The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
RAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKKGKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
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| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| total genus |
13
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| structure length |
94
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| sequence length |
94
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| chains with identical sequence |
m
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| j | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GAO r; 4EMK C; 2FYK A; 2Y90 A; 3RER A; 4PJO A; 4PNO A; 3FIF A; 4JLI A; 4C92 F; 2VC8 A; 1U1T A; 3JCM X; 1I8F A; 2JN0 A; 4F7U E; 4C92 G; 1WQW A; 4XU0 A; 1MGQ A; 1I5L A; 1YCY A; 4QVC A; 3RKY A; 1I4K 1; 5GAN g; 4C8Q C; 2DTI A; 4M78 F; 4WF2 A; 4M77 F; 1U1S A; 4RCB A; 4XTZ A; 5LJ3 h; 3JB9 F; 4C92 A; 3QSU A; 1JBM A; 4M78 G; 4C92 D; 1KQ1 A; 4M77 G; 4NL3 A; 5GAN 8; 4M7D G; 3BDU A; 1LOJ A; 3L2Z A; 3JCM b; 5LJ3 j; 2DJZ A; 2DZ9 A; 2DZC A; 2EJ9 A; 1Y96 B; 4JRK A; 3V8L A; 4XTW A; 2EJG A; 4M75 F; 4M78 A; 1N9R A; 5DY9 A; 4DQ2 A; 3QUI A; 2DXU A; 5LJ5 h; 3PGG A; 4XTU A; 3JB9 D; 4M7D A; 4M7D D; 4M7A F; 4EMG A; 4C8Q G; 3JCM P; 4A54 A; 5LJ5 j; 3JCM f; 2YLC A; 4Y91 A; 4EMH A; 3JCM d; 3JCM e; 1H64 1; 2RB6 A; 4PJO D; 4M75 A; 4M75 D; 3EFR A; 5CAI A; 5GAN 2; 1BIB A; 4NL2 A; 4XU3 A; 4M7A A; 4M7A D; 4F7U F; 3BW1 A; 4XTY A; 3FJP A; 2DEQ A; 3M4G A; 3SWN A; 4A53 A; 1D3B B; 1B34 B; 4F7U G; 3JB9 J; 2FB7 A; 3INZ A; 3SB2 A; 4JUV A; 3V7S A; 4X9C A; 3RIR A; 4PJO B; 5GAM h; 3V8K A; 4HA8 A; 3QO3 A; 4OP0 A; 3HFO A; 1LJO A; 4F7U A; 4J5Y A; 4X9D A; 1HK9 A; 2E10 A; 4XTX A; 5LJ3 d; 5LJ3 e; 5GAM j; 2E1H A; 2DTO A; 4M78 D; 4M77 A; 4EMK A; 1LNX A; 4M77 D; 5GAO m; 4C8Q F; 2DTH A; 5GMK m; 4J6X A; 3JCM g; 4C92 B; 3HFN A; 1WPY A; 3JCM Q; 5GMK h; 5LJ5 f; 4N0A C; 1N9S A; 3L1A A; 5LJ5 d; 5LJ5 e; 3JCM W; 2EWN A; 