The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
72
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structure length |
70
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Chain Sequence |
PVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLYIRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a yeast catalytic step I spliceosome at 3.4 angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor 8
|
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| total genus |
8
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
72
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| chains with identical sequence |
w
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| h | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4RCB A; 2ZGW A; 4M7A B; 3JCM d; 4PJO G; 5GAN j; 5GMK h; 5GAN 5; 3JCM e; 5GAO m; 1BIA A; 5GAO l; 1I5L A; 2YLC A; 1HXD A; 4F7U B; 3HSB A; 4XU2 A; 5GAN 2; 4M7D F; 4M7A F; 4EMK C; 4JUV A; 5LJ5 h; 5GAO n; 4HA8 A; 2DXU A; 5LJ3 d; 4F7U F; 1YCY A; 1Y96 B; 4EMK A; 5LJ3 e; 4M7A G; 2VXF A; 4M75 C; 1BIB A; 1N9R A; 3SWN C; 4M78 A; 4M75 E; 3FJP A; 4M77 D; 4XTX A; 5GAN 7; 4WF2 A; 1WNL A; 4XU1 A; 4M75 G; 2DZ9 A; 3V8J A; 4C92 A; 5GMK e; 1U1T A; 2YLB A; 3JCM V; 4C8Q C; 3V8K A; 3JCM P; 2RM4 A; 2Y90 A; 3HFN A; 4JRK A; 4C8Q E; 4DQ2 A; 4QVD A; 5LJ5 d; 4PJO C; 1M8V A; 4C8Q G; 5LJ5 e; 5GAN f; 3PGG A; 4M78 D; 1WQW A; 2DJZ A; 4NOY A; 4M7D C; 4M77 F; 2EJ9 A; 3BFM A; 3BY7 A; 2E1H A; 3M4G A; 4HT8 A; 3L2Z A; 5CAI A; 4M78 B; 4M7D E; 2HNI A; 1X01 A; 4M7A E; 4JRI A; 1I4K 1; 4M7D G; 3VU3 C; 4C92 B; 2I2L A; 3V7S A; 3V8L A; 4A54 A; 3INZ A; 5GAM f; 5GAM j; 4J6Y A; 1WPY A; 1JBM A; 1JRI A; 2DTH A; 5GAN g; 3JB9 F; 4EMG A; 4M78 F; 3JCM X; 3JCM Q; 3EFS A; 3JCM c; 2DXT A; 4OP0 A; 4C92 F; 2FYK A; 1LJO A; 3FB9 A; 5GAM g; 4A53 A; 1TH7 A; 5GAO q; 3V7R A; 4M75 A; 3L1A A; 4N0A C; 3SWN A; 2EJG A; 3RKX A; 2EAY A; 1B34 A; 2RB6 A; 3HFO A; 3V7C A; 5LJ3 j; 2CGH A; 1N9S A; 4XTW A; 5GAN h; 2QTX A; 3JCM W; 5GAO p; 4N0A A; 2E10 A; 4M77 E; 2VC8 A; 