The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
NGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKNAPLFK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| molecule tags |
Splicing
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| total genus |
14
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| chains with identical sequence |
n
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| d | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Y96 A; 4QVC A; 2HNI A; 2VXF A; 2E64 A; 3V7S A; 2DXU A; 4M75 A; 5LJ3 d; 5GAN f; 4PNO A; 2DKG A; 2QTX A; 3SB2 A; 3GIB A; 4XTY A; 2ZGW A; 1YCY A; 3PGG A; 4MML A; 3JB9 F; 1I81 A; 2FYK A; 1U1S A; 1TH7 A; 4JRI A; 2DJZ A; 5LJ5 j; 3JCM J; 4V2S A; 2E41 A; 3JB9 H; 3V8J A; 3EFS A; 1H64 1; 5LJ5 e; 1BIB A; 4C92 G; 5GMK i; 3JCM d; 5GMK m; 4N0A C; 4C8Q F; 5LJ5 h; 3QUI A; 4C92 B; 4M7A D; 4XU1 A; 5LJ5 g; 4Y91 A; 4M7D A; 3BW1 A; 2Y90 A; 4MMK A; 4PJO D; 3BY7 A; 2EJF A; 3L1A A; 2EWN A; 3INZ A; 2E10 A; 4M78 D; 3EFR A; 5GAM f; 1M8V A; 4JRK A; 1I4K 1; 5GAN 7; 5GAN 4; 4HT9 A; 3FB9 A; 5LJ3 j; 2DZ9 A; 4WF2 A; 4XTU A; 4F7U A; 3RKW A; 1WQW A; 2YHT A; 2RB6 A; 4HA8 A; 4J6W A; 4M78 E; 4XQ3 A; 4XU0 A; 4XU2 A; 4C8Q A; 4C92 C; 5LJ3 e; 2RD1 A; 4XTX A; 5GAN 3; 1B34 A; 1WNL A; 4EMG A; 4EMK A; 2VXE A; 5GAO n; 1WPY A; 3FJP A; 2K57 A; 4XU3 A; 4M7A B; 2RA2 A; 4PJO G; 5GMK j; 5GAN 5; 2EJ9 A; 3JCM e; 3HSB A; 3SWN B; 4DQ2 A; 2DTH A; 4HT8 A; 5GAN d; 4PJO B; 4M77 D; 3RKY A; 5GMK e; 1N9S A; 4M78 G; 3JCM h; 4XTZ A; 4A54 A; 4F7U F; 3JCM g; 1D3B B; 4M78 B; 4N0A A; 4C92 F; 3RES A; 5GMK h; 4M77 E; 5GAO p; 4M75 D; 4M7A E; 4M7A C; 2E1H A; 4NL2 A; 3RUX A; 5GAO r; 3SWN C; 2EJG A; 3JCM V; 3L2Z A; 3JB9 J; 4PJO C; 4PJO E; 4JLI A; 5GAN 6; 1KQ1 A; 1JRI A; 2DZC A; 2EAY A; 4J6X A; 3V8L A; 3V8K A; 1N9R A; 5GAO l; 1HK9 A; 1U1T A; 4M78 C; 3JB9 D; 4NL3 A; 3RIR A; 4C92 A; 2DTO A; 1WQ7 A; 3JCM W; 2DEQ A; 5LJ5 f; 2JN0 A; 4M77 G; 3V7C A; 3BFM A; 5LJ3 h; 3JCM Q; 5GAM d; 