The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
55
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structure length |
55
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Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEGNGRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain double mutant V46G-D48G
rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
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| total genus |
12
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| structure length |
55
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| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-02-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GCQ C; 2J6O A; 2GQI A; 2LMJ A; 2K9G A; 1KFZ A; 3ULR B; 4RTU A; 2HSP A; 1WIE A; 2EW3 A; 2KNB B; 2EBP A; 4JJB A; 4CC2 A; 1AWX A; 1I07 A; 1HJD A; 1U06 A; 2W10 A; 1WA7 A; 4WCI A; 2J6F A; 2LJ1 A; 3M0S A; 1X43 A; 4K11 A; 2E5K A; 1SRM A; 2A36 A; 2V1Q A; 4ESR A; 2YT6 A; 3NPF A; 1ZSG A; 3VS0 A; 4OMQ A; 2M51 A; 2NWM A; 1PKS A; 1UHC A; 3REA B; 2VVK A; 1H8K A; 2FPE A; 1KSW A; 3QWY A; 3THK A; 1UTI A; 2D0N A; 1OOT A; 1AOJ A; 2F2W A; 3M0U A; 2ECZ A; 2EGA A; 1QWE A; 2EYY A; 5ECA A; 3ZL7 C; 2KBT A; 1WDX A; 2DF6 A; 3VS1 A; 2OJ2 A; 2XMF A; 1K1Z A; 1ZBJ A; 3I35 A; 2PTK A; 1KIK A; 2RQR A; 4LUD A; 3UA6 A; 4HVV A; 2AK5 A; 1WX6 A; 2C0O A; 1AD5 A; 2LJ3 A; 2SRC A; 1MV3 A; 2I0N A; 1E6G A; 1H92 A; 2KRS A; 1MUZ A; 2MCN A; 2A37 A; 1M3A A; 2EVR A; 2EGE A; 4RUG A; 2ROT A; 1X6G A; 2DRK A; 2DVJ A; 3GBQ A; 1HSQ A; 4J9C A; 4D8D A; 2GTO A; 4RTZ A; 2G6F X; 2JM9 A; 1JEG A; 2L0A A; 5FW9 A; 2A28 A; 1NYF A; 2YUP A; 2O88 A; 2DL4 A; 3H0I A; 4JZ3 A; 1YCS B; 1PRM C; 2BZ8 A; 1QWF A; 2D1X A; 2DRM A; 2ESW A; 4KRT A; 1UJ0 A; 2K79 A; 1KJW A; 3TSZ A; 1ZUY A; 1EFN A; 2FRW A; 4Z88 A; 4JJC A; 5GJW B; 4LNP A; 1ZX6 A; 3H0F A; 1G83 A; 3JV3 A; 3NGP A; 5L23 A; 1T3L A; 2AKL A; 2RF0 A; 4R0K A; 2HDA A; 3M0T A; 2OAW A; 2V1R A; 3QWX X; 2PZ1 A; 2EKH A; 4J9E A; 2KEA A; 2FPF A; 2RMO A; 1H3H A; 2X3X D; 