The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
NGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKNAPLFK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| molecule tags |
Splicing
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| total genus |
14
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| chains with identical sequence |
n
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| d | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GAO l; 1TH7 A; 5GAN h; 2HNI A; 3PGG A; 2RB6 A; 4XTU A; 1X01 A; 2VXF A; 3L2Z A; 4M78 G; 4F7U B; 5GAM f; 4XTZ A; 4M75 F; 4C8Q E; 1D3B A; 1B34 B; 2E1H A; 2DXU A; 4MMK A; 1HK9 A; 2VXE A; 3EFS A; 5GMK m; 2EWN A; 3JCM X; 4M7A G; 3RER A; 5LJ5 f; 2DTH A; 5GAN 3; 4M7D B; 2VC8 A; 3JCM W; 4M77 E; 1LJO A; 5LJ5 h; 2DXT A; 3JB9 I; 4Y91 A; 3HSB A; 4PJO D; 5GAN 5; 3JB9 D; 2YHT A; 1U1T A; 5GMK i; 5GAO m; 4PJO C; 4C8Q F; 2ZGW A; 3BFM A; 3SWN C; 4F7U A; 5GAM j; 5GAO n; 3JCM V; 4PJO E; 4J6X A; 3RKX A; 4M78 B; 4M7D D; 1BIA A; 4EMG A; 2DZC A; 4M7A B; 4JUV A; 4C92 G; 4PJO A; 4XTX A; 3RKW A; 3BW1 A; 4M77 F; 2YLC A; 4XTY A; 2Y90 A; 3SWN A; 3VU3 C; 4HT8 A; 4OP0 A; 5GAN 8; 3QSU A; 4WF2 A; 2DTI A; 2DJZ A; 2DZ9 A; 4XTV A; 3JCM J; 4EMK B; 1JRI A; 4PJO F; 3V7C A; 4M7A C; 5GAM h; 2E65 A; 4M7A D; 4M75 G; 3JB9 F; 3EFR A; 2DEQ A; 4JLI A; 4RCC A; 2EJ9 A; 4J6W A; 3BDU A; 3RKY A; 1MGQ A; 1Y96 B; 3JCM e; 4M7A A; 4XU3 A; 2RD1 A; 1KQ2 A; 4C8Q B; 3QHS A; 4C92 B; 3JB9 J; 1I4K 1; 4F7U E; 5GAN 4; 3JB9 G; 3JCM c; 1M5Q 1; 3JCM g; 2K57 A; 1KQ1 A; 2DVE A; 5LJ3 d; 2FYK A; 3QUI A; 3V8L A; 4QVC A; 4M7D C; 1WNL A; 3FJP A; 3V7S A; 1YCY A; 2RA2 A; 1B34 A; 4HA8 A; 3HFN A; 3V7R A; 3JB9 H; 4M7D E; 3QO3 A; 4J5Y A; 1U1S A; 4C8Q G; 4C92 C; 4RCB A; 5CAI A; 2EJF A; 4M7D A; 4C92 D; 3GIB A; 1WQ7 A; 2RM4 A; 3INZ A; 4J6Y A; 4M75 B; 5GAN 2; 5LJ3 e; 2EAY A; 4XU2 A; 4F7U F; 5LJ3 j; 3JCM d; 4M77 G; 3RUX A; 4C92 A; 1JBM A; 4M78 C; 4X9C A; 1H64 1; 1WQW A; 4M78 D; 4M78 E; 