1BIA A; 3EFS A; 1I81 A; 1WNL A; 4JRI A; 4PJO C; 1JRI A; 2HNI A; 4M78 B; 5GMK j; 5GMK i; 4M77 B; 3JCM V; 4C8Q A; 4XQ3 A; 4C8Q D; 5GAN h; 4M7D B; 3QHS A; 2K57 A; 3GIB A; 4V2S A; 2RM4 A; 3SWN C; 5GAN j; 2EJF A; 5I21 A; 5GAO q; 4PJO E; 3RKX A; 3JB9 I; 3JCM J; 2E64 A; 4M75 B; 2E41 A; 1TH7 A; 2QTX A; 4C92 C; 1HXD A; 5GAN 6; 4M7A B; 5LJ3 f; 4MML A; 5GAM f; 2VXE A; 3SWN B; 3VU3 C; 5GAN 4; 5GAM d; 5GAM e; 2YHT A; 3HSB A; 4XU1 A; 3RKW A; 4XTV A; 3RUX A; 3BFM A; 4M78 C; 4M77 C; 5LJ5 g; 3JCM c; 3V8J A; 5GAN 7; 4M7D C; 3RES A; 4C92 E; 4QVD A; 2I2L A; 4F7U B; 4HT8 A; 5GAN 5; 3FB9 A; 2VXF A; 4RCC A; 3V7R A; 5GAO l; 4J6Y A; 1Y96 A; 4M7D F; 4M75 C; 5GMK e; 4M78 E; 5GMK l; 2DXT A; 4M77 E; 4EMK B; 4M7D E; 2DVE A; 4M7A C; 2EAY A; 5GAO n; 5GAN 3; 2DKG A; 5GAN f; 3AHU A; 3JB9 G; 2RD1 A; 3V7C A; 5GAN e; 5GAN d; 1M8V A; 1X01 A; 3BY7 A; 5GAO p; 1M5Q 1; 1KQ2 A; 2CGH A; 4HT9 A; 5LJ3 g; 4PJO F; 4M75 E; 5GAM g; 2YLB A; 4PJO G; 4NOY A; 2RA2 A; 4C8Q B; 4C8Q E; 3JB9 H; 4M7A E; 1WQ7 A; 3JCM h; 2E65 A; 4M75 G; 4XU2 A; 2ZGW A; 4J6W A; 1D3B A; 1B34 A; 4M7A G; 4N0A A; 4MMK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VS6 A; 3HP9 A; 4OMF B; 1I5O B; 1QVP A; 4E7S A; 2CT4 A; 1VQN Q; 5HY6 A; 4A4H A; 4L6V 5; 1QKW A; 3DKM A; 1YJN Q; 4FL6 A; 3FLG A; 1U1S A; 3JB9 F; 4C92 A; 3H6Z A; 3MP1 A; 4C0D C; 4Z88 A; 3PIP A; 4LD9 K; 1ZA2 B; 2KT1 A; 3CC4 Q; 1K8A R; 2DAQ A; 3MPU B; 4M7D D; 2MF2 A; 5EG2 A; 1JJ2 S; 5IHI A; 1JJ2 A; 4RTY A; 1UGQ B; 1EX4 A; 3G4S A; 3I5R A; 3OS2 A; 1I1J A; 4FSX A; 1VQ7 Q; 1YWO A; 4C5I A; 2M51 A; 2OAU A; 1N6A A; 4HVW A; 2HKN A; 1TXQ A; 5CO7 A; 1HJD A; 4J9E A; 1W2B S; 2LDM A; 2QA4 T; 1W2B A; 4DOW A; 3T9N A; 1M2O A; 2L5Q A; 3JCM Q; 1Q7Y R; 2OTL T; 3QYH B; 4LDY A; 3O5Z A; 1VQP A; 4FU6 A; 1RAE B; 1ZLM A; 2ROL A; 3VYH B; 2L89 A; 3QHS A; 2KT8 A; 3S6W A; 3TU4 K; 2KYB A; 2KXD A; 2KQW A; 2KRN A; 3NGP A; 3P8B B; 1SF9 A; 2PVG B; 1MMN A; 1YJ9 T; 4JZ4 A; 1VA7 A; 4M78 C; 4M77 C; 3G1J A; 2RJE A; 1VQL T; 5C0M A; 2MIO A; 2LQW A; 3FB9 A; 