The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
75
|
structure length |
75
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Chain Sequence |
GPLGSPEFNRPVKRMIALYDYDPQELSPNVDAEQVELCFKTGEIILVYGDMDEDGFYMGELDGVRGLVPSNFLAD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A high affinity RIM-binding protein/Aplip1 interaction prevents the formation of ectopic axonal active zones.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RIM-binding protein, isoform F
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| molecule tags |
Rim-binding protein
|
| source organism |
Drosophila melanogaster
|
| total genus |
14
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| structure length |
75
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| sequence length |
75
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-04-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2J6O A; 2FRW A; 1PWT A; 3IQL A; 1M27 C; 2NUZ A; 3M0S A; 2SRC A; 1YP5 A; 4RTX A; 2ED1 A; 2KNB B; 4RUG A; 1BU1 A; 2J6K A; 1OV3 A; 1GL5 A; 2DL8 A; 3H0I A; 4CC7 A; 1NYG A; 4J9I A; 1VYT A; 2J7I A; 2ROL A; 2LX7 A; 1GCP A; 5IH2 A; 1HSQ A; 2DL7 A; 3EG3 A; 3NHN A; 4J9C A; 2K9G A; 1PHT A; 4LUD A; 2CT4 A; 2JT4 A; 1WDX A; 3PE0 A; 2GBQ A; 2A37 A; 4KRT A; 1TUD A; 3I5S A; 1AWW A; 2P4R A; 1GRI A; 2D8H A; 1RI9 A; 2EYW A; 1X6B A; 2A08 A; 2LQW A; 2J6F A; 2YUQ A; 1BBZ A; 2NWM A; 1GCQ C; 2EYZ A; 3UA6 A; 4JJC A; 3ULR B; 1ZUY A; 1M30 A; 4OMO A; 1I0C A; 2W10 A; 3UA7 A; 2AZV A; 1MV0 B; 1J3T A; 3A98 A; 2KT1 A; 2O88 A; 1VYU A; 1MV3 A; 4F17 A; 1GCQ A; 1H8K A; 5FWB A; 5I11 A; 4HVU A; 2MCN A; 3RBB B; 3M0R A; 1SEM A; 3ZL7 C; 4AG1 C; 2C0I A; 2LJ1 A; 1ZUK A; 1UFF A; 2JM9 A; 4A63 B; 2ABL A; 3EHQ A; 2ENM A; 2FPE A; 2EVR A; 2RQR A; 2KGT A; 1YWO A; 1GBR A; 4RTY A; 2L3P A; 1NLO C; 4JPB W; 1JU5 C; 5HCK A; 1BB9 A; 1JXO A; 1G2B A; 4K11 A; 1QKX A; 