The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
MTFVALYDYESRTETDLSFKKGERLQIVNNTEGDWWLAHSLTTGQTGYIPSNYVAPSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the c-Src-SH3 domain in complex with the high affinity peptide APP12
rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule keywords |
Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
|
| total genus |
11
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| structure length |
58
|
| sequence length |
58
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| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2014-11-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JW4 A; 2LP5 A; 3REB B; 3EHQ A; 2HBW A; 1UEC A; 2AKL A; 4HVV A; 2JMA A; 4RTZ A; 3REA B; 1AWX A; 3I9Q A; 1H92 A; 2KT1 A; 3H0I A; 5L23 A; 1QKX A; 1JEG A; 1WX6 A; 4ZNX A; 2DRM A; 2D1X A; 5IXB A; 1N5Z A; 2RQU A; 1FYN A; 1U5S A; 2GTO A; 1PNJ A; 4WCI A; 1HD3 A; 2LX7 A; 1Z9Z A; 2J6F A; 3CQT A; 1HJD A; 2AZV A; 1OOT A; 2K9G A; 4LUE A; 1Z9Q A; 1YP5 A; 2ESW A; 2DA9 A; 3VRZ A; 1M27 C; 3EG2 A; 1W70 A; 2DBK A; 2JM8 A; 1X27 A; 1X69 A; 1VYT A; 1NEB A; 2FPF A; 3PE0 A; 1YN8 A; 3KFV A; 2JT4 A; 3SHW A; 1I1J A; 2J6O A; 1AZE A; 4LE9 A; 4RTY A; 2YSQ A; 1PWT A; 1X2K A; 1W1F A; 2KXC A; 2JTE A; 2KXD A; 5IHK A; 4IIM A; 4JJD A; 4OMM A; 5IHN A; 1JXM A; 1OV3 A; 3TSW A; 4J9H A; 1QLY A; 2YUQ A; 2GGR A; 2IIM A; 2VKN A; 2DF6 A; 2K3B A; 2O88 A; 2KRS A; 2SRC A; 1TUD A; 5IXF A; 4CC7 A; 4KRT A; 1K0S A; 1HSQ A; 2RMO A; 3VRY A; 1PHT A; 2D8H A; 5ECA A; 2X3W D; 2PNI A; 3U23 A; 2K79 A; 4J9B A; 3I35 A; 5FWC A; 4E6R A; 2DJQ A; 2GBQ A; 2M0Y A; 4CC3 A; 1S1N A; 1U06 A; 4Z89 A; 1WXT A; 4K11 A; 2FPD A; 5I22 A; 4JJC A; 1IO6 A; 1XOV A; 2A36 A; 2YUP A; 3M0P A; 1PKT A; 3NGP A; 3VS0 A; 4LN2 A; 1G2B A; 2GQI A; 4LNP A; 4Z8A A; 3M0T A; 1ZSG A; 3C0C A; 1GBR A; 1K4U