The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
QSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPSRPVSH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Limited proteolysis improves E.coli Hfq crystal structure resolution
doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| molecule keywords |
RNA-binding protein Hfq
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| total genus |
13
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| structure length |
66
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| sequence length |
66
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-09-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17209 | Hfq | Hfq protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JCM X; 3JB9 I; 2HNI A; 4J6W A; 4F7U G; 1U1S A; 1HXD A; 4XTX A; 3EFS A; 3RIR A; 2CGH A; 3V7S A; 5LJ5 h; 3JCM h; 4PJO G; 1BIA A; 1MGQ A; 4M77 E; 4M78 F; 4J6X A; 2EAY A; 2VXF A; 4X9C A; 5GAN 2; 3FB9 A; 3SB2 A; 4EMK C; 4EMK A; 4F7U E; 5GMK m; 3JCM c; 2Y90 A; 5DY9 A; 4QVC A; 2FB7 A; 5GAN 7; 4EMH A; 4PJO E; 4J6Y A; 4M75 D; 3JCM P; 1TH7 A; 3HFO A; 3RKX A; 4C8Q C; 4C8Q B; 4A53 A; 4C8Q A; 5LJ3 f; 4QVD A; 5GAM h; 5GAN j; 1U1T A; 4EMG A; 2E64 A; 3RES A; 5GAO q; 5GAO m; 2VXE A; 4HA8 A; 4XU1 A; 5GMK l; 4M7D C; 3BFM A; 2E1H A; 4M7D A; 4M7D B; 4M78 D; 5GAN e; 4N0A C; 5GAN g; 4N0A A; 3AHU A; 2YLB A; 2DXT A; 1JBM A; 2JN0 A; 4JRK A; 4MML A; 3RKW A; 4C8Q G; 4C92 E; 4XTW A; 3V8K A; 3JCM J; 4HT8 A; 5LJ5 g; 5LJ5 e; 1HK9 A; 4M77 F; 3EFR A; 1BIB A; 3JB9 F; 5CAI A; 2E41 A; 4Y91 A; 4F7U F; 5GAO l; 4M7D G; 3V7C A; 4C8Q E; 2YHT A; 3GIB A; 4PJO F; 5GAN d; 1WQ7 A; 1Y96 A; 1Y96 B; 4V2S A; 4M7A C; 4M7A B; 4XU3 A; 4M7A A; 4M7D E; 3BW1 A; 1WNL A; 5LJ5 d; 3JCM d; 3HFN A; 3BDU A; 2RB6 A; 4XTV A; 5LJ3 h; 5GAN 6; 4OP0 A; 5GMK h; 3QO3 A; 3FJP A; 4A54 A; 2DVE A; 4M77 D; 4X9D A; 4XU0 A; 3QSU A; 4J5Y A; 5GMK i; 2E65 A; 5GAN f; 2DEQ A; 2QTX A; 3JB9 D; 4M7A G; 4NL2 A; 4C92 F; 1H64 1; 5LJ5 j; 2ZGW A; 1LJO A; 4JUV A; 2I2L A; 2K57 A; 