3I9Q A; 4JJD A; 2EYW A; 2VWF A; 2D8H A; 2AZV A; 2L2P A; 2C0I A; 1M27 C; 3H0H A; 1OV3 A; 1K9A A; 1GL5 A; 2J06 A; 4OMN A; 2JS2 A; 5HCK A; 4ORZ A; 1AWJ A; 1CKB A; 1ABQ A; 2KT1 A; 2YDL A; 4LUE A; 1UDL A; 4RTY A; 3VS7 A; 2YUN A; 2EQI A; 2O2O A; 1E6H A; 1QKW A; 1VYV A; 1X69 A; 1JXO A; 1PWT A; 1WLP B; 1ABO A; 1OPK A; 2K7A A; 3PVQ A; 2F2V A; 3CQT A; 1RUW A; 4D8K A; 2FRY A; 4RTV A; 2ED0 A; 1SRL A; 2KYM A; 3VS6 A; 1PHT A; 3H41 A; 2L3P A; 5IXB A; 1GCQ A; 2KE9 A; 1NLO C; 1X2K A; 2DJQ A; 3M0Q A; 4J9B A; 1X27 A; 3UA7 A; 1RLQ C; 1GBR A; 2IIM A; 4RTX A; 4ZNX A; 4E6R A; 2CRE A; 2KXC A; 1T0J A; 2CT4 A; 1E7O A; 2FEI A; 4DEY A; 2CUD A; 1VYT A; 2BTT A; 1U5S A; 4JZ4 A; 2K3B A; 1S1N A; 2LQN A; 4OMO A; 1RI9 A; 2ROL A; 4OML A; 1AEY A; 4IIO A; 2RQU A; 2DBK A; 2YSQ A; 1WFW A; 1BB9 A; 1M30 A; 5IH2 A; 2RNA A; 2JTE A; 1JQQ A; 4CC4 B; 2H8H A; 2DL7 A; 2DIL A; 3VS3 A; 1WXU A; 3SEM A; 2D8J A; 1J3T A; 3A98 A; 3IQL A; 1WXT A; 2DM1 A; 2QDL A; 4HVU A; 2JW4 A; 2JT4 A; 1WYX A; 1AWO A; 1FMK A; 2HCK A; 2X3W D; 1YWP A; 4QT7 A; 2P4R A; 5FWC A; 1NLP C; 4J9D A; 2DL5 A; 4HXJ A; 1OPL A; 4X1V A; 5IHK A; 3RNJ A; 4GLM A; 1GFC A; 2FG0 A; 3VRY A; 1AZG B; 4Y92 A; 5GJV B; 4OMM A; 4AFQ C; 1K0X A; 2PNI A; 2AKK A; 2J6K A; 3NMZ C; 4F14 A; 2KXD A; 3EG2 A; 4Z8A A; 2L3S A; 2A08 A; 2NUZ A; 2RQV A; 4AFS C; 1TUD A; 1AZE A; 2EYX A; 2K2M A; 3FJ5 A; 4AFZ C; 1VA7 A; 2DLP A; 4OMP A; 2JS0 A; 2O31 A; 3M0P A; 2DBM A; 2LCS A; 1UJY A; 3EG1 A; 2DE0 X; 1JO8 A; 2LP5 A; 4A63 B; 5I22 A; 1SHG A; 1W6X A; 1G2B A; 1Z9Z A; 1T3S A; 2LJ0 A; 4LE9 A; 1K4U S; 3EG3 A; 2AZS A; 1SPK A; 1GRI A; 2LQW A; 1M3B A; 1X2Q A; 1Y0M A; 1B3Q A; 1PRL C; 2DA9 A; 4JPB W; 3TVT A; 2J05 A; 4RTW A; 4J9F A; 1NEB A; 3VRZ A; 1V1C A; 2B86 A; 5I11 A; 4CC3 A; 2RQW A; 2FPD A; 2JXB A; 3UAT A; 2K6D A; 2O9S A; 4HCK A; 1Y57 A; 1UGV A; 2DMO A; 1PKT A; 1W70 A; 2GTJ A; 2ENM A; 1HD3 A; 3PVL A; 4M4Z A; 4F16 A; 2KYB A; 1U3O A; 2KGT A; 2YUQ A; 2W0Z A; 1K76 A; 3KFV A; 1IO6 A; 3EHR A; 2L3Q A; 1UUE A; 1AWW A; 1I0C A; 5IHN A; 2DYB A; 4IIM A; 5FWB