The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
LTYGVALYRFQALEPNELDFEVGDKIRILATLEDGWLEGSLKGRTGIFPYRFVKLCPA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the SH3 Domain of DNMBP protein [Homo sapiens]
rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Dynamin-binding protein
|
| total genus |
11
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WI7 A; 1SHF A; 2EBP A; 4J9H A; 5IXF A; 1PKT A; 1GCQ C; 1N5Z A; 1X43 A; 1J3T A; 1PWT A; 1E7O A; 1M27 C; 1Y0M A; 1UE9 A; 2DA9 A; 5FWC A; 2D1X A; 2DRM A; 2DRK A; 2LZ6 B; 2YT6 A; 3REB B; 1GFC A; 1M8M A; 2DMO A; 1GCQ A; 2G6F X; 4AG1 C; 4RTZ A; 2EQI A; 1NLP C; 1VYT A; 3M0P A; 2KEA A; 1JO8 A; 4D8D A; 2KBT A; 1YP5 A; 1M3C A; 1ZUK A; 1K0X A; 2HEQ A; 2EYW A; 1VA7 A; 4Z89 A; 3QWY A; 5I22 A; 4AFS C; 2JXB A; 4J9C A; 4JJB A; 2AKK A; 1WX6 A; 2JMC A; 1NLO C; 2XMF A; 3M0T A; 2YUP A; 1TUD A; 4J9F A; 2L2P A; 3VS5 A; 4E6R A; 4OMO A; 2LQN A; 2M0Y A; 1Z9Q A; 3LH5 A; 2KGT A; 2AZS A; 2FPF A; 2GGR A; 2EGA A; 2HCK A; 5IHN A; 4AG2 C; 2J7I A; 3M0Q A; 1YWP A; 2P4R A; 2EKH A; 1PNJ A; 2LJ0 A; 4AFZ C; 3JV3 A; 1AZE A; 2K79 A; 4LUD A; 1QWE A; 3RNJ A; 2MOX A; 2LCS A; 1AWO A; 1T3L A; 1RLQ C; 2BTT A; 2VVK A; 2V1Q A; 3NHN A; 2LJ3 A; 3REA B; 2D8H A; 1NEG A; 4OMM A; 1WXB A; 1SRM A; 4J9B A; 3EG3 A; 1KJW A; 2DL8 A; 2FG0 A; 1UJ0 A; 4ESR A; 2X3W D; 2RQR A; 2DBK A; 1OV3 A; 1TG0 A; 3H0I A; 1UG1 A; 1SEM A; 2GTJ A; 3VS7 A; 1GBR A; 1GL5 A; 2LX7 A; 4R0K A; 5IHK A; 2DL5 A; 2DIL A; 2O88 A; 1YWO A; 1CKB A; 5EC7 A; 1PHT A; 2A08 A; 2ESW A; 4CC2 A; 1K4U S; 4JZ4 A; 2IIM A; 1WLP B; 5HCK A; 1UHC A; 1E6G A; 4F14 A; 3QWX X; 2L3S A; 1IO6 A; 1RI9 A; 1TUC A; 2KE9 A; 2J05 A; 2LP5 A; 2FPD A; 1JXO A; 2V1R A; 1W1F A; 4OML A; 2CUD A; 2YUN A; 4A63 B; 1I0C A; 1HSQ A; 1FMK A; 1K1Z A; 2K9G A; 2DL7 A; 2PNI A; 1HJD A; 1XOV A; 2FEI A; 2QDL A; 1VYV A; 1SSH A; 2O31 A; 2GQI A; 2PTK A; 1T0H A; 1ZSG A; 4RTU A; 2OJ2 A; 2L3P A; 5FW9 A; 5FWB A; 1MV3 A; 3EG0 A; 2K7A A; 5L23 A; 1X6G A; 1B07 A; 1H3H A; 2DX1 A; 5GJW B; 2AZV A; 1WA7 A; 1Y57 A; 2GNC A; 2EYY A; 4F16 A; 4CC4 B; 3M0U A; 3R6N A; 1UHF A; 2FPE A; 1MV0 B; 4RUG A; 2KYM A; 2DYB A; 2K6D A; 2A28 A; 1U5S A; 4LN2 