The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
83
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structure length |
76
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Chain Sequence |
MVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSAKGTPLGKILLKGDNITLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
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| total genus |
8
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| structure length |
76
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| sequence length |
83
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| p | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RB6 A; 4J5Y A; 4F7U F; 4DQ2 A; 5GAM e; 2ZGW A; 4M77 C; 2EWN A; 4M7A E; 4Y91 A; 5GAN e; 4PNO A; 4M7A G; 4M78 B; 1MGQ A; 2EJF A; 3FJP A; 3V8K A; 5GAN 5; 5GAN 4; 2E41 A; 4NOY A; 4XU0 A; 4C92 A; 4J6W A; 4RCB A; 5LJ5 e; 2YLB A; 1U1S A; 2DTI A; 4HT8 A; 3BFM A; 2VC8 A; 1TH7 A; 1WQW A; 4M7A C; 4F7U E; 4M75 F; 4F7U G; 5I21 A; 4M75 D; 4HT9 A; 5GAM d; 4JRI A; 3JCM g; 4C92 E; 3EFS A; 4NL2 A; 4MML A; 2DEQ A; 2RM4 A; 2DTO A; 5LJ3 f; 3JCM h; 3JCM Q; 2DXU A; 3V7S A; 3QSU A; 4C8Q F; 1N9S A; 3RIR A; 4HA8 A; 5DY9 A; 2DXT A; 5LJ3 e; 2RA2 A; 4C92 C; 4M75 G; 2Y90 A; 4C8Q A; 2YLC A; 3HFO A; 5GAO l; 1I8F A; 1HK9 A; 3JCM P; 5GAN 8; 5GMK l; 2VXF A; 4XTY A; 4A54 A; 4EMG A; 3SWN B; 4PJO B; 4EMK B; 4C92 F; 3RKX A; 1D3B B; 2CGH A; 4C92 D; 2JN0 A; 4N0A A; 4MMK A; 4M75 C; 4C8Q E; 4C8Q G; 4XU3 A; 5LJ3 d; 1HXD A; 2VXE A; 3PGG A; 2EJG A; 3EFR A; 3V7C A; 3JB9 H; 3VU3 C; 4M78 F; 2DKG A; 2K57 A; 3HFN A; 4XU2 A; 5GMK h; 4M7D B; 4C8Q C; 4C92 G; 3JCM f; 4EMK A; 3JB9 F; 4M78 A; 2EJ9 A; 1WPY A; 2EAY A; 4M77 B; 1LOJ A; 3V8J A; 5GAN g; 3JCM e; 5GAN 3; 5GAN 7; 3V8L A; 1B34 B; 5CAI A; 1BIB A; 4A53 A; 4C8Q D; 1I81 A; 2QTX A; 1JBM A; 5LJ5 g; 1LNX A; 1X01 A; 2E1H A; 2E64 A; 2I2L A; 1Y96 B; 4JRK A; 4M78 E; 4M78 G; 4QVC A; 1KQ1 A; 3L1A A; 3L2Z A; 4XTX A; 3RES A; 4M7A B; 4J6X A; 3JCM V; 1U1T A; 5GMK i; 5LJ5 