The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
75
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structure length |
69
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Chain Sequence |
VSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
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| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
8
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| structure length |
69
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| sequence length |
75
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| r | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HK9 A; 3JCM P; 3HSB A; 2DEQ A; 4PJO E; 5GMK l; 3JB9 H; 4M78 D; 3V8K A; 4A54 A; 4C92 C; 3JCM b; 4M77 C; 3V7S A; 5GAN 5; 5GMK j; 4C8Q E; 4OP0 A; 2E41 A; 3RKW A; 5GMK m; 5LJ3 e; 1U1T A; 4M7D E; 4HT8 A; 3JCM g; 5LJ5 j; 4PJO D; 1YCY A; 4J6X A; 4M78 F; 3V8J A; 2CGH A; 5GAN e; 4JRK A; 4XTZ A; 4C8Q D; 2JN0 A; 4EMK A; 1BIA A; 1KQ1 A; 1WPY A; 3JB9 I; 4M7D G; 1M8V A; 5GAN 8; 4NOY A; 4JLI A; 4RCB A; 3L2Z A; 4PJO F; 4XU1 A; 4M7A C; 2RD1 A; 3EFS A; 2HNI A; 5LJ3 h; 2RM4 A; 3SB2 A; 4Y91 A; 1JBM A; 4RCC A; 1N9S A; 4XTY A; 4EMH A; 3RES A; 5GMK e; 4X9D A; 4M75 B; 3SWN A; 4C8Q F; 5GAN 7; 4M78 A; 1B34 A; 3JCM W; 3RKX A; 1D3B A; 4V2S A; 3QHS A; 1WNL A; 3INZ A; 3L1A A; 5LJ5 e; 5GAN h; 4M7D B; 3JB9 G; 4XU2 A; 4M75 E; 2YHT A; 4C92 G; 4PJO A; 3JB9 J; 2I2L A; 5GAM d; 3PGG A; 5GAM g; 2FYK A; 3JCM d; 4XTV A; 2EWN A; 1HXD A; 4EMK C; 5GAM f; 5GMK h; 4N0A A; 3V8L A; 4J5Y A; 4C8Q A; 4M75 G; 3QUI A; 3JCM f; 3BDU A; 1I8F A; 5GAO p; 2DXT A; 1LNX A; 1I5L A; 3AHU A; 5LJ5 h; 3HFO A; 4JUV A; 3JCM J; 4F7U B; 1N9R A; 4X9C A; 4C92 B; 5GAN g; 4M7D D; 4M77 B; 3SWN C; 4XTW A; 1U1S A; 4M78 C; 2YLC A; 4M7A G; 2DTH A; 1Y96 B; 4HA8 A; 4XTU A; 4F7U E; 2VXF A; 3JCM Q; 4C92 E; 3QSU A; 4M77 E; 5GAO q; 4PJO C; 3JCM e; 4M7D F; 3FB9 A; 3JCM V; 2EAY A; 2DXU A; 4MMK A; 2EJ9 A; 1I4K 1; 1M5Q 1; 3JB9 D; 4F7U G; 4N0A C; 4C8Q C; 4WF2 A; 4M77 G; 