The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
60
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structure length |
60
|
Chain Sequence |
SLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Hfq-bridged ternary complex is important for translation activation of rpoS by DsrA.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein hfq
|
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
14
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DTI A; 4M7A A; 2FB7 A; 4M75 C; 4C92 C; 4EMK C; 3JB9 I; 4N0A A; 4M78 C; 3V8J A; 3L1A A; 4C8Q B; 1Y96 B; 4M77 F; 4M7D G; 4M77 D; 1JBM A; 3JB9 F; 4M7A B; 4C8Q F; 2EJF A; 3JB9 D; 1HXD A; 5LJ5 f; 1I5L A; 4A53 A; 4V2S A; 3GIB A; 2DTH A; 2EJG A; 4M7A F; 4J6W A; 5GAM g; 4N0A C; 5GAO q; 4M7D C; 2DVE A; 3V8K A; 2QTX A; 2DTO A; 4M77 E; 4PJO E; 5GAN g; 2DXT A; 4XU1 A; 4F7U G; 5GAO l; 3JCM h; 3V7C A; 4Y91 A; 4EMG A; 3JCM e; 4M77 A; 1WNL A; 2E65 A; 5GMK m; 1HK9 A; 4PJO A; 5GAM f; 2K57 A; 3INZ A; 3RER A; 4EMH A; 3V8L A; 4C8Q G; 1WPY A; 4MMK A; 5LJ5 d; 4M77 B; 3JCM P; 1B34 A; 2YHT A; 4XQ3 A; 5GAN 8; 3RKY A; 3RUX A; 5GAN f; 3QSU A; 4PJO B; 1X01 A; 4M7A G; 1JRI A; 5LJ5 j; 3QHS A; 4RCC A; 4M77 C; 1BIA A; 2E10 A; 1WQ7 A; 4PJO F; 1B34 B; 3BW1 A; 4PJO D; 1N9S A; 4C8Q C; 1I8F A; 4JRI A; 3RIR A; 5GMK i; 2I2L A; 4X9C A; 5LJ3 g; 3VU3 C; 3QUI A; 1KQ2 A; 4M7A C; 1H64 1; 2Y90 A; 1N9R A; 2EWN A; 4RCB A; 3JCM W; 1BIB A; 3JCM g; 2CGH A; 1WQW A; 5GAM d; 3L2Z A; 4XTW A; 4J6X A; 2E64 A; 3AHU A; 3JCM b; 5GAM j; 4X9D A; 4QVD A; 5GAN d; 1LOJ A; 1D3B A; 2VXF A; 1YCY A; 5LJ3 f; 1U1T A; 4QVC A; 4M77 G; 5LJ5 e; 4PJO G; 5GAN j; 4M75 D; 3BY7 A; 2FYK A; 4XTY A; 5GAN 6; 3JB9 G; 4J6Y A; 1D3B B; 3JCM X; 4HT9 A; 4XU3 A; 1I4K 1; 4XTZ A; 4HT8 A; 4JUV A; 5GAN 2; 3HSB A; 5GAO m; 4XTX A; 4PJO C; 1KQ1 A; 3EFR A; 3JB9 H; 2DJZ A; 3EFS A; 4M75 E; 2YLC A; 3SWN A; 4C92 E; 4M78 E; 4M7D D; 5GAO p; 2VC8 A; 4NOY A; 3V7S A; 3JCM c; 2EAY A; 3FIF A; 5GMK j; 4A54 A; 4JRK A; 5GAM e; 3SWN B; 3QO3 A; 4XTU A; 4M75 A; 5LJ3 d; 4EMK A; 4M78 A; 4OP0 A; 5GAN h; 1MGQ A; 5GAN 4; 3RKW A; 3JB9 J; 2HNI A; 5GAN e; 2EJ9 A; 2DXU A; 5LJ3 j; 4M7D E; 2RM4 A; 4M75 B; 4C92 B; 4EMK B; 4M78 