The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
LTYGVALYRFQALEPNELDFEVGDKIRILATLEDGWLEGSLKGRTGIFPYRFVKLCPA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the SH3 Domain of DNMBP protein [Homo sapiens]
rcsb |
| molecule keywords |
Dynamin-binding protein
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
11
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NEG A; 1NLO C; 1WLP B; 2BZX A; 2DLP A; 5GJW B; 2IIM A; 2HBW A; 2K7A A; 3LH5 A; 2CUD A; 1UHF A; 2EBP A; 2DVJ A; 2KEA A; 3H0H A; 1W70 A; 2KGT A; 4R0K A; 1ZSG A; 2YDL A; 3VS3 A; 3I5R A; 2KRS A; 4OML A; 3O5Z A; 1WXB A; 2HDA A; 2ED1 A; 3NMZ C; 4JJC A; 1X69 A; 2M0Y A; 1M27 C; 5IXB A; 1NM7 A; 1GCQ A; 1M3C A; 2YUP A; 4Z88 A; 2A36 A; 1YP5 A; 3M0T A; 4LUE A; 1PKS A; 2CSQ A; 2EQI A; 5GJV B; 2O88 A; 1QWE A; 4FSS A; 4GLM A; 1KSW A; 1AVZ C; 2KRO A; 4LNP A; 2G6F X; 4JZ3 A; 1X2K A; 4E6R A; 5IH2 A; 2ESW A; 1WXU A; 2K3B A; 2KYM A; 3UAT A; 4J9C A; 4RUG A; 2PNI A; 5IHN A; 2AZS A; 1WDX A; 2DM1 A; 3EG2 A; 2FRY A; 1KIK A; 2DBM A; 2L2P A; 1QLY A; 2LNH B; 2JTE A; 2KXC A; 1PNJ A; 3PE0 A; 4DEY A; 2JM8 A; 2BZ8 A; 1IO6 A; 1UUE A; 1U5S A; 4ZNX A; 2KXD A; 2RNA A; 3H0I A; 2JS2 A; 3QWX X; 4CC3 A; 1K9A A; 1CKA A; 1UJY A; 3RNJ A; 1NYG A; 2VKN A; 2VWF A; 3ULR B; 3EHR A; 1RLQ C; 2M51 A; 1UFF A; 1T0J A; 2AZV A; 4RTX A; 1K4U S; 2EGA A; 2EYY A; 2RQV A; 2YT6 A; 2K2M A; 3VS4 A; 1GRI A; 1AOJ A; 2LCS A; 4OMO A; 1W6X A; 2OJ2 A; 1PKT A; 5FWC A; 3TSZ A; 1ZX6 A; 2FPF A; 2LQN A; 3FJ5 A; 1E6H A; 3U23 A; 1FYN A; 1JXO A; 3VS1 A; 3I5S A; 1H8K A; 2EYW A; 1WIE A; 2CDT A; 1RI9 A; 3CQT A; 3H0F A; 2MCN A; 4J9E A; 2E5K A; 1G2B A; 3C0C A; 2PTK A; 2FO0 A; 3SEM A; 2W0Z A; 4ORZ A; 1M3B A; 4J9F A; 1HSQ A; 1UHC A; 1OEB A; 4AG1 C; 1JEG A; 2A28 A; 2HCK A; 2RQU A; 2JMA A; 2NUZ A; 3VS5 A; 1VYV A; 4WCI A; 2C0I A; 1OPL A; 1Z9Q A; 2BZY A; 2SRC A; 4AFZ C; 1AZE A; 1Y57 A; 2L3S A; 4HVV A; 1YWO A; 2H8H A; 4HVW A; 2JT4 A; 2D8J A; 2J6O A; 3VS0 A; 1X6B A; 1YNZ A; 4RTT A; 2VVK A; 2KYB A; 1GCQ C; 2JM9 A; 2X3W D; 2K6D A; 4DEX A; 2AK5 A; 1Z9Z A; 2CUB A; 4AFU C; 1N5Z A; 4ESR A; 2GNC A; 1RLP C; 1YN8 A; 2GTJ A; 1HJD A; 2KE9 A; 1TG0 A; 2KT8 A; 1YWP A; 