3PGG A; 4XU2 A; 4PJO D; 3BY7 A; 3V8L A; 3JCM g; 3JCM e; 2EJG A; 5GAO n; 3JB9 H; 1YCY A; 4M75 C; 3FIF A; 4M75 B; 4M75 A; 3JB9 J; 4C8Q F; 2DZ9 A; 5GAN 4; 4M7A E; 2EJF A; 4MMK A; 4XTY A; 4JLI A; 3SWN C; 2RM4 A; 2YLC A; 3SWN B; 5GAM j; 4M7D F; 2DTH A; 2VC8 A; 2EWN A; 3L1A A; 4PNO A; 1WPY A; 2DTI A; 1D3B B; 1D3B A; 4XTU A; 4M78 C; 4NL3 A; 4M78 B; 4M78 A; 4M75 G; 2E10 A; 4RCC A; 3V7R A; 3RKY A; 4C92 D; 5GAM e; 5LJ3 e; 3INZ A; 5LJ3 g; 5GAM g; 1N9S A; 1KQ2 A; 3QUI A; 3JCM W; 1I4K 1; 1KQ1 A; 1M5Q 1; 1N9R A; 4M75 E; 5GAN h; 2DXU A; 4C8Q D; 3JB9 G; 1I81 A; 4JRI A; 4XTZ A; 4M78 G; 3RUX A; 2DJZ A; 5GAN 5; 1JRI A; 5LJ5 f; 3JCM f; 5LJ3 d; 5GAM d; 4M7A F; 4HT9 A; 1B34 B; 1B34 A; 4M7D D; 1M8V A; 1I8F A; 4WF2 A; 2RD1 A; 1LOJ A; 4EMK B; 4C92 C; 4C92 B; 4C92 A; 4M78 E; 3JCM V; 4DQ2 A; 2RA2 A; 3V8J A; 3JCM Q; 5GAO r; 3RER A; 2DKG A; 3QHS A; 4NOY A; 3L2Z A; 5LJ3 j; 4M77 C; 3SWN A; 4M77 B; 4M77 A; 1WQW A; 5I21 A; 5GMK j; 5GAM f; 2FYK A; 2EJ9 A; 1LNX A; 4F7U B; 4F7U A; 4C92 G; 1I5L A; 3HSB A; 2DTO A; 3M4G A; 3VU3 C; 5GAN 3; 5GMK e; 4PJO C; 4PJO B; 4PJO A; 1X01 A; 4M75 F; 3JCM b; 5GAO p; 4XQ3 A; 4M7A D; 2DZC A; 5GAN 8; 4RCB A; 4M77 G; #chains in the Genus database with same CATH topology 4GLK A; 1AOJ A; 4BY6 C; 2JT4 A; 2E4H A; 3WVD B; 2QAS A; 5KYU B; 2YRD A; 1AD5 A; 3G4S Q; 2QG9 B; 1RI0 A; 5FWC A; 2JMC A; 2JUF A; 1A0N B; 3C12 A; 4RG2 A; 2DIQ A; 3RKX A; 4D8D A; 3WVE B; 3CCR T; 2DD5 A; 5IAY A; 1UB4 A; 3EGU A; 3C0C A; 4N0A C; 1VQN A; 2YLB A; 4JRK A; 4GY5 A; 3P8B B; 2J05 A; 5FRO A; 1Q82 U; 1QCN A; 3EGX B; 2KR3 A; 1WQ7 A; 4V2S A; 3CC7 T; 4L6V 5; 3JCM d; 3DLL A; 5LJ3 h; 3CMA T; 2DEQ A; 1H64 1; 2DBM A; 2GQI A; 3OW2 P; 2FPF A; 1RLP C; 4A4E A; 1ZBX A; 3JB9 H; 3J80 E; 4R0K A; 3PTA A; 4C0G A; 1R0B G; 2ZPG B; 1KHC A; 3CBO A; 1GBQ A; 2DTH A; 1N6A A; 5CCA A; 3C94 A; 2QGG A; 1KQ2 A; 4PK4 A; 1VQN Q; 3VUZ A; 2R5A A; 1JB0 E; 2JXB A; 1I8F A; 4AFU C; 4JPB W; 4EMK B; 5I11 A; 3JCM Q; 5GAO r; 1ZA2 B; 2E5Q A; 4HXJ A; 3VYG A; 3UDC A; 3QHS A; 1WFW A; 2V26 A; 2FRY A; 2QQ9 A; 1KC8 