A; 4OMN A; 3VRY A; 2EVR A; 5IH2 A; 2DJQ A; 2DVJ A; 4GLM A; 1X69 A; 1ZLM A; 1HD3 A; 1KSW A; 3THK A; 2EGC A; 2C0T A; 5ECA A; 2MCN A; 1W6X A; 2L3Q A; 1NG2 A; 2KXD A; 4AFQ C; 2B86 A; 1G83 A; 1T3S A; 2CSI A; 1AVZ C; 3NPF A; 2KRM A; 2LNH B; 1YN8 A; 2KRN A; 3I5S A; 2HBW A; 2RF0 A; 5IXB A; 3PE0 A; 2J6F A; 3UAT A; 1BB9 A; 2JM9 A; 4RTW A; 1UDL A; 2RMO A; 2CRE A; 1OPL A; 3NGP A; 2DBM A; 1G2B A; 4Z88 A; 2YUQ A; 2D8J A; 2ED0 A; 2KYB A; 2CT3 A; 4JPB W; 4LNP A; 1EFN A; 1AEY A; 1S1N A; 4J9I A; 2RN8 A; 1QLY A; 1AOJ A; 2AK5 A; 3ZL7 C; 1NYG A; 1OEB A; 2KT8 A; 1X2K A; 2A36 A; 2CH4 A; 3EGU A; 1UUE A; 2O9V A; 1SPK A; 1BU1 A; 1WXT A; 3FJ5 A; 1WXU A; 3I9Q A; 3PVL A; 2E5K A; 1ARK A; 4IIM A; 1NEB A; 2RNA A; 1AZG B; 4CC3 A; 2JM8 A; 4CC7 A; 2ROL A; 2RQT A; 1X2Q A; 2AKL A; 2LJ1 A; 2DNU A; 2FRY A; 1H8K A; 2X3X D; 4X1V A; 1YCS B; 2HSP A; 1UJY A; 3VS4 A; 3O5Z A; 2JS2 A; 1VYU A; 4WCI A; 2EYZ A; 1OOT A; 3A98 A; 2W0Z A; 1WDX A; 1E6H A; 1T0J A; 2DE0 X; 2CUB A; 4RTY A; 3VS2 A; 1CSK A; 2DF6 A; 2K2M A; 3NMZ C; 2ABL A; 1ABQ A; 1UEC A; 2O2O A; 2SEM A; 2O9S A; 3ULR B; 3VS6 A; 4KRT A; 4EIK A; 1JQQ A; 2VWF A; 2K3B A; 4D8K A; 1RLP C; 3H0H A; 4JZ3 A; 3TSW A; 2L0A A; 3VS3 A; 1AWW A; 1OPK A; 4GBQ A; 2YUO A; 1WFW A; 2DM1 A; 2FO0 A; 1YNZ A; 2RQV A; 2NUZ A; 2F2W A; 1NYF A; 2ECZ A; 1ABO A; 1B3Q A; 1UFF A; 3EG1 A; 2JT4 A; 4ZNX A; 2EGE A; 4Z8A A; 2CSQ A; 2PZ1 A; 4RTV A; 4K11 A; 1MUZ A; 4RTX A; 1PRM C; 1M3A A; 3UA6 A; 3EHR A; 1KIK A; 1QWF A; 4JJD A; 1U06 A; 3SHW A; 2H8H A; 2F2V A; 1ZUU A; 2KRS A; 1WIE A; 5I11 A; 2MIO A; 2HDA A; 1AWJ A; 3TSZ A; 2VKN A; 1QKW A; 3I35 A; 3RBB B; 2M51 A; 2BZX A; 4HVV A; 1WYX A; 1NM7 A; 1QKX A; 2ROT A; 2JW4 A; 1KFZ A; 2RPN A; 1BK2 A; 1JEG A; 2KNB B; 1UGV A; 1A0N B; 2NWM A; 2D0N A; 1QCF A; 3EG2 A; 3UA7 A; 4Y92 A; 1H92 A; 4OMP A; 2CDT A; 1Z9Z A; 1UTI A; 5IHI A; 1K9A A; 4M4Z A; 1JXM A; 1X6B A; 4J9D A; 2F2X A; 1JU5 C; 4AFU C; 2J06 A; 3SEM A; 4JJC A; 3PVQ A; 1I07 A; 3M0S A; 2ENM A; 1AWX A; 3I5R A; 1PRL C; 3IQL A; 3H0F A; 2I0N A; 4DEY A; 1X27 A; 2LQW A; 1SHG A; 1ZX6 A; 2SRC A; 4QT7 A; 3TVT A; 2FRW A; 2J6K A; 2EPD A; 4F17 A; 4J9E A; 4HVW A; 2DLP A; 1AD5 A; 2JS0 A; 3C0C