4JLI A; 2DVE A; 4XTV A; 4C8Q A; 4EMH A; 3JB9 D; 4EMK B; 4M77 G; 4MMK A; 3JCM J; 4PJO A; 4NL2 A; 1WQ7 A; 4M7A C; 4C92 D; 3RES A; 4XQ3 A; 5DY9 A; 4M7D A; 4QVC A; 4M75 B; 4M7A A; 2DEQ A; 1U1S A; 4M78 E; 2FB7 A; 1B34 B; 3SWN B; 1I8F A; 3JCM f; 4F7U E; 5LJ5 j; 3BDU A; 4M78 G; 2DZC A; 1HK9 A; 4F7U G; 5GAN d; 2RA2 A; 4PJO D; 4HT9 A; 4PNO A; 1M5Q 1; 5GAN e; 4C8Q B; 4M75 F; 1MGQ A; 2DTO A; 3JCM b; 4V2S A; 1LOJ A; 4PJO B; 2YHT A; 4J5Y A; 5GAN 4; 1D3B A; 1Y96 A; 2E65 A; 2EJF A; 3EFR A; 3QHS A; 3JCM g; 5GAM d; 5LJ3 f; 4C8Q F; 5GAM e; 4M7D B; 5GAN 8; 5GAO r; 4RCC A; 4PJO F; 3RUX A; 4M77 C; 3RIR A; 3JB9 J; 2VXE A; 5GAN 3; 5GMK j; 5GAN 6; 1KQ2 A; 4M77 A; 4Y91 A; 3AHU A; 4NL3 A; 4M75 D; 5GMK m; 5LJ3 g; 5GAM h; 1I81 A; 5GMK l; 3GIB A; 1D3B B; 4J6X A; 3QUI A; 4M78 C; 3SB2 A; 3JCM h; 5LJ5 f; 5I21 A; 1LNX A; 2E41 A; 3RKY A; 4C92 C; 2K57 A; 1KQ1 A; 5GMK i; 3JB9 G; 4XTZ A; 2DTI A; 4XU0 A; 2RD1 A; 4C8Q D; 4C92 E; 4F7U A; 3QSU A; 4XTU A; 4X9D A; 4XTY A; 3RKW A; 4C92 G; 3JB9 H; 1H64 1; 2EWN A; 4J6W A; 4XU3 A; 3QO3 A; 2DKG A; 4M77 B; 5LJ5 g; 3FIF A; 4MML A; 5LJ3 h; 4M7D D; 2JN0 A; 4M7A D; 3JB9 I; 3RER A; 4X9C A; 4PJO E; 2E64 A; 3BW1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4RCB A; 4LNP A; 2EKO A; 1R8O B; 2D8H A; 3RMQ A; 2CP5 A; 2JMA A; 2YUN A; 4IUP A; 1W2B A; 1RI0 A; 2PVD B; 3F70 A; 3OYN A; 1GRI A; 2OX7 A; 1QVG S; 4L59 A; 1VQ5 T; 1M2O A; 2KXD A; 1OPK A; 1KD1 C; 1WNL A; 5GMK e; 4OMF B; 3PVQ A; 4KRT A; 1KIK A; 2CKK A; 4J7F A; 1QCN A; 3MPU B; 2X3W D; 3M0Q A; 2AZS A; 2E1H A; 1IO6 A; 3LH0 A; 1VQP Q; 1M1K U; 2QDL A; 3HPW A; 1AWX A; 4EMG A; 2GF7 A; 2HQE A; 3JCM X; 1X2K A; 4XK8 E; 4PLL A; 3LLR A; 1PNJ A; 2JW4 A; 1VQ4 T; 1Q7Y R; 2P0Q A; 1WGS A; 2HKN A; 1N5Z A; 2R5M A; 5KH6 A; 5KYU A; 4XTV A; 1BCO A; 4M77 E; 4OMN A; 2V8J A; 4E7Z A; 2MWO A; 4BY6 B; 1UGV A; 5FRM A; 2E6Z A; 1ZBX A; 2YWW A; 2NUT A; 5ECA A; 2DFU A; 2DZC A; 3CBM A; 2JVV A; 5KYU B; 1MGQ A; 2K5L A; 5FU7 B; 4LDX A; 2SRC A; 1GXI E; 2QQA A; 4IIM A; 2OJ2 A; 3CCS A; 1AWJ A; 4QQG A; 2NUT B; 2DRK A; 