The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
65
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sequence length |
246
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structure length |
246
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Chain Sequence |
TLQPEHEKQIKVLQEELQTIEYKSCEICDNDIEKFLELMLAYKEATVNLMQEMVKSPSILHILKEGRLVAFRDPNDCLKLGFVFKVSLKDAVCVIMTFTKPYKLPNGEPNHLIYFPKADGYRRRNFPKFQKTDFYMEEVPVTAIEVITKRKFAAPLGKVIKKDVAALNEFNAETNNILDGKTLKEAINIEKQGLKIHQILLDRTNIRDEIFKLKSIKCPNLSQHIVPKFKAHVIKKKIEELYHLMS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Crystal Structure of S. Cerevisiae Ski2, a Dexh Helicase Associated with the Cytoplasmic Functions of the Exosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
ANTIVIRAL HELICASE SKI2
|
| total genus |
65
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| structure length |
246
|
| sequence length |
246
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| chains with identical sequence |
C, E, G, I
|
| ec nomenclature |
ec
3.6.4.13: RNA helicase. |
| pdb deposition date | 2011-10-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | YheA-like fold | YheA-like fold | ||
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2XGJ A; 4A4K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LDV A; 2LX9 A; 3QBY A; 3TQ7 P; 1EFN A; 5FLX E; 2JMA A; 3CCR A; 2KY9 A; 1VQ6 Q; 1MV3 A; 3CCV A; 4E7K A; 2OEQ A; 2KRM A; 2K5I A; 3J80 E; 1PHT A; 1OPL A; 1LNX A; 2JMC A; 2YT6 A; 1IB8 A; 3TCJ A; 3OYJ A; 1XJW B; 4J9G A; 1NPR A; 4PL6 A; 2GNC A; 1GCP A; 3QWY A; 2EW3 A; 1G8X A; 3QXE B; 3KFV A; 2XK0 A; 3SHW A; 4C0G A; 4J7I A; 3BFM A; 1QVF P; 2CZ7 B; 4QW2 A; 2EYW A; 1HXD A; 3NHN A; 1D3B B; 2GTO A; 1VQM Q; 2BE7 D; 2EYQ A; 3PVL A; 5L8R E; 4BE0 A; 3SD4 A; 5GAO r; 3CCS A; 3M4G A; 1Q81 R; 1E7O A; 1M27 C; 1OX9 A; 5GMK j; 1EZZ B; 4PJO A; 1GFD A; 1O9S A; 1QMC A; 1YJN T; 1QP3 A; 