The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
72
|
structure length |
72
|
Chain Sequence |
PVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLYIRE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Splicing
|
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| total genus |
8
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| structure length |
72
|
| sequence length |
72
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| chains with identical sequence |
q
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| f | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1I5L A; 4DQ2 A; 4M7A A; 4F7U B; 1WQ7 A; 3HFO A; 4N0A A; 1B34 A; 4C92 D; 1N9R A; 5LJ3 e; 5GAO n; 4JLI A; 4HA8 A; 4XTV A; 1H64 1; 4V2S A; 3SWN A; 3RIR A; 4C92 A; 4F7U A; 3BW1 A; 5LJ5 g; 5GAN 7; 2RM4 A; 3RES A; 4M7D G; 1U1T A; 1WNL A; 4N0A C; 4RCB A; 2QTX A; 4XQ3 A; 4XTU A; 3JCM d; 3JB9 F; 5LJ3 g; 3AHU A; 1Y96 A; 5LJ3 f; 3V7C A; 5GAN 8; 4M7D B; 4M75 G; 2DXU A; 3SWN C; 4M77 C; 3SB2 A; 2EWN A; 2DXT A; 2DZ9 A; 2E41 A; 3HFN A; 5GAN h; 1I4K 1; 2E65 A; 4M75 B; 4PJO F; 4J6W A; 2EAY A; 3INZ A; 4PJO G; 3JCM h; 2Y90 A; 4M78 G; 5GAO m; 4M7D A; 1M8V A; 4C92 E; 5GMK l; 4EMH A; 2DTO A; 2YLB A; 4F7U E; 4PJO B; 3QO3 A; 3QSU A; 4M78 B; 4C8Q G; 2YLC A; 2RA2 A; 3V7R A; 1JRI A; 4M77 D; 4C8Q B; 4RCC A; 1BIA A; 3BFM A; 1WPY A; 4M77 A; 5LJ5 d; 4M7D C; 3V7S A; 4M7A F; 3FJP A; 2DVE A; 4JRK A; 4QVC A; 3FB9 A; 5LJ5 f; 5GAN 4; 4M78 A; 2EJ9 A; 1X01 A; 4M75 C; 5LJ5 j; 5LJ3 d; 4C92 F; 3EFS A; 4XU0 A; 5GAO p; 4M7D E; 5GMK e; 3JB9 G; 3VU3 C; 4EMK B; 3QUI A; 3JCM b; 1M5Q 1; 3V8L A; 2YHT A; 4A54 A; 2CGH A; 2RB6 A; 3V8J A; 5LJ3 j; 2HNI A; 5GAO q; 2K57 A; 4M78 C; 5GAN e; 4M7D D; 3JB9 I; 5LJ3 h; 4JRI A; 4J5Y A; 4C8Q C; 2I2L A; 4WF2 A; 4M77 E; 4HT8 A; 5GAM e; 4M75 D; 1I8F A; 1YCY A; 5GAN 5; 2VXE A; 5GMK i; 5GMK m; 3PGG A; 4M78 E; 4M75 A; 3RKX A; 4XU3 A; 3EFR A; 1WQW A; 5GAN g; 3JCM W; 3JB9 J; 4NL2 A; 4J6Y A; 4C8Q E; 2EJF A; 2DJZ A; 4M78 D; 5GAN 3; 