The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
QSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPSRPVSH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Limited proteolysis improves E.coli Hfq crystal structure resolution
doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA-binding protein Hfq
|
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| total genus |
13
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| structure length |
66
|
| sequence length |
66
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-09-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17209 | Hfq | Hfq protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WQW A; 3M4G A; 5GAO p; 2Y90 A; 4PJO B; 3JCM b; 4J5Y A; 3RUX A; 5LJ3 j; 4EMK B; 3JB9 I; 3JCM f; 3EFS A; 4XTX A; 4PJO G; 4V2S A; 2VXF A; 3HSB A; 4M75 E; 4MML A; 4XTU A; 5LJ5 h; 5GAN 6; 5GAM h; 4X9C A; 3RIR A; 1LNX A; 5LJ3 f; 4PJO F; 3QSU A; 4F7U A; 2ZGW A; 4XU2 A; 4MMK A; 1U1S A; 5GAN h; 2YLB A; 4NL3 A; 3JB9 G; 5DY9 A; 2QTX A; 4M78 A; 2CGH A; 2E41 A; 3JCM h; 3V7S A; 1I8F A; 4M78 D; 4M78 G; 5GAN 8; 4XU1 A; 1M8V A; 1WPY A; 3JB9 F; 2RM4 A; 5GMK l; 4JUV A; 5LJ3 h; 4C8Q B; 5GMK j; 3HFO A; 5LJ5 f; 4C92 D; 4C92 G; 4F7U E; 4QVC A; 4OP0 A; 4C8Q F; 1B34 B; 4EMH A; 4QVD A; 4M7A D; 3HFN A; 4M78 E; 1JBM A; 4NOY A; 5GAO n; 4A54 A; 5GAN f; 4M7A G; 4C92 F; 4XTZ A; 4PJO A; 1HK9 A; 4M7D C; 5GAN 7; 4J6Y A; 4PJO D; 4EMK A; 4M77 B; 4M7A F; 2E64 A; 3SWN C; 1H64 1; 2RB6 A; 5GAN 5; 4M77 C; 1D3B A; 1TH7 A; 4XQ3 A; 4XTW A; 4C92 E; 5GMK h; 1BIB A; 3V7R A; 3JB9 D; 2FYK A; 5CAI A; 4Y91 A; 4M7A E; 3JB9 J; 1BIA A; 3JCM Q; 4JRI A; 5GAN 2; 4JRK A; 4M75 C; 3INZ A; 3JB9 H; 1HXD A; 2EJF A; 4PJO E; 4J6X A; 4C8Q A; 5GAO m; 4C8Q D; 4WF2 A; 2DVE A; 4C8Q G; 3RER A; 4PNO A; 1N9S A; 4C92 A; 1LOJ A; 2EJ9 A; 4NL2 A; 1Y96 B; 2DZ9 A; 1M5Q 1; 4M7A A; 1X01 A; 5LJ5 g; 3JCM c; 5GAM g; 4HT9 A; 4M7D B; 3BFM A; 3GIB A; 4RCC A; 3SWN B; 3RKX A; 4HT8 A; 2K57 A; 4XTY A; 5I21 A; 5GAN g; 2EAY A; 5GAM d; 4XU3 