2L0A A; 2P4R A; 4OMM A; 5ECA A; 4QT7 A; 2D0N A; 1X2Q A; 3JV3 A; 1AZG B; 2XMF A; 1WX6 A; 2RQT A; 1K1Z A; 3TSW A; 4AG2 C; 1RUW A; 2OI3 A; 4D8D A; 1JU5 C; 2DL7 A; 1AWW A; 2SEM A; 1HD3 A; 2D8H A; 2EGC A; 2NWM A; 5L23 A; 1GL5 A; 2C0T A; 2DL5 A; 1M30 A; 1B07 A; 2O9S A; 2YUQ A; 1GFD A; 2DL8 A; 2LZ6 B; 1ABO A; 4RTW A; 1WFW A; 1VA7 A; 2JS0 A; 4AFQ C; 2OAW A; 3A98 A; 1NEB A; 3VRY A; 2DJQ A; 1JXM A; 2DIL A; 1VYU A; 4KRT A; 4F14 A; 1M3A A; 2O31 A; 4X1V A; 1S1N A; 4IIO A; 2F2X A; 1QKW A; 1PHT A; 2QDL A; 1NG2 A; 3M0Q A; 2V1R A; 1QCF A; 2C0O A; 1OPK A; 1MUZ A; 2GBQ A; 2F2V A; 2DMO A; 3NGP A; 2AKL A; 3M0S A; 2CH4 W; 4HCK A; 2YSQ A; 4J9B A; 1LCK A; 2YUO A; 1CSK A; 2A08 A; 1SSH A; 3PVQ A; 5I22 A; 4M4Z A; 4JPB W; 1ZBJ A; 2CH4 A; 2ENM A; 2FPE A; 5I11 A; 1NYF A; 4OMN A; 1K0S A; 2EW3 A; 2DNU A; 1AWJ A; 1CKB A; 5EC7 A; 1K0X A; 1X27 A; 2J6F A; 2EPD A; 1U06 A; 1XOV A; 3ZL7 C; 1PRM C; 2F2W A; 2FG0 A; 2RF0 A; 1JO8 A; 2LQW A; 2PZ1 A; 2LJ3 A; 4JJB A; 1KFZ A; 3I35 A; 1SHF A; 4J9G A; 3EG0 A; 2JMC A; 1UEC A; 2DE0 X; 2FRW A; 1B3Q A; 5IHK A; 3REA B; 1UTI A; 3KFV A; 4RTV A; 2KR3 A; 1W1F A; 1FMK A; 1AD5 A; 4Z8A A; 2RPN A; 2CT4 A; 2ROT A; 2ED0 A; 1PWT A; 2J06 A; 2V1Q A; 2LJ1 A; 2RN8 A; 2I0N A; 1I1J A; 1WXT A; 2L3Q A; 2EKH A; 2HEQ A; 2JXB A; 2EGE A; 1BK2 A; 1J3T A; 2L3P A; 5IHI A; 1V1C A; 2GTO A; 2O9V A; 4GBQ A; 1M8M A; 3THK A; 1UE9 A; 1WYX A; 1MV3 A; 3I9Q A; 1NLP C; 1U3O A; 1SEM A; 1TUD A; 2A37 A; 1I07 A; 3M0U A; 1Y0M A; 4LN2 A; 1ZUU A; 2KRM A; 2RMO A; 1A0N B; 1E6G A; 5HCK A; 3IQL A; 3SHW A; 1EFN A; 2DA9 A; 1GBQ A; 2BTT A; 1VYT A; 1H3H A; 3H41 A; 4JJD A; 1BBZ A; 5FW9 A; 2FPD A; 2ECZ A; 3M0R A; 2FEI A; 2DRM A; 2YUN A; 1UGV A; 3QWY A; 4RTU A; 3VS2 A; 1QWF A; 1KJW A; 1AWX A; 4LUD A; 1ABQ A; 1T0H A; 2DL4 A; 2EYZ A; 2KBT A; 1AWO A; 2KNB B; 4OMQ A; 1ZUY A; 2W10 A; 5IXF A; 3GBQ A; 1X43 A; 1H92 A; 3VS7 A; 2J05 A; 1WA7 A; 2K79 A; 1ARK A; 1JQQ A; 2DF6 A; 1TUC A; 3VS6 A; 3NPF A; 4IIM A; 2JW4 A; 4RTZ A; 1UDL A; 1I0C A; 3REB B; 2EYX A; 2J7I A; 4RTY A; 3VRZ A; 2KT1 A; 2B86 A; 1E7O A; 3M0P A; 2EVR A; 4Z89 A; 1BB9 A; 1YCS B; 1GBR A; 2LX7 A; 3UF4 A; 1ZUK A; 1K76 A; 2CRE A; 1X6G A; 2GQI A; 1UG1 