The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
DETGKFLVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNGRQGFVPAAYVKFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Human Spectrin SH3 Domain D48G, E7F, K60F
rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
SPECTRIN ALPHA CHAIN, NON-ERYTHROCYTIC 1
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| total genus |
13
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-02-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2J6O A; 2RN8 A; 2CH4 W; 1I1J A; 2O9V A; 2EGE A; 2PTK A; 5L23 A; 2D1X A; 2RPN A; 2GQI A; 2ROL A; 2RQU A; 2K7A A; 2C0O A; 4RTT A; 1CSK A; 1MUZ A; 1PRL C; 2J6F A; 3JV3 A; 1K4U S; 3H0H A; 1ZLM A; 2ED1 A; 2XMF A; 2LP5 A; 1WLP B; 4RUG A; 2RQW A; 2A36 A; 3EG3 A; 2JS2 A; 2L3S A; 4AFQ C; 1H3H A; 1KFZ A; 1KJW A; 1ZUK A; 1NLP C; 2D0N A; 1MV3 A; 2JTE A; 2CUB A; 1ZUU A; 4D8D A; 3TVT A; 2EYY A; 2PZ1 A; 1AZG B; 2M0Y A; 2C0T A; 2AZS A; 2BZY A; 2JT4 A; 2DX1 A; 4J9C A; 2LMJ A; 1I0C A; 1PKS A; 1PNJ A; 2QDL A; 2L0A A; 1M3A A; 1JEG A; 2A08 A; 2KXD A; 4OMM A; 1YN8 A; 1NYG A; 1M3B A; 3M0U A; 2DNU A; 2ENM A; 2EQI A; 2OJ2 A; 4CC7 A; 3VS5 A; 2A28 A; 5GJV B; 4DEX A; 3VS4 A; 1AD5 A; 3GBQ A; 1K0X A; 2RNA A; 3M0S A; 2O9S A; 3QWY A; 1T3S A; 1UDL A; 1Y0M A; 1AWX A; 2DBK A; 2EPD A; 3VRY A; 2B86 A; 2EYW A; 3M0T A; 1YWO A; 1TG0 A; 1GL5 A; 3VS3 A; 1VYV A; 2LJ3 A; 2BTT A; 1ABO A; 2O88 A; 2GNC A; 2KNB B; 3VS1 A; 3EHR A; 1GCQ C; 4E6R A; 2BZX A; 2DLP A; 4EIK A; 2J6K A; 2EYZ A; 1K76 A; 4LE9 A; 2BZ8 A; 1MV0 B; 4CC2 A; 3UA7 A; 1YP5 A; 1X6G A; 3IQL A; 2L3Q A; 2HEQ A; 1KSW A; 1U06 A; 3C0C A; 3VS6 A; 2LQW A; 1SSH A; 2J05 A; 1T0H A; 2EKH A; 3PVQ A; 2M51 A; 1QKX A; 1WFW A; 4FSS A; 2DL8 A; 2EVR A; 2SEM A; 4GLM A; 2DL7 A; 3O5Z A; 4F14 A; 2D8J A; 1Z9Z A; 4X1V A; 4JZ4 A; 2EGC A; 4AFZ C; 2KT8 A; 2AK5 A; 4J9D A; 5IXF A; 2VKN A; 1K0S A; 2LNH B; 2HBW A; 2LZ6 B; 3REB B; 2KXC A; 4HXJ A; 4D8K A; 2LJ0 A; 1UG1 A; 2NWM A; 1Y57 A; 4Z8A A; 1AVZ C; 2YT6 A; 4J9G A; 2KE9 A; 2K3B A; 4RTY A; 2AKK A; 4JJC A; 1X2Q A; 4JJB A; 3TSW A; 1QLY A; 3M0R A; 3H0I A; 4IIO A; 3H0F A; 2FPD A; 1A0N B; 2AZV A; 3RBB B; 3EG2 A; 2CT3 A; 2KGT A; 1OV3 A; 4CC3 A; 2X3X D; 4OMO A; 4DEY A; 4HVU A; 1CKB A; 3SHW A; 1E7O A; 2W0Z A; 2HCK A; 4J9E A; 1B07 A; 2CSI A; 3PE0 A; 4KRT A; 4ESR A; 1GCP A; 1W6X A; 4JZ3 A; 1WXU A; 2FRW A; 4OMN A; 2DYB A; 4RTX A; 1V1C A; 1T0J A; 1WYX A; 2DL5 A; 3RNJ A; 2LJ1 A; 1M3C A; 5GJW B; 4J9F A; 1UGV A; 2YSQ A; 1X2K A; 1RLP C; 2CDT A; 3M0P A; 1OOT A; 4HVW A; 2DMO A; 1AWO A; 4OMQ A; 2MOX A; 2DRK A; 4AFU C; 2YUO A; 1UHC A; 1VA7 A; 2K2M A; 5IXB A; 2EW3 A; 2DE0 X; 4QT7 A; 2FPE A; 2I0N A; 4HCK A; 1JXM A; 2F2V A; 1WDX A; 2F2X A; 2O2O A; 2FRY A; 3UF4 A; 2ROT A; 1X6B A; 2P4R A; 1G2B A; 2HSP A; 4IIM A; 2MCN A; 1SRL A; 1QWF A; 2EGA A; 2L3P A; 2LQN A; 3UAT A; 1SHF A; 1UTI A; 2H8H A; 2VVK A; 4RTW A; 1YWP A; 2JXB A; 1Z9Q A; 3FJ5 A; 1SPK A; 3I5S A; 1RI9 A; 3NPF A; 2HDA A; 1UJ0 A; 1UE9 A; 3PVL A; 3REA B; 2KRM A; 2X3W D; 3EG1 A; 1NM7 A; 3VS0 A; 1YCS B; 1BBZ A; 1ARK A; 3VS7 A; 2CH4 A; 1G83 A; 3I9Q A; 2JMA A; 1QKW A; 5I11 A; 1B3Q A; 1ABQ A; 1GBQ A; 1J3T A; 3A98 A; 4J9H A; 2RQV A; 4JJD A; 2FO0 A; 2IIM A; 1ZUY A; 1KIK A; 1H8K A; 4ORZ A; 4Y92 A; 2KT1 A; 1W70 A; 2DVJ A; 4ZNX A; 1NG2 A; 1ZSG A; 2KYM A; 1JQQ A; 2CRE A; 2O31 A; 2KYB A; 5IHI A; 1U3O A; 1WA7 A; 4GBQ A; 2C0I A; 3NMZ C; 2YUQ A; 1BK2 A; 2KEA A; 3LH5 A; 2ABL A; 2ECZ A; 1JU5 C; 1OEB A; 3NGP A; 4AG1 C; 4J9I A; 1NLO C; 1ZBJ A; 1WX6 A; 4WCI A; 5IHK A; 3EG0 A; 1E6G A; 2NUZ A; 1BB9 A; 1UHF A; 1NYF A; 1AZE A; 2YDL A; 1QCF A; 1TUD A; 1PWT A; 1N5Z A; 1WI7 A; 5EC7 A; 1HSQ A; 5FWB A; 1M27 C; 2PNI A; 1X43 A; 1SRM A; 2FEI A; 2J7I A; 4JPB W; 2KR3 A; 2V1Q A; 4OML A; 2K79 A; 1JO8 A; 3THK A; 4F17 A; 2DM1 A; 1UFF A; 3ZL7 C; 1AWW A; 4AFS C; 4HVV A; 1X69 A; 1RLQ C; 2DL4 A; 1WXB A; 4RTV A; 5I22 A; 1SEM A; 2SRC A; 2E5K A; 4Z88 A; 2OAW A; 1HJD A; 1GFC A; 2G6F X; 3I5R A; 5FWC A; 2DIL A; 1VYT A; 2OI3 A; 1NEG A; 1T3L