The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
109
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structure length |
82
|
Chain Sequence |
MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPSDNIASLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Splicing
|
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| total genus |
11
|
| structure length |
82
|
| sequence length |
109
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| chains with identical sequence |
l
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| h | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GAM h; 3HFN A; 3L2Z A; 4M7A E; 4X9C A; 4F7U B; 4M77 F; 1U1T A; 2EJG A; 2I2L A; 3FB9 A; 1I81 A; 1U1S A; 3PGG A; 4JRK A; 1B34 A; 4JUV A; 4EMK B; 3RKY A; 3JCM g; 4M7D E; 2HNI A; 4M77 G; 1YCY A; 4M77 A; 4M7D A; 2DZC A; 5GAO r; 4M77 C; 5GAM j; 3M4G A; 4XU3 A; 4M77 D; 2E10 A; 3QO3 A; 5GMK i; 4M78 B; 3AHU A; 4C8Q B; 2CGH A; 2FYK A; 5LJ3 h; 4PJO E; 3V8K A; 2RD1 A; 3RUX A; 5GAM e; 5LJ5 h; 3JCM X; 4HT9 A; 3V7R A; 4XTZ A; 3L1A A; 1KQ2 A; 3RES A; 1I8F A; 5CAI A; 2YLB A; 3QSU A; 3INZ A; 2JN0 A; 4J6X A; 2VXF A; 4XTY A; 5LJ3 j; 5GAN g; 4F7U F; 1JRI A; 4EMG A; 3JCM J; 4NL2 A; 4F7U G; 3JB9 F; 3JCM h; 2QTX A; 5LJ3 e; 4A53 A; 1D3B B; 3JB9 G; 4X9D A; 5GAN f; 5GAN 4; 4EMK C; 3HSB A; 3EFS A; 3RKW A; 1HXD A; 4M78 F; 5LJ5 f; 1LNX A; 5DY9 A; 4C8Q F; 4M7D D; 4M77 E; 3JB9 H; 3JB9 D; 5GAO q; 4XQ3 A; 4M78 G; 4C8Q G; 3JB9 J; 4M78 A; 1MGQ A; 4N0A A; 3RKX A; 5GAO m; 4M78 C; 4N0A C; 4RCC A; 1HK9 A; 4C8Q C; 4HA8 A; 2E65 A; 4M75 F; 4DQ2 A; 4M78 D; 1BIB A; 4C8Q D; 4XTU A; 1H64 1; 3JCM f; 1Y96 B; 3QHS A; 4M75 G; 1KQ1 A; 5GAN h; 1BIA A; 3V8L A; 2DZ9 A; 4XU1 A; 4M75 B; 4C92 F; 5GAM d; 2DTH A; 3SB2 A; 2EWN A; 4QVD A; 4C92 G; 5GAN j; 5GAO l; 4F7U E; 5LJ5 j; 3JB9 I; 4C92 C; 5GAN 2; 3QUI A; 2DKG A; 4A54 A; 3GIB A; 3JCM V; 5GAN 5; 3V7C A; 2DXU A; 4C92 B; 2DTI A; 2DEQ A; 4F7U A; 1TH7 A; 1X01 A; 2E64 A; 4EMK A; 5GAN e; 4V2S A; 4M7A B; 1B34 B; 2VC8 A; 