The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
61
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structure length |
61
|
Chain Sequence |
QSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Hfq-bridged ternary complex is important for translation activation of rpoS by DsrA.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein hfq
|
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
15
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| structure length |
61
|
| sequence length |
61
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JCM c; 1JBM A; 4C8Q F; 4F7U E; 5LJ5 j; 1M8V A; 4J5Y A; 4C92 B; 3RKW A; 5LJ5 h; 3JCM J; 2DKG A; 1N9S A; 4M7D B; 3RES A; 1I81 A; 1YCY A; 2CGH A; 3V8J A; 3V8K A; 4JUV A; 1LJO A; 4PJO F; 4C8Q G; 3BDU A; 4M75 G; 4M77 E; 4M7D E; 2YHT A; 2EWN A; 1WQ7 A; 4M7A B; 5GMK l; 4XTU A; 5GMK e; 4RCC A; 1WQW A; 4JRI A; 3V7C A; 4HT8 A; 5GAN 4; 4M77 A; 4Y91 A; 5GAM j; 3JCM b; 2EJ9 A; 2EJF A; 2E65 A; 5I21 A; 1MGQ A; 2DTO A; 5LJ3 g; 2FB7 A; 2DXT A; 4PJO G; 2YLC A; 5GAM h; 2EAY A; 2ZGW A; 2DTH A; 5LJ3 d; 4C92 C; 5GMK m; 1WNL A; 4M78 D; 4C8Q D; 3JCM h; 3RER A; 4F7U B; 3JCM Q; 4M7D F; 3VU3 C; 5GAN e; 5GAN 6; 3SWN A; 4HA8 A; 1WPY A; 4EMG A; 4XTZ A; 4XTY A; 3RKX A; 5CAI A; 4M7A C; 4M75 F; 3V7R A; 4PJO D; 4C92 G; 5LJ5 f; 2E1H A; 3EFR A; 4M77 B; 4M7D G; 2VXF A; 5GAN f; 1LNX A; 4XTV A; 4QVD A; 4M78 E; 1X01 A; 4C8Q E; 4JLI A; 3JCM X; 3FJP A; 1HXD A; 3L2Z A; 2QTX A; 4M78 A; 2FYK A; 5LJ3 j; 3JCM W; 4C8Q A; 3SB2 A; 4DQ2 A; 3RIR A; 1H64 1; 3BW1 A; 3RUX A; 3BY7 A; 5LJ3 h; 4F7U F; 3FB9 A; 4HT9 A; 3SWN B; 4A53 A; 3AHU A; 2DTI A; 4XU1 A; 4PJO E; 1JRI A; 2DXU A; 5GAM f; 5GAO n; 4MMK A; 1D3B A; 5GAN 7; 2DZ9 A; 4M77 C; 4PJO A; 4XU3 A; 4OP0 A; 2VC8 A; 3JCM f; 5LJ5 e; 4C92 F; 4M75 D; 4F7U G; 2EJG A; 3RKY A; 4J6X A; 