2DX1 A; 2XID A; 1BKB A; 1CKA A; 1LCK A; 1X75 C; 4NOY A; 1X69 A; 1VQ4 Q; 3LGL A; 4XU0 A; 5GAM g; 2ROT A; 1TU0 B; 1WXU A; 1AVZ C; 4AG1 C; 2RHX A; 1RL2 A; 1VQO T; 2HSE B; 4XTZ A; 3JCM e; 2R57 A; 1OU8 A; 2KT1 A; 2K9G A; 2KVQ G; 3OW2 A; 3JCM c; 3C0C A; 3M0Q A; 3E9F A; 3CCM A; 4Y28 E; 2EGE A; 2DYB A; 3UT1 A; 2DAQ A; 4BD3 A; 2K4Y A; 2K5L A; 2QTV A; 2DO3 A; 2YXY A; 2YUO A; 2CDT A; 3CC2 A; 4C92 F; 1HJD A; 3M56 A; 1IRX A; 3SDZ A; 1VQM T; 4PJO C; 5IAY A; 2VC8 A; 1ZHI A; 5IXB A; 4F7U B; 3JB9 G; 1W2B A; 2CH4 W; 2DVJ A; 2K3X A; 3EG2 A; 1WZO A; 3A5Z B; 1OX8 A; 4OGC A; 1VQ9 T; 5IHK A; 1WQW A; 4A4G A; 3EGX B; 4BI4 A; 2EKH A; 1ZLM A; 1VQ8 A; 2DEU A; 2KE9 A; 1KQ2 A; 3PIP A; 4F7U G; 2CZ6 B; 1HYO A; 2GGR A; 2DNU A; 4FW1 A; 1K8A R; 3JCM f; 1UGR B; 1KQS P; 5DLO A; 3EG9 A; 1OQK A; 1H3H A; 4PFZ A; 5LJ5 j; 4CC3 A; 2FVU A; 1TG0 A; 2JOY A; 1SEM A; 4LD9 K; 5GAN 4; 3MP6 A; 3S6W A; 4M7D D; 3RER A; 1RUW A; 5J39 A; 1AWO A; 4LD6 A; 3H41 A; 2WSC E; 5AYF A; 3CXC S; 1TUG B; 4OP0 A; 4M78 E; 2EYZ A; 1H3Z A; 2IG0 A; 3BW1 A; 5FRN A; 3L2Q A; 2COY A; 2IAZ A; 1U06 A; 2X4J A; 4XTV A; 4FYX B; 5D6X A; 5KYW B; 2PQW A; 2KT8 A; 1CKB A; 1Y71 A; 1M1K U; 3CCL A; 1YJW A; 2QQS A; 1ZSZ A; 3AT1 B; 4LDW A; 4JZ3 A; 5M9O A; 1BCO A; 2FG0 A; 4AT1 B; 2MCN A; 4BY6 C; 4IUT A; 3VRY A; 1Q86 R; 1RLP C; 2DER A; 1M1K C; 1NPP A; 3JCM X; 3VS2 A; 1YJ9 A; 3DLM A; 3JB9 H; 2IPO B; 4L6V 5; 3GPL A; 1QCF A; 2LT4 A; 2IVW A; 4LDX A; 3I55 A; 3OYH A; 3OS1 A; 4MDW A; 3OA6 A; 1JRI A; 2XU8 A; 4QVC A; 2PVD B; 1U3O A; 1Y7X A; 4AFQ C; 2P84 A; 5FRO A; 3OYL A; 1VQ5 A; 1TS9 A; 3MPU B; 3CBO A; 3HRU A; 1KK7 A; 2COZ A; 1VQ6 A; 1ZUU A; 1IGU A; 3JCM V; 2JM9 A; 5CIU A; 1QVP A; 3G7Z A; 4RTU A; 4CRI A; 4OF1 A; 3L42 A; 2DM1 A; 2YRD A; 4ZGJ B; 5LJ5 g; 2JJ9 A; 4HT9 A; 9ATC B; 1PSF A; 1EX4 A; 2X4X A; 3BE3 A; 3CCE A; 4A4H A; 4PJO F; 5LJ3 e; 2BKD N; 2GF7 A; 1I8F A; 3BDL A; 4OB1 B; 3LW5 E; 4RCC A; 1SSH A; 3CCJ T; 3M54 A; 4FYY B; 