The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
100
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structure length |
100
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Chain Sequence |
QGPHMALRKEAERQALAQLEKAKTKPVAFAVRTNVGYNPSPGDEVPVEGVAITFEPKDFLHIKEKYNNDWWIGRLVKEGCEVGFIPSPVKLDSLRLLQEQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the voltage-gated calcium channel Cav1.1 at 3.6 angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
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| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Oryctolagus cuniculus
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| total genus |
16
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| structure length |
100
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| sequence length |
100
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DE0 X; 4AG1 C; 2EPD A; 2D8J A; 3UA6 A; 3I5S A; 2FPF A; 1WA7 A; 1JXO A; 2JS2 A; 3VS0 A; 1OEB A; 2M0Y A; 3M0Q A; 5IHN A; 3NGP A; 2VKN A; 4QT7 A; 4GBQ A; 2W0Z A; 1VYV A; 1WX6 A; 2ROT A; 2DL7 A; 4R0K A; 4OMM A; 3UA7 A; 1AWJ A; 4AG2 C; 2MIO A; 3H0I A; 2KR3 A; 4J9E A; 3REA B; 1K1Z A; 1ZLM A; 4KRT A; 1BB9 A; 2GBQ A; 3I35 A; 1G2B A; 4HXJ A; 1ZSG A; 2L3Q A; 1X2Q A; 4F14 A; 1BK2 A; 2KE9 A; 2GNC A; 2FO0 A; 1UG1 A; 1VA7 A; 1GCQ A; 1I07 A; 1OPL A; 2IIM A; 1JO8 A; 4DEY A; 2DJQ A; 4RTW A; 1RI9 A; 3KFV A; 2AK5 A; 4ORZ A; 5FWB A; 3U23 A; 2RMO A; 4RTY A; 1NEG A; 2C0O A; 2RPN A; 1JXM A; 1GCP A; 1Y57 A; 2ROL A; 4OML A; 2O9S A; 3PE0 A; 2K9G A; 2KXD A; 2A28 A; 3EG1 A; 1GBQ A; 2YUO A; 5FWC A; 4LNP A; 3VS2 A; 2DL3 A; 2RNA A; 1NLO C; 4Z89 A; 1SEM A; 2EKH A; 1W1F A; 2X3X D; 1ZBJ A; 1X6B A; 1BU1 A; 1SHF A; 1X69 A; 2HDA A; 2KT8 A; 2DF6 A; 2KRO A; 2ABL A; 1MV0 B; 2D8H A; 2DNU A; 2CH4 W; 2EYY A; 2D0N A; 2E5K A; 3H0H A; 5IXB A; 2AZV A; 2O9V A; 1PWT A; 1OV3 