The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
NGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKNAPLFK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
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| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
9
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| n | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DEQ A; 3INZ A; 4XU0 A; 5GAN 6; 3JCM Q; 3JB9 H; 4V2S A; 2VXE A; 3SWN A; 5CAI A; 4XTV A; 2CGH A; 4C92 F; 3FJP A; 4M78 F; 4OP0 A; 2FB7 A; 2K57 A; 3RKW A; 2VC8 A; 1Y96 B; 3GIB A; 5GAN f; 3SB2 A; 4C92 B; 1I81 A; 2E10 A; 4M78 B; 3RES A; 5GAM f; 4XTZ A; 1B34 A; 4XQ3 A; 4M7A C; 4M75 D; 1TH7 A; 4M77 C; 3JCM f; 4M7A A; 4M7A E; 1M5Q 1; 4EMH A; 4M77 E; 1I8F A; 4JRK A; 3RIR A; 4F7U A; 2DJZ A; 4F7U E; 3JB9 F; 1N9S A; 4C8Q D; 2DTH A; 5GAO l; 5GMK m; 4PJO D; 2RD1 A; 3V8J A; 5GMK j; 1LNX A; 1WQ7 A; 4M7A F; 4M77 F; 5I21 A; 4XU1 A; 5GAM g; 3JCM P; 2I2L A; 4A53 A; 4F7U F; 4JLI A; 3M4G A; 3JCM X; 3HSB A; 4DQ2 A; 1LJO A; 2EJF A; 4J5Y A; 2E1H A; 4M7D B; 1D3B A; 4M7A B; 3SWN C; 2DZ9 A; 3QHS A; 4M77 B; 5GAM d; 4XTX A; 4JUV A; 4F7U B; 3QO3 A; 3PGG A; 2VXF A; 3JCM c; 2DZC A; 1KQ1 A; 5LJ3 j; 5LJ3 g; 5GMK e; 3EFR A; 4C92 D; 1HXD A; 5GMK h; 4M78 D; 3QUI A; 1M8V A; 2DTI A; 5GAM e; 5LJ3 d; 3BW1 A; 4M7D F; 1D3B B; 2Y90 A; 3BDU A; 4XTU A; 3BY7 A; 1U1T A; 5LJ5 f; 3V7C A; 3SWN B; 4Y91 A; 3V8L A; 4NL3 A; 3HFO A; 5GMK l; 4JRI A; 4M75 A; 2EAY A; 2RA2 A; 1KQ2 A; 1BIA A; 1JRI A; 4M75 E; 3FIF A; 3VU3 C; 1I5L A; 5GAN g; 3JB9 D; 5GAN j; 2YLC A; 5DY9 A; 2DVE A; 4M75 G; 5LJ3 e; 4C8Q C; 5GAM j; 4PNO A; 4EMK A; 5LJ3 h; 3JCM W; 1B34 B; 3HFN A; 4C8Q A; 5GAO p; 2JN0 A; 4C8Q E; 3JCM g; 5GAN d; 1WQW A; 1JBM A; 4M7D D; 2DXT A; 3BFM A; 1YCY A; 4J6Y A; 4M77 D; 4C8Q G; 4PJO G; 3QSU A; 3JCM d; 5GAO r; 4HT8 A; 5GAN 5; 5GAO q; 3RER A; 4WF2 A; 4C8Q F; 4XTY A; 4XU3 A; 4MML A; 3RKY A; 1H64 1; 2RM4 A; 2ZGW A; 5GAN e; 1I4K 1; 1WPY A; 2QTX A; 4HA8 A; 3V7R A; 1HK9 A; 5GAN h; 4RCB A; 5GAM h; 4NOY A; 4A54 A; 4EMG A; 1BIB A; 4N0A C; 1Y96 A; 3JCM e; 4N0A A; 3JCM h; 3V7S A; 4C92 A; 3EFS A; 4M78 A; 2EJG A; 4M75 C; 4X9D A; 3RUX