1KQS P; 5KYW B; 1NJI C; 4MZT A; 1M2V A; 3CCE Q; 1BBZ A; 2EAY A; 3JV3 A; 5GAO n; 4KUL A; 1WJQ A; 4KGV B; 3HRU A; 4C8Q B; 4HCB A; 4QVZ A; 4BE0 A; 2QAZ A; 2XHC A; 2E6Z A; 5GAO r; 1YJW T; 1BU1 A; 2MCN A; 4BDZ A; 4BB7 A; 3CCQ A; 4J9F A; 2KGT A; 2ZZD A; 3OYC A; 2J6O A; 4WCI A; 4WF2 A; 3OYG A; 4DBF A; 4QQG A; 4M7D G; 1M1F A; 2OI3 A; 4GLK A; 5DY9 A; 4ME7 A; 4MDW A; 2RK1 A; 4A54 A; 3GF5 A; 4FIB A; 2COZ A; 1NLP C; 4M75 D; 4IUU A; 2JTM A; 2FPF A; 4KGX B; 4OB0 B; 1FWZ A; 2A08 A; 2A37 A; 1N8R C; 1VQ4 A; 1OZ2 A; 4HCC A; 2JJ9 A; 1X2K A; 2NUP A; 4OMO A; 5HK3 A; 3X25 B; 1YIJ A; 5AT1 B; 5GAM j; 2YUQ A; 1X75 C; 1LNX A; 3OYB A; 4A4G A; 4C8Q F; 4KBM B; 2DE0 X; 5IXB A; 1NLO C; 2LQK A; 5LJ5 d; 2XDP A; 1BIA A; 1VQ9 Q; 1PRL C; 4AG1 C; 5GAN h; 3A5Z B; 2M16 A; 2DER A; 3JSC A; 2DJQ A; 2DYB A; 3E9G A; 3P8D A; 2CUB A; 3CXC S; 3M0U A; 1HXD A; 3KXT A; 2CP5 A; 4BY6 C; 3CXC A; 3C4S A; 3SWN B; 1Y57 A; 1EFN A; 3C12 A; 2E70 A; 1VQM Q; 5LJ5 g; 4OMQ A; 1XTD A; 3FRN A; 4KT0 E; 3HHT B; 3OS1 A; 1K73 U; 1OEB A; 2A36 A; 1S1N A; 2L0A A; 1WXT A; 2CP2 A; 1VQK T; 1GBR A; 3VS0 A; 1YHQ A; 2FZC B; 2RK2 A; 4PJO G; 2DM1 A; 3LWH A; 2ZPF B; 1WZO A; 4E7L A; 3L2U A; 5IXF A; 3OYA A; 1QP3 A; 4RTZ A; 1M9S A; 4IUT A; 3REA B; 3TEE A; 1SSF A; 2COW A; 4RUG A; 3CPW S; 3UAT A; 1QWF A; 3CPW A; 2AHJ B; 1Q95 G; 4M78 A; 1PM3 A; 4X34 A; 3EG1 A; 2JS2 A; 4C0D B; 4Y28 E; 2BTT A; 4OB3 B; 2RB6 A; 2CUD A; 3BW1 A; 5CVI A; 4PJM A; 4KH1 B; 3SB2 A; 1RLQ C; 8AT1 B; 1TG0 A; 3TQ7 P; 1WFW A; 2R5A A; 3OYN A; 3EFO A; 4PJN A; 2CH4 W; 1VQ5 T; 1M3C A; 2BZY A; 2PNI A; 1VIF A; 3D7S B; 4XTX A; 5DLO A; 2FHD A; 2CYZ B; 1IGU A; 2X4X A; 2CZ1 B; 4TVR A; 1KD1 C; 4XQ3 A; 2K2M A; 1RAA B; 3CCV Q; 3CD6 A; 1D0Y A; 2WSF E; 2QA4 Q; 1M27 C; 2K5L A; 5KYX A; 3FJ5 A; 1RAH B; 2OTJ Q; 1OU9 A; 5GAM e; 2ECZ A; 3RUX A; 5D7U A; 1QWE A; 1NJI U; 2VUB A; 3V8J A; 4R56 A; 5KYY A; 5FWC A; 4ZN3 A; 2NUT B; 2J6F A; 1IO6 A; 1VQ6 Q; 4N4G A; 4QT7 A; 4J7I A; 1Y71 A; 2IG0 A; 3OMG A; 4KGZ B; 1KQ2 A; 2KK4 A; 1YJ9 Q; 1ZQ1 A; 1VQL