The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
72
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structure length |
72
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Chain Sequence |
PVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLYIRE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
|
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| total genus |
8
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| structure length |
72
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| sequence length |
72
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| chains with identical sequence |
q
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| f | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PJO D; 2DXU A; 4QVC A; 4XTX A; 4PJO C; 2Y90 A; 4PNO A; 3JCM h; 4A54 A; 1YCY A; 4C8Q B; 4JLI A; 4C8Q A; 3JB9 H; 3SWN B; 3SWN A; 4XQ3 A; 3JCM W; 5GAN j; 2ZGW A; 1U1T A; 3FJP A; 3V8K A; 3JCM J; 2CGH A; 1HK9 A; 1BIB A; 2E10 A; 3BFM A; 4C8Q G; 4C92 E; 2QTX A; 5LJ5 h; 4M77 B; 4M77 A; 3L1A A; 4M75 G; 4X9D A; 1KQ2 A; 4C92 B; 4C92 A; 5LJ3 d; 3VU3 C; 5GAM e; 4PJO E; 5GAN 5; 3JB9 F; 4MML A; 4XU1 A; 2RA2 A; 4M77 G; 3RKY A; 3HSB A; 5GAM g; 3JB9 I; 4M7D C; 3RKW A; 4C92 G; 4PJO B; 3JB9 J; 1JBM A; 4PJO A; 4M7A F; 1H64 1; 2EJF A; 4M75 F; 4HT9 A; 4PJO G; 5GMK i; 2DTH A; 3JCM b; 3JCM d; 5GAN f; 3EFR A; 5LJ3 j; 5GMK m; 2VXE A; 4M7D E; 3RUX A; 4RCB A; 1I8F A; 3JCM Q; 5GAN g; 5LJ5 d; 4M78 D; 4M7D B; 4HA8 A; 4M7D A; 2I2L A; 4M78 C; 3SB2 A; 1M8V A; 5GMK h; 5GAN 3; 1HXD A; 1I81 A; 4JUV A; 2EWN A; 4MMK A; 4M7D G; 4NL2 A; 4XU2 A; 2DZC A; 5I21 A; 4M7A D; 4A53 A; 5GAM f; 3JCM V; 4M78 E; 5LJ5 j; 1BIA A; 4JRI A; 4M78 B; 4M78 A; 3JCM X; 5GAO n; 5GAO l; 2VC8 A; 3RIR A; 2DXT A; 1N9R A; 1M5Q 1; 4C8Q F; 5LJ3 e; 4J6W A; 2DJZ A; 3V7R A; 2DTI A; 4F7U E; 5LJ3 g; 1B34 B; 1B34 A; 2K57 A; 4RCC A; 4M78 G; 3RKX A; 4M7A E; 1JRI A; 4XTZ A; 4F7U B; 4F7U A; 5CAI A; 4M7A A; 5GAN 6; 4M77 F; 1X01 A; 4XU0 A; 3AHU A; 4C92 F; 5GAN 4; 3INZ A; 1U1S A; 5GAN 7; 4EMH A; 4F7U G; 1WQW A; 2YHT A; 2RD1 A; 3JCM e; 2RM4 A; 3JB9 D; 4PJO F; 3V7C A; 3GIB A; 3JCM c; 3RER A; 4XTY A; 4HT8 A; 1LJO A; 1Y96 A; 1Y96 B; 1D3B A; 1LOJ A; 1N9S A; 2JN0 A; 3V7S A; 5LJ5 f; 5GAM h; 5LJ5 e; 4M7D D; 1WNL A; 3HFN A; 4M7A C; 2DEQ A; 5GAO q; 4M75 D; 3EFS A; 4NOY A; 5LJ5 g; 1MGQ A; 5DY9 A; 5GMK j; 4JRK A; 3V8J A; 4V2S A; 4Y91 A; 4XTU A; 3PGG A; 2E65 A; 2YLC A; 4WF2 A; 5LJ3 f; 4M7D F; 2E1H A; 3QO3 A; 4N0A A; 5GAN h; 2EJ9 A; 2E41 A; 2FB7 A; 2EAY A; 4J6X A; 4X9C A; 3QHS A; 2FYK A; 1TH7 A; 4M75 E; 5GAO r; 4DQ2 A; 1I4K 1; 4XTW A; 3FIF A; 4M7A B; 3RES A; 3JB9 G; 4M75 B; 4M75 A; 2DZ9 A; 5GAM d; 3JCM f; 4M77 E; 4EMK C; 5GAO m; 4M7A G; 2DKG A; 4J6Y A; 2DVE A; 4N0A C; 3FB9 A; 3JCM g; 2YLB A; 2RB6 A; 4M78 F; 5GMK e; 1LNX A; 4OP0 A; 1D3B B; 5GMK l; 3QSU A; 4C8Q D; 3L2Z A; 2EJG A; 4XU3 A; 4C8Q C; 3BW1 A; 3V8L A; 5GAN 8; 5GAO p; 4NL3 A; 3JCM P; 3SWN C; 4QVD A; 4M75 C; 4F7U F; 5LJ3 h; 1WPY A; 2E64 A; 5GAN d; 3HFO A; 5GAM j; 1KQ1 A; 3M4G A; 2VXF A; 1I5L A; 3BY7 A; 2DTO A; 4J5Y A; 2HNI A; 4EMK B; 4M77 D; 3BDU A; 4EMK A; 3QUI A; 4M77 C; 5GAN 2; 4C92 D; 1WQ7 A; 4C92 C; 4XTV A; 5GAN e; 4C8Q E; 4EMG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2K2M A; 2YRD A; 1XQH A; 3L2U A; 1VQ6 T; 1PSE A; 4JZ3 A; 4PL6 A; 5LJ5 h; 4M77 B; 4X9D A; 3F70 A; 1K0S A; 1RAG B; 5LJ3 d; 2HQX A; 2BZ8 A; 5IHN A; 1QMC A; 3JB9 I; 1I07 A; 5AT1 B; 1K9M U; 2JW4 A; 1NEB A; 4M75 F; 3M55 A; 4PJO G; 5KH6 A; 3VJP A; 2V1R A; 1CSK A; 2DRM A; 4LDW A; 1I8F A; 4M7D B; 1NJI U; 2XI9 A; 1BB9 A; 4DBH A; 1SPK A; 5GAM f; 2RI5 A; 5FWC A; 1Q86 U; 4PFZ A; 4X1V A; 2QEX A; 1M5Q 1; 2XU8 A; 1UGQ B; 3OYB A; 3G71 A; 4E7L A; 1XJW B; 2QQS A; 2KRN A; 3OYK A; 2FO0 A; 1YJ9 Q; 3CXC S; 1X2Q A; 1E7O A; 2GQI A; 3JCM e; 1Q7Y U; 1K8A C; 3OS2 A; 5FWB A; 3JCM c; 1Z9Q A; 3H6Z A; 4X34 A; 1QWF A; 2CH4 A; 2DNU A; 3EG9 A; 4A63 B; 5IXF A; 4RTW A; 1ZBJ A; 4JZ4 A; 4IIO A; 1W6X A; 4XTU A; 3VS3 A; 1UHC A; 2OTL Q; 4ANJ A; 2Z0W A; 2JJ9 A; 1YIJ A; 4MZP A; 1R0C B; 4DQ2 A; 4JLG A; 