The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
83
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structure length |
75
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Chain Sequence |
MVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSKGTPLGKILLKGDNITLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA
|
| molecule tags |
Transcription
|
| total genus |
8
|
| structure length |
75
|
| sequence length |
83
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| e | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M75 C; 2I2L A; 1TH7 A; 4M78 A; 5LJ3 h; 5GMK h; 3JCM Q; 4XU2 A; 4J6W A; 1LOJ A; 5GAN 5; 4M7A B; 3JB9 J; 1I5L A; 3GIB A; 4M75 E; 4M7D A; 3L2Z A; 2CGH A; 3EFR A; 1X01 A; 4F7U B; 3JB9 D; 1LNX A; 4F7U F; 5LJ5 g; 4PJO B; 1BIB A; 4J6X A; 5LJ5 f; 3JB9 H; 3BY7 A; 3HSB A; 4JLI A; 2EAY A; 2VC8 A; 3BW1 A; 5GAO p; 4C8Q D; 4M78 B; 3RKW A; 4RCC A; 5GAM g; 1I81 A; 4Y91 A; 4C92 B; 1U1S A; 4MMK A; 4QVD A; 4PNO A; 4M77 G; 5GAN 4; 3FIF A; 4M7A A; 2JN0 A; 3SWN C; 1WNL A; 4XTU A; 4RCB A; 4M7D F; 4M77 D; 3L1A A; 4M77 C; 2EJF A; 2E64 A; 1KQ2 A; 3BFM A; 4XU0 A; 3VU3 C; 5GAO q; 4EMK C; 4QVC A; 4PJO A; 4DQ2 A; 3JCM X; 5LJ5 e; 4M75 D; 1BIA A; 3JCM c; 3JCM d; 4V2S A; 4C8Q B; 4C92 A; 3JCM J; 2FYK A; 4EMG A; 4MML A; 4J6Y A; 5GAO m; 5GAM e; 4M7A F; 5GAN d; 2ZGW A; 3V8J A; 2E65 A; 2RM4 A; 1MGQ A; 2DKG A; 2FB7 A; 5GAO l; 4EMH A; 4XTY A; 3HFO A; 4XTV A; 3V8L A; 4PJO F; 5LJ3 d; 5GMK i; 3JCM P; 3M4G A; 1WQW A; 2DEQ A; 3V7C A; 1JBM A; 4XU1 A; 2RB6 A; 5CAI A; 4XU3 A; 5GAM f; 3JCM V; 4M75 B; 3JCM g; 4M78 F; 4C8Q A; 2DZC A; 4C92 F; 4N0A C; 4HT9 A; 4F7U E; 1N9R A; 2YLB A; 3SB2 A; 3BDU A; 5DY9 A; 4A54 A; 5GAN g; 1B34 B; 1I4K 1; 4M7D G; 3PGG A; 4M77 A; 1H64 1; 4M7D C; 2DTI A; 3JB9 F; 4M78 E; 2VXF A; 5LJ3 g; 5LJ3 f; 1JRI A; 4M7D E; 1HXD A; 4M75 A; 4C8Q F; 2DXU A; 4WF2 A; 3V8K A; 5LJ5 j; 3JB9 I; 5GAO r; 3RKY A; 5LJ5 h; 3JCM e; 3SWN B; 3V7S A; 4M7A G; 4M77 B; 1B34 A; 5GAM j; 4NOY A; 1Y96 B; 4M77 