The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
72
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structure length |
72
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Chain Sequence |
PVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLYIRE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U5 snRNA
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| total genus |
8
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| structure length |
72
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| sequence length |
72
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| f | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KQ1 A; 1WPY A; 4M7D C; 2Y90 A; 4XTY A; 3V7R A; 3JB9 J; 2ZGW A; 4EMK B; 4OP0 A; 4PJO A; 2VXE A; 4M7D E; 2DZ9 A; 4M7A F; 5GAN 3; 4JRK A; 1HXD A; 2EJF A; 1U1S A; 3V8K A; 4M78 A; 4QVD A; 5LJ3 e; 5GAM f; 1D3B A; 4F7U A; 3FIF A; 5GAM d; 2DXT A; 3INZ A; 4A54 A; 5LJ3 j; 3HSB A; 3JCM e; 1JBM A; 4JLI A; 3RKW A; 4M7D B; 2E10 A; 1BIB A; 2CGH A; 2DTO A; 4EMK A; 3JB9 G; 5GAN h; 1WNL A; 3V7S A; 3JB9 H; 2QTX A; 4XTX A; 1Y96 B; 4M75 F; 1LOJ A; 5GMK e; 2RA2 A; 2YHT A; 4C92 F; 4M77 D; 4C8Q G; 2E1H A; 4NL3 A; 2DVE A; 3M4G A; 5GMK j; 5LJ5 g; 3JCM W; 1M8V A; 4M78 F; 4M7D A; 2K57 A; 5GMK l; 1H64 1; 1MGQ A; 1U1T A; 4XU2 A; 3EFR A; 1TH7 A; 5GAM e; 4NOY A; 4C8Q C; 4M7A G; 5GAN g; 4NL2 A; 1Y96 A; 4M7A D; 2E65 A; 5GAM j; 4DQ2 A; 4C8Q E; 4J5Y A; 3SWN C; 2DZC A; 5GAN 7; 3L2Z A; 1N9R A; 5LJ5 h; 2EJ9 A; 3L1A A; 3V7C A; 5GAO l; 4M7A C; 3JCM P; 1I8F A; 2HNI A; 1WQ7 A; 5LJ3 g; 4M7A E; 4J6X A; 4XTV A; 3JCM J; 4HA8 A; 5GAO n; 4C8Q B; 1M5Q 1; 3JCM g; 4JUV A; 4M75 G; 4RCC A; 3VU3 C; 3V8L A; 4M75 D; 1N9S A; 2E41 A; 4C92 G; 3SWN B; 2FB7 A; 4M77 G; 4PJO F; 4C92 D; 1B34 B; 2RD1 A; 4XU1 A; 4HT8 A; 2RM4 A; 4V2S A; 2FYK A; 3AHU A; 1X01 A; 2DXU A; 4M7A B; 5LJ3 h; 4M78 D; 4M75 C; 5GAN 8; 4XTZ A; 2RB6 A; 4XQ3 A; 3JCM V; 4A53 A; 4F7U F; 4C92 C; 3JCM Q; 4N0A C; 5GAN d; 4EMG A; 4M75 E; 4C8Q A; 4M77 C; 3JCM h; 