4EMK A; 3JB9 J; 4NOY A; 1Y96 A; 4RCB A; 2RD1 A; 5GAO l; 3HFO A; 4M78 B; 5GAN g; 4XTX A; 4C8Q B; 3V8L A; 4M7A F; 3SWN C; 4WF2 A; 4J6W A; 2K57 A; 5GAM e; 2DEQ A; 2E10 A; 1D3B B; 4M75 E; 3V7S A; 5LJ5 d; 4N0A A; 5GAN 2; 2DJZ A; 1U1S A; 4PJO B; 4M7A G; 3FIF A; 3JCM V; 5GAN d; 5GAO q; 3JCM e; 5GMK j; 4M78 F; 4M75 A; 4EMK B; 5LJ3 f; 2RM4 A; 4EMH A; 5GMK h; 1Y96 B; 4C92 D; 3QSU A; 3JB9 I; 4M7D D; 1BIB A; 5GMK i; 4M78 C; 5GAN 5; 4C8Q C; 2E41 A; 3QO3 A; 1I4K 1; 4XTW A; 2Y90 A; 4NL3 A; 4PNO A; 5GAM d; 1M5Q 1; 3INZ A; 1B34 A; 4M77 F; 4XQ3 A; 4M7A D; 5GAN j; 2DVE A; 3JB9 F; 3BFM A; 4F7U A; 4V2S A; 5LJ5 g; 2RB6 A; 3JCM d; 1I8F A; 5GAN h; 4PJO C; 4X9C A; 1TH7 A; 4M78 G; 1BIA A; 4C92 E; 4EMK C; 3JCM P; 2DZC A; 1LOJ A; 1KQ1 A; 4M75 B; 4M77 G; 4XU0 A; 2I2L A; 5DY9 A; 3PGG A; 4J6Y A; 5LJ3 e; 5GAN 8; 1HK9 A; 4A54 A; 4X9D A; 4C92 A; 3JB9 G; 2E64 A; 4XU2 A; 1U1T A; 5GAO m; 5GAN 3; 5GAO p; 4M7D A; 3HFN A; 1I5L A; 4M7A E; 4QVC A; 3JB9 H; 4JRK A; 3QHS A; 1N9R A; 5GAM g; 1B34 B; 4M7D C; 3L1A A; 2VXE A; 4M7A A; 2RA2 A; 3EFS A; 4N0A C; 3M4G A; 4M77 D; 3HSB A; 3JCM g; 3GIB A; 4NL2 A; 3QUI A; 1KQ2 A; 3JB9 D; 2JN0 A; 4M75 C; 5GAO r; 4MML A; 2HNI A; 2YLB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1B07 A; 3CCR Q; 4EDU A; 2CP6 A; 1ZSZ C; 3VS1 A; 1WFW A; 3TQ7 P; 4PJN A; 5GMK l; 4M7A B; 1K1Z A; 3A8L B; 2KYB A; 2NUZ A; 3CCU Q; 5A2Q E; 2XI9 A; 2MWP A; 4IIO A; 1YIT T; 3FDR A; 2DEU A; 1SG5 A; 2F2V A; 2L3R A; 3T9N A; 3JCM h; 2RI5 A; 3EG2 A; 2KRN A; 1ARK A; 2CSQ A; 4XAX B; 1OUL A; 2RNA A; 1PRL C; 2XDB A; 5AYF A; 4M7D G; 2VXF A; 2X9H A; 3CCJ A; 1ZBX A; 2C0I A; 4ELY C; 2QA4 Q; 4ZN3 A; 2ATC B; 2LT1 A; 2RK1 A; 2HQE A; 1H64 1; 3RUX A; 1K9M C; 1VQP Q; 2ZPG B; 3CCE T; 5GAM f; 3GNG A; 3NMZ C; 4MMK A; 4B9X A; 2K5F A; 2JW4 A; 4F7U G; 4KUL A; 4CC2 A; 5FWB A; 2RHU A; 4JZ4 A; 