The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
RAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKKGKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA
|
| molecule tags |
Transcription
|
| total genus |
16
|
| structure length |
94
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| sequence length |
94
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| j | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5LJ5 j; 2EJG A; 4NL3 A; 4MML A; 3FB9 A; 2QTX A; 3JCM d; 3JCM P; 2EJF A; 3V8J A; 4M7A G; 1D3B A; 4EMK C; 2FYK A; 4J5Y A; 4HT8 A; 1LNX A; 4M78 F; 2DZ9 A; 4M7A A; 5GAN 7; 3VU3 C; 3SWN A; 4M7A E; 1Y96 A; 4M7A C; 5GAM e; 1LJO A; 3HFO A; 5GAN e; 3JB9 G; 1D3B B; 3BY7 A; 3SB2 A; 5LJ5 h; 4M7A D; 4JUV A; 2FB7 A; 4M77 G; 4DQ2 A; 5GAO m; 3V7C A; 5LJ3 j; 4F7U A; 4JRI A; 5LJ5 g; 2YLC A; 1JBM A; 3INZ A; 4XTX A; 3SWN B; 1Y96 B; 4M75 G; 4F7U E; 3EFS A; 2E10 A; 4M77 A; 3JCM J; 4XTY A; 4XU2 A; 3JB9 I; 4M77 E; 3M4G A; 2E41 A; 4MMK A; 3GIB A; 5LJ5 f; 2DXT A; 4N0A C; 4M75 C; 3JCM c; 4F7U B; 4QVC A; 2VXF A; 4M78 G; 4M77 B; 3AHU A; 4M75 D; 3BFM A; 5LJ3 h; 1KQ1 A; 3QUI A; 3L1A A; 5LJ3 d; 1X01 A; 2RA2 A; 4M75 F; 2EWN A; 4M78 A; 3JCM h; 4XTZ A; 3QO3 A; 4M78 E; 4M78 C; 5GAM j; 5LJ3 g; 4NOY A; 2RB6 A; 4QVD A; 4EMK A; 4JLI A; 3JCM g; 1H64 1; 4HA8 A; 4M78 D; 4Y91 A; 4C8Q F; 5GAN 5; 1WPY A; 2CGH A; 2DJZ A; 2EAY A; 5LJ3 f; 5GAO p; 5GAN 6; 3EFR A; 3JCM f; 4EMH A; 5GMK e; 4EMK B; 1B34 A; 4J6Y A; 2YHT A; 5GAM h; 3HSB A; 5GAM d; 4XU1 A; 5GAN d; 5GAO l; 2K57 A; 4M7A B; 3RKX A; 3JCM Q; 3RER A; 5GAM g; 5GAN g; 1N9S A; 1B34 B; 2EJ9 A; 5GAO q; 2E1H A; 3RUX A; 4N0A A; 4M75 A; 4C8Q G; 4C8Q C; 3JB9 H; 4M7D F; 4M75 E; 2DTO A; 3BW1 A; 5GAM f; 5GAO r; 3HFN A; 4PJO C; 4XU3 A; 4C8Q A; 1TH7 A; 3RKY A; 3L2Z A; 5GMK m; 4C8Q E; 4PJO D; 4M75 B; 1I5L A; 5GMK j; 4NL2 A; 2I2L A; 4X9C A; 1JRI A; 4PJO F; 4C8Q D; 5GAN j; 4C92 C; 4V2S A; 2HNI A; 2DKG A; 4C8Q B; 2DTH A; 4M78 B; 5GAN 8; 2DEQ A; 4XTU