The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
NGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKNAPLFK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| molecule tags |
Splicing
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| total genus |
14
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| chains with identical sequence |
n
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| d | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4F7U G; 1BIA A; 3QO3 A; 4C8Q G; 5CAI A; 2DZ9 A; 4C92 D; 1B34 A; 2EJG A; 4M7A F; 4M7D F; 5GAN d; 4M78 B; 5LJ5 j; 4M7A A; 4X9D A; 4EMK B; 4EMG A; 3JB9 I; 4M7A G; 1N9R A; 4M7D G; 2DJZ A; 2I2L A; 3RKW A; 3JB9 J; 3V7C A; 3JCM Q; 2YLC A; 4XU0 A; 5GAM h; 2EAY A; 1YCY A; 5GMK m; 3L2Z A; 4WF2 A; 3JCM P; 3JB9 D; 3V7S A; 2FB7 A; 4EMK C; 5GAM g; 4OP0 A; 2DXT A; 3JCM g; 4XU2 A; 5DY9 A; 4NL2 A; 5GAN 4; 2ZGW A; 3JB9 G; 3V8L A; 4N0A C; 4RCB A; 1D3B A; 3SWN B; 4J6Y A; 4JRK A; 5GAN 6; 5LJ5 h; 3AHU A; 5LJ3 j; 1HXD A; 4M7A E; 5GAM e; 4XTY A; 2DTI A; 4M78 C; 5LJ5 g; 1I81 A; 5GAM f; 1I5L A; 4C8Q C; 3BW1 A; 1X01 A; 4V2S A; 5GMK l; 2K57 A; 4PJO B; 2FYK A; 2Y90 A; 3QSU A; 4M75 F; 4XTV A; 3FB9 A; 4QVD A; 5GAO n; 4M7A C; 4Y91 A; 4M75 A; 4F7U B; 5GAN 5; 4C92 F; 4HT9 A; 4C8Q B; 4M7D A; 4M75 G; 2RD1 A; 4M78 E; 4MML A; 4C92 A; 4EMH A; 4F7U E; 5LJ5 e; 5I21 A; 5GAN 3; 4C8Q E; 1B34 B; 1JBM A; 4C92 G; 3RER A; 3FIF A; 3RKY A; 5LJ5 f; 4M7A B; 5LJ3 h; 4DQ2 A; 4M77 F; 1WQW A; 2EWN A; 3JCM h; 3L1A A; 1HK9 A; 3SWN C; 4M77 A; 5LJ3 g; 3EFR A; 3QUI A; 4J6W A; 4M78 D; 4XTU A; 4QVC A; 5GAM d; 2YLB A; 1I4K 1; 4JLI A; 4M77 G; 4C8Q D; 4HT8 A; 1WQ7 A; 2VXF A; 3RIR A; 4XQ3 A; 2RB6 A; 4PJO C; 3HFO A; 1U1T A; 4X9C A; 4XU3 A; 3JCM c; 3M4G A; 4PNO A; 1I8F A; 2EJF A; 4XTW A; 1D3B B; 5LJ5 d; 3JCM e; 3JCM W; 5LJ3 f; 4RCC A; 2E10 A; 3JCM f; 1BIB A; 5GAN j; 2DXU A; 2YHT A; 4M75 C; 4PJO E; 4M7D C; 5GMK j; 1KQ2 A; 2E1H A; 1Y96 A; 3VU3 C; 1N9S A; 3SB2 A; 2DEQ A; 5GAN 8; 3GIB A; 4J5Y A; 1H64 1; 3JB9 F; 2EJ9 A; 4NL3 A; 2RM4 A; 4M75 B; 4A54 A; 3HFN A; 4M7D B; 4PJO D; 3V7R A; 2DKG A; 3PGG A; 2E64 A; 4M75 E; 4M77 C; 4N0A A; 4NOY A; 3JCM V; 4C92 B; 2HNI A; 2RA2 A; 5GAO m; 4M7D E; 3BFM A; 4M78 F; 3JCM d; 4J6X A; 1WPY A; 1KQ1 A; 1M5Q 1; 5GAN h; 1JRI A; 4EMK A; 4M77 B; 4JRI A; 4JUV A; 1WNL A; 4M78 G; 1LNX A; 4M75 D; 5GMK h; 5GAO q; 3JB9 H; 4M7D D; 5GAN g; 4M7A D; 4M77 E; 4XU1 A; 3RES A; 3BY7 A; 4A53 A; 5LJ3 e; 3FJP A; 3RKX A; 3V8K A; 4MMK A; 2VC8 A; 2DTH A; 1LJO A; 1TH7 A; 2CGH A; 3JCM J; 2DTO A; 3BDU A; 4M77 D; 5GAN 7; 3HSB A; 5GAO l; 2DVE A; 5GAN e; 4C92 C; 3INZ A; 4XTZ A; 2VXE A; 2JN0 A; 3EFS A; 3SWN A; 5GMK e; 5GAN f; 5GAO p; 3QHS A; 5GAO r; 3JCM b; 1LOJ A; 3RUX A; 5GMK i; 5GAN 2; 2E41 A; 4XTX A; 1Y96 B; 4PJO F; 3V8J A; 5GAM j; 4PJO A; 2DZC A; 5LJ3 d; 4C92 E; 3JCM X; 2E65 A; 4PJO G; 1MGQ A; 4F7U F; 4C8Q F; 4HA8 A; 2QTX A; 4M78 A; 1U1S A; 4F7U A; 1M8V A; 4C8Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DXC A; 2EJG A; 3VS0 A; 1JJ2 S; 3M4Y A; 4PLI A; 1KHC A; 1U3O A; 2J6O A; 3JB9 J; 1RL2 A; 1IB8 A; 2PVG B; 5GMK m; 1AD5 A; 3HP9 A; 4DBR A; 4XU2 A; 5CKB A; 3SWN B; 1QVF A; 4JRK A; 1C1A A; 1M1K U; 1Q86 C; 4XTY A; 1XTD A; 2KXD A; 4C0D C; 1UG1 A; 2AHJ B; 2G6F X; 4PJO B; 2OTJ T; 2EYZ A; 3QSU A; 4Y92 A; 3QKJ A; 4C0D B; 1K76 A; 3VS5 A; 2VAS A; 2QA4 A; 3NPF A; 5HK3 A; 2KR3 A; 3M0P A; 2EWN A; 3G7Z A; 1I4K 1; 3OYI A; 2JW4 A; 2KY9 A; 4KT0 E; 3CCV T; 1WHG A; 3VS4 A; 4FYV B; 1M8M A; 3QZ5 B; 2IIM A; 2DRK A; 4AG2 C; 1M30 A; 1NZ9 A; 4FT2 A; 2DBK A; 2RN8 A; 4E7I A; 2FPD A; 1G8X A; 4PJO D; 2CUB A; 3CME Q; 3PGG A; 1M90 R; 3M0U A; 2AT1 B; 5D6Y A; 2LZ6 B; 4J6X A; 4FIB A; 2F5K A; 3OBY A; 1VQ5 T; 2ZPE B; 2EGE A; 3G4S A; 1WNL A; 3PFS A; 2GQV A; 1QCF A; 2LMJ A; 3BDU A; 1FX7 A; 1K8A U; 4C92 C; 2WSE E; 2JN0 A; 5GAN f; 2EYQ A; 2CP2 A; 2CT4 A; 2X4Y A; 1M1K C; 2E41 A; 3CPF A; 1ZSZ B; 2RQV A; 5CK9 A; 3H0H A; 3LH5 A; 1MGQ A; 2HCK A; 5IHN A; 2LC4 A; 4F7U