A; 2GBQ A; 4RTT A; 2OAW A; 2BZY A; 3U23 A; 4LUE A; 3H41 A; 3UF4 A; 1GRI A; 1K0S A; 1BBZ A; 2GTO A; 1GFD A; 1RUW A; 2CH4 W; 2BZ8 A; 1U3O A; 3GBQ A; 2KRO A; 1GBQ A; 1M30 A; 2C0O A; 3EHQ A; 2J6O A; 2KR3 A; 2EYX A; 4ORZ A; 2C0I A; 2ED1 A; 4FSS A; 2W10 A; 4LE9 A; 4HVU A; 4J9G A; 2DL4 A; 2EW3 A; 1ZUY A; 4HCK A; 2RQU A; 1SRL A; 2OI3 A; 1LCK A; 3CQT A; 3M0R A; 1ZBJ A; 1W70 A; 4OMQ A; 2RQW A; 3VS1 A; 2A37 A; 2CT4 A; 2JTE A; 3KFV A; 1M3B A; 2YSQ A; 4HXJ A; 1CKA A; 3VRZ A; 1K76 A; 2DL3 A; 1GCP A; 3VS0 A; 5GJV B; 4IIO A; 2KT1 A; 1PKS A; 1V1C A; 2YDL A; 4DEX A; 2LMJ A; 1I1J A; 2KXC A; 1FYN A; 2JMA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WI7 A; 1SHF A; 3CBP A; 4M7A E; 2HNI A; 1X75 C; 2BIV A; 3R6O A; 8AT1 B; 2LQ8 A; 2QQ9 A; 1HK9 A; 4M77 G; 1M27 C; 1VQ6 T; 1UE9 A; 2DA9 A; 2DRM A; 2E64 A; 4KH0 B; 3WVE B; 3REB B; 1GFC A; 4EMK A; 3OYL A; 5LJ3 g; 3OW2 P; 2DET A; 5CIU A; 2FB7 A; 2KVQ G; 2KEA A; 4D8D A; 1LVK A; 1YP5 A; 1FMV A; 2MYS A; 3HRU A; 1G8X A; 4IUT A; 4M75 C; 2O01 E; 2CYZ B; 1D0Y A; 4C0Z A; 5I22 A; 3RIR A; 1WHL A; 4J9C A; 1NLO C; 1LJO A; 4EDU A; 4E6R A; 4J9F A; 2RH2 A; 3GP8 A; 2VV5 A; 4PL6 A; 2GQV A; 3L2Z A; 4XTW A; 3CMA A; 4OMO A; 4ZGD B; 3C94 A; 3OYI A; 2PUK B; 2M0Y A; 2KGT A; 5GMK j; 3JCM X; 1JBM A; 2HCK A; 3OMC A; 2EJ9 A; 2P4R A; 4M78 E; 3JV3 A; 1R77 A; 3JCM f; 4DBF A; 3RNJ A; 2MOX A; 4J6Y A; 1VQ7 T; 1RLQ C; 5HK3 A; 2BTT A; 2PVO B; 4LXC A; 1VQ9 A; 5LJ5 e; 3M54 A; 3OS1 A; 2R5M A; 1SRM A; 3M55 A; 3EG3 A; 4J9B A; 2DL8 A; 4C0F A; 3RDV A; 1UJ0 A; 2JZ2 A; 4BD3 A; 3BE3 A; 3CCL A; 3KXT A; 1OV3 A; 1TG0 A; 4GY5 A; 3QDF A; 3PMI A; 2E3H A; 1U1T A; 3G6E A; 4ZN1 A; 1IRE B; 3V8L A; 3VS7 A; 1GL5 A; 1JRI A; 1UGR B; 3RUX A; 3CMA Q; 5EC7 A; 4XU2 A; 4RKU E; 4P5N A; 2JTM A; 3QYG B; 3LWI A; 2E4H A; 3EG9 A; 3OA6 A; 1TUC A; 3PMT A; 4C92 E; 1QW1 A; 1K8A C; 3H6Z A; 1KC8 R; 3QO3 A; 4JLG A; 1W1F A; 3HKS A; 4A4K A; 1VQ9 Q; 4A63 B; 5KYW B; 3JCM W; 2EYQ A; 1MMG A; 2EQU A; 1NPP A; 2DL7 A; 3CCL Q; 4ELZ C; 3HRS A; 2LDM A; 2FEI A; 2QDL A; 1VYV A; 3G1J A; 2CP0 A; 3G6E Q; 2E6N A; 2F69 A; 3CC2 T; 3V7S A; 4XTX A; 5CKB A; 2DVE A; 2EFI A; 1VQM T; 1OYX A; 4HKE A; 1BYM A; 5FWB