The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
IIVVALYDYYSPFSWDLSFQKGDQMVVLEESGEWWKARSLATRKEGYIPSNYVARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for the inhibition of HIV-1 Nef by a high-affinity binding single-domain antibody.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase/apoptosis/immune system
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Tyrosine-protein kinase HCK
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| total genus |
13
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| structure length |
56
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| sequence length |
56
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| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2014-02-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1J3T A; 2JMC A; 4K11 A; 1UTI A; 5ECA A; 2K6D A; 4JJC A; 5L23 A; 1YCS B; 2P4R A; 4FSS A; 1WX6 A; 2ESW A; 1X6B A; 2ECZ A; 2RQR A; 2EGE A; 2MIO A; 1KSW A; 1T3S A; 3H0H A; 2G6F X; 2JXB A; 1AWJ A; 1UHC A; 3M0S A; 1X27 A; 2F2V A; 4ZNX A; 2OAW A; 4LN2 A; 4RTZ A; 1E6H A; 2GGR A; 3EG3 A; 1YWP A; 3A98 A; 2J06 A; 1WXT A; 1K0S A; 4OMP A; 2YT6 A; 2W0Z A; 2VKN A; 1X2Q A; 1GBR A; 1SEM A; 1TUD A; 2LCS A; 3EG0 A; 1AVZ C; 1Z9Z A; 4J9C A; 2GNC A; 2JTE A; 2K3B A; 2KE9 A; 1VYT A; 4R0K A; 1SPK A; 1BBZ A; 1N5Z A; 2DM1 A; 2YUO A; 3O5Z A; 1PKS A; 2AZV A; 3EHR A; 2LMJ A; 4DEX A; 4J9F A; 2LZ6 B; 1ZBJ A; 1VA7 A; 2RMO A; 4AG1 C; 3I9Q A; 4JJB A; 2CUB A; 1MUZ A; 2B86 A; 1NLO C; 4J9I A; 4RTU A; 1NYG A; 3R6N A; 1UEC A; 1H3H A; 4LE9 A; 1M3B A; 3THK A; 2E5K A; 4AG2 C; 4OMM A; 4OMO A; 2O9S A; 4LNP A; 4IIO A; 1U5S A; 2DRM A; 3IQL A; 1M3A A; 2J6K A; 5FW9 A; 1WA7 A; 4HXJ A; 1GBQ A; 3ULR B; 2KRS A; 2RQT A; 2DMO A; 2KBT A; 4J9D A; 4RTT A; 1HJD A; 1JU5 C; 4HVU A; 2DL4 A; 1UE9 A; 5FWB A; 4GBQ A; 1W1F A; 1X43 A; 3JV3 A; 1QWF