A; 4M77 G; 1KQ1 A; 3BY7 A; 3JCM g; 4C8Q E; 4M7D F; 2I2L A; 3V8J A; 3FB9 A; 4M78 C; 1WQ7 A; 2E1H A; 3QUI A; 4J6W A; 3JCM V; 5GAO r; 1I5L A; 4M77 F; 5LJ3 g; 3JCM X; 5LJ5 e; 4M75 B; 4N0A C; 5GAM e; 2E65 A; 3FIF A; 3JCM d; 2DXT A; 2DJZ A; 3RKY A; 3V8L A; 4A53 A; 2DZC A; 1I81 A; 1I4K 1; 2RA2 A; 2YHT A; 5GAN e; 3QO3 A; 5LJ3 d; 3QHS A; 4M75 F; 3JCM e; 5GAN 3; 1MGQ A; 5GAO q; 2DTO A; 4HA8 A; 4RCB A; 4XU0 A; 3EFR A; 5LJ3 e; 1Y96 A; 4PJO C; 5GMK m; 2VC8 A; 1B34 A; 1WNL A; 2FB7 A; 4EMK C; 1D3B B; 2YLC A; 4JLI A; 3AHU A; 4M7D A; 2DTI A; 4XTV A; 4M7D D; 4M7D G; 2JN0 A; 3SWN A; 1N9R A; 4F7U B; 1YCY A; 3BDU A; 3FJP A; 1U1T A; 2HNI A; 4M77 A; 5LJ5 d; 5GAO l; 4F7U G; 4M77 D; 4M78 B; 3RKW A; 3SB2 A; 5GMK i; 3L2Z A; 3L1A A; 3JCM W; 3JCM J; 5GAN d; 2EJG A; 2E10 A; 4F7U F; 4N0A A; 2DXU A; 2EWN A; 3V8K A; 4EMG A; 5LJ5 j; 3PGG A; 5GAM j; 4M78 F; 4M75 A; 1KQ2 A; 3JCM P; 4M75 D; 4M75 G; 5GMK e; 4X9D A; 4C8Q C; 5GAN 4; 2DKG A; 4C92 B; 4M7D E; 1LJO A; 2VXE A; 5GAN j; 2DTH A; 2DEQ A; 2RD1 A; 3RES A; 5GAM f; 3V7C A; 3VU3 C; 4M7A B; 4M77 E; 4C92 C; 1JRI A; 4DQ2 A; 4M7A C; 3BW1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WQW A; 1RAC B; 3JCM b; 1B07 A; 3CEY A; 3E9G A; 5LJ5 h; 2WSC E; 1CSK A; 1QLY A; 3A8H B; 3M0P A; 2CGH A; 2O4X B; 1VQ6 A; 1UFF A; 5IHI A; 3G6E T; 4IKF A; 1RAB B; 1N8R U; 2E6Z A; 1M1G A; 2DL3 A; 3L2R A; 5KYW B; 2RJC A; 4PJM A; 1VQL A; 4MDW A; 2KRS A; 3QG1 A; 3QII A; 2OTJ Q; 1Q86 C; 2DJQ A; 1QP2 A; 5GAN 2; 4A4G A; 1FWZ A; 3UDC A; 2E70 A; 1M27 C; 4OB2 B; 4J83 A; 5KYX B; 2QQS A; 4BI4 A; 4HT8 A; 2EVR A; 3DB4 A; 4E7J A; 1T3L A; 3TU4 K; 2RO0 A; 3QJY A; 3OYK A; 5IHN A; 3JCM g; 2ROT A; 2HEQ A; 2A08 A; 3V8J A; 4J9G A; 3OQ5 A; 2QGF B; 2FZG B; 2OX7 A; 2DL7 A; 2KT8 A; 3RKY A; 4E7S A; 3VS4 A; 5C6S A; 4PJL A; 3J81 E; 3MJX A; 2DET A; 1TUC A; 3FEO A; 1N8R R; 3SDZ A; 2MWP A; 3ZFJ A; 5LJ5 d; 1BI0 A; 2KBT A; 2E10 A; 2QAZ A; 1TOV A; 4EMG A; 2XU8 A; 1VQ8 T; 4WTO B; 3UAT A; 2MF2 A; 2FL7 A; 5A2Q E; 2X35 A; 3VYH B; 3ZBD A; 4BAC A; 2CT4 A; 1EIF