The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
60
|
structure length |
60
|
Chain Sequence |
SLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Hfq-bridged ternary complex is important for translation activation of rpoS by DsrA.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
Protein hfq
|
| total genus |
14
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| structure length |
60
|
| sequence length |
60
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DVE A; 4M7A A; 1HXD A; 1LOJ A; 4XTW A; 1YCY A; 2Y90 A; 4PJO G; 1KQ1 A; 3INZ A; 1TH7 A; 4M77 B; 4M7A E; 4M78 G; 3QUI A; 4A54 A; 1I81 A; 3BY7 A; 5LJ5 g; 3JCM X; 5GAN 7; 2E41 A; 5GAO n; 4X9C A; 1JRI A; 4J5Y A; 1HK9 A; 2QTX A; 3SWN B; 2JN0 A; 2DJZ A; 4XTZ A; 1JBM A; 1B34 B; 4JUV A; 4XTY A; 3RKX A; 4C92 F; 2E1H A; 3L2Z A; 4N0A A; 3GIB A; 3V7C A; 4J6X A; 4C92 A; 2HNI A; 1Y96 A; 3JCM f; 3FIF A; 5GAN 5; 4C8Q E; 5LJ5 e; 4M7A C; 3JCM d; 4PJO B; 5GAN 8; 1D3B A; 5GAN 4; 3QO3 A; 2FB7 A; 4F7U F; 3JCM W; 2K57 A; 4M75 F; 4M7A B; 5GMK e; 1WQW A; 3BFM A; 5GAM f; 4F7U A; 4M7A D; 5GMK l; 5GAN f; 5LJ3 d; 5GAM d; 5CAI A; 3RIR A; 4M75 A; 5GAN d; 3EFS A; 4EMK A; 5GAO q; 1H64 1; 2E64 A; 2RM4 A; 4JRI A; 5DY9 A; 3FB9 A; 3RER A; 4M7D F; 4M75 E; 2FYK A; 1U1S A; 4XU3 A; 4M7A G; 2DTH A; 3FJP A; 1BIA A; 4N0A C; 3JCM c; 5GMK i; 3L1A A; 2VXE A; 4C8Q C; 5LJ5 j; 2CGH A; 4M7D A; 4DQ2 A; 3JB9 D; 3V8L A; 5GAN 3; 2DXT A; 1X01 A; 4XTX A; 4M78 F; 3JB9 G; 4OP0 A; 5GAM g; 5GAO r; 4C8Q B; 5GAN g; 1WPY A; 1WQ7 A; 2EJG A; 4C8Q D; 4EMG A; 4HT8 A; 1KQ2 A; 4QVC A; 2DTI A; 4A53 A; 2DTO A; 4NOY A; 4C92 E; 3JCM e; 3JCM P; 2I2L A; 4M77 F; 4XQ3 A; 4M75 C; 3JB9 I; 4PNO A; 4MMK A; 4C8Q G; 4M77 A; 1LJO A; 1M5Q 1; 4JLI A; 3SB2 A; 4QVD A; 5LJ3 f; 3QHS A; 4M77 E; 5LJ5 h; 2E10 A; 3JB9 J; 1M8V A; 3RKW A; 1LNX A; 5GAM e; 4RCC A; 4M75 D; 4F7U E; 5GAN e; 5LJ3 e; 3QSU A; 3SWN A; 2DEQ A; 4WF2 A; 3JCM g; 3RES A; 3HFN A; 1N9S A; 3RUX A; 4JRK A; 5GMK h; 1B34 A; 4HT9 A; 