2DZ9 A; 5GAM j; 1WQ7 A; 4XU3 A; 4M7A B; 4C92 D; 3QO3 A; 3RER A; 4PNO A; 5GAN 3; 4DQ2 A; 4QVD A; 4M75 A; 3VU3 C; 4J6Y A; 2DTO A; 5LJ3 d; 1H64 1; 1I81 A; 1KQ2 A; 5LJ3 g; 3BFM A; 4EMG A; 5GAO r; 5GAN 6; 2E64 A; 4NL2 A; 4M75 D; 5LJ3 f; 5GAO n; 3JB9 F; 4M7D A; 4M7A E; 2VC8 A; 4JRI A; 3HFN A; 4C92 F; 4M77 F; 2Y90 A; 5CAI A; 1MGQ A; 2VXE A; 3V7C A; 5GAN d; 1X01 A; 4XU0 A; 2E65 A; 5GAN f; 2YLB A; 4HT9 A; 4M78 G; 4M7A D; 4NL3 A; 4M75 F; 3RKY A; 5DY9 A; 5GAM e; 4XQ3 A; 4EMK B; 2E1H A; 5GAN 4; 2QTX A; 3V7R A; 4J6W A; 4QVC A; 1JRI A; 3FIF A; 2RA2 A; 3GIB A; 4PJO G; 4F7U A; 3FJP A; 4C92 A; 3BY7 A; 4M77 A; 4M75 C; 4XTX A; 2E10 A; 3JCM c; 5LJ5 d; 5GMK i; 4M7A F; 2ZGW A; 5LJ5 g; 3SWN B; 1BIB A; 2DZC A; 4M78 B; 1Y96 A; 1B34 B; 4M77 D; 3RIR A; 4C8Q G; 1D3B B; 2RB6 A; 5LJ5 f; 4M7D C; 4A53 A; 5LJ3 j; 3RUX A; 2DVE A; 2DJZ A; 2DTI A; 3BW1 A; 5GAM h; 4MML A; 1LJO A; 1LOJ A; 2DKG A; 2K57 A; 3JCM X; 5GAN 2; 2EJF A; 4M78 E; 3JCM h; 3M4G A; 5GAO l; 4PJO B; 4F7U F; 5GAN j; 5I21 A; 4M7A A; 5GAO m; 3EFR A; 1WQW A; 4C8Q B; 2EJG A; 1TH7 A; 2FB7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RAE B; 5KYU B; 2P0P A; 2V1Q A; 1M1G A; 4QQ6 A; 1OQK A; 2CP3 A; 2M1H A; 4QW2 A; 2HCK A; 4AG2 C; 3OYD A; 4BAC A; 1NJI C; 1BCM A; 5GJV B; 2KT1 A; 1VQP Q; 2KT8 A; 2NWM A; 3CME Q; 1KHC A; 4M7A C; 1QCO A; 1JBM A; 2FG0 A; 2FZC B; 2JUF A; 5C0M A; 5GAN h; 1K8A R; 1QKX A; 1RAC B; 2X3X D; 1WXB A; 2DL7 A; 2RK2 A; 4E7H A; 2MWP A; 4OF1 A; 4EMK C; 2KDS A; 3LW5 E; 3A8L B; 3QJY A; 2P0K A; 1N9R A; 2V8I A; 4M78 C; 3M57 A; 2FEI A; 3OBY A; 3VS6 A; 4C92 E; 5GAO q; 1W1F A; 2D9T A; 5IAY A; 5KCH A; 4F7U G; 4C8Q C; 2M51 A; 1MMA A; 4OB1 B; 1X6O A; 2CP6 A; 2J6F A; 1S72 T; 2DTO A; 4BE2 A; 4DEX A; 5LJ3 g; 2L8D A; 2LCS A; 2DD4 A; 3SD4 A; 2EQK A; 1M9S A; 3PTA A; 4VUB A; 2Y90 A; 3V7C A; 5GAN f; 4RTX A; 4LE9 A; 1CKA A; 5GAM e; 1N8R R; 1Y57 A; 3CMA T; 2EGE A; 1M1K C; 2DIL A; 2VVK A; 2EYW A; 4ANJ A; 4KGV B; 5LJ5 g; 2MOX A; 2DAQ A; 2YRC A; 2DZC A; 1AZE A; 4L59 A; 1PSE A; 3A98 A; 