The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
100
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structure length |
100
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Chain Sequence |
QGPHMALRKEAERQALAQLEKAKTKPVAFAVRTNVGYNPSPGDEVPVEGVAITFEPKDFLHIKEKYNNDWWIGRLVKEGCEVGFIPSPVKLDSLRLLQEQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the voltage-gated calcium channel Cav1.1 at 3.6 angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
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| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Oryctolagus cuniculus
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| total genus |
24
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| structure length |
100
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| sequence length |
100
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1B3Q A; 1U5S A; 5IHN A; 5FWB A; 2CDT A; 1OPL A; 2ESW A; 3VS4 A; 1Z9Q A; 2KBT A; 1MV3 A; 2GBQ A; 2KR3 A; 1AWO A; 2ROL A; 5I22 A; 2LX7 A; 1MUZ A; 2W0Z A; 5HCK A; 2DNU A; 2K2M A; 1T0J A; 1NM7 A; 2LQW A; 4Y92 A; 5IXF A; 3M0S A; 2GGR A; 2KNB B; 5IHK A; 1GCP A; 3H0I A; 1AZE A; 1UJ0 A; 4RTU A; 2LJ0 A; 1VYU A; 1NLO C; 2PTK A; 4LN2 A; 2CSQ A; 3R6N A; 1MV0 B; 1ARK A; 2L3S A; 4J9B A; 3REB B; 1M3C A; 2JTE A; 3VS3 A; 1UTI A; 1AWW A; 1I1J A; 2G6F X; 3VS0 A; 1BBZ A; 3VRY A; 1GBR A; 2DE0 X; 2FRY A; 1UE9 A; 2J6K A; 3EG3 A; 1X43 A; 2SRC A; 4K11 A; 2D8H A; 1CKB A; 1TUC A; 3UAT A; 1UUE A; 2GTJ A; 2X3X D; 2EGC A; 2DBK A; 2A28 A; 2AK5 A; 2RN8 A; 1AEY A; 2DIL A; 3REA B; 2KRS A; 2CT3 A; 1OV3 A; 5IHI A; 2D0N A; 2DBM A; 1JXO A; 1T3L A; 1J3T A; 2YUP A; 4OMO A; 2LP5 A; 1M3A A; 1H3H A; 1HJD A; 1OPK A; 2PNI A; 4J9C A; 5IXB A; 1LCK A; 4F16 A; 2LCS A; 3PE0 A; 2EPD A; 1JU5 C; 1RLQ C; 2B86 A; 2MIO A; 2M51 A; 4RTW A; 3QWX X; 3SEM A; 1A0N B; 3H41 A; 4DEX A; 