A; 2JM8 A; 2JT4 A; 4HCK A; 1JXO A; 1XOV A; 1KFZ A; 3NGP A; 1BU1 A; 2A36 A; 1NM7 A; 2HBW A; 2EW3 A; 4OML A; 4AFQ C; 1Z9Q A; 2CDT A; 3UAT A; 3TSZ A; 2DL5 A; 2CSI A; 2LJ1 A; 1K4U S; 5FWC A; 2MCN A; 1AWX A; 3U23 A; 1GFD A; 2DIL A; 1ZUU A; 2D0N A; 2RPN A; 1RI9 A; 2HEQ A; 4KRT A; 2O9V A; 1CKB A; 5HCK A; 2LNH B; 1PNJ A; 5IH2 A; 2BZY A; 3EGU A; 3VS3 A; 3VS1 A; 2EYZ A; 1SSH A; 2YUN A; 3GBQ A; 2OJ2 A; 1ABO A; 1I07 A; 1WXB A; 1FYN A; 2JS2 A; 1G2B A; 1QKX A; 1GCQ C; 2KRM A; 4HVW A; 2LJ3 A; 1K0X A; 3FJ5 A; 1RLQ C; 1GCP A; 2FPD A; 4F16 A; 3EG2 A; 4DEY A; 1BB9 A; 2GBQ A; 2EYX A; 3ZL7 C; 1TG0 A; 2K7A A; 1HD3 A; 1JEG A; 2KR3 A; 1Y57 A; 2V1R A; 1X69 A; 2DYB A; 4IIM A; 4RUG A; 3VS5 A; 2ENM A; 1VYV A; 3UA7 A; 1EFN A; 1VYU A; 1I1J A; 2A37 A; 3VS6 A; 5IHK A; 3QWY A; 2D8H A; 1UUE A; 2YUP A; 2AZS A; 1GL5 A; 2DF6 A; 2X3X D; 2AK5 A; 3REA B; 1ZUK A; 1TUC A; 1U3O A; 5GJW B; 2VWF A; 2LP5 A; 3H41 A; 1WFW A; 2L2P A; 1M30 A; 5EC7 A; 1NYF A; 1T0J A; 2CT4 A; 2J05 A; 1QCF A; 3UF4 A; 1W6X A; 3KFV A; 4JZ4 A; 4CC4 B; 1UFF A; 2DL7 A; 2C0I A; 2FPE A; 2KRO A; 1X6G A; 1JQQ A; 1E6G A; 2W10 A; 1RUW A; 1ZLM A; 2M51 A; 1HSQ A; 1AOJ A; 1NEB A; 4JJD A; 4GLM A; 4AFU C; 2NUZ A; 4RTX A; 1SHG A; 1WDX A; 2I0N A; 1I0C A; 4LUE A; 4E6R A; 5I11 A; 5IXB A; 1ZX6 A; 1B3Q A; 1KJW A; 1YP5 A; 1OV3 A; 4Z8A A; 3M0U A; 1A0N B; 1MV3 A; 1G83 A; 1M27 C; 4F17 A; 2RN8 A; 3VS0 A; 1UDL A; 1PHT A; 2MOX A; 2KYM A; 1LCK A; 1V1C A; 2A28 A; 2A08 A; 1FMK A; 2CH4 W; 2K2M A; 1ZSG A; 1U06 A; 2AKK A; 2EBP A; 1JXM A; 2SEM A; 1ARK A; 1K9A A; 3QWX X; 1T0H A; 2QDL A; 2CT3 A; 1WLP B; 3TSW A; 1GCQ A; 2X3W D; 3I5R A; 1AWO A; 2K79 A; 3TVT A; 2DL8 A; 2ED0 A; 1WIE A; 2DL3 A; 2EYY A; 4AFZ C; 4OMN A; 2EGA A; 1PRL C; 4D8K A; 3PVL A; 1ZUY A; 2L3S A; 2RF0 A; 2JS0 A; 4RTW A; 3UA6 A; 1OPK A; 1WYX A; 2CRE A; 2SRC A; 2FRW A; 2K9G A; 2F2W A; 4Z89 A; 2LQW A; 4LUD A; 2M0Y