4XQ3 A; 4N0A C; 4JRK A; 4MML A; 4X9D A; 4QVD A; 1BIB A; 5DY9 A; 5GMK l; 5LJ3 g; 3JCM P; 4M7A E; 4M7D F; 2E41 A; 1N9R A; 4A53 A; 4NL3 A; 3AHU A; 4M78 A; 4M75 C; 2QTX A; 4PJO G; 4M75 D; 2FB7 A; 4N0A A; 2DTO A; 4NOY A; 2DKG A; 5LJ3 f; 1I5L A; 2CGH A; 4EMK C; 3FIF A; 2YLB A; 4M75 A; 3V8K A; 4EMH A; 4XU1 A; 4XU0 A; 4XTW A; 1LNX A; 3HFO A; 5LJ3 h; 5LJ5 e; 5GAO q; 4NL2 A; 1I81 A; 4M78 F; 4M77 B; 4EMK A; 5GAN 6; 3BY7 A; 5LJ5 g; 5GAN d; 3RIR A; 4M7A F; 1N9S A; 1M8V A; 3JCM f; 5I21 A; 4C8Q C; 3JCM Q; 4V2S A; 4JRI A; 4C8Q D; 4C92 E; 5GAO r; 2I2L A; 2JN0 A; 3RES A; 1Y96 A; 3JCM h; 4PNO A; 4PJO B; 3JCM b; 5GMK e; 3SB2 A; 4C8Q A; 5GMK j; 2E10 A; 4M77 C; 3SWN B; 5GAM d; 5GAN e; 4M77 D; 3L1A A; 3M4G A; 5GAN j; 4HT9 A; 5GAN 7; 4F7U G; 5LJ5 d; 5GAO p; 5GAN g; 4M77 A; 1HXD A; 2EJG A; 1D3B B; 2E64 A; 4DQ2 A; 1I8F A; 1LOJ A; 4M75 E; 3FB9 A; 4C92 F; 5GAM e; 4M7D G; 4A54 A; 5GAN f; 1WPY A; 5GAM g; 3V8J A; 5GMK h; 5LJ5 j; #chains in the Genus database with same CATH topology 3PGG A; 1MHN A; 3M0T A; 4P5N A; 2HQE A; 3E9G A; 4FT2 A; 3CCQ T; 1TWB A; 2GQV A; 4E2F B; 1T3S A; 2DAQ A; 3OMG A; 3OMC A; 5FWB A; 4FYW B; 1MMD A; 2MPX C; 2V8K A; 2C0T A; 3HTR A; 1KHI A; 2QGF B; 1VQL Q; 3P8H A; 2EVR A; 3S3N A; 2GFU A; 1D1B A; 2VGN A; 4BE2 A; 4OMO A; 2GQI A; 1I0C A; 2K5L A; 2CT4 A; 2F2V A; 3MKD A; 2C0I A; 1KHC A; 1QVG S; 1M2V B; 2XG8 D; 1VQ8 T; 2A37 A; 1IRX A; 3M0R A; 3CPF A; 4XU3 A; 2D6F A; 3JB9 G; 2XDB A; 3OY9 A; 1WI7 A; 3VUB A; 4HKE A; 4D8K A; 2HQH A; 3FJP A; 1CSK A; 2BZY A; 4C0G A; 2ESW A; 2COW A; 2YUN A; 2CP2 A; 1K9M C; 4DEX A; 4DBR A; 5LJ3 e; 1Q86 C; 1YJN T; 1WQW A; 1VQ5 Q; 2E41 A; 3I56 Q; 2DIL A; 2RNA A; 4B6M A; 1MV0 B; 3LWI A; 4EMH A; 2YLB A; 2ZPI B; 3G4S A; 3C4S A; 4WTO B; 2VVK A; 3QYG B; 4QVZ A; 5GAO q; 3MEA A; 1HYO A; 3BY7 A; 4IUV A; 3MEW A; 1TG0 A; 2QEX A; 5CKF A; 3JCM f; 5I21 A; 1VQO T; 1ZUU A; 1M2V A; 4JRI A; 3CCV A; 1YP5 A; 2ECZ A; 4PJJ A; 3TSW A; 3SB2 A; 3L2V A; 5GAM d; 2E10 A; 1JJ2 P; 