A; 2RQT A; 1M27 C; 2J6O A; 2XMF A; 2KRS A; 2ED0 A; 3VS3 A; 1WXT A; 4LUD A; 1E6G A; 3SEM A; 2KYB A; 1N5Z A; 2EYX A; 2LP5 A; 1T3L A; 4J9F A; 1G83 A; 2RQU A; 2CRE A; 1M30 A; 4CC7 A; 1M3C A; 2DLP A; 1PKT A; 1ARK A; 2EVR A; 4M4Z A; 4EIK A; 1AD5 A; 1YN8 A; 1UEC A; 1ZUK A; 1U06 A; 1AWX A; 2J7I A; 2JXB A; 5IXF A; 2EBP A; 4Z8A A; 5I22 A; 4IIM A; 1NLP C; 3R6N A; 4F16 A; 2LCS A; 4WCI A; 2MOX A; 2DIL A; 2NWM A; 2JTE A; 1YCS B; 3M0S A; 1V1C A; 5IH2 A; 1SPK A; 4AFS C; 1E7O A; 1NM7 A; 1PKS A; 4OMP A; 2FPE A; 1S1N A; 1K0S A; 2OAW A; 3A98 A; 3VRY A; 2KXC A; 2J06 A; 2ED1 A; 2LZ6 B; 2LMJ A; 2K2M A; 2RF0 A; 1UDL A; 4JZ4 A; 2EQI A; 2HBW A; 1AOJ A; 4RTZ A; 1UUE A; 4OMN A; 2YUQ A; 1YP5 A; 1QCF A; 3VRZ A; 1NG2 A; 1YWO A; 1GL5 A; 2DMO A; 4HVV A; 4OMQ A; 1YWP A; 2HCK A; 2W10 A; 3VS4 A; 4J9C A; 2LQN A; 2AKL A; 2LQW A; 1QLY A; 1X6G A; 3ZL7 C; 1Y0M A; 1GRI A; 2KGT A; 4AFQ C; 2K79 A; 2L3S A; 5ECA A; 1PRM C; 2I0N A; 4RTV A; 4CC4 B; 2OI3 A; 1QKW A; 2DL8 A; 1NEB A; 3EG0 A; 1WXB A; 2BZX A; 2F2V A; 1YNZ A; 2ECZ A; 2K6D A; 1FMK A; 1JEG A; 1H92 A; 2JW4 A; 2DRM A; 4HCK A; 2AKK A; 1UTI A; 4X1V A; 2L3P A; 1ABO A; 2FPD A; 5IHK A; 4A63 B; 1UHC A; 2A36 A; 2FG0 A; 3TVT A; 4E6R A; 2OJ2 A; 2B86 A; 4ZNX A; 1CKA A; 1AEY A; 1UJ0 A; 2GTJ A; 2F2W A; 4RTU A; 2DYB A; 2X3W D; 3VS6 A; 2VWF A; 3THK A; 1PRL C; 1M8M A; 1T0J A; 2GTO A; 2JT4 A; 4LE9 A; 1HSQ A; 1WIE A; 2BZY A; 2CH4 A; 1SRL A; 1T0H A; 3UF4 A; 2KNB B; 2ESW A; 2EW3 A; 2VVK A; 1K4U S; 2MCN A; 1TUD A; 2G6F X; 2DA9 A; 3UAT A; 3NPF A; 1QWF A; 2CDT A; 1TG0 A; 1I0C A; 3H0F A; 4JJB A; 3PVQ A; 2DVJ A; 1GFD A; 1AVZ C; 3ULR B; 1AWW A; 2SEM A; 4AFZ C; 3TSZ A; 4J9I A; 2KRM A; 2L0A A; 2HSP A; 2SRC A; 2LJ1 A; 2NUZ A; 1QWE A; 1WFW A; 1ZUU A; 4D8D A; 3QWY A; 3EGU A; 1AWO A; 3M0T A; 2K7A A; 2LNH B; 2KBT A; 3NMZ C; 1T3S A; 2A37 A; 2K3B A; 4JZ3 A; 2EYW A; 4ESR A; 1WXU A; 3CQT A; 2DX1 A; 3RBB B; 