5KE3 A; 2RO0 A; 1OV3 A; 4M77 E; 2CUD A; 3ULR B; 2DE0 X; 5CKB A; 5GAO m; 1VQ4 T; 4C0D B; 1RAA B; 3VRZ A; 3G4S Q; 3FDR A; 2EQJ A; 2QDY B; 2RJF A; 4XU3 A; 4VUB A; 2O9V A; 2E64 A; 1N8R C; 2HNI A; 1VOM A; 5DLO A; 1AOJ A; 2CT4 A; 1BKB A; 2CP6 A; 2L89 A; 1QLY A; 2X9H A; 2FPE A; 2K4Y A; 5CQX A; 3A1P A; 3ZL7 C; 4EMG A; 3CC2 Q; 4PJO D; 1WX6 A; 2E70 A; 2BIV A; 5GJV B; 4C8Q G; 4DBF A; 3EGD A; 3URG A; 3RKY A; 5GAM g; 1VQN Q; 4C5I A; 1Q81 U; 5ECA A; 1MMN A; 2DTH A; 3WVE B; 1N8R R; 2QQ9 A; 1WZO A; 1M90 C; 2HBW A; 2F2V A; 2SEM A; 1N27 A; 5M9O A; 1VQ8 Q; 1K1Z A; 3MP8 A; 2P0P A; 2OTJ Q; 4E7J A; 4JUV A; 2EWN A; 4AFZ C; 1JXO A; 2FHD A; 3LWI A; 3VS2 A; 5CQY A; 2J6F A; 4RTX A; 4ME7 A; 4KGX B; 2O9S A; 1FXX A; 1X2K A; 2YDL A; 2V8J A; 2X51 A; 2DXC A; 2RHI A; 5LJ3 e; 1MMA A; 2ZPE B; 1K9A A; 3CCS A; 1ARK A; 2F2W A; 1K76 A; 4M78 G; 3HRU A; 2K5F A; 4FYX B; 3JSC A; 4CC2 A; 1M90 R; 1TXQ A; 4O6J A; 3T9N A; 1OOT A; 2LMJ A; 1ZUK A; 4BY6 C; 7AT1 B; 2QG9 B; 3V7S A; 2Y4X A; 3C95 A; 2QDL A; 1RLP C; 3NMZ C; 1VIF A; 2YLC A; 1YWP A; 3A8L B; 2G6F X; 3HPW A; 1TH7 A; 3LX7 A; 3C94 A; 4M7A B; 3TCJ A; 3OYG A; 1VQO Q; 2HCK A; 2RK1 A; 2DLP A; 4AT1 B; 5GAM d; 2QQR A; 2E3H A; 2KY9 A; 2RB6 A; 1WHK A; 2BE9 B; 1Q95 G; 4LD6 A; 4C8Q D; 3PVL A; 1JJ2 S; 1JEG A; 2PUO B; 2ZPF B; 1AWW A; 3QWY A; 2YRC A; 2NWM A; 2K2V A; 4AG1 C; 4HCB A; 3FEO A; 4A54 A; 1TU0 B; 3EHR A; 2KRM A; 2KEA A; 1U1T A; 2RQT A; 4J7F A; 4C92 E; 1BIB A; 2QEX Q; 2YT6 A; 3G71 Q; 2QAS A; 3I5S A; 2X4X A; 2ZCF B; 1JBM A; 1M3A A; 4L6V 5; 2JTF A; 3CCE A; 2VKN A; 3CQT A; 5KYX A; 1WDX A; 1KD1 C; 1PD0 A; 3RUX A; 4FM4 B; 4M78 D; 1TOV A; 1H8K A; 4PJM A; 2ESW A; 2QQA A; 3CC7 Q; 1LPL A; 2EQM A; 1FMW A; 2DYI A; 2B86 A; 2P84 A; 2KE9 A; 5L8R E; 4C5H A; 5KYW B; 2A08 A; 2ZPH B; 5IN1 A; 3OYL A; 3UWN A; 1B34 A; 4M7A E; 4BDY A; 1WYX A; 3X20 B; 3EAE A; 4PK4 A; 4C92 F; 5GAN 4; 1KD1 R; 4BB7 A; 3X25 B; 1G3S A; 2DBM A; 3RER A; 1CKA A; 3OYI A; 4N4G A; 1WHL A; 4PLL A; 2KGT A; 4MZT A; 1A0N B; 2K3B A; 1NBE B; 1WFW A; 2DO3 A; 2EJ9 A; 3M0U