1D3B B; 2RI2 A; 1QWF A; 2PUK B; 4ESR A; 1VQ7 A; 1JU5 C; 2GGR A; 2K3Y A; 3QG1 A; 1LCK A; 1Q82 R; 4PFP A; 3OYY A; 2KYB A; 2F69 A; 3CPW A; 4RTW A; 2E41 A; 3FDR A; 3JAM E; 4E7J A; 2K3X A; 4DBQ A; 3OQ5 A; 4DBH A; 4PJO D; 1QLY A; 4B9W A; 1ARK A; 3V8J A; 1PRL C; 1WJS A; 4OB2 B; 4IUV A; 3X26 B; 4XU1 A; 4EMH A; 4AG1 C; 3MEA A; 4XTY A; 1WYX A; 1W70 A; 2W10 A; 3QHS A; 3L1A A; 4A4E A; 2BE7 D; 2QA4 Q; 1BB9 A; 4OMP A; 4GY5 A; 2FRY A; 4XTV A; 2EWN A; 3MP8 A; 2J7I A; 2BTT A; 3GOX A; 4AFQ C; 1IRX A; 4F7U B; 4X9C A; 2K2M A; 4IUR A; 2EPD A; 2CP0 A; 2OTJ Q; 1SEM A; 1VQK T; 4R56 A; 3X20 B; 1Q86 R; 2V8J A; 2LCL A; 1NYF A; 3I55 Q; 1VQ9 A; 4IKF A; 1UHF A; 5IHK A; 1PG5 B; 1KD1 R; 4KH1 B; 3QKJ A; 3MPU B; 3CQT A; 3OYC A; 3F70 A; 3L42 A; 5D7U A; 1Z9Q A; 3CBM A; 2OJ2 A; 5A0G A; 3MEU A; 3KXT A; 4M7A D; 4HKE A; 2F5T X; 2DL3 A; 4A4F A; 2NYS A; 1OV3 A; 3EGX B; 1WXT A; 2SEM A; 2JT4 A; 2HSP A; 2E10 A; 1AD5 A; 1MNE A; 1WJR A; 2EBP A; 5CCA A; 1KJW A; 3ER0 A; 4BB7 A; 1LJO A; 4ZNX A; 3VS0 A; 4GLK A; 2L3R A; 4YTL A; 2RQV A; 3A8M B; 3THK A; 2RQT A; 1EZZ B; 1RAI B; 2FB7 A; 4TVR A; 4M78 D; 4RG2 A; 3TRE A; 2XMF A; 4LUE A; 1VQ8 A; 1NJI U; 3RKW A; 1WHK A; 3OY9 A; 4HVU A; 4J9B A; 2VKN A; 4C5G A; 2ZAE A; 3VV0 A; 1KIK A; 1PM3 A; 4C8Q D; 2JN0 A; 2LDM A; 2RD1 A; 2HNI A; 1K9M C; 1IGQ A; 4JLG A; 4V2S A; 3QDF A; 3REA B; 5GJW B; 3I56 T; 2I2L A; 1KQS P; 3M0T A; 1YIT A; 3LH0 A; 4J9C A; 2XID A; 3QYG B; 2NUT B; 4E2F B; 1T0J A; 3OYI A; 4J9F A; 1YI2 Q; 2EQU A; 1GRI A; 4MZT A; 1PRM C; 3OS1 A; 2QQR A; 4C92 B; 4PJJ A; 3TQ7 P; 1QW1 A; 1UHC A; 1IHW A; 1VQM T; 2JM9 A; 1YN8 A; 2EKO A; 3G7Z A; 3JCM e; 2GTO A; 2RHY A; 4JRP A; 1VQP A; 1QVF A; 3M54 A; 3CME A; 1TWB A; 1NBE B; 4WF2 A; 3EGU A; 1NEB A; 3CC4 A; 2EFI A; 4ZTF A; 2ROT A; 2KRS A; 3CD6 Q; 3RBB B; 3HFN A; 3LX7 A; 1UJ0 A; 4E6R A; 2HAX A; 1AWO A; 1ZQ1 A; 3M0S A; 2DL8 A; 3PMI A; 3G6E Q; 1VQN A; 3OB9 A; 2P4T A; 5DY9 A; 1M1K U; 1VQ6 T; 2ZPE B; 2J6K A; 4OB0 B; 2CP5 A; 3BY7 A; 5I11 A; 2YSQ A; 3PIO A; 1NE8 A; 1PCX A; 4J7F A; 