2DTI A; 5GMK m; 1BIA A; 4C92 E; 2VXF A; 3V8J A; 4M77 E; 3SWN A; 2YLB A; 3SB2 A; 3FB9 A; 3EFS A; 1B34 A; 4M78 E; 5GAM g; 5GMK i; 1LNX A; 5CAI A; 4M7A A; 1YCY A; 4MML A; 4JRI A; 4X9C A; 5GMK h; 4M75 B; 5GAN 5; 2JN0 A; 4C92 B; 3BW1 A; 4XU3 A; 3JCM X; 3BDU A; 5GAN 4; 4M77 B; 5GAO m; 3RER A; 5GAO r; 1I81 A; 4EMH A; 4M7D F; 3HFN A; 3BFM A; 3RKY A; 4PJO G; 3QHS A; 3RES A; 5GAM h; 4PJO D; 1WQW A; 3QSU A; 5GAN e; 2E64 A; 5LJ5 d; 2EJG A; 2EAY A; 5GAO p; 4M78 G; 4XTW A; 4XTU A; 1JRI A; 4M75 A; 3RKX A; 4F7U G; 1I4K 1; 4XU0 A; 5GAN j; 1I5L A; 2DEQ A; 4C92 A; 5I21 A; 2DTH A; 4N0A A; 2DJZ A; 5GAN f; 4PJO C; 4M77 A; 3PGG A; 3GIB A; 4MMK A; 1HK9 A; 3QO3 A; 4PJO E; 5GAN 2; 4M78 C; 4J6W A; 3RUX A; 4J6Y A; 1KQ2 A; 3JB9 I; 5LJ3 f; 4F7U E; 4PNO A; 5LJ3 d; 1LJO A; 2VC8 A; 3FJP A; 4EMK C; 3BY7 A; 5GAO q; 3JB9 D; 4HT9 A; 3JB9 F; 3JCM f; 5DY9 A; 2DKG A; 3HFO A; 4X9D A; 3RIR A; 3JCM d; 4PJO B; 4M7D G; 4QVC A; 5LJ5 e; 2EWN A; 5GAN 6; 2I2L A; 4M7D D; 4M78 B; 3QUI A; 4RCB A; 5LJ5 j; 3JCM b; 4WF2 A; 1D3B B; 4M77 F; 4Y91 A; 2YLC A; 3JCM c; 4C8Q D; 4F7U B; 4C8Q F; 5LJ5 f; #chains in the Genus database with same CATH topology 2AK5 A; 2HQH A; 5KYW A; 1VQK Q; 2EKO A; 1WFW A; 4M7A F; 4J7I A; 3ZBD A; 4L5G A; 4EPC A; 5HCK A; 1YJW A; 1PD1 A; 4JLG A; 2XDD A; 2ZPF B; 2OJ2 A; 3VS2 A; 5CQX A; 2AKK A; 1IB8 A; 4KGX B; 2CZ1 B; 4XTX A; 1WZO A; 3M0T A; 5CKF A; 3ZEH A; 2YHT A; 5A0D A; 1UTI A; 2K5I A; 4HVV A; 1FWZ A; 1M1F A; 4M7D A; 3BDL A; 3H8Z A; 3PIP A; 1Q82 R; 4AFS C; 1VQ4 T; 4E7H A; 1LCK A; 1TUD A; 5D6W A; 2A7Y A; 4DEX A; 1IRE B; 3ASK A; 3JCM g; 3FC3 A; 3M0P A; 2FYK A; 3AHU A; 1F1B B; 3I55 A; 3G7Z A; 1NBE B; 5IHI A; 3REB B; 2DTI A; 4FT4 A; 1D0Z A; 4M77 E; 5FU7 C; 3SWN A; 2RHZ A; 4CC4 B; 1LNX A; 3G4S T; 4HCZ A; 1AZG B; 2RJF A; 3DKM A; 4HCC A; 1M27 C; 4OGC A; 5GMK h; 3EGD B; 5IN1 A; 2BIV A; 4AMC A; 1M2V B; 1SSH A; 2EJG A; 2KYB A; 1C6V X; 4M75 A; 3SHW A; 3P8H A; 3M55 A; 4HCK A; 1ZA2 B; 4CRI A; 1HK9 A; 4E7K A; 1ZUY A; 3NTK A; 2SRC A; 1VQ9 A; 3ME9 A; 4JDS A; 4AFU