1BIA A; 1KQ2 A; 5GAN j; 5LJ3 g; 4M77 B; 3FIF A; 4XTV A; 4M7A G; 2DVE A; 2I2L A; 4M7D D; 3HFN A; 4RCC A; 5GAN e; 3QSU A; 4X9C A; 1Y96 B; 4M7D E; 4M75 G; 3HFO A; 5GAN h; 1M5Q 1; 4M75 B; 5GAN g; 5GAO q; 4EMH A; 4C8Q D; 4EMK B; 4M78 F; 4M77 C; 4C92 D; 5GAN 8; 2YLC A; 3JB9 G; 5LJ3 f; 2YLB A; 4X9D A; 1I5L A; 4NOY A; 4M7A A; 2FB7 A; 3SWN A; 5GAM j; 4M7D G; 4PJO A; 4M75 E; 4M75 C; 4QVD A; 1LOJ A; 5GAO m; 3M4G A; 4M7D B; 3V7R A; 4RCB A; 5GAM e; 4EMK C; 3JCM f; 1D3B A; 1MGQ A; 4M78 A; 1LJO A; 4OP0 A; 3JCM X; 2VC8 A; 1HXD A; 4A53 A; 5GAM h; 3VU3 C; 5GAM g; 3JCM c; 4F7U G; 4M77 F; 2CGH A; 4C8Q G; 4F7U B; 3JCM b; 4M7D F; 1JBM A; 2E65 A; 4C8Q B; 5GMK l; 3RER A; 5LJ5 d; 4M7A F; 4M7D C; 2DTI A; 3JB9 I; 3QHS A; 5DY9 A; 4PJO F; 4XTW A; 3QO3 A; 3JCM P; 1LNX A; 4J6Y A; 4M75 F; 5CAI A; 1B34 B; 3AHU A; 1I8F A; 5GAN 2; 4M77 A; 2DXT A; 4F7U E; 2RM4 A; 1X01 A; 4J5Y A; 3RKX A; 4C8Q E; 4C8Q C; 5I21 A; 4JUV A; 4C92 E; 3BDU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XNI A; 2NYS A; 2VXF A; 3NTK A; 1OQK A; 2EGC A; 5KYN A; 4FIB A; 3M0R A; 1NG2 A; 3VUB A; 3OS0 A; 2RQR A; 1H3H A; 2JTM A; 3JB9 H; 1YIJ Q; 2VYT A; 2FRW A; 2V1Q A; 1MV0 B; 1IB8 A; 3S3M A; 3BY7 A; 2AHJ B; 2YUO A; 3CD6 T; 3JRZ A; 8AT1 B; 1VYT A; 4WF2 A; 2JNG A; 3A8L B; 4Z02 A; 4QVD A; 4C8Q A; 4C92 C; 2MWP A; 2C0T A; 3A8G B; 1AEY A; 4OB2 B; 2QDY B; 4DBQ A; 4OMQ A; 1VQM T; 1X6B A; 3A8H B; 4PJO G; 2RQU A; 4DQ2 A; 5I22 A; 1JU5 C; 2AT1 B; 2CRE A; 4C92 F; 5D6X A; 5CKD A; 2PVD B; 1VYU A; 4FCY A; 4A4G A; 3LW5 E; 3JB9 J; 1JRI A; 2WSF E; 1YJW T; 3CD6 A; 1MV3 A; 4KT0 E; 1YJ9 T; 1GCQ C; 3CBM A; 2RHU A; 3DKM A; 3VYG A; 1G3W A; 2D1X A; 3A1P A; 3VS3 A; 2KAF A; 3EGX B; 3VV0 A; 1NYF A; 1VQM A; 1HD3 A; 3OYI A; 2IG0 A; 2O4X A; 1ZX6 A; 2K7A A; 5GJW B; 5EG2 A; 4HCB A; 3GF5 A; 3PT9 A; 4PL6 A; 1JXO A; 3EG3 A; 4PJO A; 2JM8 A; 2YUN A; 2F69 A; 2ED0 A; 3DB3 A; 3G1J A; 2ZPG B; 3JCM c; 1YJW A; 3BDL A; 1YJ9 A; 2HAX A; 4XTW A; 5CAI A; 1MMG A; 2C06 A; 2DX1 