A; 4C92 F; 3QSU A; 5DY9 A; 4M7D G; 4J6X A; 5GAN 2; 2VC8 A; 3V7R A; 2JN0 A; 2DZC A; 4XQ3 A; 3JCM b; 1N9R A; 5GMK h; 1LOJ A; 4RCB A; 3V8K A; 5GAN h; 1I8F A; 4M7D A; 4M7D E; 4XU0 A; 3JCM V; 4M7D C; 4F7U F; 3JCM W; 1KQ2 A; 2E65 A; 4PJO G; 5I21 A; 1MGQ A; 2Y90 A; 4M7D D; 3RES A; 3BDU A; 2VXE A; 4PJO A; 3JB9 J; 2DTI A; 5GAN f; 4PJO E; 1I81 A; 1M5Q 1; 4RCC A; 4C92 G; 4PNO A; 1I4K 1; 3PGG A; 4XTW A; 2RM4 A; 5GMK i; 5GMK l; 4HT9 A; 3FIF A; 4C92 A; 4M7D B; 4PJO B; 1M8V A; 4C92 E; 3V8L A; 5LJ5 e; 1WNL A; 2E64 A; 3SWN C; 3QHS A; 4F7U G; 4C92 D; 2YLB A; 2DXU A; 3JCM X; 5LJ5 d; 2ZGW A; 2RD1 A; 4C92 B; 4M7A F; 5GAO n; 1BIA A; 5CAI A; 1BIB A; 1HK9 A; 5GAN 4; 4WF2 A; 2DVE A; 1U1T A; 3FJP A; 4M77 C; 4OP0 A; 3RIR A; 3JB9 D; 4A54 A; 4XTV A; 1U1S A; 3JB9 F; 4M77 D; 4J6W A; 4EMG A; 5GAN 3; 3RKW A; 4JRK A; 5LJ3 e; 1HXD A; 1WQ7 A; 3V7S A; 4M77 F; 3JCM e; 1WQW A; 4X9D A; 4A53 A; 1YCY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ZNX A; 1RI9 A; 2EJG A; 2ZPG B; 1OX8 A; 2DLP A; 3UA6 A; 2W10 A; 3CBP A; 1VA7 A; 3H8Z A; 1D0X A; 2A28 A; 2F5T X; 1V1C A; 2BTT A; 4DQ2 A; 2RI5 A; 3V7C A; 3EFS A; 2X4X A; 3CD6 Q; 4XTY A; 2G3R A; 3NFC A; 1I5O B; 2YT6 A; 2XKO C; 1QLY A; 4R55 A; 1KIK A; 3E19 A; 3DB3 A; 2L3R A; 4Y91 A; 5KCO A; 1M90 R; 3L2V A; 4M78 E; 1WLP B; 3OW2 S; 6AT1 B; 4EMH A; 3J80 E; 4RKU E; 2RQW A; 2YUO A; 1WHM A; 2DK3 A; 2EQU A; 1K9M C; 4DOW A; 1Q7Y C; 2KT8 A; 4PKC C; 3OYI A; 4LUD A; 5GAM f; 4BDZ A; 2COW A; 2KRN A; 3OW2 P; 4LXC A; 4XU3 A; 1WHG A; 2K9G A; 2K7A A; 3CCU Q; 2L3S A; 2DAQ A; 4JJB A; 4PJO F; 3OS1 A; 2A7Y A; 4ME7 A; 2E12 A; 2LP5 A; 3CCR T; 3EG9 A; 1VQ7 A; 3UWN A; 2VC8 A; 1R0C B; 4XQ3 A; 2RO0 A; 4EDU A; 1VQ5 A; 2KMT A; 4QQ6 A; 2E65 A; 2QXF A; 2XID A; 3MEU A; 5GAN f; 2MMP A; 2XD0 A; 4MDX A; 2L2P A; 3SFM A; 2XDP A; 4C0G A; 1GFC A; 1MNE A; 3EGU A; 2COZ A; 4KT0 E; 2OJ2 A; 4VUB A; 5AT1 B; 3CXC A; 2P4T A; 2FPE A; 2V8K A; 2DER A; 2IVW A; 3ER0 A; 3QBY A; 4J7F A; 4IUP A; 1QP3 A; 4LUE A; 1NG2 