B; 3BFM A; 5LJ5 h; 3PGG A; 4M75 F; 4C92 F; 2DZC A; 4M78 F; 4C92 D; 4M7D A; 3RES A; 5DY9 A; 4M78 D; 5GAO r; 3JCM Q; 4NL3 A; 1I81 A; 3HFO A; 3JCM f; 4XU2 A; 2RB6 A; 4JLI A; 4C8Q D; 2RD1 A; 5GMK h; 4M7D B; 2DZ9 A; 2E1H A; 4F7U E; 5GMK e; 4PNO A; 5GMK l; 1M5Q 1; 3JCM J; 4M7A D; 3SB2 A; 4M7D F; 4J5Y A; 5GAN 7; 4WF2 A; 1LNX A; 2JN0 A; 5LJ3 h; 3RKX A; 4MML A; 2YLB A; 1M8V A; 1U1S A; 4F7U A; 5I21 A; 5LJ3 e; 5GAM h; 3M4G A; 4C8Q E; 2ZGW A; 5CAI A; 4XTV A; 2RA2 A; 3FB9 A; 2DEQ A; 4C92 A; 3BDU A; 4HA8 A; 2DKG A; 4DQ2 A; 4M75 G; 4C92 G; 5GAN 3; 4XU0 A; 4F7U B; 3FJP A; 4M78 G; 4NL2 A; 3SWN C; 1TH7 A; 5LJ5 g; 5GAO n; 2E41 A; 4M7A E; 3JCM d; 4C8Q A; 1Y96 A; 3HFN A; 4F7U F; 3V7R A; 2VXE A; 5GAN 5; 1LJO A; 3JCM V; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DTI A; 2W0Z A; 3EHQ A; 4B9W A; 4M77 F; 3MET A; 1BB9 A; 4V2S A; 1YIT Q; 4WCI A; 3ME9 A; 1N6A A; 3E9G A; 2LJ0 A; 2O01 E; 3X28 B; 3BDL A; 5CK9 A; 5HK3 A; 1VQL A; 1V29 B; 2ATC B; 1WJR A; 3INZ A; 1VQ5 A; 1NEB A; 3REB B; 4HXJ A; 4A4H A; 2KNB B; 3GLX A; 4XK8 E; 3LH0 A; 4ELY C; 4M4Z A; 3QII A; 2HEQ A; 1B7T A; 4PLI A; 1WJS A; 2I2L A; 3SFM A; 2JMC A; 1FMV A; 2DJQ A; 4OMF B; 4RCB A; 1XJW B; 3UF4 A; 4E7K A; 4OMO A; 1MMA A; 4CC7 A; 3M55 A; 5J39 A; 3L2W A; 2K3X A; 1M90 C; 3QBY A; 2FG0 A; 3BE3 A; 2RNA A; 4HT8 A; 1UHC A; 3CC7 T; 3CCJ T; 2EYY A; 1C0M A; 1KQ1 A; 1R77 A; 3NHN A; 3JV3 A; 2FRW A; 3VYH B; 2DMO A; 4RG8 A; 1K76 A; 4Z02 A; 1GRI A; 1X6O A; 3CPW A; 2MOX A; 2ZPI B; 3LWH A; 1OX9 A; 1VQ7 Q; 4M75 F; 2DYI A; 4M78 F; 2X4W A; 4LUD A; 1PG5 B; 1MHN A; 2P84 A; 3JCM Q; 2PZ1 A; 1TUD A; 5HKC A; 2YRC A; 2GTJ A; 3UA7 A; 1NJI R; 1EZZ B; 3DLL A; 1M8V A; 1WX6 A; 3QJY A; 2MI6 A; 1JXM A; 3CMA Q; 2HAX A; 1QW1 A; 4E7J A; 2RO0 A; 5IHN A; 3HFN A; 2CS7 A; 3QWX X; 3EGX A; 3MHX A; 1K8A U; 1T3L A; 5L23 A; 4J83 A; 2XDD A; 1KJW A; 2AKL A; 3EGX B; 3OS5 A; 1OU8 A; 2V8J A; 1VQN T; 3GIB A; 2EJG A; 4R55 A; 3CPW P; 4BAC A; 3OYL A; 1YHQ Q; 2HQE A; 4RTX A; 3CC2 A; 1VYU A; 3NTH A; 4XU1 A; 2X4X A; 2KDS A; 3EFO A; 3CCQ Q; 3CCV A; 3EFO B; 2G6F X; 1QVP A; 3ER0 A; 4E2F B; 2FEI A; 3VRZ A; 4FCY A; 1I1J A; 1YJW T; 4JDS A; 4QKU A; 5FRO A; 1YI2 T; 4Z88 A; 4J9H A; 4X34 