The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
63
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structure length |
59
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Chain Sequence |
MENDPNLFVALYDFVATLSITKGEKLRVLGYNHNGEWCEAQTKNGQGWVPSAYITPVNS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the Abl-SH3 domain at pH5
rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Tyrosine-protein kinase ABL1
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| total genus |
12
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
63
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2013-03-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GQI A; 2FRW A; 1AWJ A; 4F16 A; 2CT3 A; 2J6F A; 2YUP A; 3PVL A; 1OV3 A; 1QWE A; 2DBK A; 1I1J A; 2HBW A; 2V1R A; 1WX6 A; 3M0S A; 2RQT A; 2W0Z A; 1UFF A; 2K9G A; 1CSK A; 2YT6 A; 3VS3 A; 2SRC A; 2PTK A; 2KYB A; 1GL5 A; 1UGV A; 4HXJ A; 1KIK A; 2O88 A; 3QWY A; 1M3C A; 1U06 A; 2C0O A; 2AK5 A; 4AFQ C; 1X2Q A; 1ZSG A; 1UHF A; 1I0C A; 5FW9 A; 2DL3 A; 2KRO A; 2JMC A; 2EYX A; 1TUD A; 1PNJ A; 3UA7 A; 2H8H A; 3SEM A; 1LCK A; 4EIK A; 3SHW A; 1GFD A; 4GBQ A; 2CSI A; 2JS2 A; 1BU1 A; 3ZL7 C; 2W10 A; 1KJW A; 3NMZ C; 2L3S A; 1K9A A; 3H0I A; 2FRY A; 4LN2 A; 4Y92 A; 1A0N B; 4IIM A; 3H0F A; 2GTJ A; 2D1X A; 4FSS A; 2GNC A; 5IHK A; 1SRL A; 2DL4 A; 2LJ0 A; 3I9Q A; 2J6O A; 2FO0 A; 1NLP C; 2CUD A; 1ZUU A; 1VA7 A; 2C0I A; 2JM9 A; 2DL7 A; 2KT8 A; 1J3T A; 1U3O A; 2ROL A; 1N5Z A; 1YNZ A; 2ED0 A; 1E6H A; 2O31 A; 2LQW A; 3U23 A; 1X69 A; 5EC7 A; 2EBP A; 5IXF A; 2CSQ A; 2HDA A; 1T0H A; 2F2V A; 4RTU A; 1AD5 A; 5ECA A; 2B86 A; 3TVT A; 3VS4 A; 1TG0 A; 3R6N A; 1NM7 A; 2LQN A; 3PVQ A; 1OPL A; 1WI7 A; 4AFU C; 2K7A A; 2CDT A; 4RTZ A; 2JS0 A; 2BZ8 A; 1WA7 A; 1UUE A; 4D8K A; 1FMK A; 1U5S A; 2KBT A; 1G83 A; 1H8K A; 4J9D A; 2LZ6 B; 2MOX A; 2I0N A; 1OEB A; 4HCK A; 4F17 A; 4J9F A; 2KE9 A; 2DYB A; 4J9I A; 4J9B A; 1X6B A; 3EHR A; 1WDX A; 2DLP A; 1WXU A; 1T0J A; 3M0Q A; 1K1Z A; 1WYX A; 1JXM A; 