The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
|
sequence length |
60
|
structure length |
60
|
Chain Sequence |
SLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Hfq-bridged ternary complex is important for translation activation of rpoS by DsrA.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein hfq
|
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
14
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| structure length |
60
|
| sequence length |
60
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1I81 A; 4J6Y A; 4C8Q D; 2DKG A; 5GAM f; 5GAN 8; 4QVC A; 3V8J A; 2RD1 A; 4XU0 A; 4C92 A; 3JCM J; 1TH7 A; 2RM4 A; 2DVE A; 3BY7 A; 2EJF A; 5GAM e; 4M75 G; 4A53 A; 4J5Y A; 3HSB A; 4M7D C; 3JCM d; 2K57 A; 4RCB A; 1HXD A; 1MGQ A; 4M7D F; 1WNL A; 4M77 D; 5LJ3 d; 3V7R A; 5I21 A; 4JUV A; 5GAN f; 3JB9 F; 4A54 A; 3JCM g; 1KQ1 A; 4F7U F; 4M75 B; 4M7A A; 5GMK j; 4M7A G; 4J6W A; 5GAO q; 2DZ9 A; 4M75 E; 2E65 A; 1Y96 A; 1WQW A; 1N9S A; 5GAN e; 5LJ3 g; 4JLI A; 3JB9 H; 2YHT A; 2I2L A; 2E1H A; 2YLC A; 3V7S A; 3FJP A; 1B34 A; 4DQ2 A; 4M7A B; 4XU2 A; 3SWN C; 5GAM h; 4M7A E; 4M7D D; 3JB9 D; 4PJO A; 3GIB A; 2EWN A; 3QO3 A; 3RES A; 4NL2 A; 5LJ5 h; 4HT9 A; 5CAI A; 4C92 G; 2VXF A; 2Y90 A; 4EMH A; 4M75 C; 1I5L A; 5LJ5 f; 2JN0 A; 1LNX A; 4M78 A; 4M75 F; 3JCM V; 2DXU A; 5DY9 A; 2DTI A; 5GAO m; 1JRI A; 1KQ2 A; 5LJ5 e; 5GAN 2; 1JBM A; 5GAN h; 4C8Q A; 2DJZ A; 5GAM d; 4C92 B; 2FB7 A; 3QUI A; 1HK9 A; 4J6X A; 3JCM P; 4HA8 A; 4XQ3 A; 4C92 E; 3RER A; 4JRK A; 2FYK A; 5GAM g; 5GAN 5; 3L2Z A; 4EMG A; 3JB9 I; 5LJ5 g; 2HNI A; 1U1S A; 4M75 D; 4XU3 A; 1LJO A; 4HT8 A; 2EAY A; 4N0A A; 4X9D A; 4M77 G; 4EMK A; 5GAN 6; 4M77 A; 4OP0 A; 5GAN d; 5LJ3 j; 1WQ7 A; 4WF2 A; 5GAO p; 4PJO G; 1Y96 B; 3INZ A; 4C92 C; 4NL3 A; 5GAO r; 5GAN g; 2QTX A; 1B34 B; 1D3B A; 1BIB A; 1X01 A; 4Y91 A; 4C92 F; 3PGG A; 1I8F A; 2VC8 A; 4XTW A; 2VXE A; 3JCM b; 3JB9 J; 3AHU A; 4MML A; 4M78 G; 3QHS A; 4XTU A; 4PJO B; 4XTV A; 4M7D G; 3JCM