3FIF A; 5LJ3 d; 5LJ5 e; 2YLC A; 2RA2 A; 5GMK h; 4M7D B; 4M78 E; 2DTO A; 4PJO F; 4C8Q E; 4QVC A; 4MML A; 2RB6 A; 4RCB A; 4MMK A; 4C8Q A; 4PJO G; 3SWN B; 1I5L A; 1Y96 A; 2EJF A; 1JBM A; 2YHT A; 4OP0 A; 2FB7 A; 4WF2 A; 4Y91 A; 3JCM Q; 3JCM e; 1LOJ A; 1N9R A; 4J5Y A; 3VU3 C; 5GAN 8; 4PJO B; 4M75 A; 5GMK l; 4M75 C; 4XTX A; 4JLI A; 3EFR A; 4M75 D; 5GAN 6; 5I21 A; 3HFO A; 2EAY A; 4HT8 A; 4M7A F; 1M8V A; 4EMH A; 4C92 A; 5GAO p; 3JCM P; 2E41 A; 2RM4 A; 1D3B A; 2VXE A; 4M7A G; 4M7D F; 4C92 D; 4M7A A; 1LJO A; 2EJ9 A; 2DXT A; 2K57 A; 4J6Y A; 4M7A C; 4M7D G; 2DJZ A; 5GMK m; 5GAO n; 4M7A D; 1N9S A; 5GAM g; 4NOY A; 4M7D C; 3BDU A; 5GAN d; 4XU0 A; 4J6W A; 3BW1 A; 4M77 B; 5LJ5 d; 3V7S A; 3RIR A; 3FJP A; 3SWN A; 2DVE A; 5GAN 7; 2ZGW A; 3SWN C; 3RER A; 1WQW A; 3BY7 A; 1M5Q 1; 4XTV A; 1WPY A; 3JCM b; 4PJO A; 5GAM f; 3V8J A; 4XU2 A; 4PJO C; 3BFM A; 4JRI A; 4M75 E; 5GMK j; 4PJO D; 5LJ3 g; 1I4K 1; 3JCM d; 5LJ5 g; 1WNL A; 1WQ7 A; 3JCM c; 2Y90 A; 4XTW A; 2E1H A; 5GMK e; 4NL3 A; 3JCM W; 4C92 E; 5GAN 3; 4PNO A; 5LJ3 f; #chains in the Genus database with same CATH topology 1N5Z A; 1YJN T; 3L2R A; 3L2U A; 3C95 A; 2FHD A; 4IUQ A; 1OZ2 A; 3CCE T; 2ED0 A; 4XU3 A; 3PT9 A; 3CME Q; 1YI2 Q; 4ANJ A; 2RD1 A; 2DE0 X; 2OAU A; 2A0F B; 3MHX A; 5GJV B; 2VXF A; 2ZAE A; 1PSE A; 4F7U G; 3GPL A; 3CC2 Q; 2K9G A; 2M0Y A; 1MNE A; 3OYA A; 2DD4 A; 2KSS A; 4X9D A; 3OMC A; 2QEX T; 1WFW A; 4XQ3 A; 4C5E A; 2YSQ A; 1SSF A; 2A37 A; 3RMS A; 5GAO m; 4M78 C; 4RCC A; 4M75 F; 1K9A A; 3NGP A; 4KUD K; 2KDS A; 3VUB A; 4AT1 B; 1T3L A; 3D7S B; 4JLG A; 4JZ4 A; 1X69 A; 1Y57 A; 3VJP A; 1QVF S; 1X6O A; 2E5Q A; 4C0F A; 1ZA1 B; 1RL2 A; 2GBQ A; 2DL3 A; 5IT9 E; 1H8K A; 3V7C A; 4F7U A; 5FU7 C; 4C5H A; 2E4H A; 1M9S A; 4YTL A; 2FZG B; 3HHT B; 1MMA A; 1D1A A; 4C8Q E; 4A4F A; 4N4I A; 1I5L A; 1JBM A; 1GBQ A; 1N9R A; 5GAN 8; 1HYO A; 2DAQ A; 5A0G A; 4LDU A; 3H8Z A; 4HVU A; 3JCM P; 1KC8 R; 2VXE A; 2XI9 A; 2DJZ A; 5GMK m; 5GAO n; 1YNZ A; 2FEI A; 3CXC A; 3BDU A; 2X3X D; 4DOW A; 5IXB