C; 1X69 A; 1NYF A; 4HT9 A; 3L2Q A; 4KH0 B; 2B86 A; 3QUI A; 3CMA A; 1D3B B; 2K4Y A; 1V1C A; 3NPF A; 3LW5 E; 2ZZD A; 3C12 A; 5ECA A; 1HXD A; 3GNF B; 3V8K A; 1RUW A; 5KYU B; 3FIF A; 1WHJ A; 1QKX A; 2NUP B; 3RDV A; 1H92 A; 4RTX A; 4IUU A; 2CGH A; 7AT1 B; 4C5H A; 2KRS A; 2RHX A; 4FT2 A; 4RTV A; 4LN2 A; 1ZBJ A; 2ZCF B; 2COY A; 2MCN A; 4C8Q C; 3G4S Q; 2COZ A; 1WXU A; 3N5B B; 1ZA1 B; 2EYX A; 3T9N A; 2XID A; 2LT4 A; 1WQ7 A; 1LPL A; 2JMA A; 4E47 A; 3M56 A; 4JUV A; 3V8L A; 3NGP A; 1RLQ C; 1I0C A; 3S6W A; 4BI3 A; 1X01 A; 2YRV A; 1NPP A; 2JZ2 A; 1ZQ1 A; 2FG0 A; 1UGQ B; 3CCU T; 4LNP A; 4GY5 A; 2V8K A; 1Q81 R; 2RI3 A; 4J9H A; 1V76 A; 4C92 B; 4XU3 A; 1QP3 A; 4RMO A; 1U5S A; 4EMH A; 3MHX A; 3OYD A; 1K8A R; 2DA9 A; 3QSU A; 2CUD A; 5CR2 A; 4XU0 A; 3TVT A; 4PJJ A; 5KH6 A; 2XIC A; 1T0H A; 1VQP A; 1VQ5 T; 1P92 A; 2RQW A; 1FX7 A; 2BZ8 A; 4EIK A; 2C0T A; 2WAC A; 4JJC A; 4EDU A; 3EH1 A; 3M0R A; 5GAO q; 2P0Q A; 2X9H A; 4PJO B; 1S1N A; 4M7D G; 4QVC A; 2K9G A; 2JUF A; 3G6E A; 4M7D D; 1MMD A; 3CD6 Q; 4OB1 B; 1T3L A; 2YWW A; 4BE2 A; 2QDY B; 2QYZ A; 4R56 A; 2FEI A; 1PC0 A; 2DXT A; 2QI2 A; 2MWP A; 3RKW A; 3QPH A; 4AG1 C; 4OMQ A; 1WNL A; 4OB3 B; 2YUO A; 1BI1 A; 4QW2 A; 1WHM A; 2RA2 A; 4E7L A; 3MO8 A; 2LX7 A; 1IHW A; 4FL6 A; 3R6O A; 2EGE A; 4NOY A; 1VQM A; 1Y96 A; 2DNU A; 1Z9Z A; 3REA B; 2PZ1 A; 2JMC A; 3CQT A; 3L2Z A; 1JXO A; 3L1A A; 2DE0 X; 3H0F A; 3SD4 A; 1YHQ Q; 1QP2 A; 1EIF A; 2CZ6 B; 4J6X A; 4M75 G; 3J81 E; 4E2F B; 3CBP A; 4M75 D; 1B34 B; 3OS0 A; 3DLL A; 1PCX A; 4FW2 A; 1UHF A; 1VQ5 Q; 4A53 A; 2RQV A; 2WSE E; 3VUB A; 2D8H A; 3EFS A; 3PFS A; 2O9V A; 3WXM B; 1QCN A; 4BI4 A; 2CS7 A; 1JB0 E; 2RF0 A; 3URG A; 1HJD A; 2DVJ A; 5KYN A; 3O8V A; 5IXB A; 3QYG B; 3CMA T; 3BDU A; 3CPW S; 1MND A; 2EYW A; 3CCJ Q; 1RAG B; 4XTU A; 3OW2 S; 1NJI C; 1Y07 A; 3LYI A; 3CME Q; 2DTH A; 3MP6 A; 2CKK A; 4BUG A; 2CP7 A; 1VQL T; 1QVG S; 4C0F A; 4J6Y A; 2MMP A; 4F7U E; 3OYY A; 2AKL A; 5A0G A; 2GCX A; 5M9O A; 4PFO A; 2RK1 A; 1X27 A; 1WXB A; 5GAN 6; 1MMN A; 2AHJ B; 3NTI