The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
72
|
structure length |
72
|
Chain Sequence |
PVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLYIRE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
|
| molecule tags |
Splicing
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| total genus |
8
|
| structure length |
72
|
| sequence length |
72
|
| chains with identical sequence |
q
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| f | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5LJ3 h; 3BFM A; 3RIR A; 4C8Q A; 1I8F A; 5LJ5 h; 3FIF A; 2DTI A; 2RA2 A; 4F7U G; 3RKX A; 2E41 A; 2E10 A; 5GMK i; 3RKW A; 1U1T A; 3RUX A; 4M7A A; 3JCM c; 5GMK h; 2VXE A; 5LJ3 g; 4JRK A; 4XTZ A; 4C8Q E; 5GAN e; 2DZ9 A; 2YLB A; 3RKY A; 4EMK C; 5GAM e; 5LJ5 g; 3JCM h; 4EMK B; 2DTO A; 4NL3 A; 4M7D A; 4NL2 A; 3INZ A; 4M7A E; 4X9C A; 2EJ9 A; 5GMK l; 5GAO q; 5GAO l; 2EWN A; 3JB9 G; 3JB9 I; 4PJO A; 2RB6 A; 4C8Q G; 5GAN 6; 4MML A; 3JCM g; 4M7D E; 5DY9 A; 1WNL A; 4M77 D; 2E64 A; 5GAM d; 4F7U A; 4M7A G; 4PJO E; 5LJ5 d; 3QO3 A; 4XTW A; 3BDU A; 2DVE A; 3QSU A; 4M75 A; 4F7U E; 1HXD A; 5LJ5 f; 3JCM W; 5GAN h; 5GAN 2; 3RER A; 5GAM h; 1LNX A; 1BIA A; 4XU3 A; 4JRI A; 3JCM V; 2HNI A; 3JCM d; 4XTY A; 2CGH A; 4M75 E; 3BY7 A; 3JCM f; 4QVC A; 4C92 C; 5GAM g; 1I5L A; 3HFO A; 4C92 B; 4M7D C; 4M7D B; 4M78 F; 2DZC A; 2FYK A; 5LJ3 j; 5LJ5 j; 4PJO C; 3M4G A; 4M75 G; 4M78 D; 4PJO B; 2EJF A; 4RCC A; 2VC8 A; 2DEQ A; 2DJZ A; 4J6W A; 4JLI A; 4XTX A; 2DKG A; 5GMK j; 5GAN 4; 1Y96 A; 2EJG A; 3QUI A; 3SWN C; 4F7U B; 3SWN B; 4RCB A; 4M77 F; 1X01 A; 3QHS A; 4WF2 A; 1HK9 A; 5GAN d; 5GMK m; 3HSB A; 2JN0 A; 4A53 A; 4M75 C; 3V7S A; 4N0A A; 5GAN 8; 4M75 B; 5GAN f; 3PGG A; 1KQ1 A; 2Y90 A; 4HT9 A; 1M8V A; 5GAM f; 4XU1 A; 2FB7 A; 4C92 F; 4N0A C; 2K57 A; 4M7D F; 2DXU A; 4C8Q C; 3EFS A; 4C92 D; 4EMH A; 4C8Q B; 4M7D D; 2YHT A; 3EFR A; 4PJO F; 3RES A; 1U1S A; 2RM4 A; 4DQ2 A; 2DTH A; 4M7A C; 1N9S A; 4J6Y A; 4XTU A; 4M7A B; 3JCM