The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
109
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structure length |
82
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Chain Sequence |
MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPSDNIASLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
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| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| total genus |
11
|
| structure length |
82
|
| sequence length |
109
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| chains with identical sequence |
l
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| h | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DXU A; 3RUX A; 4NL3 A; 1D3B A; 3JB9 I; 5GAN 8; 4M75 D; 4C8Q B; 5LJ5 f; 2VXE A; 2YLC A; 2CGH A; 1JBM A; 3RKW A; 4A54 A; 5GAN d; 3RER A; 3JCM e; 4M78 A; 4F7U B; 5LJ5 e; 2K57 A; 2RB6 A; 4F7U F; 3SB2 A; 1LNX A; 1YCY A; 4WF2 A; 1B34 B; 4XTZ A; 4HT8 A; 4F7U G; 4JUV A; 5GAO l; 1Y96 A; 5CAI A; 5GAM j; 1I4K 1; 3JCM X; 3JB9 J; 4XU0 A; 1HK9 A; 4PJO B; 4EMK A; 3JCM c; 5GAN 3; 2VXF A; 4C8Q E; 5LJ5 g; 3JCM W; 1JRI A; 1M5Q 1; 2EJF A; 4JRI A; 4MMK A; 3SWN C; 2DVE A; 2DEQ A; 2RD1 A; 4M75 A; 4N0A C; 3JCM V; 3JCM J; 2EJ9 A; 1KQ1 A; 4OP0 A; 5LJ3 d; 1HXD A; 3HFN A; 4M77 C; 3RIR A; 2DZ9 A; 1MGQ A; 4C92 C; 4M7A C; 1BIA A; 4J5Y A; 5GMK i; 4M7D C; 2E10 A; 3FIF A; 3QSU A; 3VU3 C; 4A53 A; 3QO3 A; 4J6X A; 4V2S A; 4J6W A; 1WQW A; 4PJO E; 4C8Q F; 4XTY A; 3L1A A; 3RKX A; 3PGG A; 5GAN 4; 4M78 C; 2E65 A; 2RA2 A; 2YLB A; 4M77 E; 4C8Q G; 4C92 E; 2YHT A; 4QVC A; 4C8Q D; 3BFM A; 5GAN h; 2VC8 A; 1I5L A; 3JCM b; 4DQ2 A; 4Y91 A; 1I8F A; 5LJ5 j; 2E64 A; 5GAM d; 2Y90 A; 5GMK h; 3SWN B; 1TH7 A; 5GAN f; 4EMK C; 2EWN A; 4PJO F; 4M78 E; 2RM4 A; 3QHS A; 5DY9 A; 5GAO m; 4M77 B; 2DZC A; 4M7A B; 4RCB A; 2FYK A; 4XTU A; 4PJO G; 3V7C A; 4C92 B; 4MML A; 4M77 F; 4M75 C; 4C92 F; 5GAN e; 3JB9 H; 4M7D B; 4PJO D; 4JRK A; 1H64 1; 4M77 G; 4EMH A; 2EAY A; 4C92 G; 4XU2 A; 4XTX A; 