F; 1KQ1 A; 4M7A C; 5GAM h; 2DXT A; 4EMK B; 4F7U G; 5GAN e; 1U1T A; 2VXE A; 4X9C A; 4PJO G; 2Y90 A; 4M7A E; 5GAN 3; 2QTX A; 3JCM f; 4JRI A; 3JCM W; 4PJO C; 3QO3 A; 4M75 F; 4NL2 A; 3RKX A; 5GMK e; 2EJG A; 5LJ3 e; 2YHT A; 4M78 G; 4M77 E; 5GAM d; 5GAO n; 1N9S A; 4C92 G; 4JUV A; 4M78 D; 2YLC A; 4M78 C; 4PJO E; 3RIR A; 5GAN 8; 1I8F A; 2EJ9 A; 3SWN A; 4C92 C; 5GAN f; 4J5Y A; 4M7D D; 1Y96 A; 4XTW A; 5I21 A; 3FJP A; 2DJZ A; 3EFS A; 3QHS A; 4A53 A; 4C92 E; 4EMK A; 3RER A; 3JB9 G; 1HK9 A; 2K57 A; 1WPY A; 2RD1 A; 2DTO A; 1WQ7 A; 4OP0 A; 1D3B A; 2DTH A; 4XTZ A; 4C8Q G; 2HNI A; 4HA8 A; 1YCY A; 1M5Q 1; 3QSU A; 4HT8 A; 4C8Q C; 3RES A; 5GAN 6; 5GMK m; 4JRK A; 4M7A D; 4M7D B; 2DZ9 A; 2E10 A; 2E41 A; 3RUX A; 3JCM h; 2E1H A; 4C8Q E; 5GMK l; 5GAN 7; 3AHU A; 3V7R A; 3JCM b; 5LJ5 d; 4PJO D; 5GAN j; 4F7U A; 3QUI A; 2EWN A; 1LJO A; 1D3B B; 4XQ3 A; 2RA2 A; 4X9D A; 5GAN h; 3HFN A; 4NL3 A; 3INZ A; 4XTX A; 2DVE A; 4M75 G; 3FB9 A; 4N0A A; 5GAN 2; 5LJ3 j; 1M8V A; 5GMK j; 4C92 D; #chains in the Genus database with same CATH topology 2J6K A; 1H3H A; 4QQD A; 2WAC A; 4AG2 C; 5GAN 5; 1KC8 R; 3GIB A; 3I56 Q; 4RTZ A; 1WXU A; 4IUP A; 5D6Y A; 1X6G A; 3UT1 A; 1XOV A; 1BI3 A; 2JN0 A; 3EG3 A; 1YJN A; 2ZCF B; 3L2V A; 2QAZ A; 4R56 A; 3KUF A; 2X4X A; 4M75 D; 1SRL A; 2RHU A; 1MUZ A; 1KQS P; 1M27 C; 1OU8 A; 4ATO A; 2CYZ B; 3H0I A; 2E65 A; 1TUG B; 3OY9 A; 5FU6 C; 3EH1 A; 4KRT A; 1ABO A; 2BZX A; 2K79 A; 2VYT A; 5CAI A; 1K8A R; 4M78 F; 3A8L B; 2XMF A; 1QW1 A; 2WSE E; 3VYG A; 4KUI A; 2JTE A; 5FW9 A; 4DOW A; 3JB9 F; 2MIO A; 2JS0 A; 2JXB A; 3EFO B; 3EGD B; 5LJ5 j; 1NPR A; 2XID A; 4J9C A; 3RKY A; 3M5A A; 1K0S A; 2QDL A; 3OQ5 A; 1VQ8 A; 2E5K A; 4M77 F; 2DIQ A; 2V26 A; 1ZLM A; 4QT7 A; 2RH2 A; 2LQ8 A; 1SPK A; 4JJD A; 2QG9 B; 5LJ3 e; 2QEX Q; 1N5Z A; 1N9S A; 5CQX A; 5KYW A; 2YXY A; 4BY6 C; 3VKI A; 1K4U S; 2P84 A; 2PQW A; 5A0D A; 4FCY A; 3RMQ A; 2K57 A; 3SEM A; 3OYA A; 3CD6 T; 3M9Q A; 4X34 A; 5HKC A; 5CVI A; 4HA8 A; 1YCY A; 2EW3 A; 5GAN 6; 4WTO B; 