1X2Q A; 4OMM A; 4X1V A; 1VYT A; 4CC2 A; 1RI9 A; 1AZG B; 1ABQ A; 1GCQ A; 4AG1 C; 1M8M A; 2DRK A; 1YN8 A; 1I0C A; 1H92 A; 5GJV B; 2L3Q A; 4E6R A; 4RUG A; 2CH4 W; 1ZUK A; 1SRM A; 3M0Q A; 2JXB A; 5L23 A; 5GJW B; 2EGA A; 2DL5 A; 2EVR A; 2VWF A; 1T3S A; 1NEG A; 1Z9Z A; 2DRM A; 2OJ2 A; 1WX6 A; 2E5K A; 2KRN A; 1M30 A; 2O88 A; 4IIO A; 2W10 A; 2MOX A; 2JW4 A; 1K76 A; 3TSZ A; 1YNZ A; 2ENM A; 2DF6 A; 1PWT A; 3RBB B; 1NEB A; 2RQV A; 2A36 A; 2AZS A; 1QKW A; 3M0R A; 4CC7 A; 2L0A A; 1IO6 A; 1ABO A; 1UHF A; 1U06 A; 4WCI A; 3NMZ C; 2CUB A; 2J6O A; 2C0O A; 4IIM A; 1X2K A; 4J9H A; 2LJ3 A; 1XOV A; 2K9G A; 4LUE A; 3I5R A; 3VS6 A; 1K4U S; 4LE9 A; 3TSW A; 2LZ6 B; 2JS0 A; 4AFS C; 1UEC A; 2H8H A; 1YP5 A; 3FJ5 A; 1NYF A; 1X6B A; 3H0F A; 2KXC A; 2YSQ A; 1BB9 A; 4RTV A; 2X3W D; 4JZ3 A; 1E7O A; 4LNP A; 2EQI A; 2DL4 A; 1NLP C; 2CRE A; 3UA7 A; 1UGV A; 1N5Z A; 2LJ1 A; 4HVU A; 1GBQ A; 3LH5 A; 3A98 A; 1ZUY A; 4AFQ C; 1KIK A; 2FPE A; 1WI7 A; 3UA6 A; 3I9Q A; 3NGP A; 3VS2 A; 2CH4 A; 3JV3 A; 3THK A; 2KT1 A; 1E6G A; 2RQR A; 1WDX A; 1SRL A; 1NYG A; 2F2V A; 1QKX A; 4D8K A; 1E6H A; 2J05 A; 2C0I A; 2AKK A; 2YDL A; 2KEA A; 1QWF A; 1S1N A; 2AKL A; 2VVK A; 2PZ1 A; 2YT6 A; 1W70 A; 1BU1 A; 1RLP C; 1SHF A; 3NPF A; 2NUZ A; 2EBP A; 1AOJ A; 4HXJ A; 2FEI A; 3PVQ A; 1K0S A; 4M4Z A; 2I0N A; 2O9V A; 4FSS A; 1ZLM A; 1WLP B; 2KE9 A; 2F2W A; 2ECZ A; 2DVJ A; 2AZV A; 1B07 A; 2J6F A; 4J9E A; 2BTT A; 4OML A; 2EYX A; 2DJQ A; 2EW3 A; 2KRO A; 2GTO A; 4ESR A; 2EYW A; 1W6X A; 2K6D A; 2DA9 A; 1WXU A; 4OMQ A; 1JXM A; 2CUD A; 1CSK A; 4RTT A; 4CC3 A; 2FPD A; 1KSW A; 2OAW A; 3GBQ A; 3ZL7 C; 1RUW A; 5FW9 A; 1YCS B; 3KFV A; 2RQU A; 4AFZ C; 1X69 A; 4LUD A; 1EFN A; 1PHT A; 4RTZ A; 2K3B A; 1K9A A; 2DMO A; 1UDL A; 2CSI A; 4AG2 C; 2GNC A; 2ROT A; 2M0Y A; 4EIK A; 1PNJ A; 4JPB W; 4Z8A A; 1GRI A; 2CT4 A; 2J06 A; 2L3P A; 2HEQ A; 4JJB A; 2DLP A; 1UJY A; 2RNA A; 2IIM