A; 2DF6 A; 2COW A; 4FSX A; 2MOX A; 2Y90 A; 2A0F B; 2DIQ A; 3M53 A; 3CPW P; 2J06 A; 2HL3 A; 3CCV A; 4J9D A; 3LGF A; 3OYK A; 2D0N A; 3HSB A; 2WSF E; 1WYX A; 3OW2 P; 2P0P A; 2ZPH B; 2L3P A; 3JB9 G; 3CCR Q; 2XK0 A; 1KJW A; 2QTX A; 1QVG P; 3S3M A; 1D1C A; 1Q82 U; 2BTT A; 3OYC A; 4J9E A; 3D7S B; 3C94 A; 2DIG A; 2LQN A; 2QA4 A; 5IH2 A; 4RTT A; 1GCQ C; 1QWE A; 1TG0 A; 1YIT A; 5CVI A; 3S3O A; 2M0O A; 4M7A C; 2EPD A; 4MZM A; 1OI1 A; 2EIF A; 5J26 A; 1PHT A; 3G71 A; 4XU1 A; 3M0S A; 9ATC B; 4QKU A; 1N8R C; 2KGT A; 3EG9 B; 3TQ7 P; 4EMG A; 4C8Q A; 2EKH A; 3EFO B; 2CUB A; 1IZ6 A; 3A8M B; 4A4F A; 2CSI A; 1MUZ A; 3G6E T; 3OYM A; 1ABO A; 3FJ5 A; 2VB6 A; 3MP8 A; 4E7J A; 5GAO r; 3BFM A; 2RI5 A; 5LJ5 d; 3EG1 A; 2ZPB B; 4OVA A; 2DL8 A; 4PJN A; 4LDU A; 1PM3 A; 1UEB A; 1B3Q A; 4RTZ A; 2LTO A; 1NPR A; 3EG2 A; 3OYL A; 1YI2 T; 4K11 A; 5LJ5 j; 3VRZ A; 1SHG A; 4BD3 A; 1VQM T; 1JJ2 A; 2ROT A; 1PSF A; 1X6B A; 4R0K A; 1RAC B; 1FMV A; 2O4X A; 1UE9 A; 2PVO B; 5LJ3 e; 2F2V A; 2L0A A; 2QEX Q; 4Y28 E; 3LH5 A; 4BE0 A; 1RAB B; 2KK4 A; 1FMK A; 1JQQ A; 4M77 D; 1QVF P; 5IAY A; 1G8X A; 3CC7 Q; 2KRO A; 2PUO B; 1D0Y A; 1MGQ A; 4XU2 A; 4NL2 A; 5KCH A; 2DZC A; 2JM9 A; 5GAN 7; 1N9R A; 2J7I A; 4FU6 A; 3GBQ A; 2RQU A; 3UDC A; 1Z9Q A; 2AT1 B; 5GAO n; 3U23 A; 4ELZ C; 1MMG A; 5CK9 A; 1RAE B; 1ZLM A; 3GPL A; 2EQJ A; 3CCS T; 1KQS A; 2QQ9 A; 3OYJ A; 3HP9 A; 4D6W A; 4L59 A; 2DMO A; 4F7U F; 3OS5 A; 3CCL T; 2O9S A; 3HPW A; 2KQW A; 1ACM B; 4IUQ A; 4N4G A; 1YI2 Q; 4FIB A; 4MDX A; 2CZ0 B; 4HVU A; 4FYW B; 2XHC A; 2V8I A; 3CCQ A; 2A36 A; 3QHS A; 4E7Z A; 5GAN e; 2E64 A; 2OTJ Q; 4PK4 A; 3VKI A; 2V8J A; 4A4K A; 2KMT A; 3M54 A; 2RN8 A; 2V26 A; 2JVV A; 3RUX A; 3QKJ A; 1YCS B; 4HKE A; 5LJ3 f; 3CCM Q; 1TU0 B; 5KYW B; 1RI9 A; 3A8G B; 4RG2 A; 4LDW A; 3MCA B; 1YP5 A; 1YJ9 Q; 2QG9 B; 4FYV B; 2YSQ A; 2HSP A; 2DL3 A; 1H3Z A; 3VS7 A; 1YJN A; 1YIT T; 2KBT A; 4J7F A; 4MDW A; 2DZ9 A; 4J8O A; 3H0I A; 3MP1 A; 4KGV B; 5GAM d; 4DBQ A; 1FYN A; 2DXC A; 3VS1 A; 3OYN A; 2DL4 A; 2E10 A; 2JM8 A; 1BIB