Q; 2RA2 A; 3JB9 H; 4M7A E; 5EC7 A; 2JZ2 A; 1RAD B; 1AOJ A; 1AEY A; 3ME9 A; 3E1S A; 1S72 T; 3I55 T; 2CDT A; 1VQO T; 2VV5 A; 3EG9 B; 3ZBD A; 1MMA A; 4Y92 A; 2M02 A; 4WTO B; 2BZX A; 3J81 E; 1VQN T; 1C6V X; 4XTZ A; 4RCB A; 1RL2 A; 3U23 A; 5GAN 8; 1AWO A; 3BDU A; 1YJN T; 1N27 A; 1WHM A; 2QK0 A; 1WHK A; 3NPF A; 1N8R R; 5FLX E; 1YI2 A; 2DXU A; 1IRX A; 3CC4 T; 1GCQ C; 3JCM f; 2KRO A; 2FRY A; 2MI6 A; 4JJD A; 4NL2 A; 4HVV A; 2DFU A; 1YIT T; 5CCA A; 2RHI A; 4OB1 B; 7AT1 B; 1D0X A; 1Y7X A; 3CCS A; 3EGX B; 3S3O A; 1LJO A; 1X2Q A; 1SHF A; 4EDU A; 1U3O A; 1Q86 U; 2LTO A; 1VQ7 T; 3CCM Q; 2RJC A; 1SSH A; 4QKU A; 2DTH A; 3ER0 A; 1UGV A; 1SKU B; 2DL8 A; 3MKD A; 2KR3 A; 3R6O A; 4DEX A; 2E3H A; 1TSF A; 2XDD A; 3EHQ A; 2A28 A; 2E3I A; 5GJW B; 2VVK A; 3RKX A; 5A2Q E; 3CPF A; 2QTX A; 1RUW A; 2KE9 A; 5GAN 6; 2EGA A; 3GLX A; 2VXE A; 3GOX A; 3QWY A; 1RAC B; 2YHT A; 2O31 A; 2E5Q A; 2G3R A; 4EIK A; 1VQ8 A; 1M1K U; 1OOT A; 1OX9 A; 1KQS S; 1WXB A; 1NE8 A; 2MK5 A; 4Z89 A; 4IIO A; 1KQS A; 1NYF A; 3OYL A; 2RF0 A; 4L5G A; 1D09 B; 1C0M A; 3MEA A; 3CCE T; 2NWM A; 1XQH A; 1O75 A; 5KYN A; 1ZX6 A; 3OYD A; 1Y0M A; 3CC2 A; 2P84 A; 2DX1 A; 1T3S A; 2F2W A; 2YRC A; 3LGF A; 2EKH A; 1MHN A; 4F7U E; 2RQV A; 5KYU A; 2RHZ A; 4E7H A; 4ZGJ B; 1TS9 A; 4C8Q C; 2LT4 A; 2JT4 A; 2K4Y A; 2F5T X; 3OMC A; 4LNP A; 2DZ9 A; 4JRK A; 1U5S A; 5IHK A; 2K5I A; 1K9A A; 1KFZ A; 1X27 A; 2YWW A; 3PE0 A; 4FYV B; 5FU6 B; 1M90 U; 1KC8 U; 1W70 A; 3OS5 A; 4M7A D; 2GTJ A; 4XTY A; 4PFZ A; 2X4J A; 2ESW A; 1KD1 R; 4JUV A; 4BI3 A; 1OPL A; 3H0H A; 2HEQ A; 5IH2 A; 5GAM h; 1K9M C; 2EKO A; 2FEI A; 2YDL A; 1D1A A; 3CCR A; 1KD1 U; 2X4Y A; 3WXM B; 2DYI A; 3PMT A; 4FT2 A; 3QJ6 A; 3VUB A; 3UA6 A; 2ENM A; 2QEX Q; 1IZ6 A; 3M4Y A; 1G3T A; 3X26 B; 4ELY C; 1MV3 A; 1E6G A; 4DA4 A; 2LQN A; 2RM4 A; 1VQ5 Q; 1ABQ A; 3L2R A; 2EYY A; 3LW5 E; 1VQ9 T; 4IKF A; 3SDZ A; 2HQE A; 2E41 A; 3I56 T; 2RNA A; 3M58 A; 2LQ8 A; 4MML A; 2LZ6 B; 2RO0 A; 2ZPI B; 2YRD A; 2KMT A; 4QW2 A; 1D1B A; 5GAN 7; 1K0X A; 4C92 