The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
100
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structure length |
100
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Chain Sequence |
QGPHMALRKEAERQALAQLEKAKTKPVAFAVRTNVGYNPSPGDEVPVEGVAITFEPKDFLHIKEKYNNDWWIGRLVKEGCEVGFIPSPVKLDSLRLLQEQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Oryctolagus cuniculus
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| publication title |
Structure of the voltage-gated calcium channel Cav1.1 at 3.6 angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
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| total genus |
16
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| structure length |
100
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| sequence length |
100
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4IIO A; 4AFQ C; 4J9G A; 2JM9 A; 2ED1 A; 2A28 A; 1UHC A; 4RTU A; 1E6G A; 2CUD A; 2ROT A; 1H8K A; 2HSP A; 3I35 A; 1PNJ A; 4R0K A; 1AOJ A; 4LUD A; 1K9A A; 4OMN A; 1T0H A; 2K3B A; 4IIM A; 1XOV A; 4CC3 A; 4J9H A; 2JMA A; 2K79 A; 2ESW A; 2LJ1 A; 1JXO A; 4RTY A; 1KFZ A; 1YN8 A; 1ZSG A; 1M3B A; 2DNU A; 1M3A A; 2HEQ A; 3CQT A; 5ECA A; 1JU5 C; 3RBB B; 2FO0 A; 2LQW A; 1WLP B; 2DMO A; 3EG1 A; 5GJW B; 1ABO A; 2KRM A; 3GBQ A; 4GBQ A; 2MCN A; 4QT7 A; 1UG1 A; 1T3S A; 3VRZ A; 2IIM A; 4JPB W; 3C0C A; 2E5K A; 2CT4 A; 3M0S A; 1ZUK A; 2NUZ A; 2DL7 A; 1YWP A; 4X1V A; 1HJD A; 2RMO A; 1AZE A; 1U3O A; 2AK5 A; 4CC7 A; 2DE0 X; 1GBQ A; 4A63 B; 2DF6 A; 2EBP A; 2D8J A; 3LH5 A; 2DBM A; 3QWX X; 4D8D A; 3REB B; 1UHF A; 1W70 A; 2DA9 A; 2OJ2 A; 2YUQ A; 2AKL A; 2L0A A; 2LCS A; 4HVU A; 2EW3 A; 2D1X A; 2VKN A; 1GCQ A; 1RUW A; 2SEM A; 2AKK A; 2CUB A; 1FYN A; 2L3P A; 2YDL A; 5IHK A; 1X69 A; 2HCK A; 2RQU A; 3VS5 A; 2OI3 A; 1OPL A; 4RUG A; 2CH4 W; 3QWY A; 4KRT A; 1SSH A; 1RLP C; 1X6G A; 2EGA A; 2RF0 A; 2C0O A; 5GJV B; 2DVJ A; 3VS1 A; 1YNZ A; 3ZL7 C; 4J9E A; 2KXD A; 3JV3 A; 2EPD A; 3FJ5 A; 4F14 A; 1UGV A; 1T3L A; 2K7A A; 5FWB A; 4Z89 A; 3U23 A; 1VYU