A; 1UFF A; 1JU5 C; 2CDT A; 1QLY A; 2O9V A; 4AG2 C; 2BZX A; 1BK2 A; 2YUO A; 1Z9Q A; 2C0T A; 4F17 A; 3VS4 A; 3TSW A; 2JM8 A; 2CSI A; 1YP5 A; 1N5Z A; 2JMC A; 2FO0 A; 1JXM A; 1QKX A; 3I5S A; 1M8M A; 1PNJ A; 3REB B; 3VS2 A; 1T0H A; 1NG2 A; 1NYG A; 1YN8 A; 1BBZ A; 2RPN A; 3I5R A; 1X6B A; 3NHN A; 1VYU A; 2MIO A; 1UG1 A; 3SHW A; 2GBQ A; 3RBB B; 1GCP A; 3EHQ A; 2EGC A; 1NM7 A; 4CC7 A; 4HVW A; 2OI3 A; 2DL8 A; 1ARK A; 2LNH B; 4AFU C; 1SSH A; 2BZY A; 2ED1 A; 1LCK A; 2CSQ A; 2RN8 A; 4Z89 A; 2KR3 A; 3U23 A; 3UF4 A; 2CT3 A; 1ZLM A; 1YNZ A; 2KT8 A; 3C0C A; 5IHI A; 4DEX A; 2ABL A; 1A0N B; 1XOV A; 2GGR A; 1W1F A; 2EPD A; 3O5Z A; 1RLP C; 3EGU A; 2CUB A; 2GNC A; 1OEB A; 4LN2 A; 1K0S A; 1AVZ C; 1WI7 A; 3EG0 A; 1QCF A; 2JMA A; 1FYN A; 3M0R A; 4GBQ A; 2KRO A; 4J9G A; 4AG1 C; 1CSK A; 2M0Y A; 4EIK A; 1NEG A; 2HEQ A; 4J9I A; 1UEC A; 2VKN A; 3VS5 A; 2DL3 A; 1SHF A; 2F2X A; 1B07 A; 1GFD A; 4J9H A; 3LH5 A; 3R6N A; 2EYZ A; 1BU1 A; 2KRM A; 5IXF A; 1UE9 A; 2LX7 A; 2DNU A; 5EC7 A; 2DX1 A; 1WXB A; 2SEM A; 3PE0 A; 2MOX A; 2KRN A; 4FSS A; 1GBQ A; 1M3C A; 1SEM A; 2HBW A; 2LZ6 B; 1I1J A; 1TUC A; 1CKA A; 2J7I A; 1TG0 A; 2RQT A; 1YWO A; 2CH4 A; 1MV0 B; 1UHF A; 1ZUU A; 2CH4 W; 4RTT A; 1ZUK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M7D G; 1H64 1; 5GAN 5; 2LMJ A; 2Y4Y A; 4XTW A; 2DD5 A; 2HSP A; 2EBP A; 1ZSZ B; 1JJ2 A; 1RAE B; 4ZTJ A; 3GPL A; 3MET A; 4GY5 A; 2P4T A; 2LT4 A; 4K11 A; 2VB6 A; 3LGF A; 4C8Q C; 3JCM d; 3H9N A; 2KQW A; 2NWM A; 4LDV A; 2FPE A; 2YRC A; 2XG8 D; 2HQE A; 3QWY A; 3M55 A; 3THK A; 1UTI A; 4M7D C; 1OU8 A; 2F2W A; 2ECZ A; 1KD1 U; 3ZL7 C; 1WDX A; 4WF2 A; 1S72 Q; 2OJ2 A; 1TWB A; 3I35 A; 2PTK A; 1KIK A; 1KHI A; 5LJ3 j; 3UA6 A; 3OS1 A; 2C0O A; 1QVF P; 5J3B A; 2KAF A; 1C6V X; 8ATC B; 2I0N A; 1BKB A; 4XK8 E; 2L8D A; 3CCL A; 2KRS A; 2HZY A; 2O4X A; 4JS4 A; 1M3A A; 2DVE A; 5GMK e; 2EGE A; 2ROT A; 1Q86 C; 1X6G A; 3QJY A; 3MEU A; 4N4I A; 1HSQ A; 3OYH A; 2GTO A; 4AT1 B; 2JN0 A; 2G6F X; 2K3Y A; 1JEG A; 3EFS A; 2A28 A; 4ZGJ B; 5LJ5 j; 3H0I A; 