S; 2RN8 A; 1Y57 A; 4AFQ C; 2DRK A; 1JU5 C; 2EQI A; 4F14 A; 2RF0 A; 3M0Q A; 2DE0 X; 2DLP A; 3O5Z A; 3SEM A; 2CUB A; 2KNB B; 4OML A; 2DVJ A; 1UFF A; 3JV3 A; 2J05 A; 1T0J A; 2BZ8 A; 2LNH B; 1PRM C; 1ZBJ A; 4IIO A; 1W6X A; 1YCS B; 2H8H A; 3VS6 A; 1SRL A; 2XMF A; 3H41 A; 1UUE A; 3RNJ A; 3EHR A; 2MOX A; 3EG3 A; 2DNU A; 1G83 A; 2HDA A; 1GFC A; 1A0N B; 2L3P A; 2CRE A; 1B07 A; 4HXJ A; 3EGU A; 4OMP A; 4F16 A; 4LUD A; 2AZS A; 2I0N A; 4A63 B; 1BB9 A; 1SPK A; 3UA7 A; 2CSI A; 2ED1 A; 2YDL A; 5FW9 A; 1M8M A; 3UA6 A; 1J3T A; 2C0T A; 4JJB A; 1E6G A; 2RQR A; 1Y0M A; 1ZX6 A; 4HCK A; 2FO0 A; 4Z88 A; 4R0K A; 1OPL A; 3FJ5 A; 1WA7 A; 2DL7 A; 2HSP A; 1UTI A; 3IQL A; 2RPN A; 2EGC A; 4D8K A; 2VVK A; 3ULR B; 2KYM A; 4HVW A; 5I11 A; 4J9E A; 2JMC A; 2LMJ A; 1WDX A; 1RI9 A; 2EYZ A; 2KYB A; 1AOJ A; 1CKA A; 1SSH A; 1GBQ A; 2PZ1 A; 4RTT A; 2EPD A; 3VS4 A; 3M0S A; 2EKH A; 1ABO A; 2KGT A; 2JS0 A; 2KR3 A; 2BZX A; 2DM1 A; 2LJ0 A; 1EFN A; 2LQW A; 2VWF A; 1AWJ A; 4AG1 C; 1GCQ C; 1K1Z A; 1WXB A; 2KBT A; 2EBP A; 4OMN A; 1VA7 A; 3UAT A; 1YWP A; 1UHF A; 1YWO A; 1X6B A; 4AFS C; 3I5R A; 4FSS A; 1GCQ A; 2DBM A; 1I07 A; 1WI7 A; 2L0A A; 4DEX A; 2DL3 A; 3ZL7 C; 4JPB W; 2YT6 A; 2L2P A; 1QWE A; 2B86 A; 2JS2 A; 1I0C A; 5IHI A; 1K9A A; 2G6F X; 1X6G A; 1AD5 A; 1WFW A; 2RQW A; 1YNZ A; 3H0F A; 2YUN A; 1H8K A; 3RBB B; 2LJ3 A; 1AZG B; 2C0O A; 2JM9 A; 4HVU A; 4AFZ C; 1X43 A; 2AKK A; 1K0X A; 4GBQ A; 4GLM A; 2DX1 A; 4RTV A; 2DIL A; 2QDL A; 1MV3 A; 2F2V A; 1NM7 A; 1H3H A; 3VS3 A; 3PVQ A; 3M0R A; 1QCF A; 2EGA A; 2CUD A; 1WYX A; 3TVT A; 1UG1 A; 2EYW A; 2EW3 A; 2KRM A; 1SHG A; 2PTK A; 5GJW B; 1ABQ A; 2DL8 A; 2M51 A; 2W10 A; 2O31 A; 1E7O A; 2L3Q A; 1AWO A; 2K6D A; 2J06 A; 1NYF A; 2RQT A; 1OEB A; 2CSQ A; 1ZUK A; 3NMZ C; 1MV0 B; 1VYU A; 4RTU A; 1UDL A; 2KRO A; 2CT3 A; 2YUO A; 5EC7 A; 1JXO A; 2D0N A; 1AVZ C; 2DL5 