4J9F A; 4MZM A; 5CQX A; 3CBP A; 1MNE A; 3RDV A; 5HY6 A; 2V8J A; 4DOW A; 1UGV A; 1Q81 U; 2JW4 A; 2LNV A; 1NEB A; 1ZSZ C; 2QI2 A; 3DLL A; 2DPP B; 1YIJ A; 2DZ9 A; 4IUU A; 1PRL C; 2FL7 A; 2NUZ A; 2OTJ A; 3VS1 A; 3G4S Q; 4XQ3 A; 1JJ2 S; 3JB9 J; 2DIL A; 2HQX A; 1Y96 B; 2K2V A; 1M2V B; 1GXI E; 4HCC A; 1QKW A; 2ZPG B; 1NE8 A; 1T0J A; 1T3L A; 3OYI A; 2QEX T; 4O6J A; 2DL4 A; 2XD0 A; 3M4Y A; 4PLI A; 2QK0 A; 2PUK B; 2V8I A; 1VQ4 A; 3CD6 Q; 1YI2 Q; 3X20 B; 3L2R A; 1VQP Q; 5GJW B; 2CP5 A; 3MEA A; 2J6O A; 2P0Q A; 1YWO A; 3UF4 A; 2AHJ B; 2FHD A; 2VV5 A; 2DK3 A; 1D1C A; 3CME T; 5GMK i; 2VVK A; 2JXB A; 1M3B A; 5LJ3 f; 3MJX A; 1X6B A; 3GIB A; 1D0Y A; 1FMK A; 4R55 A; 4GY5 A; 4BI8 B; 2RK2 A; 3CCR Q; 2QG9 B; 4YTL A; 2SRC A; 3OY9 A; 4E7H A; 3SWN A; 3UWN A; 3BY7 A; 3M55 A; 2FZC B; 2E4H A; 2PU9 B; 5CR2 A; 4LDY A; 4PJO B; 3H0I A; 8ATC B; 2GTJ A; 1WQ7 A; 2RH2 A; 3RBB B; 1B07 A; 1U1S A; 3H0F A; 3LWI A; 2ZAE A; 3CMA A; 3G4S T; 1GBQ A; 2GFA A; 4OMQ A; 2DZC A; 2HSP A; 4LNP A; 2LZ6 B; 3JSC A; 1ZA2 B; 1K8A U; 4C5I A; 1PKS A; 4A4E A; 2ATC B; 2DRK A; 3U23 A; 3CD6 T; 3CCS Q; 2E5K A; 1K8A C; 1NG2 A; 2RO0 A; 2CS7 A; 3L2W A; 1PRM C; 2FB7 A; 1RAG B; 2M0O A; 1KQS S; 4EDU A; 2VWF A; 3JCM d; 3QO3 A; 4C5H A; 1M2O A; 4M7A B; 2P0P A; 1YBY A; 2BZ8 A; 1OI1 A; 2CP7 A; 1M4Z A; 2JN0 A; 4XU2 A; 4A54 A; 2XKO C; 2JM8 A; 2KXD A; 4RUG A; 3D7S B; 3MEW A; 2YLC A; 3SWN C; 3RUX A; 4N0A C; 4J6X A; 3CCR T; 1JQQ A; 4Z02 A; 1WHG A; 3CCV T; 1IO6 A; 1KC8 R; 3OBW A; 4M7A G; 2K6D A; 2A3L A; 1N9S A; 3CPW P; 3ER0 A; 1LVK A; 4BAC A; 1Q86 U; 2F69 A; 2VKN A; 3I5R A; 4DOV A; 2KQW A; 4JS4 A; 3F70 A; 1AZG B; 2CUD A; 2L89 A; 1TSF A; 3X25 B; 5IT9 E; 4QVZ A; 3BDU A; 3OW2 S; 2XDB A; 3G6E T; 2M1H A; 1DJ7 B; 4DBF A; 3CC2 Q; 3CBM A; 4FCY A; 2K57 A; 3JCM W; 4F7U E; 2EQU A; 1S1N A; 3C12 A; 3EG9 B; 2EGA A; 3M58 A; 2DKG A; 1GCQ A; 4LUE A; 1VQ7 T; 3MEU A; 5GAM h; 2MIO A; 1QCO A; 1WHM A; 2RI3 A; 1TWB A; 1G83 