3VU3 C; 3M4G A; 2ZGW A; 5GAN 2; 1N9R A; 4M75 G; 4C92 C; 4NL3 A; 4PJO F; 3HSB A; 4XTV A; 4M7D E; 4XU1 A; 1U1T A; 5GAO m; 1WNL A; 1I4K 1; 2RA2 A; 4PJO A; 5GMK j; 5LJ3 g; 4V2S A; 2YLB A; 4C92 B; 5GAO p; 1Y96 B; 2DKG A; 4M77 C; 4M7A F; 4M78 A; 4C92 D; 5GAM j; 4PJO E; 5GAN j; 3JCM J; 4EMH A; 3RKY A; 1D3B B; 4NL2 A; 4M78 E; 2DZ9 A; 4HA8 A; 4EMK C; 3SWN C; 3BW1 A; 3JB9 H; 3JB9 F; 4MML A; 4C92 G; 4M77 D; 2DXU A; 4XU2 A; 3BDU A; 4XTU A; 4F7U B; 2DZC A; 2EJ9 A; 4M7D C; 4M75 B; 2RB6 A; 3JCM h; 4Y91 A; 4EMK B; 3JCM b; 1MGQ A; 4M77 G; 4J6W A; 2EWN A; 4C8Q F; 4PJO C; 4F7U G; 4X9D A; 3HFO A; 1BIB A; 4M7D B; 2EAY A; 2EJF A; 4M7D D; 5I21 A; 4M78 C; 5LJ3 h; 3V8K A; 4C8Q A; 5GAM h; 5LJ5 f; 5GAN h; 5GAN 6; 1I5L A; 2RD1 A; 5LJ5 d; 1I8F A; 3AHU A; 4PJO D; 2YHT A; 3V8J A; 4M7D G; 3EFR A; 3V7S A; 3JCM Q; 4M78 B; 3JCM V; 3V7R A; 5GAO l; 2VC8 A; 2VXF A; 2YLC A; 4M78 D; 4XU0 A; 5GMK m; 5LJ3 j; 2E65 A; 4J6Y A; 4RCB A; 3PGG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YIT T; 2HAX A; 5LJ5 g; 1QMC A; 4AG2 C; 2E4H A; 2VVK A; 5I11 A; 1T0J A; 4D8K A; 1Q81 C; 5KYW B; 2ATC B; 4C92 A; 2D9T A; 4A4K A; 1NEB A; 1H3Z A; 4L6V 5; 1AOJ A; 1UB4 A; 2KT1 A; 2O2O A; 2CT3 A; 3UA6 A; 4E7Z A; 3E2U A; 3I56 T; 2LP5 A; 3CBM A; 3L1A A; 4FW2 A; 3A1P A; 1Y7X A; 4J9H A; 2RH2 A; 4VUB A; 3ZBD A; 4DQ2 A; 3ZL7 C; 4J9G A; 1WJS A; 2FZC B; 3P8B B; 1X01 A; 2DYI A; 3URG A; 4M78 F; 1YIT A; 2O4X B; 4C8Q B; 5KE3 A; 1WPY A; 3M55 A; 1Q86 C; 1KQ2 A; 2DTI A; 4EDU A; 4PLL A; 1VQL T; 1PSF A; 2LCS A; 2QQB A; 5FU7 B; 3X20 B; 4CC7 A; 4JLI A; 4BE1 A; 5M9O A; 4AFZ C; 2JVV A; 2NUT B; 2DIQ A; 4OMO A; 2OTJ Q; 3GLX A; 3HRT A; 4O5V A; 1VQ9 Q; 2CP7 A; 3KFV A; 3TSZ A; 2KYM A; 1IXD A; 1TOV A; 1WGS A; 4QW2 A; 3CME T; 1BI2 A; 3I56 A; 4JRP A; 2DZ9 A; 4DBR A; 4FSX A; 5HK0 A; 4XAX B; 5IXB A; 3CXC S; 5IT9 E; 2K7A A; 4F7U B; 3JCM b; 2QQ9 A; 1ZBX A; 2DL4 A; 4OVA A; 1SSF A; 1OX9 A; 2F2V A; 1U06 A; 3H9N A; 3OYG A; 1K8A R; 4N4H A; 1I8F A; 4IUR A; 2DEU A; 3M57 A; 