1WX6 A; 1YJN Q; 3QZ5 B; 4WF2 A; 3H8Z A; 2A37 A; 3UA6 A; 3QII A; 2QXF A; 3MET A; 2OJ2 A; 1EFN A; 2EVR A; 2I0N A; 2E41 A; 2OTJ Q; 1VQK T; 1B34 A; 2HL3 A; 2J6O A; 2GTO A; 4GLK A; 2DL5 A; 3PMT A; 3L2W A; 4ZNX A; 1AWW A; 1D0X A; 3CCL T; 4M75 B; 4RG8 A; 1RLQ C; 1UJ0 A; 4PL6 A; 2FRY A; 2FPD A; 5HK3 A; 1I5L A; 4OMM A; 1S1N A; 3CPF A; 3FC3 A; 4PLL A; 2SRC A; 1W2B A; 1VQ6 A; 1MV3 A; 3CME T; 4NL2 A; 1TTH B; 4MML A; 4C8Q F; 1M8V A; 3LW5 E; 1YIJ Q; 3RKW A; 4JZ3 A; 3V8K A; 4LE9 A; 1GFD A; 5FW9 A; 4ZTF A; 1LVK A; 3UAT A; 4HKE A; 3JCM b; 2EJ9 A; 2E65 A; 1MGQ A; 1ZQ1 A; 5CKF A; 2LZ6 B; 4OB0 B; 5C6S A; 3R6O A; 3CC2 A; 1YHQ T; 4LDX A; 2PTK A; 1ZX6 A; 1VQ4 A; 3EG1 A; 1PSF A; 2EIF A; 3REB B; 2KDS A; 4OF1 A; 5HCK A; 3KFV A; 1YWP A; 3VS6 A; 1W4S A; 3L2Z A; 1U3O A; 2X4Y A; 3BW1 A; 4Q5W A; 3GPL A; 1YI2 Q; 1QLY A; 1YNZ A; 3E9F A; 2QTV A; 3CBO A; 1AOJ A; 3HRS A; 2HBW A; 4C92 F; 2DER A; 4M4Z A; 2X3W D; 2L0A A; 5CKB A; 5FU6 C; 3OMG A; 1FMK A; 2GNC A; 1NLO C; 2RI3 A; 2JS0 A; 1NG2 A; 1V1C A; 1E6H A; 1T3L A; 4OMF B; 4KUI A; 2DEQ A; 2LQK A; 3TVT A; 3I9Q A; 5KYU A; 3FIF A; 4BE0 A; 4EMH A; 2O4X B; 1AT1 B; 1ZSZ A; 3OYN A; 4XTW A; 1PG5 B; 3JRZ A; 5GAM d; 4LDU A; 1UEC A; 4F7U A; 5FU7 B; 4PJO C; 2QAZ A; 2DZC A; 4J6Y A; 2KR3 A; 5KYX B; 4PLI A; 2F2X A; 2C0O A; 3HL8 A; 3SEM A; 3QHS A; 1W70 A; 2ED1 A; 3A1P A; 1NYG A; 2XK0 A; 1XQH A; 2L3Q A; 1BK2 A; 3QUI A; 4X34 A; 2JN0 A; 1AWX A; 2VGN A; 1RAI B; 2ABL A; 4E47 A; 4AFS C; 2HAX A; 2KXC A; 2FVU A; 4M7D B; 3VKI A; 3EG9 B; 4FSX A; 3G6E A; 1TOV A; 4PJO G; 2CKK A; 1Q81 R; 3L2U A; 1CKB A; 2CYZ B; 1BU1 A; 4LD6 A; 4F7U B; 2KE9 A; 2JM8 A; 1M8M A; 4J83 A; 5GAN 6; 2ZPH B; 2ESW A; 4KBM B; 3SFM A; 4LN2 A; 3M0S A; 2LCC A; 1VQ5 Q; 1YJW A; 3OMC A; 4WTO B; 3C4S A; 5KYW B; 4XTV A; 3VYH B; 2VUB A; 4B6M A; 4C8Q E; 2RHY A; 4YTL A; 3REA B; 3JAM E; 