The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
83
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structure length |
75
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Chain Sequence |
MVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSKGTPLGKILLKGDNITLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
|
| molecule tags |
Splicing
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| total genus |
9
|
| structure length |
75
|
| sequence length |
83
|
| chains with identical sequence |
p
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| e | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HK9 A; 2DZ9 A; 4X9D A; 4C8Q B; 2QTX A; 2YLC A; 3SWN B; 4F7U B; 4C8Q E; 4F7U E; 5GAM d; 3FIF A; 3JB9 D; 2EJ9 A; 4X9C A; 5LJ3 e; 2E10 A; 2YHT A; 3JCM X; 1D3B A; 4M7A D; 3QSU A; 4JRI A; 4XU2 A; 5GAN f; 2HNI A; 4C8Q F; 5GAM g; 3JCM J; 3V8L A; 4HT9 A; 4M7A A; 2DVE A; 5LJ3 f; 3V8K A; 4C8Q G; 1Y96 B; 4NL2 A; 3JCM c; 4EMH A; 3V8J A; 3HFN A; 4JUV A; 5GAN j; 3HFO A; 4M75 D; 4C92 D; 4C8Q A; 4F7U A; 2DTO A; 4J6Y A; 5LJ3 j; 1U1T A; 3SWN A; 4PJO B; 2E64 A; 1WPY A; 4PJO E; 5GAO l; 3SB2 A; 3JB9 H; 4M7D D; 2ZGW A; 5GMK e; 4M78 G; 4XTU A; 5GAN 8; 2CGH A; 2RD1 A; 2DXU A; 1WQW A; 4J6W A; 3HSB A; 3QUI A; 4N0A A; 3JCM P; 3RIR A; 5GAN 3; 5GAN 4; 1JBM A; 3V7C A; 4PJO F; 1TH7 A; 4WF2 A; 1Y96 A; 5GAM e; 4PJO G; 4M75 C; 4M77 B; 3RUX A; 4C92 C; 5GAN 6; 2E41 A; 4M77 E; 1I81 A; 1KQ1 A; 1H64 1; 2VXF A; 5LJ5 h; 1HXD A; 3JCM h; 1BIA A; 2FB7 A; 3RKY A; 4M7D C; 3INZ A; 3L1A A; 4QVC A; 5GAM f; 5GMK j; 3V7S A; 4PJO A; 1I8F A; 2RM4 A; 4M78 B; 4XTZ A; 3SWN C; 5GAN h; 5GAO n; 4M77 F; 2RA2 A; 4M78 E; 1X01 A; 5DY9 A; 4PJO D; 2Y90 A; 4XTW A; 5LJ3 h; 4M77 G; 5LJ5 d; 2RB6 A; 3JCM d; 3GIB A; 1JRI A; 4XTV A; 5GAM j; 3FB9 A; 4A54 A; 4HT8 A; 3JCM V; 4A53 A; 2VC8 A; 4M78 F; 3RKW A; 1B34 B; 4M77 A; 4DQ2 A; 4M7A C; 4C8Q D; 5GAO q; 5LJ5 g; 3JCM g; 3JCM Q; 4Y91 A; 3VU3 C; 4M77 D; 4XTX A; 3EFS A; 1M8V A; 1LJO A; 4EMK B; 4M78 A; 4PJO C; 