A; 4M7A C; 1H64 1; 2Y90 A; 1M1K C; 3OS2 A; 1QVF S; 1UGQ B; 1HSQ A; 2MWO A; 1S72 Q; 4X1V A; 2DEU A; 1WLP B; 1LOJ A; 4C0G A; 2OTJ A; 2HMA A; 1UJ0 A; 4KGV B; 3CME Q; 2X51 A; 4E7S A; 1KK7 A; 1BU1 A; 3MP8 A; 1ARK A; 1MNE A; 1UE9 A; 4M75 E; 1UEC A; 4M78 E; 2LC4 A; 1Q82 U; 1VQ5 T; 2M51 A; 1U06 A; 2HNI A; 5GAN e; 1OX8 A; 3I5S A; 2V8K A; 1WFW A; 3OW2 A; 3O5Z A; 1SRL A; 4II1 A; 3MEV A; 1JU5 C; 4L5G A; 1E7O A; 3JCM f; 4BY6 C; 2F2W A; 1OPL A; 1ABO A; 1H8K A; 3OMG A; 1GL5 A; 3M56 A; 1W2B S; 2GCX A; 3EG0 A; 2NUP A; 2LVM A; 2NUP B; 2DX1 A; 3QZ9 B; 1TXQ A; 2MF2 A; 1NBE B; 1RI9 A; 3OYG A; 3VS3 A; 3JB9 I; 3DKM A; 2CUD A; 5LJ5 f; 4C0D C; 1G2B A; 3TSZ A; 1K9M C; 3OW2 P; 2QA4 A; 2QTX A; 4JJD A; 5GAO l; 1YIT A; 4DOW A; 3JCM h; 3V7C A; 1RAD B; 2CKK A; 1HK9 A; 1FYN A; 6AT1 B; 2H8H A; 1UG1 A; 2Z0W A; 2J6F A; 4M7A G; 2COW A; 5KCH A; 3VU3 C; 2L3Q A; 2H3E B; 1HD3 A; 2M1H A; 2CP7 A; 3CCM Q; 5FRN A; 3S3M A; 4KT0 E; 2CYZ B; 5IXF A; 5LJ3 f; 1UGS B; 1H92 A; 3BY7 A; 4BI3 A; 3OBW A; 3CC2 T; 1RAE B; 2RJD A; 4QQD A; 4Y28 E; 3CCV T; 3HRT A; 1YIJ A; 1GCP A; 1N8R C; 2GFU A; 3X24 B; 2A08 A; 1W2B P; 1C1A A; 3C12 A; 2OJ2 A; 4KBM B; 5CR2 A; 4E7I A; 2DZC A; 2YUQ A; 4OMP A; 1YN8 A; 4NL3 A; 3J81 E; 3M0R A; 2QAZ A; 3JCM J; 2OTJ T; 4JJB A; 1W1F A; 4HCZ A; 2JN0 A; 5LJ3 h; 1YJ9 A; 1K4U S; 3NTI A; 1RAI B; 3VS5 A; 2RJC A; 3BDU A; 4HA8 A; 3G6E T; 2DL8 A; 4OVA A; 5LJ5 g; 1Y96 A; 3V7R A; 2X9H A; 3CMA A; 2RF0 A; 5KH6 A; 1WIE A; 4N0A A; 3CCR Q; 1Y96 B; 1KSW A; 1UFF A; 1VOM A; 1IRX A; 3REA B; 5KYN A; 2FRY A; 3F70 A; 2LQ8 A; 3TRE A; 4IIO A; 3GBQ A; 2D9T A; 2J6K A; 2E70 A; 4UC4 A; 4JRP A; 1KIK A; 5GAO q; 2V1Q A; 3MEU A; 2LNV A; 5AYF A; 1RAH B; 1D1A A; 1K73 U; 1JJ2 A; 4BB7 A; 2X35 A; 4PFP A; 2V8I A; 2A36 A; 4EMG A; 1SRM A; 4M77 A; 2VKN A; 2JXB A; 2FPE A; 1X43 A; 4LDW A; 2XIC A; 3FC3 A; 2QK0 A; 4EPC A; 3JCM P; 4M77 B; 1B34 A; 1TS9 A; 2DF6 A; 3CCQ A; 2COZ A; 4RCC A; 4FM4 B; 1U8R A; 1TU0 B; 1B34 B; 4FYV B; 2AZS A; 4C8Q C; 4X9C A; 5LJ3 g; 2K9G A; 1VUB A; 3QUI A; 1BIB A; 1TSF A; 4AMC A; 2R57 A; 5GAM d; 4DOV A; 4XTW A; 5ECA A; 2C0O A; 3QDF A; 5GJW B; 4X9D A; 1YCY A; 3OYB A; 3OY9 A; 4AT1 B; 1QVG A; 3THK A; 5GAN j; 2EPD A; 3I35 