3CCR T; 3OBY A; 1CKB A; 1YHQ T; 2ZPE B; 2BE9 B; 4XAX B; 3CMA Q; 1SSF A; 3M55 A; 1QLY A; 1Q81 R; 2DD5 A; 2FO0 A; 2JUF A; 3ZL7 C; 2QEX T; 2DPP B; 1SHG A; 2PU9 B; 1K73 C; 3CPW P; 5GAN 5; 1QVG A; 4XU2 A; 1VQN Q; 2DXU A; 2AKL A; 3RR6 A; 3OB9 A; 5D6Y A; 3KFV A; 3MCA B; 2X4J A; 4M78 A; 2L2P A; 1HYO A; 3V8J A; 1Q81 U; 1JXM A; 1U1T A; 5DLO A; 1D0X A; 4QVZ A; 2Y4Y A; 2FPD A; 2EJ9 A; 3BFM A; 3OYM A; 3M4G A; 1VQ8 A; 1YCS B; 2PVO B; 4M78 B; 3I5S A; 5HKC A; 1I4K 1; 2EPD A; 4JS4 A; 3UA7 A; 2DJQ A; 4AFZ C; 1WA7 A; 2DMO A; 3JB9 F; 4M78 F; 1W2B P; 1UB4 A; 3OMC A; 4LXC A; 3CCM A; 2AT1 B; 1ZBJ A; 1Q86 U; 3L1A A; 3V7C A; 2DD4 A; 4EMH A; 2X9H A; 2KBT A; 3J81 E; 1UEB A; 2A0F B; 2FHD A; 3OW2 P; 3BDU A; 1HK9 A; 2RI2 A; 3CC2 Q; 1M1F A; 3REA B; 3SFM A; 3JCM b; 1YJW Q; 1I0C A; 4A4F A; 3OYK A; 2ZPH B; 4AMC A; 3MHX A; 2A7Y A; 3CC4 Q; 4ELZ C; 4M77 C; 4J9F A; 2K2M A; 1ZSG A; 5LJ3 g; 5IT9 E; 3T9N A; 1UEC A; 2RH2 A; 3EAE A; 3M4Y A; 1T3L A; 1TWB A; 4HKE A; 1WHM A; 4MDW A; 3CCV A; 3P8H A; 1BI3 A; 2DX1 A; 2HL5 C; 4WCI A; 2DKG A; 2ESW A; 2J6K A; 1M9S A; 2DBK A; 1QWE A; 4FU6 A; 2KDS A; 4PJO E; 2CUB A; 1K1Z A; 5GAN j; 3GBQ A; 2GCX A; 4OML A; 2YLC A; 1H8K A; 2CSI A; 2VB6 A; 1SPK A; 3GNG A; 2NYS A; 5FU6 C; 4CC7 A; 4PJL A; 3VKI A; 4KUD K; 5LJ3 e; 4C5E A; 4RTT A; 1MND A; 1SRL A; 4Z02 A; 3GF5 A; 1TUC A; 1PRL C; 1VYU A; 2CH4 W; 2VYT A; 1LVK A; 1NLP C; 4QW2 A; 2BZY A; 3CCS T; 2LX9 A; 1E6G A; 1QVG P; 2O9V A; 1RAB B; 3EG9 A; 1FMW A; 2MYS A; 2K4Y A; 2DVJ A; 3M9Q A; 3V7S A; 3V8L A; 5A0L A; 4JJD A; 4PJN A; 5GAM j; 2DTH A; 3JV3 A; 1RUW A; 2X35 A; 3MP6 A; 2VVK A; 2MAM A; 1X2Q A; 4GBQ A; 2KT1 A; 1VYT A; 4DEX A; 1AEY A; 5IAY A; 3EG9 B; 2DM1 A; 4M4Z A; 2RJF A; 1G8X A; 2GQV A; 3SD4 A; 3N5B B; 2ATC B; 3PTA A; 4XQ3 A; 3VV0 A; 4LD9 K; 4QVC A; 4DEY A; 3QJY A; 3CCU A; 4M78 G; 1TS9 A; 4E6R A; 1ABO A; 2DL4 A; 2E70 A; 3Q1J A; 3M0U A; 2RQR A; 2AIR B; 1VQO Q; 3MKD A; 4M77 A; 3HRS A; 1KC8 C; 1VQ8 T; 4PFP A; 2LJ3 A; 4Z8A A; 1UGR B; 2KYM A; 1WXT A; 2YRD A; 3IQL A; 1UFF A; 1QVP A; 4XTZ A; 2DTI A; 