A; 4JJD A; 4DEY A; 1T0H A; 1V1C A; 3M0T A; 3VS7 A; 2HSP A; 2KGT A; 2LNH B; 1FYN A; 1PRM C; 1Y57 A; 1GFC A; 3M0U A; 4Z88 A; 4A63 B; 2JS2 A; 1AVZ C; 2DM1 A; 1ZBJ A; 4JJC A; 1UG1 A; 4HCK A; 3VS1 A; 1QCF A; 1M3B A; 1TUD A; 1AWX A; 2D1X A; 3TVT A; 2FPF A; 1FMK A; 2A08 A; 4RTY A; 1G2B A; 2DX1 A; 2D8J A; 2DYB A; 3EG2 A; 1WA7 A; 2O9S A; 4R0K A; 2HBW A; 1GFD A; 4J9I A; 2RPN A; 4J9F A; 4F14 A; 2EYY A; 2MCN A; 2O2O A; 1UHC A; 2FO0 A; 1I07 A; 4AFU C; 1WXT A; 2YUQ A; 1SHG A; 1NG2 A; 2OI3 A; 2HCK A; 4HVW A; 2FG0 A; 2V1Q A; 2DL7 A; 2JM8 A; 2RQT A; 2K79 A; 4J9D A; 2ABL A; 2KT8 A; 1KJW A; 2O31 A; 1X27 A; 2XMF A; 1ZUU A; 3RNJ A; 4OMN A; 5FWC A; 3EG1 A; 3I35 A; 2JMC A; 1WYX A; 3EGU A; 4Z89 A; 1Y0M A; 4F17 A; 3SHW A; 2BZX A; 1PKT A; 3VRZ A; 1HD3 A; 2VKN A; 1SSH A; 2P4R A; 5IH2 A; 1W1F A; 5EC7 A; 1PRL C; 1U3O A; 1K1Z A; 2DL3 A; 3VS5 A; 2F2X A; 3I5S A; 4ORZ A; 2LMJ A; 2HDA A; 5ECA A; 2K7A A; 2LQN A; 3C0C A; 1H8K A; 2NWM A; 2RQW A; 4JZ4 A; 3UF4 A; 1BK2 A; 1M27 C; 2YUO A; 4KRT A; 4GLM A; 1QWE A; 3CQT A; 4ZNX A; 1VYV A; 2RMO A; 3U23 A; 1JO8 A; 1WIE A; 2QDL A; 1AWJ A; 1GL5 A; 4D8D A; 1KFZ A; 1G83 A; 2FRW A; 2GQI A; 2EYZ A; 1K0X A; 2BZY A; 3EHR A; 3PVL A; 4QT7 A; 4RTX A; 1ZX6 A; 1UFF A; 3O5Z A; 5I11 A; 3IQL A; 3EG0 A; 2BZ8 A; 2KYM A; 2ED1 A; 1HSQ A; 2RF0 A; 1OOT A; 2KXD A; 3ULR B; 1CKA A; 1SEM A; 2EKH A; 1JQQ A; 2A37 A; 2V1R A; 3QWY A; 2DL8 A; 1OEB A; 1QLY A; 1WXB A; 1YWO A; 1X6G A; 1JEG A; 2KYB A; 2JM9 A; 3EHQ A; 1AD5 A; 1WFW A; 2JMA A; 4CC4 B; 4J9G A; 3M0P A; 3NHN A; 2EGE A; 4HVV A; 1GCQ C; 3H0H A; 2J7I A; 2ED0 A; 2L2P A; 1SPK A; 2SEM A; 2C0T A; 1TG0 A; 2YUN A; 2JT4 A; 4OMP A; 1PKS A; 1ZSG A; 4GBQ A; 1VA7 A; 1YWP A; 2KRM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JRZ A; 1AHJ B; 5KYU B; 1B3Q A; 4IUT A; 5HKC A; 1IHW A; 1VQM Q; 1Y96 B; 1QVF A; 2A7Y A; 2CDT A; 1OPL A; 1R0C B; 3OS2 A; 4JJN K; 2RHZ A; 