A; 2EPD A; 4JPB W; 1AEY A; 2EYW A; 2KEA A; 4J9E A; 2ROT A; 2D1X A; 2FRY A; 1QLY A; 2F2X A; 4M4Z A; 2YDL A; 2GTJ A; 1H8K A; 4D8D A; 2CSQ A; 3VS4 A; 2CH4 A; 1ABQ A; 4CC2 A; 2DJQ A; 2DE0 X; 1AD5 A; 1OPL A; 2J6O A; 2GQI A; 4J9B A; 4J9H A; 2KXC A; 3VS2 A; 3M0T A; 1AZG B; 3RBB B; 1W70 A; 1UGV A; 3VRY A; 2BZ8 A; 3NPF A; 1M3C A; 1BK2 A; 1QKW A; 2PTK A; 5IHN A; 1NLP C; 5IHI A; 4ORZ A; 2YUQ A; 2EVR A; 3I5S A; 2L0A A; 3NMZ C; 2XMF A; 3I35 A; 2DBK A; 1WXU A; 1X2K A; 2DA9 A; 4ESR A; 1NG2 A; 1T3L A; 1PKT A; 1SRM A; 2FO0 A; 4QT7 A; 3EHQ A; 2NWM A; 3CQT A; 2C0O A; 1UG1 A; 1SRL A; 4F14 A; 4HVV A; 3PVQ A; 2LJ0 A; 2ED1 A; 3C0C A; 4X1V A; 5GJV B; 2EKH A; 1YWO A; 3RNJ A; 5IXF A; 1K76 A; 1CKA A; 2JW4 A; 2JM9 A; 2PZ1 A; 2O31 A; 1GFC A; 2HSP A; 1PRM C; 3REB B; 4CC7 A; 2O88 A; 2KYB A; 2DVJ A; 2JMA A; 4WCI A; 2KNB B; 2PNI A; 2EQI A; 2EGC A; 4AFS C; 2KRN A; 2RNA A; 3SHW A; 2GTO A; 2BTT A; 1K1Z A; 2LQN A; 4RTY A; 1E7O A; 1AZE A; 1YN8 A; 1CSK A; 2AKL A; 2L3Q A; 2ABL A; 1IO6 A; 2OI3 A; 3EG1 A; 2DX1 A; 1QWE A; 1GRI A; 2RQU A; 2O2O A; 2KT1 A; 3H0F A; 2DRK A; 2FPF A; 2RQV A; 1UJY A; 2DBM A; 2VVK A; 3M0P A; 3LH5 A; 2FEI A; 2HCK A; 2DLP A; 3NHN A; 1B07 A; 2ROL A; 1AWW A; 1NEG A; 2DNU A; 1YNZ A; 1Y0M A; 2HDA A; 4JZ3 A; 3VS7 A; 1UJ0 A; 2V1Q A; 2RQW A; 3M0R A; 1M8M A; 2LX7 A; 4CC3 A; 2KGT A; 2FG0 A; 1OOT A; 2IIM A; 2BZX A; 2C0T A; 2KT8 A; 4A63 B; 2YSQ A; 4EIK A; 1MV0 B; 2J7I A; 1KIK A; 3SEM A; 1JO8 A; 1S1N A; 1H92 A; 2KXD A; 3M0Q A; 2CUD A; 1UHF A; 2J6F A; 2L3P A; 4RTV A; 3H0I A; 1PWT A; 4Z88 A; 2D8J A; 1WI7 A; 4J9G A; 3PE0 A; 3VRZ A; 1RLP C; 1SHF A; 2H8H A; 4OMQ A; 1OEB A; 5I22 A; 4Y92 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3I56 T; 3BY7 A; 4K11 A; 2QEX T; 2WSE E; 1YCS B; 2JZ2 A; 4L6V 5; 2ESW A; 2RQR A; 2MIO A; 1WZO A; 1VQ4 T; 3OS2 A; 1V29 B; 1M9S A; 3OYH A; 3D7S B; 2C06 A; 4M7A A; 1XJW B; 1XNI