The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
65
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structure length |
64
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Chain Sequence |
SLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKTVSQMVYKHAISTVVPSRPVSH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of an Escherichia coli Hfq:RNA complex at 0.97 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA-binding protein Hfq
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| molecule tags |
Rna binding protein
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| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
15
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| structure length |
64
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| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-05-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17209 | Hfq | Hfq protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YHT A; 4C8Q D; 3FB9 A; 5GAN e; 4PJO B; 4M78 D; 4XQ3 A; 1H64 1; 4MMK A; 2DZ9 A; 1I5L A; 4Y91 A; 1JBM A; 4M7A B; 1LOJ A; 4QVC A; 1MGQ A; 3JCM J; 1I81 A; 2YLC A; 2CGH A; 3JCM d; 5LJ5 e; 5LJ3 d; 3JCM W; 1HXD A; 4M77 B; 5GAM d; 4M7A E; 1WQW A; 5GMK e; 3HSB A; 4V2S A; 5GAN 4; 3VU3 C; 4X9D A; 4PJO F; 1YCY A; 4M7D C; 4C8Q E; 1BIB A; 5GAN 3; 1JRI A; 3JCM h; 3RIR A; 5LJ3 h; 2DJZ A; 5GAN 6; 5GMK l; 4XTV A; 4J5Y A; 3JCM b; 5GAM h; 5GAO p; 2EWN A; 5GAN j; 4M7A F; 2Y90 A; 2DZC A; 4RCC A; 1D3B A; 3JCM g; 4C92 C; 5LJ3 g; 2QTX A; 1X01 A; 4M75 B; 3V8L A; 4M7A A; 4PJO G; 3HFN A; 4HT9 A; 5GAM g; 5GAN f; 2VC8 A; 1Y96 A; 4WF2 A; 2DTI A; 4RCB A; 3JCM c; 5LJ5 j; 3JCM X; 4M78 C; 3JB9 F; 4M7A G; 2E1H A; 4M75 E; 5GMK j; 2YLB A; 4X9C A; 1N9R A; 4EMK B; 5GAN 5; 2E65 A; 2I2L A; 1D3B B; 3RKW A; 5LJ5 f; 1WQ7 A; 4M7D E; 2DVE A; 2EJG A; 4M77 G; 5GAN 2; 1WNL A; 3QUI A; 1Y96 B; 2DTH A; 4M75 F; 3JCM e; 4XTU A; 4C8Q B; 4XTZ A; 4JRI A; 5GAO l; 1LNX A; 4C92 E; 5GAM e; 3GIB A; 4M7D F; 4N0A A; 4M75 A; 4DQ2 A; 3RER A; 2VXE A; 2HNI A; 5GAN 7; 3BDU