A; 4B9W A; 3I9Q A; 2E4H A; 2LJ0 A; 1ZA1 B; 2F2V A; 3H41 A; 5J39 A; 4OB0 B; 1IXD A; 2DIG A; 1D0X A; 2QTX A; 2LZ6 B; 1FMV A; 2DJZ A; 3E2U A; 4OML A; 3V8J A; 1D1B A; 3L42 A; 1ZQ1 A; 3VRZ A; 5A2Q E; 1I5O B; 1CKA A; 3WVE B; 1GFD A; 2KXC A; 1OPK A; 2O9V A; 1H92 A; 1WJR A; 4EDU A; 4XTU A; 2DIL A; 4J9E A; 2CP2 A; 4J6W A; 4M78 E; 3OBY A; 2F2X A; 2Y4Y A; 1B3Q A; 3MCA B; 4EIK A; 2VUB A; 2DL8 A; 3TCJ A; 1FXX A; 2BE7 D; 4HCZ A; 2R5M A; 3CCJ Q; 3RKY A; 2EVR A; 4M78 B; 3OYB A; 1WJQ A; 2L2P A; 2Y4X A; 2EQI A; 5GAO r; 4OMF B; 3VS5 A; 3UA6 A; 1WQ7 A; 5LJ5 f; 5D6W A; 3V7C A; 4E7K A; 3A8O B; 2LT4 A; 5LJ3 g; 1MMA A; 3OW2 A; 2DER A; 5J26 A; 1BCO A; 1BI2 A; 3CD6 Q; 2R57 A; 2IVW A; 1J3T A; 1MUZ A; 2WSE E; 4C0G A; 1VQP Q; 5CQX A; 4E7Z A; 1QCF A; 3CCS T; 1VQ4 T; 4RCB A; 1CSK A; 1NYG A; 3ZFJ A; 4C5E A; 2KMT A; 3VU3 C; 2EQK A; 3M58 A; 3CCQ Q; 3TQ7 P; 1BKB A; 4F7U B; 2E70 A; 2QQA A; 2KGT A; 2DL7 A; 4L5G A; 3NTH A; 2QA4 Q; 3QHS A; 2X4J A; 3QPH A; 4PJO F; 5CKB A; 5HY6 A; 2P84 A; 2BKD N; 2HL5 C; 3EG0 A; 1YJW Q; 5HKC A; 4J7F A; 2ECZ A; 4J5Y A; 2DA9 A; 1YJ9 Q; 1K9A A; 2RQT A; 2XMF A; 4QVC A; 4KRT A; 2MK5 A; 4X1V A; 2LX9 A; 2DXU A; 3KBG A; 2LJ3 A; 5AYF A; 2FO0 A; 3CCS A; 3O8V A; 2EKO A; 1M1K U; 1VQ4 A; 6AT1 B; 1D0Z A; 1V1C A; 1WYX A; 2RI3 A; 1IRX A; 4BI4 A; 2QQR A; 1FWZ A; 1O75 A; 4XU1 A; 5FW9 A; 2HSE B; 3OSS C; 3G6E Q; 3MJX A; 4JRK A; 4OGC A; 5LJ3 j; 1HJD A; 5DM7 R; 1IO6 A; 2VAS A; 4PLL A; 3M55 A; 3Q1J A; 4LDU A; 2DJQ A; 2K5F A; 3CME T; 1QP3 A; 2ED1 A; 3JCM e; 4KH0 B; 2JW4 A; 3R6O A; 1I1J A; 1RAD B; 3OYG A; 2CSI A; 1QMC A; 3TSW A; 1D3B B; 4OMO A; 1NEB A; 2BIV A; 2RNA A; 4M7A E; 1U06 A; 3JCM V; 2J6O A; 1KQ1 A; 3C0C A; 4O5V A; 1U1T A; 1M90 R; 2XDP A; 3T9N A; 4XTV A; 3FIF A; 2I2L A; 2KY9 A; 2RI5 A; 1M90 C; 1OX9 A; 2K3Y A; 2G3R A; 3QSU A; 4BUG A; 1R8O B; 3REA B; 4P5N A; 2XU8 A; 3HTR A; 3CME A; 4EMK B; 4M77 C; 2M51 A; 1Y57 A; 4BB7 A; 1M3C A; 2B8A A; 2FG0 A; 4M75 E; 1KQS A; 2RPN A; 2YRV A; 1M3A A; 