5J39 A; 3QBY A; 3CD6 A; 1Y71 A; 3RIR A; 1WHL A; 3J81 E; 3FB9 A; 2E6Z A; 1D3B A; 1VQ9 Q; 4LDW A; 2OX7 A; 3OB9 A; 1R0C B; 1RAD B; 3OBY A; 4L59 A; 3G4S T; 3X24 B; 4XTX A; 2RHX A; 4IUV A; 2K4Y A; 5GAM e; 4FT4 A; 3M59 A; 2JS2 A; 5FLX E; 1MMD A; 5KYY A; 2DL7 A; 3JB9 I; 4TVR A; 4DA4 A; 1D0Z A; 1VQN A; 4Y28 E; 2ZPI B; 1RAB B; 1KD1 U; 1NE8 A; 2E4H A; 4BE1 A; 3J7A F; 4C92 E; 1KG1 A; 3CCV A; 1AHJ B; 3CC7 A; 2GBQ A; 3QDR B; 4KT0 E; 1X75 C; 2DXB A; 3G71 Q; 3I55 T; 3OYI A; 5GAM g; 5CKD A; 4JS5 A; 4BY6 B; 3LX7 A; 3M4G A; 3HSB A; 4IUT A; 4FM4 B; 4X1V A; 3OW2 P; 1BYM A; 2K5I A; 4GLM A; 3M58 A; 1O9S A; 3LH0 A; 3RR6 A; 3O5Z A; 1GXI E; 5DLO A; 4QQD A; 2JJ9 A; 1LJO A; 3CCM T; 1M90 R; 1PWT A; 3UF4 A; 1WXB A; 4RTW A; 3WVE B; 4RTT A; 5GAM j; 2ZAE A; 1RAF B; 1UJY A; 5GAM h; 1G8X A; 2ZGW A; 2K6D A; 1OZ2 A; 2QYZ A; 1M2O A; 4E6R A; 1IHV A; 4C5E A; 2NUP B; 4M7A C; 4PJO D; 5LJ5 f; 3S3M A; 3EFO A; 2KI7 A; 4E7H A; 2HSP A; 4QVD A; 3X20 B; 1OPK A; 1QKX A; 2CT4 A; 2R57 A; 1GCQ C; 2MMP A; 3SB2 A; 2COZ A; 1QWE A; 2V1R A; 4FT2 A; 3P8D A; 4PJO A; 4OP0 A; 1WJQ A; 2DIG A; 4J6X A; 3HRT A; 2FL7 A; 2QDL A; 1V76 A; 5J26 A; 4C5I A; 1DJ7 B; 5IXB A; 3FEO A; 1AZG B; 1VQO A; 2DYI A; 4J7F A; 2BTT A; 4RG2 A; 2QQA A; 3GP8 A; 4M7A G; 1X6O A; 1GFC A; 1Z9Q A; 1K4U S; 3NHN A; 2DPP B; 2M51 A; 3N5B B; 1I5O B; 3CC4 Q; 4FYY B; 2OTL A; 2M0O A; 2EGE A; 2LQN A; 4IUU A; 4FU6 A; 1KC8 U; 3IQL A; 1KQS P; 2AIR B; 1C6V X; 5DY9 A; 1HYO A; 2I2L A; 3VRZ A; 2Z0W A; 4KH1 B; 3U23 A; 2CP5 A; 2DVJ A; 2GF7 A; 1WLP B; 4RKU E; 1G3Y A; 2V8I A; 3OYG A; 4QVZ A; 3JV3 A; 1RAC B; 3FJ5 A; 3AT1 B; 1H3H A; 2CP0 A; 1PKS A; 4M75 C; 2A08 A; 3CXC S; 2XDP A; 1OV3 A; 3KXT A; 3CCJ Q; 1QVF A; 4N4H A; 3HPW A; 4E7Z A; 1WDX A; 3TRE A; 8ATC B; 5A0G A; 3OYC A; 1Z9Z A; 3BE3 A; 5FWC A; 5CO7 A; 4P5N A; 2RJE A; 4ORZ A; 1KC8 C; 2H3E B; 1QVF