A; 2E6Z A; 2DIG A; 3KBG A; 2QQA A; 4PFO A; 3VS5 A; 3ZFJ A; 1BBZ A; 2DEQ A; 2CYZ B; 1WXT A; 2O4X A; 2X4Y A; 3M0U A; 1FMV A; 4CI0 C; 1VQ8 Q; 1M9S A; 5LJ3 j; 2E70 A; 3R6N A; 3HKS A; 2RM4 A; 4KT0 E; 2DET A; 1N27 A; 1RAB B; 4M78 D; 1JJ2 A; 2R5A A; 4E2F B; 1M30 A; 2EQJ A; 1K9M R; 4DEX A; 3JV3 A; 1ZSZ B; 2ZPF B; 4M77 D; 5GAN j; 1PKT A; 3O5Z A; 3MHX A; 3MO8 A; 4C8Q G; 2DFU A; 3CCM T; 2DD5 A; 3GP8 A; 1RI9 A; 2XI9 A; 1I5L A; 1VOM A; 1WPY A; 1QKX A; 2HKQ B; 2HMA A; 5A0G A; 3EGD B; 5GMK h; 5KYU A; 2KI7 A; 1P92 A; 1GCQ C; 3NTI A; 1UJY A; 1OOT A; 3E1S A; 3Q1J A; 4CC4 B; 3CCL Q; 1VQP A; 2SEM A; 1YJW Q; 3EH2 A; 1QVG P; 3CCQ A; 1PG5 B; 2J7I A; 2RHZ A; 4GLK A; 1V76 A; 3G1J A; 1YJ9 Q; 2KRO A; 2J6K A; 4II1 A; 3OSV A; 3TEE A; 4OMF B; 2VGM A; 1VYV A; 1WHL A; 1C0M A; 3LGF A; 5C0M A; 1Y96 A; 2RI2 A; 2LRQ A; 4MZP A; 4F04 B; 1VQ8 T; 3NTH A; 3A98 A; 4LXC A; 1SG5 A; 3RMS A; 1X6G A; 1VQ5 Q; 5LJ3 d; 4DEY A; 1D1A A; 2KGT A; 1G3W A; 2HL3 A; 4KBM B; 3JB9 F; 2HQE A; 1JBM A; 1VYU A; 1X01 A; 2X35 A; 2OTL A; 1H8K A; 2E3H A; 2XGJ A; 1N5Z A; 2BE9 B; 2PVG B; 4LN2 A; 2Z0W A; 2JTM A; 4JRQ A; 3S3O A; 4QVD A; 5KCH A; 4X9C A; 1KQ1 A; 5GAN d; 2KYB A; 3FB9 A; 3CCE Q; 5J3B A; 3FJP A; 1VQN T; 2KXC A; 3OYG A; 2HKN A; 2RQU A; 3NMZ C; 1MUZ A; 1FMW A; 2DXT A; 4BE2 A; 1G3T A; 4F7U F; 4N4H A; 1K0X A; 2CP2 A; 3E2U A; 2K7A A; 2LQK A; 2AIR B; 1KQS A; 3EFO A; 2LTO A; 3SB2 A; 3CCU A; 2CKK A; 2AZV A; 2CSI A; 2B8A A; 4IUQ A; 1YIJ Q; 3CCL T; 3L2Z A; 1UHC A; 2RI5 A; 4IUV A; 2AKK A; 1IHV A; 4O5V A; 4Y91 A; 2OTJ Q; 2PNI A; 3HFO A; 1YJ9 T; 1E6G A; 3EHR A; 4JJB A; 3I55 T; 6AT1 B; 4PK4 A; 3VS4 A; 4RTX A; 4OB2 B; 1WYX A; 5LJ5 h; 4EIK A; 4RG2 A; 4HT8 A; 2RJE A; 3QSU A; 3SWN B; 1VQ5 T; 4B9X A; 1KC8 U; 5HCK A; 3HPW A; 1VQ6 T; 2K79 A; 1PD0 A; 3TRE A; 2F2X A; 4L5G A; 1YN8 A; 1IZ6 A; 2L2P A; 3EFS A; 2O2O A; 3J7A F; 2LCS A; 4HCB A; 3VS7 A; 4ATO A; 1M1F A; 2W0Z A; 3C94 A; 4PJN A; 4M7A A; 3M9Q A; 5A0D