A; 3NHN A; 1S1N A; 2W10 A; 4K11 A; 1GBR A; 3ULR B; 2YUN A; 1VYU A; 1EFN A; 3QWX X; 1UJY A; 1PRM C; 1K1Z A; 2MIO A; 3U23 A; 2RQR A; 1PKT A; 1WXT A; 1H92 A; 4LUE A; 1AWJ A; 5FW9 A; 2RMO A; 1K9A A; 2DJQ A; 1UEC A; 2GBQ A; 2K6D A; 3H41 A; 2LCS A; 2FPF A; 2J06 A; 2CT4 A; 2JW4 A; 4RTZ A; 1HD3 A; 1RUW A; 2YUP A; 4R0K A; 1YNZ A; 2CUD A; 2DF6 A; 4M4Z A; 2RQT A; 4A63 B; 2DL3 A; 4LNP A; 2KRO A; 1M8M A; 1OPK A; 2EBP A; 2D8H A; 2RF0 A; 2KRS A; 2GGR A; 1UUE A; 2GTO A; 4F16 A; 1PHT A; 1JXO A; 2ED0 A; 2JMC A; 3CQT A; 4OMP A; 3R6N A; 2L2P A; 1QWE A; 1OPL A; 2K9G A; 1GRI A; 4LN2 A; 2V1R A; 1WIE A; 1CKA A; 2ESW A; 5ECA A; 3I35 A; 3VS2 A; 2KBT A; 1SHG A; 1E6H A; 1TUC A; 1X27 A; 3KFV A; 2DBM A; 5IH2 A; 1XOV A; 2EYX A; 4LUD A; 1LCK A; 1AOJ A; 2LX7 A; 4J9B A; 1M30 A; 1IO6 A; 1ZX6 A; 4Z89 A; 1W1F A; 3SEM A; 2DA9 A; 3EHQ A; 1GCQ A; 1GFD A; 1FYN A; 3EGU A; 2GTJ A; 5IHN A; 3TSZ A; 3M0Q A; 4AG2 C; 1I07 A; 2JM9 A; 1U5S A; 1NEB A; 1BU1 A; 4CC4 B; 2AKL A; 2DRM A; 4RTU A; 2VWF A; 2A37 A; 3VRZ A; 1AEY A; 2CSQ A; 2FG0 A; 3UA6 A; 2F2W A; 2JM8 A; 5HCK A; 2KRN A; 1FMK A; 2JS0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2E6N A; 2RI5 A; 1MMN A; 3L2U A; 3KUF A; 4JRP A; 3OSS C; 2P4T A; 2D1X A; 2JTM A; 2GQI A; 4DBQ A; 4BE0 A; 4AT1 B; 3GNF B; 2C0O A; 2NUP B; 3M58 A; 3G4S T; 1PRL C; 1Q82 U; 2J6F A; 1K4U S; 1BI1 A; 2OAU A; 1NJI U; 5GMK i; 1OU9 A; 1V29 B; 4RUG A; 1WLP B; 3CXC S; 1VQN Q; 5CO7 A; 2X4W A; 1OI1 A; 3EGD B; 4C92 D; 1VQ5 Q; 3TQ7 P; 1KJW A; 4RMO A; 5J3B A; 1NLP C; 2JTE A; 4D8D A; 3VV0 A; 4C8Q A; 1AZG B; 5KYU A; 1RAG B; 2E65 A; 5D6W A; 1BYM A; 4M77 E; 3CCQ Q; 2DKG A; 5GAM d; 5FU7 C; 2AIR B; 1I0C A; 3HRT A; 3CD6 T; 2DIG A; 2K57 A; 1JEG A; 3VYH B; 2NUT A; 3JCM h; 1M90 C; 2EQI A; 3MKD A; 3VS5 A; 2A28 A; 2ZPE B; 3OMG A; 3GBQ A; 1K0X A; 1QCN A; 3M0S A; 3A8O B; 5CIU A; 2DBK A; 4Y28 E; 2EYW A; 1MND A; 2D9T A; 2EQU A; 5LJ5 f; 1YWO A; 2EWN A; 1RAD B; 1UB4 A; 3NTI A; 4DQ2 A; 5GAN 7; 1WPY A; 1TUG B; 2GNC A; 2KNB B; 3UWN