E; 1WHL A; 5GAN 5; 2EYX A; 1FMV A; 1VQM T; 3G6E A; 5FRO A; 5D6W A; 1JXO A; 1B7T A; 5GAN f; 3L2W A; 2RD1 A; 1M8V A; 2P0Q A; 2LCS A; 1RAF B; 2YLB A; 4C8Q E; 2YUN A; 3OBY A; 3M0Q A; 1AWW A; 1NEB A; 4AFQ C; 4CC7 A; 1WJS A; 3QKJ A; 4PLL A; 1I5L A; 1YCY A; 1GFD A; 1NPP A; 1K76 A; 3VJP A; 2J7I A; 4FT4 A; 4NL3 A; 1BI3 A; 1LOJ A; 1RI9 A; 3I5S A; 1PKS A; 1Y96 B; 3CCJ A; 1ZSZ B; 2HMA A; 4ZN1 A; 4DQ2 A; 1D1C A; 3TVT A; 3JCM P; 4N4I A; 4E47 A; 3EGD B; 3TSW A; 4JRQ A; 2EGC A; 5DM7 R; 2RJD A; 3M57 A; 3JB9 J; 1B34 B; 3OYH A; 2EW3 A; 2JVV A; 3ZFJ A; 2DMO A; 3OW2 P; 1QQJ A; 3V8K A; 4JJB A; 2OX7 A; 1HK9 A; 1MMG A; 2E10 A; 5LJ3 d; 4MDX A; 3CCL A; 5D6X A; 5KCO A; 3MP8 A; 4CI0 C; 3H9N A; 3CME Q; 3EG2 A; 1YIT Q; 1QVF P; 3JCM W; 4GBQ A; 1K8A U; 4M7D B; 4C8Q A; 4YTL A; 2FL7 A; 4E6R A; 2QAS A; 4JRP A; 1P92 A; 2X35 A; 3G71 Q; 3FEO A; 1IRE B; 1AWX A; 3JB9 I; 3CCV T; 5FRN A; 2QTV A; 1YJW A; 2L3S A; 4AG2 C; 2CZ0 B; 2CT3 A; 2CSQ A; 1T0H A; 3CEY A; 2F1L A; 4F14 A; 3PIO A; 4QVD A; 2KYM A; 2OTJ T; 5C6S A; 2QGG A; 2JTF A; 1V29 B; 2H3J A; 3HKS A; 4F04 B; 1VQ6 T; 3JB9 G; 3HL8 A; 1FXX A; 4D8K A; 3RNJ A; 1Q7Y U; 2CGH A; 4E7Z A; 1PCX A; 1UHF A; 4OMM A; 1JB0 E; 2E65 A; 5IT9 E; 1XOV A; 4BI4 A; 1HYO A; 1TUC A; 4P5N A; 1QVG P; 1PNJ A; 1T0J A; 3E9F A; 1PD1 A; 2XKO C; 2HSE B; 1MGQ A; 3S3N A; 3X20 B; 4M7D F; 3M56 A; 4C92 D; 2KNB B; 2JXB A; 2X51 A; 2HBW A; 4DBH A; 4HXJ A; 2DJZ A; 3QXE B; 5I2M A; 1CKB A; 1K9M R; 3QJY A; 1X6B A; 1VYV A; 5CKB A; 4JDS A; 2RI2 A; 3JCM d; 4PJO D; 3J7A F; 5GAN 2; 5CAI A; 1M8M A; 3SWN A; 5I2S A; 3SD4 A; 4E7K A; 4F7U G; 2FB7 A; 1O9S A; 3V7S A; 2EQM A; 4X9C A; 4PJO B; 3LGL A; 3OYI A; 3MEW A; 4CRI A; 4HA8 A; 3G4S T; 2L3R A; 2EQU A; 2I0N A; 1SHG A; 2E1H A; 4GY5 A; 2WSE E; 4PLI A; 2KEA A; 4J6X A; 3JCM g; 1WPY A; 4PL6 A; 1AT1 B; 3M59 A; 3EFS A; 4JRI A; 3CCM T; 1VQK A; 1X69 A; 5GMK j; 2DF6 A; 5GJV B; 3QWX X; 2YUO A; 3M5A A; 3EAE A; 5I21 A; 4OGC A; 3THK A; 4BDY A; 4M75 B; 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