1WLP B; 4FSS A; 1OPK A; 2V1Q A; 4JJD A; 2CUD A; 1ZX6 A; 1KSW A; 1M3B A; 4GLM A; 2C0T A; 1H3H A; 1W70 A; 1E6H A; 1UHF A; 2JM9 A; 1XOV A; 2JMC A; 2F2X A; 1UFF A; 2KRN A; 1VYT A; 2GQI A; 2PNI A; 1KJW A; 1FYN A; 2PZ1 A; 2D1X A; 4OMO A; 1UGV A; 1NYG A; 1ZUY A; 3EHQ A; 2RQW A; 1PHT A; 1UJY A; 2KEA A; 3O5Z A; 2CSI A; 3EHR A; 1X2K A; 1SRM A; 2JS0 A; 1HD3 A; 4HVW A; 3I5R A; 2YSQ A; 1GBR A; 2EGE A; 1ABQ A; 1GCQ C; 1GFC A; 2QDL A; 1HJD A; 4CC3 A; 2LJ0 A; 3VS7 A; 2CT4 A; 3M0P A; 5HCK A; 1OOT A; 3EG2 A; 1B07 A; 2J05 A; 2O2O A; 2A08 A; 1X43 A; 1CSK A; 4LN2 A; 4RUG A; 1Z9Z A; 1B3Q A; 1W6X A; 1K9A A; 5FW9 A; 2CSQ A; 3GBQ A; 2YUN A; 2H8H A; 1H8K A; 5IHI A; 1WI7 A; 1RUW A; 1U3O A; 2O31 A; 2EYZ A; 1JQQ A; 2RQR A; 3C0C A; 1WYX A; 3EG3 A; 2PTK A; 2EGA A; 3QWX X; 2YUP A; 5L23 A; 2LX7 A; 2KYM A; 3PVL A; 4AFU C; 1U5S A; 2RQV A; 1UE9 A; 2DM1 A; 1BBZ A; 1CKB A; 2J6K A; 2BTT A; 4J9B A; 2L2P A; 1M3A A; 2BZ8 A; 4JJC A; 4J9G A; 4DEX A; 3I9Q A; 4RTX A; 2DRK A; 4CC2 A; 1J3T A; 3M0R A; 4IIO A; 2LJ3 A; 1LCK A; 4D8K A; 1A0N B; 4J9D A; 2J6F A; 2ENM A; 2HEQ A; 5I11 A; 4Z88 A; 2YT6 A; 1K76 A; 2FEI A; 1NYF A; 2C0I A; 3RNJ A; 2JM8 A; 2RN8 A; 1KIK A; 2DL5 A; 1EFN A; 2P4R A; 4RTT A; 3LH5 A; 1RLQ C; 1WDX A; 4F17 A; 2YDL A; 1AZG B; 3M0U A; 1TUC A; 4J9H A; 1VYU A; 1AZE A; 1X27 A; 2V1R A; 2CT3 A; 1MUZ A; 5EC7 A; 2DBM A; 4Y92 A; 3IQL A; 2KT1 A; 2AZS A; 1JU5 C; 4HVU A; 1Z9Q A; 3VS5 A; 3H41 A; 3JV3 A; 2FRY A; 2FRW A; 1I1J A; 1QKX A; 3FJ5 A; 1KFZ A; 3SHW A; 3REB B; 4LUE A; 2O88 A; 1SHG A; 2DL4 A; 2CUB A; 5GJV B; 1PNJ A; 1IO6 A; 4JPB W; 5GJW B; 1K0X A; 1RLP C; 3TSW A; 1SSH A; 2DBK A; 3VS1 A; 3NHN A; 4K11 A; 1MV3 A; 2M51 A; 2GGR A; 2EGC A; 2JMA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5FRN A; 4A54 A; 1XQH A; 2FPF A; 1WA7 A; 2F5T X; 1JXO A; 3OYK A; 3M0Q A; 5IHN A; 2LT1 A; 2KDS A; 4QT7 A; 2W0Z A; 2DZ9 A; 1VYV A; 4JRK A; 