A; 1RUW A; 1UJ0 A; 2NWM A; 2L3S A; 1M3C A; 2CDT A; 2CT4 A; 5GJV B; 1M3A A; 2AK5 A; 2HCK A; 4J9I A; 3VS5 A; 2A37 A; 2K7A A; 1WLP B; 5HCK A; 4AG2 C; 3UF4 A; 4M4Z A; 1ZUU A; 2O9V A; 2F2X A; 4OMO A; 2KEA A; 4QT7 A; 1K76 A; 1FMK A; 2FEI A; 4RTW A; 1T3L A; 2A08 A; 1TG0 A; 1KSW A; 2KRN A; 1UJY A; 1AEY A; 3QWX X; 5FWB A; 2JXB A; 1ZUY A; 1RLP C; 4J9G A; 2X3X D; 1WXU A; 1GRI A; 1VYV A; 3PVL A; 1ZLM A; 2V1Q A; 2ENM A; 2LQN A; 1KIK A; 4AFU C; 1QKW A; 1NLP C; 2BZY A; 1NEG A; 2HEQ A; 4J9C A; 2ABL A; 1SEM A; 2RNA A; 4ESR A; 1NYG A; 1JO8 A; 2FG0 A; 2OAW A; 1AWW A; 2ED0 A; 2LJ1 A; 4ORZ A; 4Y92 A; 2W0Z A; 1E6H A; 1UHC A; 3VS1 A; 1GL5 A; 4DEY A; 4EIK A; 2EVR A; 2CH4 W; 1PKS A; 1KJW A; 2EYX A; 1NG2 A; 1SRM A; 3GBQ A; 5IH2 A; 4CC2 A; 2J7I A; 2ROT A; 2BTT A; 3A98 A; 2FRY A; 2MCN A; 2E5K A; 2P4R A; 2RQV A; 1MUZ A; 2EGE A; 2K2M A; 3H0H A; 1NLO C; 1QWF A; 2DMO A; 3VS2 A; 4JZ3 A; 1BK2 A; 1BBZ A; 4RUG A; 2DL4 A; 3LH5 A; 2KT8 A; 3NHN A; 1JQQ A; 3THK A; 2LCS A; 1UGV A; 4X1V A; 2A28 A; 1PRL C; 2O2O A; 1T3S A; 1KFZ A; 1UE9 A; 4RTX A; 1M30 A; 1X2Q A; 2D8J A; 2V1R A; 1V1C A; 2O9S A; 1M3B A; 4J9F A; 4J9D A; 2EYY A; 2ROL A; 3QWY A; 4CC4 B; 1WIE A; 1T0H A; 2SEM A; 2FRW A; 2CH4 A; 3TSZ A; 3EG1 A; 1GCP A; 3M0U A; 1GFD A; 2GNC A; 2OJ2 A; 4F17 A; 2GTJ A; 2MIO A; 1B3Q A; 1CKB A; 2KE9 A; 2J6K A; 2C0I A; 2OI3 A; 4D8D A; 4OMQ A; 2F2W A; 1OPK A; 1LCK A; 1ARK A; 2LZ6 B; 1TUC A; 3R6N A; 4JZ4 A; 1CSK A; 1SHF A; 1U3O A; 1BU1 A; 3EG0 A; 3I5S A; 2NUZ A; 3VS7 A; 2ECZ A; 3NPF A; 1RLQ C; 2DYB A; 2FPE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RAD B; 4C8Q D; 5LJ5 e; 3VYH B; 3OYA A; 2X35 A; 4KGV B; 2XU8 A; 4PJO B; 1UEC A; 3TCJ A; 1PM3 A; 3PNW C; 2XDD A; 5KYX A; 4YTL A; 3OYH A; 1TXQ A; 3L1A A; 1VQ5 Q; 5IN1 A; 1QKX A; 1JEG A; 4PFO A; 3CXC A; 2D1X A; 5EG2 A; 2RQU A; 3WXM B; 3OYE A; 3DB4 A; 