A; 5FWC A; 4D8K A; 3NPF A; 1KSW A; 1RLQ C; 4J9C A; 2EYX A; 1JQQ A; 2YUN A; 1SHG A; 2KNB B; 4M4Z A; 4F16 A; 2KXC A; 2L2P A; 5HCK A; 1PWT A; 4LNP A; 4AFS C; 2FPF A; 1KIK A; 1ARK A; 1WDX A; 2DYB A; 5I11 A; 1WI7 A; 2EGC A; 2RPN A; 1U06 A; 1S1N A; 2L3S A; 2FPD A; 2AZS A; 2EYW A; 1GFC A; 3RNJ A; 1KJW A; 3R6N A; 1QWE A; 4RTT A; 2DL5 A; 2L3Q A; 4RTW A; 1WXT A; 1HD3 A; 3UAT A; 1QKW A; 2EQI A; 4EIK A; 2JM8 A; 1I1J A; 1AWW A; 2A36 A; 3VRY A; 4CC2 A; 3VS4 A; 2FRY A; 1BBZ A; 2CSI A; 2EVR A; 2PNI A; 2KGT A; 4F17 A; 2GTO A; 1YP5 A; 3I5R A; 4DEY A; 1BU1 A; 2DRK A; 2W10 A; 4OMQ A; 1PRM C; 1UTI A; 2G6F X; 3VS0 A; 1W6X A; 2M51 A; 2K2M A; 2J6F A; 2EYY A; 4Z88 A; 4J9D A; 2KEA A; 1UJY A; 2CT3 A; 3KFV A; 3H0F A; 2J6O A; 1ZUY A; 1PKS A; 2H8H A; 5I22 A; 4OMO A; 3TSZ A; 1WIE A; 2O9V A; 3EHQ A; 3H41 A; 2DBK A; 1ABQ A; 2NWM A; 4ESR A; 1GCP A; 4E6R A; 2P4R A; 2FRW A; 4HCK A; 1IO6 A; 1WA7 A; 3UA6 A; 3SEM A; 1AD5 A; 1ZLM A; 4HXJ A; 1E7O A; 2RN8 A; 2LP5 A; 1AEY A; 2CSQ A; 1X2K A; 4RTX A; 3UA7 A; 1K4U S; 2JTE A; 2JW4 A; 2LZ6 B; 1MUZ A; 1NEB A; 2C0I A; 2PTK A; 1BK2 A; 4J9F A; 3PVL A; 1HSQ A; 1CKA A; 4JZ3 A; 3NMZ C; 4HVV A; 2GTJ A; 2F2V A; 4CC4 B; 1V1C A; 2YUP A; 1Z9Z A; 1B3Q A; 1VA7 A; 4AFZ C; 1OV3 A; 2KT8 A; 3H0I A; 3EG0 A; 2CRE A; 4K11 A; 2FEI A; 4DEX A; 1AZG B; 2O9S A; 4AG1 C; 2K9G A; 4Y92 A; 3I9Q A; 1M27 C; 1VYT A; 2D0N A; 1PKT A; 3ULR B; 2KR3 A; 1G83 A; 2VWF A; 1Y0M A; 3PVQ A; 1T0J A; 1ZUU A; 2X3W D; 3PE0 A; 4JJD A; 2JT4 A; 1SRL A; 2BZY A; 1UE9 A; 1UUE A; 2DX1 A; 3VS7 A; 4AFU C; 1Y57 A; 1AVZ C; 2GBQ A; 3NGP A; 4RTV A; 1ZX6 A; 2XMF A; 1SHF A; 1SRM A; 3EGU A; 1H3H A; 1JEG A; 2EKH A; 1X2Q A; 2KT1 A; 1UJ0 A; 1MV0 B; 2DL8 A; 2F2X A; 2HBW A; 1PRL C; 2CH4 A; 1OPK A; 2BTT A; 2DJQ A; 1BB9 A; 1VYV A; 4GLM A; 2LQN A; 2ECZ A; 1NYF A; 1W1F A; 1FMK A; 3VS6 A; 3IQL A; 2KBT A; 4LE9 A; 4OMP A; 2KRS A; 2YUO A; 1NEG A; 1N5Z A; 2PZ1 A; 1AWO A; 1TUC A; 3M0T A; 2JMC A; 2M0Y A; 3M0Q A; 3H0H A; 1NYG A; 1B07 A; 1NLP C; 1H92 A; 1K0X A; 4ZNX A; 1NLO C; 2EYZ A; 3O5Z A; 3A98 A; 3TVT A; 4LUE A; 2DL3 A; 2GNC