A; 3JB9 J; 5GAN 3; 4QVD A; 4C92 G; 4XTW A; 5GAN 4; 4M78 G; 4X9C A; 5GMK i; 1N9R A; 4EMK C; 4J6W A; 4HT9 A; 3JCM b; 4PJO C; 4RCC A; 3AHU A; 2DTO A; 3V8K A; 5GAN 7; 4PJO A; 4PJO E; 5LJ5 g; 1WNL A; 4M75 F; 5LJ5 j; 4M7A D; 2RB6 A; 4QVC A; 2YLB A; 4J6X A; 2E65 A; 2DXU A; 2EWN A; 3JCM V; 5LJ5 d; 3JB9 G; 2E64 A; 4M75 B; 4M7D C; 4PJO F; 2E41 A; 3L1A A; 5GAN 2; 4M7D A; 2EJ9 A; 3RKX A; 4M7D E; 1MGQ A; 4M77 A; 1U1S A; 5GAO n; 4M7D G; 4EMK B; 4M7A G; 1LOJ A; 4C8Q B; 4NL2 A; 4M77 G; 2DKG A; 5GAN 8; 4PJO B; 3JB9 I; 4F7U G; 5GAO m; 1X01 A; 4C92 C; 4MMK A; 3FB9 A; 2HNI A; 2YHT A; 4M78 C; 5LJ3 f; 5LJ5 e; 3JCM J; 5LJ5 h; 4C92 E; 4M78 E; 4XU2 A; 2FYK A; 3L2Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BE1 A; 4XU0 A; 2MMP A; 2XI9 A; 3SEM A; 1H3Z A; 6AT1 B; 2RHY A; 3M59 A; 2E10 A; 1PSE A; 2FZG B; 4KUL A; 4F7U E; 3MO8 A; 3A5Z B; 1RUW A; 1VQ8 T; 3M0R A; 3M4Y A; 2K5L A; 3I55 T; 3QPH A; 2E70 A; 3JCM X; 5LL6 S; 1G3T A; 5KYU A; 3QZ9 B; 4F7U B; 4HXJ A; 1B07 A; 4RUG A; 1GCQ A; 2BKD N; 1I07 A; 2DIL A; 1TG0 A; 2ZPF B; 1N5Z A; 1YJ9 Q; 2QEX A; 1VQO A; 1AHJ B; 1SSF A; 3G6E T; 1NLP C; 4ANJ A; 5GAN g; 2MK5 A; 1A0N B; 2JUF A; 5KCH A; 1NYF A; 1Z9Q A; 1M27 C; 3CPW A; 1LVK A; 5GAO q; 5IN1 A; 3EFO B; 1UTI A; 1VIE A; 5CO7 A; 3OYD A; 3M0P A; 2CZ6 B; 2RO0 A; 1TUD A; 4LUD A; 2HAX A; 1TTH B; 1Y96 A; 1S72 T; 4C92 G; 3E1S A; 3QZ5 B; 3EG1 A; 4J6W A; 2A37 A; 3CXC A; 3L2Q A; 2BZX A; 2HCK A; 3DB4 A; 3CCJ Q; 3GPL A; 4M75 F; 3QII A; 2RB6 A; 2H3E B; 2ECZ A; 2P0P A; 2DXU A; 1Q82 C; 2EWN A; 1SEM A; 3JB9 G; 4PJO F; 3NTK A; 2E3I A; 1K9M U; 4UC4 A; 1QCF A; 3JB9 I; 3H0H A; 1M1K C; 2JW4 A; 1MV0 B; 4M4Z A; 2BTT A; 3G4S A; 4F17 A; 5CAI A; 1KC8 C; 1E7O A; 1VQ5 Q; 3PIO A; 2K57 A; 2ZPE B; 3DLM A; 4F14 A; 3E9F A; 3TVT A; 4LDV A; 4M7A A; 1KJW A; 3CD6 Q; 4JRK A; 1JQQ A; 2KDS A; 2LCL A; 1NM7 A; 2JXB A; 1ARK A; 1SRL A; 4CRI A; 1M4Z A; 4C92 D; 2DK3 A; 1K76 A; 2P4T A; 1M8V A; 1WXB A; 4N4H A; 1WGS A; 4J83 A; 1XQH A; 2K3Y A; 2FO0 A; 3PMT A; 4AMC A; 2RQU A; 1YIJ Q; 3EH1 A; 1YJW T; 2KYB A; 4HVW A; 1BI0 A; 2RH2 A; 1QMC A; 4JZ3 A; 3JB9 D; 2M0O A; 3CCU A; 4C5G A; 3I56 Q; 3CCU T; 4C8Q G; 5D6Y A; 2JM9 A; 3JCM d; 4AG2 