A; 1QLY A; 2YRV A; 2EGC A; 1NLO C; 1RAE B; 4MMK A; 4K11 A; 4KGV B; 1Q82 R; 2JUF A; 1IRE B; 1ABO A; 1X27 A; 3EHQ A; 4F14 A; 4PJO E; 1OZ2 A; 3EG3 A; 1VUB A; 3M53 A; 3OS0 A; 2MAM A; 3VYG A; 2HZY A; 2LCC A; 5KCO A; 1YIJ T; 2K5F A; 3RES A; 2CZ0 B; 3MP1 A; 3CMA Q; 1ACM B; 3OYA A; 5CQY A; 4J9H A; 1BK2 A; 2DXC A; 3ZBD A; 4XTU A; 1SRM A; 2F2V A; 4M7D G; 3N5B B; 4M75 D; 1VQ4 T; 1KG1 A; 2C0I A; 1UFF A; 1WXB A; 2RHU A; 1K9M U; 2BUD A; 1G5V A; 1BI2 A; 4M7A E; 1X6O A; 2ZCF B; 1K9M C; 1B34 A; 2NYS A; 2LQW A; 4M7A C; 1IXD A; 2MI6 A; 2CP3 A; 4WTO B; 1UHF A; 3DB4 A; 3PNW C; 1ZUY A; 1Z9Z A; 2WSF E; 4JJD A; 2JVV A; 3V8J A; 1F1B B; 3M5A A; 5GAN 3; 1R0B G; 2RHI A; 4EPC A; 4XU3 A; 4C8Q A; 1WX6 A; 1WHH A; 3CQT A; 1EIF A; 3MP8 A; 2RF0 A; 2V8K A; 1BI3 A; 3QWX X; 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1WFW A; 3QKJ A; 1WIE A; 2OJ2 A; 1NJI R; 2H3E B; 3WVD B; 1TTH B; 4HVU A; 2VYT A; 2FEI A; 5HKC A; 1WHK A; 3OSS C; 4LUD A; 1SSF A; 4MZT A; 3GLX A; 4XTY A; 2EJ9 A; 1I1J A; 2OAU A; 4QQ6 A; 1Q82 U; 1V1C A; 5CCA A; 2GQV A; 1G2B A; 2CP0 A; 3EFO B; 4JUV A; 1KHI A; 3LH5 A; 1K73 R; 1Q82 C; 4JRI A; 5KH6 A; 1VIE A; 4D6W A; 4KH0 B; 3UAT A; 2VAS A; 3IQL A; 4DBH A; 2EQK A; 4X34 A; 4DBQ A; 2HDA A; 2OTL Q; 5GAM e; 1SRL A; 2DJQ A; 4OMO A; 5CK9 A; 2DL7 A; 1AWX A; 1J3T A; 3DKM A; 1I81 A; 2XIC A; 2ZZD A; 2KYM A; 3CC7 A; 5CO7 A; 4JDS A; 4M75 A; 4OB3 B; 4ZTJ A; 5FU7 B; 4QQD A; 1VQL A; 1RAA B; 1K4U S; 3OYK A; 1Q7Y R; 2V1Q A; 1X43 A; 3PIO A; 2OX7 A; 4DBR A; 3UPU A; 5HK0 A; 2LC4 A; 2BTT A; 3CCU Q; 2EYY A; 3UDC A; 3V7R A; 2JT4 A; 2E1H A; 3VU3 C; 2FZK B; 2RB6 A; 1YI2 T; 2L0A A; 4M7D A; 4KUL A; 4J8O A; 2RJD A; 1VQP T; 3LWH A; 4OMM A; 3CCQ T; 4J6W A; 4C8Q F; 3PMI A; 4RCB A; 3JCM g; 3GNF B; 5KE3 A; 5KYY B; 2MK5 A; 4LDU A; 2EQM A; 2V1R A; 2RK1 A; 4E6R A; 4EMK A; 2O9S A; 3H9N A; 2YLB A; 2KEA A; 3GF5 A; 2A37 A; 4N4I A; 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