5I21 A; 3QO3 A; 5GAN 5; 4OP0 A; 5GAO p; 4M7D G; 1I4K 1; 2YLB A; 3BFM A; 5GAN 2; 3RER A; 1U1S A; 4M78 D; 4HA8 A; 5GAN e; 5GMK h; 3BDU A; 4XU3 A; 3JCM b; 2DEQ A; 3JB9 F; 4C8Q C; 4RCC A; 1MGQ A; 1WQ7 A; 3JB9 G; 4J5Y A; 2DZC A; 1N9S A; 4M75 B; 4C92 B; 5GAM h; 4NL3 A; 4M75 E; 4C92 E; 4RCB A; 3PGG A; 3RKX A; 5LJ5 e; 2E65 A; 3JCM e; 4EMK A; 2E1H A; 2I2L A; 4J6X A; 4N0A C; 4XQ3 A; 5GAN d; 3JCM W; 4M7D B; 1WNL A; 2DTH A; 1LOJ A; 3BW1 A; 4M7D E; 5GMK m; 4M78 C; 2EWN A; 5LJ3 d; 1N9R A; 4M75 F; 4C92 F; 3JB9 I; 4JLI A; 3L2Z A; 2DKG A; 2FYK A; 5LJ5 f; 4XU1 A; 4M75 G; 2DTI A; 3JCM f; 4C92 G; 2DJZ A; 3M4G A; 3V7R A; 5GAN g; 4V2S A; 4M7D F; 2VXE A; 4F7U F; 4QVD A; 3RES A; 4EMG A; 4M75 A; 1YCY A; 4M7A B; 4NOY A; 4C92 A; 5GMK i; 5LJ3 g; 4F7U G; 5GMK l; 5LJ5 j; 1KQ2 A; 4MML A; 4M7A E; 5GAN 7; 1M5Q 1; 1D3B B; 3EFR A; 5GAO r; 3AHU A; 4M7D A; 5GAO m; 4MMK A; 3JB9 J; 1B34 A; 1LNX A; 4EMK C; 5CAI A; 1I5L A; 4M7A F; 2EJG A; 4M77 C; 4PNO A; 4XU0 A; 2DXT A; 4M7A G; 4JRK A; 4XTY A; 2EAY A; 2K57 A; 3BY7 A; 2EJF A; 2JN0 A; 3FJP A; 1BIB A; 3QHS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YHQ Q; 2HL3 A; 1VYV A; 3QZ5 B; 3SWN B; 1VQ9 Q; 1KFZ A; 2KQW A; 4C5E A; 1VQM T; 1K9M U; 2JMA A; 2CZ1 B; 3KXT A; 4C8Q F; 1D0X A; 2E12 A; 1AZE A; 2OTJ A; 3V8K A; 4EPC A; 3UT1 A; 2EPD A; 1PCX A; 2E5K A; 3MP1 A; 2PQW A; 4PLL A; 5CIU A; 2QAS A; 2KSS A; 3LYI A; 5GMK e; 1RAG B; 3QWX X; 1YJN Q; 5GAN 4; 2FVU A; 1VQN A; 1N8R C; 1Y96 A; 3EH2 A; 1PWT A; 3CC7 T; 1HXD A; 5GMK j; 2YXY A; 3V7S A; 2D0N A; 2L3P A; 4KH0 B; 1ZA1 B; 3IQL A; 4R55 A; 1KG1 A; 2A7Y A; 3DKM A; 1PG5 B; 3G4S A; 2VC8 A; 1W70 A; 1C6V X; 2DMO A; 2DVJ A; 1QVF A; 3CCV T; 5I2S A; 1TSF A; 1ZBJ A; 3C4S A; 3VS4 A; 1IRE B; 5IXB A; 1WHK A; 5GMK h; 4OGC A; 2DEQ A; 1SRM A; 3CCR T; 4CC4 B; 3QYH B; 2CP6 A; 4BE1 A; 4O6J A; 4N0A C; 4A4F A; 2GQI A; 2MCN A; 1Y57 A; 1T3L A; 1M1K R; 2D8H A; 2DKG A; 3QWY A; 1WXB A; 4C92 G; 2OI3 A; 1K1Z A; 2B86 A; 1BYM A; 2MWP A; 1MUZ A; 4M7A B; 3EG9 A; 3CCL A; 4F7U G; 2DYB A; 