The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
83
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structure length |
75
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Chain Sequence |
MVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSKGTPLGKILLKGDNITLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
|
| molecule tags |
Splicing
|
| total genus |
9
|
| structure length |
75
|
| sequence length |
83
|
| chains with identical sequence |
p
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| e | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4XTY A; 4V2S A; 3JCM V; 2RB6 A; 4M77 A; 4C8Q G; 5LJ3 j; 3PGG A; 3INZ A; 3HSB A; 3SB2 A; 4QVD A; 4XU0 A; 4M7D E; 1LNX A; 4RCB A; 4M75 D; 3JCM f; 4EMK B; 3JCM J; 2DTI A; 2RD1 A; 4M7D A; 5GAO p; 2FB7 A; 3QHS A; 4A53 A; 5GAN 6; 5GAN 3; 4M75 E; 4Y91 A; 3EFS A; 2CGH A; 4C92 B; 1KQ1 A; 2EJG A; 2EJ9 A; 4M7D G; 5GAN 7; 4XU2 A; 1TH7 A; 3VU3 C; 3RER A; 4EMK C; 4HA8 A; 5LJ3 e; 3JCM Q; 4M7A G; 5LJ5 d; 2FYK A; 4M7A F; 4F7U A; 2DTH A; 4XTX A; 4PJO A; 4M75 G; 4M78 A; 1WPY A; 4XQ3 A; 4C92 F; 5GAO q; 4N0A A; 4X9D A; 4J6Y A; 4C8Q A; 3JCM X; 3QO3 A; 5GAN f; 3JCM h; 3HFN A; 3BDU A; 4X9C A; 1JRI A; 3EFR A; 1D3B A; 2VC8 A; 1I5L A; 4XU1 A; 4M7A D; 1I81 A; 5LJ3 d; 3V7C A; 5GMK i; 3SWN B; 1LOJ A; 3RKW A; 4C92 D; 3BY7 A; 4RCC A; 4MMK A; 4M7A E; 3JCM e; 2DVE A; 3L2Z A; 2E65 A; 1Y96 B; 3FJP A; 3JCM W; 5GAO r; 4M7A A; 4C92 E; 3GIB A; 1B34 A; 5GAM d; 4M75 A; 3JCM g; 4C92 A; 3JB9 H; 4M78 G; 3JCM c; 4XTW A; 4J6W A; 3SWN C; 5GAN h; 2JN0 A; 2YLB A; 4WF2 A; 4C92 G; 3RKX A; 5LJ5 f; 2E1H A; 4M77 B; 2K57 A; 4NL2 A; 3JB9 J; 1KQ2 A; 5GMK h; 4JLI A; 1X01 A; 2DJZ A; 4NL3 A; 3FIF A; 1I4K 1; 2DKG A; 3JCM b; 2YHT A; 3AHU A; 1LJO A; 2DZC A; 2E10 A; 4M77 C; 4EMK A; 2DEQ A; 5LJ3 f; 5GAN g; 2ZGW A; 1WNL A; 3QUI A; 1BIA A; 1I8F A; 5GAM h; 1YCY A; 4M7D C; 4JRK A; 5LJ5 j; 4F7U B; 2EWN A; 4PJO B; 3HFO A; 2VXF A; 4M78 B; 4EMH A; 1HXD A; 1WQ7 A; 3JCM P; 4XTZ A; 5LJ5 h; 5GAN j; 