1ZUU A; 1R0B G; 3OYY A; 1WZO A; 4DBF A; 3PMI A; 2GTO A; 3I55 Q; 4QQ6 A; 2RNA A; 3CCM T; 4M77 B; 4BE0 A; 1B7T A; 1WJS A; 1MV0 B; 2ZAE A; 2L0A A; 2Z0W A; 5L8R E; 2DF6 A; 3FDR A; 1YCY A; 1EFN A; 1ZA2 B; 2O4X B; 3SWN C; 4DA4 A; 2GQI A; 3CPF A; 4M75 E; 2L3R A; 4E7I A; 2OTJ A; 1BI2 A; 1YJN A; 3O5Z A; 1YIT Q; 4PJO C; 1YNZ A; 2GFA A; 2V26 A; 3CCJ A; 4M78 D; 1AVZ C; 2QQS A; 1WQW A; 5A2Q E; 4M7D E; 2A36 A; 2EFI A; 3A5Z B; 5L23 A; 3VU3 C; 2CT3 A; 4J9D A; 3LGL A; 2LJ0 A; 3ME9 A; 1PD1 A; 2DAQ A; 3A8M B; 5IHI A; 4RTU A; 3ASK A; 3EFS A; 3JCM Q; 4J9G A; 1X75 C; 2DET A; 3CCV T; 3NMZ C; 1NJI R; 2PNI A; 2RB6 A; 3LWH A; 3VYH B; 4YTL A; 3G71 Q; 2LJ1 A; 3M0S A; 2LT1 A; 1KHC A; 1UG1 A; 2OI3 A; 3M0P A; 4MMK A; 2BUD A; 4NL2 A; 1WQ7 A; 3JAM E; 3RES A; 4IUU A; 2K2V A; 4F04 B; 4F7U E; 3L2Q A; 4ZGJ B; 2DIL A; 1M5Q 1; 1XQH A; 1LOJ A; 3EG3 A; 3JCM g; 4FW1 A; 2X4X A; 2GGR A; 1T3S A; 1NJI U; 1NYF A; 2M02 A; 1SEM A; 3OYI A; 2NUP A; 1K8A C; 2RJC A; 1MHN A; 1V1C A; 1AHJ B; 4C5G A; 5GAN 6; 3QII A; 2XD0 A; 2LQN A; 1KD1 R; 4JZ3 A; 3I56 Q; 2PTK A; 5CVI A; 1LNX A; 1KQ1 A; 1N6A A; 2LCS A; 4C92 E; 3JRZ A; 3QWY A; 2NUP B; 2H3J A; 3CME A; 1Z9Z A; 3O8V A; 4PKC C; 5LJ5 g; 4MML A; 2DYB A; 3QBY A; 1GBQ A; 1OOT A; 3JCM e; 1HXD A; 3EH1 A; 1EIF A; 1FMV A; 2KK4 A; 3HSB A; 2CP6 A; 4Z89 A; 1Q95 G; 1RAH B; 2D0N A; 1KD1 U; 4CC4 B; 2KRM A; 3CCU T; 1CSK A; 3CCL A; 5FWC A; 1V29 B; 3JCM V; 3VUZ A; 3WVE B; 4JRK A; 5LJ5 e; 3UPU A; 3GOX A; 1VIE A; 5CR2 A; 3A8L B; 3D7S B; 3DLL A; 1KHI A; 2CZ7 B; 3MO8 A; 4J7I A; 1NEG A; 2M0O A; 3G6E A; 2KYB A; 2DXT A; 3FC3 A; 3VS0 A; 4ZTF A; 2MK5 A; 3MP8 A; 4A53 A; 5GAO q; 1QQJ A; 2L89 A; 3H0F A; 4MZM A; 2D0Q B; 1OZ2 A; 1S72 A; 2K9G A; 1I07 A; 4BDZ A; 1RAE B; 4KH1 B; 5CCA A; 4LDU A; 1M90 C; 3LWI A; 1K73 R; 1GFD A; 3QZ5 B; 2JZ2 A; 4V2S A; 2DTO A; 1K0X A; 1VQ9 Q; 1XJW B; 2CP3 A; 2JT4 A; 4GLM A; 3OYB A; 2RF0 A; 5LJ3 f; 2OTJ T; 1PC0 A; 5GAN 8; 2RHI A; 3JB9 J; 1YJN T; 2H8H A; 3CCJ T; 2KY9 A; 4Y91 A; 4FYW B; 2JJ9 A; 4J6X A; 1VQP A; 3QPH A; 1FWZ A; 1SSH A; 2E41 A; 