1T3L A; 2DMO A; 3RBB B; 4CC2 A; 1SHF A; 4JZ4 A; 4E6R A; 2MIO A; 2YUQ A; 1PRL C; 2ED1 A; 4LNP A; 1K0X A; 1E6G A; 1QKX A; 3H0H A; 2VVK A; 2RNA A; 2KR3 A; 2KRM A; 3CQT A; 2JMA A; 3VS7 A; 2BTT A; 1W70 A; 2GBQ A; 5IXB A; 1JXO A; 3I35 A; 2RN8 A; 2JXB A; 1HSQ A; 1JU5 C; 4J9H A; 2MCN A; 1GCQ C; 2EYZ A; 2KYM A; 4CC4 B; 2A28 A; 3QWX X; 2FPE A; 4WCI A; 2YUO A; 1K0S A; 2X3W D; 3THK A; 4RTV A; 1K76 A; 1SHG A; 2CH4 W; 1K4U S; 1MUZ A; 1BBZ A; 2EYW A; 4LE9 A; 2L3Q A; 2DA9 A; 1BB9 A; 1CKB A; 2AKL A; 1Z9Q A; 1QCF A; 2K3B A; 2LNH B; 1WXT A; 2ABL A; 1UJ0 A; 1M3B A; 1ZBJ A; 2GGR A; 1ABQ A; 4ESR A; 2J7I A; 2DRM A; 3UA6 A; 1T3S A; 2NUZ A; 1AVZ C; 2KGT A; 1GCQ A; 2DIL A; 4OMQ A; 2CRE A; 2DX1 A; 4R0K A; 1AZG B; 4OMO A; 3NGP A; 2D8H A; 2K2M A; 1OOT A; 1NG2 A; 3EHQ A; 4F14 A; 4AFZ C; 2J6K A; 1X27 A; 1YCS B; 2ENM A; 5IH2 A; 1G2B A; 5GJV B; 3TSW A; 1NYF A; 2CUB A; 1KSW A; 2YDL A; 1Y0M A; 3IQL A; 2SEM A; 1WXB A; 3KFV A; 3EGU A; 5L23 A; 2AZS A; 2RMO A; 2J06 A; 1PKS A; 1RLP C; 4GLM A; 4RTT A; 1YP5 A; 1UE9 A; 3TSZ A; 4Z88 A; 2EQI A; 1HJD A; 1M8M A; 2CT4 A; 2RQW A; 1ABO A; 1PHT A; 2K79 A; 1GBR A; 1X2K A; 1SEM A; 1WFW A; 2KXC A; 2OJ2 A; 1UDL A; 3H41 A; 4JZ3 A; 1B07 A; 2ECZ A; 2AKK A; 2EYY A; 3M0T A; 2DM1 A; 1B3Q A; 2LX7 A; 2KRS A; 1AOJ A; 1E7O A; 4ZNX A; 3C0C A; 2EW3 A; 2JM8 A; 1NYG A; 2DF6 A; 2F2W A; 3I5R A; 4Z8A A; 2A36 A; 1W1F A; 2NWM A; 3VRZ A; 2EVR A; 2LMJ A; 2EPD A; 4AG1 C; 2FG0 A; 2XMF A; 4LUE A; 2DL5 A; 4HVV A; 3FJ5 A; 1WIE A; 2F2X A; 4RUG A; 3I5S A; 2BZY A; 2DVJ A; 2O2O A; 2FPD A; 1UHC A; 2KNB B; 2QDL A; 2A08 A; 3NPF A; 2M0Y A; 4OMP A; 1SRM A; 4DEX A; 1Z9Z A; 2P4R A; 1NEB A; 2X3X D; 2IIM A; 3A98 A; 1PRM C; 4M4Z A; 1GCP A; 1GFC A; 1S1N A; 2YUN A; 3EG2 A; 1OPK A; 4JJB A; 2EGE A; 2DNU A; 2O9S A; 4J9E A; 1EFN A; 1AZE A; 1IO6 A; 2G6F X; 2RPN A; 2DJQ A; 4QT7 A; 3NHN A; 1TUC A; 1X43 A; 2EGA A; 2DBM A; 3O5Z A; 3UAT A; 2RF0 A; 1M30 A; 2HEQ A; 1QLY A; 4CC7 A; 1ZUK A; 3EG3 A; 4OMN A; 5IHN A; 4AG2 C; 2D8J A; 2OAW A; 1JO8 A; 3LH5 A; 1VYV A; 