1UGR B; 1VQM A; 2E41 A; 2E10 A; 2ECZ A; 3RUX A; 3CCM Q; 1WHL A; 2GBQ A; 2I0N A; 1PSE A; 3C95 A; 3HKS A; 2QQR A; 4XTX A; 2JJ9 A; 2MOX A; 5J26 A; 2VAS A; 5GJV B; 3VUZ A; 4OMO A; 4RTV A; 3CCJ T; 2F2X A; 2DER A; 5LJ5 g; 4PJM A; 2DRK A; 2XHC A; 4LDX A; 3QYG B; 1PKS A; 5C0M A; 1Z9Z A; 1OUL A; 1KHC A; 1MND A; 1K9M R; 1T0J A; 1VYU A; 4E2F B; 2K2V A; 4CRI A; 4RTX A; 1QP2 A; 5GMK i; 3OBW A; 2OTL A; 2AK5 A; 2RB6 A; 1K73 R; 1YJ9 Q; 3CC7 T; 1CKA A; 4A4G A; 4J9H A; 4F7U E; 1KIK A; 3CCV Q; 3OS0 A; 3VV0 A; 1AZE A; 1QVG P; 3HTR A; 1VUB A; 1FYN A; 2EYZ A; 3THK A; 1A0N B; 1YBY A; 2LP5 A; 3M53 A; 1UG1 A; 4ORZ A; 3MEW A; 2D0N A; 1XTD A; 1TUD A; 4X9C A; 1MHN A; 3G71 T; 3EGU A; 1YJW T; 2RJC A; 2NUT B; 2LCS A; 1QCF A; 2RI2 A; 4P5N A; 3QHS A; 2JUF A; 2NUZ A; 4J9D A; 3OMG A; 1RAG B; 1UEC A; 3CME A; 2RK2 A; 2FPE A; 2DEU A; 4C0Z A; 3VS0 A; 5D6X A; 3QSU A; 2K3X A; 1SRM A; 5CO7 A; 3D7S B; 5GAN 7; 1TG0 A; 2X4Y A; 3JAM E; 5LJ5 d; 2L3Q A; 1QVF S; 2CSQ A; 3OYB A; 5FU7 C; 1NM7 A; 5FWB A; 1SEM A; 5GAN 2; 3J80 E; 4M78 A; 5LL6 S; 4FT2 A; 1VQ5 Q; 4LD9 K; 4ELY C; 2HEQ A; 4IIO A; 1R77 A; 2EYY A; 1VQ9 Q; 1BU1 A; 2AIR B; 3IQL A; 2RQW A; 1WJS A; 3DLL A; 3HSB A; 3FRN A; 2VC8 A; 2XKO C; 5GAO p; 5IHN A; 3GNF B; 2KE9 A; 2RQV A; 1ZSG A; 3CCE A; 1WGS A; 3CCJ A; 4ZGE B; 2XG8 D; 3R6O A; 2QA4 Q; 5GAO m; 4M7A F; 3EGX B; 4RUG A; 4DEY A; 3CCR Q; 4PJO F; 2K2M A; 3M58 A; 3VS4 A; 4AFZ C; 5GAM f; 3TSW A; 5CKD A; 2KR3 A; 3CBP A; 3ZFJ A; 5FWC A; 3OYL A; 3GOX A; 4BDZ A; 2HL5 C; 3WVE B; 4AFS C; 3NTI A; 2JZ2 A; 3CCU A; 3EAE A; 2ZAE A; 4N4G A; 4C8Q F; 2CP2 A; 5CK9 A; 2RI5 A; 4AG1 C; 1VQN Q; 1VQ4 Q; 5GAM h; 1N27 A; 2EQJ A; 2GF7 A; 2KT1 A; 1XNI A; 2LX7 A; 2BTT A; 4LUE A; 1W6X A; 1TSF A; 3M0Q A; 1YJ9 A; 2OAU A; 2JNG A; 5FU6 B; 5HK3 A; 1GBR A; 4BUG A; 2DIG A; 3OMC A; 4E7K A; 3P8B B; 1Y57 A; 1NLP C; 3CCV A; 2L89 A; 1BBZ A; 1VOM A; 7AT1 B; 4N4H A; 2CZ0 B; 4OP0 A; 2KXD A; 3OYI A; 4OB2 B; 2YUO A; 2CKK A; 2E6Z A; 4FW2 A; 5GMK l; 3NHN A; 2KRS A; 2YRC A; 3NTH A; 