1QCO A; 4AMC A; 1HXD A; 2L3S A; 4E2F B; 3QKJ A; 4M78 G; 1X6B A; 4CC3 A; 4C0D B; 1VQP A; 4X9C A; 2PQW A; 3VS4 A; 3HRS A; 3KUF A; 3SEM A; 1WXT A; 3VS3 A; 2ZPE B; 4J6X A; 2DXB A; 2HNI A; 1Y96 A; 3JCM f; 3FIF A; 1XNI A; 1AHJ B; 4M7A C; 2A36 A; 5CKE A; 2J06 A; 5GAN 8; 2DYB A; 3JCM W; 2JMA A; 8ATC B; 3OYF A; 2A08 A; 4DOW A; 1X69 A; 1FYN A; 2RHY A; 2LZ6 B; 4EMK A; 4J9D A; 5DY9 A; 3RNJ A; 1XQH A; 3D7S B; 1U1S A; 1OI1 A; 1GRI A; 1KQS P; 3EGD B; 1JO8 A; 4OP0 A; 1VQ4 A; 5KCO A; 1ZQ1 A; 2D8J A; 1TUC A; 2QEX T; 4KUI A; 2DLP A; 4OB2 B; 1M8V A; 2V8K A; 3RKW A; 2YUP A; 3QSU A; 2CZ6 B; 2X4Y A; 1RAI B; 3HFN A; 4LN2 A; 3UT1 A; 1ACM B; 3EAE A; 3CC2 T; 1VQM A; 3HSB A; 2E12 A; 2O88 A; 3I35 A; 2LJ1 A; 4K11 A; 5HKC A; 4OMM A; 5I22 A; 1D3B B; 4HA8 A; 3OSS C; 4R55 A; 3U23 A; 2RQV A; 9ATC B; 2GFU A; 2KMT A; 2K79 A; 2CZ1 B; 3VS2 A; 4PJL A; 2DO3 A; 3OYH A; 4M7D C; 4FYX B; 2KT8 A; 3PIO A; 1ZSZ B; 2F69 A; 3QZ9 B; 4C8Q F; 2QEX A; 1Y0M A; 4BDZ A; 1MMD A; 2HQH A; 2LT4 A; 4RTZ A; 4DBF A; 4Z02 A; 2KNB B; 3M5A A; 1KD1 R; 1BCO A; 1WZO A; 2M0O A; 3CC2 A; 2X3X D; 3INZ A; 5KYY B; 1VQP Q; 5CKD A; 4LDU A; 2SRC A; 2RPN A; 3G71 T; 1D1B A; 2HQX A; 1KIK A; 4XTZ A; 5CKF A; 3RKX A; 5IAY A; 3GIB A; 3CXC A; 3PTA A; 1NJI U; 2C0O A; 4FYV B; 2HCK A; 1HJD A; 4J83 A; 1N27 A; 2M9U A; 4F7U F; 2ECZ A; 2MAM A; 2VKN A; 2YDL A; 2KE9 A; 5FU6 C; 4JRI A; 1QLY A; 2BZY A; 3JV3 A; 1PSE A; 3NHN A; 4E47 A; 1VQ4 Q; 2YUQ A; 1NBE B; 1K0X A; 1G5V A; 4KGZ B; 2EGA A; 4ZNX A; 2OAU A; 2JMC A; 1YJW T; 3JB9 I; 2DIL A; 4C8Q G; 2RN8 A; 1LJO A; 3LWH A; 1GCP A; 3J81 E; 2JUF A; 4M75 D; 2ED1 A; 5IHI A; 1VQM Q; 2DRK A; 4HT9 A; 5GAN 2; 1N9R A; 2R57 A; 3M54 A; 1M2O A; 1IHV A; 1U1T A; 3QYG B; 4EMH A; 3OS5 A; 2P0K A; 4M78 E; 3OS2 A; 2P0P A; 2BTT A; 2K4Y A; 3LGL A; 1YIJ T; 2WSC E; 3MJX A; 1RAA B; 2OJ2 A; 4F7U G; 1T3L A; 3E9F A; 3GPL A; 4B9X A; 3I55 T; 1WJQ A; 4X1V A; 3GF5 A; 5DLO A; 3CCQ T; 2PVG B; 4IUV A; 1UGP B; 4A63 B; 3FC3 A; 2HKN A; 3REA B; 1YNZ A; 3UF4 A; 2AKL