A; 4UC4 A; 5CKD A; 3JB9 G; 3RES A; 4RTU A; 1WJR A; 1AD5 A; 1R8O B; 5FLX E; 2CYZ B; 2HKQ B; 3OYE A; 5A0G A; 5FU6 B; 2DVE A; 2LCS A; 4HXJ A; 2DXB A; 5GAN 8; 2EJG A; 5GAO p; 3VYG A; 3UAT A; 5EC7 A; 1E6G A; 2MAM A; 2VXF A; 1V1C A; 4C5E A; 2VV5 A; 2AKL A; 4OF1 A; 1JU5 C; 1B7T A; 3R6O A; 1RAE B; 3CCJ T; 3OYF A; 2QXF A; 1QVP A; 3M54 A; 5J39 A; 3FJP A; 2V1Q A; 2CGH A; 2F69 A; 2HQE A; 2X4J A; 2QTX A; 3ZEH A; 2EGC A; 5GAM e; 2F5K A; 1QP3 A; 4PJO B; 3JB9 J; 2HMA A; 3G6E A; 2JMC A; 1ZBX A; 2LTO A; 1AEY A; 1W70 A; 2X4Y A; 2OX7 A; 5GAN g; 1QCO A; 1RL2 A; 4RMO A; 3OYC A; 3CCV T; 4L5G A; 4II1 A; 5CKF A; 1G5V A; 3A8G B; 2EYW A; 4DBR A; 1VQM A; 3NTI A; 3CPF A; 1AZE A; 1YHQ A; 4JRI A; 3TQ7 P; 2KI7 A; 1UJ0 A; 1M1G A; 2XHC A; 2ENM A; 1YFN A; 4BDZ A; 2J06 A; 1M2V A; 2VGM A; 4E7H A; 4MDW A; 2CP3 A; 4HCK A; 4R55 A; 1Z9Z A; 1VYT A; 2KXD A; 2VUB A; 3JB9 D; 1M4Z A; 1K4U S; 1D3B A; 1LOJ A; 2RHY A; 5CK9 A; 2CZ6 B; 5LJ5 g; 3EG3 A; 2DIL A; 2O31 A; 1VQP T; 5GMK j; 1D1B A; 2LNV A; 1VQ4 Q; 2WSE E; 4N4I A; 2EQK A; 2E1H A; 2ZAE A; 3L2V A; 1TSF A; 3L42 A; 2JTM A; 2FYK A; 3S3M A; 2CH4 W; 4B9W A; 3FIF A; 3CMA T; 4M75 A; 2DZ9 A; 2JM9 A; 3J7A F; 3OW2 S; 4RTZ A; 3JCM g; 3CCE Q; 1R0B G; 1KFZ A; 4RUG A; 2PUK B; 2JMA A; 2A37 A; 5I2M A; 1M1F A; 2GF7 A; 5GAN d; 4QW2 A; 3HFO A; 3M59 A; 5C0M A; 2PNI A; 3QKJ A; 2BKD N; 4C92 C; 2PVD B; 3CBP A; 2Y90 A; 4C8Q B; 1WHH A; 3EHQ A; 3SWN B; 3OSS C; 8AT1 B; 3CCR T; 2H3J A; 2EYY A; 2KT1 A; 5KCO A; 5HK3 A; 1KC8 C; 2RHX A; 3M9Q A; 3REB B; 4BE1 A; 1U8R A; 2FZG B; 2QYZ A; 3EGX A; 3VUB A; 4DOV A; 1SSH A; 2YUQ A; 8ATC B; 4HT9 A; 1N6A A; 2MYS A; 2MK5 A; 3M53 A; 3CCJ A; 1FWZ A; 2DET A; 1SHG A; 4OGC A; 3JCM Q; 2C06 A; 5IH2 A; 5LJ5 d; 1UHF A; 1D1A A; 3PIO A; 2K7A A; 2OTL A; 3DB3 A; 4XU2 A; 2DEU A; 1WHG A; 1TUC A; 3VS1 A; 4LN2 A; 1OYX A; 1N8R U; 1KC8 R; 2K5I A; 3ME9 A; 4AG2 C; 1SEM A; 1EFN A; 4C5G A; 5GAO n; 4M78 B; 5EG2 A; 5GAO l; 1QWE A; 2F1L A; 4J6W A; 3G4S A; 3HTR A; 5CKH A; 3QYH B; 3CCV A; 2YUP A; 2LQK A; 1Q82 C; 1IZ6 A; 1BCO A; 