1WX6 A; 2DXT A; 4A4F A; 2DL7 A; 1MMA A; 3L2V A; 1AWJ A; 4JRI A; 4QVC A; 5A2Q E; 3CCM T; 3GLX A; 1K1Z A; 1MMN A; 1KD1 U; 4IUT A; 4CRI A; 3EGD B; 2DTO A; 2QGF B; 1G3T A; 4M78 F; 3VJP A; 2GBQ A; 2QQB A; 1XJW B; 1ZSG A; 2L3Q A; 1U1S A; 2CP2 A; 4M78 A; 3MP6 A; 3HSB A; 3HFN A; 2FVU A; 2ATC B; 1Q81 U; 4LDX A; 1UG1 A; 2DPP B; 5LJ5 j; 4RTW A; 1RI9 A; 2CS7 A; 3KFV A; 4ORZ A; 5FWB A; 2RJF A; 2DFU A; 1Y57 A; 2ROL A; 4E7L A; 2QA4 A; 3PE0 A; 4PJO E; 4HCB A; 2KXD A; 4II1 A; 3VS2 A; 4NL3 A; 2VGN A; 4MZT A; 3CCQ A; 2DL3 A; 1VQ4 A; 2GQV A; 3M57 A; 1UB4 A; 1W1F A; 1FMW A; 1YJW A; 1BU1 A; 1X69 A; 2HDA A; 2KRO A; 2ABL A; 1MV0 B; 2D8H A; 5GAM f; 2XKO C; 1VQM T; 3I55 Q; 5IXB A; 2OTL T; 4C8Q C; 3SWN C; 1ZA2 B; 3E19 A; 2QTX A; 4OB3 B; 2EQK A; 2R5A A; 1WXT A; 1K73 U; 4J6Y A; 4BUG A; 4IKF A; 1Q82 U; 2CRE A; 3HTR A; 2D9T A; 2X4X A; 2EVR A; 1MMG A; 3JCM P; 3CCV Q; 4M4Z A; 3X24 B; 1N9S A; 1ZUK A; 1U06 A; 2JXB A; 4EMK A; 1QP3 A; 3X28 B; 2K4Y A; 4RKU E; 1KQS S; 3MO8 A; 1VUB A; 2LCS A; 1WGS A; 4KH1 B; 2DIL A; 2O4X B; 8ATC B; 3G6E A; 2JTE A; 1YCS B; 3WXM B; 3M0S A; 1QW1 A; 4M75 B; 5GMK i; 3S3O A; 3CC7 T; 5GAN 3; 4PJO A; 3TQ7 P; 1NM7 A; 4J6X A; 1HK9 A; 2ZPG B; 1K0S A; 4C0G A; 3RKW A; 2K5I A; 4JZ4 A; 1BIB A; 1PD1 A; 1UUE A; 3QO3 A; 1YP5 A; 1VQ8 Q; 1VQL A; 2A3L A; 4HVV A; 1G3Y A; 4OMQ A; 2W10 A; 4OB1 B; 2I2L A; 4J9C A; 3CCS A; 2LQW A; 3NTI A; 1WQ7 A; 2QAS A; 1GRI A; 4J6W A; 3KBG A; 2DER A; 1PRM C; 4EMH A; 2FHD A; 5I21 A; 1VQK T; 2OI3 A; 2DL8 A; 1NEB A; 3JCM f; 2BZX A; 2F2V A; 4VUB A; 1EX4 A; 4RMO A; 5EG2 A; 2AT1 B; 2ZGW A; 5CCA A; 2JTM A; 1FMK A; 3CCU A; 3QSU A; 4HCK A; 1KC8 U; 2AKK A; 5GAO m; 2FPD A; 3I56 A; 1AHJ B; 2BUD A; 2F5K A; 2E1H A; 1VQ5 T; 3LH0 A; 3EFO B; 1U8R A; 4ZNX A; 2VAS A; 3HL8 A; 2R57 A; 1WHL A; 2VWF A; 2XDD A; 3JB9 G; 3V7C A; 1M8M A; 2JUF A; 1HSQ A; 3CC4 A; 4BD3 A; 3RMS A; 2ZPB B; 4KT0 E; 3CCM Q; 2EW3 