A; 1BU1 A; 4D8K A; 1WI7 A; 2MIO A; 2RQW A; 3EGU A; 4CC2 A; 3NHN A; 2LJ0 A; 2CT3 A; 1SPK A; 2X3X D; 1GFC A; 2DRK A; 1AEY A; 4Y92 A; 2O2O A; 1SHG A; 4CC4 B; 4EIK A; 1OOT A; 3EG3 A; 2MOX A; 1UJ0 A; 4J9H A; 2LMJ A; 1G83 A; 4F17 A; 4AFS C; 2AKK A; 2HSP A; 3UA7 A; 4CC7 A; 3PVL A; 1OV3 A; 2DX1 A; 4LE9 A; 1T3S A; 1QKX A; 4HVU A; 2LP5 A; 4J9D A; 2ROL A; 4HXJ A; 4F16 A; 3TVT A; 3UA6 A; 1SRL A; 1PRL C; 1SRM A; 1T3L A; 2K9G A; 5FWB A; 4OMP A; 4JZ4 A; 4A63 B; 3R6N A; 2J6K A; 1GCP A; 2D1X A; 3EHQ A; 2CSI A; 1MV0 B; 2ABL A; 2DBK A; 2GGR A; 1ZLM A; 2DL3 A; 2KRN A; 3EG1 A; 4K11 A; 4J9I A; 2DYB A; 3RBB B; 2RQR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NEG A; 2DXT A; 1WQ7 A; 4M75 A; 2XDD A; 1H64 1; 2DLP A; 1VQ4 A; 1V76 A; 3LYI A; 1IB8 A; 2KDS A; 2ZZD A; 3LH5 A; 3EH1 A; 3MEA A; 2EBP A; 4FIB A; 2MWP A; 4F7U B; 2KEA A; 3H0H A; 2CZ1 B; 1NE8 A; 1ZSG A; 1QW1 A; 4R55 A; 4A4G A; 1QCN A; 4OML A; 4BI3 A; 3QII A; 2HDA A; 4M7D A; 2LDM A; 5GMK l; 3RKW A; 1VQN A; 1NM7 A; 2DEU A; 3MP8 A; 4Y28 E; 5LJ3 h; 2A36 A; 3R6O A; 5AYF A; 3L2Q A; 2CSQ A; 2EQI A; 2GCX A; 5GJV B; 1LVK A; 1QWE A; 3DLM A; 2X51 A; 5FU6 B; 4FYW B; 4M78 F; 3CCU A; 4JZ3 A; 3CC2 Q; 1YFN A; 4PKC C; 2K5L A; 4DOW A; 4E7L A; 4OB0 B; 2KYM A; 4M77 B; 4J9C A; 3M57 A; 3EG2 A; 2HKN A; 4LDU A; 4OB2 B; 2QXF A; 2P0Q A; 3DB3 A; 2LNH B; 2JTE A; 2ZCF B; 3OBW A; 1PNJ A; 3BDL A; 4DEY A; 2JM8 A; 1U5S A; 3LWI A; 2KXD A; 2JS2 A; 1BI2 A; 3JCM J; 1OI1 A; 3V8J A; 1VQP Q; 1BYM A; 2FZG B; 1NYG A; 3V7C A; 1FXX A; 3ULR B; 2M51 A; 3KUF A; 1T0J A; 1EZZ B; 4RTX A; 4M77 F; 4C92 A; 3X28 B; 4IUQ A; 1KG1 A; 3L1A A; 2NUT B; 4LDV A; 2DJZ A; 2YT6 A; 3CCE T; 1GRI A; 1Q86 R; 3EGD B; 1W6X A; 2OJ2 A; 4N0A A; 5GAO q; 3CME Q; 1S72 A; 2F1L A; 3U23 A; 2XHC A; 1XTD A; 4O6J A; 2LTO A; 1WIE A; 2CDT A; 2A0F B; 3LGF A; 3VUB A; 4PJO F; 2MCN A; 4NL2 A; 2E6N A; 2EQJ A; 4D6W A; 3SEM A; 3QYG B; 2W0Z A; 3RKY A; 4ORZ A; 3C4S A; 2PVD B; 3GLX A; 2MI6 A; 1WHJ A; 3L2V A; 1HSQ A; 2RHZ A; 1Q7Y R; 1HYO A; 1JEG A; 1G5V A; 3FEO A; 4M78 G; 3VS5 A; 3LH0 A; 5CAI A; 5GAN 8; 1VYV A; 3NFC A; 2K5I A; 4F04 B; 3CD6 Q; 3EGX B; 3P8H A; 4AFZ C; 1Y57 A; 5KYX A; 4HVW A; 3JCM e; 