A; 3JB9 G; 2KEA A; 2QA4 T; 2QQA A; 4KUI A; 3GNF B; 2HSP A; 3GP8 A; 3URG A; 3EFS A; 2YLC A; 2DE0 X; 3CME A; 1QP3 A; 3JCM c; 4OB1 B; 4N4G A; 3T9N A; 4A54 A; 3J7A F; 2DM1 A; 2RHU A; 2ZAE A; 2RM4 A; 2GF7 A; 4C92 B; 2QQ9 A; 3OYE A; 4E7L A; 3S6W A; 1RL2 A; 4C92 D; 2EQI A; 3G71 Q; 2RB6 A; 4PNO A; 1IGQ A; 3UAT A; 4M7A D; 3QXE B; 3O8V A; 1WHM A; 2YUN A; 1M90 U; 3E19 A; 3RKX A; 2QDL A; 1QVG P; 1PSE A; 2FZC B; 1K0S A; 1BCO A; 1YWO A; 1ZSG A; 3VJP A; 3PT9 A; 3M53 A; 3WVD B; 3I9Q A; 1WDX A; 1AEY A; 2PVO B; 2RH2 A; 1TOV A; 1YIJ T; 5KE3 A; 1UEB A; 5FLX E; 3KUF A; 3QDR B; 3P8D A; 2DL5 A; 2JUF A; 4M7D C; 5FU6 B; 1SF9 A; 2DVE A; 2LDM A; 5IAY A; 1NE8 A; 2L3S A; 1MV0 B; 4PKC C; 2CSQ A; 1T3S A; 1G8X A; 2JTF A; 2LQW A; 4Y91 A; 2HKQ B; 1AVZ C; 1MMD A; 4HKE A; 1G5V A; 1KQS A; 5HY6 A; 4EMH A; 1OZ3 A; 4AFS C; 4C8Q G; 3A8O B; 4RTZ A; 2QQR A; 2A3L A; 1AWW A; 1ZSZ A; 1YJ9 T; 3RUX A; 2NLU A; 1X01 A; 2DXC A; 4PLL A; 1AWO A; 1YJN Q; 1Q86 R; 1AT1 B; 1RUW A; 2CP2 A; 2JM8 A; 3CCL T; 2KSS A; 4J9I A; 4K11 A; 2J6O A; 3G4S A; 2CRE A; 2YDL A; 1IO6 A; 1NEG A; 4FYY B; 4QVD A; 2K3B A; 2O31 A; 4Q5W A; 4C0Z A; 1I4K 1; 1M4Z A; 4PJO C; 1WHJ A; 4FT4 A; 1WYX A; 5EG2 A; 1BYM A; 2EQM A; 2MCN A; 1M3C A; 1ZA2 B; 4AFZ C; 5CKH A; 2KRO A; 1K0X A; 1P92 A; 1VQM T; 2D6F A; 1M1K U; 3QYH B; 1Q7Y U; 1K8A R; 3EG3 A; 4KGZ B; 2KBT A; 1AZG B; 5GMK l; 1T0J A; 2QDY B; 1NG2 A; 1KD1 U; 3E9F A; 4PJJ A; 2ENM A; 3VUZ A; 3OYA A; 1OV3 A; 1VQ8 A; 4AG2 C; 3SWN C; 2KXD A; 2E3H A; 2XU8 A; 2AKK A; 2RHZ A; 3JCM V; 2PUK B; 1UUE A; 2YUP A; 4M7D G; 1O75 A; 4BI4 A; 3JB9 D; 4ME7 A; 3CCR A; 2EVR A; 2K79 A; 4WTO B; 1H3H A; 3LLR A; 1AOJ A; 1NPP A; 2NYS A; 3VUB A; 3P8H A; 5IH2 A; 3JCM e; 4PJM A; 1PRL C; 2KRM A; 5FRM A; 2HCK A; 3OYJ A; 4QQ6 A; 2J05 A; 1IXD A; 3OYF A; 2ZPE B; 5C0M A; 4ATO A; 2RPN A; 1Y57 A; 7AT1 B; 1BKB A; 1Q82 R; 2VGN A; 5IHK A; 4QVC A; 1X6G A; 4KGX B; 4RTU A; 4PJO G; 5LJ5 e; 3M57 A; 1K9M U; 2OTL Q; 1UGR B; 3UA6 A; 3A1P A; 3L2V A; 2F2X A; 1D09 B; 2F2V A; 4MDX A; 3CXC P; 5IXB A; 3OB9 A; 2VC8 A; 3OYH A; 5CKD A; 3J80 E; 3MP1 A; 4MZT A; 4HVW A; 2F69 A; 3HTR A; 3M9Q A; 3BFM A; 2D0N A; 3HRS A; 3OMC A; 4C92 F; 1SEM A; 4ZGE B; 1GFD A; 