W; 4M7D A; 4MMK A; 3RKW A; 5GAN 7; 4X9C A; 3RKX A; 4PJO E; 4C8Q G; 4F7U G; 4F7U A; 5GMK m; 5GAO l; 1WPY A; 4M7A C; 3FIF A; 3L1A A; 2ZGW A; 3RUX A; 2DEQ A; 2DZC A; 2CGH A; 4M78 B; 4NOY A; 1M5Q 1; 3V8L A; 5GMK h; 5LJ5 d; 2DTO A; 4C92 D; 4M7A F; 1M8V A; 4M78 E; 1BIA A; 3FB9 A; 3HFN A; 4C8Q B; 1YCY A; 3JCM h; 4F7U B; 3JCM Q; 4V2S A; 4C8Q E; 4F7U E; 3BW1 A; 2E10 A; 3SB2 A; 3JCM f; 5GMK e; 5GAM j; 4PJO C; 3SWN A; 3HFO A; 5LJ3 f; 4QVD A; 4PJO F; 3RKY A; 5LJ5 j; 5GAN 4; 1LOJ A; 3V8K A; 3JCM e; 4XTZ A; 4M7A D; 2EJ9 A; 1I4K 1; 4XTY A; 3VU3 C; 4EMK B; 4M75 A; 5LJ3 e; 4M78 C; 2E41 A; 4M77 B; 3SWN B; 5GAN 3; 3BFM A; 3EFR A; 4M77 E; 2YLB A; 4M78 F; 4XU1 A; 4C8Q C; 5GAN j; 1N9R A; 3JB9 G; 2DXT A; 3M4G A; 4C8Q F; 5GMK i; 1D3B B; 4JRI A; 4PJO D; 5GAO n; 4XTX A; 5GMK l; 1U1T A; 4M7D B; 3RIR A; 3V7C A; 2RB6 A; 1H64 1; 2EJG A; 3EFS A; 4N0A C; 2DTH A; 3JCM c; 2E64 A; 4EMK C; 4M78 D; 4M7D E; 4M77 C; 5LJ3 h; 2RA2 A; 3BDU A; 3JCM X; 3QSU A; 4RCC A; 4PNO A; 4M77 F; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LH0 A; 4C92 A; 3QKJ A; 2K5I A; 3X25 B; 1M30 A; 4IUU A; 1M1K U; 2ZPF B; 1YJW T; 1G3T A; 3EFO A; 3DKM A; 1RLP C; 3P8H A; 1VQ9 Q; 5GMK j; 2JMC A; 2ESW A; 1AHJ B; 3OYE A; 1N9S A; 2K3Y A; 2HBP A; 2YLC A; 3V7S A; 1WZO A; 2K2V A; 4A4F A; 5GAM h; 7AT1 B; 2FG0 A; 3CCR T; 3E9F A; 2MWO A; 5CAI A; 3QG1 A; 1QMC A; 1NJI U; 1WJS A; 3GLX A; 1NPP A; 2Y4X A; 1WHL A; 1T3S A; 1S1N A; 4OMF B; 5A2Q E; 2KAF A; 2CS7 A; 2QG9 B; 1LCK A; 1X2K A; 2D1X A; 1Q7Y R; 4IIO A; 1D09 B; 3EAE A; 1T0H A; 2VYT A; 4L59 A; 2CRE A; 3PFS A; 4PJO E; 3CQT A; 3X20 B; 3THK A; 3CC7 A; 2GBQ A; 1WPY A; 4HCZ A; 3M5A A; 1P92 A; 3M0Q A; 1R0C B; 1PD0 A; 4QVZ A; 1JU5 C; 4BE1 A; 3H0H A; 2E3I A; 4PJO F; 1SPK A; 2CSQ A; 4XTY A; 4JLG A; 1H3Z A; 3M0R A; 2ABL A; 3EGX A; 3C12 A; 3LX7 A; 2E6N A; 1QKX A; 2ECZ A; 3A98 A; 4JS5 A; 5KYW B; 1D0X A; 1M2O A; 2HAX A; 4EDU A; 3X26 B; 2MYS A; 1RLQ C; 2RHU A; 2PU9 B; 4KGZ B; 1VQ6 Q; 3V7C A; 2EJG A; 2LJ1 A; 4EMK C; 5DLO A; 