A; 4M7D A; 3M4G A; 4M78 E; 3QO3 A; 1TH7 A; 4M75 G; 3RUX A; 4F7U E; 4C92 F; 3SWN C; 2DXU A; 4N0A C; 4EMK A; 4JUV A; 3QSU A; 3BW1 A; 3QHS A; 4C8Q F; 4QVD A; 3HFO A; 1M5Q 1; 1U1T A; 1N9S A; 4M77 D; 4OP0 A; 1KQ1 A; 4M78 F; 4XU3 A; 4C92 A; 1B34 A; 4A53 A; 3JCM Q; 3JCM V; 2E41 A; 1LJO A; 2VXF A; 4F7U F; 3RKY A; 4C8Q A; 4J6W A; 5GMK m; 2EAY A; 5LJ3 j; 4M7D B; 2RM4 A; 4M78 A; 3PGG A; 4XU0 A; 4JLI A; 4EMG A; 5GAM j; 4F7U A; 3L2Z A; 3SWN B; 4C8Q G; 4NOY A; 2ZGW A; 3JCM f; 3FJP A; 5LJ3 f; 3JB9 I; 4XU1 A; 4C92 B; 5GAO r; 5GAM f; 4XTY A; 1B34 B; 2FYK A; 3V8K A; 3JB9 G; 5LJ3 e; 2DEQ A; 5LJ5 h; 4NL2 A; 2DTO A; 4M78 B; 4PJO C; 4XTW A; 4F7U B; 2DXT A; 4PJO D; 2RB6 A; 5GMK i; 4M7A D; 2EJF A; 5GAO m; 4J6Y A; 4M77 C; 3SWN A; 4M7D G; 3SB2 A; 3V7C A; 3EFR A; 1KQ2 A; 5GAN d; 3V8J A; 4XU2 A; 1WPY A; 4EMH A; 1BIA A; 2DKG A; 5CAI A; 3JB9 D; 3JB9 J; 3V7S A; 4NL3 A; 4JRK A; 4C92 G; 4PJO E; 2JN0 A; 5LJ5 d; 5GAN h; 1HK9 A; 4HA8 A; 3RES A; 3AHU A; 3L1A A; 4M75 C; 4M78 G; 4PNO A; 3RKX A; 3EFS A; 4F7U G; 2E10 A; 1I4K 1; 4M75 D; 5GAN g; 5GAO n; 5I21 A; 3JCM P; 4M77 E; 1I8F A; 3INZ A; 4EMK C; 5GAO q; 3FIF A; 4HT8 A; 4M7D D; 3V7R A; 2EJ9 A; 5GMK h; 4MML A; 1U1S A; 3JB9 H; 4PJO A; 5GAN 8; 4M7A C; 5LJ5 g; 2FB7 A; 2RA2 A; 5DY9 A; 4M77 F; 4J6X A; 3BFM A; 4C92 D; 4C8Q C; 1M8V A; 4XTX A; 3BY7 A; 2RD1 A; 2K57 A; 2E64 A; 4A54 A; 4M77 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2J05 A; 3MPU B; 4XQ3 A; 1WJR A; 3OYG A; 3H0H A; 3KFV A; 1MGQ A; 4CC2 A; 3CCQ A; 2B8A A; 3PIO A; 5CKH A; 3HSB A; 1NJI U; 2E6N A; 4PJO F; 2KI7 A; 3KXT A; 1YIJ Q; 9ATC B; 1RAE B; 2HD0 A; 5FWC A; 4F14 A; 1GCQ A; 3CCV T; 1K8A R; 2RQW A; 3HRU A; 1Y96 A; 2KXD A; 3JCM c; 3CCR Q; 1N9R A; 4OML A; 4DBR A; 4CC4 B; 1QCN A; 2KT1 A; 4LUD A; 5CKF A; 4HVU A; 2H8H A; 3GIB A; 2GQV A; 4HVV A; 3G71 A; 2XDB A; 1LVK A; 1TU0 B; 4B6M A; 3HHT B; 5KYU B; 3CQT A; 3QKJ A; 1SPK A; 1N6A A; 4F7U F; 1K0X A; 1VOM A; 1UFF A; 2RM4 A; 3QPH A; 3OMC A; 4Z88 A; 4NOY A; 3ZFJ A; 1VQ9 Q; 2HKQ B; 1VQM Q; 2CUB A; 2JOY A; 1WXB A; 2NUT A; 4B9W A; 2X35 A; 2P0Q A; 4PKC