1D3B B; 2ZGW A; 4M7D G; 5GAO q; 3QUI A; 4C8Q A; 5LJ3 h; 2E1H A; 3JB9 F; 3FB9 A; 3RKY A; 2DXT A; 4M78 B; 4F7U A; 3BDU A; 3JB9 G; 2E41 A; 1WNL A; 4M78 F; 5GAN g; 4J6Y A; 4EMG A; 5GMK l; 5LJ3 f; 5GAO r; 4M78 G; 3RES A; 1U1S A; 4XQ3 A; 3M4G A; 4M7A E; 3HFO A; 1M8V A; 1Y96 B; 1LJO A; 4JLI A; 3JCM d; 4M7D E; 2DKG A; 1N9R A; 4XU3 A; 3V7R A; 3INZ A; 5LJ3 e; 5LJ5 d; 4XTV A; 4PJO A; 4NOY A; 4EMK B; 3BY7 A; 5GMK m; 1BIB A; 1WQ7 A; 4RCC A; 3AHU A; 4HT9 A; 3JCM h; 5GAO p; 3EFS A; 4M75 B; 5GAM h; 1X01 A; 2JN0 A; 4PJO C; 2DTO A; 4M75 F; 4PNO A; 3JCM f; 4M7A F; 2I2L A; 4M75 G; 5LJ3 g; 5GAN 7; 4XTW A; 4M7D F; 5GAM f; 1WPY A; 4X9D A; 4M7A G; 2QTX A; 3JCM P; 4M77 D; 5GMK e; 4C92 D; 4M7A D; 5GAN j; 1LOJ A; 5I21 A; 3BW1 A; 4QVD A; 3V8J A; 4C8Q C; 4M7D D; 5GAM e; 4HA8 A; 4XU1 A; 5GMK j; 1I81 A; 3V8K A; 1KQ2 A; 2EJG A; 2DTI A; 5GAN 6; 5GAN 5; 4M75 E; 3JB9 D; 2FB7 A; 1B34 A; 4NL2 A; 3HSB A; 5GAN 2; 2DJZ A; 4M78 D; 3L2Z A; 3JCM Q; 4X9C A; 3JCM g; 3EFR A; 3FJP A; 5GAM g; 3SWN A; 3GIB A; 3V8L A; 4N0A A; 4F7U E; 2DTH A; 4M77 A; 2HNI A; 4C92 A; 3V7S A; 1N9S A; 5LJ3 j; 4M7A A; 5LJ5 h; 4M7D A; 5GAO n; 1U1T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C0F A; 4LD9 K; 1VQ6 Q; 2RMO A; 5KCO A; 1FMV A; 1K0X A; 1W2B P; 2KSS A; 2WSE E; 4JDS A; 5GAN d; 3AT1 B; 1I1J A; 3S3M A; 4DA4 A; 2F2W A; 1QVG A; 1G2B A; 1EX4 A; 1V76 A; 2SEM A; 1K8A C; 4WCI A; 3PIP A; 5GAN 3; 2RNA A; 3JCM W; 3SWN C; 8AT1 B; 1WYX A; 4N0A C; 1KQ1 A; 4OP0 A; 2G6F X; 1OYX A; 4O5V A; 2DXB A; 3DB3 A; 2YLB A; 2RA2 A; 1YHQ T; 2DL5 A; 1K8A U; 4CC4 B; 2KXC A; 5D6W A; 2RI5 A; 2P0K A; 2CUD A; 2PU9 B; 3L2W A; 2QQA A; 1VA7 A; 2E3H A; 1MV0 B; 1H3H A; 2VB6 A; 2JMC A; 2K6D A; 3LX7 A; 1X69 A; 5GAO q; 5D6X A; 2DIL A; 3PTA A; 1M90 R; 1YJW A; 3EGD B; 1AD5 A; 1MUZ A; 2BZX A; 1NLO C; 5CKE A; 5GMK l; 5LJ3 f; 1C1A A; 2KNB B; 2QYZ A; 4A4F A; 2OTL Q; 4MZP A; 2CH4 W; 4M7A E; 1M8V A; 3ER0 A; 1UGP B; 5IHN A; 2PUO B; 2LCL A; 4GBQ A; 4EMK B; 3J81 E; 5GMK m; 1M1K U; 3CEY A; 2QEX Q; 1SSH A; 5I2S A; 4D8D