3INZ A; 3NTI A; 3CD6 Q; 3PGG A; 3WVD B; 4BI3 A; 3MEV A; 2E5Q A; 4WF2 A; 1HJD A; 1IB8 A; 5A0L A; 3CXC S; 5D6W A; 1G5V A; 4OB0 B; 3EG2 A; 1N8R C; 2JM8 A; 1WHM A; 1X27 A; 2E1H A; 3PE0 A; 5GAO q; 3EGD B; 1YIT A; 1Q81 R; 1I1J A; 1GXI E; 4A54 A; 3SB2 A; 4JRK A; 2RI3 A; 5CO7 A; 3L42 A; 1TS9 A; 5CKB A; 2YUQ A; 3MP6 A; 4HT9 A; 2GGR A; 2X4J A; 2DF6 A; 2K3B A; 2KRS A; 2QEX Q; 3OYI A; 2DER A; 1IGQ A; 1TUD A; 5IXF A; 2HNI A; 3DKM A; 1K0S A; 4C92 E; 3G6E A; 4OVA A; 5LJ5 d; 1VIF A; 4AT1 B; 5LJ5 f; 5FWC A; 3I35 A; 1Q81 U; 3CCL Q; 2EQU A; 2NUP A; 2DJQ A; 1KHC A; 1U06 A; 4XK8 E; 1PC0 A; 3HL8 A; 4A4F A; 3OYG A; 4XU2 A; 3X24 B; 1UGR B; 2R58 A; 3A8M B; 3MCA B; 3M0P A; 1PKT A; 2ZPE B; 3NGP A; 3VS0 A; 3I55 Q; 4II1 A; 2LVM A; 4LNP A; 4Z8A A; 1NPR A; 5CVI A; 5FLX E; 3I56 Q; 3JB9 D; 4J8O A; 3CC2 T; 1QVG P; 2BIV A; 4AFQ C; 5GAN 8; 3JRZ A; 5KYX B; 1WZO A; 3M55 A; 4C92 A; 4XTU A; 2KNB B; 5GAO p; 3CMA T; 4L5G A; 3VYG A; 3CPF A; 1WJS A; 5GAN h; 1RI0 A; 4JDS A; 4JLG A; 1H3Z A; 3VS6 A; 2XMF A; 4M7A D; 2EWN A; 5GAN g; 2DNU A; 3PIO A; 1O9S A; 1A0N B; 2CRE A; 1VQ9 A; 4XQ3 A; 4B9X A; 2BUD A; 4M78 D; 2I0N A; 2GFU A; 4ZGE B; 2G3R A; 3CCR Q; 4N0A C; 1M8M A; 5GAO m; 2RQR A; 1VQ6 A; 4JS5 A; 1ZX6 A; 1HK9 A; 1VQP T; 3X26 B; 4C5G A; 5LJ3 j; 2RHZ A; 2MWP A; 2X4X A; 3JAM E; 1WA7 A; 3JCM Q; 4M77 G; 1ZA2 B; 1I5O B; 4IKF A; 2VVK A; 5HY6 A; 3LW5 E; 4PKC C; 5CAI A; 4GLK A; 3CCV Q; 2HQX A; 2LMJ A; 1WDX A; 2DIQ A; 2M0O A; 2X9H A; 3E2U A; 4FYX B; 2NUP B; 4D6W A; 1D0Z A; 2I2L A; 1Q82 R; 2DM1 A; 1RAE B; 2OTL Q; 1EFN A; 1ZSZ A; 3QPH A; 1VQM T; 2DJZ A; 4BD3 A; 1WXB A; 2KBT A; 4KGZ B; 4EMG A; 5CKD A; 1B34 B; 3A5Z B; 1I4K 1; 1X6B A; 1VQ4 Q; 3RMQ A; 5HKC A; 5GMK m; 4OB3 B; 1GCQ A; 4DOW A; 1I07 A; 2Z0W A; 2Y4X A; 2EQK A; 4BY6 C; 1Y7X A; 3EFO A; 4DEX A; 2DL3 A; 1TUG B; 2H3J A; 1QWE A; 2JS2 A; 4L59 A; 3VUZ A; 