C; 3FJ5 A; 2HQH A; 1IRX A; 3TEE A; 4DOV A; 4HA8 A; 1VQ7 A; 2LQN A; 4FSS A; 1IGU A; 1M1G A; 2DM1 A; 3CME T; 4QW2 A; 5J39 A; 2C0I A; 2KE9 A; 3NFC A; 4XTW A; 3PIP A; 1PWT A; 2C0O A; 3QJ6 A; 3MEA A; 4EMK C; 4E7I A; 1VQ4 A; 1WIE A; 1AEY A; 1OOT A; 2WAC A; 2D9T A; 1M2V A; 2KRN A; 3CBO A; 2ROL A; 1LOJ A; 1X6O A; 4M77 G; 1UGP B; 2DL7 A; 1M90 R; 1VQ6 A; 2CZ1 B; 1AVZ C; 3M9Q A; 2FEI A; 1ACM B; 4OB2 B; 3WVD B; 2NUP A; 4E7S A; 1NZ9 A; 2FB7 A; 3LWI A; 1O75 A; 2QGF B; 1AWX A; 3SHW A; 4E7H A; 3RBB B; 4A4E A; 2VV5 A; 2RMO A; 1QKX A; 1TH7 A; 4M7A E; 1JJ2 P; 3CCM Q; 1SHG A; 1NPP A; 4C8Q D; 1YBY A; 5KE3 A; 5D6X A; 3QDR B; 2A7Y A; 4B9W A; 4A53 A; 3M4G A; 1D0X A; 4J5Y A; 2FL7 A; 2YWW A; 4M7D B; 4M7A B; 1W4S A; 5GAM d; 5I11 A; 2QK0 A; 3UDC A; 1UEC A; 1AWO A; 1YI2 A; 2VGN A; 4ATO A; 2QEX Q; 3CBM A; 4OF1 A; 5L8R E; 2L0A A; 4DOW A; 2P0Q A; 2RI5 A; 3CQT A; 5A2Q E; 3M54 A; 4X1V A; 3SWN B; 2CKK A; 3FEO A; 4HCZ A; 2R57 A; 3V8L A; 1K9A A; 1WHG A; 4M75 A; 2O4X B; 4GBQ A; 5LJ3 e; 3HFN A; 5IAY A; 1JBM A; 2DXT A; 4J6Y A; 4M77 D; 2RQT A; 2FZC B; 1B3Q A; 4ZTF A; 2GCX A; 1H3H A; 4WF2 A; 5FU7 B; 3EHQ A; 4XU3 A; 4HKE A; 3QWY A; 2HQX A; 2QA4 T; 8ATC B; 3H8Z A; 4QVZ A; 1D1B A; 3BE3 A; 1XTD A; 2HKQ B; 1RAC B; 1K8A R; 1MNE A; 5GMK i; 5CKF A; 1VQP T; 3TQ7 P; 2ZPG B; 3CMA A; 1UG1 A; 4DEY A; 1Q7Y C; 4AFS C; 4M7D C; 2D1X A; 1OV3 A; 2WSC E; 4KH1 B; 1H92 A; 1OPL A; 1OI1 A; 1BKB A; 1X01 A; 3LWH A; 3G4S Q; 3HKS A; 3VUZ A; 5GAN 6; 3JB9 H; 1VIF A; 4RTX A; 5I22 A; 4J9C A; 2KRO A; 1T0H A; 4B9X A; 4WCI A; 2VC8 A; 1I81 A; 1WA7 A; 1QCO A; 1VQ9 T; 3CC4 A; 1B34 A; 2BUD A; 1BYM A; 3ZBD A; 1JJ2 S; 5IH2 A; 2KMT A; 4IIM A; 5GMK j; 3OY9 A; 1ZQ1 A; 1CSK A; 4Z89 A; 2L3P A; 4JLI A; 1LJO A; 2DZ9 A; 5KYX B; 2E5K A; 4OMQ A; 2AZS A; 3JCM c; 1X2Q A; 2DVJ A; 2RHI A; 5FU6 C; 5M9O A; 2DLP A; 4MZT A; 4PLL A; 4JLG A; 3S3M A; 3A8O B; 1FMV A; 2HZY A; 3ZEH A; 2EAY A; 2LT4 A; 3X28 B; 1JRI A; 4M75 E; 4BUG A; 2AKK A; 4PNO A; 2E5Q A; 1QWE A; 3HP9 A; 1IO6 A; 4RKU E; 1Q86 U; 1FMW A; 2QQS A; 1NEB A; 1VQ7 Q; 1UGR B; 3M0T A; 1N8R U; 2RJF A; 2LCC A; 1G2B A; 3L2U A; 3VYG A; 1YJ9 A; 3V7S A; 2HDA A; 4QVD A; 3OYB A; 4LN2 A; 1IZ6 A; 