1AEY A; 5I22 A; 1ZLM A; 2C0T A; 1Y57 A; 1UG1 A; 1YN8 A; 4ORZ A; 2BZX A; 2ESW A; 3VS6 A; 2ROT A; 1HD3 A; 1MV3 A; 1VYT A; 1PWT A; 2JT4 A; 3EG1 A; 5IHI A; 2DE0 X; 2KRN A; 5FWC A; 4CC3 A; 1MV0 B; 5HCK A; 4X1V A; 4RTX A; 1AWW A; 2GTO A; 2L0A A; 4A63 B; 2K6D A; 5I11 A; 3VS5 A; 4RTY A; 4DEY A; 3JV3 A; 2KEA A; 4JJD A; 2JW4 A; 2J05 A; 4OML A; 3GBQ A; 1RI9 A; 2RQR A; 2PZ1 A; 3REB B; 2CH4 A; 2LCS A; 1QKW A; 1RUW A; 2VWF A; 2LP5 A; 1RLQ C; 1SSH A; 4J9G A; 1WLP B; 1QWF A; 1GRI A; 2L2P A; 3RNJ A; 3VS2 A; 2KXD A; 2RQV A; 1CKA A; 5FWB A; 2KT1 A; 2M51 A; 2D0N A; 1H3H A; 2EKH A; 1FYN A; 3EG0 A; 4HVW A; 4IIO A; 1V1C A; 2JTE A; 1UTI A; 2LJ3 A; 1ZX6 A; 1ARK A; 2DL8 A; 1VYU A; 3UF4 A; 1AWO A; 1KFZ A; 2YSQ A; 3M0U A; 1M3A A; 1X6G A; 3M0R A; 4D8D A; 1JEG A; 4HVU A; 4J9C A; 2V1Q A; 2LJ1 A; 1BK2 A; 4K11 A; 3VS0 A; 4RTW A; 2A37 A; 1M27 C; 2OI3 A; 1NEG A; 3M0P A; 1SPK A; 1YWO A; 1XOV A; 1AWX A; 4LUD A; 2DRK A; 2L3P A; 1YWP A; 2RQU A; 1I07 A; 3VRY A; 4AFS C; 4OMM A; 1PKT A; 4KRT A; 1W6X A; 1GBQ A; 2VKN A; 1H92 A; 3VS1 A; 2EGC A; 2HCK A; 2FPF A; 2AZV A; 5GJW B; 4Z89 A; 3ULR B; 1JQQ A; 2O9V A; 2FEI A; 2HSP A; 2PNI A; 1UEC A; 3PE0 A; 4JJC A; 1UJY A; 1ZUY A; 2E5K A; 3REA B; 4JPB W; 1NLO C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JTF A; 2GQI A; 5CKB A; 3WVE B; 4C8Q F; 1AWJ A; 5KYU B; 2E5Q A; 2YUP A; 3EFR A; 3G71 T; 5I2M A; 1BCM A; 1QWE A; 1S72 T; 1BI0 A; 3CPW P; 1NPP A; 3GF5 A; 1ZBX A; 3M0S A; 2YT6 A; 4TVR A; 3RMQ A; 1MNE A; 3EGX A; 1UGV A; 1KIK A; 1D1A A; 5DY9 A; 2ATC B; 2Z0W A; 2K3X A; 3QWY A; 3PIO A; 1M3C A; 3CBP A; 3JCM Q; 4JS5 A; 2KRO A; 2EJ9 A; 1TUD A; 1PNJ A; 3UA7 A; 5FU7 C; 3UPU A; 3SEM A; 5FU6 C; 2GF7 A; 3HFN A; 5KYU A; 3SDZ A; 1VQ4 T; 1M1G A; 4ZGE B; 3C12 A; 1KJW A; 2D0Q B; 3NMZ C; 4FYY B; 3CD6 Q; 1B34 A; 1SF9 A; 2QEX T; 1R0C B; 4IIM A; 4BD3 A; 4FSS A; 5IHK A; 2LX9 A; 3D7S B; 1KHC A; 1VQ5 T; 3CC7 Q; 4M75 D; 5GAN 2; 1MMN A; 1YIT T; 2KT8 A; 1N5Z A; 3P8H A; 3VKI A; 4V2S A; 1MHN A; 2LQW A; 1X69 A; 1BKB A; 2WSE E; 