A; 1JO8 A; 1UDL A; 2DM1 A; 1OEB A; 1GCQ C; 1M3C A; 2V1Q A; 1WXU A; 2LJ3 A; 1RI9 A; 1J3T A; 1M8M A; 1OOT A; 2FPE A; 1QCF A; 2O31 A; 2JS0 A; 3REA B; 1QKX A; 3EG3 A; 2KYB A; 2OAW A; 4JJB A; 5IHI A; 1TG0 A; 2FG0 A; 1UEC A; 2GQI A; 2B86 A; 2AZV A; 2X3X D; 4LN2 A; 2RQT A; 1NG2 A; 5IHN A; 1WYX A; 4OML A; 4WCI A; 2BZ8 A; 1X6B A; 2DRM A; 4ORZ A; 4HVW A; 1WFW A; 2A08 A; 2MIO A; 2RQW A; 4OMM A; 1E6H A; 1GL5 A; 3VS3 A; 1G2B A; 2LMJ A; 2RQV A; 2W0Z A; 2J05 A; 2C0T A; 3UF4 A; 2JXB A; 1YCS B; 1AWJ A; 2V1R A; 2YSQ A; 5IH2 A; 2ABL A; 2DLP A; 3EG2 A; 1QWF A; 2LNH B; 4JZ4 A; 2DL4 A; 2J7I A; 2ED0 A; 2KRO A; 2JS2 A; 4J9I A; 3SHW A; 1UFF A; 2BZX A; 1CSK A; 1X27 A; 2GGR A; 2SRC A; 1PHT A; 1CKB A; 1I07 A; 1JXM A; 1X43 A; 2A37 A; 1TUD A; 2O88 A; 1K0S A; 2KRN A; 4RTZ A; 4Z8A A; 3NHN A; 1SEM A; 2KYM A; 2KE9 A; 5EC7 A; 4JJC A; 2F2W A; 1M30 A; 1NM7 A; 2O2O A; 2J6K A; 5L23 A; 2RNA A; 2EGE A; 1K1Z A; 2YT6 A; 1GFD A; 4J9B A; 1ZBJ A; 2HDA A; 1LCK A; 2MOX A; 2RQR A; 2LX7 A; 1EFN A; 2DIL A; 4FSS A; 1AWX A; 1QLY A; 1YWO A; 1MV3 A; 3TSW A; 3THK A; 2J06 A; 5IXB A; 1SPK A; 2ENM A; 1U5S A; 2K6D A; 2VVK A; 2QDL A; 5IXF A; 4AG2 C; 3M0U A; 3M0R A; 1K76 A; 2CDT A; 1Z9Q A; 1A0N B; 1WXB A; 2D8H A; 3M0P A; 1I0C A; 3I5S A; 5FW9 A; 3VS2 A; 1GRI A; 3EHR A; 2ROL A; 2I0N A; 2LJ0 A; 1WX6 A; 1GBR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4D6W A; 4QQD A; 3RDV A; 3QSU A; 1YJW A; 3Q1J A; 4RG8 A; 2A28 A; 2CUD A; 2OTL T; 1VQ7 T; 5FU6 B; 5GAN 4; 3ZFJ A; 2K3B A; 3TEE A; 1EZZ B; 1XOV A; 4J9H A; 2COY A; 1YI2 A; 1RI0 A; 3PMI A; 1RAA B; 4C92 A; 1YN8 A; 2QGG A; 1ZSG A; 3L42 A; 1VQ9 A; 5LJ5 g; 2HEQ A; 3CQT A; 3RBB B; 5I2M A; 2LQW A; 5I2S A; 1WLP B; 2EQJ A; 2OTJ T; 2KRM A; 1I5O B; 4GBQ A; 3CMA Q; 4PJO F; 3D7S B; 1T3S A; 3M57 A; 2QK0 A; 1I8F A; 5HY6 A; 2D9T A; 2CT4 A; 3M0S A; 1ZUK A; 3CCR T; 2FZK B; 1GXI E; 1D0X A; 2QQA A; 2XKO C; 3JCM g; 1OI1 A; 3JCM V; 4RCB A; 3JCM c; 2Z0W A; 4PJO A; 3TCJ A; 1QCO A; 2NUT B; 2AK5 A; 2HQH A; 1YCY A; 1VUB A; 3DLM A; 1MND A; 3RUX A; 5CKD A; 4O5V A; 4D8D A; 3OS2 A; 3G4S A; 