1VQK Q; 3CPW P; 2DVE A; 5LJ3 j; 3DKM A; 2X4W A; 4C92 D; 4OMN A; 1RUW A; 1T3S A; 5IN1 A; 3UA7 A; 1BI0 A; 3PIP A; 5J39 A; 3NPF A; 3OYC A; 1R0B G; 2GFA A; 4J6X A; 2X3W D; 1PM3 A; 1SHG A; 4LN2 A; 3VS7 A; 4BY6 B; 3CCS Q; 1ZBJ A; 2CH4 A; 1CSK A; 1VYT A; 1S72 T; 2PTK A; 2EIF A; 3CMA T; 4RCB A; 2PVO B; 1YIT T; 2JMC A; 4Z88 A; 2J6F A; 4OMM A; 3A8G B; 1AZG B; 4GY5 A; 2BZY A; 3JCM J; 2ZGW A; 1C1A A; 2MI6 A; 4ZTJ A; 1BCO A; 1Y7X A; 3OYJ A; 1MMG A; 1PC0 A; 1WQW A; 2CS7 A; 2QDY B; 2AZV A; 3JCM V; 3G4S A; 1WDX A; 1OEB A; 1BYM A; 2YUN A; 3S3M A; 3I35 A; 2NYS A; 2COZ A; 1VQ7 A; 2SEM A; 4M78 E; 1GL5 A; 5LJ3 g; 2KRO A; 5CKF A; 4M75 A; 3JB9 I; 3SHW A; 4JJC A; 1B3Q A; 3V7S A; 2F2W A; 1OV3 A; 3OS1 A; 4II1 A; 4EIK A; 3OSS C; 1FMW A; 1UE9 A; 1YP5 A; 2XIC A; 2F5K A; 2FG0 A; 4Y28 E; 1B07 A; 3GBQ A; 2CP0 A; 2M9U A; 4F17 A; 2AZS A; 5DLO A; 3FLG A; 3FEO A; 2SRC A; 3CCL T; 1X2Q A; 4EDU A; 1KFZ A; 4AFU C; 5D7U A; 4HVU A; 1Q7Y R; 2HZY A; 2RJE A; 1H8K A; 3UDC A; 3P8D A; 3VS5 A; 1P92 A; 3I55 T; 1D3B B; 3PMT A; 4IUV A; 4M75 G; 3DB3 A; 1M8V A; 4OB1 B; 4M75 C; 3C0C A; 4KBM B; 3X24 B; 5GMK h; 3OYE A; 1NJI C; 1LOJ A; 2MMP A; 5KYY A; 2BE7 D; 3JB9 D; 3ZBD A; 1VQO A; 3JB9 H; 4JLI A; 1X6B A; 4R0K A; 3BW1 A; 3ME9 A; 1UDL A; 2EQI A; 2VV5 A; 3LWI A; 2EQM A; 2LDM A; 4MMK A; 4QQG A; 4FSS A; 3FIF A; 1GCP A; 3VRY A; 3UA6 A; 4M77 D; 1RAA B; 4OML A; 1M1F A; 2DD5 A; 2X51 A; 4E7I A; 3X28 B; 2CT3 A; 3J81 E; 1YJN T; 5GAM e; 1RI0 A; 2K6D A; 4FYX B; 1IHW A; 4PJJ A; 5LJ3 d; 5FU7 B; 2LCL A; 1RLP C; 3EG1 A; 5HCK A; 1VQL Q; 2D0Q B; 4GLK A; 1UEB A; 3A98 A; 2FZC B; 1YIJ A; 1OQK A; 2ZPH B; 2CZ1 B; 2O31 A; 1ZUK A; 4Q5W A; 1Q81 C; 1RAC B; 2L8D A; 2PUO B; 1WX6 A; 2F5T X; 3PVQ A; 4Z02 A; 2Y90 A; 4ANJ A; 1ZBX A; 2ROL A; 3CBO A; 4JRI A; 2LQW A; 1VQ8 T; 2A7Y A; 3OYH A; 4JPB W; 2J05 A; 3I5R A; 1Y07 A; 8ATC B; 4PJN A; 1N8R C; 2COW A; 3FDR A; 2CSI A; 4NS5 A; 4F14 A; 4L5G A; 5KCH A; 1IB8 A; 2K3Y A; 5J3B A; 4JRK A; 1CKB A; 2K5L A; 4AT1 B; 4RG2 A; 2A37 A; 3WXM B; 