A; 4FW1 A; 2QI2 A; 1QW1 A; 1LVK A; 4MDX A; 5AT1 B; 3DKM A; 3VKI A; 1R0C B; 2JN0 A; 2MMP A; 1NJI R; 4CC2 A; 5KYU B; 1WHH A; 1F1B B; 3V7C A; 4X34 A; 4AFS C; 4Z89 A; 5CCA A; 1YIJ A; 3O8V A; 1WQW A; 3BFM A; 3EG3 A; 1PHT A; 1WDX A; 5GAM d; 2MPX C; 3BDL A; 1V1C A; 3I55 A; 1OZ3 A; 1A0N B; 1W1F A; 2FZG B; 4DBQ A; 1X2Q A; 1BBZ A; 2QAZ A; 1GFD A; 1YN8 A; 3CCL Q; 2EW3 A; 4M4Z A; 1RLP C; 3CCS A; 2YRD A; 1QVG S; 4NOY A; 3JCM e; 2J6O A; 1JJ2 S; 3PIP A; 1ZSZ C; 1M1F A; 2FRY A; 1FMK A; 1PRM C; 5LL6 S; 5CO7 A; 1LNX A; 5KCH A; 1SG5 A; 4FYW B; 4FIB A; 1B34 A; 2EQJ A; 2M51 A; 3CXC P; 4Q5W A; 5CK9 A; 4JZ4 A; 4C92 D; 1GCQ A; 3THK A; 5GAN j; 2JW4 A; 4PFZ A; 1RUW A; 1OU9 A; 3MO8 A; 1ZLM A; 2VAS A; 1AVZ C; 1QP3 A; 4M77 D; 2E5Q A; 1PWT A; 1UHC A; 2DXU A; 4XU2 A; 4IKF A; 1PKT A; 2Y4X A; 4F04 B; 1WA7 A; 2FG0 A; 2X9H A; 3VS7 A; 4BY6 B; 4EPC A; 3CCR A; 1S1N A; 2V8I A; 3VV0 A; 2YRC A; 2DXC A; 4HXJ A; 4OF1 A; 5KYX B; 5FRM A; 5GJW B; 2E6Z A; 4ZN3 A; 1UGV A; 4ELY C; 1CKA A; 1UGS B; 3Q1J A; 3V7R A; 2H3E B; 2OTL T; 3M0U A; 1KG1 A; 4QQD A; 1UGR B; 3X24 B; 4ZGJ B; 1LOJ A; 4RMO A; 1YCY A; 1I81 A; 2D1X A; 2LNV A; 4CRI A; 3S3M A; 4J5Y A; 5CVI A; 3WVD B; 5EC7 A; 5CR2 A; 2ZAE A; 4DOV A; 1J3T A; 2L5Q A; 1QVF S; 2A7Y A; 4C8Q E; 3S6W A; 3QO3 A; 2GCX A; 2K57 A; 1SF9 A; 1M90 C; 2COY A; 1RAF B; 3OBW A; 4M75 A; 5GAO q; 1EX4 A; 3L42 A; 1Q82 C; 1IGQ A; 3M56 A; 3X25 B; 2DTH A; 2M02 A; 3JCM c; 2RQW A; 3ER0 A; 2OTL A; 2EFI A; 2XIC A; 3QDF A; 3CCS Q; 3DLL A; 2KGT A; 3LGF A; 2MF2 A; 4C0G A; 2D8H A; 1PKS A; 1V76 A; 1VYV A; 3HKS A; 4FM4 B; 2JZ2 A; 5HY6 A; 2MYS A; 2JT4 A; 4Z8A A; 4QVD A; 1OX8 A; 2GTJ A; 2IPO B; 5LJ3 e; 4RCC A; 4F7U E; 3SWN A; 2CH4 W; 1SHF A; 2B8A A; 3TVT A; 2CP5 A; 4EIK A; 4L5G A; 2ZGW A; 4BI4 A; 3CMA T; 1VQN T; 4OGC A; 4II1 A; 2F2W A; 2J6K A; 3CCV T; 1Q7Y C; 1WXU A; 4YTL A; 1Z9Z A; 3S3N A; 3EG9 B; 4MML A; 2DZC A; 1S72 T; 2QDL A; 3CBO A; 3CCR Q; 2ZPF B; 1RL2 A; 2SEM A; 1QVG A; 3L2R A; 1UJ0 A; 2JM8 A; 1JJ2 A; 4HCZ A; 