2Y90 A; 2YLC A; 3V7S A; 4C8Q B; 5GAM f; 1U1S A; 4DQ2 A; 2I2L A; 3BW1 A; 5CAI A; 5GAN 4; 4PNO A; 3JB9 G; 4JRI A; 5GMK j; 1N9R A; 4J6X A; 3JB9 F; 1D3B B; 3V8K A; 4PJO F; 4F7U F; 4EMG A; 3RKY A; 4M78 F; 2QTX A; 5GAO m; 4PJO C; 3JCM d; 1M8V A; 4M78 C; 3V8J A; 4C8Q F; 5LJ5 e; 5GAM g; 2RA2 A; 3M4G A; 3FB9 A; 4N0A C; 4QVC A; 4C8Q C; 5LJ3 h; 4OP0 A; 4M7D B; 5GAN e; 1BIB A; 1H64 1; 4MML A; 4HT8 A; 4M77 G; 2E64 A; 1JBM A; 4NOY A; 4XTU A; 5LJ5 g; 4M77 F; 5DY9 A; 4M7A B; 3BFM A; 3JB9 D; 3JB9 I; 4PJO D; 1B34 B; 2DXU A; 4M78 D; 3SWN A; 5GMK e; 5GMK l; 4JUV A; 4M75 B; 4A54 A; 5GAM j; 2EJF A; 5GAN 5; 2RM4 A; 4J5Y A; 4XU3 A; 4C8Q D; 4M7D F; 3L1A A; 1WQW A; 4F7U E; 5I21 A; 3RES A; 1Y96 A; 5GAO l; 4M78 E; 1N9S A; 5GAO n; 3RIR A; 4PJO E; 1HK9 A; 1U1T A; 2DTO A; 3V7R A; 3V8L A; 4M77 D; 4C8Q E; 2HNI A; 5LJ3 g; 4M7A C; 4M75 F; 5GAN d; 3RUX A; 4M75 C; 4C92 C; 2DZ9 A; 2EAY A; 5GMK m; 5GAN 8; 5GAN 2; 3QSU A; 4XTV A; 4PJO G; 4F7U G; 4M77 E; 5GAM e; 4HT9 A; 2VXE A; 4M7D D; 2DXT A; 1MGQ A; 2E41 A; 1M5Q 1; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MPX C; 4ME7 A; 2OX7 A; 4IUP A; 1KD1 R; 2YDL A; 1TUC A; 4XK8 E; 4B6M A; 1OOT A; 2H3J A; 2E3H A; 1TU0 B; 3VU3 C; 1QWE A; 1TWB A; 2FYK A; 5KH6 A; 2RHX A; 4AG1 C; 5GAN f; 1J3T A; 3ZFJ A; 2YWW A; 4J9B A; 2BUD A; 2XK0 A; 1MNE A; 4F17 A; 1UFF A; 1SG5 A; 4A4E A; 3OY9 A; 2LNH B; 1WZO A; 2CSQ A; 4XAX B; 4HCZ A; 4M7A E; 5FU6 C; 4C92 E; 3MJX A; 3VRY A; 4CC2 A; 4J9H A; 1UGV A; 1GBQ A; 3PVQ A; 2C0O A; 5A0D A; 1M2V B; 1K8A R; 1TSF A; 2YUQ A; 4BDY A; 3LLR A; 3I56 Q; 1YJW T; 2ZZD A; 3QBY A; 1VQ8 A; 3VS6 A; 1UEB A; 1ZA1 B; 4E7S A; 1WDX A; 3CCS Q; 1VQL A; 4C5G A; 1WJS A; 1VQ5 A; 4C5I A; 3TRE A; 3V8J A; 4FYV B; 1FMK A; 4OP0 A; 2E4H A; 3QYG B; 4K11 A; 2F69 A; 4P5N A; 4X34 A; 4MML A; 2PVO B; 4ORZ A; 3G4S A; 1YIT A; 2O4X A; 1PKS A; 4BI8 B; 2AZS A; 3CCU A; 1MUZ A; 1VQ9 Q; 3I55 A; 3CCM T; 4GBQ A; 3QJY A; 2FHD A; 4RUG A; 1H92 A; 4L59 A; 4M75 F; 1I5O B; 1VQM T; 1QKX A; 2JTM A; 2I0N A; 2E12 A; 2VXE