A; 2ZPI B; 2QDL A; 2LJ0 A; 3EG1 A; 3M4Y A; 3QJY A; 1ZSZ C; 1ZUK A; 2RQR A; 3M54 A; 4E7J A; 2GGR A; 1K9M R; 4HVV A; 1PCX A; 4EMK C; 1JB0 E; 2RI2 A; 3DKM A; 1Q7Y R; 4EIK A; 3G6E T; 4FL6 A; 2CDT A; 2M0O A; 1K73 C; 1KD1 C; 1J3T A; 4F7U A; 2DFU A; 3JB9 I; 1NJI C; 2DO3 A; 4RUG A; 2GFA A; 4GLK A; 4IIO A; 2HBW A; 3DLM A; 3M53 A; 4M75 D; 1N27 A; 1G8X A; 2YDL A; 3I35 A; 4L6V 5; 1WPY A; 4ZN1 A; 1AEY A; 2CGH A; 3MCA B; 2HBP A; 1JQQ A; 5GAN 6; 3JCM f; 5KYN A; 3CCR A; 1K1Z A; 4ZGD B; 2X35 A; 2NUP A; 4PFO A; 1XJW B; 3VKI A; 1X69 A; 1VQ7 Q; 3JB9 H; 3O5Z A; 1UFF A; 3J7A F; 2E6N A; 2HQX A; 1VQ5 Q; 4C8Q E; 2J05 A; 4E7L A; 2J6O A; 2DKG A; 3ZEH A; 1FXX A; 2I0N A; 2GQI A; 4NS5 A; 1KG1 A; 4RCB A; 2JXB A; 1I8F A; 4PJO G; 2M9U A; 1U8R A; 2RHY A; 2HL5 C; 1K73 R; 1I4K 1; 1JU5 C; 3FIF A; 1T0H A; 1SKU B; 3CMA Q; 2FRW A; 4PJO B; 3LH5 A; 2M02 A; 1NJI R; 2ATC B; 2AZV A; 3E9G A; 1WYX A; 1O9S A; 3SD4 A; 1KFZ A; 1BI1 A; 5CAI A; 3OYG A; 2ZAE A; 1NYG A; 2WSF E; 2ZPH B; 3CEY A; 3A5Z B; 4EMG A; 3VS2 A; 3QYH B; 3QZ9 B; 3MP6 A; 2QTX A; 2QQB A; 2OTJ T; 3V8J A; 2F5K A; 3M0U A; 4KGV B; 2DX1 A; 1TU0 B; 3HRT A; 1SSF A; 1VQ8 T; 4M77 A; 3VJP A; 4JJD A; 2BUD A; 1MV3 A; 3EFO B; 2X3W D; 1N5Z A; 1ZBJ A; 4XTZ A; 2LC4 A; 3PVL A; 3EGX B; 4Z89 A; 4QVD A; 2QEX Q; 4BB7 A; 1N8R R; 2KEA A; 5CCA A; 2AIR B; 3EHR A; 1IHV A; 3VS4 A; 3PFS A; 3ZFJ A; 4XU1 A; 5GAN d; 4M7A B; 5IHK A; 3VV0 A; 5GAM g; 4JS5 A; 4HCC A; 3LW5 E; 2DIL A; 1K8A C; 1NZ9 A; 5FRO A; 1MMA A; 3OS5 A; 4X9C A; 1C1A A; 4Z02 A; 2K3X A; 4J9I A; 1U5S A; 5GAN 8; 1M1K R; 1HYO A; 4M7D A; 3THK A; 2CP2 A; 3A8G B; 2FPF A; 2CP0 A; 3X28 B; 4II1 A; 1R8O B; 2VXE A; 3EGD B; 3JB9 J; 2DL3 A; 5A2Q E; 1M5Q 1; 1X2K A; 2WSE E; 3FDR A; 2OTJ A; 3CPF A; 5IH2 A; 2D6F A; 4OB1 B; 5FWB A; 5AYF A; 5LJ5 e; 1M3C A; 2EYQ A; 2PVO B; 5IHI A; 2RD1 A; 4DEY A; 2QG9 B; 2M0Y A; 5GAN 4; 5CKD A; 3RIR A; 1VQ8 A; 3CC2 T; 2CT4 A; 1VQL A; 3V7S A; 4RTW A; 4OMQ A; 3NPF A; 5CIU A; 3NTI A; 3KBG A; 3JCM d; 3M0Q