A; 1MV3 A; 3EG0 A; 2VUB A; 1B07 A; 4BI4 A; 1H3H A; 5GJW B; 2AZV A; 3QJY A; 2VXE A; 2QXF A; 1M2V A; 3MET A; 3OSV A; 1VQ5 T; 2KI7 A; 4YTL A; 4LN2 A; 4OMN A; 2DZ9 A; 3VRY A; 5GAO l; 1YHQ A; 4GLM A; 2H3J A; 1NJI C; 2BUD A; 2JNG A; 3I55 A; 2MCN A; 1W6X A; 3LW5 E; 2M1H A; 1QVF P; 1QMC A; 3V8K A; 2KRM A; 1YN8 A; 3BDL A; 2HAX A; 1KD1 R; 2RD1 A; 3PE0 A; 3UAT A; 4RTW A; 1UDL A; 2RMO A; 3CPW A; 5GAO r; 2KMT A; 2DBM A; 2KSS A; 2CT3 A; 5GAN e; 1NZ9 A; 8ATC B; 2HKN A; 1S1N A; 5KYU B; 4DBQ A; 2JUF A; 4C8Q C; 1AOJ A; 4IUP A; 1H3Z A; 4IKF A; 3ZL7 C; 2O9V A; 2E65 A; 3CBM A; 3CCV T; 4C5I A; 2DKG A; 4XU3 A; 1WXU A; 1YJ9 A; 1OU8 A; 4E7I A; 3I9Q A; 3PVL A; 2E5K A; 1YHQ Q; 2RNA A; 2XDB A; 4N4H A; 3E9G A; 4FW1 A; 5KE3 A; 1Q82 R; 3I55 Q; 2LJ1 A; 4X1V A; 1H8K A; 1C6V X; 2JJ9 A; 3O5Z A; 2JS2 A; 1OOT A; 4B6M A; 3PT9 A; 2HKQ B; 1E6H A; 1QVP A; 1T0J A; 4V2S A; 5CVI A; 4E7J A; 4IUV A; 3EGX B; 5LJ3 j; 4F7U E; 1O9S A; 4Y28 E; 1S72 A; 1Y71 A; 1XJW B; 2KQW A; 2NUP A; 3PGG A; 1YJN A; 4II1 A; 1OU9 A; 2R5A A; 2YHT A; 1OX9 A; 2DYI A; 1ABQ A; 1MND A; 2CS7 A; 2O9S A; 2FVU A; 3L1A A; 4EIK A; 3SB2 A; 5A0G A; 4FYW B; 3ASK A; 1RL2 A; 4M7D D; 4OGC A; 2CP6 A; 2L0A A; 4JRP A; 2CP5 A; 1WFW A; 2DM1 A; 1YNZ A; 5D6X A; 1YJ9 Q; 2F2W A; 1K8A R; 2O4X B; 3M4G A; 1B3Q A; 3EG1 A; 2EGE A; 4M75 F; 2PZ1 A; 2V8K A; 4RTV A; 4K11 A; 1Q7Y U; 3GIB A; 2LNV A; 1VQL T; 1PRM C; 3HP9 A; 5LJ5 d; 2XIC A; 2KRS A; 5I11 A; 1S72 Q; 4A4G A; 2QA4 T; 3TSZ A; 4EMK B; 2OX7 A; 1QKW A; 1YJN Q; 3MEV A; 3JCM c; 4KGV B; 1WYX A; 1IXD A; 2XKO C; 3CCS A; 2EJF A; 5HKC A; 2JW4 A; 1G3T A; 5KYX A; 2NWM A; 2D0N A; 1QCF A; 3EG2 A; 1QVG A; 3UA7 A; 2AT1 B; 3KUF A; 4FYV B; 1VQ4 T; 4FSX A; 4M75 B; 3OYE A; 4PJO E; 1UTI A; 3L2V A; 3OB9 A; 3JB9 G; 1NJI R; 3OW2 A; 3GNF B; 4AFU C; 2K5I A; 1YIJ T; 4Q5W A; 3PVQ A; 1TS9 A; 1TU0 B; 2MPX C; 3QPH A; 1AWX A; 5LL6 S; 2BE9 B; 4B9W A; 3I56 T; 4KUD K; 2FZG B; 4DEY A; 4XTV A; 3WVD B; 1ZX6 A; 2SRC A; 2QQA A; 3CXC S; 1VQK T; 2J6K A; 2EPD A; 1R0B G; 4F17 A; 3MO8 A; 4MDW A; 3LX7 A; 3J80 E; 2ZCF B; 4PK4 A; 1N27 A; 2JS0 A; 3CCS Q; 4M7A D; 1YJW T; 2GBQ A; 2OAW A; 2L89 A; 1M1K C; 3OQ5 A; 2QGG A; 1BBZ A; 1GFD