A; 3RER A; 8AT1 B; 2F5T X; 2OAW A; 4BI4 A; 1E6H A; 4KH1 B; 1B34 A; 1UB4 A; 1R77 A; 2V8K A; 1K0S A; 3OYM A; 3I55 T; 2VUB A; 4OMP A; 2VKN A; 4ZN1 A; 2EAY A; 3L2Q A; 1S72 A; 2K5I A; 4BAC A; 4E7J A; 1Q82 C; 2LCS A; 4FM4 B; 3CME Q; 1AVZ C; 1YJN Q; 2GNC A; 2JTE A; 2QQS A; 2YLC A; 2DM1 A; 2YUO A; 4NS5 A; 5A0G A; 2RHI A; 4DEX A; 3FEO A; 5J39 A; 3OMC A; 3CMA T; 3CBO A; 3CCJ A; 1ZBJ A; 2CUB A; 4J9I A; 2FVU A; 3R6N A; 1H3H A; 1WHJ A; 2E5K A; 3A1P A; 3OBY A; 3LYI A; 3IQL A; 1M3A A; 2J6K A; 1WA7 A; 1AT1 B; 4KGX B; 2KRS A; 4DOW A; 2DMO A; 4J9D A; 3OYG A; 2DKG A; 1KD1 U; 2DFU A; 5LJ3 h; 3CC2 A; 2O4X B; 4J5Y A; 1VIE A; 1ACM B; 2FB7 A; 2HBW A; 1M90 U; 1LOJ A; 4AFQ C; 1HK9 A; 4OP0 A; 1MMD A; 4C92 E; 3JCM e; 3OS5 A; 4KUL A; 2RH2 A; 2QAZ A; 1VQ8 Q; 2HEQ A; 1I5L A; 2K4Y A; 1KC8 R; 1RAB B; 2QQR A; 1VQN A; 2QEX Q; 1Q86 R; 3LW5 E; 3P8D A; 2AT1 B; 2YUN A; 4M77 A; 1WQW A; 4EMK A; 1VQ9 Q; 1WXB A; 5FRM A; 1FYN A; 3LX7 A; 2X4J A; 1M1K C; 3OYL A; 3MEV A; 2DXC A; 2KRM A; 3EGX B; 1YIT T; 4BUG A; 1K0X A; 3G71 T; 1G5V A; 3FJ5 A; 1RLQ C; 3E2U A; 1ZA1 B; 1ZSZ C; 2DD4 A; 2E70 A; 2NUP B; 4JDS A; 1K73 U; 4BDY A; 1NJI C; 2E1H A; 4F7U F; 1WNL A; 4JS5 A; 1JEG A; 3RKY A; 1Y57 A; 2V1R A; 3JSC A; 2DYB A; 5LJ3 d; 3VS5 A; 1BYM A; 1VYV A; 4OVA A; 3RDV A; 2RI5 A; 1PG5 B; 3CCS T; 1UGR B; 3QWY A; 5GAO l; 2XDD A; 1OI1 A; 2QTX A; 2GQV A; 2X3X D; 3QII A; 1ZUK A; 4J7I A; 5GJW B; 3OW2 S; 1WFW A; 2L2P A; 1BI1 A; 3CC4 A; 2J05 A; 1QVG A; 1QCF A; 3ASK A; 2DYI A; 4JZ4 A; 4ZTF A; 2DL7 A; 1H3Z A; 3E1S A; 2C0I A; 4PJO E; 2FPE A; 3QBY A; 1E6G A; 5CQX A; 3CCR Q; 1ZLM A; 2M51 A; 1AOJ A; 3T9N A; 4AFU C; 2XID A; 1M1F A; 3MP1 A; 4RTX A; 2JN0 A; 1SHG A; 2CYZ B; 4LUE A; 3A8O B; 2FZG B; 5I11 A; 5IXB A; 3GOX A; 3J7A F; 5GAN 2; 4BE0 A; 3RKX A; 4M75 A; 3M0U A; 1Q86 U; 2YRV A; 1M27 C; 2LQ8 A; 3QKJ A; 3VS0 A; 1UDL A; 2QYZ A; 5CKF A; 3CCE T; 3M56 