4HT9 A; 5GAM g; 1BIB A; 3JCM P; 5GAM f; 2EJG A; 4M7A G; 3JCM c; 4XTY A; 4PJO A; 3RKY A; 3BDU A; 4C8Q D; 3RKW A; 3GIB A; 4Y91 A; 4M77 F; 3RER A; 4M7A B; 4A53 A; 2E10 A; 3RUX A; 2FB7 A; 4C8Q A; 4F7U F; 5GAN 6; 1LNX A; 4XTZ A; 1D3B B; 1B34 B; 1MGQ A; 4C92 G; 5GAN 2; 2DTI A; 5LJ5 h; 1KQ1 A; 3FIF A; 4XTX A; 1JBM A; 4XTW A; 4C92 B; 4PJO C; 4M75 E; 3QHS A; 2E64 A; 2VC8 A; 3L2Z A; 5GAO r; 3V8K A; 1TH7 A; 1D3B A; 2DKG A; 2E1H A; 4EMK A; 3HSB A; 3JB9 D; 1LOJ A; 1Y96 B; 2JN0 A; 3BY7 A; 3M4G A; 4J6X A; 3JCM e; 2DTH A; 4PJO E; 5GAN d; 5GMK j; 2VXF A; 4M7D F; 4NL3 A; 4XU2 A; 3JCM V; 3JCM Q; 5GAN f; 4PNO A; 4MMK A; 4M7A C; 5CAI A; 4QVD A; 4PJO D; 5GMK h; 1U1S A; 5GAM d; 5GAN j; 1N9S A; 1LJO A; 2RD1 A; 4M75 F; 4X9D A; 4EMK C; 4XU1 A; 1HK9 A; 3JCM X; 4OP0 A; 3L1A A; 3JCM g; 3JCM f; 4C92 C; 4NOY A; 4X9C A; 5GAM j; 3JCM J; 1I81 A; 5I21 A; 4M7A E; 2ZGW A; 2FYK A; 4M77 G; 4MML A; 4JUV A; 5GAO l; 4M78 F; 5GAM h; 4F7U G; 3SWN B; 4M77 B; 3JB9 H; 5DY9 A; 4M7A D; 4C8Q F; 5LJ5 e; 2DZC A; 4EMG A; 1KQ2 A; 2DEQ A; 1HXD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ED1 A; 2EQI A; 3NTK A; 1VQL T; 2KR3 A; 3QBY A; 2QG9 B; 2QTX A; 4HVV A; 2DBK A; 3M53 A; 3CCM A; 4CI0 C; 1QCN A; 2QI2 A; 2RI3 A; 2J06 A; 2HL5 C; 1YWP A; 2F5K A; 4N4I A; 3EGU A; 4QQ6 A; 1QVP A; 2X4X A; 4C8Q B; 5J26 A; 3BFM A; 1TXQ A; 3GPL A; 2P0K A; 4ZTJ A; 1T0J A; 5A0D A; 1CKB A; 3AT1 B; 2DMO A; 2ZPH B; 2CP7 A; 5HY6 A; 3EFS A; 3UWN A; 1XTD A; 5GMK e; 2YUP A; 2X9H A; 2AT1 B; 3CBP A; 1JXO A; 1NJI C; 4HT8 A; 4M75 D; 4ELZ C; 2BZY A; 3EG1 A; 3PT9 A; 2DEU A; 3EFR A; 5GAN g; 2DIQ A; 2KT1 A; 3VKI A; 1QVF S; 4FM4 B; 2DYB A; 1KIK A; 1AWJ A; 4X34 A; 3VS2 A; 3P8B B; 4LE9 A; 3VUZ A; 2Y4Y A; 4C5I A; 5LJ5 h; 5IXF A; 4IIO A; 2L2P A; 3CCR T; 2E64 A; 1NPR A; 4E7K A; 1MMA A; 2X4J A; 1A0N B; 3CXC A; 3OYG A; 1OU8 A; 4ZN3 A; 4NL3 A; 1UGR B; 1H8K A; 1KQS S; 1B3Q A; 4Z89 A; 2XMF A; 2FPD A; 3HKS A; 4M75 F; 4X9D A; 2HDA A; 2CP3 A; 3L42 A; 2DD5 A; 1W4S A; 3CCS T; 5KYU A; 1Q86 U; 3NHN A; 2KBT