A; 2CKK A; 5KYX B; 2JJ9 A; 2ZPH B; 3OYC A; 3PGG A; 1YI2 T; 2KGT A; 4YTL A; 2O9S A; 5AT1 B; 3JCM f; 2EYQ A; 4Y92 A; 1OPK A; 2XMF A; 1K9M U; 1MND A; 5GAN 6; 3FC3 A; 1SEM A; 1B3Q A; 3OA6 A; 4HA8 A; 3SDZ A; 3ZBD A; 2EBP A; 3EFO B; 1N8R U; 1M90 R; 2HD0 A; 2LCC A; 5J39 A; 2XHC A; 3CCJ T; 4Z89 A; 2DIQ A; 1QVF A; 2DVE A; 3L2W A; 2A28 A; 1QVG A; 2KT1 A; 5KYY A; 4IKF A; 5GAM d; 1N27 A; 1RAA B; 4XTW A; 1PHT A; 4WF2 A; 1R77 A; 2ABL A; 1VOM A; 2DEU A; 3NTH A; 2CYZ B; 1FYN A; 2O2O A; 2CP0 A; 2FL7 A; 4C0G A; 2E10 A; 2JM9 A; 3DB4 A; 1Z9Q A; 3G6E T; 3I56 A; 5GAM h; 1YCY A; 2NYS A; 2VXF A; 1HXD A; 2CRE A; 5LJ5 h; 1YJW Q; 4ZN3 A; 2YUO A; 2P4R A; 4QKU A; 3OYL A; 3CMA A; 3UPU A; 4PLI A; 3CCS A; 5LJ5 e; 4LUE A; 2OAU A; 2PNI A; 3I9Q A; 2CH4 A; 1BCO A; 2VKN A; 4J5Y A; 4AT1 B; 1SHG A; 1YIJ T; 1WQW A; 1KD1 C; 4PJO E; 4M78 E; 2RK1 A; 1BKB A; 4QW2 A; 2HNI A; 2PVG B; 4LNP A; 1VQ4 T; 5HK0 A; 2DXT A; 1TTH B; 2QA4 A; 1PD1 A; 4M7D E; 4EMK B; 2K4Y A; 1YJ9 T; 5GAO p; 4JJN K; 3OQ5 A; 1ZUK A; 1JXO A; 4Y91 A; 4RKU E; 1R0C B; 3REA B; 2HKN A; 5LJ3 e; 2ESW A; 1NLO C; 2JZ2 A; 2FZC B; 1ZHI A; 4C8Q A; 3QO3 A; 3RMS A; 3WVD B; 3VJP A; 5IXB A; 1X2Q A; 1I1J A; 5EC7 A; 2NUT A; 1K8A C; 2ROT A; 5DM7 R; 2PQW A; 1FXX A; 2RJE A; 3FJP A; 4LDU A; 2EYX A; 2QQB A; 2X3W D; 3CCJ Q; 2DIL A; 2DD4 A; 4F04 B; 1Y0M A; 2EYZ A; 3CQT A; 5LL6 S; 1WHJ A; 3RKX A; 5D7U A; 3DLL A; 4NL2 A; 3CPW A; 1YJN Q; 1VIE A; 1HSQ A; 1CKB A; 3FLG A; 3EHR A; 2BZ8 A; 1D1C A; 1RAE B; 4MZM A; 2COW A; 4N4I A; 4F7U B; 1HYO A; 4XTZ A; 4DQ2 A; 2I2L A; 3UWN A; 2DXC A; 3A5Z B; 4OMP A; 1OX8 A; 1KIK A; 1MMD A; 1YJW A; 1BU1 A; 2DA9 A; 2HSP A; 1AZG B; 5L8R E; 4Z88 A; 1KC8 C; 1SKU B; 2KXC A; 4M7A B; 3BFM A; 2PUO B; 8AT1 B; 2P0P A; 3SWN A; 3P8D A; 1VYU A; 2EQI A; 2EQK A; 1HK9 A; 3UDC A; 5CQY A; 5GMK m; 1ZSG A; 2DRM A; 2MIO A; 4BDZ A; 2RB6 A; 4M77 A; 4C8Q G; 1YIJ Q; 3HPW A; 2NUT B; 4RCB A; 4ELZ C; 2HL5 C; 1UGP B; 1VQ4 Q; 3OYJ A; 1OEB A; 1VYV A; 1UJ0 A; 1JU5 C; 3EGU A; 3JCM Q; 2DL5 A; 1VQM A; 3HRS