C; 2RB6 A; 1TUC A; 2FPF A; 2M02 A; 1YJW A; 1Q82 C; 1TWB A; 2CP3 A; 5GAO m; 2OX7 A; 1HYO A; 1OZ3 A; 2DO3 A; 1Q7Y C; 4C5G A; 4C92 G; 1H8K A; 3U23 A; 2ENM A; 2QA4 A; 1I4K 1; 4M75 D; 1K1Z A; 1KC8 R; 1K73 R; 2CRE A; 2CDT A; 2M9U A; 1HSQ A; 2K7A A; 3PFS A; 2KEA A; 2SEM A; 3KUF A; 3HL8 A; 1M90 U; 2EYW A; 2BUD A; 1KHC A; 2DVJ A; 3JCM d; 2JW4 A; 1MNE A; 3VS0 A; 1VUB A; 1WQW A; 1A0N B; 2LJ3 A; 3JCM h; 1TXQ A; 4J5Y A; 4M7A F; 1AOJ A; 3OSS C; 1ZUK A; 3CXC S; 5CKB A; 5HCK A; 2GQI A; 5FLX E; 1UG1 A; 1D1C A; 3QG1 A; 1QVG S; 1G2B A; 4J7I A; 2QGF B; 2LNV A; 2CP2 A; 2PNI A; 2HNI A; 3CCU Q; 1GRI A; 1Q86 C; 2MI6 A; 4C92 F; 4JUV A; 2WSC E; 1M30 A; 1M5Q 1; 1VQ4 T; 1QLY A; 3CC2 A; 1M3B A; 1VQO T; 2COW A; 4JPB W; 2EAY A; 4EMG A; 1RUW A; 4AFQ C; 6AT1 B; 1H3H A; 3MP6 A; 2QDL A; 3H8Z A; 2DNU A; 3VUZ A; 4OGC A; 4VUB A; 1G8X A; 2RJF A; 2XI9 A; 2K2M A; 1JO8 A; 4DBF A; 5CVI A; 4LNP A; 2MK5 A; 5KCO A; 1ZBJ A; 2AT1 B; 2PVO B; 2MPX C; 5M9O A; 2CS7 A; 3JB9 J; 5I2M A; 4N4I A; 1I0C A; 5C0M A; 2E10 A; 1WHG A; 2HKN A; 4FYY B; 4M77 E; 2CP0 A; 1I8F A; 3PT9 A; 2ZPB B; 1U1S A; 5KYX B; 4C5E A; 3CC4 T; 1SRM A; 1ABO A; 2E6Z A; 3MP1 A; 1VQP T; 2VGM A; 3BY7 A; 1RL2 A; 1H64 1; 1UB4 A; 2YLC A; 2CP7 A; 2P0K A; 2LJ1 A; 3G6E Q; 4FCY A; 1XQH A; 1I5O B; 1PD0 A; 3FRN A; 4ME7 A; 2HEQ A; 2GTO A; 3EH2 A; 4LXC A; 1JRI A; 5KYY B; 3RIR A; 2RHX A; 3M55 A; 3M5A A; 4DOW A; 1ZHI A; 4L6V 5; 1X01 A; 2GFU A; 3HFN A; 2DTI A; 5GJW B; 2H3J A; 3M56 A; 1IRX A; 5D6X A; 3NHN A; 3VYG A; 1X2Q A; 3JCM e; 4O5V A; 1N8R U; 3CCS Q; 1UGS B; 4DQ2 A; 5IAY A; 2WSE E; 1UTI A; 1WA7 A; 1PC0 A; 4ZTJ A; 3Q1J A; 1WHJ A; 1PCX A; 2DXU A; 3G7Z A; 2JVV A; 1CSK A; 2KE9 A; 1BU1 A; 2ED1 A; 2VXF A; 3CCQ T; 1K4U S; 2CP6 A; 4M78 A; 1X75 C; 2ZPE B; 4OB1 B; 1BI0 A; 4WTO B; 3NTK A; 3X28 B; 2EFI A; 2V8I A; 3SD4 A; 2EBP A; 3GLX A; 2RJE A; 4J9G A; 4OMF B; 2F5T X; 1YJN Q; 2YXY A; 1MV3 A; 1VQ6 A; 2VKN A; 1VQL Q; 2AK5 A; 2LQW A; 2DL4 A; 4E7I A; 5L23 A; 2VYT A; 3MEW A; 1YCS B; 2D8J A; 3EHR A; 4QT7 A; 4E7Z A; 3G71 T; 3L1A A; 1R77 A; 1IB8 A; 3UPU A; 2ZPF B; 1DJ7 B; 2QEX Q; 