3ULR B; 4OGE A; 1HXD A; 4KH1 B; 2XDD A; 4M77 F; 3SDZ A; 3UA7 A; 1SKU B; 3HRS A; 1XOV A; 2ZCF B; 1Q81 R; 2PQW A; 3IQL A; 1B34 B; 4C0D C; 1QVF S; 1Q81 C; 1XTD A; 2EYY A; 4DEY A; 2A7Y A; 3S6W A; 1NJI R; 3A98 A; 2EFI A; 4XTY A; 4MML A; 1M27 C; 3VRY A; 4IIO A; 3I56 Q; 4FW2 A; 4KUL A; 1NJI C; 2K5I A; 2HQH A; 1R0B G; 2HKN A; 1K0X A; 4LDW A; 2DO3 A; 3EG9 A; 4N0A C; 4RKU E; 1YWP A; 2YUQ A; 1UE9 A; 4IUU A; 3INZ A; 2C0O A; 1VQ4 Q; 1H3Z A; 4M78 D; 1KSW A; 1XQH A; 1VQN Q; 1Y71 A; 1WLP B; 3QBY A; 1WQW A; 1N5Z A; 5CKE A; 4N4I A; 1WJS A; 1JO8 A; 2OTL Q; 1G83 A; 3PTA A; 1WA7 A; 2QQB A; 2K3X A; 3PMT A; 1ZUY A; 1WI7 A; 1N8R R; 5GMK e; 4AMC A; 3C12 A; 1K8A R; 3A8M B; 4FSS A; 5DLQ E; 2RN8 A; 1PNJ A; 2V8I A; 4HCK A; 1K8A C; 4BAC A; 2HKQ B; 4QQD A; 4ATO A; 1YBY A; 1K73 C; 2XKO C; 4LUD A; 1M30 A; 1JJ2 A; 4ZTF A; 4LE9 A; 2QEX T; 5A0D A; 4E7J A; 1W4S A; 2ZPH B; 5GAN 8; 1YIT T; 1YNZ A; 3E1S A; 2L3R A; 2KYM A; 1BB9 A; 2LQW A; 3H0H A; 3OB9 A; 2RJE A; 1BBZ A; 2LCS A; 1WGS A; 1EFN A; 2FL7 A; 3E9F A; 1UTI A; 1N6A A; 3VS4 A; 4C8Q B; 2RK2 A; 1RLP C; 2DL5 A; 4ORZ A; 2CDT A; 1LNX A; 3OQ5 A; 1YIJ T; 1OU9 A; 1X6O A; 2HSP A; 3MEA A; 2QEX A; 1M8M A; 2H3E B; 3HHT B; 4J8O A; 3JB9 F; 2RMO A; 1YIT A; 1YI2 T; 5GAN f; 2YRC A; 2MI6 A; 2F5T X; 2CH4 W; 4JPB W; 2YT6 A; 5FU7 B; 2OX7 A; 4C92 G; 3LH5 A; 4AFZ C; 4AG1 C; 3ME9 A; 1TS9 A; 2M02 A; 1YIJ A; 3NFC A; 2DL3 A; 4HA8 A; 3M56 A; 4BY6 B; 2O4X B; 2PNI A; 4IUT A; 2E5Q A; 2ESW A; 1PSE A; 4EMK A; 2VXE A; 1Q86 R; 1VQ5 Q; 2CKK A; 5GAN 5; 1YI2 A; 3TVT A; 4PLI A; 4PJO B; 4BI8 B; 3JCM h; 1Q86 C; 1N27 A; 3CC4 Q; 5L23 A; 5IXB A; 2QGG A; 3OS2 A; 4R55 A; 3CMA Q; 1ZBJ A; 3UF4 A; 2P4R A; 3FDR A; 4C92 A; 3JCM W; 1GCP A; 3OYY A; 2GQI A; 3M54 A; 3BFM A; 2LMJ A; 3CCV T; 2AZS A; 2GFU A; 2LTO A; 1Q7Y U; 1B07 A; 2DBK A; 4C92 D; 4PFO A; 1QQJ A; 2JM9 A; 4GLM A; 5EC7 A; 2J7I A; 4IUR A; 1LOJ A; 3SHW A; 2KI7 A; 1F1B B; 1TUC A; 1SG5 A; 2WAC A; 1AWX A; 5IXF A; 2V26 A; 1ZUK A; 3X26 B; 2E65 A; 