2ROL A; 4DA4 A; 2LX7 A; 2DAQ A; 1YJN T; 2MAM A; 3CCQ T; 5HCK A; 3PNW C; 1IRX A; 1RI0 A; 3SWN B; 3GP8 A; 1M1K R; 2WAC A; 1S72 T; 1M1G A; 3A8L B; 5IXF A; 2HKQ B; 3CME Q; 1VQ6 A; 1K8A R; 5IHK A; 1SKU B; 4BE2 A; 1O9S A; 3RES A; 3HKS A; 3GNG A; 3PMT A; 4LN2 A; 2HL5 C; 8AT1 B; 3GLX A; 2CS7 A; 5I21 A; 2JTE A; 1WHJ A; 1AWW A; 3JCM f; 2WSC E; 1JRI A; 3VKI A; 3JB9 I; 3OYD A; 3L2R A; 1XJW B; 4BUG A; 2FRY A; 1UE9 A; 1QMC A; 2J6K A; 4DBQ A; 3QDF A; 4NOY A; 4XTZ A; 3CCU Q; 5DY9 A; 2GTJ A; 2E3I A; 2DBK A; 2A28 A; 2EYQ A; 1VQP Q; 1YJ9 A; 3ZFJ A; 2DYI A; 4PJO A; 2VYT A; 4M77 A; 1KQ2 A; 2D0N A; 1M1K C; 2ZCF B; 5J3B A; 1NJI U; 3E9F A; 1OPK A; 4DOV A; 4M78 B; 3OS5 A; 2QI2 A; 3C12 A; 3PE0 A; 1YI2 Q; 3JB9 D; 1QP2 A; 4BE0 A; 4JLI A; 4KBM B; 4RCC A; 1RAE B; 1EZZ B; 4FW2 A; 4DEX A; 4X1V A; 4IUV A; 1M1K U; 1GCQ A; 4HT9 A; 1M8M A; 3KXT A; 3DLM A; 2DRK A; 2DD5 A; 1I0C A; 1M2O A; 2NLU A; 4M75 C; 4PJO G; 4M77 G; 4A4H A; 4E6R A; 5KCO A; 4C5H A; 2H3J A; 5I2M A; 1R77 A; 3G4S Q; 4C92 E; 2VV5 A; 4EMK A; 1WX6 A; 2KRN A; 4PJO F; 1MMN A; 4M77 F; 1K76 A; 2QA4 T; 3TSZ A; 2ENM A; 1QKW A; 3T9N A; 2L0A A; 1UHF A; 1D0Y A; 1U06 A; 3VYH B; 2E6N A; 4IIM A; 3A1P A; 4LD9 K; 2LJ3 A; 2EKO A; 1XOV A; 2K9G A; 4LUE A; 1VQ4 Q; 2Y90 A; 3CBM A; 3M58 A; 3ZEH A; 2K2V A; 3V7R A; 2JTF A; 4M7D E; 1NYF A; 1X6B A; 4RTV A; 1WHM A; 2JNG A; 1UGV A; 1N5Z A; 2Z0W A; 2L5Q A; 3LH5 A; 2RJC A; 2QEX A; 3EGX A; 3H9N A; 5GAO q; 1RL2 A; 2KK4 A; 3FLG A; 1X75 C; 3I9Q A; 3VS2 A; 1KD1 R; 3E1S A; 3JV3 A; 4C0G A; 3MO8 A; 2RHY A; 1BYM A; 1W2B A; 1E6G A; 3JB9 J; 1WDX A; 4MDW A; 5KCH A; 1E6H A; 1PM3 A; 3EG9 B; 5GAN 5; 1QVF P; 3VU3 C; 2O4X A; 1VQM A; 5D6X A; 2PZ1 A; 3G6E T; 2H3E B; 3NPF A; 1KHC A; 3EH2 A; 2FEI A; 3PVQ A; 5GAN j; 2O9V A; 3RKX A; 4FSS A; 3CCV T; 1RAA B; 1WLP B; 4C5E A; 2GQV A; 2KE9 A; 2F2W A; 4M75 A; 1B07 A; 2YLB A; 5DM7 R; 1G3Y A; 3CME A; 5GAN d; 3HSB