4ATO A; 2JN0 A; 2VVK A; 4DBF A; 2JM9 A; 2X3W D; 2HL5 C; 2K6D A; 1SG5 A; 2QAS A; 1I5L A; 1JBM A; 4VUB A; 3TU4 K; 3EFO B; 1DJ7 B; 3GF5 A; 2K57 A; 2CUB A; 3SWN C; 4AFU C; 3GNF B; 1KC8 U; 2XK0 A; 3X20 B; 1YN8 A; 1HJD A; 5A0L A; 4F7U E; 1TTH B; 3VU3 C; 4C8Q F; 2QEX T; 2QQ9 A; 2D0N A; 3V8L A; 4X9D A; 4KUL A; 1AZG B; 1WX6 A; 1YIJ A; 2HQE A; 2ATC B; 3QZ5 B; 4QVZ A; 5KYX B; 3OBY A; 5GAM f; 1JU5 C; 1BI1 A; 1AWW A; 2SEM A; 4PK4 A; 2NWM A; 2QTX A; 2DL5 A; 2CKK A; 4PJO G; 3OW2 A; 2G3R A; 1MNE A; 2DL8 A; 1PD0 A; 4XTX A; 1ABO A; 4R56 A; 2LC4 A; 2LCL A; 2JZ2 A; 4JS4 A; 1N6A A; 4AFQ C; 2EAY A; 4M77 E; 3JRZ A; 2GQV A; 1M90 C; 3VRY A; 2JTM A; 4M7A G; 2DIL A; 1VYU A; 6AT1 B; 1VQL Q; 5HKC A; 4X1V A; 1YJW Q; 2RK2 A; 3LWH A; 1R8O B; 1PHT A; 1VQ6 T; 2M1H A; 2P4T A; 5GAN f; 3OMG A; 3CCR Q; 4C92 G; 4HCK A; 4J9B A; 2MK5 A; 1CSK A; 3PVQ A; 4Q5W A; 1M4Z A; 3HRS A; 4M78 C; 3P8D A; 3WVD B; 1ZBJ A; 3HRU A; 3CC4 A; 2CH4 A; 3CCS A; 3SD4 A; 2ENM A; 2QDY B; 3CCJ Q; 1NYF A; 3JB9 J; 1BCM A; 2L8D A; 2EW3 A; 2DNU A; 1VQK T; 1EX4 A; 2QA4 Q; 1YJ9 T; 4XU3 A; 1KK7 A; 3G6E A; 1XOV A; 1PRM C; 2FVU A; 1QVF A; 3QUI A; 2RF0 A; 3M55 A; 4C8Q G; 1KFZ A; 3I35 A; 2ZPG B; 3EG0 A; 2JMC A; 2HQH A; 1VQM A; 4ZTF A; 2COY A; 4EMK A; 4LD9 K; 2ROT A; 2ED0 A; 1C0M A; 4TVR A; 3M58 A; 2V1Q A; 2RN8 A; 3FJP A; 3I55 T; 5DLQ E; 3O8V A; 2EGE A; 1M9S A; 4FT4 A; 3JCM X; 3A8H B; 4FW1 A; 4Y91 A; 2RI3 A; 3Q1J A; 1NLP C; 1MMD A; 3FB9 A; 1U3O A; 5A2Q E; 3G71 Q; 2A37 A; 4PJO C; 1RAB B; 3M0U A; 1OX9 A; 1C1A A; 2RMO A; 3SHW A; 3HP9 A; 1N8R C; 5CVI A; 2Y4X A; 3VYG A; 4M7A C; 2BTT A; 4N4I A; 2COW A; 3H41 A; 4JRQ A; 1BBZ A; 2FPD A; 2ECZ A; 2FEI A; 2YUN A; 4II1 A; 1UGV A; 3QWY A; 1XNI A; 3VS2 A; 1KJW A; 1AWX A; 2DL4 A; 2DET A; 2KNB B; 5IAY A; 3UDC A; 3VKI A; 5IXF A; 2X4W A; 3QKJ A; 2QAZ A; 4C92 C; 2C06 A; 3RES A; 2WAC A; 2KAF A; 4A53 A; 3QSU A; 2EYX A; 3ME9 A; 4RTY A; 2DIQ A; 3VRZ A; 7AT1 B; 4OVA A; 4DBQ A; 3JAM E; 2I2L A; 3ZFJ A; 2DZ9 A; 1IRX A; 1M8V A; 4N0A C; 1VQ7 T; 4EPC A; 4Z89 A; 1YCS B; 1M1K C; 1ZUK A; 5LL6 S; 5KYY B; 1K76 A; 2L3R A; 1X6G A; 1BU1 A; 5FRM A; 2OAU A; 1WI7 A; 5LJ5 h; 1MMA A; 4CC2 A; 1P92 A; 4C8Q C; 