2KYM A; 1WFW A; 1AEY A; 5GJW B; 1ARK A; 1GFC A; 1GFD A; 4OMM A; 2CSQ A; 2LP5 A; 4M4Z A; 2AKL A; 4CC4 B; 2EBP A; 4IIM A; 1YWP A; 4HCK A; 2EGE A; 2VKN A; 1GBQ A; 2XMF A; 4LN2 A; 3SEM A; 2LMJ A; 2ESW A; 2LJ3 A; 2A28 A; 2DA9 A; 2CT3 A; 1VYV A; 2LQN A; 3TVT A; 3EG2 A; 2OAW A; 2B86 A; 1AWJ A; 1SRM A; 1WA7 A; 1AWO A; 4DEY A; 3REA B; 1WXU A; 4F16 A; 4J9E A; 1HJD A; 1SPK A; 2DNU A; 1QLY A; 2BZX A; 3PVQ A; 2RQW A; 1E7O A; 3H0F A; 1PKT A; 1X43 A; 2GQI A; 2HDA A; 4RTT A; 2K2M A; 2ROT A; 1W6X A; 1X69 A; 1UJ0 A; 2M0Y A; 1Z9Q A; 1TG0 A; 1E6H A; 2DRK A; 2SEM A; 2X3X D; 1JQQ A; 2YSQ A; 2LCS A; 1A0N B; 3M0U A; 1EFN A; 3TSW A; 4IIO A; 2K3B A; 1WLP B; 3RNJ A; 2J05 A; 4HXJ A; 2AKK A; 3VS0 A; 4LE9 A; 3GBQ A; 1E6G A; 1QWE A; 1PNJ A; 2O9V A; 2JMA A; 2YT6 A; 1T3S A; 4LNP A; 3NGP A; 1SHF A; 1ZX6 A; 4J9H A; 3EG0 A; 4CC2 A; 1UE9 A; 2MOX A; 2F2W A; 4ORZ A; 5ECA A; 1SHG A; 4AFS C; 2RNA A; 4RTU A; 2YUN A; 1KFZ A; 4D8K A; 5EC7 A; 2DRM A; 3UF4 A; 2I0N A; 5IHI A; 1K9A A; 2G6F X; 5IXF A; 5GJV B; 4JZ4 A; 3M0P A; 2DM1 A; 1K0S A; 2DBK A; 4F14 A; 3THK A; 4Z89 A; 2PTK A; 2BTT A; 2ECZ A; 1WYX A; 3R6N A; 4JJD A; 3QWX X; 3C0C A; 2DVJ A; 1G83 A; 3EG1 A; 1CKA A; 2D0N A; 2VVK A; 2EYX A; 1U06 A; 1M3A A; 1K1Z A; 2LNH B; 4LUE A; 1WIE A; 4CC3 A; 3I9Q A; 2KRM A; 5IXB A; 2JS2 A; 2OJ2 A; 2JXB A; 1KIK A; 1W70 A; 1X2K A; 2VWF A; 4AFU C; 2DX1 A; 1Y0M A; 2MIO A; 2EW3 A; 3KFV A; 1WXT A; 1TUC A; 1ABO A; 2HSP A; 2KRS A; 1ZSG A; 1MUZ A; 2KXD A; 2HBW A; 1T0J A; 4OMP A; 4AFZ C; 4HVW A; 1HD3 A; 2F2V A; 2DL3 A; 2KXC A; 1QWF A; 1ABQ A; 1X27 A; 2DE0 X; 1WX6 A; 1T0H A; 1UG1 A; 5FWC A; 4Z88 A; 1PRL C; 2RQU A; 2GGR A; 2AK5 A; 2D8J A; 1NEG A; 1YN8 A; 2O31 A; 2K79 A; 4ZNX A; 2FPF A; 2KYB A; 3TSZ A; 5IHN A; 4GLM A; 2O9S A; 1NYF A; 4OML A; 3EHR A; 3VRY A; 1PRM C; 4HVV A; 4Y92 A; 1K0X A; 2RF0 A; 3SHW A; 2KBT A; 2DIL A; 2L2P A; 1M3C A; 2DL4 A; 2C0O A; 3M0T A; 