3VYH B; 1VQO T; 1WHG A; 4ZN1 A; 5KH6 A; 2L3Q A; 5J3B A; 2KRN A; 2EYZ A; 2BZ8 A; 2PNI A; 1SSH A; 2QQ9 A; 2A3L A; 1NEG A; 2KVQ G; 2CT4 A; 2RK1 A; 1HK9 A; 4C92 C; 2D0Q B; 3JCM b; 1F1B B; 3OA6 A; 4LDV A; 3TVT A; 4R55 A; 1LPL A; 2H8H A; 4HT8 A; 1N6A A; 5GAN e; 1BI3 A; 3OW2 P; 2ZPI B; 3OW2 A; 1U8R A; 1M27 C; 1E6G A; 2RM4 A; 1ZA1 B; 1R0B G; 2DX1 A; 4LNP A; 3EHR A; 1VYT A; 2FPE A; 3GPL A; 4A63 B; 2JM8 A; 4FCY A; 1OX9 A; 2P84 A; 1BK2 A; 3UA7 A; 1PSF A; 4OMQ A; 4ELY C; 1I5L A; 4XK8 E; 3HFO A; 3JCM J; 3H9N A; 3EG9 A; 3EH1 A; 1AT1 B; 2E3I A; 2YT6 A; 3PT9 A; 2DYB A; 3JCM Q; 3FLG A; 3QSU A; 4M77 E; 2LRQ A; 3WVD B; 2OTL A; 1VQL Q; 1G83 A; 2J06 A; 4C0F A; 1I0C A; 3JB9 D; 1BCO A; 3VYG A; 2DPP B; 3PMT A; 4OML A; 1R8O B; 3CCM A; 2O88 A; 2CUB A; 5FW9 A; 3LH5 A; 1KHI A; 2A28 A; 2FPF A; 3CBP A; 4B9X A; 3PIP A; 2F2W A; 4NL3 A; 2QG9 B; 3A8O B; 1RLP C; 2FRW A; 5LL6 S; 1QCF A; 3P8H A; 1VQ7 Q; 1HYO A; 4RMO A; 2M02 A; 1ZLM A; 3VS1 A; 2PUO B; 2RI5 A; 1WFW A; 2DTI A; 1Q81 U; 1OI1 A; 4RKU E; 1GL5 A; 1Y7X A; 2DXC A; 2QGG A; 3CCE Q; 2C0I A; 1G8X A; 1MUZ A; 4ZN3 A; 1MMD A; 4PFO A; 1ZHI A; 4B6M A; 3A1P A; 4OP0 A; 2ABL A; 1NM7 A; 4AT1 B; 1OU9 A; 3OYM A; 1M90 R; 3MO8 A; 3VJP A; 2HZY A; 1WPY A; 1K9M U; 5IHI A; 2MMP A; 3G71 T; 4M7D B; 2EYY A; 3L2W A; 2RJD A; 3WXM B; 1VYU A; 4CC4 B; 1XOV A; 2M0Y A; 2LQW A; 2QI2 A; 3CXC P; 3PE0 A; 2FO0 A; 2BZY A; 1VQ9 Q; 3OSS C; 5GAN g; 1ZX6 A; 3PVL A; 2CSI A; 3S6W A; 2DBK A; 3CC2 Q; 1IGU A; 3OYA A; 1BI1 A; 3D7S B; 5CIU A; 4MMK A; 5L8R E; 5FRO A; 4DBF A; 4M77 G; 2RI3 A; 4C92 D; 1TOV A; 5FLX E; 5C6S A; 4DQ2 A; 4QVD A; 2QAS A; 2ROL A; 3LGL A; 2E64 A; 2DEU A; 2A08 A; 1JJ2 P; 1M8M A; 1MGQ A; 3EH2 A; 1X01 A; 4XU0 A; 1YJN T; 2NUZ A; 4BI4 A; 1AWJ A; 2HKQ B; 2E1H A; 4BE0 A; 1M30 A; 2KE9 A; 1NPR A; 3H6Z A; 1FYN A; 5HCK A; 3M56 A; 3UF4 A; 2MK5 A; 3FC3 A; 4M7D C; 2LX9 A; 1AWX A; 3JCM h; 5CR2 A; 2MYS A; 5A0D A; 3AT1 B; 1R77 A; 4PLL A; 2GCX A; 1VUB A; 1HSQ A; 1Y0M A; 2WSF E; 2JZ2 A; 5GMK m; 2R57 A; 1G3W A; 3UDC A; 2ATC B; 