A; 1TXQ A; 3L2Q A; 1YJ9 Q; 2CT3 A; 2DL8 A; 1UGS B; 1ABQ A; 4OMF B; 1YI2 A; 1DJ7 B; 4DA4 A; 1W2B P; 4ELY C; 3CME Q; 4WCI A; 3C12 A; 4EIK A; 1WHG A; 3PNW C; 3VRZ A; 2COZ A; 1RL2 A; 1FMW A; 1Q86 U; 3OMC A; 1AWX A; 1QVG S; 2F2W A; 2KI7 A; 2CP7 A; 2GGR A; 3CXC P; 1JB0 E; 1YHQ Q; 3J7A F; 1K1Z A; 5LJ5 f; 2K57 A; 3CCJ A; 1OV3 A; 3NTK A; 1W6X A; 1WJR A; 2XDP A; 4FT4 A; 2YUN A; 3TQ7 P; 3OYB A; 3ASK A; 2MCN A; 5CK9 A; 3CPF A; 3LGF A; 1YJN A; 2J05 A; 3QPH A; 2VV5 A; 3O5Z A; 3A98 A; 5CKF A; 4BAC A; 1XOV A; 2YT6 A; 2AT1 B; 1U1S A; 1QCF A; 1AHJ B; 2KRM A; 4QVZ A; 1MHN A; 3NFC A; 3V8K A; 4OB2 B; 2KE9 A; 5CCA A; 2D6F A; 4DBQ A; 4C8Q C; 5A2Q E; 5GAN e; 1T3S A; 2HL3 A; 2JT4 A; 1N5Z A; 2XID A; 4M77 G; 3JB9 I; 1B34 B; 2LQN A; 2KRO A; 2GNC A; 3QXE B; 2RHU A; 2K7A A; 1G83 A; 3RES A; 2DYB A; 2VAS A; 2DTO A; 3G71 Q; 1K73 U; 3RMQ A; 4J9I A; 3VUZ A; 5GAN 8; 4J8O A; 1AOJ A; 1LCK A; 3G7Z A; 4LXC A; 3CBO A; 3E2U A; 3UAT A; 2HCK A; 2LDM A; 3BDL A; 4QVD A; 4XU0 A; 1LNX A; 2PVD B; 4IIO A; 4M4Z A; 2NUP B; 1YIJ A; 1SPK A; 2ZPI B; 3EH2 A; 2P84 A; 3CCE T; 1OPL A; 1Y07 A; 2JOY A; 1W4S A; 4RTW A; 4XU2 A; 1VQ6 T; 1H3H A; 3PVL A; 4M7A F; 4ANJ A; 2FPE A; 1VQ4 A; 4C92 F; 5GAO q; 2FZG B; 4J6Y A; 3A1P A; 2EGC A; 5I22 A; 3CC4 T; 2X4Y A; 1NJI U; 1YJ9 A; 1IHW A; 4BE0 A; 3BY7 A; 4E7L A; 3CME A; 3M56 A; 1BI2 A; 3C0C A; 2AZV A; 2LNV A; 5J3B A; 3SWN C; 1UHC A; 3CBP A; 3IQL A; 2EPD A; 2CDT A; 2YUP A; 1X27 A; 1XTD A; 4JJC A; 2GQV A; 1ZBJ A; 1EIF A; 3CPW S; 1YCS B; 1VQO T; 2QDL A; 1RLP C; 2FRW A; 5J26 A; 2MI6 A; 3OYG A; 2R57 A; 2RN8 A; 4M77 C; 2JTE A; 4LDV A; 1WNL A; 4E7Z A; 2A36 A; 4PFP A; 2Y4Y A; 3RDV A; 1W1F A; 4BI4 A; 4Q5W A; 2M02 A; 1D0Z A; 3EGD B; 3O8V A; 4J7I A; 9ATC B; 2X51 A; 3TU4 K; 2SEM A; 4M75 B; 4A54 A; 2EJF A; 1WHK A; 5L23 A; 1PNJ A; 2MK5 A; 1M4Z A; 3V7R A; 4M77 D; 3R6O A; 2CZ1 B; 3MP8 A; 1ZUY A; 2CH4 W; 1TOV A; 1D1A A; 1UHF A; 2EQU A; 2QQR A; 1Q7Y R; 1M1K U; 2FZK B; 2JTF A; 3UF4 A; 1TUG B; 3X28 B; 1KK7 A; 4J7F A; 3EG1 A; 1WPY A; 2Z0W