2DA9 A; 2OJ2 A; 4F7U G; 2V8I A; 3CCQ A; 2QEX A; 1VQM A; 5GMK e; 3S3N A; 1TSF A; 4FW1 A; 3TRE A; 5GAM g; 2L3P A; 2QQB A; 1M2V B; 5IHK A; 2F5K A; 2HCK A; 2O4X B; 2CS7 A; 1YHQ T; 3X28 B; 2M02 A; 4WTO B; 3QWY A; 3DB4 A; 3VUZ A; 1RLP C; 1X6G A; 2XIC A; 2DVJ A; 3VS1 A; 1BCM A; 1Y96 A; 3V8L A; 3JV3 A; 8ATC B; 2E70 A; 3HHT B; 2K7A A; 5FWB A; 1VYU A; 1ZBX A; 3GNF B; 3KUF A; 4E7L A; 1VQ5 Q; 2CZ0 B; 3GPL A; 1PWT A; 1RAI B; 3CCM T; 4JRP A; 4PJO D; 3AT1 B; 1OX8 A; 3L2V A; 4Z02 A; 3I56 T; 1BIB A; 3OA6 A; 2RPN A; 2X35 A; 3J81 E; 3RNJ A; 5GAO p; 1YIT A; 2DD5 A; 2JTF A; 4DOV A; 4M7A C; 3R6N A; 1Q81 R; 4RTW A; 3QZ5 B; 4PL6 A; 2RB6 A; 1QKW A; 1VQN Q; 2P4T A; 4OGE A; 5KCH A; 1N8R C; 1ZQ1 A; 2R5A A; 1TU0 B; 4CC2 A; 3JCM X; 3VS4 A; 4NS5 A; 3OW2 P; 4JS5 A; 2PNI A; 1PM3 A; 2CKK A; 2GTO A; 1YP5 A; 3ZEH A; 4DEY A; 1QCN A; 3F70 A; 2DRK A; 1QQJ A; 2W10 A; 1KQS S; 3C12 A; 1W6X A; 2M51 A; 4RG2 A; 5M9O A; 4M75 G; 2J6F A; 2EYY A; 1ZUY A; 1UB4 A; 1M1G A; 2KY9 A; 3SWN B; 1WIE A; 3RKX A; 3EHQ A; 3H41 A; 3LWI A; 2P4R A; 4HCK A; 3CCV Q; 1WA7 A; 2E10 A; 1AHJ B; 2CZ7 B; 3SEM A; 1AD5 A; 3CXC A; 1NPP A; 1QMC A; 1E7O A; 1VQK Q; 1AEY A; 3AHU A; 1R8O B; 1O9S A; 1SG5 A; 4F04 B; 1LVK A; 1NEB A; 4DQ2 A; 1OU8 A; 2CZ6 B; 4PLI A; 1KHI A; 4B6M A; 4CC4 B; 1V1C A; 1VA7 A; 5GAN 5; 3X20 B; 1OV3 A; 2KT8 A; 3H0I A; 5GAN h; 2YLC A; 4OB3 B; 1AZG B; 2B8A A; 4AG1 C; 5GMK i; 2HNI A; 3I9Q A; 1M27 C; 2I2L A; 1G83 A; 4XQ3 A; 5J26 A; 4OMF B; 3PVQ A; 4C0D B; 3PE0 A; 3NFC A; 1RAD B; 2E3H A; 3PMT A; 2FZC B; 2OTL A; 2DET A; 1SRL A; 2BZY A; 1VQ7 A; 4B9W A; 3VS7 A; 2E64 A; 3LYI A; 4XTW A; 2QAZ A; 4QVD A; 1OU9 A; 5GAN j; 3P8D A; 2JNG A; 4E7K A; 1VQ6 T; 4PK4 A; 3EGU A; 1VIF A; 2M0O A; 2DPP B; 2FL7 A; 1JEG A; 1X2Q A; 1UJ0 A; 3CCU T; 4KGZ B; 2A3L A; 2BTT A; 2P0P A; 4XK8 E; 5LJ3 j; 3VS6 A; 2XK0 A; 5KYY A; 5J39 A; 5KCO A; 4C8Q E; 4FU6 A; 3HSB A; 4BI8 B; 4A4G A; 1N5Z A; 2OTJ A; 1UGR B; 3M0Q A; 3H0H A; 3OYC A; 1B07 A; 3CCS T; 1N8R R; 2CP6 A; 3OW2 A; 1ZHI A; 4ZNX A; 5D6Y A; 1M9S A; 3CCR A; 3TVT A; 5AYF A; 2GNC A; 2P0Q A; 2DM1 