1HJD A; 2RA2 A; 4X9D A; 4EPC A; 1VQM T; 3OYM A; 1E7O A; 4M75 E; 1YI2 A; 1JJ2 P; 1UGV A; 1I5O B; 5L23 A; 2DO3 A; 2E70 A; 2OI3 A; 4L6V 5; 2RO0 A; 4M7D F; 3OSV A; 5FRM A; 5EG2 A; 1WZO A; 4V2S A; 4F16 A; 1MMN A; 1WLP B; 2FYK A; 4BE0 A; 2DK3 A; 4BAC A; 2CP3 A; 1Q81 U; 4TVR A; 1H3Z A; 1KQS S; 1I0C A; 1G8X A; 1AWO A; 1K9A A; 2DEQ A; 4XU1 A; 1R0C B; 2DVJ A; 3S3O A; 2G3R A; 1M4Z A; 4J7I A; 2OTL T; 2E12 A; 3SFM A; 3TEE A; 2VXF A; 4E7H A; 1QVG A; 5KYN A; 4ZGJ B; 3E19 A; 1NBE B; 3UPU A; 3I9Q A; 1IRX A; 2YUQ A; 2HAX A; 2DM1 A; 4F04 B; 1ZQ1 A; 4IUR A; 1NG2 A; 3TVT A; 4PFP A; 1PG5 B; 1D0Z A; 4F7U G; 2B86 A; 3JCM f; 1ZSZ C; 4J7F A; 5GMK e; 4GLM A; 1UHC A; 2QQ9 A; 1I8F A; 2ED1 A; 2EJ9 A; 4HCC A; 2LQN A; 3GLX A; 4X1V A; 1M9S A; 5I22 A; 4LDY A; 1ARK A; 2X4J A; 1W2B A; 1KSW A; 3OYF A; 2DTH A; 4B9X A; 2LVM A; 2QYZ A; 1EFN A; 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1SSH A; 2LT1 A; 3TSZ A; 5FRN A; 1NEG A; 4BD3 A; 1M5Q 1; 2LJ3 A; 2JTF A; 4ELZ C; 4LDW A; 2EQK A; 1XJW B; 3RDV A; 2KGT A; 1W2B S; 3CCV T; 1IGU A; 3EHR A; 2KEA A; 1AWJ A; 2L2P A; 3QJY A; 3G71 Q; 5A0G A; 1YJW Q; 2BIV A; 3PVL A; 4J9I A; 3L2Z A; 2CGH A; 1C0M A; 4C5I A; 2NUP A; 1W4S A; 2CUD A; 2X3X D; 5LJ5 f; 3REB B; 2EAY A; 2VGN A; 1T3L A; 3UWN A; 4CI0 C; 5GAM g; 4FW1 A; 2KAF A; 1Q95 G; 2EYW A; 3ZL7 C; 1D0Y A; 5GAN 4; 3U23 A; 1U8R A; 4CC4 B; 4XU0 A; 4A4K A; 5DM7 R; 3X20 B; 1QWE A; 1LCK A; 4J9B A; 2QEX A; 4PFO A; 2KT8 A; 5KE3 A; 2FB7 A; 2LTO A; 2JM9 A; 3HHT B; 4RTW A; 3LX7 A; 1V1C A; 1RAE B; 2VVK A; 3QDF A; 2MYS A; 1KK7 A; 1MNE A; 3OYD A; 1M1K C; 4JS5 A; 2FRY A; 3L42 A; 4M77 A; 1NZ9 A; 2Y4Y A; 3CCM A; 3G4S T; 3G6E Q; 1JRI A; 1Q86 U; 3MEV A; 3TQ7 P; 5CKE A; 3JCM e; 2DAQ A; 1VQ7 T; 1QKX A; 2GFU A; 2OTJ A; 2GQV A; 2AHJ B; 4DA4 A; 2L3P A; 4E7L A; 5IH2 A; 5KYX A; 2VXE A; 2FPD A; 2LNH B; 1X27 A; 3ASK A; 3LGF A; 4E7S A; 3CC4 A; 3I5S A; 2YHT A; 3M0P A; 4M78 G; 1KC8 C; 4BI8 B; 1V76 A; 4M78 C; 5GAN f; 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