2BZY A; 1UTI A; 3UAT A; 4JZ3 A; 2L0A A; 3QWY A; 1H3H A; 2D1X A; 3VS7 A; 1W1F A; 2L3Q A; 4EIK A; 4J9B A; 2OI3 A; 2EGC A; 2H8H A; 1Z9Z A; 3REB B; 1ZBJ A; 1WXB A; 1OPK A; 1ZLM A; 3I5R A; 4D8D A; 1X2Q A; 1AOJ A; 2KRO A; 1SRL A; 2EQI A; 1RLQ C; 2KT8 A; 2FO0 A; 3PVL A; 2BZ8 A; 3FJ5 A; 2FEI A; 2M51 A; 2RQT A; 1UHC A; 2C0T A; 2EPD A; 3CQT A; 3JV3 A; 4WCI A; 3I35 A; 2JW4 A; 3VS2 A; 1UJY A; 3H41 A; 4AG2 C; 4Z8A A; 3VS3 A; 5IHK A; 4RTW A; 2DBM A; 2K6D A; 4AFQ C; 1OPL A; 1PKS A; 1QCF A; 2KR3 A; 1B07 A; 4J9F A; 4E6R A; 1B3Q A; 2EGA A; 2EYY A; 1RLP C; 2O2O A; 2CDT A; 2LZ6 B; 1NG2 A; 3VS1 A; 2V1Q A; 4R0K A; 5FW9 A; 2W0Z A; 2ED0 A; 2J06 A; 2LJ0 A; 2GNC A; 2EKH A; 3VRZ A; 1KSW A; 2JM8 A; 4J9D A; 1AD5 A; 1UEC A; 1AWX A; 1T3L A; 1YCS B; 1ZUU A; 3U23 A; 2QDL A; 1OOT A; 1LCK A; 2RQV A; 1I07 A; 1NLP C; 1IO6 A; 2FPD A; 3EGU A; 2CSI A; 3NPF A; 4QT7 A; 2YUP A; 3LH5 A; 1CKB A; 1CSK A; 1JO8 A; 2K7A A; 1M8M A; 3VS5 A; 1AZG B; 1BK2 A; 2PNI A; 2DF6 A; 2CUD A; 2AZS A; 2FRY A; 2HCK A; 3O5Z A; 1VA7 A; 5I22 A; 2GTJ A; 2KE9 A; 2CH4 W; 1H92 A; 1XOV A; 1FMK A; 2RN8 A; 2GTO A; 2KEA A; 2YUO A; 1K4U S; 1M3B A; 2KRN A; 1NM7 A; 2DJQ A; 2RMO A; 4DEX A; 4GBQ A; 2IIM A; 1U3O A; 1QKW A; 2HEQ A; 2F2X A; 2DLP A; 1KJW A; 4FSS A; 2JMC A; 1JXM A; 1K76 A; 1FYN A; 2V1R A; 4OMQ A; 1I1J A; 1X6G A; 1YNZ A; 3H0H A; 2A36 A; 2CH4 A; 2YDL A; 4RTZ A; 1UUE A; 2DYB A; 1WI7 A; 1N5Z A; 4OMN A; 2JTE A; 2DL5 A; 1AZE A; 4ESR A; 5L23 A; 2X3W D; 3VS6 A; 4X1V A; 3VS4 A; 1AVZ C; 2RPN A; 1RUW A; 2E5K A; 1SSH A; 2FG0 A; 2JS0 A; 1V1C A; 1UGV A; 1OEB A; 1JEG A; 1U5S A; 2CUB A; 1Y57 A; 1UDL A; 2DMO A; 1S1N A; 2CRE A; 2L3S A; 1NEB A; 4JJB A; 1UHF A; 4J9G A; 2PZ1 A; 3NMZ C; 4RTV A; 3M0Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2J6O A; 3RR6 A; 4M7A A; 1PWT A; 3J7A F; 2JN0 A; 1YP5 A; 3GF5 A; 4WF2 A; 3V8K A; 1OX9 A; 4FW1 A; 4PJO C; 3DLM A; 3VUZ A; 2AT1 