2EQM A; 2V26 A; 3UA6 A; 4KGX B; 5FWB A; 1WJQ A; 3INZ A; 4EMK C; 2EGE A; 4M7D D; 4JRQ A; 1PRL C; 4Q5W A; 2RMO A; 2GTJ A; 1O75 A; 1OI1 A; 1I5L A; 3CCE A; 4XU1 A; 2QQA A; 4C8Q D; 2QK0 A; 4KGV B; 1MMN A; 3CCL A; 3OBW A; 5KYW B; 3QBY A; 2LQ8 A; 1YJW T; 1JB0 E; 1YN8 A; 3GPL A; 4M7D C; 2LZ6 B; 3MKD A; 2K5F A; 4ORZ A; 2L3R A; 3JCM g; 2DA9 A; 2PZ1 A; 3V8L A; 3CPW A; 4WF2 A; 5LJ5 j; 2QA4 T; 4D8K A; 1GXI E; 1Q7Y U; 4EMK B; 3TU4 K; 4M75 F; 4OMO A; 1Z9Q A; 5GAO l; 3NGP A; 4FM4 B; 5FU7 C; 2C0T A; 2FZK B; 3UDC A; 4HKE A; 2VUB A; 2KBT A; 3VS2 A; 1WYX A; 2EGC A; 3QSU A; 3DLM A; 3J80 E; 1K8A C; 1RLQ C; 3JCM V; 4M7D B; 1EX4 A; 5A0G A; 4DBQ A; 4FT4 A; 4N4G A; 1G3T A; 3ZEH A; 1ZUY A; 2V8J A; 4JS4 A; 3V8K A; 4C0G A; 2LCL A; 4GLM A; 3DLL A; 4JDS A; 1KQS P; 2G6F X; 1WXU A; 2KSS A; 3EGU A; 1WGS A; 3CCV Q; 2XID A; 1YWO A; 3TSZ A; 2X3X D; 2R58 A; 3V8J A; 5FU7 B; 1VQ7 A; 4JRK A; 1Y0M A; 4PFZ A; 1HK9 A; 2VVK A; 1B07 A; 1KJW A; 1Y07 A; 1WHH A; 2DFU A; 1FXX A; 1I07 A; 3A8H B; 5J3B A; 3TRE A; 5GAO q; 3RR6 A; 1GCQ C; 1ZA2 B; 3CC2 T; 1IHW A; 1YP5 A; 3PVQ A; 3M0U A; 2FB7 A; 5CKD A; 2K57 A; 5A0L A; 4A54 A; 1U8R A; 1QVF P; 4MMK A; 4R56 A; 4LUE A; 3PMI A; 1PSF A; 3EH1 A; 2YUN A; 1HXD A; 4J9F A; 1IXD A; 3I5R A; 3VKI A; 1K9M U; 4C8Q E; 5L8R E; 1KD1 R; 4ZN1 A; 1LCK A; 1KC8 C; 4RCC A; 3WVE B; 1BKB A; 1K73 C; 1D3B A; 4PFO A; 2LMJ A; 4P5N A; 1QQJ A; 1YBY A; 4ELZ C; 4RCB A; 4FL6 A; 3WXM B; 1ZQ1 A; 3OYJ A; 2E65 A; 1WJS A; 1VQ4 A; 2DXC A; 1Y96 B; 4AFZ C; 1RAA B; 4KT0 E; 2QAZ A; 2HQH A; 4J9I A; 1NYG A; 4C0F A; 3ZL7 C; 1QCO A; 2DEU A; 1G83 A; 4F7U E; 4BDY A; 4EMK A; 3J7A F; 1TOV A; 3A8M B; 1H3Z A; 2FZG B; 2KXC A; 3E9G A; 5EC7 A; 2OTL T; 2MIO A; 4IIO A; 5GAM j; 3BE3 A; 2DRK A; 3L2Z A; 3MO8 A; 2OAU A; 2F2V A; 2GF7 A; 5J26 A; 5GAO r; 1VQ8 A; 1UEC A; 4A63 B; 1S1N A; 4TVR A; 1NEG A; 4JZ3 A; 1SRL A; 4EPC A; 4J9D A; 3MEU A; 1M27 C; 1C1A A; 4OMP A; 3NFC A; 4M7D G; 5GAN d; 1W2B A; 1WPY A; 4CC3 A; 2E3H A; 3QYH B; 4CRI A; 5GAN h; 3I56 T; 2VV5 A; 4PJL A; 1V29 B; 1BI2 A; 2LTO A; 3MEV A; 3OYL A; 3QYG B; 4PJO A; 3JB9 H; 