1I0C A; 4C92 B; 2JUF A; 4MMK A; 4ZGD B; 4RCC A; 4QVD A; 1Q82 U; 1AZG B; 2C0O A; 2DZ9 A; 2AKK A; 4CI0 C; 2DTI A; 2FB7 A; 1Y07 A; 1M1G A; 4RTV A; 4HCC A; 3EGX A; 1MV3 A; 1NJI R; 3GOX A; 3CC4 Q; 4O5V A; 1M1K C; 1G3Y A; 2RA2 A; 2P4T A; 2EGA A; 3M56 A; 2EW3 A; 2DK3 A; 4HKE A; 4A4K A; 1SHG A; 5GJW B; 5KH6 A; 2KVQ G; 4WTO B; 3HRU A; 2DL8 A; 4PK4 A; 1QVF P; 2DEU A; 2L3Q A; 4M7D C; 1NYF A; 4IUR A; 5I2S A; 1LVK A; 3V8J A; 2OX7 A; 4M75 C; 3JCM V; 7AT1 B; 2D0Q B; 1MV0 B; 2ZGW A; 3NMZ C; 1UDL A; 2KRO A; 2K57 A; 1NJI U; 2NWM A; 2MAM A; 1FX7 A; 5KCH A; 4QKU A; 4J9I A; 4PJO C; 3JCM d; 1ZQ1 A; 1M90 R; 2K7A A; 3DLM A; 1K73 R; 3M5A A; 4A4E A; 3UF4 A; 1KD1 C; 1K9M C; 2VUB A; 1NZ9 A; 1Q86 C; 4OMO A; 4QT7 A; 3A8L B; 1ZSZ B; 2FEI A; 1VQO Q; 4RTW A; 2A08 A; 3FLG A; 5A0G A; 4OGE A; 4OGC A; 3DB3 A; 4J9G A; 2X3X D; 5LJ5 h; 3PVL A; 1ZLM A; 4R55 A; 3JB9 I; 5GAN j; 5GAN 6; 1NLP C; 4FT2 A; 1D0X A; 3QJ6 A; 1PSE A; 5LJ5 g; 3BY7 A; 3CC7 A; 3CBP A; 2XDP A; 2L89 A; 3EFO B; 2ED0 A; 4FL6 A; 3LLR A; 4ORZ A; 2XID A; 4F7U G; 1M90 U; 2EVR A; 4NS5 A; 1K73 U; 1PKS A; 1EZZ B; 1KC8 C; 2K2V A; 3S3M A; 5HK3 A; 5IH2 A; 4CC2 A; 2BTT A; 1Q7Y C; 3OBY A; 3CCE A; 1MUZ A; 1QP2 A; 3EGX B; 2PUO B; 4LD6 A; 5CK9 A; 1VQL Q; 1YCY A; 4Y28 E; 2HL5 C; 1JQQ A; 4FYW B; 3OYY A; 3KXT A; 1UGV A; 1WNL A; 4M7D E; 4BDY A; 4M7D F; 5CIU A; 3OYJ A; 3G7Z A; 1ZBX A; 1UEB A; 3I55 T; 4OP0 A; 4CC4 B; 3NFC A; 3CC2 Q; 1G3T A; 3QUI A; 4M75 F; 3EG1 A; 2OJ2 A; 4F17 A; 2OI3 A; 2YRD A; 2DIG A; 4OMQ A; 4PJO E; 4PJO F; 2LZ6 B; 3JSC A; 4FT4 A; 1CSK A; 1ZA1 B; 1QCN A; 3TEE A; 3PTA A; 1BYM A; 4QQD A; 4V2S A; 3JCM c; 4PL6 A; 4ZN1 A; 3NPF A; 4JJD A; 1RLQ C; 2GCX A; 3SWN A; 2JW4 A; 2X51 A; 3REB B; 4LDX A; 1FMV A; 3O8V A; 1NE8 A; 4XTX A; 3EHQ A; 1LNX A; 2QQ9 A; 4BI4 A; 2CP2 A; 1ZHI A; 3G4S T; 2JMA A; 1YJN Q; 1FXX A; 2HL3 A; 3MHX A; 3I9Q A; 