R; 4KT0 E; 1LNX A; 2RQT A; 3BDL A; 1QVP A; 5M9O A; 3HSB A; 5EC7 A; 1KC8 U; 3VJP A; 3NTI A; 4LD6 A; 4C5G A; 1BU1 A; 1S72 T; 4J6W A; 4F7U G; 1HYO A; 4PFZ A; 3M58 A; 2DLP A; 1Q7Y R; 3FB9 A; 5L8R E; 5GMK m; 2QYZ A; 5KE3 A; 3CCQ T; 2K5F A; 1Q7Y U; 4WTO B; 1TUD A; 3NMZ C; 3PVL A; 1XOV A; 3OSV A; 5GAO q; 1D1A A; 2RNA A; 1Q86 C; 2KXC A; 2BE7 D; 2XMF A; 2QAZ A; 3M0U A; 1JQQ A; 1AVZ C; 4A4K A; 4F7U F; 5CVI A; 2X4Y A; 2IPO B; 2RI2 A; 1PD0 A; 3EGX A; 3CCE A; 1LCK A; 2O9V A; 2J6K A; 2WSF E; 3OYI A; 4MDX A; 2J06 A; 3CCU A; 3H9N A; 2HEQ A; 4PJM A; 4OMQ A; 4R55 A; 2DVE A; 3MO8 A; 1YWO A; 2F2W A; 2KYM A; 3TVT A; 3JB9 D; 2X9H A; 3CCL Q; 4OB3 B; 4N4I A; 2XDB A; 3PGG A; 3BY7 A; 4LE9 A; 2CUD A; 2E6Z A; 1QP3 A; 1X6B A; 2LNV A; 2PUK B; 4JLI A; 2LDM A; 4M75 G; 5GAM e; 4FW1 A; 2RHU A; 2DRM A; 3QZ5 B; 3OYJ A; 1YHQ T; 2HKQ B; 4CI0 C; 1IXD A; 1SRM A; 5GJV B; 1M5Q 1; 2CP6 A; 4DBF A; 2DXU A; 2YUQ A; 1M1K R; 3RUX A; 2LC4 A; 4BB7 A; 5LJ5 f; 4ANJ A; 1PKT A; 1ZUU A; 4C92 B; 4HVW A; 3CCE Q; 2RQR A; 2YRV A; 3JRZ A; 3FRN A; 2GTJ A; 1OU9 A; 5GMK j; 5I2S A; 2MWO A; 2ZPB B; 3CCU Q; 2OTL T; 2CT3 A; 1C1A A; 3OS0 A; 1D1C A; 4M75 F; 3I56 T; 4XQ3 A; 2JTE A; 1UGP B; 1FYN A; 2VWF A; 3OY9 A; 3AT1 B; 2EGA A; 4PJO G; 1VQL T; 2JJ9 A; 2VXF A; 3D7S B; 5D6W A; 1YIJ A; 2CYZ B; 1ZSZ C; 1RAE B; 4QVZ A; 1MNE A; 4EMH A; 4VUB A; 2DO3 A; 5GAM h; 2L3R A; 4QVD A; 3CPW A; 4EMG A; 3P8H A; 5GAO m; 4BE2 A; 3BFM A; 4IUQ A; 3LYI A; 1I07 A; 2ZPH B; 4YTL A; 3CXC P; 2DL3 A; 2G6F X; 2E41 A; 1ARK A; 4XK8 E; 2RJE A; 4PJO F; 5GAN d; 4M7A C; 3EFO B; 4OML A; 4D6W A; 1NLP C; 5LJ5 d; 1YI2 A; 1KC8 C; 1WHL A; 2AZV A; 1VQ7 T; 3M0P A; 2KNB B; 2DL7 A; 1PRM C; 2XD0 A; 3QSU A; 2RJD A; 1JU5 C; 1VQK T; 3BE3 A; 2A08 A; 4NL2 A; 1LJO A; 5A2Q E; 2FO0 A; 3I5R A; 5D7U A; 2LJ3 A; 3JCM g; 2KQW A; 3M0R A; 1UGV A; 2K5I A; 1QVF P; 1QKX A; 1TUG B; 3SWN B; 2XI9 A; 2EPD A; 4RTU A; 2MPX C; 3QUI A; 4UC4 A; 1I5O B; 2E3I A; 2ZCF B; 3PE0 A; 4C92 A; 1VQ6 Q; 4JJN K; 4JJD A; 3QPH A; 2KMT A; 1U06 A; 1Y0M A; 2RK2 A; 2GBQ A; 4PLL A; 4B9W A; 