4KUL A; 4FT2 A; 1R0C B; 3S3M A; 2E5K A; 4FYX B; 4AFQ C; 3OYA A; 4RTV A; 2O01 E; 1M8M A; 4PL6 A; 1K9M U; 2FVU A; 4HXJ A; 1OX9 A; 3M53 A; 2R58 A; 1RLQ C; 4EMK C; 1VQ6 A; 4AG2 C; 5GAO n; 2HAX A; 1EX4 A; 5LJ3 d; 2A28 A; 3HP9 A; 2W10 A; 1X6B A; 2IG0 A; 2IPO B; 1Y7X A; 1J3T A; 1JQQ A; 2YLB A; 5KCH A; 2CDT A; 2LNV A; 4GLK A; 4E2F B; 4C8Q G; 2K3X A; 4JS5 A; 2KT8 A; 2DJZ A; 3RMS A; 5A0G A; 3BY7 A; 2R57 A; 5IXB A; 3L2Z A; 1X01 A; 4OVA A; 1GCP A; 1C1A A; 9ATC B; 2I2L A; 1DJ7 B; 1JRI A; 1MUZ A; 1QMC A; 2YDL A; 3CMA A; 3C95 A; 2VAS A; 2FYK A; 3QYG B; 2FL7 A; 3M5A A; 5GAM g; 4M75 A; 5KYW A; 1PKT A; 1HD3 A; 3CME T; 4XTW A; 4RKU E; 5GAN h; 2HQH A; 1GCQ C; 2QG9 B; 2C0T A; 4O6J A; 5AYF A; 1QVF S; 1W4S A; 3VS6 A; 1RAD B; 3TU4 K; 1Y07 A; 4C0D B; 2XHC A; 1D1C A; 1T0J A; 5I22 A; 1O9S A; 3HRT A; 4M7D A; 4M75 B; 4PJJ A; 3MEV A; 2B86 A; 3EHQ A; 1VQN A; 4PLI A; 1VUB A; 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2LQK A; 3PIO A; 1D3B A; 2HMA A; 1AWW A; 3QHS A; 2DL3 A; 4OMP A; 2QA4 Q; 2ZPF B; 1KC8 U; 3MP1 A; 3QXE B; 2RMO A; 4LN2 A; 4II1 A; 4FW2 A; 5GMK m; 1B3Q A; 3DLM A; 5GMK l; 2CYZ B; 2HQX A; 1D3B B; 4C0F A; 5CK9 A; 5LJ5 f; 2OTL A; 2P0K A; 5CKH A; 5FRO A; 1Q82 C; 4IUV A; 3M0R A; 3CMA T; 2FRW A; 2QXF A; 2YT6 A; 3QDR B; 1P92 A; 4HVU A; 3OS5 A; 3OYC A; 3VS2 A; 3JCM d; 4ZN1 A; 1H3Z A; 1JU5 C; 2BTT A; 3VYG A; 1WHK A; 4JUV A; 1X69 A; 4E7J A; 1M1K C; 4RTX A; 1UJY A; 2M0Y A; 3DB3 A; 1VQN T; 1TUG B; 1QKX A; 2DZ9 A; 1OV3 A; 4E7H A; 4FIB A; 4BDY A; 3HFN A; 1WJR A; 5LJ5 d; 3ZFJ A; 1OZ3 A; 4EDU A; 2WSF E; 3G4S Q; 2K3Y A; 1KSW A; 1VQO A; 3M59 A; 4HVW A; 2QDY B; 2OAW A; 4BAC A; 1SKU B; 2COW A; 4OP0 A; 3VS4 A; 3L2U A; 2X4Y A; 2BE7 D; 3CCQ Q; 4E7K A; 3S3N A; 1K8A R; 3RNJ A; 3FLG A; 3V7R A; 4N0A C; 5IHN A; 3I55 A; 2CZ1 B; 4R56 A; 1MMG A; 2E10 A; 1WJQ A; 2VC8 A; 1LPL A; 4OB1 B; 4M7A C; 1E7O A; 1U1S A; 1T0H A; 1SRM A; 2MCN A; 2RQW A; 2HEQ A; 4DOW A; 3SDZ A; 1BCM A; 1VQ7 Q; 2EBP A; 2MWP A; 2CZ6 B; 1Y96 A; 1K8A U; 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