b; 4PJO D; 4HT8 A; 1JRI A; 5GAN g; 4F7U F; 5GAN j; 3JCM J; 5GAM j; 3L1A A; 4V2S A; 1LJO A; 1WPY A; 1JBM A; 3JB9 H; 3JCM P; 4JUV A; 4NOY A; 2DXT A; 3SB2 A; 2QTX A; 1TH7 A; 3FJP A; 1WQW A; 4OP0 A; 3GIB A; 3JB9 F; 2E1H A; 2ZGW A; 5GAO n; 4C8Q F; 3VU3 C; 5GAN 7; 3JB9 D; 1BIB A; 4M78 A; 3AHU A; 1LOJ A; 3L2Z A; 4C8Q D; 4HA8 A; 5GAO m; 1D3B A; 4J6X A; 4M7A F; 3HFN A; 4A54 A; 5GAN 3; 4M7A D; 4Y91 A; 4QVD A; 4M78 E; 3V8K A; 3JB9 J; 5CAI A; 1N9R A; 4M77 A; 1M5Q 1; 3V8L A; 1B34 A; 2VXF A; 4M78 G; 2RD1 A; 5GAN 5; 4MMK A; 4M77 E; 4EMG A; 4XQ3 A; 4C92 A; 5GAO p; 4XU2 A; 4PNO A; 5LJ3 e; 5LJ5 e; 5GAO r; 4EMK A; 1Y96 B; 1I81 A; 4M77 G; 4M75 F; 4C92 E; 4X9D A; 4XTV A; 4M78 C; 5GMK e; 4M75 D; 3BW1 A; 4M78 B; 4XU0 A; 2YLC A; 3SWN A; 1KQ2 A; 1D3B B; 3JCM e; 5LJ3 d; 2EAY A; 3V8J A; 1WQ7 A; 1MGQ A; 3V7C A; 4C92 G; 2I2L A; 4M7D G; 3V7R A; 1H64 1; 1I4K 1; 2E65 A; 4J5Y A; 5LJ3 f; 5I21 A; 1YCY A; 4M77 C; 3JCM Q; 4M77 B; 4PJO G; 3FB9 A; 1B34 B; 3JCM X; #chains in the Genus database with same CATH topology 3I9Q A; 1X43 A; 2RJD A; 1EX4 A; 1KHI A; 4R56 A; 2KGT A; 2F5K A; 5KYX B; 1Q95 G; 1WHL A; 4QQ6 A; 1OX8 A; 4CC3 A; 4FYW B; 4DOW A; 1OX9 A; 2FL7 A; 5D6W A; 4F17 A; 4RTV A; 4FT2 A; 2M1H A; 4IUQ A; 2O88 A; 2DL4 A; 5GJV B; 3CCL A; 1WI7 A; 4DA4 A; 3FLG A; 4ANJ A; 2DZC A; 2EFI A; 4M78 D; 2CDT A; 4DEX A; 4RCC A; 1VQ9 Q; 2DEQ A; 4XTX A; 3DLM A; 2AK5 A; 3SWN C; 1QCF A; 1MUZ A; 3QHS A; 1TG0 A; 5KYY A; 4OMF B; 4HCZ A; 1W2B P; 4GY5 A; 4OB2 B; 3EFS A; 4LD6 A; 2WAC A; 2CSQ A; 4C0D B; 4J6Y A; 4PJO D; 3OYC A; 3QWX X; 4ATO A; 1QQJ A; 3JB9 H; 1QP3 A; 2M0O A; 5C0M A; 3OMC A; 3FC3 A; 4BAC A; 2LQK A; 2IVW A; 1AT1 B; 4OF1 A; 3CMA T; 4ME7 A; 1SHF A; 2RPN A; 4M7A F; 5GAN 3; 3M9Q A; 4OMO A; 2O4X B; 1M5Q 1; 2QEX Q; 1B34 A; 3GNF B; 5HK0 A; 1VQ6 A; 4MZM A; 1ABQ A; 4J8O A; 2QQR A; 3M0P A; 2QXF A; 3RR6 A; 5FW9 A; 3T9N A; 3BW1 A; 3LLR A; 1SEM A; 2IPO B; 4FW2 A; 4JJD A; 4KUI A; 4GBQ A; 5CK9 A; 2DM1 A; 2DRK A; 1YCS B; 4N4I A; 1MGQ A; 2AZV A; 