A; 3EG2 A; 2EFI A; 2DTO A; 4B6M A; 5GAM f; 1MHN A; 4IUV A; 1KQS P; 4DBH A; 1AWX A; 2C0O A; 5LL6 S; 1WIE A; 1JJ2 S; 3JCM Q; 3PMT A; 1M2V A; 2GGR A; 4Q5W A; 4BI8 B; 2OTJ A; 1QKW A; 2ABL A; 2YSQ A; 3MPU B; 3G6E A; 1ZA2 B; 2JVV A; 2L0A A; 2KYM A; 1D09 B; 1M2O A; 1TU0 B; 5LJ5 f; 1JBM A; 4ATO A; 4OMM A; 2D8H A; 1VQ5 T; 4QQ6 A; 2KRO A; 2A36 A; 1SEM A; 2CP0 A; 1K8A R; 1AHJ B; 1BK2 A; 5EG2 A; 2DVE A; 5KYU A; 3QZ9 B; 1KIK A; 2FPE A; 2DL8 A; 2A08 A; 4AG2 C; 4J6W A; 2DA9 A; 1WQW A; 4FU6 A; 4LUD A; 1NLP C; 3J7A F; 4QVC A; 2D8J A; 3H0F A; 1SRL A; 1UE9 A; 4OB0 B; 2QA4 T; 3GF5 A; 3EG9 B; 1QVF S; 1WZO A; 4EIK A; 3QHS A; 4HCZ A; 4ZN3 A; 1M1K R; 1T3S A; 4FT2 A; 2NUP A; 5FU7 B; 4QT7 A; 3OYY A; 2PTK A; 2X4J A; 3RKY A; 4LUE A; 2PUK B; 5GAO r; 1ZA1 B; 2AKL A; 1VQ8 T; 4ESR A; 2D6F A; 1LJO A; 4RTY A; 3U23 A; 3JCM d; 3L2U A; 3V7R A; 3CMA A; 3CCL A; 4XTV A; 1IB8 A; 2PQW A; 1VQM T; 4B9X A; 3I9Q A; 5KYX B; 4M75 B; 3CCS A; 1VQK Q; 1X01 A; 4K11 A; 3FJ5 A; 1WHL A; 2FZC B; 3OW2 S; 4QQD A; 3VS5 A; 4DBR A; 3V8J A; 3S6W A; 4KGZ B; 3ME9 A; 2QK0 A; 1TOV A; 4F14 A; 1NE8 A; 2P4R A; 5C6S A; 1UFF A; 3CBM A; 3I5R A; 2M51 A; 3GIB A; 1M1F A; 2E6Z A; 2DER A; 1OUL A; 5IXF A; 1VQ6 A; 2COZ A; 2FL7 A; 2DVJ A; 2RK2 A; 3OMG A; 5FRN A; 2E5Q A; 1AOJ A; 2YLC A; 4A54 A; 1FWZ A; 1YJN T; 2O31 A; 4RTZ A; 1JU5 C; 2RJC A; 4NS5 A; 1YCY A; 1Q82 U; 3QZ5 B; 1UJ0 A; 1G5V A; 4C5H A; 3C94 A; 4EPC A; 2ED1 A; 4MMK A; 1N8R U; 2MWO A; 2LZ6 B; 2RD1 A; 3JCM V; 4M77 C; 1BIA A; 4M7D C; 4E7J A; 3H41 A; 4FYW B; 1T0J A; 2KBT A; 5KYW B; 3HP9 A; 3CCJ Q; 3TCJ A; 2MIO A; 4M77 E; 1NZ9 A; 5CQY A; 2K5F A; 3REA B; 1W70 A; 4ELZ C; 1UJY A; 3OYN A; 1ZBJ A; 2YRD A; 3VS1 A; 2YRC A; 1S1N A; 3ZFJ A; 5GAN f; 2HBP A; 2V1Q A; 1VQ7 Q; 2DL4 A; 5CK9 A; 1WFW A; 2ED0 A; 2EAY A; 2RJE A; 2OTL A; 3BDU A; 4J6Y A; 4KH1 B; 5L23 A; 3RNJ A; 2LC4 A; 2QEX A; 2P0Q A; 5LJ3 e; 3CXC S; 3X24 B; 4J9E A; 8ATC B; 1KK7 A; 4M75 F; 1GBQ A; 3OYC A; 1R8O B; 4OMF B; 2RH2 A; 2L89 A; 4LXC A; 2QI2 A; 4HCK A; 4XAX B; 5I22 A; 5GMK