A; 1OEB A; 1M3C A; 3CCE Q; 2K5I A; 2LJ3 A; 1JB0 E; 5GAO l; 1J3T A; 1OOT A; 2FPE A; 1NJI C; 1WJS A; 3QBY A; 1Q7Y R; 4L5G A; 1ZSZ C; 1TG0 A; 2HAX A; 2GQI A; 2B86 A; 2JTM A; 1N9S A; 1NG2 A; 4LXC A; 5CK9 A; 1MHN A; 1K9M C; 3M59 A; 3I55 Q; 5GAN e; 4J6W A; 2BZ8 A; 1K8A C; 3QII A; 4C0F A; 4ORZ A; 4HVW A; 4ELY C; 2YRD A; 2MIO A; 1JBM A; 4M7A F; 1NPR A; 3PFS A; 4JRK A; 2RQV A; 1M1K R; 2JN0 A; 1VQ9 T; 1YJN Q; 3GIB A; 1YHQ A; 3LX7 A; 2CYZ B; 2H3J A; 4M75 C; 3CC4 Q; 1KG1 A; 4BDZ A; 2LNH B; 2OAU A; 2MI6 A; 4M7A A; 2JS2 A; 2VGN A; 1CSK A; 3RR6 A; 1XTD A; 2RJC A; 1WJR A; 1JXM A; 5GAM h; 5J3B A; 2JJ9 A; 4OP0 A; 3GP8 A; 3CCM A; 4JUV A; 3OYG A; 5KYU B; 1R0B G; 4C92 C; 5L23 A; 3CPW P; 1K73 C; 4BY6 C; 2HQE A; 4C0Z A; 2DO3 A; 2LX7 A; 4OGC A; 1VQP Q; 1NJI U; 1EIF A; 1YFN A; 3URG A; 2E65 A; 5AT1 B; 4BI4 A; 5CCA A; 5KYX B; 4M7D B; 2VVK A; 3JB9 G; 2QEX T; 5GAM j; 3M0U A; 3M0R A; 1VQM T; 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2SEM A; 3BY7 A; 1VQ6 A; 2CUB A; 3EGD B; 1K73 R; 5KE3 A; 4TVR A; 3JRZ A; 1X69 A; 2NYS A; 3CCU A; 1ZSZ A; 2OI3 A; 5IT9 E; 3PIO A; 1H64 1; 2DYI A; 4N4G A; 3CEY A; 2CH4 W; 4KRT A; 4MDW A; 2EJG A; 2FVU A; 1LOJ A; 2C0O A; 2V26 A; 5GJV B; 3C4S A; 4J9E A; 3FJ5 A; 1C1A A; 1UGV A; 4Z89 A; 5GAN f; 3DB3 A; 2DXC A; 1RAB B; 5FU7 C; 1M5Q 1; 1BKB A; 4F16 A; 4M75 A; 1U8R A; 3FDR A; 4LNP A; 1FXX A; 4HT9 A; 1NE8 A; 2FPF A; 3OW2 S; 1KC8 R; 1Y07 A; 1KIK A; 1ARK A; 2ZPF B; 2HD0 A; 2EGC A; 4C92 F; 2CP3 A; 2XID A; 4EMK B; 2E3I A; 3PTA A; 3KXT A; 4E7Z A; 5IAY A; 4JLG A; 4KT0 E; 2L3R A; 4A4E A; 2JM8 A; 1I1J A; 4CI0 C; 1AWW A; 2QXF A; 4E2F B; 3N5B B; 2FRY A; 2MPX C; 1VQL Q; 2E5Q A; 2NLU A; 2VXF A; 1YJW Q; 3RIR A; 3I5R A; 2E12 A; 3A8O B; 5GAN 3; 5KYN A; 4JJN K; 1PRM C; 1UTI A; 4IUT A; 2K2M A; 3CCJ T; 1BIA A; 2X51 A; 4J9D A; 3SWN C; 2CT3 A; 2H8H A; 2EWN A; 2LDM A; 1YJ9 T; 4OMO A; 1D1B A; 4PJO E; 2F1L A; 4O6J A; 1YI2 Q; 1JJ2 P; 1PSF A; 2O9V A; 4M75 D; 4X34 A; 1ABQ A; 4J7I A; 4ESR A; 4E6R A; 4L59 A; 3X26 B; 1IHW A; 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