S; 2COY A; 2AKL A; 2NUT B; 1K0X A; 2LC4 A; 1J3T A; 3V7R A; 4C92 G; 4C0D B; 2EQM A; 2FEI A; 1T0J A; 3RMS A; 1K0S A; 4HCC A; 1SRL A; 3E2U A; 1AEY A; 1M3A A; 1VQM A; 2WAC A; 2CS7 A; 3DKM A; 3EGU A; 1N8R R; 1KFZ A; 2V1Q A; 2XD0 A; 1FWZ A; 1OPL A; 1M27 C; 4E7K A; 2R5A A; 5KYN A; 3OBW A; 3HFO A; 2F69 A; 2DBM A; 5LJ5 d; 2D1X A; 4HCB A; 3PMI A; 1WXU A; 2QDY B; 1UUE A; 1GRI A; 4EIK A; 2HL5 C; 1QVG A; 1BIB A; 3SD4 A; 4J7I A; 1SSH A; 1VIF A; 2KSS A; 3HKS A; 5J3B A; 1SPK A; 5I2M A; 2IVW A; 4M7A D; 2V26 A; 4V2S A; 1QQJ A; 2RB6 A; 2ZPE B; 5IHN A; 4X9C A; 3JCM P; 2YUQ A; 3MP1 A; 1WGS A; 3CC4 T; 4CC4 B; 2K3X A; 1HK9 A; 1NPR A; 2JNG A; 1VQ7 A; 1M1G A; 1TUC A; 1JXM A; 2CH4 A; 3TEE A; 1N8R C; 1BI0 A; 3A8H B; 2QQB A; 1D09 B; 4O6J A; 3CC2 Q; 4M7A A; 3JSC A; 2CDT A; 3MHX A; 1U06 A; 1D1C A; 2HNI A; 1WA7 A; 5M9O A; 1VQ4 Q; 3L2R A; 4J5Y A; 1GCQ A; 2FPF A; 1BCO A; 2KGT A; 1E7O A; 1C1A A; 3LYI A; 3A8M B; 3O8V A; 4A4G A; 2KAF A; 4IUQ A; 5FRM A; 5KE2 A; 1YJ9 A; 1FXX A; 2KRO A; 2LRQ A; 2LCS A; 3M53 A; 3I5S A; 2C06 A; 1WPY A; 1VQL A; 2MPX C; 4OGE A; 1X2Q A; 3QXE B; 4MDW A; 3EH1 A; 4PFO A; 4F04 B; 2DX1 A; 2DET A; 2DA9 A; 1IB8 A; 3L2V A; 1V29 B; 3HRU A; 4ZTJ A; 3F70 A; 1PSE A; 4DOV A; 3MP8 A; 1SKU B; 8AT1 B; 2GQI A; 4NS5 A; 2DZ9 A; 4XU3 A; 5LJ5 e; 4M75 D; 2MIO A; 3QJ6 A; 3LH5 A; 3FLG A; 1JO8 A; 1AWJ A; 2DRK A; 2JTE A; 1IGQ A; 4C8Q B; 2M0Y A; 1U1S A; 3CCS A; 1BCM A; 4M75 A; 2ZCF B; 5A0L A; 3PVQ A; 2X3X D; 2YXY A; 5CQY A; 3OYB A; 1I4K 1; 2D6F A; 4M77 F; 2LP5 A; 1M1F A; 1ZUK A; 5IHK A; 3CQT A; 1VQ6 T; 1UFF A; 3BFM A; 5LJ5 g; 1S72 A; 1BIA A; 1B3Q A; 1XTD A; 1PM3 A; 3PGG A; 5GAN 8; 2LJ0 A; 3JB9 G; 3G6E Q; 1WI7 A; 1OEB A; 2PUK B; 3GF5 A; 4QVC A; 3S3N A; 3X25 B; 1G3T A; 2YT6 A; 4ZGJ B; 7AT1 B; 1BKB A; 4UC4 A; 4M78 F; 5LJ5 j; 2OAW A; 1YJW Q; 2MK5 A; 4C92 B; 5LJ5 h; 1N9S