2EVR A; 3JCM b; 1VQ4 Q; 2VWF A; 1R0B G; 2DTO A; 3V8K A; 3LLR A; 2B86 A; 1Q95 G; 4OGE A; 3PE0 A; 5J26 A; 3S3N A; 3ER0 A; 2GTJ A; 3VV0 A; 1K9M R; 2GFA A; 3QXE B; 3OS1 A; 1NPR A; 5HY6 A; 5LJ3 f; 3JCM J; 2DA9 A; 2X4J A; 4C92 E; 2YUO A; 3REA B; 2RJE A; 2PTK A; 3OMG A; 4V2S A; 4KRT A; 3I35 A; 3EAE A; 4BDY A; 4C92 B; 1VYV A; 3UWN A; 1M3A A; 2RQV A; 4X34 A; 2DXC A; 1D0Z A; 2DER A; 2LQK A; 4VUB A; 2AT1 B; 3CCJ T; 2BE7 D; 5GJW B; 2COY A; 4D6W A; 1WQ7 A; 4XU1 A; 4JZ4 A; 3OS0 A; 3HHT B; 2WSF E; 4DQ2 A; 3NHN A; 1K4U S; 1GRI A; 1YI2 Q; 2QG9 B; 2K6D A; 2H3J A; 3M55 A; 3TSZ A; 4PJM A; 1ZX6 A; 2KR3 A; 3QUI A; 2K79 A; 5EC7 A; 1U1T A; 2P4R A; 1VQ5 T; 2VKN A; 1SRM A; 1QVF A; 2X4X A; 4NL3 A; 2JS0 A; 2SEM A; 3M53 A; 2MIO A; 2CP5 A; 5LJ3 h; 1GBR A; 3CD6 T; 3FLG A; 4AG1 C; 1YCY A; 4JJD A; 1MMA A; 3QG1 A; 1UHF A; 3RER A; 2ZPB B; 4Z88 A; 4OMN A; 2PZ1 A; 2COW A; 4RCB A; 2XD0 A; 4LDY A; 4BDZ A; 4QKU A; 5GAN 4; 3SDZ A; 3CMA Q; 3KBG A; 2LP5 A; 1YIJ T; 5LJ5 j; 4M7A D; 4PJJ A; 4PL6 A; 4C0Z A; 3I56 A; 1MGQ A; 3OW2 P; 2DL5 A; 1D09 B; 3I56 T; 4DEX A; 4C8Q B; 1EZZ B; 2LCS A; 2EQI A; 2WSE E; 1RAE B; 4M7D F; 4MMK A; 2DYB A; 4M78 C; 3CCE T; 2OTJ A; 2FPE A; 2EYW A; 5CKD A; 3MP1 A; 1LPL A; 2CH4 W; 4OB0 B; 3CPF A; 5KE2 A; 1ABO A; 2W0Z A; 3CC4 Q; 3HRS A; 3VS1 A; 3PTA A; 3C4S A; 2JMA A; 5J3B A; 2DJQ A; 1OPK A; 1Q82 U; 4HCB A; 2QAZ A; 4M77 E; 3RIR A; 2DRK A; 4DBF A; 2LJ1 A; 2OAW A; 5IHI A; 2DYI A; 1QQJ A; 2I2L A; 1M1K U; 2JTM A; 5IT9 E; 1X6G A; 4M77 B; 1GFD A; 4PJN A; 4XTX A; 1GCP A; 4E6R A; 2JM8 A; 2QDL A; 2ZPI B; 3X25 B; 4RTZ A; 1KC8 U; 2GTO A; 3MEV A; 2RI2 A; 4L6V 5; 1OYX A; 1T3S A; 3BDU A; 2YRD A; 2F2W A; 3VS2 A; 3EGU A; 2DNU A; 2D8J A; 3CPW P; 3CCM A; 1VUB A; 4OMM A; 4M75 G; 5GAM j; 2MCN A; 1V1C A; 4C8Q C; 4EMK A; 3JCM W; 3VYH B; 4PLI A; 2LNH B; 4JS4 A; 5CQY A; 4PJO G; 2DFU A; 5GAO r; 3VRY A; 2LQ8 A; 2L3S A; 1OU9 A; 1UGS B; 2A36 A; 1EFN A; 3OYN A; 2EKH A; 2RK2 A; 3JCM e; 3CXC P; 2LJ0 A; 2QEX T; 1VQO T; 2EQM A; 1JO8 A; 2LVM A; 1NJI C; 2LZ6 B; 5GJV B; 4RCC A; 3GF5 A; 5A0G A; 1Q81 U; 5A0L A; 3EH2 A; 3UPU A; 3JCM V; 1WYX A; 3NMZ C; 4BE2 A; 1U1S A; 1UFF A; 3H0I A; 4IUT A; 1BK2 A; 3ASK A; 