1YI2 Q; 1EIF A; 2L3S A; 4F7U B; 2FZC B; 5GJW B; 5ECA A; 4CC3 A; 4IUP A; 2NWM A; 5GAO p; 2RK1 A; 3JCM b; 3CPW S; 5CQX A; 5GAN 8; 2LJ1 A; 3JCM X; 1T3S A; 1MUZ A; 1E6H A; 1G3W A; 5HCK A; 2BZX A; 2D8H A; 3CEY A; 3CBM A; 3OMG A; 1G3T A; 1QLY A; 1WXU A; 3SB2 A; 2F2V A; 3G71 Q; 1JXO A; 4II1 A; 4C8Q C; 1K9M R; 4XAX B; 2HQX A; 4F14 A; 4AG2 C; 4N4H A; 1BCM A; 1AT1 B; 1YIT A; 1M1K C; 1HSQ A; 1JBM A; 1NBE B; 1OPL A; 1VQ8 T; 4XTW A; 4EIK A; 4C0D C; 1QVG S; 1G3S A; 4FYX B; 4CC2 A; 3H41 A; 4GBQ A; 3BW1 A; 3M54 A; 3QG1 A; 5FWB A; 1W2B P; 2ZZD A; 4IIO A; 1TSF A; 4OMM A; 3KBG A; 2E70 A; 3OSS C; 1AWX A; 3CCV A; 4A4G A; 1T3L A; 2X4W A; 4M75 B; 4F16 A; 2KXD A; 3THK A; 2RN8 A; 1RAI B; 1BI2 A; 1R77 A; 2L0A A; 1VQP A; 3CC2 Q; 1D3B B; 2ROT A; 3KFV A; 3INZ A; 3SD4 A; 4DBH A; 4KBM B; 1YIT Q; 2MCN A; 2RJF A; 3I35 A; 4JRI A; 2FG0 A; 4MZP A; 1WA7 A; 4OF1 A; 3CXC A; 2XIC A; 1KFZ A; 1M8V A; 2DIG A; 3RMS A; 5KYW B; 1LOJ A; 4E7I A; 4PFO A; 2LX9 A; 2QTV A; 3EHR A; 2I0N A; 4M77 C; 5FU6 B; 1VA7 A; 1TXQ A; 1OQK A; 5CKE A; 3TSW A; 4F7U A; 1AEY A; 2DTO A; 3M4G A; 5KYN A; 4PJO B; 3GNG A; 5FRN A; 3C95 A; 2XID A; 2O9S A; 4FU6 A; 1U3O A; 1UE9 A; 1U1S A; 3L2W A; 2QQR A; 3G4S T; 1X6O A; 3EG3 A; 2DA9 A; 4F7U E; 1QVF A; 4ATO A; 1W6X A; 2Y90 A; 3JCM c; 1VQP Q; 2FB7 A; 1NYG A; 2M0O A; 1FXX A; 4M75 D; 2C0O A; 3JCM P; 5IHI A; 1WJS A; 4J9G A; 1OEB A; 1RAH B; 2E64 A; 1PG5 B; 3E9F A; 4LNP A; 2PU9 B; 4PLI A; 5GAN e; 4AFZ C; 5LJ5 e; 2XHC A; 1HK9 A; 2HL5 C; 1W70 A; 4RMO A; 3QBY A; 2IVW A; 3H0H A; 2L3P A; 3GIB A; 1RAD B; 3GLX A; 1IRX A; 1H92 A; 2KRM A; 2O88 A; 3NTH A; 5HY6 A; 4LUE A; 4M4Z A; 3VS7 A; 3MPU B; 1MMA A; 1M3B A; 2JZ2 A; 2QTX A; 2NUT B; 1YP5 A; 1VQM A; 4R56 A; 2I2L A; 4PJO D; 5AT1 B; 3L2Q A; 1VYU A; 2EKH A; 4C5I A; 3OYD A; 4M75 A; 4LN2 A; 3CME A; 2MOX A; 1VOM A; 3IQL A; 1M8M A; 3UT1 A; 4PNO A; 2QA4 A; 1RAB B; 1D3B A; 4NL3 A; 1OOT A; 3RKY A; 1K9M C; 1VQN T; 3LWH A; 4J83 A; 4PJN A; 2L3Q A; 3O8V A; 2FVU A; 4M75 E; 1SG5 A; 5GAN h; 4AFS C; 3I55 A; 3URG A; 4X34 A; 1JRI A; 3VS0 A; 