A; 5IHI A; 3EGD A; 3PNW C; 2CT3 A; 2DZ9 A; 1BI2 A; 5LJ5 j; 1SHF A; 3T9N A; 3CCM Q; 4IUQ A; 1UGQ B; 3VYG A; 3L2Z A; 1UFF A; 4GLM A; 1M90 U; 3CC7 T; 3RR6 A; 3VS1 A; 2RHU A; 2CKK A; 1WXB A; 3MP8 A; 1FWZ A; 3CC2 Q; 2VB6 A; 1T3S A; 1UGS B; 1I81 A; 2VVK A; 4AMC A; 3KFV A; 3CCV A; 4C92 A; 1FMV A; 1U5S A; 2MK5 A; 3R6N A; 4OF1 A; 2BKD N; 1HK9 A; 2KT8 A; 2YLB A; 1VQ8 T; 3M54 A; 2LT4 A; 4DBQ A; 3QBY A; 4HVU A; 1Q81 C; 4FSS A; 2JTM A; 1OQK A; 2HZY A; 5DM7 R; 1VYT A; 4QQD A; 2EJF A; 1IZ6 A; 2KRN A; 4KGZ B; 5LJ3 f; 2DX1 A; 1YJW A; 3OS2 A; 2M51 A; 1VQ5 A; 1KQ2 A; 3HKS A; 4NL3 A; 2R58 A; 2OI3 A; 1RAE B; 1WXU A; 1YIT A; 2OAW A; 1OI1 A; 4O6J A; 4II1 A; 1T0H A; 2P4T A; 5GAO q; 2A0F B; 4N4G A; 2QA4 Q; 1VQL T; 4ATO A; 3VRZ A; 3TRE A; 1M90 C; 1OX8 A; 1H3H A; 3L2V A; 3EFS A; 5GAO p; 4M4Z A; 4QKU A; 2GNC A; 2QAS A; 4PJO F; 3GBQ A; 2JM9 A; 4PJJ A; 1M8V A; 1YHQ T; 1QCO A; 2F69 A; 3CC7 A; 1NLP C; 2O4X B; 4M7A A; 4GLK A; 1K73 R; 5CKF A; 3HL8 A; 5GAM h; 1VQP A; 3G6E T; 4AT1 B; 4IUP A; 3OB9 A; 3UPU A; 1KK7 A; 1TOV A; 3G4S Q; 4E47 A; 2ZGW A; 2OTL T; 2E12 A; 5CO7 A; 2MAM A; 4RCB A; 3DB4 A; 3OYY A; 4KUI A; 3S3N A; 2D6F A; 2QXF A; 2Y4X A; 2JT4 A; 4FU6 A; 2VV5 A; 1HSQ A; 2LJ0 A; 2KE9 A; 1VQ8 A; 1MHN A; 2GTO A; 3H0F A; 1KD1 C; 4C8Q E; 1K9M R; 4MZT A; 3M0Q A; 2QI2 A; 2SEM A; 3CCJ A; 4DQ2 A; 4CC7 A; 4JLI A; 1N8R R; 3MEV A; 2AIR B; 4A4G A; 2PNI A; 1Y0M A; 1HJD A; 2C0I A; 3I5R A; 3A5Z B; 4XU3 A; 3M9Q A; 3M4G A; 2FPF A; 2YXY A; 4IIO A; 2FHD A; 1UJY A; 1Q7Y U; 3MHX A; 5GAN j; 2CZ6 B; 2RJF A; 4M7D C; 2OTJ Q; 1VQK T; 3L2Q A; 3ZFJ A; 1VQL A; 2DYB A; 1BYM A; 5FRO A; 4M7D B; 1QVG P; 2ROL A; 3V7R A; 4M75 E; 4NOY A; 3JCM V; 2HNI A; 5GAO m; 3E2U A; 2HQE A; 1WFW A; 2JNG A; 1GL5 A; 2V8J A; 4M78 G; 1LNX A; 3OYE A; 3UWN A; 1S1N A; 3CCV Q; 4A53 A; 2JTF A; 2NUP B; 1D09 B; 4BI3 A; 4CI0 C; 1OPK A; 4LDY A; 2D9T A; 2A28 A; 1OX9 A; 1NYG A; 1N8R U; 2VKN A; 5HY6 A; 2XDB A; 2LT1 A; 2RPN A; 2L3Q A; 1IGQ A; 1Z9Z A; 3H41 A; 