A; 3V7S A; 3BY7 A; 2LNV A; 4ZTJ A; 4KT0 E; 2OTL A; 5IHK A; 2O9S A; 1M3B A; 2M9U A; 3EG9 B; 3CBO A; 3CCJ T; 3JCM c; 3M4Y A; 2QQB A; 3OYG A; 2YT6 A; 1PG5 B; 4L59 A; 3UAT A; 1RI9 A; 1ZSZ B; 4TVR A; 2BE7 D; 1YIT A; 1D09 B; 4JPB W; 3GF5 A; 4C8Q B; 5KYX A; 2MAM A; 2AT1 B; 2YDL A; 1QVP A; 3HTR A; 3L1A A; 1KQ2 A; 1VQ9 A; 1QCN A; 1JU5 C; 1AVZ C; 3JCM h; 1WX6 A; 3BDL A; 3I56 T; 1Q81 R; 3EFS A; 3L2W A; 4LD9 K; 3FJ5 A; 3JAM E; 3U23 A; 3CMA T; 1SEM A; 3CC7 Q; 4JS4 A; 3PMT A; 4M78 D; 1H64 1; 2OX7 A; 2NUP B; 4BB7 A; 4LXC A; 1E7O A; 2ATC B; 1VQ5 Q; 2DBM A; 2DIQ A; 1KD1 C; 3QZ5 B; 3LH5 A; 1G83 A; 1B34 B; 3OB9 A; 4RTV A; 5GMK h; 2DLP A; 3MPU B; 2RB6 A; 2D8H A; 2MWO A; 1JQQ A; 4F17 A; 2FB7 A; 3C4S A; 3OYJ A; 1UB4 A; 3CME A; 4AG1 C; 1KC8 U; 1YI2 A; 1VQN Q; 2EQI A; 2DL5 A; 1K8A R; 2EAY A; 1XTD A; 2MOX A; 2GFU A; 4M7A A; 1HJD A; 3WVD B; 1UJ0 A; 3CC2 A; 4WTO B; 1FXX A; 4J6W A; 2JUF A; 1ABO A; 3TSW A; 1M5Q 1; 3QDR B; 3TRE A; 2OJ2 A; 1GFC A; 1NE8 A; 1G2B A; 2FRY A; 2FZK B; 3ULR B; 1I5O B; 3G71 Q; 3M0R A; 2E1H A; 3M55 A; 1GFD A; 2DX1 A; 5LJ3 f; 4M77 F; 2RQR A; 3OW2 P; 4LE9 A; 2COW A; 2Z0W A; 1WJS A; 1RAB B; 3EH2 A; 3OS1 A; 1WLP B; 2CKK A; 3CCM T; 4KUI A; 3CBM A; 3RES A; 5CCA A; 5CAI A; 2DXB A; 4XTY A; 4LDY A; 3L2Q A; 5CR2 A; 4EPC A; 1LVK A; 2K79 A; 3HP9 A; 5I11 A; 1H3Z A; 1Q7Y R; 2DJQ A; 1KHI A; 2ZPE B; 4C8Q G; 3OS5 A; 3JCM f; 2QQS A; 5GAN h; 1VQP Q; 1TUC A; 3CCV T; 5GAN j; 2RQV A; 1WJQ A; 1GRI A; 4HCZ A; 3CCL T; 4KH0 B; 1MMD A; 3MP1 A; 4XAX B; 5FWB A; 1ZSZ A; 3VS2 A; 2VC8 A; 2ROT A; 5DM7 R; 1ZBX A; 4M78 E; 4AFU C; 4FT4 A; 4C8Q A; 2RQU A; 4BI4 A; 3CC4 T; 2BZ8 A; 2VWF A; 1A0N B; 4QQD A; 4ZGD B; 5KYU B; 4OMO A; 4A4K A; 1LJO A; 2EW3 A; 4FM4 B; 4BE2 A; 4M7A C; 2DEU A; 1EFN A; 4M7D C; 2EPD A; 4DBF A; 1M3A A; 1PKS A; 2BZX A; 1PCX A; 4FYV B; 4AFZ C; 1EIF A; 2EFI A; 2P4T A; 2R5M A; 1YBY A; 4C0Z A; 3UF4 A; 1D1C A; 1K0S A; 1Z9Q A; 5AYF A; 3CC7 A; 1IXD A; 1OPL A; 2CDT A; 4XTW A; 1W4S A; 3REA B; 5FLX E; 3QG1 A; 1BCM A; 1VQ5 A; 2MF2 A; 