B; 1C1A A; 4M7D A; 5CKH A; 2JJ9 A; 1OV3 A; 4D6W A; 2VV5 A; 2VB6 A; 3PMT A; 4J9I A; 4C8Q E; 2J7I A; 2ROL A; 1NPP A; 2XKO C; 5CAI A; 2DL7 A; 1QVG S; 3EG3 A; 4J9C A; 4OMF B; 5DY9 A; 4M75 D; 4J7F A; 1OQK A; 3I56 Q; 1ACM B; 2JT4 A; 3OYY A; 3QYH B; 2GBQ A; 3I5S A; 1AWW A; 1RI9 A; 2EYW A; 1X6B A; 5LL6 S; 3SDZ A; 1Q7Y R; 2LQW A; 4IUU A; 5LJ5 g; 2QK0 A; 3CC2 T; 2NWM A; 5GAO p; 3KXT A; 4BDZ A; 1WHK A; 1M30 A; 1I5O B; 4J6W A; 2DIG A; 1MV0 B; 1J3T A; 3JCM d; 3KBG A; 1VYU A; 2HQX A; 1B7T A; 3VJP A; 3JCM W; 3FEO A; 4F17 A; 1H8K A; 2OTL A; 1UGS B; 1VQ4 A; 3RBB B; 1SSF A; 3MP1 A; 1SEM A; 1X6O A; 1NJI C; 3FC3 A; 5GAO r; 4KUL A; 3HP9 A; 4BE1 A; 5HK0 A; 2RHU A; 4RCB A; 1KD1 R; 1IRX A; 2PUK B; 4DOV A; 4X34 A; 1V76 A; 1QQJ A; 3URG A; 3M56 A; 5HCK A; 3OYG A; 3RMS A; 3E2U A; 2RH2 A; 5CKB A; 4FL6 A; 2EQK A; 2E3I A; 1AEY A; 1ARK A; 1I5L A; 3RKW A; 4BI3 A; 1GFD A; 4OMM A; 2CSQ A; 4M4Z A; 1YWP A; 5KYU A; 4FYY B; 1KQ1 A; 1Y96 A; 5LJ5 e; 4N0A C; 1GBQ A; 2XMF A; 2JNG A; 4PJJ A; 2ESW A; 2LJ3 A; 2LQN A; 3CME T; 3EFR A; 2OAW A; 2B86 A; 3LLR A; 1NBE B; 3X24 B; 4DEY A; 3REA B; 1WXU A; 4CI0 C; 2LQK A; 4B9W A; 1HJD A; 2BZX A; 3PVQ A; 1VQ5 T; 3CCM T; 4L5G A; 3OS2 A; 3J80 E; 3H0F A; 3H9N A; 1X43 A; 3CCE A; 2QA4 A; 2CP3 A; 2HDA A; 3GLX A; 2ROT A; 3BW1 A; 1VQ6 T; 3G4S A; 2QEX Q; 1Z9Q A; 2SEM A; 2E10 A; 1D1C A; 2X3X D; 3G71 Q; 1G8X A; 2YSQ A; 2LCS A; 2PQW A; 1ZSZ C; 1A0N B; 3M0U A; 1VQ8 A; 3TSW A; 4EMK A; 4M7A F; 4PLI A; 2AIR B; 2LCL A; 1VQM A; 2AKK A; 5FU6 C; 2FZG B; 4M7D F; 3VS0 A; 3P8B B; 5EG2 A; 3GBQ A; 4PJO B; 2RM4 A; 1PNJ A; 2QQB A; 1T3S A; 3OMG A; 4KGX B; 4XTY A; 2L8D A; 1SHF A; 3PT9 A; 3EG0 A; 4C8Q B; 1M2V B; 2KY9 A; 5GAM f; 2RNA A; 1VQO Q; 1R8O B; 5EC7 A; 5LJ5 d; 1Q7Y U; 4XU0 A; 2DD4 A; 1VQN A; 3CXC A; 5IHI A; 1K9A A; 4M75 C; 3CC7 Q; 3M0P A; 4E2F B; 2DM1 A; 3CCQ A; 3OBY A; 4F14 A; 3T9N A; 4BUG A; 3CCJ Q; 4HT9 A; 5KYN