A; 4OGE A; 1OYX A; 4IKF A; 1IRE B; 3J7A F; 1KD1 C; 2DTH A; 2EFI A; 5GAM j; 1MMA A; 4JRK A; 4A4E A; 1WXU A; 3GOX A; 5LJ3 j; 3P8B B; 1BCM A; 4HT8 A; 1KSW A; 3LH0 A; 4RCB A; 2A0F B; 3HFO A; 4F7U B; 5GAO m; 3CCU A; 2K3B A; 2DMO A; 2OTL Q; 3X25 B; 1UDL A; 5LJ3 d; 2GNC A; 1VQP A; 4J6Y A; 2DET A; 2ZPG B; 2QQA A; 3HRT A; 1YHQ A; 1KD1 U; 4M75 G; 4JPB W; 3MEU A; 4FW1 A; 4Z8A A; 2CT4 A; 4C5G A; 2L3P A; 5LJ5 g; 3CCL T; 3CEY A; 5GAN e; 4JJD A; 2NUT B; 4DEY A; 2FYK A; 2M9U A; 1V1C A; 4OF1 A; 1OX8 A; 1RAG B; 5CKF A; 1YI2 A; 4M75 F; 3CPW S; 2LNH B; 1VQ7 Q; 1AVZ C; 2BIV A; 3CMA T; 1UG1 A; 3VS1 A; 4NL3 A; 2JJ9 A; 2YWW A; 3MPU B; 1YIJ Q; 2QQR A; 1WHG A; 1G8X A; 3HRU A; 1UGQ B; 5LJ3 e; 3PIP A; 4RTY A; 3FJP A; 1VIE A; 2YXY A; 1N6A A; 2DYB A; 2RPN A; 4M78 E; 3CPW P; 2KVQ G; 2EYY A; 2O2O A; 3G4S A; 1Y71 A; 1SHG A; 3BY7 A; 1HK9 A; 2OI3 A; 2DTI A; 1MGQ A; 1YCY A; 2MK5 A; 1N27 A; 4J6X A; 3JCM J; 4E2F B; 1WHL A; 1F1B B; 1JB0 E; 4M7A B; 1OZ2 A; 3I55 Q; 2DEU A; 1Q95 G; 2DEQ A; 4XQ3 A; 1WYX A; 1VQ4 A; 4Z89 A; 4ZN1 A; 1NZ9 A; 1D1C A; 4F17 A; 1UEB A; 4PK4 A; 1VIF A; 3A8M B; 1PKT A; 4XTY A; 3OB9 A; 5FU7 C; 5A2Q E; 5IT9 E; 2VXE A; 4XAX B; 1SSH A; 5GAO p; 2CP7 A; 1W1F A; 1U3O A; 1K1Z A; 2DL3 A; 4FYY B; 3RMS A; 3VS5 A; 4FT2 A; 2LMJ A; 2K7A A; 2LQN A; 1VQ9 Q; 1D0X A; 2PVD B; 3C0C A; 1H8K A; 1I4K 1; 2NWM A; 2RQW A; 4C8Q B; 1VQ5 T; 2KI7 A; 1VQK A; 3CQT A; 2YRD A; 2RMO A; 3U23 A; 2RA2 A; 3RMQ A; 1JO8 A; 1W2B P; 1XQH A; 4D8D A; 5FRN A; 4M7A D; 1KFZ A; 1G83 A; 1Q81 R; 4KGV B; 2OTL T; 2BZY A; 1PSF A; 1ZQ1 A; 1VOM A; 2G3R A; 4RTX A; 1ZX6 A; 2EQM A; 2XD0 A; 2BZ8 A; 2JVV A; 1HSQ A; 4KUI A; 3ULR B; 3RUX A; 1QCO A; 2B8A A; 4XK8 E; 4XU0 A; 4BD3 A; 2DL8 A; 1OEB A; 2XU8 A; 1Y7X A; 2KYB A; 1MMD A; 1ZA2 B; 1WFW A; 4C8Q D; 1WQW A; 4J9G A; 3H0H A; 2ED0 A; 4BDY A; 3RKW A; 2K5L A; 3CCJ Q; 3EGD A; 3CC7 A; 2C0T A; 4ZTJ A; 3QII A; 4OMP A; 