A; 2MOX A; 5L8R E; 3QSU A; 1ZSG A; 4L5G A; 2EBP A; 1JXM A; 4JS4 A; 1K9A A; 3QWX X; 4C0D B; 4PK4 A; 1RAG B; 1U1T A; 1NPP A; 2K79 A; 3UWN A; 3HSB A; 1U1S A; 2DL3 A; 1VQ6 Q; 2CP5 A; 4OMN A; 4HT9 A; 3H6Z A; 1BI0 A; 1PRL C; 4D8K A; 3PVL A; 3VUB A; 2L3S A; 4C8Q A; 4RTW A; 5GMK l; 3VYH B; 1PCX A; 1OPK A; 1WYX A; 2E10 A; 4N4G A; 4M7D A; 3LGL A; 1PSE A; 1Y7X A; 4LUD A; 3I56 A; 4JPB W; 4C0F A; 4IUR A; 3G71 Q; 2ROT A; 2A3L A; 1YI2 Q; 2KSS A; 3EGD B; 3DB4 A; 2CSQ A; 3VS4 A; 1VQ4 A; 5CQY A; 1IXD A; 1MND A; 3OYK A; 1ABQ A; 4CC2 A; 2DJQ A; 2MPX C; 2H3J A; 1BI2 A; 5FRN A; 4KGV B; 5CCA A; 4O6J A; 3G4S T; 5GAN h; 2V8I A; 4RMO A; 2J6O A; 2GQI A; 1MNE A; 2KXC A; 2VGN A; 1AZG B; 3I55 A; 1W70 A; 3BDL A; 3NPF A; 5LJ3 g; 1M3C A; 4XTY A; 4PJO D; 1BK2 A; 2E6N A; 3PT9 A; 3TRE A; 6AT1 B; 1VQL T; 5IHN A; 1NLP C; 4ORZ A; 3E9G A; 4XAX B; 5CK9 A; 2BKD N; 3I5S A; 2L0A A; 3JCM X; 3PNW C; 3CCL T; 4DBF A; 4BE1 A; 1Q7Y R; 3OW2 P; 4ESR A; 5GAN 8; 4DQ2 A; 3G6E T; 1SRM A; 3CPF A; 2FO0 A; 2RHU A; 4QT7 A; 3EHQ A; 4OB0 B; 4BD3 A; 1IGU A; 1JB0 E; 1K8A R; 4ELZ C; 2C0O A; 2DET A; 4F14 A; 3CXC S; 2LJ0 A; 2QXF A; 4J83 A; 1YWO A; 1UGS B; 4IUV A; 1S72 T; 2JM9 A; 2O31 A; 1M4Z A; 4M7A F; 1PRM C; 5FRO A; 3AT1 B; 3REB B; 4CC7 A; 3MCA B; 4E2F B; 5CVI A; 2KNB B; 2QGF B; 1YFN A; 3JB9 D; 2RNA A; 2BTT A; 1IHV A; 1C1A A; 1RAE B; 4XTZ A; 4RTY A; 2P84 A; 1AZE A; 2DIG A; 2ZAE A; 1TUG B; 3QDF A; 1IO6 A; 4PL6 A; 4KGZ B; 1JBM A; 1I81 A; 1QWE A; 4XTV A; 2RQU A; 4ZTJ A; 4M78 A; 4Y91 A; 3H8Z A; 2HQE A; 4PJO F; 4OB3 B; 1M1G A; 3GF5 A; 1HXD A; 1UJ0 A; 2V1Q A; 3S3O A; 2RQW A; 1Q81 R; 5LJ5 j; 2PVO B; 1VUB A; 2EQJ A; 2KGT A; 1OOT A; 2IIM A; 1YIT A; 1MMG A; 2RD1 A; 3OS0 A; 1R0C B; 4EIK A; 4ZGE B; 2J7I A; 1KIK A; 1M1K U; 1QVP A; 4BI3 A; 1K8A U; 3VYG A; 3M0Q A; 3QJ6 A; 2FZK B; 1N8R R; 2CUD A; 2J6F A; 1WJR A; 2L3P A; 2KY9 A; 4DBQ A; 1YIJ A; 2D8J