2CDT A; 5CO7 A; 1OZ3 A; 4GLK A; 2HEQ A; 2AT1 B; 2VB6 A; 4HVV A; 2JXB A; 1IXD A; 2ROL A; 3CC2 A; 3CC4 T; 4OMF B; 2RI3 A; 1BU1 A; 2ATC B; 1UEB A; 4Y91 A; 1M90 U; 1MV0 B; 3CCM T; 3FLG A; 1Y71 A; 2MI6 A; 3Q1J A; 2EAY A; 2LNH B; 2DPP B; 1KQS P; 1KQS A; 2DAQ A; 5L23 A; 1JO8 A; 1VQP A; 5KYY B; 2KNB B; 3H9N A; 4NL3 A; 1YJW T; 3E1S A; 1VQ8 A; 3M5A A; 1HD3 A; 1WPY A; 4OVA A; 3WVD B; 3CPW S; 3QUI A; 3A8O B; 4A4G A; 1M3B A; 1VQM Q; 3QJ6 A; 4PNO A; 4JLI A; 4XAX B; 4XQ3 A; 2ZGW A; 2W0Z A; 5KYU B; 2M0O A; 4EPC A; 2E10 A; 3THK A; 3ZBD A; 1KQ2 A; 4OMM A; 2XDB A; 4N4H A; 3LYI A; 4L59 A; 3EG2 A; 2ZPB B; 3HSB A; 3I56 A; 3CD6 A; 1T3L A; 2OAU A; 4YTL A; 2ABL A; 2LX9 A; 3E19 A; 1Y07 A; 2PQW A; 1R77 A; 4ZN3 A; 1HXD A; 1C1A A; 3S3N A; 4Z88 A; 3HKS A; 1VQO A; 3CXC P; 2HSP A; 4KUI A; 5KCH A; 4FW1 A; 2VC8 A; 4F7U E; 1PD1 A; 2QGF B; 4Q5W A; 1X69 A; 1OI1 A; 1X01 A; 4EMH A; 3SD4 A; 3NTK A; 2X3X D; 2FEI A; 4IUP A; 4CI0 C; 1UG1 A; 3CCQ T; 3V7C A; 3DLM A; 4E47 A; 4JRP A; 2CRE A; 2JN0 A; 3MPU B; 5LJ5 e; 2YXY A; 2EFI A; 3A5Z B; 2DA9 A; 2RHZ A; 3EFS A; 1GBQ A; 1OZ2 A; 1ZA2 B; 2E65 A; 1KD1 U; 4HVW A; 3M57 A; 1AHJ B; 2FB7 A; 2JTE A; 2PZ1 A; 2M1H A; 1BYM A; 2E4H A; 4JJB A; 1VQ5 T; 4MZM A; 1QP2 A; 3VS4 A; 2K5L A; 1M3C A; 3CEY A; 3CCL T; 4GBQ A; 3CC4 A; 4ZNX A; 1VQL T; 1ZSZ C; 3FJ5 A; 3CCJ Q; 2KSS A; 4F7U F; 2QA4 T; 3CC7 A; 1MNE A; 2LVM A; 3NFC A; 3OYD A; 3V8K A; 2CT3 A; 3JCM J; 4RTT A; 1K8A R; 4C92 A; 2E12 A; 2DK3 A; 3H8Z A; 3CCV Q; 4XU1 A; 3VV0 A; 2GQV A; 3RKW A; 1XOV A; 2RJD A; 5FU7 C; 1HYO A; 4OMO A; 4QQ6 A; 3VKI A; 2DMO A; 2KDS A; 1PRL C; 3L2Q A; 3CCU T; 1GXI E; 2RI2 A; 4KRT A; 2IIM A; 2R5M A; 5LJ3 j; 2EBP A; 3TRE A; 4OB1 B; 2GTJ A; 4M7D E; 4OMQ A; 1YNZ A; 4PJL A; 1KG1 A; 3DB4 A; 2AIR B; 2JT4 A; 5GAN 3; 3NTH A; 4NL2 A; 1OPK A; 1PRM C; 3A8H B; 4JDS A; 4JPB W; 1ZLM A; 4BD3 A; 1K73 C; 2EYQ A; 3RIR A; 4GLM A; 3RKX A; 3I55 T; 2ZPI B; 1VQP Q; 4M7A A; 1YJN T; 4M77 F; 1WXB A; 3PIP A; 1D0Y A; 3HRT A; 5FRM A; 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