3CCU Q; 1PWT A; 4M77 C; 3CCS T; 5GAN 8; 1C0M A; 1QVF P; 3OYK A; 1WGS A; 1AT1 B; 2F2X A; 3I35 A; 2K79 A; 4D6W A; 3HHT B; 2OTL A; 2COY A; 3E9G A; 3MET A; 4M75 B; 1RAF B; 1KJW A; 5LJ3 g; 2RJD A; 1U8R A; 1KK7 A; 2R5A A; 2ZAE A; 1NEG A; 4J9H A; 1MV3 A; 4Z89 A; 1C6V X; 3UF4 A; 5KYU B; 1VYU A; 3RNJ A; 1XOV A; 1Q81 R; 2BUD A; 3GNF B; 2XK0 A; 1VQ8 A; 2MPX C; 4QQD A; 2RJF A; 2DXU A; 3EHR A; 4DBQ A; 3M54 A; 4PL6 A; 2D0N A; 5KCH A; 2NWM A; 5GAM g; 3CCM Q; 1G8X A; 4ME7 A; 5KYX A; 2A28 A; 2XI9 A; 2JTM A; 1U3O A; 2D8J A; 3CCV A; 4M75 D; 1KIK A; 4XU3 A; 1YI2 A; 4YTL A; 2LCS A; 4WCI A; 4C92 C; 1M1K C; 5KYY A; 2SRC A; 5CK9 A; 1TS9 A; 1YIJ T; 3CCJ A; 3OS5 A; 3LH5 A; 4C5I A; 4F7U A; 1X6B A; 2VUB A; 3MEU A; 2CP0 A; 1OX8 A; 4FU6 A; 3OY9 A; 2CUB A; 2O31 A; 4X1V A; 2IVW A; 1M90 U; 1SRL A; 1H8K A; 1UHF A; 2H3J A; 4C8Q B; 5IXB A; 1NBE B; 2CP7 A; 3SWN A; 1UHC A; 1RAH B; 1NJI C; 4M7A D; 3GF5 A; 4OML A; 3VU3 C; 5LJ3 e; 2O01 E; 3BFM A; 2E5Q A; 2EBP A; 4QT7 A; 3UAT A; 3ZL7 C; 1N8R C; 3CC2 Q; 2K6D A; 4HCB A; 2L89 A; 3CC7 T; 2OX7 A; 3ASK A; 1RAG B; 2LCC A; 2RB6 A; 4JZ3 A; 1BCO A; 2X4Y A; 4PK4 A; 4PNO A; 3IQL A; 2DKG A; 4C8Q D; 2BTT A; 3VV0 A; 5HCK A; 2XDD A; 2P4T A; 1YIT Q; 3NTH A; 2AZV A; 2DVE A; 5GAM e; 2B86 A; 4RTU A; 2JMA A; 2DRK A; 1KHC A; 3H0F A; 1WHK A; 1QVG A; 5L8R E; 4HCK A; 4FM4 B; 4M7A G; 3MJX A; 4E2F B; 1OYX A; 1WQW A; 4E7Z A; 3G7Z A; 2JOY A; 3F70 A; 3VYH B; 1F1B B; 3TRE A; 4B6M A; 2CP2 A; 3HRU A; 4E7H A; 2KK4 A; 2E6Z A; 4ANJ A; 5CR2 A; 3RBB B; 2HMA A; 3BE3 A; 4NL2 A; 5HK3 A; 2KXD A; 5LJ5 h; 1I5L A; 3S6W A; 2L2P A; 2K4Y A; 2DTI A; 3OQ5 A; 2LNV A; 3EGU A; 2J7I A; 2OTL T; 2MK5 A; 4HA8 A; 3RER A; 2DL4 A; 2HQE A; 4II1 A; 1GRI A; 4BAC A; 1Q86 R; 3DB4 A; 1N6A A; 1S72 Q; 2EGA A; 1W2B A; 4LD9 K; 2WSC E; 1SHG A; 1A0N B; 3R6N A; 3MPU B; 1VQ9 A; 2KEA A; 4BB7 A; 3OYJ A; 3H8Z A; 4LDU A; 2HCK A; 4AFU C; 1OOT A; 2PQW A; 4KH1 B; 4EPC A; 1AZE A; 4AT1 B; 2ZPE B; 1LVK A; 3JV3 A; 3QZ9 B; 3EG9 B; 4V2S A; 1X6O A; 3CCV T; 3OYL