1C6V X; 5LJ5 d; 4PJL A; 4M7D C; 1DJ7 B; 4J9I A; 1VQ7 A; 1ABO A; 2VGN A; 3CCV A; 1UJY A; 2GNC A; 3KXT A; 4CRI A; 1VQ8 T; 1NLP C; 2OTJ Q; 8ATC B; 1ZSZ C; 2ZZD A; 5J3B A; 2QK0 A; 1BYM A; 1D1C A; 2J05 A; 2D9T A; 1OI1 A; 4CC4 B; 4AFQ C; 4M7D F; 3WXM B; 2QEX Q; 1UJ0 A; 4KUD K; 3CPW A; 4JRI A; 2H8H A; 1X6G A; 3M0Q A; 3M0S A; 3MPU B; 2CUB A; 3D7S B; 1AWJ A; 3TEE A; 5GMK i; 4D8K A; 4KBM B; 2DYI A; 1Y07 A; 2Y90 A; 1CKB A; 3CCJ T; 2K6D A; 4FL6 A; 2AZV A; 1FYN A; 2DRM A; 3QII A; 5GAM f; 1AZE A; 5IT9 E; 3M0U A; 3OYN A; 1IHW A; 2E12 A; 1YJN Q; 5KE3 A; 3X24 B; 1VQ8 A; 1QVP A; 2SRC A; 3LH0 A; 2NUT A; 4F14 A; 1X69 A; 1X27 A; 1ZLM A; 1TWB A; 4HT8 A; 2JS2 A; 2X4W A; 5GMK h; 1VIF A; 2CYZ B; 4LDY A; 2W10 A; 1JQQ A; 4M7A C; 1YI2 Q; 1M1F A; 3SWN C; 1QVG A; 2DNU A; 2DM1 A; 3REB B; 3M57 A; 2EAY A; 3CCJ A; 3OYC A; 1VQP T; 5GJV B; 1VA7 A; 2ZPB B; 3RR6 A; 2LDM A; 2JN0 A; 1KQ2 A; 5FRN A; 4LXC A; 4M4Z A; 2RHX A; 2XG8 D; 4X9C A; 3OYJ A; 3VS0 A; 2X3X D; 3CCQ T; 3CCU T; 1QKX A; 3LWI A; 4C8Q D; 1UGQ B; 2QA4 T; 2LCL A; 3P8D A; 2G6F X; 1OV3 A; 4M75 C; 2ZPI B; 2JXB A; 3EGU A; 4HKE A; 1VQ6 T; 2EBP A; 1OUL A; 3EGD B; 4HXJ A; 1RAA B; 1QCN A; 3VUZ A; 1LJO A; 2EKH A; 5FWC A; 3C4S A; 3PIO A; 2BUD A; 3EHR A; 1Q95 G; 2FPD A; 1VQP A; 1AVZ C; 3PIP A; 4ESR A; 1JBM A; 2OJ2 A; 1YN8 A; 2MYS A; 1T3L A; 3H6Z A; 4M75 F; 1MMD A; 1NE8 A; 1VQL Q; 3CCQ A; 3CCU A; 3JSC A; 2F1L A; 2X9H A; 1LCK A; 1KHC A; 2QAZ A; 3CCL Q; 1VQ7 Q; 4E6R A; 2CT3 A; 3G6E T; 2QA4 A; 3CCV Q; 4PNO A; 2DD4 A; 4FSX A; 2WSC E; 3LX7 A; 4KGX B; 3JCM J; 4V2S A; 1BCM A; 1PD0 A; 4N4H A; 1VQ6 A; 1SRM A; 1TSF A; 2PVO B; 1HYO A; 1LVK A; 5LJ5 g; 1S1N A; 3BW1 A; 4PJO D; 2IPO B; 1I0C A; 4HVU A; 3KFV A; 2CZ7 B; 2HDA A; 1M8V A; 2M16 A; 4PK4 A; 1RL2 A; 2DZ9 A; 2FVU A; 2QDL A; 3QJY A; 2RB6 A; 1W2B S; 2RD1 A; 3LYI A; 4Y28 E; 1WZO A; 1WPY A; 5FRO A; 3UT1 A; 5GMK j; 3G6E A; 2V8K A; 2JT4 A; 1VQ8 Q; 4K11 A; 1VUB A; 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