A; 5GAN f; 4UC4 A; 1ZA1 B; 4O6J A; 2ECZ A; 2DIQ A; 3R6N A; 4QKU A; 3GIB A; 4M77 D; 2KAF A; 3S3O A; 4C5I A; 3M9Q A; 3L2R A; 1FXX A; 2DAQ A; 1IRE B; 1TTH B; 4JDS A; 4KH1 B; 4DBF A; 1KQS S; 4LD9 K; 2KRM A; 2IPO B; 5IXB A; 2JS2 A; 2OJ2 A; 2B8A A; 1TU0 B; 2M0O A; 2E5Q A; 4C92 A; 2VWF A; 3CXC P; 2EWN A; 5GMK i; 3NTK A; 4PJM A; 1WNL A; 1Q81 C; 3CCS A; 1VQK A; 1K8A R; 1D3B A; 2DL3 A; 2RK1 A; 3LGF A; 2DE0 X; 2JTM A; 2HL3 A; 2ZCF B; 5KH6 A; 1RAB B; 1YJN T; 4LDU A; 4YTL A; 1OZ2 A; 4Z88 A; 3D7S B; 2D8J A; 1D1B A; 4ELY C; 4NOY A; 1G3T A; 2FPF A; 1M90 C; 3TSZ A; 1XNI A; 2FHD A; 1WHJ A; 5A0L A; 1YJW Q; 4HVV A; 4BB7 A; 1K0X A; 3JCM c; 3PIP A; 4FM4 B; 4BI8 B; 2P84 A; 5GAN 8; 2D6F A; 2BZY A; 1UTI A; 1VQL T; 4JZ3 A; 5GAM j; 3OW2 S; 3TEE A; 4M7A E; 4FT4 A; 3LW5 E; 2HZY A; 4RG2 A; 4EIK A; 3MHX A; 1UB4 A; 5KYW B; 2EGC A; 1MND A; 2NUT B; 3REB B; 1MMA A; 3OYL A; 3CMA A; 3MP8 A; 4MZM A; 2HKQ B; 1OPK A; 4KUI A; 4C5E A; 1C6V X; 3A8G B; 3M54 A; 2MAM A; 2DK3 A; 1D09 B; 3HFN A; 5GAN j; 3J81 E; 2KRO A; 4VUB A; 2KT8 A; 2WSE E; 3CPW P; 3INZ A; 1I8F A; 3ER0 A; 4WCI A; 2PVG B; 3H41 A; 4AG2 C; 3EFO B; 5IHK A; 1ZSZ B; 2DBM A; 4IUR A; 2K6D A; 3RKX A; 1QCF A; 1QP2 A; 2E41 A; 1SF9 A; 1QP3 A; 4J9F A; 5LJ3 f; 3ZFJ A; 4L6V 5; 2CP5 A; 3QZ9 B; 1N9R A; 2XD0 A; 4JS4 A; 3L2U A; 2ED0 A; 4M7A G; 2GNC A; 4XTZ A; 1QCN A; 2DXB A; 1PM3 A; 4JRP A; 2EKH A; 3VRZ A; 1KSW A; 2JM8 A; 4M7D G; 1AD5 A; 4MML A; 4PFO A; 3OYN A; 1T3L A; 1YCS B; 1ZUU A; 3CME Q; 4E7J A; 2QDL A; 4KH0 B; 1YIT A; 5L8R E; 3EH2 A; 4QW2 A; 4QT7 A; 1KC8 C; 3LH5 A; 1CKB A; 4OB1 B; 1VQ5 Q; 3VS5 A; 3CCM Q; 1AZG B; 1G3Y A; 2PNI A; 1EIF A; 5DLO A; 4M77 C; 1BI3 A; 2HCK A; 4FCY A; 3I55 A; 1M5Q 1; 2GTJ A; 2CH4 W; 1XOV A; 1FMK A; 5KYY B; 3WVE B; 1K4U S; 3S6W A; 1VQ6 Q; 2BKD N; 3JCM Q; 1K8A U; 3C95 A; 2RMO A; 4DEX A; 2BUD A; 4M78 E; 1YHQ A; 2EJF A; 4C92 F; 2QAZ A; 1QKW A; 2F2X A; 1QVG