h; 4M7D A; 3JB9 G; 2DTH A; 3QO3 A; 4XTV A; 4XTW A; 5GAO m; 4M77 A; 3JCM d; 5GMK m; 3JCM c; 4M78 C; 5GAO p; 1B34 A; 4JLI A; 4RCC A; 4XQ3 A; 1I4K 1; 3QHS A; 1KQ2 A; 5GMK j; 4F7U B; 4OP0 A; 4EMH A; 4QVD A; 4PJO F; 1M8V A; 4M78 D; 2DVE A; 4C92 B; 5GAO q; 2DZ9 A; 5GMK e; 4V2S A; 3JCM b; 4M7A A; 3SWN A; 4PJO A; 1LJO A; 1D3B A; 5GAN 2; 5GAM j; 2E65 A; 4XTZ A; 1BIA A; 2RD1 A; 5GAM g; 3JB9 D; 2HNI A; 5GAN j; 3BW1 A; 4X9C A; 3BY7 A; 5GAN f; 1YCY A; 4XU1 A; 4N0A C; 5GAM h; 1JRI A; 3GIB A; 4M75 B; 5GAN h; 3RER A; 5LJ5 j; 4F7U A; 4M7D F; 4PJO G; 4XTU A; 5GAN 6; 4PJO E; 5LJ5 f; 4M7D D; 1M5Q 1; 2YHT A; 2FYK A; 3INZ A; 4M77 F; 3SB2 A; 2DZC A; 4M77 D; 3RKW A; 3RUX A; 3HSB A; 4WF2 A; 3JCM X; 4C8Q B; 2E10 A; 1N9R A; 3M4G A; 3SWN C; 3FB9 A; 4EMK C; 4PJO C; 3JCM W; 3BDU A; 4X9D A; 4J6Y A; 5GAN d; 5GAO n; 3JB9 J; 3QUI A; 4M75 A; 3RKY A; 4M7A F; 1I5L A; 4M7D G; 4M7A D; 3JCM J; 4M7D E; 3V7R A; 4JUV A; 5LJ3 j; 5LJ3 g; 1Y96 A; 3FIF A; 4PJO D; 4M77 E; 1WNL A; 4M77 G; 2FB7 A; 5LJ5 d; 5GAO r; 5LJ3 h; 1H64 1; 4NL3 A; 3JB9 I; 2DJZ A; 1WQ7 A; 3AHU A; 4M75 E; 5GAM f; 4M7D C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HXJ A; 4DQ2 A; 1QQJ A; 4HVU A; 2ZGW A; 3E19 A; 4M77 C; 1VQN T; 3EH2 A; 2V1R A; 4C92 A; 4N4I A; 3REB B; 2VC8 A; 4M75 F; 5I21 A; 4L6V 5; 2BIV A; 4KH1 B; 1RLQ C; 2KAF A; 4C8Q F; 4BI3 A; 1WJR A; 1VQ5 Q; 3CD6 Q; 3P8B B; 5GMK l; 4XTY A; 1ZA1 B; 3OYC A; 3RKX A; 1AT1 B; 2VUB A; 4JS4 A; 4E7Z A; 2QQA A; 2NUP B; 3C4S A; 2VXE A; 1NYF A; 1WI7 A; 1OYX A; 4XU2 A; 2RHZ A; 3JCM f; 2XDD A; 2G6F X; 2CUB A; 5GAN 3; 2RHY A; 1M90 R; 5GMK i; 3CC7 T; 2O9S A; 5J3B A; 3CC4 T; 2DTH A; 3GLX A; 2NWM A; 3G71 T; 5KH6 A; 1WXB A; 3JCM c; 2LCS A; 4EMH A; 2O9V A; 4JZ3 A; 3J80 E; 1ZUK A; 2HDA A; 2KRM A; 2O31 A; 4LNP A; 5GAM g; 4B9X A; 2K4Y A; 5FWC A; 1M27 C; 1D1A A; 3PIP A; 1HJD A; 2KRO A; 1G3Y A; 2KRN A; 3HKS A; 1QP2 A; 1SPK A; 2EQK A; 3S6W A; 2K2M A; 1MND A; 3VS6 A; 1RAG B; 2GCX A; 2DNU A; 1UHC A; 2YT6 A; 3I55 T; 2DRM A; 5DM7 R; 2BUD A; 5KE2 A; 3M0U A; 1VQP