1AHJ B; 1SSH A; 4M77 D; 2RI5 A; 4F7U G; 1PKS A; 2LX7 A; 2IIM A; 5EC7 A; 4KBM B; 2QQB A; 2GF7 A; 4BE1 A; 3OSS C; 3P8D A; 1YJ9 T; 3CCR T; 1YI2 T; 3CCQ A; 3TRE A; 4LDU A; 1C0M A; 3C12 A; 2OTJ T; 2LQW A; 1D1A A; 3QJY A; 2BKD N; 3NTK A; 2K5F A; 2A7Y A; 4M77 E; 2P0P A; 2HSE B; 3VKI A; 4B9W A; 2J05 A; 2ROT A; 1G3Y A; 5GAO n; 2CSQ A; 1WZO A; 2XIC A; 1PWT A; 4E7L A; 1VQ6 T; 4M77 F; 4XTY A; 4DBH A; 4IUR A; 3UDC A; 3PVL A; 3QSU A; 2MK5 A; 1VQ8 A; 2ED1 A; 5I2S A; 2R57 A; 5J26 A; 2MAM A; 3V7C A; 4ZGE B; 1E6H A; 2XID A; 1S72 A; 4X1V A; 3I9Q A; 4C0D C; 1I4K 1; 3OYC A; 3EGX B; 3C0C A; 3JV3 A; 4FW2 A; 3V8L A; 2QAZ A; 5HY6 A; 5IXF A; 3JB9 H; 3M58 A; 1YJN A; 1YJW T; 2JNG A; 1Q82 R; 1VQ4 T; 3UAT A; 3G6E Q; 4OMM A; 4C5H A; 4FIB A; 2L3R A; 2XI9 A; 3AHU A; 4M75 C; 3MEV A; 3JAM E; 2E5K A; 1KC8 C; 4EMK C; 3CPW P; 1T3L A; 2R5M A; 4L5G A; 1VQO A; 5LJ3 h; 1BI3 A; 3LLR A; 1OUL A; 2LJ1 A; 5C6S A; 3CXC P; 3JCM Q; 1KIK A; 2FVU A; 1VYV A; 4J9E A; 2QDY B; 1NJI C; 3EGX A; 3T9N A; 3X24 B; 2W10 A; 3RBB B; 3CCR A; 1YI2 A; 1RLP C; 2JTM A; 4DOV A; 4OB1 B; 1RL2 A; 2OTJ A; 1UGV A; 2H3E B; 1AD5 A; 3WVD B; 2HNI A; 5KCO A; 2FRW A; 1JQQ A; 1ZA2 B; 1IZ6 A; 4F7U B; 1VQ7 Q; 4JRP A; 4GBQ A; 2DF6 A; 2VUB A; 5FRO A; 5LJ5 h; 4IUT A; 3F70 A; 4E7S A; 2K6D A; 1YHQ T; 2JXB A; 4AMC A; 1VQ6 A; 3CD6 A; 4L6V 5; 1K9M R; 1IO6 A; 2QTV A; 1WDX A; 1Q86 R; 2DVJ A; 1UG1 A; 1K76 A; 2D8H A; 3QWY A; 1WHL A; 4C92 G; 4KGV B; 2YUP A; 2D0Q B; 2EQI A; 2K2M A; 4VUB A; 5IT9 E; 2DA9 A; 1VQP Q; 2CH4 W; 2P0Q A; 4MZT A; 3IQL A; 3OS5 A; 3I55 T; 4OF1 A; 1BK2 A; 2X3X D; 4C8Q B; 2O31 A; 3CCS T; 1G3S A; 1YJW A; 4A4H A; 5I2M A; 2LRQ A; 4DBF A; 1VQ4 A; 2JUF A; 4ELZ C; 4FU6 A; 4LE9 A; 3QO3 A; 1UJY A; 3PIP A; 4F14 A; 4OML A; 4XU2 A; 2RJC A; 3OYJ A; 3RUX A; 2ZZD A; 5GJW B; 4J9D A; 5DY9 A; 2MIO A; 2QA4 T; 2EYX A; 3EH2 A; 1QP3 A; 2CGH A; 3CBO A; 3AT1 B; 5KH6 A; 1W2B A; 1VQN Q; 1WLP B; 4KT0 E; 2RQT A; 4QQG A; 3G7Z A; 1Q82 U; 1JU5 C; 2O01 E; 1G8X A; 1Q7Y C; 