e; 4AFS C; 2XDP A; 1NM7 A; 1QCN A; 5GAM e; 1X6G A; 1TUG B; 3CPW P; 1R0B G; 4M75 E; 1WLP B; 2V1R A; 2OTJ T; 1QVP A; 1Q82 R; 1NJI C; 2JM9 A; 4F7U E; 2JJ9 A; 3JAM E; 3V7S A; 1N9S A; 3QYG B; 2DFU A; 1N8R R; 3RUX A; 4Z02 A; 2QDY B; 1M8M A; 3CC4 Q; 3GBQ A; 4FM4 B; 2ECZ A; 4IUU A; 5LJ5 e; 2LMJ A; 3SB2 A; 2K5L A; 1Y96 A; 2M16 A; 5CQX A; 1NJI U; 1N6A A; 2EJF A; 3VS7 A; 4KUL A; 2DZ9 A; 1Q81 R; 2CH4 A; 1C6V X; 5HK0 A; 3QO3 A; 1IGU A; 1YI2 Q; 4MZT A; 3N5B B; 2VV5 A; 2HD0 A; 4M78 C; 2NUZ A; 2PNI A; 3HKS A; 4IUQ A; 1RAD B; 4BD3 A; 2ZPF B; 2E64 A; 4BE0 A; 2LQW A; 2Y90 A; 2COY A; 2DAQ A; 1E7O A; 3OYG A; 4M78 E; 2MAM A; 5DY9 A; 3OSV A; 4RCB A; 4C92 B; 3CPF A; 4DQ2 A; 2CYZ B; 1G83 A; 2X4X A; 1H64 1; 4YTL A; 1KJW A; 3JV3 A; 5I2M A; 1RAI B; 1G3T A; 1PSE A; 3JB9 F; 2VGM A; 4ZGJ B; 1WGS A; 3X25 B; 4ORZ A; 1WNL A; 1GFD A; 3CCL T; 4E2F B; 2KK4 A; 3ASK A; 1UGQ B; 5HCK A; 2DJQ A; 1VQK A; 3E19 A; 2RHZ A; 1OEB A; 2KEA A; 3CCS T; 2A37 A; 2JOY A; 2ROT A; 4E7K A; 2FG0 A; 4R55 A; 4D8K A; 4KT0 E; 3E2U A; 2GNC A; 4M75 G; 1WDX A; 3WXM B; 4JRQ A; 2M0O A; 2DYB A; 3M0Q A; 3LLR A; 1VQL T; 2YUQ A; 1U06 A; 3C4S A; 4C8Q C; 4L6V 5; 4ELY C; 4HA8 A; 1JJ2 A; 3M53 A; 4NL2 A; 2P0P A; 5GJW B; 3RMQ A; 1NEB A; 1ZUY A; 1KSW A; 3G4S Q; 2HKQ B; 1RI0 A; 3L42 A; 3C0C A; 1NJI R; 3VYG A; 1VQ6 T; 5J39 A; 1SSF A; 2KQW A; 2PVG B; 3EGX A; 4BY6 C; 1RL2 A; 3UAT A; 3JB9 I; 3CD6 T; 1K1Z A; 1B7T A; 3I56 Q; 1W6X A; 4AFQ C; 2AK5 A; 2LQN A; 2BE9 B; 3FDR A; 5A0L A; 2ESW A; 1Z9Q A; 1BKB A; 1JB0 E; 4RTT A; 2F2X A; 4GLM A; 5CKH A; 2HL5 C; 4XU0 A; 3DB4 A; 3H9N A; 2HZY A; 1VQ4 Q; 2VXF A; 1QWE A; 3LYI A; 2DBK A; 2KRM A; 3CCJ A; 4JS4 A; 2MWP A; 5CO7 A; 5CCA A; 1PC0 A; 3PVL A; 3PT9 A; 1U8R A; 3CCE Q; 2EQK A; 4OF1 A; 1PKT A; 1WHH A; 3HPW A; 1VQ7 A; 1QVF A; 2LQK A; 2HQH A; 5CKD A; 3SWN B; 3I5S A; 2HMA A; 4KGV B; 4P5N A; 2BE7 D; 3MET A; 5GAN e; 4C92 F; 1D0Z A; 2AZV A; 1EIF A; 4XU2 A; 5C0M A; 3DKM A; 3SDZ A; 4OGE A; 1ZLM A; 1PM3 A; 3LWH A; 3JB9 G; 1K73 C; 2QEX T; 1OX9 A; 2DIQ A; 3HFO A; 