A; 3CCM Q; 3QPH A; 2CZ0 B; 1SHF A; 3SB2 A; 3VJP A; 1VQN T; 2IVW A; 1OEB A; 4N4I A; 1K9M C; 1D0Y A; 3CCS A; 4JRI A; 2COZ A; 1VOM A; 2ECZ A; 3EFS A; 1EZZ B; 5KE2 A; 2MF2 A; 3S3N A; 1IRX A; 1T3S A; 5GAO r; 4C0D C; 1G3T A; 2M9U A; 4FYW B; 5KE3 A; 3JB9 F; 2JXB A; 4N4H A; 2E65 A; 3L2Z A; 3M0S A; 3MHX A; 3LWH A; 3OQ5 A; 5EG2 A; 4M77 F; 1YWP A; 3OYC A; 1WXT A; 4C92 A; 4CRI A; 2RA2 A; 4ELY C; 5FU7 B; 5LJ5 e; 3A8M B; 1S72 Q; 3L2R A; 1DJ7 B; 1GBR A; 1SEM A; 3TEE A; 1TUD A; 3CXC P; 3EG0 A; 3V8J A; 2NLU A; 1W2B A; 4OGC A; 1VYT A; 2XU8 A; 1SPK A; 5GAN j; 2LTO A; 3O5Z A; 3EHR A; 3OY9 A; 2LMJ A; 4J9F A; 3CCJ Q; 1N9R A; 3CCE A; 1LPL A; 3INZ A; 2DVE A; 3CC4 T; 3CCQ A; 4XQ3 A; 4EDU A; 3SD4 A; 1MUZ A; 2B86 A; 4AT1 B; 2DZ9 A; 4LE9 A; 3QG1 A; 2K2V A; 4RKU E; 4AG2 C; 4N0A A; 2LDM A; 2RI2 A; 4OMM A; 3JCM b; 2QA4 T; 2DRM A; 1BIB A; 9ATC B; 5GAM f; 2YXY A; 1RAC B; 1FX7 A; 2R58 A; 4HXJ A; 1GBQ A; 3ULR B; 2KBT A; 2EQM A; 3KUF A; 1JU5 C; 4IUP A; 3CC2 Q; 4GBQ A; 1X43 A; 1QWF A; 4MDW A; 2HQX A; 3AHU A; 4HCK A; 1KFZ A; 3NGP A; 5GMK i; 4F7U E; 4F04 B; 5C6S A; 4OF1 A; 1Z9Q A; 4XU3 A; 3MPU B; 2DTI A; 1AWX A; 2HSE B; 4KUI A; 3RES A; 1JJ2 S; 2CP0 A; 5GAN e; 2DIL A; 1ZUU A; 4B6M A; 2RB6 A; 3MEW A; 4EMK B; 1RI9 A; 3G4S A; 2A7Y A; 1VQN Q; 1LNX A; 3JCM J; 1QP3 A; 4FL6 A; 2XKO C; 4KT0 E; 2QDY B; 2VGM A; 3HKS A; 1KD1 R; 1RAA B; 1KHC A; 1GCQ C; 1WQ7 A; 2LJ3 A; 2FYK A; 2KMT A; 5M9O A; 5AYF A; 1M90 R; 3X24 B; 3CCL A; 1FWZ A; 2FPD A; 4HCB A; 3F70 A; 4DEY A; 1WHL A; 4JLG A; 3G6E A; 2EYX A; 2O01 E; 4EMH A; 1TG0 A; 2VC8 A; 1YHQ A; 4PLI A; 3L1A A; 2KR3 A; 1WJQ A; 4QW2 A; 4RUG A; 3OYY A; 2ENM A; 5IT9 E; 3UA7 A; 1VYU A; 2A37 A; 3VS6 A; 2R5M A; 4BB7 A; 3UT1 A; 4E7H A; 2D8H A; 1VQ7 T; 1G3W A; 4NL3 A; 2Z0W A; 2AK5 A; 3CCV T; 1TUC A; 2GFU A; 1U3O A; 5GAN 6; 2DXB A; 4HKE A; 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