4C8Q A; 3SWN B; 1M1F A; 4DBQ A; 1XJW B; 2DBM A; 1QVF P; 2LDM A; 3CCM Q; 1HXD A; 1W6X A; 3OYM A; 1I8F A; 1LOJ A; 1X6B A; 3OYY A; 2EGC A; 1UE9 A; 3OYF A; 3FJ5 A; 5GAN f; 1WPY A; 1VQM Q; 1TOV A; 2DM1 A; 3NTI A; 2G3R A; 3CC2 Q; 5KE3 A; 1OX8 A; 2CSI A; 1KQS A; 4OMF B; 1OX9 A; 1GFD A; 3L2W A; 2DLP A; 5I11 A; 3JB9 I; 1ZSZ A; 4PLI A; 1NPR A; 1OZ3 A; 4C0Z A; 3FLG A; 4J9G A; 4L59 A; 3BFM A; 4PJO D; 4DEY A; 1PD0 A; 2QQR A; 5CKB A; 2J06 A; 4JUV A; 2LZ6 B; 1QKX A; 3SWN A; 2WSF E; 3CME Q; 4RTX A; 1UB4 A; 3I55 A; 1AOJ A; 1KC8 R; 3C95 A; 1X2Q A; 2E3H A; 2R58 A; 2NLU A; 3C94 A; 5IHK A; 2D1X A; 3OS1 A; 1WFW A; 5CQY A; 4C92 B; 4JLG A; 3CCU T; 4F7U E; 5KYX B; 1K9M U; 2CP3 A; 1NJI R; 1Q86 U; 2X9H A; 2RA2 A; 3OYD A; 1GBR A; 1U1S A; 1N8R C; 1ZLM A; 2QA4 A; 4F7U F; 1M1K U; 4FT4 A; 5HK0 A; 4N0A C; 3GBQ A; 2PVG B; 1PHT A; 1Y0M A; 1BU1 A; 1EFN A; 4MZP A; 1ZQ1 A; 1NM7 A; 2OJ2 A; 1YIJ Q; 2NUT B; 4XU0 A; 2L5Q A; 4LDX A; 2GTJ A; 2O9V A; 3WVE B; 4IKF A; 1BBZ A; 2BIV A; 2E3I A; 2VWF A; 4M77 C; 8ATC B; 5KYX A; 2M1H A; 4FSS A; 4AFU C; 4MZM A; 2FRY A; 2CDT A; 1M3A A; 2K3X A; 2DIG A; 5GAM g; 2V8J A; 4RTU A; 1OZ2 A; 2E12 A; 2F2W A; 5AT1 B; 2EGA A; 1RAG B; 4HVW A; 2KT1 A; 3A5Z B; 4O6J A; 2V26 A; 3CCJ T; 4QKU A; 5GAN 3; 1UEC A; 3OS2 A; 2DXT A; 4HCZ A; 2QI2 A; 3M57 A; 1X43 A; 1TTH B; 2YLC A; 1VQK Q; 1UUE A; 1IHV A; 2FEI A; 2DJZ A; 3RNJ A; 4XTV A; 4C5G A; 3CCU A; 2EQK A; 1WHG A; 5KYW B; 1WX6 A; 2CZ7 B; 1M4Z A; 1SRM A; 1KQ2 A; 1VQL T; 3QDR B; 3JCM g; 1QW1 A; 1AVZ C; 1EX4 A; 1WYX A; 2YUO A; 1Q7Y R; 1ZSG A; 3CC7 Q; 2LT1 A; 3CCL Q; 2NUP A; 2RH2 A; 4C92 D; 5LL6 S; 1YIT A; 1GL5 A; 4X9C A; 2KR3 A; 4ZN1 A; 2GNC A; 4QVD A; 3LGF A; 3H6Z A; 3HRT A; 3A98 A; 2EIF A; 3CC4 A; 5ECA A; 3MET A; 5FU7 B; 5KYU B; 4XU1 A; 2RHY A; 2MI6 A; 1I81 A; 3M55 A; 1FMV A; 3LWH A; 3HHT B; 4Z8A A; 4V2S A; 4C92 E; 5KYW A; 5FU6 C; 2IVW A; 1VQ5 T; 3A8L B; 3I56 T; 4FYV B; 1D09 B; 1CKA A; 3TEE A; 5GAN 7; 3S3M A; 1WHJ A; 1UDL A; 1IHW A; 4C92 