T; 1RUW A; 1D1C A; 3VS0 A; 2K7A A; 3BDL A; 2GBQ A; 1FMW A; 4HKE A; 2YLB A; 2DX1 A; 1G8X A; 3BFM A; 1WQW A; 4HT9 A; 2HBP A; 5GAM d; 2QDY B; 1YCS B; 4K11 A; 4KT0 E; 4IUR A; 3VYG A; 1QVG S; 1VQ8 Q; 2HQX A; 3OYI A; 5KCO A; 2EGE A; 2RJD A; 2OTJ Q; 1QVF S; 1VQ9 A; 3HFO A; 3G6E Q; 1HK9 A; 1NBE B; 1ZA2 B; 5IN1 A; 3M9Q A; 1S72 T; 1D09 B; 2D0Q B; 4A4G A; 1ACM B; 4OB1 B; 5J39 A; 2EJ9 A; 3MEV A; 2XIC A; 5GAN g; 3R6O A; 5KYX A; 1FXX A; 1I81 A; 2QTX A; 3OYB A; 2I2L A; 3MP8 A; 1JB0 E; 3JCM V; 3O8V A; 3RBB B; 3X26 B; 2COZ A; 2H3E B; 1D0Y A; 3EGX B; 1UEB A; 4M77 A; 3QDF A; 2Y4Y A; 3ZL7 C; 2ECZ A; 2LT1 A; 1VIE A; 1KFZ A; 1VQM Q; 1NM7 A; 2HMA A; 4FYX B; 1E6H A; 1Y57 A; 5GAN 2; 2RD1 A; 5GAN j; 4X1V A; 3CCR Q; 3MET A; 1RAB B; 1M1K C; 2A37 A; 1ZX6 A; 4M75 B; 1WDX A; 4M7D F; 5I2M A; 3I5R A; 1B7T A; 2FYK A; 2ENM A; 1TG0 A; 2GNC A; 3CCV A; 4ZGJ B; 1V29 B; 4C8Q B; 1PKT A; 1YN8 A; 4J6Y A; 5GAN d; 5GAO n; 2LNH B; 1ZSZ C; 2EGC A; 1OV3 A; 3A8G B; 4CRI A; 1QP3 A; 3H8Z A; 3I56 A; 3HRS A; 4KUL A; 3OMG A; 5IHI A; 1YP5 A; 2CZ7 B; 4OB3 B; 5GAM e; 3CCM Q; 5D6X A; 4BE2 A; 1IGU A; 2D1X A; 1X43 A; 4ZTF A; 3CPW P; 2FL7 A; 2DEU A; 4JRP A; 2CH4 A; 4ESR A; 3LWH A; 2RJC A; 1M1K U; 2JW4 A; 3LX7 A; 4LDV A; 3D7S B; 2KMT A; 1R8O B; 2RK1 A; 1LVK A; 3ZEH A; 4IIO A; 3CCU A; 1N9S A; 4FSX A; 1BI0 A; 1SHG A; 1E6G A; 4IUV A; 2QYZ A; 4C8Q A; 1GCP A; 3JCM P; 3REA B; 3SWN B; 1G3S A; 4J9F A; 3G4S A; 1WYX A; 1TWB A; 3LH0 A; 3OSV A; 2LJ1 A; 4PJJ A; 2QQB A; 1WFW A; 4M78 F; 2GQI A; 2M51 A; 2A0F B; 2EYY A; 4GBQ A; 1UGQ B; 5CAI A; 1G3T A; 4VUB A; 4F04 B; 3OS1 A; 3CCL Q; 2DL7 A; 1WXU A; 2KXC A; 3S3O A; 3QJ6 A; 5LJ5 h; 4KUD K; 1VQO Q; 5FW9 A; 1HD3 A; 2D9T A; 2PUK B; 4OP0 A; 2DZ9 A; 2DBM A; 3SWN A; 2RI3 A; 3E9G A; 1BYM A; 5M9O A; 2LCC A; 3MEW A; 1WX6 A; 2RQR A; 1YI2 Q; 3A8H B; 3RER A; 3RKW A; 2AHJ B; 1PD0 A; 4M7A F; 3JCM J; 2RF0 A; 5LJ3 j; 3T9N A; 2SEM A; 1VQ9 T; 1IRE B; 2LQN A; 2OTL T; 3WVD B; 1ZUU A; 4LDU A; 2AKK A; 2M0Y A; 2V26 A; 2KE9 A; 2P84 A; 1M1G A; 2MCN A; 1W2B A; 