3CC2 T; 1RAA B; 3CC4 Q; 2GF7 A; 2H3E B; 4C8Q A; 4FW1 A; 2DIQ A; 3RKW A; 2LJ3 A; 4FCY A; 2OTL A; 5KYW A; 4L5G A; 5GAM e; 4RTU A; 1BU1 A; 2QA4 Q; 2Y4Y A; 4ZN1 A; 4PJO A; 2RB6 A; 1SPK A; 1TXQ A; 2K2V A; 3CC4 T; 1RI0 A; 1KD1 R; 3M55 A; 5HCK A; 2M0Y A; 3QSU A; 5FU7 B; 1YFN A; 1FXX A; 2ROT A; 3L2V A; 3GOX A; 2CUD A; 4M4Z A; 3OSV A; 4J9B A; 1XJW B; 3BY7 A; 3CCJ Q; 5CIU A; 2NWM A; 4C92 C; 1NJI R; 3PT9 A; 2DBM A; 3R6O A; 2JXB A; 3OQ5 A; 1K73 R; 2MF2 A; 3I5R A; 3JAM E; 4R0K A; 1ZSZ A; 1U8R A; 5DLO A; 5A0L A; 1QVP A; 1R0C B; 1GRI A; 3V7S A; 2HBP A; 4HT9 A; 2Y90 A; 3ZL7 C; 4ZTJ A; 4N0A C; 1M90 U; 1W4S A; 2DRM A; 4EMH A; 3PVQ A; 1PSE A; 4Z8A A; 1IRX A; 2YDL A; 4NOY A; 2O01 E; 1OZ2 A; 1AWW A; 3S6W A; 2KYB A; 3ZFJ A; 5KYY B; 3VU3 C; 3OYB A; 2CP6 A; 4M7A D; 4M78 E; 1VQ9 A; 2B86 A; 1W1F A; 3TCJ A; 4HVV A; 1AZG B; 3F70 A; 2DF6 A; 1UGV A; 2DPP B; 3M58 A; 4N4G A; 4M75 F; 3NTK A; 1N27 A; 2JTF A; 2GQI A; 3CBO A; 3V8J A; 4VUB A; 4RTZ A; 2E65 A; 1M3C A; 1GCP A; 4M77 C; 4PJM A; 1S72 A; 1BBZ A; 1B34 B; 4QKU A; 4MZT A; 1IXD A; 3UF4 A; 2E10 A; 3I55 A; 2RQR A; 1RLQ C; 4A4K A; 1PKS A; 1KK7 A; 8AT1 B; 4D8D A; 1YP5 A; 3CC7 T; 1PD1 A; 2E12 A; 2FRY A; 1K1Z A; 3VS1 A; 2ABL A; 5LJ5 d; 4BD3 A; 2DL8 A; 1PRM C; 4PLL A; 3OW2 S; 2DLP A; 1OUL A; 5KYU A; 2QI2 A; 5GAN 2; 2K9G A; 3HPW A; 5KH6 A; 4JRI A; 3C0C A; 2DET A; 2CZ6 B; 1OOT A; 4ZTF A; 3PFS A; 4M7D C; 1SG5 A; 2QGG A; 1XTD A; 2FYK A; 2RF0 A; 4PJO B; 3OB9 A; 4DBH A; 4AFQ C; 3DKM A; 2DXC A; 2EYQ A; 2YRV A; 2DMO A; 5FU6 B; 1YIT Q; 3PGG A; 5GAM f; 1NEB A; 2FB7 A; 4C92 F; 2DVJ A; 2L0A A; 4AG2 C; 2HSE B; 2HQH A; 2E3H A; 1UG1 A; 2YRC A; 2XK0 A; 2JM8 A; 4KT0 E; 1ZSZ B; 2YWW A; 1QW1 A; 2ECZ A; 2PVO B; 5GAN 7; 1Q82 U; 1D3B A; 1VQ8 T; 2EYX A; 2FO0 A; 3REA B; 2RMO A; 3CPW S; 2COW A; 7AT1 B; 5GAO p; 4PNO A; 1WGS A; 1ZUK A; 2VWF A; 4M75 D; 1G83 A; 2HKQ B; 4IUP A; 1TSF A; 2CZ7 B; 2CSI A; 5LJ3 f; 3QWY A; 4WCI A; 1WJQ A; 2QTV A; 2EKH A; 2E4H A; 3E2U A; 1RAC B; 5DLQ E; 1HD3 A; 5LJ5 g; 4EMK