4BDY A; 4CC4 B; 2MYS A; 2EGC A; 2E4H A; 3TSW A; 3CPW S; 1VQ5 Q; 1NEG A; 1QWF A; 5CAI A; 2OTL A; 1D0Y A; 2E70 A; 2ABL A; 2DJZ A; 2BTT A; 5J39 A; 2EAY A; 4WF2 A; 1YIT Q; 3ULR B; 3SDZ A; 1RI9 A; 1YI2 T; 2DFU A; 3LW5 E; 3CCS T; 1KIK A; 1K73 C; 5LJ3 j; 1AWO A; 5D7U A; 2YRD A; 5GMK l; 1KFZ A; 2V26 A; 2XID A; 1ZA2 B; 1Y7X A; 2PQW A; 2DL3 A; 2XI9 A; 3RKY A; 2RO0 A; 1GBQ A; 3X26 B; 4M77 A; 3OW2 S; 4C8Q D; 2LX7 A; 1WQ7 A; 3CC7 Q; 1ZHI A; 2RB6 A; 2J05 A; 3NTK A; 1G3W A; 2GBQ A; 5KYW A; 1K9M C; 1ZA1 B; 1NLO C; 5LJ5 d; 3CCU A; 1VQP Q; 5A0L A; 3RMQ A; 1M27 C; 1PNJ A; 3UDC A; 5GMK j; 2KXC A; 2BE7 D; 3VU3 C; 4BAC A; 2QQS A; 2XK0 A; 2J6F A; 3CME T; 1SRM A; 2RF0 A; 3PVQ A; 1QVF P; 2ZPH B; 3OYB A; 3BFM A; 2GF7 A; 2L3P A; 4F14 A; 3RMS A; 1VQ8 Q; 4M75 D; 4BE2 A; 3X24 B; 5KYX A; 3I5S A; 2DXB A; 5DLO A; 2BE9 B; 3CCJ Q; 2VUB A; 1NBE B; 3P8B B; 1ZUK A; 2M02 A; 4DOW A; 1VIE A; 3JCM b; 4JZ4 A; 3VUZ A; 3A8L B; 3OSS C; 2KNB B; 3OY9 A; 1CKB A; 4RCC A; 1YI2 A; 3CCM T; 3CCS A; 1VQO A; 1VQL Q; 3I9Q A; 1PSE A; 3OYJ A; 1YCY A; 3QZ9 B; 1M9S A; 3EGX B; 2LX9 A; 2KYB A; 2CH4 W; 2EW3 A; 3LWH A; 4LDV A; 2CSI A; 3F70 A; 5GAN 6; 3MEW A; 4R55 A; 1UGR B; 2K5L A; 3L2W A; 3PVL A; 2EYY A; 1BU1 A; 2K57 A; 2ROT A; 1VYV A; 1U8R A; 4RG8 A; 3FB9 A; 5ECA A; 5GAN 5; 3I55 T; 4M78 E; 5GAN 3; 5LJ5 e; 1Q86 R; 2KRO A; 4OVA A; 4AFS C; 1EZZ B; 1UHC A; 2KDS A; 4B9X A; 3OMG A; 1VQ6 A; 1TG0 A; 2FL7 A; 2DEU A; 2K5F A; 2NYS A; 2A08 A; 2K6D A; 2OTL Q; 3J7A F; 4PNO A; 3NHN A; 4FYX B; 3OYG A; 3NFC A; 1PKT A; 3C12 A; 3JCM f; 4JLG A; 4BY6 C; 4HCK A; 2VWF A; 4J5Y A; 1ABQ A; 2COW A; 2JS2 A; 4YTL A; 3OYD A; 3GOX A; 4PFZ A; 2MCN A; 2RQR A; 2HL3 A; 1KQS S; 3JSC A; 2QQR A; 3A8M B; 1YWO A; 3FEO A; 1JXO A; 1AZE A; 1KSW A; 1W2B A; 3SHW A; 2BZX A; 3CMA T; 3QWY A; 1Q86 U; 1PWT A; 2W10 A; 2J7I A; 4PFO A; 3M53 A; 4EIK A; 3UT1 A; 1SG5 A; 4LD9 K; 1SKU B; 3NTH A; 1VQK Q; 4JS5 A; 4RTX A; 1OZ2 A; 1WHJ A; 1C0M A; 4Y28 E; 2DRM A; 2A37 A; 2F2V A; 2L5Q A; 