1HSQ A; 4RTW A; 3CCV Q; 3CBO A; 1RAB B; 4FW1 A; 3HL8 A; 1VYT A; 2DL8 A; 4FL6 A; 1UHF A; 2YLC A; 3CC2 T; 4X9C A; 3CCR Q; 1QCF A; 5L8R E; 3VYH B; 4J9G A; 4N4H A; 2PU9 B; 2F2X A; 4X34 A; 2DM1 A; 4AFU C; 3OYE A; 2NUZ A; 3SWN A; 1H8K A; 2ENM A; 4O5V A; 3ER0 A; 2CGH A; 1UTI A; 1SKU B; 2JS2 A; 1YJW A; 3LH0 A; 4OB1 B; 1I0C A; 4OMM A; 4DOV A; 5LJ5 h; 1QWF A; 2XID A; 2M02 A; 2LVM A; 2VYT A; 4BD3 A; 3CD6 A; 3OYI A; 1VQ4 A; 5GAO n; 3UA7 A; 1GBR A; 1AWX A; 1X01 A; 3EGX A; 3CC2 Q; 2ESW A; 1YIT A; 3G71 Q; 3I55 Q; 5KE3 A; 1XJW B; 2V8K A; 5I11 A; 3GNG A; 1LJO A; 1VQ7 A; 2M0O A; 2FL7 A; 4PLI A; 3RMS A; 2V1R A; 2L3S A; 1BKB A; 1OI1 A; 1BI3 A; 1FYN A; 1UEB A; 1KD1 R; 1UGP B; 3WXM B; 3S3O A; 3TEE A; 2E65 A; 3MPU B; 5FRO A; 1IRX A; 2LNH B; 2P0K A; 4M7D E; 2XG8 D; 4M75 G; 1RL2 A; 3KUF A; 3M59 A; 5AYF A; 2CSI A; 2LJ1 A; 2IIM A; 3H9N A; 3RBB B; 4CC2 A; 4MZP A; 2WSC E; 2KVQ G; 3EAE A; 3TSZ A; 2K5F A; 5CKH A; 2BUD A; 1M3B A; 3GNF B; 5KCH A; 2KXD A; 1SPK A; 4RUG A; 1D1A A; 4M7A A; 3UF4 A; 3M56 A; 2L8D A; 4RTV A; 5LJ3 e; 3CCQ A; 2ROT A; 2KT1 A; 1FMV A; 3OYK A; 3X24 B; 1YBY A; 4NL2 A; 1KC8 R; 3C12 A; 4PJM A; 2CZ6 B; 4C0D C; 3CXC S; 1K9M C; 5LJ3 j; 4J6Y A; 2GFU A; 1IGU A; 3CCU Q; 1N6A A; 2HL5 C; 3LH5 A; 4JZ3 A; 3V7C A; 1UFF A; 1RI9 A; 4FT2 A; 4C92 C; 2E41 A; 2DE0 X; 4IUV A; 2LQN A; 1BIA A; 2RI3 A; 2X4W A; 2F2V A; 2ABL A; 1JJ2 S; 1TXQ A; 5LJ3 h; 4M77 G; 1N8R R; 2OTJ Q; 1K76 A; 4A4H A; 2MF2 A; 1PD0 A; 2QQS A; 1M8V A; 3WVE B; 2IPO B; 2KXC A; 4JS4 A; 3BDU A; 3JCM b; 1VQ5 T; 1BI0 A; 4E2F B; 1VQL A; 1M3C A; 5EG2 A; 4DEX A; 2LQW A; 2HBW A; 3H0H A; 3H6Z A; 4RCB A; 4BY6 C; 3CEY A; 1MV0 B; 3VYG A; 2J05 A; 1UGV A; 2VWF A; 3BW1 A; 4N4G A; 4YTL A; 3L2R A; 5LJ3 d; 1GL5 A; 1IO6 A; 2FRY A; 1VQO A; 1EZZ B; 2BE9 B; 4Z02 A; 1TWB A; 4OB2 B; 2MPX C; 3G4S Q; 1X2K A; 4M7D F; 2LTO A; 4A63 B; 5GMK i; 4OMP A; 4JZ4 A; 2MI6 A; 4OB0 B; 2EYY A; 1YIJ T; 2L0A A; 5GAO r; 1G83 A; 3GLX A; 2JNG A; 7AT1 B; 1Q7Y C; 1GCP A; 3EFO B; 2E70 A; 3M0U A; 1UUE A; 2LQ8 A; 3X28 B; 