4B6M A; 2BE7 D; 3TCJ A; 4CRI A; 4GBQ A; 1VA7 A; 1Q81 C; 1U5S A; 3HPW A; 5IHN A; 5FWB A; 5GAN h; 2NUP B; 5GMK e; 2KBT A; 1AWO A; 1WJR A; 2KR3 A; 4DBR A; 3Q1J A; 4IUP A; 2F1L A; 3LX7 A; 4E7I A; 1YJN Q; 3CCQ Q; 3QO3 A; 3SB2 A; 1T0J A; 2YLC A; 1NM7 A; 1M4Z A; 2LQW A; 4MMK A; 1S72 Q; 1Q81 U; 4BI3 A; 1GCP A; 4OP0 A; 1AZE A; 2DXT A; 4ZTF A; 1G3T A; 1ARK A; 4J9B A; 2RO0 A; 3VS3 A; 1VQ7 A; 3X24 B; 3OYE A; 3HTR A; 2WSF E; 1D1A A; 1ZSZ A; 2LC4 A; 1GBR A; 2ZPE B; 5HK3 A; 4WTO B; 1X43 A; 1XTD A; 4F7U E; 3UDC A; 1YIJ A; 4WF2 A; 3OYA A; 3UAT A; 4NS5 A; 4KT0 E; 1VQN T; 2E6Z A; 2PQW A; 2CZ0 B; 3BDL A; 4FM4 B; 3NFC A; 7AT1 B; 4M7D B; 3OYF A; 2XKO C; 1AEY A; 2DIL A; 4GY5 A; 2CT3 A; 3EFO B; 4N0A C; 2DBM A; 1VQ9 T; 2YUP A; 1WJQ A; 2LP5 A; 1JBM A; 4C92 D; 4O5V A; 2K3X A; 4KUL A; 1HJD A; 5A0L A; 2PNI A; 4J9C A; 2QXF A; 1RAF B; 1LCK A; 2M02 A; 2IG0 A; 4F16 A; 3M59 A; 2MIO A; 3BE3 A; 4RTW A; 3QWX X; 4VUB A; 3SEM A; 1A0N B; 2GFA A; 3LW5 E; 3QYG B; 3G1J A; 1VQO Q; 1X2Q A; 5GMK m; 3SWN C; 4DQ2 A; 1AZG B; 2DKG A; 4PFO A; 3I55 A; 1ZHI A; 3L2W A; 1YN8 A; 3DB3 A; 4M7D D; 5GJV B; 5KYX A; 2MF2 A; 1SRM A; 2X51 A; 2R58 A; 3MEA A; 1BIA A; 3FEO A; 3TEE A; 4OVA A; 2VWF A; 3CXC A; 1NEG A; 5GMK i; 5AT1 B; 3M53 A; 5KE3 A; 2E5K A; 2O88 A; 2MOX A; 3MEV A; 4E7Z A; 1NJI R; 2DF6 A; 3CBO A; 2QA4 Q; 2ZPB B; 5AYF A; 2XG8 D; 4M7A E; 2P0K A; 2LT4 A; 4WCI A; 3NMZ C; 4J5Y A; 3H8Z A; 4J9H A; 3JCM V; 3L2Q A; 2VAS A; 5C6S A; 2ZPI B; 4XTU A; 1TS9 A; 5GMK l; 3ME9 A; 1K4U S; 3MP8 A; 2JS0 A; 2H8H A; 2CZ7 B; 5GAO r; 3FJ5 A; 1M2V B; 3H0F A; 1BI0 A; 3F70 A; 4JUV A; 1NLP C; 4BE1 A; 4LDX A; 3V8J A; 1BI1 A; 2P4T A; 4HVU A; 4C8Q E; 1GBQ A; 1ZUY A; 3OYJ A; 4N0A A; 2FPE A; 1WI7 A; 3UA6 A; 4PJO B; 1NJI C; 3OW2 A; 4QW2 A; 2FL7 A; 2HKN A; 2DER A; 1KQS A; 3OYM A; 3EAE A; 5GMK h; 2HMA A; 2CH4 A; 3THK A; 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