5KYW A; 1PHT A; 2VGM A; 1SKU B; 4DOW A; 1VQ9 A; 2MIO A; 1QP2 A; 1SHG A; 1V29 B; 2BZY A; 3E1S A; 1TS9 A; 5CK9 A; 4PJO A; 3QWX X; 1VQM Q; 1Q86 R; 1N5Z A; 1UTI A; 3V7S A; 1Q86 U; 1WHJ A; 3CME Q; 1PCX A; 2LQK A; 4X9C A; 3UWN A; 4ZGD B; 2A36 A; 4QVC A; 4L59 A; 5KYX B; 2QA4 Q; 4BDZ A; 4PJO E; 2O4X B; 2EGE A; 2V8K A; 2X51 A; 3X26 B; 3HHT B; 2MAM A; 3QZ9 B; 1X43 A; 4LDY A; 3CD6 A; 2RHZ A; 1GRI A; 2VXE A; 1GFC A; 1UGQ B; 3I55 Q; 1D0Y A; 1QMC A; 2DXT A; 2K3X A; 3HP9 A; 1WZO A; 3EFR A; 2MI6 A; 3EG2 A; 4Y91 A; 1VQ9 Q; 2YHT A; 2HSE B; 1WXB A; 2KRO A; 1QCO A; 2P4R A; 2LQN A; 3CCL T; 2QQS A; 1D0X A; 1W4S A; 1GBR A; 2MMP A; 4A54 A; 1OYX A; 2HAX A; 2NUT A; 4C92 F; 4FW2 A; 1BI0 A; 2L2P A; 2DD4 A; 4AMC A; 2DYB A; 2G3R A; 1H3Z A; 2DIL A; 1VYV A; 4AT1 B; 2HKN A; 5FRM A; 4RTT A; 2F1L A; 5LJ3 g; 3CD6 Q; 1UEC A; 1N9S A; 2OX7 A; 3OYE A; 1WXT A; 1I81 A; 3L42 A; 1EFN A; 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1P92 A; 3R6N A; 1TTH B; 4WF2 A; 5FU7 C; 3ZFJ A; 1YI2 T; 4CC4 B; 3PIP A; 4PFP A; 3VU3 C; 3CCR Q; 2EKO A; 4J7F A; 4RCB A; 3JB9 I; 1X2K A; 4BY6 B; 1VUB A; 4XTX A; 4C0Z A; 3OQ5 A; 3TSZ A; 1K9A A; 3G71 T; 1M1K U; 2QDL A; 2YSQ A; 2A3L A; 2DFU A; 2X3W D; 3EG9 B; 3GF5 A; 4EMK A; 2BTT A; 5KH6 A; 3EHQ A; 1U8R A; 5GAN 7; 5IHN A; 3LX7 A; 4J6Y A; 2LRQ A; 3LWI A; 1WDX A; 3CCS A; 3HFO A; 3QWY A; 1AZE A; 2HL3 A; 5KE2 A; 3CC7 Q; 4IUR A; 1SEM A; 4QKU A; 4BAC A; 4K11 A; 2PZ1 A; 3H6Z A; 1ABO A; 3MCA B; 1ZA1 B; 4RTY A; 3TCJ A; 4BI8 B; 4QQG A; 3LGF A; 1YCS B; 2RHI A; 2A28 A; 2DJQ A; 2E6N A; 1K8A C; 1IHV A; 2RB6 A; 2YRC A; 3HPW A; 1K4U S; 2YUO A; 4CC7 A; 3ZBD A; 3OBW A; 2HZY A; 1Z9Q A; 4M7A G; 2RI5 A; 3ER0 A; 4C5H A; 5CKF A; 2QGF B; 1C6V X; 3JCM e; 1K76 A; 1SHF A; 1K73 C; 4Y92 A; 5IXB A; 4PJJ A; 3CC2 T; 2DER A; 1OZ3 A; 2RM4 A; 1HD3 A; 5GAM j; 1C0M A; 1YJ9 T; 4HCC A; 3CCS Q; 2L5Q A; 2AKK A; 4XTU A; 4M78 C; 5HK0 A; 1WGS A; 4C92 D; 3X20 B; 2LQW A; 3U23 A; 4E2F B; 2LP5 A; 3MET A; 5IH2 A; 1NM7 A; 3OS2 A; 4XTZ A; 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