3CCM Q; 4GLK A; 1GFC A; 3PT9 A; 3G7Z A; 4OGC A; 2CP5 A; 2O2O A; 5FRO A; 1SHG A; 2ZPH B; 4CC4 B; 1OOT A; 4ZGE B; 2LMJ A; 1PD1 A; 1G83 A; 2JTF A; 4AFS C; 2HSP A; 5J3B A; 3UA7 A; 4CC7 A; 5C0M A; 1T3S A; 5GAM e; 8AT1 B; 2LP5 A; 3CEY A; 1VQ9 A; 2A3L A; 3OB9 A; 4M75 D; 4A4F A; 1NBE B; 4F16 A; 4J7I A; 1KQ2 A; 3JCM g; 2DTI A; 2DVE A; 2EJF A; 3HFN A; 1N8R R; 1T3L A; 2K9G A; 4OMP A; 3R6N A; 2XDP A; 2KI7 A; 2ABL A; 2KQW A; 1KQS A; 3OYJ A; 4E7J A; 4M7D D; 2DL3 A; 1YHQ A; 1IHV A; 4XTZ A; 4J9I A; 4E7H A; 2V8I A; 3RBB B; 4ANJ A; 2E3H A; 5GAO r; 5GAN e; 2RQR A; 3A5Z B; 5CKB A; 1VQP T; 1WNL A; 1WLP B; 4BAC A; 2CS7 A; 1I5O B; 4ZGD B; 1VQ4 Q; 4MMK A; 4UC4 A; 1YI2 T; 2MYS A; 1W70 A; 2YRC A; 1D09 B; 4OF1 A; 4R0K A; 2HNI A; 1PCX A; 3OYB A; 2YLC A; 4JDS A; 3CME T; 1Y96 B; 2DTO A; 3JCM Q; 1M1K R; 1WXB A; 5A0G A; 3NMZ C; 1BCO A; 3CCL Q; 1ZA2 B; 1M27 C; 3OW2 P; 1OUL A; 1ZSZ B; 1K73 C; 1M3C A; 1G3S A; 4XU1 A; 1YP5 A; 4LUE A; 4WTO B; 1PKS A; 1RAF B; 4GLM A; 5IT9 E; 3BW1 A; 4KH1 B; 3BDU A; 4LNP A; 2G6F X; 3CCU Q; 3LW5 E; 4L5G A; 4E6R A; 2M0O A; 2ESW A; 1WXU A; 5DLO A; 4AMC A; 3FIF A; 3GPL A; 4C92 D; 2DM1 A; 1LOJ A; 1KIK A; 2QK0 A; 4C0D B; 3CD6 T; 3JCM b; 2LT1 A; 3ZBD A; 1WQW A; 2H3E B; 4FYV B; 3DB4 A; 3I56 A; 2BZ8 A; 1IO6 A; 1UUE A; 3X25 B; 4ZNX A; 3MP6 A; 3H0I A; 3A8L B; 2DFU A; 4E7S A; 1WHH A; 3V7R A; 3RNJ A; 3N5B B; 3SWN B; 1N8R U; 2ZGW A; 2VKN A; 1N9S A; 1UFF A; 4B6M A; 3QJY A; 3CBM A; 2EGA A; 2R5A A; 1K4U S; 2RQV A; 3EFS A; 1K8A C; 1QVF P; 2K5F A; 1W2B S; 2YLB A; 2K2M A; 4XTV A; 5FWC A; 2CP7 A; 3X26 B; 1TSF A; 2X9H A; 2LQN A; 1S72 Q; 5D7U A; 1E6H A; 1M2O A; 3VS1 A; 3I5S A; 4LD6 A; 4BE1 A; 1NPR A; 3PGG A; 2PVG B; 1BIA A; 1MMG A; 1RI9 A; 3A8M B; 2RA2 A; 3H0F A; 5GAN 2; 3JCM V; 2QEX A; 3WVE B; 3HPW A; 5LJ3 j; 2HMA A; 2OTJ A; 2QYZ A; 4M78 A; 1W4S A; 1IGQ A; 4AG1 C; 2E3I A; 2HCK A; 5FRN A; 2JVV A; 1M1K U; 2JMA A; 5FLX E; 2EKO A; 4PL6 A; 2XI9 A; 2MAM A; 1Z9Q A; 1VQL T; 1AZE A; 1YJW T; 4XTY A; 2J6O A; 2RHX A; 3OY9 A; 4FCY A; 1QCO A; 3CCR T; 4RTT A; 2Y90 A; 3AT1 B; 1Y71 A; 2AK5 A; 1Z9Z A; 1IRE B; 1N5Z A; 3L2R A; 2GNC A; 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