4FSS A; 3OW2 A; 3TCJ A; 1M3A A; 2ATC B; 1VQ4 Q; 5KH6 A; 1VQN A; 1VQO Q; 2P4R A; 3FB9 A; 3NMZ C; 4J7F A; 1OZ2 A; 5KE3 A; 2F2W A; 3R6O A; 4IUV A; 1VQ6 T; 4RG8 A; 3DB3 A; 5LJ3 d; 2QQR A; 4M7A E; 2KGT A; 3T9N A; 1YCY A; 1NLP C; 3RMS A; 4JJD A; 5LJ3 h; 2E5Q A; 3JCM X; 2V1R A; 2LX7 A; 2GNC A; 4Y28 E; 3PTA A; 2BZY A; 5LJ5 f; 3OBY A; 1M9S A; 4JRP A; 4KUD K; 4BI8 B; 3JSC A; 4C92 E; 4M7D F; 4PLI A; 5KCH A; 2RK1 A; 2BIV A; 3VYH B; 1YHQ A; 3CCE T; 1YI2 A; 1BI3 A; 2HCK A; 4EIK A; 3CC4 Q; 4IUR A; 2HDA A; 4LDX A; 1VQP Q; 4C8Q F; 5IHN A; 1KK7 A; 3CCL T; 2RF0 A; 2RQV A; 1YJ9 Q; 1T0J A; 2K9G A; 5GMK m; 3CCJ A; 1FMW A; 1NPR A; 2AZV A; 1IZ6 A; 1ZBX A; 2DIQ A; 3PNW C; 4C0D C; 5LJ5 h; 2EW3 A; 1QMC A; 2PVG B; 2DXT A; 2AKL A; 4J9C A; 4QQD A; 2X4X A; 1WIE A; 1G3W A; 2RHI A; 1VQ5 A; 4Y92 A; 2X4Y A; 2HQX A; 5FU6 C; 2LCC A; 2EYZ A; 2NWM A; 3AHU A; 5DLQ E; 2E70 A; 1QP3 A; 4D6W A; 2E5K A; 3M59 A; 2EIF A; 5GMK h; 5CQY A; 2DIL A; 1JJ2 P; 2V8K A; 3M58 A; 3DB4 A; 4C0Z A; 4RMO A; 2DRM A; 3A98 A; 3MEA A; 4C0D B; 4PK4 A; 5GAN e; 4M78 D; 3CCQ Q; 4Y91 A; 2LQN A; 2HMA A; 4KUI A; 1W70 A; 1I81 A; 3EGD B; 3X20 B; 1M1K C; 2ZPI B; 4ATO A; 3HRS A; 2RI2 A; 2KYM A; 3LLR A; 1QWE A; 5GAN 4; 3CCM A; 1Y7X A; 4R55 A; 1E6H A; 2PQW A; 3C4S A; 2H3E B; 5FRM A; 5GAO p; 1VQ7 T; 5FU6 B; 1WZO A; 1RAB B; 2OTJ A; 2P84 A; 2ZCF B; 2J6O A; 2PU9 B; 4UC4 A; 1C0M A; 4M78 C; 2O9V A; 2J06 A; 3OYA A; 2KR3 A; 4E6R A; 2DVE A; 3MET A; 4RTU A; 3G71 Q; 2HL3 A; 3A8O B; 1SF9 A; 4FYW B; 4GLK A; 3URG A; 3BDU A; 3HRT A; 1ZSG A; 3S3M A; 2DX1 A; 1R0B G; 2CYZ B; 4OP0 A; 3JCM Q; 3LH0 A; 4BB7 A; 1B7T A; 2DBK A; 4KH1 B; 1M1F A; 2NUP A; 2AKK A; 3C95 A; 3PGG A; 2KQW A; 4JLI A; 3FJP A; 5D7U A; 5GAM f; 1SSF A; 2G3R A; 2LNH B; 3O5Z A; 4J9B A; 3LWI A; 1JJ2 A; 4LN2 A; 1YJW Q; 4M78 B; 5HK0 A; 1UE9 A; 2HBP A; 2RI3 A; 3O8V A; 2JZ2 A; 3E2U A; 5GMK i; 4J6Y A; 3L2R A; 3V7C A; 1W1F A; 2VGN A; 1OPK A; 2KDS A; 3R6N A; 2QA4 Q; 4OB0 B; 3CPW S; 2XHC A; 3E9F A; 4A4K A; 2X4W A; 1S72 T; 4Z89 A; 5GAN g; 2KRM A; 4C5H A; 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