1M2O A; 1NEG A; 2QAS A; 1TUG B; 1M9S A; 2YDL A; 5HKC A; 2VYT A; 3JSC A; 4B6M A; 1OEB A; 2KY9 A; 2R5M A; 1V76 A; 4XTV A; 2CGH A; 4ZTJ A; 2DIG A; 2KXD A; 2DD5 A; 4PFO A; 4LD9 K; 1K8A C; 4ELY C; 3CCV A; 2X4W A; 2RQW A; 4XQ3 A; 4M75 D; 2D0Q B; 2M02 A; 1WHJ A; 1M5Q 1; 1X75 C; 1YHQ Q; 2HBP A; 2V1R A; 2DTH A; 3CCQ Q; 4PJO D; 4ZN3 A; 1CKA A; 2BZ8 A; 2PU9 B; 2EJF A; 1D3B A; 4C0F A; 4FCY A; 1KD1 C; 3G71 A; 2MYS A; 3G4S T; 1KG1 A; 1B7T A; 5LJ3 g; 4HVU A; 5GAM e; 2XG8 D; 4LE9 A; 4OGC A; 1X6B A; 3BDL A; 3I9Q A; 4GY5 A; 3CPW S; 1AZE A; 2CSI A; 4OMP A; 5GAN j; 3UAT A; 3HTR A; 1BB9 A; 2O31 A; 1OUL A; 5FRM A; 2KBT A; 1NYG A; 2CP2 A; 2QYZ A; 1VA7 A; 4MDX A; 1TU0 B; 2F2X A; 4L59 A; 3RMS A; 2DD4 A; 1BIB A; 1D1A A; 3CXC S; 8AT1 B; 1N8R R; 5KYU B; 2BZY A; 2X51 A; 2YUN A; 2KRM A; 1RI0 A; 1W6X A; 3PT9 A; 3Q1J A; 3NTH A; 3H9N A; 5CKB A; 5LJ5 d; 1OX8 A; 2EJ9 A; 4C5H A; 2OTJ Q; 2DKG A; 1PRL C; 2E4H A; 3MPU B; 2XU8 A; 2V8I A; 1YIT A; 2HNI A; 1VQ7 T; 3EG9 A; 2RQR A; 3JCM Q; 1K73 C; 3CC2 Q; 2FG0 A; 3KXT A; 3KFV A; 1VQN Q; 3FJP A; 4M78 F; 3X24 B; 1AOJ A; 3RKW A; 3HPW A; 4CI0 C; 1Y96 B; 1UGV A; 1QKW A; 1G8X A; 3I5S A; 2K2M A; 1XOV A; 1VQ4 T; 3JCM f; 1Q7Y U; 4AFU C; 1WHH A; 1M30 A; 1KQS A; 3S3O A; 3LH0 A; 4RG8 A; 1ABQ A; 1VQ6 T; 2RHX A; 4JUV A; 3LW5 E; 4HVV A; 4HCK A; 1VQK A; 1WX6 A; 1YJN Q; 2P84 A; 1KQ1 A; 3PVQ A; 2CT3 A; 2J6F A; 3C95 A; 5D6W A; 1D3B B; 4RTU A; 2IPO B; 4XTU A; 2QTV A; 2YXY A; 2LDM A; 2DBM A; 4Y91 A; 3OYK A; 5GMK l; 2ROT A; 1I0C A; 4FW2 A; 4FYW B; 1IGQ A; 2JOY A; 1VQL Q; 3URG A; 3VS5 A; 3M5A A; 4J9I A; 1YCS B; 4RTW A; 2ZCF B; 4KGZ B; 2RJD A; 3PNW C; 3C94 A; 4HT8 A; 4C8Q F; 2NUT A; 1RAG B; 2EFI A; 1FYN A; 1W2B A; 1H64 1; 1E6H A; 1YI2 T; 2SRC A; 5KYY A; 2LTO A; 1FWZ A; 2CP0 A; 3JCM h; 4X9D A; 2EGC A; 2EYY A; 3C0C A; 5IXB A; 1RAB B; 2W10 A; 4PJO A; 2JNG A; 2DXB A; 1RAI B; 3G6E Q; 3QYG B; 4QVC A; 1AT1 B; 2K5I A; 2E41 A; 2O01 E; 3R6O A; 1KFZ A; 2XHC A; 5HK3 A; 2XDD A; 2PNI A; 1WHM A; 2HSP A; 2E3H A; 5FLX E; 1TSF A; 2DET A; 1T3L A; 2M9U A; 1JJ2 A; 2ED1 A; 1WXU A; 1WZO A; 3T9N A; 2VXE A; 3JAM E; 1OU8 A; 2E6N A; 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