2O4X A; 4LNP A; 4JLI A; 1W1F A; 5L8R E; 3UPU A; 1BIB A; 1OU9 A; 1X27 A; 2EW3 A; 1CKA A; 2MMP A; 4HT9 A; 3OYD A; 4Y28 E; 1HYO A; 2CUB A; 3OW2 A; 1RAE B; 4BUG A; 4PFP A; 4JJD A; 4AMC A; 4M7A D; 1K73 U; 1AZG B; 2YWW A; 3V8K A; 4J7F A; 3ULR B; 5GAN 5; 5GAN 6; 2H3E B; 2DJZ A; 1CSK A; 3EFR A; 4KUD K; 3M56 A; 3UF4 A; 1FYN A; 2QTV A; 3QWY A; 4M7A A; 5CKB A; 1MMD A; 3CC4 A; 5FWC A; 1SPK A; 1BCM A; 1OOT A; 1GBR A; 2JS0 A; 4OMN A; 3KBG A; 3RER A; 2KR3 A; 3VRY A; 1U3O A; 2JNG A; 5GAO l; 1W2B S; 1VYT A; 1YJ9 Q; 1I4K 1; 2E70 A; 2RQV A; 3JB9 J; 4E7S A; 1HK9 A; 3I55 Q; 4JRI A; 3NTH A; 4LN2 A; 3UA7 A; 2DEQ A; 3JCM J; 3CME Q; 1YI2 A; 2JT4 A; 2L3Q A; 1MMA A; 1VQN Q; 2CT3 A; 1UGR B; 2X4W A; 2QXF A; 2K7A A; 5IN1 A; 3QPH A; 2YT6 A; 3A8G B; 1RAC B; 2RQR A; 3RKX A; 2K4Y A; 3WVD B; 2YHT A; 3BFM A; 1I5L A; 1YN8 A; 1WJS A; 2HKN A; 1IZ6 A; 2D0Q B; 5J26 A; 1BU1 A; 3M0P A; 4XTU A; 1WXB A; 4C92 G; 5CR2 A; 3L2R A; 2SRC A; 3E9G A; 3EFO B; 4BE2 A; 3MJX A; 1QW1 A; 1OPL A; 3FB9 A; 1VIF A; 2LT4 A; 3FEO A; 1K73 R; 1X2Q A; 2J7I A; 2CZ6 B; 3E9F A; 3CXC A; 3INZ A; 1RLQ C; 2AIR B; 1WQ7 A; 3LH5 A; 3X26 B; 1M1K C; 2EGA A; 3TSW A; 3A98 A; 5HKC A; 2FZG B; 1YFN A; 2WSC E; 2GFA A; 4M7A F; 3RR6 A; 2I2L A; 5GAN 7; 2EGE A; 5J3B A; 1PD1 A; 2LVM A; 4Y92 A; 2JTM A; 1EZZ B; 5M9O A; 3G4S A; 3PVQ A; 5IXB A; 4E7H A; 1R77 A; 1KQS S; 1B07 A; 1VQ9 Q; 2O9V A; 4X1V A; 2L5Q A; 2QGF B; 1G3Y A; 1FXX A; 4J8O A; 1UEB A; 3I56 A; 2A3L A; 4NL3 A; 3A8O B; 3MEV A; 2VXE A; 2CGH A; 4JPB W; 3JCM e; 3EGD A; 1OV3 A; 2RB6 A; 2ZPI B; 1VQ4 A; 5KE2 A; 1QP2 A; 1Q95 G; 1JO8 A; 3OYB A; 2JTE A; 1PCX A; 4EMK A; 3IQL A; 2KGT A; 1JXO A; 3CCJ T; 2KY9 A; 2DO3 A; 3OS2 A; 3QSU A; 3CCE A; 3MEU A; 4HVW A; 4J6X A; 3MKD A; 4JZ4 A; 4ME7 A; 2C0I A; 3PGG A; 2E65 A; 5FRM A; 3HRT A; 2XD0 A; 5KYY B; 5IAY A; 1OI1 A; 4MZM A; 3MP6 A; 1H3Z A; 5D6Y A; 4OMO A; 2MK5 A; 1SHF A; 4M77 B; 3M5A A; 4E7Z A; 4BB7 A; 2DX1 A; 2CS7 A; 2QQ9 A; 4M7D B; 3KXT A; 1MMG A; 1MMN A; 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