A; 1NYF A; 3NTK A; 5IT9 E; 1YI2 T; 1KHI A; 5GAN 4; 4ELY C; 3OS2 A; 2MIO A; 4RG8 A; 4AFQ C; 1M1F A; 1D1C A; 3EFR A; 2CZ7 B; 4M77 E; 3HRS A; 3OS1 A; 3JB9 G; 3A8O B; 1BI0 A; 2HEQ A; 3WVE B; 4JRI A; 5GAO n; 3ZEH A; 4M7D B; 1DJ7 B; 1Y7X A; 2DTH A; 1AD5 A; 2JM9 A; 4M77 F; 1JJ2 S; 1OZ3 A; 4CC7 A; 1K76 A; 1TH7 A; 3EGD A; 1BU1 A; 1MV0 B; 1VQN Q; 4LN2 A; 1VQ4 Q; 2KNB B; 1M90 C; 3ULR B; 5GAN f; 4JUV A; 3ZBD A; 3EHQ A; 3MO8 A; 1PKT A; 4KBM B; 1Q7Y U; 5J26 A; 3SWN C; 4M7D D; 1UGS B; 4HT9 A; 1OUL A; 2Y4Y A; 2RHI A; 3WVD B; 4WTO B; 1LNX A; 2MMP A; 2XIC A; 3CCU A; 2RPN A; 4RMO A; 2RK2 A; 3M0U A; 3VS6 A; 2V1Q A; 4C92 E; 1D0Y A; 2RHZ A; 2HL3 A; 2NUT B; 5CKF A; 1QVG P; 2CH4 W; 5LJ5 g; 1R0B G; 2GTO A; 3FEO A; 3PVL A; 1B07 A; 2L0A A; 1YJ9 Q; 4C92 F; 2MWP A; 1I8F A; 3JB9 J; 2EVR A; 3AHU A; 1SSH A; 5FRM A; 4M7D G; 3A1P A; 4LNP A; 3RMS A; 4XAX B; 3V8L A; 2OTJ A; 5LJ5 d; 4ELZ C; 1JXM A; 4PFO A; 3JCM h; 3RMQ A; 1QKW A; 5LL6 S; 1W2B P; 4QVD A; 2M0O A; 1BI3 A; 4FIB A; 3I56 A; 2J6K A; 4C0G A; 4KUI A; 5A0L A; 4FSX A; 1YNZ A; 3CCL T; 4IUR A; 3I9Q A; 2COW A; 1BCM A; 2E4H A; 5IHN A; 2PVG B; 2YUN A; 3G4S Q; 2QA4 T; 1PC0 A; 4IIM A; 1SG5 A; 4RKU E; 5FU6 C; 4MDX A; 2HSE B; 2CKK A; 4BI4 A; 3UT1 A; 2XG8 D; 3HSB A; 2DYB A; 4AMC A; 1CKA A; 3V7R A; 2DER A; 1PKS A; 4A54 A; 2ED1 A; 2QQB A; 2G6F X; 5J3B A; 2LZ6 B; 1G3Y A; 1G2B A; 5IH2 A; 5I11 A; 2FVU A; 3CC2 A; 2CT3 A; 2EGE A; 5I22 A; 2H8H A; 2I0N A; 3URG A; 4QQG A; 2VWF A; 2C0O A; 3CD6 Q; 3P8D A; 1IZ6 A; 1TTH B; 3LW5 E; 1YIT A; 1IRE B; 3CCE Q; 2EQI A; 3UDC A; 3L2W A; 4LUE A; 1TWB A; 3M0S A; 3MP8 A; 1RUW A; 1X69 A; 2BZ8 A; 4WF2 A; 2DF6 A; 2KDS A; 1ZSZ A; 2F5T X; 2RQW A; 3KBG A; 3J80 E; 4E7I A; 5FRO A; 1WHM A; 1RAB B; 1BIB A; 1VOM A; 4Y91 A; 1X6G A; 5D6Y A; 2EGC A; 3OMC A; 1RI0 A; 2C0T A; 1X2Q A; 3CCU T; 2M9U A; 5GMK m; 5GAO l; 1VUB A; 1TOV A; 3L1A A; 4M78 B; 4ZN3 A; 4J9G A; 1XJW B; 2DBM A; 4DEY A; 1YFN A; 2HL5 C; 2YT6 A; 4LXC A; 4ZGE B; 1M3A A; 3VUB A; 1Y57 A; 2PZ1 A; 1WJR A; 3M0T