1D0X A; 1PRM C; 1VQK T; 5GAO m; 1VQ8 A; 4JS5 A; 4BE1 A; 5L8R E; 2VUB A; 2FB7 A; 2FRW A; 4JJC A; 5IT9 E; 3JB9 J; 3E1S A; 2X4Y A; 3NGP A; 2EQJ A; 2CP5 A; 1Y71 A; 1QVG A; 1T3L A; 4HT9 A; 4BDY A; 1YJN T; 3NTI A; 4C8Q E; 1FXX A; 2OAW A; 2EKH A; 4OVA A; 2EJ9 A; 1P92 A; 1KQS S; 2X3X D; 3I9Q A; 4JJD A; 2EYW A; 3P8B B; 3PIO A; 2AZV A; 2C0I A; 4M7A A; 1OV3 A; 4F7U A; 2L3R A; 4N4G A; 5GAO l; 3GLX A; 3V7C A; 4PJJ A; 4E2F B; 1IHW A; 4QW2 A; 3UDC A; 5HCK A; 3L2U A; 2RJE A; 4M75 E; 3LGL A; 3FB9 A; 3CXC S; 1VQ9 T; 2KT1 A; 3V8J A; 2YDL A; 9ATC B; 3QYH B; 1WQW A; 4EMK A; 4OB2 B; 3L2W A; 3M53 A; 2YUN A; 1AT1 B; 5KE3 A; 1VYV A; 3OMG A; 5CCA A; 1JXO A; 4C5H A; 3CCS A; 3PVQ A; 2GFU A; 2K7A A; 1K8A R; 1OX8 A; 5GAN g; 2FRY A; 5J39 A; 4DBF A; 3TQ7 P; 1VQL T; 1GCQ A; 2KE9 A; 4PJL A; 3URG A; 5FRN A; 1GBR A; 1RLQ C; 1QQJ A; 2MI6 A; 1QCN A; 3X25 B; 3JCM h; 1E7O A; 2FEI A; 3BW1 A; 4DEY A; 1VQK Q; 2CUD A; 3DB4 A; 2PUK B; 3M54 A; 1S1N A; 4XU0 A; 3JB9 G; 4J7I A; 1WHH A; 3CCQ A; 1KC8 U; 1YJN Q; 3A8G B; 3OYD A; 2Y90 A; 4JRI A; 2COY A; 4IKF A; 4X34 A; 4CC4 B; 2DL7 A; 2OX7 A; 3OYB A; 2E4H A; 4IUQ A; 1G3Y A; 3G6E A; 3IQL A; 1SSF A; 2DM1 A; 2IG0 A; 5AYF A; 1G3S A; 1WYX A; 1YWP A; 2DEQ A; 1X75 C; 5CKE A; 4FYW B; 1VQ9 Q; 2F69 A; 1NLP C; 2HQX A; 5HY6 A; 2RJF A; 2CZ1 B; 1RAI B; 5IHK A; 3RNJ A; 1KD1 R; 4ATO A; 3CPW A; 2ZZD A; 4X9C A; 4N4H A; 1D1A A; 5GJV B; 1W2B P; 3CCJ T; 4A4K A; 4F14 A; 4A4H A; 1U1S A; 3A8O B; 3LH0 A; 2HD0 A; 1M1K U; 4L6V 5; 2NUZ A; 5CKH A; 2RQV A; 5I21 A; 2K2M A; 3FJ5 A; 1WHJ A; 5CKB A; 3GOX A; 3FDR A; 2OAU A; 2FVU A; 2HL3 A; 2DBM A; 1QVF S; 2DE0 X; 1IB8 A; 2LP5 A; 1EZZ B; 4Q5W A; 1BI2 A; 2ZAE A; 5GAN 2; 4RMO A; 3BY7 A; 2CP7 A; 3JB9 I; 1Y07 A; 3G4S A; 3CCM A; 2DEU A; 2LDM A; 4BAC A; 1YBY A; 2AIR B; 1PRL C; 2XK0 A; 4JPB W; 2E5Q A; 4FYX B; 3JB9 H; 1C1A A; 4RKU E; 2E64 A; 4AMC A; 5KYU B; 3OYI A; 3OW2 A; 3EFO A; 3CCR T; 2RQW A; 3RES A; 1N9R A; 3RMS A; 2O9S A; 1UGV A; 2QQR A; 3SFM A; 1QVP A; 3C95 A; 4PJO E; 4E7L A; 1YIJ T; 3CCV A; 4C92 E; 2DK3 