4OB2 B; 3DLM A; 4RTU A; 3WXM B; 5LJ5 f; 1OYX A; 4OGE A; 2BIV A; 1VQN A; 1OPL A; 4RTZ A; 2DTO A; 2JS0 A; 1WA7 A; 1M1K C; 4Y28 E; 5GAN 6; 4ANJ A; 2I0N A; 1V29 B; 2CKK A; 4FYV B; 3T9N A; 2KE9 A; 1VQM T; 4J9I A; 4FW1 A; 1VIE A; 3CME T; 3M58 A; 1D09 B; 1T0J A; 3M0Q A; 4M78 B; 3RMS A; 1K1Z A; 4DBQ A; 1Q95 G; 2DMO A; 1C0M A; 1R0B G; 4L5G A; 4E6R A; 4LNP A; 1K0X A; 3QZ9 B; 2VVK A; 4JRI A; 2BTT A; 2QQR A; 3M4Y A; 2F1L A; 1TXQ A; 5IXB A; 3Q1J A; 1JXO A; 3I35 A; 5HK0 A; 1JU5 C; 4ATO A; 2CP0 A; 4A4H A; 4C92 D; 4WCI A; 1K0S A; 3RKW A; 3CCM Q; 1SHG A; 1MUZ A; 1UB4 A; 2YRD A; 4L6V 5; 1OZ2 A; 4M78 A; 2Y90 A; 4KUI A; 4LE9 A; 5GAM e; 1OI1 A; 2DA9 A; 5D6Y A; 1Z9Q A; 1FMW A; 2M16 A; 2K3B A; 3OYL A; 2X4J A; 2QDY B; 1KQ2 A; 1M3B A; 1ZBJ A; 4ESR A; 3JB9 J; 4JLG A; 2LVM A; 2ZZD A; 1V76 A; 2VYT A; 2E6N A; 4IUR A; 5LJ5 g; 3LWH A; 5A0L A; 2DX1 A; 2B8A A; 4IKF A; 4QQD A; 2RJF A; 3LLR A; 1N8R U; 3MEU A; 3CD6 T; 3A8G B; 3MP6 A; 4C0F A; 4AFZ C; 4LD9 K; 1VOM A; 2J6K A; 1R8O B; 2ENM A; 2X9H A; 5IH2 A; 3TSW A; 1M1K R; 2CUB A; 3OS1 A; 2YDL A; 1YJW Q; 1M5Q 1; 3CC7 T; 3QJY A; 4M7D C; 4GY5 A; 1MGQ A; 3IQL A; 2SEM A; 3JB9 D; 2DYI A; 3EGU A; 1Q81 C; 1RLP C; 3JCM X; 1YP5 A; 3TSZ A; 4Z88 A; 2CT4 A; 5KYY B; 1KD1 U; 1ABO A; 3M5A A; 3EGD B; 2D6F A; 1X2K A; 2MYS A; 2KXC A; 1UDL A; 2ECZ A; 2P84 A; 2AKK A; 2EYY A; 2VGN A; 1WHH A; 1D3B B; 2DM1 A; 2NUT B; 4ELY C; 1AOJ A; 2IG0 A; 4ZTF A; 4M7D E; 3C0C A; 1KC8 U; 2JM8 A; 5LJ5 d; 2F2W A; 5GAN 3; 2XD0 A; 4IUQ A; 2O4X A; 3OYJ A; 4M7D A; 3LWI A; 5A0G A; 4M78 G; 4M75 F; 2EPD A; 4XU3 A; 4B9W A; 1VQ7 A; 4HVV A; 2DXB A; 4RUG A; 8AT1 B; 4C8Q E; 2VXF A; 3CCL Q; 1NZ9 A; 3V8L A; 3A8H B; 2PVG B; 4C0G A; 2NUT A; 1GCP A; 2FZG B; 1YFN A; 2QG9 B; 3HRT A; 2EGE A; 4OVA A; 5I2S A; 4GLK A; 1K9M R; 2EJF A; 1EFN A; 5LJ5 j; 4KUD K; 1QVG S; 5GMK m; 1ZA1 B; 1HK9 A; 2FZK B; 2CZ1 B; 2RK2 A; 2P0P A; 2QI2 A; 1M30 A; 1MMG A; 3KBG A; 3FLG A; 2OTL Q; 3CCM T; 5CK9 A; 2PQW A; 5IHN A; 4BI4 A; 1K8A C; 1JO8 A; 1VYV A; 2COZ A; 2DZC A; 2P4T A; 