A; 1U3O A; 1WNL A; 4ZGE B; 5GMK e; 4L6V 5; 1AHJ B; 2C0I A; 3GLX A; 2YLC A; 4AMC A; 3LGL A; 1KQS A; 1BI3 A; 2DXB A; 2IPO B; 5IN1 A; 4M77 C; 2OI3 A; 3CQT A; 3M0R A; 5CO7 A; 2EAY A; 1Q95 G; 1M4Z A; 3CXC P; 1W70 A; 2HQX A; 5AYF A; 5A0L A; 3SFM A; 3CCE A; 3LLR A; 4ATO A; 9ATC B; 4NOY A; 1VQL A; 1K76 A; 2PVG B; 2EQJ A; 3VS0 A; 2CZ7 B; 4J7F A; 1JB0 E; 3OYN A; 2QQR A; 1V1C A; 1AT1 B; 3CPW S; 2QA4 A; 4DEX A; 4Y91 A; 5GAN d; 2D9T A; 3L2Q A; 1BI2 A; 4M78 D; 2KR3 A; 3FIF A; 3JCM V; 3X25 B; 4N0A C; 2EBP A; 3OYK A; 2CKK A; 1IHW A; 1UEB A; 3SWN A; 5IXF A; 3G4S A; 1KQ1 A; 3LH0 A; 3CCR A; 1V29 B; 3PFS A; 1X43 A; 1J3T A; 1E7O A; 3S6W A; 5DLO A; 1Y0M A; 2NUT B; 3N5B B; 5FWC A; 2DRK A; 2LZ6 B; 4E7H A; 2COY A; 2Y4X A; 4DBR A; 2V8I A; 4AG1 C; 3FDR A; 4RTZ A; 1PM3 A; 3LWH A; 2KBT A; 2QQS A; 3JCM Q; 2GFU A; 1M90 U; 4KT0 E; 3QJ6 A; 3CCE Q; 2EYW A; 3QBY A; 4MMK A; 3QWY A; 4C8Q F; 1VQL Q; 1ZBX A; 2L5Q A; 2V26 A; 5KCH A; 1WX6 A; 2JMC A; 1M5Q 1; 2XMF A; 5KYN A; 2QA4 Q; 2AIR B; 2YUP A; 3L2R A; 2L2P A; 3VS5 A; 3TEE A; 4M7D A; 2FYK A; 5GAN 6; 1TH7 A; 4NL2 A; 4BE2 A; 3NTI A; 4C92 D; 2VB6 A; 1Z9Q A; 1YBY A; 1YJW A; 1RAC B; 1HYO A; 2P0P A; 3G4S Q; 2FPF A; 3L2W A; 1M1G A; 3CCR Q; 3M0Q A; 5KYY B; 2OAU A; 3DB3 A; 1OQK A; 2K79 A; 4LUD A; 1QWE A; 1OI1 A; 1AWO A; 1T3L A; 2FZK B; 2VVK A; 2XID A; 4MZT A; 4C8Q B; 1QVF A; 4FYX B; 3REA B; 2CZ6 B; 2QYZ A; 4OMM A; 4KGX B; 3J7A F; 1KJW A; 4ESR A; 5J26 A; 1ACM B; 2DBK A; 2EQK A; 1VQ9 T; 5A0D A; 5CKH A; 2KAF A; 1SEM A; 3MCA B; 2PVD B; 1TUG B; 2QAZ A; 2LX7 A; 1IGU A; 1KC8 U; 3CCL T; 1YWO A; 1BI0 A; 1CKB A; 4J8O A; 1V76 A; 2RI2 A; 3G6E T; 1YJW Q; 2ESW A; 4CC2 A; 1K4U S; 2IIM A; 5IAY A; 5CQY A; 2L3S A; 1N8R U; 1G5V A; 2EWN A; 1IO6 A; 1HXD A; 2FZC B; 2LP5 A; 2FPD A; 2V1R A; 5M9O A; 5FU6 C; 1KQ2 A; 3V7R A; 4RG8 A; 4C0G A; 1I0C A; 4DA4 A; 1BIA A; 5LJ3 e; 3PIP A; 1HJD A; 2QK0 A; 4EMK C; 3CC7 A; 1SSH A; 5LJ3 f; 4HT8 A; 1Q81 C; 5FRO A; 4ZGJ B; 3URG A; 3AHU A; 2GQI A; 1D0X A; 2VC8 A; 4FCY A; 5GAN 7; 2OTL A; 2OJ2 A; 4ANJ A; 2K2V A; 2DD5 A; 5J3B A; 2GNC A; 2HBP A; 2X4W A; 4CC4 B; 5DY9 A; 2M16 A; 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