4HVV A; 2HQX A; 1ZSG A; 5IN1 A; 1IHW A; 1A0N B; 1B34 A; 5GAN d; 4M78 B; 2CSQ A; 5IXB A; 1H92 A; 5GAM g; 2L8D A; 3S3M A; 3H6Z A; 3S3O A; 4GBQ A; 4A4K A; 4N0A C; 3I55 A; 1D3B A; 1ZLM A; 5C6S A; 1HXD A; 1NEB A; 3O5Z A; 2XD0 A; 2JVV A; 2PUK B; 1VQ7 A; 4X1V A; 1O75 A; 2FYK A; 1TWB A; 2LVM A; 4XTV A; 2O01 E; 2QGG A; 1AEY A; 1SF9 A; 1IRE B; 4F7U E; 3OYF A; 4PFP A; 3M58 A; 3WVD B; 2NUZ A; 3NTI A; 3OYK A; 3SWN C; 2KYM A; 2J06 A; 1K0S A; 1CKA A; 4M78 D; 1PM3 A; 2L2P A; 4IIM A; 1YI2 Q; 1IXD A; 3X20 B; 2ZPF B; 4PJO C; 3CCS Q; 5KH6 A; 1GBR A; 1SSH A; 4XTW A; 2CP7 A; 1VQM T; 3P8D A; 3LYI A; 2O2O A; 1Q81 R; 3M0S A; 2KT1 A; 1W4S A; 1VQ4 T; 3DLL A; 3AT1 B; 4IUU A; 4E2F B; 1H64 1; 2EJ9 A; 2DL5 A; 3CMA A; 2HDA A; 4N0A A; 4C5E A; 3QG1 A; 3Q1J A; 2RA2 A; 1X27 A; 4F16 A; 5J3B A; 1ZQ1 A; 2K9G A; 4BB7 A; 4CC3 A; 2SRC A; 2DER A; 3UAT A; 1RAG B; 1H3Z A; 1TH7 A; 4LDX A; 3ER0 A; 3FLG A; 2OJ2 A; 3H8Z A; 1VQ6 Q; 3HSB A; 5GAO l; 5FU7 C; 5GAN e; 5KYY B; 2FVU A; 2LRQ A; 3SWN A; 2DO3 A; 4LNP A; 3CXC S; 5FU7 B; 2O9S A; 3TU4 K; 3V8J A; 2BIV A; 2X9H A; 4PK4 A; 4PJO A; 1YJW T; 1XNI A; 2QTX A; 3CD6 T; 4EMK C; 4UC4 A; 1BCO A; 5FRN A; 4C8Q G; 3EG2 A; 2KAF A; 1D0X A; 2B86 A; 2EQM A; 1QQJ A; 1Q81 U; 4EMK B; 4D6W A; 1RUW A; 2R5M A; 1YIT T; 1WXT A; 2YLC A; 3A8H B; 1OPL A; 2RHZ A; 2LQ8 A; 2FB7 A; 4RTT A; 3X25 B; 1ZSZ C; 5IH2 A; 2DXT A; 3VKI A; 2A36 A; 1VIF A; 3C95 A; 1YIJ T; 1X43 A; 2ESW A; 4E7S A; 2EPD A; 1M2V B; 3BW1 A; 1NPP A; 1X69 A; 2XU8 A; 2X3W D; 3MKD A; 1EIF A; 4M75 G; 5IXF A; 4PJL A; 1RAA B; 1VQM A; 1G3Y A; 4M7A E; 4HT8 A; 5KCO A; 1JJ2 A; 2ENM A; 2YRC A; 1VQ4 A; 1KD1 R; 3M56 A; 2EQK A; 1OEB A; 3CBP A; 3VS2 A; 1VQP T; 1KC8 R; 2MOX A; 1WIE A; 3ZL7 C; 1R77 A; 1BK2 A; 2E5Q A; 5KYU B; 2NUT B; 1W1F A; 3N5B B; 2IPO B; 3LLR A; 3HRS A; 2ZCF B; 2HAX A; 1ZSZ A; 3E9G A; 2LJ3 A; 3SFM A; 3I55 Q; 1IRX A; 3PT9 A; 1PRL C; 2JS0 A; 1QKX A; 1AT1 B; 1V29 B; 4M78 F; 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