A; 4M7D B; 2FL7 A; 3I35 A; 4HXJ A; 3CCS Q; 3CCE Q; 1KK7 A; 1M3B A; 3OYF A; 2CH4 W; 4WTO B; 4JS4 A; 2E6Z A; 4VUB A; 4C8Q G; 1B07 A; 3M4G A; 2HCK A; 3Q1J A; 3CC4 A; 3CCL Q; 4B9W A; 4JJN K; 2DJQ A; 4DBH A; 2CP6 A; 2C06 A; 4QVZ A; 2VAS A; 2F5T X; 1MV3 A; 3M59 A; 1WJR A; 5GAM j; 3I56 A; 3UAT A; 1WJS A; 2RJD A; 2A3L A; 1OPK A; 1N6A A; 2BZY A; 4BDZ A; 4IUR A; 3CC2 T; 4F14 A; 3RNJ A; 4RCC A; 5HKC A; 3M4Y A; 1S72 T; 4Z02 A; 5CQY A; 3SWN B; 3MPU B; 4AFQ C; 3PVL A; 4ZGD B; 4M78 D; 5GAN 8; 2R58 A; 3HTR A; 1HYO A; 5GJW B; 1RAD B; 4M77 C; 5IHN A; 5HK3 A; 5C0M A; 2DX1 A; 2XDP A; 1GCQ A; 2VYT A; 4C92 E; 1YWO A; 4D8K A; 1UJY A; 3FRN A; 3HRT A; 5GMK i; 2VWF A; 4M7A A; 4MZT A; 1PG5 B; 4M75 B; 4YTL A; 2HQX A; 3OYB A; 2CDT A; 1KD1 C; 1HSQ A; 4ZNX A; 2NWM A; 4IIO A; 2E70 A; 2D1X A; 5D6Y A; 1IGU A; 1SKU B; 1I4K 1; 5CO7 A; 1IRX A; 5I21 A; 1NE8 A; 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3H0H A; 1WHH A; 2NUP A; 2LCS A; 1KQ1 A; 2JT4 A; 4ESR A; 4BB7 A; 1B7T A; 2K6D A; 1ZUK A; 3M0U A; 3I56 T; 1TOV A; 1KHI A; 3KUF A; 1SPK A; 2X51 A; 2JXB A; 4Z89 A; 2EFI A; 3WVE B; 1YJW T; 1IHV A; 2OX7 A; 2FRY A; 2GFU A; 1OEB A; 4PFZ A; 4Z88 A; 2F2X A; 5GAN h; 1QVP A; 2DPP B; 3RBB B; 3OYE A; 1Y96 B; 1CKA A; 1D1A A; 3VRY A; 4BY6 C; 4C92 F; 2XMF A; 5IT9 E; 1UGR B; 2VKN A; 3HRU A; 3LX7 A; 2O2O A; 2HQE A; 2OAW A; 4M7A G; 3PMT A; 4M7A D; 1OUL A; 3A98 A; 3GLX A; 2K3X A; 4FW1 A; 4QQD A; 2HBW A; 2KRN A; 1J3T A; 2EJ9 A; 3V7C A; 5GAO l; 1ZHI A; 1SRL A; 3VYH B; 1K73 C; 2D0Q B; 3PE0 A; 3UT1 A; 2E41 A; 2E3I A; 3QZ5 B; 4PJO F; 3I55 T; 1G3Y A; 2RNA A; 3L2V A; 2RMO A; 4V2S A; 3E1S A; 2DRM A; 3JCM V; 2CT3 A; 2BE7 D; 3A5Z B; 3CCU Q; 2VXF A; 1Y0M A; 1VQN A; 3EG0 A; 3DB3 A; 3L2R A; 1BI2 A; 5KYY A; 1M30 A; 1VQO A; 2R5A A; 3MJX A; 1ZSZ A; 1G3S A; 5FU7 B; 1AWW A; 4ME7 A; 1KG1 A; 3L2U A; 2CT4 A; 2DL5 A; 2AZS A; 2YUQ A; 1YJW Q; 4M77 A; 3GIB A; 4IUV A; 1VQ9 T; 1K73 U; 4J6W A; 1OX9 A; 1ABQ A; 4R55 A; 2L3S A; 3LGL A; 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