2QGF B; 3F70 A; 2VV5 A; 3G1J A; 1SKU B; 3EFO A; 1UG1 A; 3OS0 A; 3L2W A; 3V7S A; 2BZX A; 4R55 A; 2EQJ A; 1JBM A; 3BE3 A; 1Q81 R; 4ZTJ A; 5IHI A; 1H64 1; 2E10 A; 2E3H A; 4X1V A; 4A4E A; 3SB2 A; 4EMG A; 2L0A A; 3OW2 P; 4JRQ A; 2L89 A; 1JJ2 A; 2ZCF B; 4RTY A; 4E7S A; 2JW4 A; 4EPC A; 3FEO A; 5GMK h; 1VQK Q; 1RI9 A; 3JCM J; 1LPL A; 2RQR A; 3M59 A; 3REB B; 3EAE A; 2LP5 A; 1SSH A; 2GFU A; 1Q7Y C; 4J9G A; 3G7Z A; 4RCC A; 5LJ5 h; 2L2P A; 3G4S A; 1PM3 A; 2RQV A; 1M2V A; 4PLL A; 2JN0 A; 2KT1 A; 2CZ7 B; 2M51 A; 2QQS A; 3QDF A; 3QZ5 B; 2RA2 A; 4IIO A; 3JCM b; 2QXF A; 2JTE A; 3CEY A; 3G6E A; 2RH2 A; 1I4K 1; 1UGP B; 1G3S A; 1VUB A; 4C8Q D; 1G3Y A; 1VYU A; 1I5O B; 2BE7 D; 3UF4 A; 1X6G A; 1WJQ A; 4CRI A; 4HVU A; 2V1Q A; 4NS5 A; 3TQ7 P; 4M7A D; 5KE2 A; 2MF2 A; 2OI3 A; 2QAS A; 1NEG A; 1XOV A; 1AWX A; 1JJ2 S; 1PKT A; 4JS4 A; 4IUP A; 3CCL T; 1H92 A; 3VS1 A; 4J7F A; 2FPF A; 1FXX A; 1Y7X A; 4Z89 A; 4XQ3 A; 1K8A R; 1JQQ A; 3M9Q A; 3CCR Q; 1N6A A; 4BY6 C; 4ZN3 A; 1W4S A; 3REA B; 2RJD A; 1YJ9 A; 3X25 B; 2CT3 A; 2J6F A; 3PVL A; 1I1J A; 2HBW A; 1D0X A; 4HT8 A; 4XTY A; 2RQT A; 2K9G A; 2M02 A; 2RHI A; 1IZ6 A; 3NTK A; 4E47 A; 2OTL T; 4PJO B; 2RJE A; 1GXI E; 1TOV A; 5M9O A; 4AFQ C; 1X2Q A; 1BI2 A; 1FMV A; 1UHF A; 5LJ3 d; 2E12 A; 3CC2 A; 2RI5 A; 3ASK A; 4M77 B; 1KG1 A; 2DEU A; 4EIK A; 3SHW A; 1GFD A; 3C94 A; 1X01 A; 2E3I A; 3TU4 K; 2QEX Q; 1VQ9 A; 2QQ9 A; 1M4Z A; 2DPP B; 4KH1 B; 4Y92 A; 5HY6 A; 3EG9 B; 4DOV A; 4M75 C; 4E7L A; 2QQB A; 5GAN g; 2DFU A; 2GTJ A; 3KXT A; 3CMA A; 1RL2 A; 1WPY A; 2GNC A; 2LRQ A; 1YJN A; 2LJ0 A; 2FO0 A; 3H6Z A; 1QP3 A; 3FIF A; 1NPR A; 1M2O A; 1ZUU A; 1WZO A; 2JM9 A; 2DL7 A; 2DD5 A; 2ED0 A; 2JVV A; 5KYX B; 3VUB A; 2PUK B; 3SD4 A; 2DTI A; 4M77 A; 4FU6 A; 5LJ3 j; 5EC7 A; 4X9C A; 4M75 E; 3CC4 Q; 5GAN e; 2F2V A; 4PL6 A; 1WJR A; 3L2Q A; 2B86 A; 3HPW A; 1G8X A; 1TG0 A; 1QVP A; 3R6N A; 2ZAE A; 1RAA B; 1Y71 A; 3E1S A; 4EMK C; 2PVO B; 1BI1 A; 3LGF A; 1VQ8 A; 2CDT A; 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