A; 2KY9 A; 2IVW A; 2L3Q A; 5IT9 E; 3A8M B; 3OS2 A; 1ZSG A; 4A4K A; 2ABL A; 4LDW A; 1M2V B; 2X3W D; 1K1Z A; 2QXF A; 1X43 A; 2K5F A; 2V8J A; 4E2F B; 3OYF A; 3BE3 A; 1WHJ A; 3FJ5 A; 4M7D B; 2BZX A; 1PHT A; 2DXT A; 1VQM T; 1VQ8 T; 2CZ7 B; 4N4G A; 1IB8 A; 5CKB A; 2PNI A; 3E9G A; 1M8V A; 5I22 A; 4JRQ A; 3LGL A; 4RKU E; 1QWE A; 1HD3 A; 2VYT A; 3QKJ A; 1UGS B; 3CCR Q; 1EFN A; 3HRT A; 4PFO A; 1VQP A; 3V7S A; 2DVE A; 1WJS A; 4JPB W; 2JUF A; 1VQO Q; 1Y07 A; 4IUP A; 4LUE A; 2KSS A; 4WTO B; 1YWO A; 3OYI A; 4M78 C; 1PM3 A; 2AZV A; 3CCS Q; 2XD0 A; 2CP2 A; 3ASK A; 4LNP A; 1OPK A; 2NYS A; 4ZGJ B; 3CCQ T; 4C8Q E; 1M3A A; 2RNA A; 1WXB A; 3C0C A; 1Q86 R; 4F7U F; 3LW5 E; 2VC8 A; 1VQL A; 1VQM Q; 5GAO r; 1WIE A; 5EC7 A; 2FZK B; 2QK0 A; 1LOJ A; 1AHJ B; 2OTL T; 2CH4 A; 2K9G A; 4F04 B; 4M7A C; 1IO6 A; 3D7S B; 5C6S A; 2JM9 A; 3G4S T; 4HCC A; 2JTE A; 2M1H A; 2R5A A; 4DOW A; 2RQR A; 4MML A; 1KK7 A; 4OMQ A; 4JUV A; 1W1F A; 1SRM A; 3A5Z B; 3SWN B; 2LJ1 A; 1K9M C; 1M1F A; 1WXT A; 2FO0 A; 1M90 U; 3HFO A; 1G8X A; 1B34 A; 3VRZ A; 1N9R A; 2I0N A; 4HVU A; 3X28 B; 5KYW B; 2VKN A; 2HSP A; 3VUB A; 1YIJ Q; 1QCF A; 5FU7 C; 3CCQ Q; 3JCM d; 3OMC A; 2FPE A; 3CPW P; 2HSE B; 2CP0 A; 2BZ8 A; 5CQX A; 4M75 B; 3JCM h; 3A98 A; 4EMH A; 3MP1 A; 2YLC A; 3EG3 A; 2ZPF B; 3OQ5 A; 1OUL A; 2FVU A; 2VGN A; 1VQ7 T; 2OTL Q; 2KYM A; 4HKE A; 2DAQ A; 2MIO A; 2XIC A; 4J9I A; 3M54 A; 4JS5 A; 4M7D E; 4A54 A; 1GL5 A; 4Z88 A; 5KCO A; 1QP2 A; 4MDW A; 3G4S Q; 1YNZ A; 2EQJ A; 2FL7 A; 5GAN 5; 3R6N A; 3EGX A; 1VYV A; 1KHC A; 1WQW A; 2J6F A; 1IRX A; 1PRL C; 5FW9 A; 1NBE B; 4PJO A; 3J80 E; 3CPW S; 3RKY A; 3RER A; 2F69 A; 4CC7 A; 5GAN 6; 5GAN 2; 4IUT A; 1VQN T; 4OML A; 1M90 R; 3CME T; 2ZPB B; 4HXJ A; 2EIF A; 4J8O A; 3QPH A; 2EW3 A; 1UFF A; 1D09 B; 2XID A; 4JJB A; 1K8A U; 1VQM A; 1VQ8 A; 3C94 A; 4FSX A; 2F1L A; 1ABO A; 3OY9 A; 1DJ7 B; 2HQH A; 4FIB A; 2EYW A; 3S3M A; 2YSQ A; 2ZPI B; 1X6G A; 2RHU A; 4OB1 B; 1FYN A; 1Z9Z A; 2QA4 Q; 2GTJ A; 1RAE B; 4F7U B; 3CCL A; 4V2S A; 4RTZ A; 1UG1 A; 4M7A A; 3X26 B; 1F1B B; 3OYC A; 3RIR A; 2GCX A; 1WDX A; 1YI2 T; 3EH1 A; 1H92 A; 3C12 A; 2A08 A; 3V7C A; 1JQQ A; 2CP6 A; 4Y92 A; 5D7U A; 3CBM A; 4AMC A; 2CT3 A; 3CXC P; 4BE0 A; 1NG2 A; 2K4Y A; 3OYJ A; 1VQN Q; 2DFU A; 3QSU A; 4C8Q G; 2L8D A; 4C0D C; 4IUU A; 3H41 A; 4PJL A; 4QVC A; 2DO3 A; 1OZ2 A; 5HCK A; 3EG0 A; 2BUD A; 5GAO p; 3SEM A; 1OX8 A; 2QGG A; 5IH2 A; 3LH5 A; 3NTI A; 3DB3 A; 2B86 A; 2OTL A; 2J05 A; 1IRE B; 2C0I A; 3R6O A; 4KT0 E; 4LDV A; 4CRI A; 1PD0 A; 3VS5 A; 4DEX A; 1K8A R; 4M77 E; 4LDX A; 3MEU A; 5KYU B; 1NM7 A; 2LX9 A; 3M0S A; 3QJY A; 4M78 D; 4HT9 A; 3UA7 A; 3JCM P; 2RJC A; 1R0C B; 1YI2 Q; 3CXC S; 1D3B B; 3GNF B; 1Q95 G; 5GJW B; 2KXC A; 1NZ9 A; 4D8K A; 3M58 A; 2NUZ A; 1N8R C; 4ZGE B; 1TH7 A; 1ZBX A; 2L0A A; 1PD1 A; 2D0Q B; 2EQM A; 2DVJ A; 2HMA A; 3JB9 D; 1CKA A; 4BY6 C; 2DTH A; 5KCH A; 4XU2 A; 1SHG A; 4LDY A; 4MMK A; 5GMK h; 1KD1 U; 2JXB A; 4XU1 A; 1BKB A; 1UGQ B; 3JCM g; 4A4F A; 2RHY A; 1YFN A; 5IHI A; 3OYM A; 2NLU A; 4M78 F; 1TTH B; 1AOJ A; 2E5Q A; 2WAC A; 1FMV A; 4M7A D; 2DZC A; 3LLR A; 2DNU A; 5KYY A; 1VQ7 A; 1HXD A; 2KNB B; 2H3E B; 1WLP B; 1JB0 E; 4PJJ A; 2R57 A; 2GNC A; 4JJN K; 1AWX A; 1ZSZ C; 2OAU A; 1PC0 A; 1Y0M A; 3KBG A; 1JU5 C; 1WNL A; 4RCB A; 4ZTF A; 1YJN Q; 4M7D G; 3JB9 F; 2NUP B; 1NEB A; 5GAN h; 1Q82 C; 3DLM A; 2E70 A; 2ESW A; 2YDL A; 4NS5 A; 2MWO A; 2X35 A; 2Y90 A; 5KE2 A; 2IPO B; 4F7U E; 3OB9 A; 4J9E A; 2QEX Q; 1G3S A; 1VIE A; 3UDC A; 2ENM A; 4M7A F; 1VQN A; 2XKO C; 3FB9 A; 2LCS A; 3CME A; 1Y71 A; 1X01 A; 2RQV A; 3TRE A; 5LJ5 j; 2VV5 A; 2JTM A; 2P4T A; 1FXX A; 4KGV B; 5I2M A; 1PSE A; 1UEC A; 2CZ1 B; 2MF2 A; 2E5K A; 2C06 A; 4KH1 B; 2V1Q A; 4C0Z A; 2DIG A; 2HEQ A; 2G6F X; 2PQW A; 1UB4 A; 2C0O A; 1JO8 A; 1JJ2 A; 4LN2 A; 1KD1 R; 3Q1J A; 4GLK A; 2BTT A; 4QW2 A; 1VIF A; 3CC7 T; 2LNV A; 2EJF A; 1U8R A; 4ELY C; 1AZE A; 1RAG B; 5GAM f; 4FYX B; 2HQE A; 3EHQ A; 4QKU A; 4A53 A; 1AWW A; 1B34 B; 3DB4 A; 3U23 A; 1I07 A; 4BE1 A; 2QQS A; 3FIF A; 4XTW A; 4KUD K; 1YI2 A; 3PMI A; 