1B34 A; 1Y0M A; 3OSS C; 2DIG A; 2EVR A; 3CCS T; 2W10 A; 1S72 Q; 1AWJ A; 4RG8 A; 4M78 B; 3TSZ A; 3V8K A; 2FPD A; 2FVU A; 1GCP A; 1SRM A; 3ZL7 C; 1VQM T; 4E2F B; 8ATC B; 3GBQ A; 4JJC A; 4F14 A; 2RJC A; 1VQN A; 1X6G A; 4EMG A; 2D6F A; 2E6Z A; 4F04 B; 3QYG B; 1RI0 A; 4FYX B; 2KGT A; 2OTJ Q; 4Z8A A; 3JB9 F; 4J9B A; 2L5Q A; 2JTE A; 1EX4 A; 3GNF B; 4E7Z A; 5DLO A; 4ZN1 A; 2E3H A; 2L8D A; 5FU7 B; 4P5N A; 4BD3 A; 3JB9 J; 2KT1 A; 1UGR B; 4HA8 A; 2E65 A; 2VGM A; 4UC4 A; 2YRV A; 1G3W A; 2ZZD A; 2M1H A; 3KFV A; 3NHN A; 4Y28 E; 1MV3 A; 2IPO B; 1NM7 A; 4KUL A; 2F5T X; 4HVV A; 2J6K A; 3RNJ A; 4PFZ A; 2DKG A; 3G71 A; 1KG1 A; 1JJ2 S; 2DXU A; 1H3H A; 2E64 A; 5KYY A; 3OW2 S; 2HZY A; 2HD0 A; 1UE9 A; 2CS7 A; 2J6O A; 4PJO G; 2DVJ A; 1MHN A; 2GFA A; 1E6G A; 3A8G B; 1VYT A; 3MCA B; 2CP2 A; 2XDD A; 1VIE A; 4ME7 A; 1MV0 B; 3M0S A; 3VS4 A; 3ASK A; 2JS0 A; 1LCK A; 4M7A D; 2KMT A; 5GAN d; 1NJI R; 4M7D D; 1O9S A; 1WJR A; 5IH2 A; 3NFC A; 4PJO A; 3WXM B; 2HEQ A; 3IQL A; 1R77 A; 1VQP A; 3OYY A; 1OU8 A; 3NTI A; 2EGE A; 4JUV A; 4HKE A; 1N8R R; 2HNI A; 3OYH A; 2NWM A; 3EG3 A; 2VGN A; 3M4G A; 2QQA A; 1CKB A; 1M30 A; 2CZ0 B; 1YJN Q; 3MET A; 1Q86 R; 3I5S A; 4HVW A; 4J7F A; 4E7I A; 2DBK A; 5KYU A; 3FC3 A; 1QP3 A; 4OF1 A; 3G4S T; 2ZCF B; 4OML A; 2DYI A; 4M78 G; 4QQG A; 2KRM A; 1UEC A; 4DBH A; 1WHG A; 3CBP A; 4DQ2 A; 2L3R A; 2SEM A; 1BIA A; 1NLP C; 2YUN A; 1VQ7 Q; 2LQ8 A; 2G6F X; 3CD6 T; 3EGU A; 2K7A A; 4A54 A; 3BE3 A; 3EGD A; 2RN8 A; 3KUF A; 4JRQ A; 2V1Q A; 2RF0 A; 2YWW A; 3F70 A; 3RR6 A; 4MML A; 1R0B G; 3OYL A; 3RMQ A; 1QWF A; 3MP8 A; 4LD6 A; 4OP0 A; 2EYY A; 4HCC A; 3JSC A; 1M2O A; 2LCS A; 4IUR A; 5CKB A; 1PHT A; 2OTJ A; 4J6Y A; 1UGS B; 4BE1 A; 3OY9 A; 1YIT Q; 5GAM g; 1PD1 A; 2QQR A; 3E1S A; 2FPE A; 2LQN A; 4JZ3 A; 4J7I A; 2DD5 A; 2VV5 A; 1P92 A; 1UHC A; 5KYX B; 4KGZ B; 3TU4 K; 4PJO C; 4JRI A; 3G6E T; 1QCF A; 1G3Y A; 1N8R U; 1OV3 A; 2FZC B; 2RHU A; 4M7A E; 5GAN 4; 5FWC A; 4M7D E; 2ESW A; 2JM8 A; 1YCY A; 2E10 A; 3CCJ Q; 3DKM A; 4OB1 B; 1RAD B; 2FRW A; 3P8D A; 1UHF A; 4FW2 A; 4OMM A; 1PRM C; 1WGS A; 4J6X A; 2NYS A; 3PIO A; 2R57 A; 4F7U F; 2ECZ A; 2GTO A; 2XK0 A; 2LT1 A; 3JCM J; 1WXT A; 5KYW B; 2QXF A; 4FYY B; 2P0Q A; 2RHY A; 3HL8 A; 1HXD A; 1OQK A; 1OX8 A; 2M0O A; 2XU8 A; 3HRT A; 4Y92 A; 1MGQ A; 4OB2 B; 4OMQ A; 4ZGJ B; 4GLK A; 4XTU A; 4E7J A; 2VB6 A; 1NYG A; 3I56 Q; 2ROL A; 2YUP A; 1VQ8 A; 1BU1 A; 1RAI B; 1PRL C; 1XOV A; 3CCR T; 1WHH A; 1Q82 C; 3CMA Q; 1QCO A; 2CUB A; 2IIM A; 1NPP A; 1W2B A; 3SEM A; 4V2S A; 4M7A B; 5LJ5 e; 3FIF A; 4PJJ A; 1NLO C; 3HPW A; 3OYE A; 3DLL A; 1R0C B; 4M7D B; 4GY5 A; 4QVC A; 1IGQ A; 4RCB A; 4MMK A; 1TUD A; 2LX7 A; 5I2S A; 1NEB A; 4R0K A; 2ZPI B; 1KHC A; 2RK1 A; 4BY6 C; 1VQ4 T; 2EQK A; 4J8O A; 4BDZ A; 1YJN A; 1T0J A; 2DXC A; 3HFO A; 3S6W A; 2YUQ A; 5IHN A; 2EBP A; 5KCH A; 2DM1 A; 2JW4 A; 3OQ5 A; 1W2B P; 3DLM A; 3VYG A; 1OI1 A; 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1KSW A; 2EGA A; 3JCM b; 1KQS A; 2LRQ A; 5GMK j; 3EG1 A; 3I56 A; 2Y90 A; 4NL3 A; 1W70 A; 4KH1 B; 4X9C A; 4PLL A; 1U1T A; 4JRK A; 3CMA A; 3MJX A; 1R8O B; 2ED1 A; 4F16 A; 4M7D A; 4JJD A; 1GXI E; 2P4R A; 2J6F A; 1X43 A; 5D7U A; 1QQJ A; 1YFN A; 2KI7 A; 4PJO E; 1V1C A; 5LJ5 h; 3GNG A; 3V7R A; 4AG2 C; 4RTX A; 2JN0 A; 4RTU A; 2PNI A; 2GGR A; 1KQS P; 3CCS Q; 2JXB A; 2E12 A; 2QTX A; 1UEB A; 3RKW A; 4C8Q F; 5KYY B; 2PVG B; 1VQM Q; 2A08 A; 2QTV A; 3VS5 A; 2HCK A; 3JRZ A; 1PD0 A; 1N6A A; 1UDL A; 3VRZ A; 4BI3 A; 2QA4 T; 4IIM A; 5I2M A; 2A36 A; 7AT1 B; 2QI2 A; 2KRS A; 1TXQ A; 2K5L A; 3JB9 I; 3VYH B; 3QUI A; 1W6X A; 1EZZ B; 3H6Z A; 4J83 A; 2X35 A; 2V8J A; 1ZUY A; 2ZPB B; 1RLP C; 2K5I A; 2RMO A; 5LJ3 d; 2D8J A; 4CC2 A; 2RA2 A; 2EQJ A; 3E19 A; 3UA6 A; 5FRM A; 2K4Y A; 1FWZ A; 4WCI A; 2EIF A; 1Y96 A; 2AKL A; 1F1B B; 3A8L B; 4WF2 A; 2KNB B; 4GLM A; 4PJO B; 2MPX C; 5D6Y A; 2D1X A; 2QK0 A; 3I55 Q; 2ZPH B; 2EYW A; 2KYB A; 1WHJ A; 2RJF A; 3M57 A; 2CT3 A; 3M0Q A; 3DB4 A; 2EJ9 A; 1B7T A; 5KE3 A; 1BK2 A; 3CCM A; 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