1H92 A; 2BTT A; 1NBE B; 2DZ9 A; 5GAN e; 1TS9 A; 1VQ5 Q; 2C0I A; 4J9B A; 3JB9 D; 5A0G A; 4J9F A; 1NPR A; 3OS0 A; 4QQ6 A; 5LJ3 f; 2J06 A; 1BCO A; 2X4Y A; 2LJ0 A; 3PE0 A; 5GAN j; 5J3B A; 2K3Y A; 1PNJ A; 5GAO l; 3HTR A; 1SSF A; 4KRT A; 2RD1 A; 4JRP A; 3HSB A; 4N0A A; 1JBM A; 3CCJ T; 2YRV A; 1JEG A; 4M75 C; 5GAN 6; 3EHQ A; 2YWW A; 3LX7 A; 2EFI A; 3JCM h; 3QJY A; 2PVD B; 5GAN h; 3M5A A; 4C5H A; 3FRN A; 4F17 A; 5DLQ E; 5D6Y A; 1JRI A; 2LMJ A; 1BI1 A; 2R5A A; 4IUR A; 2BIV A; 2XHC A; 4KT0 E; 4A54 A; 3JCM V; 4A53 A; 4LDX A; 2HKN A; 2EKO A; 3WVD B; 1RI0 A; 3FLG A; 4PJO C; 3MKD A; 2LX9 A; 3QKJ A; 3RER A; 3OYB A; 3UA6 A; 4FIB A; 2AT1 B; 2CDT A; 3QDR B; 3P8H A; 1XTD A; 2K3X A; 3HPW A; 4LDV A; 4C92 B; 1GRI A; 2JTM A; 3LWH A; 3HP9 A; 5GAN d; 1VQ4 Q; 3OBW A; 3ME9 A; 1WNL A; 2GF7 A; 3HRT A; 2RHU A; 1YIT Q; 3MET A; 1ZUY A; 2V1Q A; 4RTX A; 3OYL A; 2VGN A; 4NS5 A; 5LJ3 g; 2DJQ A; 2J6F A; 3OMC A; 3SD4 A; 1K8A U; 2GQV A; 3AHU A; 1Q95 G; 2RHY A; 2X4X A; 4EMK C; 3BDL A; 3ASK A; 3N5B B; 4M77 C; 2HKQ B; 1KHI A; 1ZHI A; 2YSQ A; 2VUB A; 1GBQ A; 5M9O A; 2E10 A; 2VGM A; 4C0F A; 1KQS A; 5GAN f; 4ORZ A; 4JRQ A; 3V8L A; 2DVE A; 1DJ7 B; 1H3Z A; 3EFO A; 4EIK A; 2XDB A; 4LDU A; 1AWW A; 2DTO A; 4LD9 K; 3LGF A; 2E64 A; 1SHG A; 3MCA B; 2FPF A; 1T0H A; 2CT3 A; 2RHZ A; 4PKC C; 4ANJ A; 2VAS A; 1UJ0 A; 3VS3 A; 1K9M R; 1KQ1 A; 2KYB A; 2DIQ A; 2VXF A; 2X35 A; 2L5Q A; 3PMI A; 1NEB A; 4M78 B; 3GP8 A; 3CCQ Q; 4QQD A; 2BZY A; 3QBY A; 2XK0 A; 3VS5 A; 5IT9 E; 4XTV A; 1M90 U; 3FB9 A; 3RKW A; 2GCX A; 2PVG B; 1AHJ B; 1UG1 A; 2X3W D; 3M54 A; 2LX7 A; 4B9W A; 2K4Y A; 2QAZ A; 1J3T A; 3CCS T; 3PVL A; 1FMW A; 5I21 A; 4JJD A; 2DD5 A; 4KUL A; 3CPW A; 1WHL A; 1O9S A; 3T9N A; 4II1 A; 2KMT A; 4M75 B; 5FRM A; 4AMC A; 2DL7 A; 2P4T A; 2GTO A; 3X26 B; 3OSS C; 3G6E A; 3CPW P; 2DTH A; 2FHD A; 1ZLM A; 3MJX A; 1VQ8 A; 3QG1 A; 4QQG A; 1SEM A; 2OJ2 A; 2DJZ A; 4FSS A; 2CSQ A; 4AFS C; 5GAN g; 1GXI E; 3PT9 A; 4JJC A; 2RK1 A; 1M8M A; 4C92 A; 1KHC A; 4M7A E; 3JSC A; 2H3J A; 1VQ9 T; 