C; 3IQL A; 4E7K A; 1PCX A; 3INZ A; 4M7A E; 4X9C A; 1QCN A; 3CCS Q; 3G4S Q; 3QKJ A; 1VIE A; 1G8X A; 4FT4 A; 5GAN 6; 3VS0 A; 1NYG A; 1UJ0 A; 1VA7 A; 1R8O B; 1RLP C; 2LQN A; 2O2O A; 2PU9 B; 3MET A; 4IUT A; 3OW2 A; 2GTJ A; 2M16 A; 1C0M A; 4AFU C; 3M59 A; 5GAM h; 2COY A; 2V8J A; 2XIC A; 4XU3 A; 5A0G A; 2CS7 A; 2LRQ A; 4RTW A; 3M5A A; 5C6S A; 3OS1 A; 2QQS A; 1NYF A; 1M30 A; 2O9S A; 3JV3 A; 2KY9 A; 1QKX A; 2LVM A; 4KUD K; 3HSB A; 3EG1 A; 4CRI A; 5I22 A; 4JJB A; 5KYU B; 2QYZ A; 4JPB W; 4LDW A; 3OYG A; 1KSW A; 4KUL A; 4M7D F; 4C8Q C; 4C92 D; 1VQ4 T; 1ACM B; 1WZO A; 4M7A B; 2HKN A; 4HT8 A; 5IHK A; 1OPL A; 2XDP A; 2X51 A; 1WPY A; 4RUG A; 4OP0 A; 1WQW A; 5J3B A; 4CI0 C; 2A0F B; 1WHG A; 2ZGW A; 3VUZ A; 2FPD A; 4HA8 A; 2OTJ A; 3MKD A; 4BDY A; 3CD6 Q; 5J39 A; 1H3H A; 1ARK A; 3CPW A; 1WLP B; 2OI3 A; 3OYM A; 4L6V 5; 1YI2 Q; 4JLG A; 3TQ7 P; 1RAG B; 2KI7 A; 4MMK A; 3RDV A; 3H6Z A; 4HCB A; 1YWO A; 1VQP T; 2HDA A; 2O31 A; 3M4Y A; 1SRL A; 3DB3 A; 1LVK A; 2XD0 A; 1D3B B; 5CCA A; 4PJL A; 2E70 A; 2E6N A; 5I2S A; 2V8I A; 3OW2 P; 2JJ9 A; 3L2U A; 3FIF A; 1AZE A; 2E41 A; 1KD1 U; 1NLO C; 2WSE E; 3RMQ A; 1Q86 C; 5KCO A; 5LJ3 g; 1YIJ T; 2EQK A; 2LX9 A; 2M9U A; 5GAO l; 3JB9 G; 4OMM A; 2RNA A; 4A4H A; 2XHC A; 1RAI B; 1T3L A; 2LQW A; 4MML A; 2FVU A; 3CCL Q; 3NPF A; 1NJI U; 1VYT A; 4M77 D; 3URG A; 2F2W A; 2GBQ A; 4OGC A; 2KEA A; 3QPH A; 3CCQ T; 4FL6 A; 4JS5 A; 3FRN A; 1W70 A; 1BIA A; 3JCM V; 1I07 A; 2MPX C; 4O5V A; 1V29 B; 2CGH A; 4M75 E; 1J3T A; 1X69 A; 2YSQ A; 1ZA2 B; 1HYO A; 3VV0 A; 1PG5 B; 3NMZ C; 1JO8 A; 4ZN3 A; 5KYN A; 2FEI A; 2R5M A; 3M0T A; 3SWN B; 3OY9 A; 3PE0 A; 4AMC A; 4LDY A; 2CH4 A; 2RQU A; 1QCO A; 4OVA A; 2FPF A; 3H8Z A; 1Q7Y C; 4AG1 C; 5CKD A; 4AFS C; 1BI3 A; 2K2M A; 3VS4 A; 3OYK A; 3CCS A; 4M7D D; 3OYH A; 2DA9 A; 1Y0M A; 3CPW P; 3ASK A; 5GAM j; 2YUO A; 4TVR A; 3H0F A; 2EGE A; 1Y71 A; 3FJP A; 2HD0 A; 3EFO A; 1ZUU A; 1M27 C; 3N5B B; 3QJY A; 3SDZ A; 4C8Q F; 1QKW A; 1VQ6 Q; 4KH0 B; 2RI3 A; 1AHJ B; 2BE9 B; 