A; 3LWH A; 3M53 A; 2CRE A; 1M3B A; 2GBQ A; 3CCQ A; 3THK A; 1AVZ C; 5LJ3 f; 3LH0 A; 3M56 A; 2PVO B; 2E41 A; 3JCM h; 2QTV A; 1JXO A; 4FT4 A; 3H8Z A; 3CME A; 1W70 A; 4PJN A; 1T3S A; 2BE9 B; 4NS5 A; 3L2Q A; 2HQH A; 1I1J A; 4QQ6 A; 5GAO n; 3AT1 B; 2F5K A; 4XTZ A; 4BDY A; 2DBM A; 2X4X A; 4A4H A; 1D0X A; 4ORZ A; 4J6Y A; 2M0Y A; 3CCJ Q; 4Y28 E; 4A63 B; 1KHI A; 5J3B A; 1TH7 A; 3VS6 A; 2M02 A; 3JB9 J; 1K0S A; 2E3I A; 1SF9 A; 3CC4 A; 2KRN A; 2MCN A; 1OU9 A; 1VUB A; 2D0N A; 4CC4 B; 3RDV A; 3FRN A; 2EQI A; 1M30 A; 1M8M A; 2B8A A; 3RMQ A; 1Y96 B; 1VQ6 T; 5HCK A; 4DBF A; 2EKO A; 1SSH A; 2L3R A; 1E6G A; 1VQ5 A; 1KQ1 A; 2HSP A; 2MI6 A; 3MP1 A; 4M78 C; 3TVT A; 1PKT A; 3FC3 A; 3JCM X; 2K79 A; 3QXE B; 1S72 A; 1VQL T; 3M0R A; 3CCL T; 4J7I A; 2LQK A; 2K2V A; 4D6W A; 1BI3 A; 2QEX T; 1K8A R; 1M90 R; 3SD4 A; 3MPU B; 1EX4 A; 2A0F B; 5FU6 C; 1LCK A; 4FYY B; 3NTK A; 4HCB A; 2LX9 A; 3LWI A; 1N6A A; 4M7D D; 4LDX A; 2JN0 A; 3MHX A; 1NJI R; 2HNI A; 1VIF A; 4M77 D; 2CH4 A; 1TWB A; 1NYF A; 3JCM J; 1UJY A; 2QG9 B; 4ZGJ B; 2L8D A; 3V8K A; 1YIJ Q; 3FDR A; 1YWP A; 2DKG A; 4GY5 A; 4C92 B; 3PIP A; 4O5V A; 1WHG A; 3JV3 A; 3V7C A; 3BE3 A; 4DQ2 A; 4JJN K; 2EQU A; 1WZO A; 3EFS A; 5KE2 A; 1UEB A; 1EZZ B; 2K4Y A; 1GCP A; 2DNU A; 2RH2 A; 2Y4Y A; 3QSU A; 2MAM A; 2GTO A; 4LUE A; 4NL3 A; 1ZLM A; 1W6X A; 2LJ0 A; 1VQK T; 1M9S A; 1OQK A; 2J6F A; 1G3Y A; 5IHK A; 2JT4 A; 1YJN Q; 4QVC A; 2ATC B; 1OPL A; 2QA4 Q; 5GAN 7; 1QCF A; 3OW2 S; 1G3T A; 2E12 A; 2E6N A; 3OYB A; 1R77 A; 3Q1J A; 3EFO A; 2DK3 A; 2CP5 A; 4MZT A; 5CQY A; 1PSF A; 2LMJ A; 1K73 U; 5IAY A; 4PFZ A; 2K3X A; 5A0L A; 1GBQ A; 2LCC A; 3H41 A; 2DVJ A; 1M5Q 1; 1Z9Z A; 1ZUK A; 3CME T; 5HY6 A; 4E7L A; 1SHF A; 1Q7Y C; 4OB3 B; 4C0D B; 2V8I A; 1IB8 A; 2KYB A; 2EAY A; 4ATO A; 1WDX A; 2ZAE A; 1M2O A; 4CC3 A; 2EGE A; 3MET A; 1AZG B; 2DRK A; 1YJ9 A; 1QVF P; 2DJZ A; 2O2O A; 1D1A A; 4F14 A; 4FW2 A; 4M75 F; 2XMF A; 5CIU A; 1QQJ A; 2COW A; 3MEU A; 4OGC A; 1AWW A; 1UGS B; 1AWO A; 5M9O A; 3HHT B; 1FYN A; 3CC4 T; 2VC8 A; 1WNL A; 