A; 2VVK A; 1K8A R; 3EGX B; 1TUD A; 3UAT A; 3E9G A; 3QG1 A; 2CDT A; 1K8A C; 1I0C A; 4DOV A; 2HMA A; 3H0F A; 3L2Q A; 5CQY A; 4JJB A; 1M5Q 1; 3A8O B; 4F7U B; 2DVJ A; 3CC2 T; 4M77 B; 2X51 A; 2KRM A; 3M53 A; 1OI1 A; 5GAO r; 2NUZ A; 4OB0 B; 1QWE A; 3DKM A; 2X4J A; 1X75 C; 3LWI A; 3QWY A; 4M7D B; 2YLB A; 1M90 U; 2RHY A; 3CPW S; 2LNH B; 1VQ6 Q; 2KBT A; 3RER A; 2A37 A; 5KE2 A; 5FU6 B; 4ESR A; 1WHK A; 4QVZ A; 1OZ2 A; 1OU8 A; 2PVG B; 1G5V A; 3RBB B; 3CCJ T; 1OPK A; 2V1Q A; 1TWB A; 2ZPE B; 3OW2 A; 1N27 A; 1VQO A; 3BDU A; 1H3H A; 1UHF A; 2OTL Q; 2JM9 A; 3J81 E; 1XOV A; 2VC8 A; 2F2X A; 3EG9 A; 4BDZ A; 1VYT A; 2E12 A; 2PNI A; 1KJW A; 1YIT T; 2PZ1 A; 1B7T A; 2D1X A; 1TOV A; 4GLK A; 3A8M B; 4HCC A; 1UGV A; 5KYY B; 4C92 B; 1IGU A; 2CZ7 B; 2YHT A; 3EHQ A; 1LNX A; 3JCM g; 1UJY A; 2DTH A; 2QQS A; 6AT1 B; 1IB8 A; 3ASK A; 2CSI A; 1X2K A; 1ZSZ A; 1IRE B; 1VQ9 A; 4D6W A; 2CP6 A; 1I81 A; 3C4S A; 1KQ1 A; 2YRC A; 1ABQ A; 1GFC A; 4EPC A; 3VS7 A; 3DB3 A; 1SSF A; 2K57 A; 3H8Z A; 1JJ2 S; 2F1L A; 2J05 A; 3A8L B; 1X43 A; 1UGP B; 3CD6 A; 3WVD B; 3TU4 K; 3M58 A; 5IHI A; 2NUP A; 4M7A B; 2DZC A; 5LJ3 f; 1U3O A; 2O31 A; 2D6F A; 2QXF A; 3M4G A; 4Z02 A; 1YJN A; 2RQR A; 5L23 A; 3PVL A; 2A0F B; 4AFU C; 1VQK Q; 1U5S A; 1D1B A; 1UE9 A; 2DM1 A; 3VUZ A; 2J6K A; 4M75 G; 4QVD A; 2BTT A; 4DEX A; 1QVF A; 1BCO A; 4RTX A; 1Y7X A; 4CC2 A; 1QP2 A; 1K9M R; 4ME7 A; 1J3T A; 1EIF A; 1A0N B; 2ZPH B; 2JN0 A; 3VU3 C; 1NJI C; 2ENM A; 2HEQ A; 4MZP A; 2X35 A; 2QA4 T; 2EQM A; 1VQ5 Q; 3F70 A; 2MK5 A; 4Z88 A; 1N9R A; 3G4S A; 3CCQ T; 1NYF A; 4ZGD B; 5LJ5 h; 4JUV A; 1VQ4 T; 2P4R A; 3H6Z A; 2GFA A; 1C1A A; 3EFS A; 5DM7 R; 3HRT A; 1YJW T; 1D3B B; 1M4Z A; 3CCE Q; 1MUZ A; 2LQK A; 2CZ0 B; 4Y92 A; 2KT1 A; 1UGR B; 3CME A; 3PGG A; 3JV3 A; 4FYW B; 2FRW A; 2MYS A; 1QKX A; 4DBH A; 2DO3 A; 5I2S A; 1KFZ A; 1MHN A; 1M1K R; 3JB9 J; 2O88 A; 3X26 B; 1SHG A; 3UT1 A; 