4F04 B; 2E3I A; 2KT1 A; 3H0I A; 2DRM A; 2AIR B; 2RK2 A; 3CCR T; 5IXB A; 5GAN 3; 3QG1 A; 1U5S A; 2QA4 T; 1OUL A; 4GY5 A; 3CCU Q; 3JB9 H; 2J6F A; 2HAX A; 1N8R R; 2AZV A; 5D7U A; 3RUX A; 5CKF A; 1UGQ B; 2K9G A; 3JCM P; 5GMK e; 2RJE A; 4C0D B; 3FRN A; 4QQ6 A; 2E6N A; 1W70 A; 1NEB A; 4E7J A; 2LX9 A; 2JZ2 A; 3M57 A; 3CCV T; 3V8L A; 3QII A; 4RTY A; 4RG2 A; 4FIB A; 1P92 A; 1PWT A; 1U1S A; 1X2K A; 3PIP A; 2C06 A; 3C94 A; 3TQ7 P; 4E7H A; 1BCM A; 4IIM A; 3SFM A; 3UPU A; 2MI6 A; 3RR6 A; 1JXM A; 4OMF B; 2OTL T; 3MP8 A; 2LNV A; 1SG5 A; 2HD0 A; 2IIM A; 2O88 A; 2SRC A; 2K5L A; 1N8R U; 2KAF A; 4FYV B; 4C5H A; 4KH0 B; 4KRT A; 4KT0 E; 1HSQ A; 2EJ9 A; 1H64 1; 4ZTF A; 1PHT A; 2D8H A; 5ECA A; 2ZPB B; 2VC8 A; 4OB1 B; 5CKH A; 2PNI A; 3U23 A; 5D6X A; 4BDZ A; 4J9B A; 4PFZ A; 2GBQ A; 1PSF A; 2M0Y A; 3BFM A; 2RHI A; 1YFN A; 4Z89 A; 3ASK A; 1WXT A; 4K11 A; 5LJ5 j; 4E7L A; 3OA6 A; 3QDR B; 2E4H A; 2LQ8 A; 2YUP A; 3MKD A; 4FSX A; 4JUV A; 2DKG A; 1RAA B; 3CCS A; 1G2B A; 3SWN B; 4N4I A; 4C92 C; 1K4U S; 5GAM e; 3CC4 T; 2JTM A; 1WHJ A; 1WHG A; 1Y57 A; 2DRK A; 2EQI A; 4O6J A; 4F14 A; 2RF0 A; 2CZ6 B; 1S72 Q; 2DE0 X; 5CKE A; 3JCM h; 3O5Z A; 1WHL A; 1UFF A; 2LRQ A; 2NLU A; 3L2R A; 3JV3 A; 3OS2 A; 2COW A; 3CPW P; 3JCM W; 3QSU A; 1YIJ Q; 2BZ8 A; 3JCM g; 1PRM C; 1ZBJ A; 2JN0 A; 4IIO A; 4BE1 A; 2DD5 A; 2FZG B; 1YCS B; 1VQK Q; 3CPW A; 1UUE A; 3G71 A; 3RNJ A; 3GP8 A; 3QZ9 B; 4C8Q G; 2WSF E; 1GFC A; 3QXE B; 3X28 B; 1YJ9 A; 4HCB A; 1WGS A; 4HXJ A; 4M77 A; 2AZS A; 3PFS A; 1WPY A; 2E64 A; 1SPK A; 3FDR A; 2EQJ A; 3H9N A; 2C0T A; 1N6A A; 4JJB A; 3CCM A; 3P8D A; 1EIF A; 4BUG A; 4M7D D; 2VYT A; 3CME Q; 4Z88 A; 1VQO T; 1OPL A; 4JLI A; 5I21 A; 3EFR A; 1YJW A; 2DL7 A; 1NPP A; 2FZK B; 1UTI A; 2HSP A; 4KBM B; 4M75 D; 2EGC A; 3LWH A; 3UWN A; 3TRE A; 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