1VQ6 Q; 1BI1 A; 3GP8 A; 1YWO A; 4Z88 A; 5GAM h; 2KBT A; 5LJ5 d; 4NS5 A; 3V7S A; 2PUO B; 1QKW A; 4E7I A; 5J39 A; 1BI0 A; 1NZ9 A; 4J6Y A; 3PGG A; 4KGV B; 2FHD A; 1G3Y A; 3CC4 T; 1TH7 A; 4LD9 K; 4PK4 A; 4QVZ A; 4AFQ C; 3CMA A; 2K3Y A; 2AKK A; 5A0G A; 2L3R A; 3L2W A; 3CCV A; 3M0T A; 2JJ9 A; 3C94 A; 3H0I A; 3OYD A; 1C0M A; 2O31 A; 1FWZ A; 2PVO B; 3MHX A; 1VUB A; 2OAW A; 5CQX A; 1BKB A; 1M3A A; 1QQJ A; 3IQL A; 5GAN f; 3PNW C; 1VYT A; 4F17 A; 4A4G A; 4Y28 E; 1QKX A; 3JB9 D; 2ABL A; 3E19 A; 4M7D A; 2ZPB B; 2QXF A; 1RI9 A; 3V8L A; 3UDC A; 1T0H A; 1ZUY A; 4OML A; 5CIU A; 1IRE B; 1K73 R; 3CC4 A; 2L3P A; 3OYM A; 3QZ5 B; 3MPU B; 2O9V A; 4MZT A; 3MCA B; 4M77 A; 4J9E A; 1AZG B; 2QG9 B; 5IXF A; 3SD4 A; 3OYE A; 2LT1 A; 1QVF A; 2A28 A; 4QKU A; 4E7S A; 2XD0 A; 3M4Y A; 1N9S A; 1VQ8 A; 5GMK h; 1ABQ A; 4CI0 C; 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1OV3 A; 4EMK B; 5L8R E; 3CEY A; 2F2X A; 3UPU A; 1ZSG A; 1JXM A; 4FSS A; 3C0C A; 2BKD N; 2DD4 A; 2X4X A; 2EJF A; 1TG0 A; 2LCL A; 2CUB A; 4JDS A; 1MV3 A; 2BE9 B; 3I56 Q; 1SKU B; 2A37 A; 3EG1 A; 2AIR B; 1WJR A; 5GAO p; 1BI3 A; 1K9M R; 4KRT A; 2CZ0 B; 1UEC A; 1G2B A; 4E6R A; 2HEQ A; 3PMI A; 1QVF P; 1VQL Q; 1UFF A; 1OOT A; 4KUL A; 3PVQ A; 4C92 F; 4RG2 A; 1IO6 A; 3L2Q A; 2K2V A; 2CRE A; 2QQA A; 3F70 A; 2FB7 A; 5AYF A; 5IHN A; 2VGM A; 2H3J A; 1N8R U; 1H64 1; 5DM7 R; 3OYC A; 1UUE A; 2ESW A; 4LDV A; 3CME Q; 1VOM A; 1BIA A; 4C8Q C; 2KQW A; 2CGH A; 1TUD A; 1SRM A; 1JQQ A; 2C0T A; 2K2M A; 4KH0 B; 1QVP A; 3OMC A; 2EJG A; 5FU7 C; 1VA7 A; 5D6Y A; 4A53 A; 1I1J A; 4FT2 A; 4LDX A; 2NUZ A; 4RTV A; 1U5S A; 1Q81 U; 3OMG A; 4LXC A; 3OW2 A; 2BZX A; 5LJ3 f; 2LCC A; 1WHG A; 1JEG A; 2O01 E; 5GAN e; 4PL6 A; 3RR6 A; 1AEY A; 2DPP B; 4JRK A; 1AWX A; 2EYX A; 1M1K C; 2YWW A; 3NTI A; 2QGF B; 4PJO A; 2YLB A; 3OYI A; 4B9W A; 3CCE T; 2KDS A; 1LCK A; 3OSV A; 4LD6 A; 3G71 A; 4A4E A; 3I5S A; 1HYO A; 4HVW A; 4C92 G; 2W0Z A; 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