3SFM A; 1UFF A; 4JRK A; 3CCR A; 1K0S A; 3REB B; 4RCB A; 2K5F A; 3FRN A; 4FIB A; 5CKF A; 1EIF A; 4JS5 A; 1D1B A; 1YIT Q; 1PD0 A; 4D8D A; 2QEX T; 4KRT A; 2ENM A; 1UEC A; 1CKB A; 4CC3 A; 2RHU A; 4RTT A; 4WCI A; 3JB9 J; 4HCC A; 4PJO A; 3OYG A; 2MI6 A; 3EG0 A; 1ZBX A; 2X9H A; 5CVI A; 3CCS T; 4J5Y A; 3CCL Q; 1X2K A; 3O5Z A; 3JCM f; 2LNH B; 3EG3 A; 1EX4 A; 2DBM A; 1TXQ A; 4M77 B; 1PWT A; 2V1R A; 4EDU A; 2XDD A; 3CC4 Q; 2X51 A; 3DLL A; 3C0C A; 3HRU A; 2ZZD A; 2WSC E; 4GBQ A; 4ZGJ B; 4AFS C; 5CKH A; 4FYY B; 1VQN Q; 4JJC A; 4M75 A; 2JW4 A; 2DA9 A; 3M53 A; 1H64 1; 3VS2 A; 1H3H A; 5GAO r; 5GAN 6; 2YDL A; 2KNB B; 1G2B A; 3CCJ T; 1S1N A; 2FZG B; 4HT9 A; 4CC2 A; 2CS7 A; 2O9V A; 3LWH A; 4QQG A; 2YUO A; 3HHT B; 1JQQ A; 1I07 A; 1RUW A; 3C12 A; 2ECZ A; 2H3E B; 1H3Z A; 2PVD B; 4KT0 E; 4JZ4 A; 2A37 A; 3JCM P; 1Y96 A; 2O4X B; 5LJ3 j; 5DLQ E; 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1ZSG A; 5GAO m; 2EJG A; 4JRQ A; 2AK5 A; 4N4G A; 4FL6 A; 3NMZ C; 1U1T A; 2JVV A; 1AHJ B; 4IUQ A; 3GNG A; 3GNF B; 3U23 A; 2BKD N; 3NGP A; 2XHC A; 3TSW A; 8ATC B; 1BIA A; 2R58 A; 4NOY A; 4JLI A; 1GXI E; 4PJO F; 2JS0 A; 3QYH B; 3UWN A; 1SPK A; 5LJ3 h; 2LT4 A; 1Q81 C; 4BY6 B; 2RN8 A; 4E7L A; 4LD9 K; 2SRC A; 1ZSZ C; 1AOJ A; 1D3B A; 3RKX A; 2DM1 A; 4OVA A; 3SHW A; 2CT3 A; 1BI2 A; 2IG0 A; 1KC8 R; 2XDB A; 2VAS A; 5GAM g; 2XG8 D; 4UC4 A; 1HXD A; 2CKK A; 5GMK h; 2XKO C; 1AZG B; 4OMO A; 1FMK A; 2EQM A; 4FYW B; 1PKT A; 4JJN K; 4ZGE B; 5LJ5 h; 5CKD A; 2ZPF B; 2KXC A; 1TU0 B; 2KY9 A; 1U1S A; 4HCZ A; 1KK7 A; 2FVU A; 2C0O A; 4HA8 A; 1ZUU A; 4C0Z A; 1GFD A; 3CPF A; 4ZGD B; 1ACM B; 5IHN A; 1K73 C; 1M2V B; 2CZ1 B; 2FHD A; 1FWZ A; 3CMA A; 1V1C A; 1FX7 A; 2RQR A; 2COZ A; 1OEB A; 2D8J A; 2QA4 T; 1KQ2 A; 3BFM A; 3M58 A; 5LJ3 f; 1HJD A; 3G1J A; 1N5Z A; 2ED1 A; 5D6X A; 3C4S A; 4RUG A; 5KYW B; 1TG0 A; 2X4Y A; 1AWW A; 4KUD K; 3CCQ Q; 4XAX B; 1QVF P; 1YJ9 Q; 3CCL A; 4C0G A; 2OTJ T; 1Q7Y C; 1ZUY A; 4N4H A; 3GIB A; 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