2SEM A; 4LDY A; 1NG2 A; 4DEY A; 1IZ6 A; 1AHJ B; 4CRI A; 1OX9 A; 1YCY A; 3HP9 A; 4DBQ A; 3RKW A; 3G4S A; 2JTM A; 1SPK A; 2RK1 A; 2SRC A; 3CCR Q; 2DM1 A; 4J9F A; 5IT9 E; 2YUN A; 4Z89 A; 1K73 R; 2BTT A; 4M4Z A; 1XNI A; 4O6J A; 8ATC B; 1JRI A; 3X26 B; 3EGU A; 3OMG A; 1G8X A; 4EDU A; 2EKH A; 1S72 T; 2GTJ A; 3QJ6 A; 3JCM f; 4XTX A; 5HKC A; 3CQT A; 5FWC A; 1TSF A; 4GLM A; 4M78 A; 2CZ1 B; 4M78 G; 1WYX A; 2DF6 A; 1ZSZ A; 4C0F A; 1Q86 R; 3N5B B; 1BK2 A; 2GFA A; 2DXB A; 3KBG A; 4E47 A; 4IUV A; 1B34 B; 1LVK A; 4QVD A; 4M78 E; 4M7A G; 3NFC A; 5CKB A; 2CUD A; 3HRU A; 2DL4 A; 4M77 B; 3UA7 A; 2JS0 A; 3VS5 A; 4M7A F; 3LYI A; 1Q81 U; 5KYY B; 2AK5 A; 4QQD A; 2FZC B; 4M7A E; 2KRM A; 2EIF A; 4BI8 B; 1NPP A; 2RI5 A; 5KYU B; 4IIO A; 2OI3 A; 3UWN A; 3NGP A; 2BKD N; 2ZPB B; 2GFU A; 4C8Q D; 1OYX A; 1UJ0 A; 2DD5 A; 4B9W A; 1OPK A; 3JCM c; 4RCC A; 3CC7 Q; 4XTY A; 5GAN g; 1N27 A; 2AZV A; 1ZSG A; 4DOW A; 2MMP A; 3IQL A; 4M75 B; 1PNJ A; 1YJW A; 1KQS P; 3CCV Q; 2F5T X; 3CCU Q; 1XJW B; 3WVE B; 2RHI A; 2YRD A; 4RUG A; 1TU0 B; 5D6X A; 3CCU T; 3CPF A; 2W0Z A; 4JZ4 A; 4ELZ C; 2X3W D; 2RI2 A; 1VQM T; 4F7U G; 2VWF A; 3SB2 A; 1YHQ T; 4IUU A; 4JPB W; 3A98 A; 2QDL A; 1WGS A; 2GQI A; 4F7U F; 2DXU A; 4LXC A; 1R8O B; 3NTI A; 4JRQ A; 2RJF A; 3SFM A; 5GAN 4; 3J80 E; 2LQ8 A; 3OYH A; 1I0C A; 4UC4 A; 1IGQ A; 3G71 A; 3EHR A; 1M2V A; 3CXC P; 4XU2 A; 5GAN h; 5GAN 8; 3VV0 A; 3V7S A; 3OB9 A; 4E2F B; 1WI7 A; 2MPX C; 1IRX A; 1IHV A; 2HKN A; 3NMZ C; 2CT3 A; 3G4S T; 4ANJ A; 5A0D A; 1RI9 A; 5LL6 S; 3E9F A; 2CP3 A; 3HFN A; 2EYW A; 3PT9 A; 2ZPF B; 3VS2 A; 4PJO D; 3KFV A; 1G2B A; 3P8B B; 1D09 B; 3M55 A; 2H3J A; 1QMC A; 1BIB A; 2JTF A; 2B86 A; 2FYK A; 4Y91 A; 4BY6 B; 3I9Q A; 2O4X A; 4IUR A; 1AWX A; 2HBP A; 3JB9 H; 2EJF A; 1VQ9 Q; 4RTZ A; 4AT1 B; 3C4S A; 1KK7 A; 4HCK A; 1ZBX A; 2VVK A; 3VRZ A; 2XHC A; 3J7A F; 1VQ7 T; 1XOV A; 3X20 B; 5KYW A; 1NM7 A; 1WIE A; 1KC8 C; 2OTJ A; 3MKD A; 1MMA A; 2KSS A; 2G6F X; 1JJ2 S; 2DXC A; 5GAM e; 1IO6 A; 3FIF A; 4JJC A; 2YXY A; 5IXB A; 3M57 A; 