A; 3WVD B; 2YSQ A; 1YIT A; 2J6F A; 2J7I A; 2RK2 A; 1QMC A; 2IIM A; 3BDU A; 3CD6 Q; 2FZK B; 4BY6 C; 1KHC A; 3L42 A; 2DFU A; 1VQ4 T; 3H0F A; 4J9D A; 3PE0 A; 1UGV A; 1M3C A; 2CZ7 B; 2D0N A; 1KK7 A; 3OA6 A; 2LNV A; 4HA8 A; 3VS5 A; 2LT4 A; 4WCI A; 3VS0 A; 2AK5 A; 2EQI A; 1VQ8 T; 2M02 A; 3NTK A; 1W2B S; 2ROL A; 2D8H A; 4J9H A; 4PJL A; 3CCR T; 1TUD A; 4DEX A; 2HCK A; 1VQN Q; 1BI3 A; 1M9S A; 1PKT A; 2O4X A; 3PIP A; 3CCU T; 2F2W A; 3CCV Q; 2K5L A; 3CC7 Q; 2DL8 A; 4IUP A; 1WHJ A; 3NFC A; 2MYS A; 1KSW A; 2NLU A; 2DJZ A; 5ECA A; 9ATC B; 1K8A U; 1VQK A; 5HK0 A; 2FO0 A; 4PJM A; 5LJ3 f; 2MAM A; 5KYX A; 4HVV A; 4M7D D; 3THK A; 3TU4 K; 1K73 U; 3CCL A; 2DF6 A; 1UDL A; 3TCJ A; 1SEM A; 5KCH A; 4F16 A; 3VUZ A; 2DL4 A; 1PD0 A; 2QA4 T; 4D6W A; 4XQ3 A; 2YUN A; 3C94 A; 1IGU A; 1VQP T; 4HVU A; 2VYT A; 1A0N B; 2B86 A; 1R0B G; 3OYM A; 3I56 Q; 2VWF A; 3CME A; 2LTO A; 1N27 A; 3QZ9 B; 4M7D A; 3A8G B; 5GAO p; 4DBQ A; 1OI1 A; 2XID A; 3EG9 A; 3HP9 A; 4Z89 A; 4R56 A; 2HEQ A; 3LWI A; 2BE7 D; 3EFS A; 1YJN T; 1ZA1 B; 1ZLM A; 3CCQ A; 3JB9 D; 3G6E T; 4K11 A; 4FL6 A; 2EGA A; 2GTJ A; 1TU0 B; 2O2O A; 1I81 A; 2AZV A; 4RTZ A; 1G5V A; 2F5T X; 4M77 E; 1T3S A; 1NZ9 A; 1D1A A; 4RTV A; 2OTJ T; 2EKH A; 1K73 C; 3V7C A; 4HT8 A; 1YHQ A; 5FRO A; 1YJW T; 5KYW A; 2O9V A; 2FHD A; 3R6N A; 1I0C A; 3VRY A; 2P84 A; 2GFU A; 1JB0 E; 2KYM A; 2H3J A; 4AG1 C; 1H8K A; 4XTZ A; 2NWM A; 4BAC A; 1HD3 A; 1N5Z A; 3E1S A; 1VQO Q; 4JJB A; 3VS2 A; 5HKC A; 1FMW A; 4M78 E; 2KEA A; 1EX4 A; 4E2F B; 5KE3 A; 4E7I A; 2A28 A; 4BDY A; 1F1B B; 3BY7 A; 1YIJ T; 3SWN B; 3OYY A; 2E6N A; 2OTL Q; 2RQU A; 5I11 A; 3PNW C; 5GJW B; 4C0D C; 2EYZ A; 4MZT A; 2XU8 A; 1G83 A; 4AMC A; 3HTR A; 3ZFJ A; 4BB7 A; 1PHT A; 5GAO q; 2EYX A; 1Y96 B; 3OSV A; 4NL3 A; 1M5Q 1; 3OS1 A; 3OY9 A; 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