1D3B B; 1YI2 T; 4MMK A; 1LNX A; 1B7T A; 3MEA A; 8AT1 B; 2XKO C; 2KGT A; 4OF1 A; 2GTJ A; 1UEC A; 3BY7 A; 2JN0 A; 1ABQ A; 5IN1 A; 2CP5 A; 1VQK T; 2IVW A; 5D7U A; 2Y4Y A; 2AKL A; 2YRC A; 4HVV A; 3RR6 A; 3G1J A; 3L2U A; 3M0P A; 1JXO A; 3HHT B; 4EMH A; 1WJS A; 2CP2 A; 3MEV A; 3R6N A; 3OYJ A; 3MP8 A; 1PRM C; 3Q1J A; 2DXB A; 4KGV B; 4XTU A; 1JU5 C; 3EG3 A; 3I56 T; 3EG0 A; 4FYX B; 4J6W A; 1GFD A; 1MMG A; 1TUC A; 4PJL A; 1WJR A; 1I5O B; 1YI2 Q; 4M77 B; 4C0Z A; 2GGR A; 2M1H A; 4MDX A; 1V76 A; 3OW2 P; 5KCO A; 1ARK A; 3INZ A; 2PZ1 A; 4E7S A; 2ROL A; 4KUI A; 1VQK Q; 1AD5 A; 2F2W A; 1YN8 A; 2KRM A; 2QYZ A; 2RI5 A; 2YUO A; 4LXC A; 4DEY A; 1VUB A; 1OV3 A; 2K5I A; 4C8Q D; 4J9D A; 2JVV A; 1CKA A; 4M78 A; 3QO3 A; 5GAN 5; 3M53 A; 1S72 T; 3OSV A; 1LVK A; 3TRE A; 1M27 C; 4IUP A; 2FPD A; 1TUG B; 2ZZD A; 1WHJ A; 3EG2 A; 2ZPB B; 3I56 Q; 2DFU A; 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4XQ3 A; 3JCM W; 5J26 A; 4ATO A; 5FU6 C; 1OOT A; 4FW2 A; 2HDA A; 1JQQ A; 4V2S A; 1SHF A; 3RES A; 4EMG A; 4MDW A; 2FG0 A; 4LUE A; 2EQK A; 4PFO A; 4LDW A; 2KNB B; 4DBH A; 3CCE A; 3CME Q; 1WIE A; 3QII A; 2EJG A; 1NLP C; 1SG5 A; 2JUF A; 3CMA A; 5J39 A; 2L3R A; 4XTY A; 3OYD A; 1YJ9 T; 2LDM A; 1ZQ1 A; 1E6H A; 3R6O A; 1W2B A; 4Y92 A; 3FIF A; 3VUZ A; 2LQK A; 1M4Z A; 2PUO B; 2VKN A; 2DEU A; 1NZ9 A; 4MZT A; 1G3Y A; 3CCU T; 3QXE B; 3JCM J; 2EYZ A; 1BK2 A; 3UAT A; 3HFO A; 4J83 A; 2COY A; 4Y28 E; 1JO8 A; 5D6W A; 3JRZ A; 2PNI A; 2DXU A; 3EHR A; 2YUN A; 4QW2 A; 2VVK A; 1QVG A; 4PJO G; 4BI4 A; 3CCM A; 1YCS B; 5KE2 A; 2OTJ T; 1M2V B; 4OVA A; 2WSF E; 2O31 A; 3U23 A; 4MZM A; 3A8H B; 3EG1 A; 4HCZ A; 2DL4 A; 1QVG P; 1I8F A; 4XTZ A; 1YJ9 Q; 1BBZ A; 2CUB A; 2YUP A; 3FJ5 A; 2RA2 A; 5DY9 A; 2O2O A; 4Q5W A; 2QDL A; 3VS2 A; 2GFA A; 1VQN T; 4ZTF A; 2DX1 A; 4XTX A; 1SF9 A; 5C0M A; 1QMC A; 3CPW S; 3MEU A; 3J7A F; 1U1S A; 2RQW A; 2B8A A; 2XMF A; 4E7I A; 4JJB A; 2JS0 A; 1QCO A; 2J6K A; 2KR3 A; 2RJD A; 1XOV A; 3G4S T; 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