2HZY A; 1X2K A; 3G4S T; 3CBO A; 5IT9 E; 4C8Q D; 5GMK h; 5L8R E; 4ZTF A; 2RI5 A; 3SB2 A; 1Z9Z A; 2J7I A; 4A63 B; 1YFN A; 3G71 A; 2RQV A; 4HCC A; 3VS4 A; 2LJ3 A; 4HCK A; 4F7U A; 5LJ3 e; 4BE0 A; 2ZPF B; 3CCU A; 2DEQ A; 1OZ2 A; 4F7U B; 2EYX A; 1TH7 A; 2A28 A; 2E41 A; 5D6Y A; 4D8K A; 4IIM A; 2ED0 A; 1OEB A; 2G3R A; 1PM3 A; 2XID A; 1N8R U; 1SHF A; 4RTY A; 1FX7 A; 4IUT A; 2CDT A; 4C5H A; 1HXD A; 5A0G A; 2PTK A; 1AZE A; 3R6O A; 1D0Z A; 4N0A C; 4M77 E; 2DTO A; 2DXT A; 2NUT A; 2VV5 A; 4A4E A; 5FU7 C; 1VA7 A; 4IUU A; 2NUT B; 5GAM f; 1KC8 R; 5AT1 B; 2DL7 A; 3A8M B; 1GBR A; 1JRI A; 1Q81 C; 4JZ4 A; 4M77 C; 1J3T A; 1N9S A; 2WAC A; 1VQ8 T; 1TG0 A; 3I56 A; 1VQP Q; 3ULR B; 1KQ2 A; 3EAE A; 1YWP A; 1YJN A; 1M8M A; 3LH5 A; 2A0F B; 5KCO A; 3TSW A; 2VXF A; 3RDV A; 4J6Y A; 1NM7 A; 2BE9 B; 5I2M A; 4DBR A; 2XDB A; 2D0Q B; 4XTX A; 4A4K A; 4OMM A; 4C92 E; 4M7D D; 1CKA A; 1PHT A; 2OX7 A; 2LTO A; 1WHK A; 2LCS A; 3FLG A; 3JAM E; 1Q7Y C; 2OAU A; 1BI2 A; 1Y71 A; 1GCQ A; 2X3W D; 2L8D A; 2FZG B; 1HJD A; 2SRC A; 1V76 A; 4JLG A; 1KD1 C; 2E3I A; 2GQI A; 1ZA1 B; 2DRK A; 5D7U A; 3HFO A; 1FXX A; 2E5Q A; 2JZ2 A; 3CCS Q; 1VQL T; 3OSS C; 2EGE A; 3HP9 A; 5EC7 A; 3VYG A; 3HRU A; 2CT3 A; 4NS5 A; 3OQ5 A; 1U1S A; 3LGL A; 3I55 Q; 2OI3 A; 2DVJ A; 2QI2 A; 3EG9 B; 3NPF A; 1VQ6 Q; 2YT6 A; 1K73 R; 5GAN 3; 2P0Q A; 1VQK Q; 1GFC A; 3CCE Q; 2AK5 A; 3S3O A; 1NLP C; 1AWJ A; 2KE9 A; 2RK1 A; 1Y0M A; 4E7H A; 2FB7 A; 2HL3 A; 4M75 C; 4M78 C; 3JB9 F; 3QKJ A; 1VYV A; 3FRN A; 2DD4 A; 5KE2 A; 1H3Z A; 5GAM g; 1VQ9 A; 3V8K A; 3G7Z A; 2K4Y A; 2QEX Q; 2CT4 A; 4CC4 B; 3VS0 A; 3IQL A; 4LDX A; 2KR3 A; 3DB4 A; 3V8L A; 4MMK A; 1VQO A; 1LVK A; 1SG5 A; 5LJ5 j; 1WQ7 A; 3CCU T; 2WSE E; 2X3X D; 1PC0 A; 3G1J A; 4Y92 A; 2LX9 A; 1ZSZ C; 3TEE A; 3H0F A; 2FVU A; 1TUC A; 1WGS A; 2MMP A; 4HVU A; 1G83 A; 2LJ1 A; 3M0T A; 3VV0 A; 2YWW A; 4CI0 C; 1QVF P; 4HT9 A; 3DB3 A; 3A8H B; 1WA7 A; 3OS1 A; 2F5T X; 1W2B A; 1D0Y A; 2OTL A; 4F16 A; 1ZUK A; 2EAY A; 4PJN A; 1OOT A; 2EBP A; 1M90 R; 1DJ7 B; 4BE2 A; 2EQU A; 3P8B B; 3RNJ A; 5LJ3 j; 2DXU A; 2QXF A; 3I56 T; 2VYT A; 5LJ5 h; 2X4J A; 1B07 A; 2PQW A; 4XU2 A; 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