A; 9ATC B; 1GCQ C; 2XID A; 5LJ3 d; 1K76 A; 2BZ8 A; 2E1H A; 1JJ2 S; 1MV0 B; 1KG1 A; 1F1B B; 1TTH B; 4BY6 C; 1VQP T; 1YIT Q; 4PJN A; 3L1A A; 1Q95 G; 1RAF B; 1KSW A; 3CBP A; 4L59 A; 3VS6 A; 1T0H A; 2EKH A; 3X24 B; 4FL6 A; 5LL6 S; 3JCM W; 5CK9 A; 3QKJ A; 2FZG B; 2EVR A; 2SEM A; 4GLM A; 2B8A A; 1KC8 U; 1QQJ A; 2WSE E; 2HKQ B; 2VC8 A; 4M78 E; 2NUP A; 1NPP A; 2PUK B; 1K0S A; 2LNH B; 2E41 A; 4D8K A; 3M54 A; 4L5G A; 2NWM A; 1Y57 A; 3V7S A; 2CKK A; 2QA4 Q; 3A8H B; 1X2Q A; 3TSW A; 1QLY A; 1YCY A; 5AYF A; 3H0I A; 3EGD A; 2D0Q B; 2KGT A; 1OV3 A; 4FYX B; 2X3X D; 1D1C A; 5GAN 8; 4HVU A; 4EPC A; 2XI9 A; 5GAM h; 1Q86 C; 1KQ1 A; 1E7O A; 4C8Q C; 2RI3 A; 3CC4 A; 1YJW T; 1B07 A; 2CSI A; 3PE0 A; 4RKU E; 1GCP A; 3I56 T; 2FRW A; 4P5N A; 3JB9 F; 4MDX A; 1WYX A; 3EH1 A; 4ELY C; 1W4S A; 2LJ1 A; 1M3C A; 4J9F A; 4JRK A; 1UGV A; 2PQW A; 2YSQ A; 2CDT A; 3M0P A; 3CCR T; 2DMO A; 3KBG A; 3Q1J A; 3PT9 A; 2MOX A; 2YUO A; 1UHC A; 1WJS A; 4N4I A; 1VA7 A; 1VQO A; 2K2M A; 2K4Y A; 5A0D A; 3JAM E; 4DBF A; 2FPE A; 4IUT A; 1HYO A; 4QQ6 A; 5HY6 A; 4PJO F; 2ROT A; 1C1A A; 1X6B A; 2P4R A; 1G2B A; 2HSP A; 1VQ4 T; 1VQL A; 2A3L A; 2HD0 A; 1K73 C; 3UAT A; 3CCE T; 1VQ8 T; 1WJQ A; 5DLO A; 2VVK A; 1K9M C; 1JB0 E; 3UPU A; 3I5S A; 2HDA A; 2BKD N; 3X20 B; 3MEW A; 3CCU A; 4OGE A; 3CME A; 4QQD A; 2COY A; 2X3W D; 3VS0 A; 3CC7 Q; 4Z02 A; 2MMP A; 4C8Q D; 3RMS A; 3CMA Q; 3I9Q A; 7AT1 B; 2WSC E; 3DLL A; 5I11 A; 1NPR A; 4JJD A; 1QVG A; 2Y4Y A; 2RHU A; 1VQ6 A; 1H8K A; 4X34 A; 4ORZ A; 3PIP A; 1W70 A; 1K8A R; 4HT8 A; 4Y91 A; 5KCO A; 2XDB A; 1QCO A; 3RR6 A; 1ZSG A; 2XG8 D; 2F69 A; 2KYB A; 3HHT B; 3JCM Q; 4GBQ A; 2C0I A; 1S72 T; 4HCB A; 3LLR A; 3LH5 A; 4IUV A; 4J9I A; 3MP8 A; 3TCJ A; 2GFU A; 1ZBJ A; 5GAN 5; 2DPP B; 1FWZ A; 1E6G A; 4FIB A; 1UHF A; 2LCC A; 2KDS A; 2YDL A; 1QCF A; 4JUV A; 1I8F A; 1W2B S; 3G6E A; 3CCQ A; 1WI7 A; 5EC7 A; 2X4Y A; 3HRU A; 1M27 C; 1FX7 A; 1SRM A; 2M1H A; 4M75 D; 2FEI A; 1FXX A; 4JLG A; 3JRZ A; 2DAQ A; 1YJ9 T; 3GF5 A; 2DM1 