2CUB A; 3VYH B; 2JOY A; 3OYL A; 2BE7 D; 4JPB W; 1QVF P; 1K0X A; 3TSW A; 3VS1 A; 3CCR Q; 2M51 A; 2WAC A; 4KGV B; 2EPD A; 3G6E T; 3I5S A; 2RI3 A; 2RHZ A; 3VS0 A; 3CCJ Q; 4JDS A; 4L59 A; 5GAM j; 2WSE E; 4B9X A; 2DXB A; 2HZY A; 3OMG A; 4AG2 C; 4JJN K; 2VV5 A; 2MIO A; 3H0I A; 1IGQ A; 4M78 B; 4F7U G; 5LJ3 g; 2QEX A; 3REA B; 3L42 A; 3OBY A; 4M77 G; 2LQ8 A; 4PJO D; 1VQL T; 1ZLM A; 1YIT Q; 2MMP A; 3X25 B; 4KRT A; 2VXF A; 1BB9 A; 3GPL A; 3CCS T; 2DIG A; 5C6S A; 3ZFJ A; 3G1J A; 1G3W A; 1K8A U; 4JRQ A; 4M7D G; 3JB9 D; 4F14 A; 4KH0 B; 4M7A F; 4ATO A; 1F1B B; 4DEY A; 1I07 A; 1OPL A; 5GMK j; 2QI2 A; 2OTJ Q; 3U23 A; 3S3N A; 3CCU T; 3L1A A; 3LGF A; 2C0O A; 1GCP A; 3GF5 A; 1I5O B; 4QQD A; 1Q86 R; 3S3M A; 2CZ1 B; 3I56 T; 5GAO p; 3EG1 A; 2YUO A; 1M1G A; 3OQ5 A; 4BI8 B; 2YLC A; 1SEM A; 2X3X D; 3OMC A; 4OGE A; 1DJ7 B; 2K3Y A; 1S72 Q; 1RAB B; 2DF6 A; 2QQR A; 3JB9 H; 2CH4 W; 3CC4 T; 4BE2 A; 2DKG A; 2EYY A; 1FXX A; 2D0N A; 4C92 G; 1KHI A; 3HHT B; 3MEU A; 1WHJ A; 3OYM A; 1IRX A; 1OV3 A; 1QVG P; 4N0A C; 2VGM A; 3UPU A; 5GAN d; 5FU6 C; 4AMC A; 4PNO A; 3OA6 A; 4KUI A; 4LUD A; 2LDM A; 1TXQ A; 1G83 A; 4PFO A; 1VIF A; 1PKT A; 2NUT B; 4X9C A; 3OS0 A; 3CBM A; 2XDB A; 3J7A F; 1UGS B; 1YN8 A; 3M54 A; 2K5L A; 4R56 A; 1AWX A; 3OS1 A; 2V8J A; 4IIM A; 4LD6 A; 3QII A; 4F16 A; 1XNI A; 2NWM A; 5J39 A; 1V1C A; 3GNG A; 1R0C B; 5GAN g; 1PM3 A; 1KK7 A; 3CCQ Q; 3MEW A; 1FMV A; 4AFS C; 3V8J A; 1ZQ1 A; 2FPE A; 2OAW A; 2KXC A; 4QQG A; 3CXC P; 2J06 A; 1YJW Q; 1D0Y A; 2ED1 A; 1VQO T; 2HBW A; 1NZ9 A; 1BYM A; 4RTZ A; 4FSX A; 3PIP A; 1QCF A; 5DLQ E; 1BI1 A; 1YWO A; 3OYD A; 2HCK A; 2L5Q A; 4RG2 A; 2LQN A; 2AKL A; 1VIE A; 1R8O B; 4IUP A; 2HKQ B; 1X6G A; 4XU1 A; 4AFQ C; 1YI2 A; 2K79 A; 3M5A A; 2I0N A; 2LTO A; 4CC4 B; 1NE8 A; 2E10 A; 1LPL A; 3EG0 A; 1WXB A; 2DTI A; 4KGX B; 1Q7Y R; 2ZPF B; 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