OMQ A; 4L59 A; 1FMW A; 2AT1 B; 4F7U E; 1JBM A; 1EIF A; 4KT0 E; 3FB9 A; 4C8Q C; 1W4S A; 1WXT A; 2A28 A; 2V8J A; 4BI4 A; 1M4Z A; 1I07 A; 2CP6 A; 4ZN3 A; 2DYI A; 3OYI A; 5GAN 4; 2JM9 A; 3BY7 A; 1QW1 A; 5KYY B; 4BAC A; 1YI2 T; 3A1P A; 2C0I A; 2JMC A; 4A4H A; 2ZPB B; 3VS7 A; 5GAN 5; 1D0Z A; 2K6D A; 3KFV A; 3VJP A; 4AMC A; 4LDW A; 3V7R A; 2DIQ A; 2KQW A; 3RER A; 5A0G A; 5GAN 8; 4PJM A; 1Q81 C; 2WSC E; 3I55 Q; 1EFN A; 3I55 T; 4F04 B; 4EPC A; 1YNZ A; 1BIB A; 5FU6 C; 5GAN f; 1U8R A; 1E6G A; 1JJ2 S; 1EZZ B; 5LL6 S; 2EYQ A; 4OF1 A; 2BZY A; 1BI0 A; 2CS7 A; 2DL8 A; 3HFO A; 1BK2 A; 3G71 Q; 4HT9 A; 4L6V 5; 1IXD A; 4FW2 A; 5GMK i; 5GMK j; 1JEG A; 4E7J A; 1U1T A; 4M7D B; 2M0Y A; 1AEY A; 4RTY A; 1QWF A; 3OYE A; 2YSQ A; 2KEA A; 4OGC A; 2DK3 A; 4E6R A; 1VQN Q; 2BUD A; 1VQN T; 2LJ1 A; 2HQH A; 4N4G A; 3P8H A; 1NPP A; 2DLP A; 2L0A A; 3VV0 A; 3JB9 I; 4HKE A; 2DPP B; 3M4Y A; 2GQV A; 1AD5 A; 2RI2 A; 5GMK l; 4N4H A; 3NTH A; 3JCM e; 1B3Q A; 2J06 A; 1QKW A; 5GAM d; 3VYG A; 1OV3 A; 1MMN A; 4GY5 A; 3CBM A; 3OMG A; 4NL2 A; 2E65 A; 2GF7 A; 2K7A A; 1ZSZ B; 1TG0 A; 2J6F A; 3LH5 A; 2P0Q A; 2BE7 D; 1WJQ A; 5I22 A; 3U23 A; 2BZX A; 1VQO A; 3H41 A; 3ZFJ A; 1N9S A; 2L2P A; 4J9B A; 3EFO A; 2VV5 A; 3I56 A; 4LDV A; 1RAE B; 3JCM W; 1WHL A; 1BKB A; 5A2Q E; 3CCU Q; 2FVU A; 1VQ4 A; 3EGD B; 4M77 F; 3G4S A; 1KD1 U; 5GAO p; 2K5F A; 1NYF A; 2RHU A; 2VB6 A; 4M78 F; 2RI5 A; 1TH7 A; 3MHX A; 4PJL A; 3L1A A; 4FSX A; 3RMQ A; 4C0Z A; 4IIM A; 1NG2 A; 2HEQ A; 2LZ6 B; 2EVR A; 4QT7 A; 2EGA A; 1PKT A; 4DQ2 A; 5IH2 A; 2LQK A; 3I5R A; 3C4S A; 3QG1 A; 4OP0 A; 2DRM A; 5CKB A; 3TSZ A; 3LGL A; 2PU9 B; 3CCS Q; 5CK9 A; 5GMK m; 5LJ3 g; 2KMT A; 3CXC A; 2CT3 A; 1ZQ1 A; 1VUB A; 2E12 A; 1WLP B; 2HQX A; 4RTU A; 1D0X A; 3URG A; 1JU5 C; 2JVV A; 2OI3 A; 2ZPE B; 3E19 A; 3H6Z A; 2AIR B; 2PNI A; 2EAY A; 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