2HL3 A; 4LUD A; 3FEO A; 4J9D A; 5IAY A; 5FWC A; 1ZBJ A; 2JN0 A; 5CKD A; 2DPP B; 2MK5 A; 1QLY A; 2M0O A; 2RI5 A; 3VJP A; 3GP8 A; 2YRC A; 1VQ5 Q; 4PJM A; 4P5N A; 2DL3 A; 2CZ6 B; 4C92 C; 1X27 A; 1D0Z A; 4AFZ C; 3TU4 K; 1R8O B; 4BUG A; 2Y4X A; 2YT6 A; 5HKC A; 2WSC E; 4C5G A; 2A36 A; 3WVD B; 4HVW A; 4PLL A; 3REB B; 3THK A; 1WGS A; 5GAO n; 4HA8 A; 4XTV A; 3BDL A; 4OGE A; 2CKK A; 2LQK A; 3HRS A; 3T9N A; 2O4X A; 5LJ3 f; 2DJQ A; 2DXU A; 4M75 G; 5GJV B; 2K79 A; 2JVV A; 3EGX B; 3H9N A; 2E6Z A; 4KUI A; 5FU6 C; 3MET A; 1KG1 A; 4C5E A; 1IGU A; 4PJO B; 2KRM A; 1ZSZ A; 4M78 B; 1D0X A; 3X20 B; 4X1V A; 3L2W A; 1RAH B; 2OJ2 A; 3OW2 P; 1RLP C; 1OZ3 A; 1ZX6 A; 2A7Y A; 1QVF P; 1G83 A; 3MKD A; 4XU0 A; 1WHL A; 2CGH A; 2RB6 A; 3IQL A; 2X51 A; 3EFO A; 3OYD A; 3CCJ T; 3X24 B; 2JT4 A; 1OYX A; 2D0N A; 4ESR A; 4WF2 A; 1S72 T; 3CPF A; 4E7Z A; 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1NE8 A; 2F2X A; 1JBM A; 2FG0 A; 4PJO C; 1M8M A; 4D8D A; 3V8K A; 1H3Z A; 3M0R A; 3CCE Q; 4FL6 A; 4BB7 A; 1TUD A; 1YIJ T; 2H3J A; 2YXY A; 1GBR A; 1GCQ C; 1T3L A; 2YRD A; 2PUK B; 1KFZ A; 1U1S A; 1NPP A; 1LVK A; 1MNE A; 3A8H B; 4NOY A; 1WXU A; 3M59 A; 1YIT Q; 3CC4 T; 5I21 A; 4M7A E; 2FYK A; 3EGD B; 1C0M A; 5D6X A; 1VQK T; 2K7A A; 4ZN1 A; 3QG1 A; 1X6B A; 4DQ2 A; 1VQ9 Q; 4C92 D; 4HCB A; 1KC8 C; 1V1C A; 3VYH B; 5L8R E; 2VB6 A; 3RBB B; 1BB9 A; 2VUB A; 3RES A; 2CSQ A; 1U1T A; 3OYY A; 3DLL A; 4C0D B; 3REA B; 3CCJ A; 4RUG A; 4J7I A; 2O88 A; 3TQ7 P; 2NUT A; 3M0T A; 3OS0 A; 1S72 A; 4C0G A; 2VGM A; 3JRZ A; 4RMO A; 1H3H A; 2L89 A; 3SDZ A; 2QQR A; 2RI2 A; 4KRT A; 2K2V A; 2X4W A; 5J39 A; 4TVR A; 1K9M U; 2YLB A; 1U3O A; 3QO3 A; 4IKF A; 1I0C A; 4FW2 A; 2CT4 A; 1KHI A; 3G6E Q; 2JS2 A; 3NGP A; 2EJ9 A; 2MPX C; 2R5M A; 4DOV A; 5CO7 A; 4C92 F; 1Z9Q A; 1W2B A; 1SSH A; 1EX4 A; 2E12 A; 1MV0 B; 3JSC A; 1HJD A; 2YHT A; 1RI0 A; 3V8J A; 3EG2 A; 4RTT A; 2OX7 A; 2V8I A; 2P84 A; 3CC4 Q; 4J5Y A; 1I8F A; 1MND A; 1YCY A; 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