F; 5GAM e; 4FW1 A; 3X26 B; 3FDR A; 1U06 A; 2HBP A; 2EGE A; 4ZTF A; 2K4Y A; 1RAB B; 2WAC A; 3CCJ A; 3EAE A; 3VS3 A; 4X34 A; 2JMA A; 4FSX A; 4M78 G; 4XK8 E; 4M4Z A; 4J9B A; 2AHJ B; 3D7S B; 4QQD A; 4R0K A; 1LJO A; 3CCV T; 2RQU A; 4ZNX A; 2EKO A; 1N8R R; 1TUD A; 3GLX A; 3MO8 A; 1UGS B; 1RI9 A; 4J6X A; 4EMG A; 1SRL A; 2PNI A; 2KVQ G; 2L0A A; 2QQ9 A; 3EH1 A; 4PJM A; 3MP1 A; 1OOT A; 3A1P A; 2XU8 A; 4E7K A; 2B8A A; 2CT3 A; 2D0N A; 1B3Q A; 4J9C A; 1VQL A; 3VYG A; 4PLL A; 9ATC B; 1K73 C; 3M5A A; 3JCM e; 2DMO A; 3I5R A; 3VV0 A; 2KEA A; 4M7D C; 1PRL C; 1BI1 A; 1JXO A; 1SHG A; 2X3W D; 2QG9 B; 1OQK A; 1PD1 A; 2JOY A; 1WQ7 A; 1IRE B; 1PSE A; 3INZ A; 2L8D A; 1PCX A; 1GCQ A; 1PRM C; 3LX7 A; 1Y57 A; 5CIU A; 1BIB A; 3SFM A; 1W2B S; 3UPU A; 2KRN A; 1BCO A; 2DKG A; 1NLP C; 3VS2 A; 2EPD A; 1K4U S; 1Q7Y U; 1D0Y A; 1S72 T; 4CC2 A; 1VQ5 A; 1M8V A; 4JDS A; 1UGR B; 3I56 A; 2LMJ A; 5L23 A; 3E9F A; 3G6E T; 3VYH B; 4E7H A; 2L3P A; 3TU4 K; 1Y7X A; 3DB3 A; 2Y4Y A; 1SEM A; 1NLO C; 2KNB B; 5IAY A; 1KQS S; 3HRU A; 1K0X A; 1M1K C; 2CYZ B; 3HL8 A; 1PC0 A; 4QQ6 A; 4PL6 A; 2CRE A; 2VKN A; 2X35 A; 1KD1 C; 3ZL7 C; 3E1S A; 2GGR A; 3LH0 A; 1W1F A; 2YRD A; 5GMK m; 1HK9 A; 2EWN A; 3RER A; 4CRI A; 1G83 A; 2DRM A; 1G2B A; 2XKO C; 2RHI A; 1XTD A; 2V1R A; 3PMI A; 3UF4 A; 4PJO C; 2J6F A; 4BDZ A; 3G71 T; 1OV3 A; 2COZ A; 1X69 A; 4M78 B; 3Q1J A; 1BIA A; 2KE9 A; 2RK2 A; 3BW1 A; 2MCN A; 2EQM A; 1J3T A; 1VQ7 T; 2VB6 A; 1M90 C; 2DTI A; 1O75 A; 3PFS A; 1C6V X; 4AG1 C; 2PVO B; 4J9I A; 2KYM A; 3EFR A; 2DEQ A; 4J6W A; 5KCH A; 4C5I A; 4M7A A; 2DYI A; 2E5Q A; 1UHC A; 3JB9 J; 1N8R U; 2F2X A; 2A08 A; 3QUI A; 3REA B; 1NBE B; 3CD6 T; 5CQX A; 2A3L A; 4C8Q G; 2EYY A; 2QAS A; 3OYK A; 4HCK A; 1VQP T; 1VA7 A; 2IPO B; 3JCM d; 4E6R A; 1JBM A; 1OPL A; 3CCQ Q; 2P84 A; 1U5S A; 3JRZ A; 1U8R A; 1WA7 A; 4M78 A; 4B9X A; 2DK3 A; 2EBP A; 2DTO A; 3QXE B; 5LJ3 f; 1I5L A; 3O8V A; 3FIF A; 3G6E A; 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