1U1S A; 4HT8 A; 3CCS A; 2RQT A; 5IH2 A; 1FYN A; 4J9C A; 2ATC B; 2L5Q A; 3LW5 E; 3GPL A; 3OYY A; 3PE0 A; 1XNI A; 4FIB A; 5FU6 C; 5KYW B; 2Y90 A; 1GCQ C; 4HCC A; 2E6Z A; 1Y07 A; 1TTH B; 2HL5 C; 3QDR B; 2DER A; 4EMK B; 4C92 F; 1YIT Q; 3OW2 S; 5FU7 C; 4FT4 A; 1GFD A; 2O2O A; 4DBQ A; 4ZGE B; 1PWT A; 1VQ6 T; 1TXQ A; 5HY6 A; 1UG1 A; 3EG0 A; 1V1C A; 2P0Q A; 3FLG A; 1OUL A; 3NHN A; 4M7D B; 2DM1 A; 4RTX A; 1G3W A; 5EC7 A; 4CC3 A; 2CYZ B; 4RKU E; 5CK9 A; 5LJ5 g; 3CCV T; 4HCB A; 4N4G A; 2EKO A; 1U1T A; 4A4H A; 1JJ2 P; 2FEI A; 1J3T A; 2DLP A; 1NPP A; 3EFO B; 5DLO A; 1QWE A; 3CCJ Q; 1K73 U; 2A28 A; 1M8V A; 1WHG A; 1W1F A; 4LD9 K; 3I56 T; 3JV3 A; 5D7U A; 2E70 A; 1KK7 A; 4MDW A; 1LCK A; 1UTI A; 3ME9 A; 5LJ5 j; 4PJO G; 4XTU A; 3L2V A; 2DK3 A; 1M8M A; 2BTT A; 2DD5 A; 3INZ A; 2X4Y A; 4C0Z A; 4FYY B; 4E7J A; 5FRM A; 1N9R A; 4RTW A; 2LQK A; 2XDP A; 3CCU T; 3I35 A; 1OOT A; 2GTO A; 3LWI A; 1IHW A; 5LJ5 d; 1RAD B; 1VYU A; 4IKF A; 3G4S T; 1GL5 A; 2JMA A; 4BAC A; 1RAC B; 2E4H A; 2VGN A; 1OU8 A; 4M78 B; 1WGS A; 1QVG A; 4OMF B; 3OYL A; 3VS5 A; 1MMG A; 2KI7 A; 1QVF A; 1OPK A; 4LUD A; 1TH7 A; 3CC7 A; 3M0S A; 2DIL A; 2YUN A; 2DBK A; 2H8H A; 3EG9 B; 4DBR A; 1KG1 A; 3CC2 Q; 2BZ8 A; 4PFO A; 2EBP A; 5FWB A; 2ZAE A; 4FM4 B; 2DPP B; 3V7S A; 2E12 A; 3QSU A; 3MP1 A; 1WJQ A; 4RG2 A; 3OS5 A; 4WTO B; 4DOW A; 1SHF A; 1Y0M A; 4J9H A; 1UJY A; 4A54 A; 1X6G A; 4OB2 B; 2RHI A; 3SFM A; 3SEM A; 5CKE A; 1K0X A; 1WHJ A; 4XU3 A; 2IPO B; 3QWX X; 3PGG A; 3EFR A; 4A4K A; 5CCA A; 1NE8 A; 3H9N A; 5D6W A; 2YUO A; 3GNG A; 4M78 A; 1Q86 R; 2FZK B; 1VQL T; 4OB0 B; 2MF2 A; 4A53 A; 1NJI C; 2YUP A; 2YDL A; 3L1A A; 4M7A B; 4J6X A; 3CC4 Q; 3JB9 G; 4J9E A; 2P4R A; 3S3N A; 2F2V A; 3G71 Q; 4RCC A; 3DKM A; 4DA4 A; 1YHQ A; 2QEX Q; 1NYG A; 2EGA A; 2ZZD A; 1IXD A; 3E9F A; 3PMI A; 2MOX A; 3BY7 A; 2X4W A; 2HKQ B; 4M4Z A; 4N0A C; 1K9M C; 2FPD A; 4PJO E; 2CZ6 B; 2YHT A; 4M77 F; 3CCS T; 3MJX A; 3DLL A; 2KEA A; 4WF2 A; 2CUD A; 3CMA Q; 2RI5 A; 4PJO C; 2KY9 A; 1NJI U; 1BK2 A; 4EDU A; 5J26 A; 