3EGX B; 1M1K C; 4XK8 E; 2YSQ A; 1Q95 G; 2RF0 A; 2RHY A; 1CKA A; 2AZS A; 2RQU A; 2JMA A; 4C5E A; 2NUP A; 4LNP A; 2QAS A; 2RPN A; 3I56 Q; 1Z9Q A; 3CCS T; 3LGF A; 1LPL A; 1RI0 A; 1E7O A; 4F7U B; 4J9I A; 2COY A; 5GAO l; 2M51 A; 1KFZ A; 3PMT A; 6AT1 B; 3I55 T; 5GAN d; 1YIT Q; 4JLG A; 3RR6 A; 1KQ2 A; 4DBH A; 1H92 A; 4FSX A; 4CC2 A; 2DTH A; 1O75 A; 2DEQ A; 3OYC A; 4MZP A; 4L6V 5; 5IXF A; 1V29 B; 4PLI A; 4RTT A; 2NLU A; 3DKM A; 2H8H A; 3TSW A; 3OSS C; 2E5Q A; 8AT1 B; 3QBY A; 2IIM A; 2DFU A; 1ZA1 B; 2LNV A; 2X4Y A; 4OF1 A; 2C0T A; 2NUT B; 3CD6 A; 2PU9 B; 2KRO A; 1WHM A; 3C12 A; 3CC2 A; 2D8J A; 4EMH A; 3OYM A; 3EG9 B; 1PD0 A; 2R58 A; 4N4H A; 3OYI A; 5KH6 A; 4HVW A; 3HL8 A; 1Y71 A; 2KVQ G; 3E2U A; 1OOT A; 4GLK A; 1Q7Y R; 5IH2 A; 3G6E Q; 3G71 T; 1G3S A; 1YI2 A; 1FX7 A; 1MUZ A; 2LJ1 A; 2LCL A; 3PVQ A; 2MIO A; 4F04 B; 3L2V A; 3JSC A; 1RAE B; 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3BY7 A; 2EQK A; 3CMA A; 4R0K A; 1Q82 R; 1PKS A; 3V8L A; 1VQ6 Q; 3REA B; 3U23 A; 2BZX A; 1KQS S; 2A37 A; 4R56 A; 3OBW A; 2A36 A; 2CP2 A; 4XU0 A; 3EFR A; 1GL5 A; 4KUI A; 1YI2 T; 1IHW A; 2J05 A; 2PNI A; 3AHU A; 1JJ2 P; 2HDA A; 3ZEH A; 1VQL Q; 3CCL Q; 2KXC A; 2C06 A; 4RKU E; 3KXT A; 2DBK A; 3O5Z A; 1ZSZ C; 1RLP C; 2QEX Q; 1X43 A; 4KH0 B; 2EW3 A; 1BCM A; 5KCH A; 2EPD A; 3FLG A; 1LJO A; 2DIL A; 1MV3 A; 2JOY A; 1I5O B; 4C0Z A; 5EC7 A; 3ASK A; 3I5S A; 1VA7 A; 2VGN A; 4M7A C; 3L2W A; 1KSW A; 4J5Y A; 4OMQ A; 2QQB A; 3HSB A; 3MEV A; 4VUB A; 1U1S A; 2D8H A; 2KDS A; 4BY6 C; 1UGV A; 4XU1 A; 2ZZD A; 3CXC S; 3GBQ A; 1GCQ C; 5L23 A; 4J9E A; 5LJ5 f; 2JM9 A; 2LRQ A; 3OYF A; 1VQK Q; 4IUP A; 5GAN 5; 2EYZ A; 4D8D A; 4OMO A; 2KE9 A; 3M0U A; 3V7R A; 5DM7 R; 1KC8 R; 1WXB A; 1PHT A; 5J39 A; 5I22 A; 2XDP A; 2L3P A; 2CZ7 B; 1PCX A; 4LDW A; 2ZPH B; 1UE9 A; 4J9C A; 1D1B A; 4C5H A; 2KEA A; 2LX7 A; 1M1K R; 2C0O A; 4XAX B; 4BUG A; 2P4T A; 3HRT A; 4J8O A; 1VQP A; 2ENM A; 4M77 G; 4M7D F; 4FCY A; 4PFP A; 3M0T A; 4M77 F; 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