1BI2 A; 1IGU A; 1CKA A; 4M77 A; 3OYN A; 3TRE A; 1S1N A; 2K5I A; 3SEM A; 2A3L A; 4IUR A; 3OYL A; 5CKB A; 2CP7 A; 4PFZ A; 1E7O A; 2LCC A; 4C92 E; 1XQH A; 3MCA B; 3EGX A; 3VRY A; 2CP3 A; 1Q81 U; 2RHX A; 2OTL Q; 3HKS A; 3CCU Q; 4LUD A; 3BFM A; 5EC7 A; 3RIR A; 1I8F A; 3VS7 A; 1YJN T; 5GMK i; 2VGN A; 3JCM c; 1YN8 A; 4J9F A; 2DZ9 A; 4M7D A; 3SD4 A; 1AEY A; 4E47 A; 2PVG B; 6AT1 B; 2AKK A; 3MPU B; 1G3Y A; 1SKU B; 2CP0 A; 1K8A C; 4FU6 A; 4XTW A; 1FMK A; 4ORZ A; 2HMA A; 2LJ1 A; 2Z0W A; 3H41 A; 2DE0 X; 1JU5 C; 1AD5 A; 1GFC A; 1OI1 A; 1SSH A; 4C92 B; 2ZPB B; 4LDV A; 3CCR A; 3EG3 A; 2X4J A; 1AVZ C; 1KHC A; 3M0R A; 2D8H A; 2ZPE B; 2DXB A; 1YHQ Q; 2BKD N; 1YJ9 Q; 1WYX A; 2DL5 A; 1M2V A; 2K57 A; 2VUB A; 2KXD A; 2V26 A; 3EGU A; 1BI1 A; 2JMC A; 4JJN K; 4F7U F; 3EAE A; 1KJW A; 3QYH B; 2FZK B; 1C1A A; 2DXT A; 3M54 A; 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3EFR A; 1U1S A; 1N9S A; 4XTU A; 3ULR B; 2QA4 T; 2BE7 D; 4B9W A; 3C95 A; 2NUZ A; 3J81 E; 3MP1 A; 4RMO A; 2FPE A; 1AWJ A; 3OS0 A; 2PVD B; 1VQO Q; 1Q7Y R; 5D6Y A; 2NUT A; 3S3M A; 4N4H A; 1T3S A; 3L2Z A; 1M2V B; 3HFN A; 4A54 A; 2MWO A; 4ELZ C; 3CCJ T; 1D0Z A; 2CYZ B; 1YHQ A; 1Y7X A; 4FSX A; 4ESR A; 1K0S A; 4M78 G; 1YJ9 A; 1M1K U; 2LTO A; 4XU2 A; 3VS6 A; 5LJ3 e; 3QBY A; 4KGV B; 1KQ2 A; 3VS3 A; 4J9C A; 1GCQ C; 4HVW A; 3JCM Q; 4JDS A; 2JVV A; 4PJO G; 4E7S A; 2K7A A; 3S3N A; 4KGZ B; 1K4U S; 4QT7 A; 2VAS A; 1IZ6 A; 1YJW A; 2DEU A; 3GF5 A; 1HSQ A; 4HCK A; 3OYD A; 2RHI A; 4C8Q E; 4CC4 B; 3G7Z A; 4EMK B; 1B07 A; 1EZZ B; 4PFP A; 2EQI A; 4E7L A; 4J9G A; 4F7U A; 4PJO E; 1UJY A; 3QO3 A; 4EDU A; 5GJW B; 1QWE A; 2ZPF B; 4AT1 B; 1CSK A; 5LJ5 f; 3LX7 A; 3JCM W; 1GXI E; 4F16 A; 1PHT A; 1LNX A; 3VKI A; 4HCC A; 3QDF A; 3DB4 A; 2JS2 A; 4EIK A; 1WXU A; 1X6B A; 4FYV B; 3UAT A; 3VRZ A; 1JXO A; 3CMA A; 1UUE A; 4FYY B; 3PMI A; 1K8A R; 2ZAE A; 5GAN d; 2IIM A; 4QVZ A; 3VS5 A; 1G3W A; 2P0Q A; 5CKE A; 3Q1J A; 4C8Q B; 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