1AHJ B; 5GAO r; 2BZY A; 4IIM A; 4KH0 B; 2XDB A; 2CP2 A; 2DYI A; 2GGR A; 2ZPB B; 3QKJ A; 1WHH A; 2EVR A; 3RMQ A; 1VQP Q; 4RTU A; 4PNO A; 4AFU C; 3FJP A; 2QG9 B; 3V8K A; 5GAN 5; 4NOY A; 1YJ9 A; 4RCB A; 3X20 B; 4KGX B; 5A0D A; 1MV3 A; 1K9M U; 5L8R E; 1SRL A; 2KVQ G; 2HSP A; 1Q95 G; 1UJ0 A; 4CC2 A; 2CT4 A; 3M56 A; 2AIR B; 2DTO A; 2O01 E; 1SEM A; 1Q7Y U; 1X6B A; 2D8H A; 2J7I A; 1I8F A; 3VYH B; 3CD6 A; 2HSE B; 1OZ2 A; 3VS4 A; 2X35 A; 1VQ7 T; 1OX8 A; 1YFN A; 2QI2 A; 1VUB A; 8ATC B; 1RAI B; 1D0Z A; 4AG1 C; 3CPF A; 3QZ9 B; 1WPY A; 3VS2 A; 2QK0 A; 3I5S A; 5GAN 7; 1A0N B; 2KRS A; 2PZ1 A; 1ABQ A; 1AWX A; 3ZFJ A; 1LNX A; 1M2O A; 1U06 A; 3CCE T; 2C0I A; 3JRZ A; 1VYT A; 3CXC P; 3VRZ A; 3MP6 A; 5GJW B; 2OAW A; 4X34 A; 4XTZ A; 4LD6 A; 4ZN3 A; 2MWO A; 1NEB A; 1K76 A; 5GAN h; 3VJP A; 1M5Q 1; 2LTO A; 2JS0 A; 3NGP A; 1PRM C; 1PM3 A; 2AKL A; 1UDL A; 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2CSQ A; 3OYA A; 1BU1 A; 3HTR A; 1D1B A; 1PRL C; 3GOX A; 4C5E A; 2QTV A; 2FZC B; 2C0T A; 1WJS A; 3FB9 A; 2LQW A; 2RK2 A; 2ROT A; 1VQ6 A; 1YWP A; 3MO8 A; 1Y96 A; 4WCI A; 3M5A A; 4JLG A; 1VQ9 Q; 4HVW A; 3RR6 A; 5KYN A; 2RJF A; 4Y28 E; 5LJ3 h; 4J8O A; 4OMP A; 1VQ5 T; 2GFU A; 1WA7 A; 5KYU A; 3CD6 T; 3L2Q A; 2EWN A; 4P5N A; 1X2K A; 4BD3 A; 1ZLM A; 2A3L A; 2K2V A; 2KGT A; 3E2U A; 5CKH A; 2PU9 B; 1X69 A; 1KD1 C; 1DJ7 B; 4M75 D; 3Q1J A; 2HL3 A; 2YWW A; 3PMT A; 7AT1 B; 4HA8 A; 4Z02 A; 3OYE A; 4ME7 A; 2XHC A; 2W0Z A; 3MCA B; 3VS7 A; 2KR3 A; 3R6N A; 4MMK A; 1H8K A; 3OYN A; 1Y7X A; 1BI2 A; 4RTY A; 2XU8 A; 3TQ7 P; 3OS2 A; 2D8J A; 4OMO A; 1G83 A; 1T0J A; 3URG A; 4EPC A; 1AEY A; 1YBY A; 1KD1 U; 1ZHI A; 4C0D C; 1X01 A; 2E64 A; 2JM8 A; 3L42 A; 3CCV Q; 2F1L A; 4OMN A; 2KQW A; 3EH1 A; 2X9H A; 2D0N A; 5CKB A; 4J9D A; 4PFZ A; 1QCF A; 1UUE A; 1NZ9 A; 5GMK j; 4IUU A; 3UPU A; 3FRN A; 1U3O A; 2B8A A; 2ZCF B; 3MEA A; 1OPL A; 1G2B A; 2RN8 A; 3KXT A; 2IVW A; 3C94 A; 2PVD B; 4J9G A; 2PUO B; 1EZZ B; 1BBZ A; 2J6K A; 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