A; 4XAX B; 3ZL7 C; 3GIB A; 4C5I A; 2EIF A; 3MP1 A; 4O6J A; 3V8J A; 1PSE A; 1KD1 C; 3M57 A; 3MO8 A; 1I5L A; 4RTV A; 4C92 F; 4QKU A; 2DER A; 5I22 A; 4KUD K; 1D1A A; 2CP0 A; 4IKF A; 1OYX A; 2QYZ A; 3TRE A; 3R6O A; 5KYN A; 1GBR A; 2MI6 A; 4B6M A; 4ZGD B; 2FVU A; 5KH6 A; 3QWX X; 3JCM f; 3D7S B; 4OB3 B; 2RQR A; 4LUE A; 3VJP A; 5CKD A; 1KQ2 A; 1K9A A; 1TWB A; 5KYY B; 2DTI A; 4M7D B; 1ZQ1 A; 4PL6 A; 1M1K R; 1M90 R; 1RAH B; 1WQ7 A; 4A4F A; 2FPF A; 2J06 A; 4EMG A; 5GAN 6; 2CUD A; 3CCV A; 2M9U A; 2LCL A; 2LDM A; 4QVZ A; 1OPK A; 5GMK e; 1UEB A; 4IUU A; 3CPW P; 5KYW A; 4OB1 B; 1P92 A; 3M5A A; 2KRS A; 2GGR A; 2YLC A; 1V76 A; 2JNG A; 4F16 A; 1JXO A; 3CQT A; 4F7U G; 1GXI E; 2K3X A; 3R6N A; 2K5L A; 1OPL A; 2YLB A; 5IT9 E; 5GAN e; 3PGG A; 3GOX A; 2ESW A; 2P0P A; 1TXQ A; 2K2V A; 2IPO B; 1SHG A; 3QSU A; 2HL5 C; 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1YHQ A; 4XTV A; 3CC4 Q; 4ME7 A; 4DEX A; 4L6V 5; 4C8Q F; 3OMC A; 4BUG A; 3FC3 A; 2G3R A; 4FT2 A; 2O9S A; 1BI2 A; 3FLG A; 4LDU A; 3JCM b; 3VRY A; 3EH2 A; 3HSB A; 1TG0 A; 3V8L A; 1GL5 A; 2E6Z A; 2O88 A; 4J83 A; 3VS1 A; 1VQO Q; 4LDW A; 2BUD A; 4HCZ A; 3S3O A; 1K8A C; 4CC2 A; 3NFC A; 1X6G A; 2HAX A; 2M16 A; 2DZC A; 3IQL A; 3OW2 S; 4M77 A; 2OTL T; 1M9S A; 1M1F A; 3OYD A; 1SSH A; 1VQL Q; 2J05 A; 3M53 A; 1QKX A; 2EYQ A; 2HQE A; 3QXE B; 3EFS A; 2DL8 A; 3KXT A; 2DL7 A; 1VQ7 A; 3ASK A; 4M78 G; 2VXF A; 4F14 A; 2ZPI B; 4OB2 B; 2GQV A; 2EGC A; 4AFZ C; 3CCU Q; 4E47 A; 3CPW S; 5GMK j; 1LJO A; 3CME Q; 4DBH A; 3A5Z B; 4J9D A; 5IXF A; 3AT1 B; 4M75 F; 2LVM A; 4R56 A; 2HBW A; 1KHC A; 4HXJ A; 4EMK B; 1VQM T; 1UG1 A; 3S6W A; 2CZ7 B; 4MMK A; 2A0F B; 3NTK A; 2DTO A; 2HMA A; 2AKK A; 3QYH B; 3DB3 A; 4JJC A; 5GAN j; 2OTJ T; 3M0R A; 4M7D C; 4IIO A; 2ZPB B; 1VQ6 Q; 2FPD A; 1A0N B; 2AZV A; 3RBB B; 2H3J A; 2CT3 A; 1KD1 R; 4CC3 A; 4DEY A; 4C0F A; 3AHU A; 4FW2 A; 1YFN A; 2VB6 A; 3QPH A; 2CS7 A; 4J7F A; 3OYE A; 1V1C A; 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