A; 1KJW A; 5CO7 A; 2QQ9 A; 5CKE A; 4LD6 A; 4OMQ A; 4IUP A; 1X6G A; 3H0H A; 2A36 A; 4RTZ A; 1B34 A; 4PJO D; 3LX7 A; 2DL5 A; 3JRZ A; 2RPN A; 1OU9 A; 3ZEH A; 1SSH A; 4C8Q D; 3L2W A; 3N5B B; 2R58 A; 1M4Z A; 3UT1 A; 2OTJ T; 2ZPE B; 1JEG A; 5LJ3 j; 4OB3 B; 2AHJ B; 2DMO A; 2CRE A; 5FRM A; 3DB4 A; 1NEB A; 1UHF A; 4RTV A; 4F7U A; 5GAO n; 1PSE A; 2SRC A; 2NLU A; 3M0S A; 4RTX A; 3FIF A; 1H64 1; 3CC4 A; 2BE9 B; 4DOW A; 2PU9 B; 3G6E T; 4M7A B; 1UGR B; 4E7I A; 1VYT A; 4EDU A; 5IH2 A; 3NHN A; 2V26 A; 5FLX E; 5GMK m; 4A4K A; 1QCO A; 3M4G A; 3PIO A; 2K5F A; 1WDX A; 2L3R A; 4J83 A; 2ZAE A; 2ZGW A; 2QGG A; 1TUD A; 1VQ9 T; 1GRI A; 4A4F A; 3RMQ A; 2H3E B; 3NTI A; 1TXQ A; 5GAN 6; 1WGS A; 3TRE A; 1VIF A; 3M55 A; 1BBZ A; 3CD6 T; 2DET A; 1YJN Q; 4JJC A; 3ULR B; 1ZUY A; 4FIB A; 3CBO A; 1I0C A; 3HRU A; 1IGQ A; 2HQE A; 4FT2 A; 3JCM g; 1TS9 A; 3A98 A; 2O88 A; 3JB9 I; 1MV3 A; 2KMT A; 1GCQ A; 3R6O A; 2KQW A; 1SG5 A; 4HVU A; 4M75 A; 2MCN A; 3OS1 A; 5KYX A; 2DJZ A; 4AG1 C; 1JJ2 P; 2C0I A; 4PFZ A; 3E19 A; 2K57 A; 4A4E A; 5HY6 A; 2M16 A; 4PJN A; 5DM7 R; 1ZUK A; 1UFF A; 1LNX A; 2ABL A; 1ZHI A; 1WHL A; 1VQL Q; 2ENM A; 2EVR A; 2RQR A; 4IUV A; 1VQ7 T; 4OP0 A; 1YWO A; 1GBR A; 1EX4 A; 4QQG A; 1NLO C; 3CCU T; 1JU5 C; 3EG9 A; 1BB9 A; 4V2S A; 1G2B A; 2A7Y A; 3DKM A; 6AT1 B; 4K11 A; 3M4Y A; 1QKX A; 4ANJ A; 2KYM A; 4A4G A; 5C6S A; 3HPW A; 2LP5 A; 2AKL A; 2X35 A; 2V8J A; 3BE3 A; 1RAF B; 2FYK A; 1VQP T; 2MYS A; 4M78 B; 3MP6 A; 1XJW B; 1YIJ Q; 2DA9 A; 1VYV A; 5KYU B; 2DEU A; 3QKJ A; 1AWO A; 1D0Z A; 3P8H A; 3JCM e; 3CCV A; 4A53 A; 1MHN A; 2HNI A; 4RCC A; 1QLY A; 1PSF A; 2QTX A; 4C92 G; 5D7U A; 1G5V A; 2GQI A; 4RTT A; 4KGZ B; 1X69 A; 3DLL A; 3E1S A; 2D9T A; 4FYW B; 1TH7 A; 2M0Y A; 4C8Q C; 1KQS A; 4KUD K; 1TOV A; 1EFN A; 1IHW A; 4IIO A; 1OZ3 A; 1WLP B; 2PVO B; 4F7U F; 2EFI A; 4ZGD B; 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