A; 2FYK A; 4PFZ A; 5EG2 A; 1WDX A; 2YUQ A; 4M7A E; 1NPP A; 2CZ1 B; 4HCK A; 5LJ5 h; 1K8A R; 2KT1 A; 2FB7 A; 2AZS A; 4Q5W A; 1BB9 A; 1ABO A; 5A0L A; 2GNC A; 2KYM A; 4LNP A; 1PSE A; 1DJ7 B; 1B07 A; 4ZTF A; 1D0Y A; 3QO3 A; 4E7S A; 4HCB A; 3P8D A; 4CC7 A; 4EMK A; 3JCM g; 5D6X A; 4M78 D; 1NEG A; 1D09 B; 3OYN A; 5GAO p; 4OMN A; 2DD5 A; 3UA7 A; 2D9T A; 5KH6 A; 1AZE A; 2X3X D; 2K57 A; 3OYH A; 3CCV Q; 4AFQ C; 3LX7 A; 3VUB A; 1HD3 A; 4M75 E; 2RK1 A; 1TH7 A; 4AFS C; 1HJD A; 3PVQ A; 1T3S A; 2KVQ G; 2KK4 A; 1RL2 A; 3R6O A; 2AHJ B; 3TU4 K; 2EW3 A; 3CCL T; 2OTJ Q; 2A36 A; 3ME9 A; 1CKA A; 3JCM b; 1PKS A; 3CC7 T; 3DLL A; 2DRM A; 2EGC A; 2L8D A; 3EG9 B; 2HEQ A; 2EVR A; 2JW4 A; 2RJD A; 1YIT T; 2OX7 A; 3CC2 A; 1QKW A; 3OBY A; 3GPL A; 2LQW A; 1ABQ A; 2WAC A; 2L3P A; 2XI9 A; 3PGG A; 4J9G A; 5GMK i; 1VQ8 Q; 4D8D A; 2PUK B; 2XK0 A; 1VQL Q; 2ENM A; 1IGU A; 3LWI A; 3S3M A; 2JVV A; 4BI4 A; 4RTV A; 4EPC A; 5FRN A; 2YRC A; 2CT3 A; 1H3H A; 1WHH A; 4M77 F; 2EQM A; 4C5G A; 2RQV A; 2PTK A; 2EJF A; 4OMP A; 1Q86 R; 4HT8 A; 1ACM B; 1FX7 A; 1X2Q A; 2ZCF B; 1QKX A; 4KH1 B; 2NLU A; 1YI2 A; 3WVE B; 1YJW Q; 3ZL7 C; 3NTK A; 2RQU A; 1WHJ A; 1MMD A; 2JNG A; 3P8B B; 2YRD A; 4F7U B; 3A8L B; 3MHX A; 1GBQ A; 2VXF A; 3TSW A; 1WXB A; 4QKU A; 1VQK Q; 3H6Z A; 4E7I A; 3I5S A; 5LJ3 d; 2O9S A; 1K0S A; 4O5V A; 2YXY A; 2BKD N; 2JMC A; 2NYS A; 2LJ3 A; 2DJZ A; 1WJR A; 1WA7 A; 1GXI E; 1B34 A; 2KRO A; 3CCL A; 1W70 A; 1BK2 A; 3S6W A; 4ZTJ A; 3CC7 A; 3QWY A; 2DM1 A; 3X24 B; 1KC8 C; 1YIT A; 4IUV A; 4M7D F; 1FMW A; 2NUP B; 2K5F A; 2C06 A; 1UEC A; 1Z9Z A; 4BE2 A; 1RAG B; 4C8Q D; 2EYY A; 4C5I A; 2CSI A; 2DNU A; 3CC2 Q; 3VS1 A; 2DBM A; 1RLQ C; 4OGC A; 3OA6 A; 3RMS A; 2DEQ A; 4BY6 C; 1ZA2 B; 1FMV A; 3EHQ A; 2X4J A; 3FC3 A; 4PJM A; 1VQO Q; 1TWB A; 2CSQ A; 2WSC E; 5CR2 A; 2LZ6 B; 2R57 A; 1UB4 A; 5I2S A; 4OB2 B; 4PLL A; 3H0I A; 2K4Y A; 1VQ6 T; 1UHF A; 2JS2 A; 3UDC A; 5J3B A; 1C0M A; 1GRI A; 2X9H A; 4ESR A; 4AFU C; 5IT9 E; 4OP0 A; 2AK5 A; 