A; 3P8H A; 2CZ6 B; 1EX4 A; 5KYU B; 4OMO A; 2M0Y A; 4HVV A; 2G3R A; 4RMO A; 2DPP B; 3VV0 A; 2C0T A; 1G5V A; 3H0H A; 5GMK i; 1K8A U; 3LW5 E; 5HCK A; 2RQV A; 2ED1 A; 5GAO r; 4PJM A; 3CC4 Q; 3QKJ A; 2DJQ A; 1RAI B; 2JW4 A; 2DBK A; 4KGZ B; 2GTO A; 1U3O A; 1KHC A; 3HHT B; 5FWC A; 2JN0 A; 4A4H A; 1VYT A; 2KXD A; 7AT1 B; 2E1H A; 4QT7 A; 4IUR A; 2PZ1 A; 2EGA A; 4JLI A; 2JM8 A; 1RAC B; 1I0C A; 3GNF B; 2DJZ A; 2NWM A; 4NL3 A; 2DKG A; 2X35 A; 5KYX A; 4OGE A; 5IHK A; 4IUU A; 4AFU C; 4JPB W; 2ZGW A; 3OS5 A; 2DFU A; 1UE9 A; 1E6H A; 2V8J A; 3VYH B; 3VS1 A; 2IPO B; 5CAI A; 2K6D A; 1ACM B; 3HRU A; 4ZGD B; 2KRN A; 1NEB A; 4PJO F; 4M78 F; 3EFO A; 2XDB A; 3LGL A; 2E5K A; 2ECZ A; 4RG8 A; 2PTK A; 4HT8 A; 1H64 1; 2R5A A; 5CKB A; 2K3X A; 3I35 A; 2JMA A; 3GBQ A; 4FYX B; 3M0U A; 3M0T A; 4JRP A; 1OUL A; 2IVW A; 1G3Y A; 4M7D F; 3CMA Q; 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3QHS A; 2RJF A; 3G1J A; 5CVI A; 5KYN A; 3M59 A; 3EHQ A; 5FW9 A; 1NE8 A; 4PFZ A; 1WA7 A; 1N8R R; 1YFN A; 3MEA A; 3OYY A; 4F7U A; 2VB6 A; 4BI3 A; 3JCM X; 5KYW B; 3MET A; 2HQE A; 3FEO A; 4BY6 B; 3UA7 A; 5IAY A; 1I5L A; 1KQS P; 4FCY A; 3CCM Q; 5LJ3 d; 3H0F A; 1LOJ A; 1UG1 A; 1AWW A; 1VQK T; 3DLM A; 3OYA A; 1VQM Q; 3JCM W; 4FYW B; 4M7A A; 1HD3 A; 2O01 E; 2L2P A; 1S72 T; 4C92 A; 1YI2 Q; 3H41 A; 1U06 A; 2JNG A; 1XNI A; 3ULR B; 1YWO A; 2F5T X; 1RAG B; 4IUV A; 3VS0 A; 2ZPG B; 1Q82 U; 2VUB A; 4C0D B; 4CC4 B; 1NLP C; 5KE3 A; 3OYE A; 3MHX A; 3QUI A; 1GFD A; 1BCM A; 1YWP A; 1NG2 A; 4ZTJ A; 1QVP A; 4JRI A; 2M9U A; 4FT2 A; 4JS5 A; 3JB9 F; 1AWJ A; 1FWZ A; 2ATC B; 2KAF A; 3GP8 A; 2DBM A; 3A8M B; 2V26 A; 5D6X A; 3C4S A; 1Q81 C; 1WYX A; 3VS3 A; 3L1A A; 1ZSZ B; 2K2M A; 3QDR B; 2A0F B; 1U1T A; 1Z9Z A; 2QAZ A; 3PE0 A; 1UUE A; 4FYY B; 2KEA A; 4IUT A; 4F7U G; 3OW2 P; 1VQ7 T; 3G6E Q; 2L3P A; 1AWO A; 4E47 A; 1O9S A; 2A3L A; 2K9G A; 5HKC A; 2RMO A; 2YRC A; 4A53 A; 4C92 B; 1KQ1 A; 1QP3 A; 2QQS A; 4Y28 E; 1YNZ A; 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