A; 3FDR A; 1J3T A; 2OTJ T; 4C0Z A; 4FYV B; 2L5Q A; 2ZCF B; 4M78 D; 2EKO A; 4RG2 A; 1AWO A; 4RCC A; 4LD6 A; 1MMN A; 1V76 A; 2QQS A; 4Z02 A; 4RTV A; 2FPE A; 3H0I A; 1K73 R; 3CBP A; 2K3X A; 5HK0 A; 4IUV A; 3I56 T; 4E47 A; 4F17 A; 3JCM d; 4JJC A; 1KQS S; 5J39 A; 5I21 A; 4DOW A; 3EG3 A; 4F7U F; 3E2U A; 4M4Z A; 1Q86 U; 1UGP B; 2QTV A; 2LX9 A; 3MP1 A; 1O75 A; 3S3O A; 4FW1 A; 2FL7 A; 2K5F A; 2A08 A; 2QK0 A; 2JXB A; 1ZLM A; 3VUZ A; 4E7S A; 2HD0 A; 3QO3 A; 5EC7 A; 2YRC A; 3JAM E; 1QWF A; 1VQM T; 4PJN A; 1UJ0 A; 3C94 A; 2QGG A; 2OAU A; 4XQ3 A; 2JUF A; 2P0Q A; 1GFD A; 4BI8 B; 1G5V A; 3CCQ A; 2KT1 A; 1QP2 A; 4N0A A; 2WAC A; 1NLP C; 1VQ4 A; 3CC2 T; 5KYX B; 5GAO p; 2VVK A; 2YRV A; 2J05 A; 3GPL A; 1D1A A; 3OYC A; 3JCM b; 3QHS A; 1VQK Q; 1M27 C; 2KR3 A; 1SSF A; 2D8H A; 1Q82 R; 2DIQ A; 3A8H B; 4F04 B; 1OU8 A; 2AT1 B; 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3A8G B; 4CC3 A; 1QVG S; 4JS4 A; 2EPD A; 3OA6 A; 2XD0 A; 2DFU A; 3CCQ T; 1X75 C; 2DA9 A; 2LQ8 A; 3MEA A; 3CD6 A; 2YUQ A; 2F2W A; 2RQT A; 4HVW A; 1G3S A; 2DAQ A; 4XTZ A; 3JRZ A; 3CCE A; 2DLP A; 1PG5 B; 2QEX A; 2AKL A; 1AWJ A; 2XMF A; 2KBT A; 2E12 A; 3M4G A; 1RAI B; 1GL5 A; 4PJO D; 5L23 A; 3E1S A; 1NE8 A; 1U1T A; 1MMG A; 3C95 A; 1K4U S; 2FHD A; 4N0A C; 1W2B S; 4LUD A; 1QQJ A; 1I81 A; 1H92 A; 2NYS A; 2RM4 A; 2RNA A; 3GNG A; 4M75 G; 3VS7 A; 3EGD B; 4C0D B; 1WNL A; 3JB9 F; 3OW2 A; 2FEI A; 2PUO B; 5GAO q; 2FPD A; 1YJW Q; 1OQK A; 1BK2 A; 2JNG A; 2O4X B; 3J81 E; 3SHW A; 4BY6 B; 3OSV A; 1GCQ A; 1GCP A; 2QGF B; 3FC3 A; 3G6E T; 3AT1 B; 3KUF A; 3CCR Q; 2FB7 A; 5KYN A; 1YJN T; 1HK9 A; 4J6X A; 8AT1 B; 4HXJ A; 3NHN A; 3L2Z A; 4A4K A; 1FWZ A; 4HKE A; 1PRL C; 4Y28 E; 4OP0 A; 1TUC A; 5CQY A; 5KYW A; 5GJV B; 2DO3 A; 1KC8 R; 3I55 A; 3JCM W; 2Z0W A; 4LDW A; 1I1J A; 2RI5 A; 4C8Q G; 2XDB A; 4HCC A; 4QKU A; 5GMK h; 5ECA A; 2DXC A; 1XQH A; 5FU7 C; 1MND A; 2DJQ A; 4OB1 B; 1K73 U; 2YSQ A; 3V8K A; 1AVZ C; 3ER0 A; 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