A; 1IO6 A; 2K4Y A; 4F04 B; 1M8V A; 3L1A A; 3P8H A; 2XKO C; 2HMA A; 1IZ6 A; 1M1G A; 4XQ3 A; 1NJI U; 4M77 F; 5GAN 4; 5FWB A; 5LJ3 e; 2JTM A; 5C0M A; 1Y96 A; 2O9V A; 4M78 E; 4AG2 C; 2BZX A; 6AT1 B; 3Q1J A; 4F17 A; 5GMK h; 1QKX A; 1M9S A; 4MZT A; 1PD1 A; 3VS2 A; 1T0H A; 4PJO B; 2R58 A; 1YIT A; 4FW1 A; 1YJW T; 1BCM A; 2DO3 A; 1X6B A; 1LVK A; 4C92 B; 1VYU A; 2DIG A; 3SHW A; 3JCM V; 2QYZ A; 5LJ5 e; 2V8I A; 4M7A G; 4F7U G; 3EHQ A; 4CC7 A; 3CCE A; 2COW A; 4HVW A; 4PFO A; 2DL8 A; 2KSS A; 4M78 B; 4BI3 A; 2BZY A; 3OSV A; 2ED1 A; 1Y7X A; 4Z89 A; 3CCR Q; 3U23 A; 1ZLM A; 1NZ9 A; 2E65 A; 4M77 D; 4DEX A; 4PFZ A; 4QVD A; 2RM4 A; 3GP8 A; 2EPD A; 3O5Z A; 4KH0 B; 2IVW A; 3EAE A; 3FLG A; 4LDX A; 3EGU A; 3RDV A; 3MPU B; 1YIJ Q; 4FM4 B; 2GNC A; 3AT1 B; 4FYY B; 3M5A A; 2JMA A; 3G1J A; 4A4E A; 1C0M A; 4ELZ C; 3O8V A; 2KRO A; 3INZ A; 4M7A C; 4JRK A; 3CD6 T; 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4RUG A; 2G3R A; 2RI5 A; 3X28 B; 2DRK A; 4Y91 A; 1VQ7 Q; 2DVJ A; 3OYL A; 4HT8 A; 2LTO A; 4D8D A; 1QCO A; 1R77 A; 2CYZ B; 3QZ9 B; 4RTZ A; 2JM9 A; 4ZTF A; 5FW9 A; 2YUP A; 3NTK A; 3CC4 A; 4JZ3 A; 1YCS B; 4ZGD B; 3GF5 A; 5GAN 8; 1IGU A; 1QWF A; 2QK0 A; 3QDR B; 2DRM A; 1F1B B; 3G4S Q; 5GJW B; 3CBP A; 4LNP A; 1RAC B; 1NBE B; 2KY9 A; 2AKL A; 4R0K A; 2HDA A; 3M0T A; 2YLC A; 2V1R A; 2PZ1 A; 3CME Q; 5KYY A; 3S6W A; 2DXB A; 3CMA T; 4KUD K; 2KEA A; 2RD1 A; 3SB2 A; 4R55 A; 4EMG A; 3M4G A; 2F1L A; 3QKJ A; 2J06 A; 2EFI A; 1XJW B; 2WSC E; 5LJ3 h; 1MMG A; 2R57 A; 2D0Q B; 3M59 A; 1VQL A; 3QDF A; 4E7Z A; 4C8Q F; 3F70 A; 2HKN A; 4LUE A; 2BKD N; 4TVR A; 4IUP A; 2XHC A; 1IHV A; 2M16 A; 2M9U A; 3VS7 A; 2OTJ T; 3R6O A; 3AHU A; 1QKW A; 1X69 A; 2YHT A; 1WLP B; 1ABO A; 1Q86 R; 2EQU A; 4BY6 B; 4D8K A; 2CZ7 B; 2KYM A; 3J81 E; 4ANJ A; 2L3P A; 5IXB A; 2DJQ A; 1QVF A; 3UA7 A; 2VV5 A; 5I2M A; 1K9M R; 2IIM A; 4M75 F; 5LJ5 h; 2QEX T; 4ZNX A; 4E6R A; 2KXC A; 4A4F A; 2NUP B; 1VQ6 A; 2XI9 A; 3CCU A; 1U5S A; 4E7S A; 4JZ4 A; 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