2BE9 B; 3JB9 F; 1SF9 A; 2LCS A; 3E1S A; 2YUN A; 1OX9 A; 4X34 A; 3UAT A; 1YI2 Q; 2OTL T; 1WHL A; 3MKD A; 2V1R A; 4LN2 A; 4IUQ A; 1H92 A; 3CCE Q; 4E7K A; 3VUZ A; 2XMF A; 3HL8 A; 3Q1J A; 2PZ1 A; 1SPK A; 1KC8 R; 3X26 B; 4M77 G; 2ZZD A; 5LJ3 j; 3PIO A; 2DEU A; 1X6B A; 2V8J A; 2CZ6 B; 4JDS A; 5LJ5 f; 4C0D B; 3CCL Q; 2DIQ A; 1VYU A; 4M77 B; 2RHZ A; 5FLX E; 3CC7 Q; 4FT2 A; 2EWN A; 4J9D A; 3A8O B; 1ZLM A; 3OQ5 A; 3OYA A; 2LT1 A; 1YIT Q; 1RAI B; 2HSP A; 3WVD B; 2D8J A; 2CS7 A; 4AMC A; 1W2B S; 1QWF A; 1KHI A; 2CP3 A; 3G4S A; 5DM7 R; 5GAO q; 1QCN A; 3PMI A; 4QT7 A; 4A63 B; 5KYW A; 2F2W A; 4OGE A; 2M1H A; 1AHJ B; 4YTL A; 3NMZ C; 4PJO D; 5C0M A; 5GMK j; 1VQ6 A; 4OMM A; 3CC4 T; 1W2B P; 1W4S A; 4M7D G; 4J6X A; 2L0A A; 1PHT A; 2CP6 A; 2RJF A; 3S3O A; 4M7D C; 3JCM V; 5L23 A; 3GNG A; 4MDW A; 2EGE A; 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1UDL A; 4FSX A; 1PD0 A; 4J9B A; 1I81 A; 1VQN A; 2JUF A; 4CRI A; 2EYX A; 3CME T; 2BZ8 A; 2EKH A; 3PTA A; 4JRQ A; 5LJ5 d; 3X25 B; 2ROT A; 3C0C A; 4C5E A; 2FZC B; 2XG8 D; 2DYI A; 3REA B; 3EG2 A; 3PMT A; 5CVI A; 1VQM T; 3FJ5 A; 5GAN 3; 1E6H A; 3J81 E; 2QAS A; 4LDW A; 1QMC A; 1KD1 R; 1PRL C; 1BI2 A; 2KRS A; 5FU7 C; 2NUT A; 1TTH B; 2ED1 A; 1YWP A; 1KSW A; 2VUB A; 1S72 T; 3OMG A; 2MWP A; 2BIV A; 2FO0 A; 3G6E A; 4ZGE B; 5LJ5 g; 4XTX A; 3HKS A; 4LDY A; 3CC4 Q; 1PD1 A; 3E9F A; 1D1C A; 4RTZ A; 1BYM A; 5KE3 A; 3JCM c; 5KE2 A; 1VYV A; 1YJN A; 3BFM A; 1YHQ T; 3I56 T; 3OBW A; 2RA2 A; 4M78 A; 2QQ9 A; 2VV5 A; 2J6K A; 1H64 1; 2MCN A; 5IXB A; 1AT1 B; 1GCQ C; 3G71 T; 2D0Q B; 1M2O A; 4J6Y A; 2OAW A; 5GAM d; 2VKN A; 3RKX A; 3RER A; 2C0I A; 1D1A A; 2GF7 A; 2RHI A; 5IN1 A; 5I11 A; 4R56 A; 2DL7 A; 1B34 B; 2EJ9 A; 1IXD A; 2KAF A; 2HL3 A; 3QWX X; 3CCR Q; 3GF5 A; 1FMK A; 3RKY A; 5GMK m; 5FU6 C; 1LPL A; 3OY9 A; 3RMQ A; 4AT1 B; 3OYB A; 2JZ2 A; 8AT1 B; 2YWW A; 2VYT A; 1QW1 A; 3CME A; 3REB B; 4XK8 E; 2V8I A; 2OAU A; 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