The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
DETGKFLVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNGRQGFVPAAYVKFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Human Spectrin SH3 Domain D48G, E7F, K60F
rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
SPECTRIN ALPHA CHAIN, NON-ERYTHROCYTIC 1
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| total genus |
13
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-02-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LJ3 A; 1Y57 A; 3UA6 A; 1CKB A; 5L23 A; 3NPF A; 4OMM A; 3REB B; 2GBQ A; 2DRK A; 2FG0 A; 1JXO A; 2EVR A; 1NM7 A; 1WXB A; 1AZE A; 2AK5 A; 2ESW A; 2VVK A; 2CUD A; 1WXU A; 1GCQ A; 2RPN A; 1UEC A; 1U5S A; 1YP5 A; 4ESR A; 1PRL C; 1X2Q A; 1QKX A; 1ZUY A; 4KRT A; 2J7I A; 1BBZ A; 2KGT A; 4J9G A; 2EGE A; 4J9F A; 1AOJ A; 1AWJ A; 2J06 A; 1IO6 A; 4F14 A; 2DL5 A; 3VS2 A; 2JMA A; 1CSK A; 5IHN A; 2KRO A; 2RNA A; 1RLP C; 2LX7 A; 2EW3 A; 1SEM A; 1X43 A; 2L3S A; 3VS6 A; 2RQV A; 4OMP A; 2F2V A; 2KYB A; 1UUE A; 4E6R A; 4J9B A; 2KNB B; 1JO8 A; 2ROT A; 2CSI A; 2RF0 A; 2VKN A; 3VS5 A; 2CH4 A; 2ED0 A; 3I9Q A; 1I07 A; 3SHW A; 4J9I A; 4ZNX A; 2KBT A; 1PWT A; 2A36 A; 1UDL A; 3M0S A; 2PNI A; 2F2X A; 1GFC A; 4A63 B; 3C0C A; 1RUW A; 3NGP A; 2LP5 A; 1T3L A; 2E5K A; 1J3T A; 1RI9 A; 2DL4 A; 1SSH A; 4F17 A; 2CSQ A; 1KJW A; 4Z88 A; 4AFU C; 2C0I A; 4J9C A; 2GTO A; 2RQT A; 2D1X A; 2ED1 A; 2O9V A; 4RTX A; 1K4U S; 2BZX A; 2KYM A; 3KFV A; 3EG2 A; 1PNJ A; 2EGA A; 1K0S A; 1M3C A; 2H8H A; 2OAW A; 4AFQ C; 1UE9 A; 1VYV A; 2HEQ A; 1WLP B; 1PKS A; 2XMF A; 5IHK A; 2JS2 A; 1ZUU A; 2HDA A; 3UAT A; 1JU5 C; 2EQI A; 3A98 A; 1VA7 A; 3U23 A; 4ORZ A; 2YSQ A; 3EHQ A; 2CH4 W; 1ARK A; 2CDT A; 2BTT A; 2LJ1 A; 2ENM A; 1T0J A; 4DEX A; 5IHI A; 3M0P A; 3M0R A; 2KXD A; 2EGC A; 1VYT A; 1U06 A; 2C0T A; 1WYX A; 1ZBJ A; 2A28 A; 1LCK A; 1U3O A; 1WI7 A; 1X6G A; 1WDX A; 2RQR A; 3RNJ A; 2KXC A; 3H0F A; 2DIL A; 3M0T A; 1M27 C; 2DBM A; 1KSW A; 1WFW A; 1H3H A; 2AKL A; 1JXM A; 1AWO A; 2X3W D; 1M3A A; 1G2B A; 3NMZ C; 4AG2 C; 2KR3 A; 3UF4 A; 2K6D A; 4F16 A; 5IXF A; 1ABQ A; 2RQU A; 4J9E A; 4R0K A; 3ULR B; 3REA B; 1NEB A; 1JEG A; 2W0Z A; 4JZ3 A; 1B3Q A; 3SEM A; 2VWF A; 1WX6 A; 4WCI A; 2L3P A; 2O31 A; 1M30 A; 2EBP A; 2D8J A; 2J6K A; 2FRW A; 2J6O A; 1QCF A; 2NUZ A; 3I5R A; 3VS0 A; 2DL7 A; 2EKH A; 1YN8 A; 2HBW A; 4LUE A; 4LNP A; 1E6H A; 4AFS C; 1PRM C; 4JJD A; 3I35 A; 5FWB A; 1AVZ C; 4CC2 A; 2YUN A; 2YT6 A; 2KE9 A; 4M4Z A; 3RBB B; 3M0U A; 2M51 A; 3R6N A; 4JJC A; 2FPF A; 4D8K A; 1M8M A; 2EYW A; 1UJY A; 4IIO A; 4J9H A; 2YDL A; 1MV3 A; 1W70 A; 4AG1 C; 4EIK A; 1TG0 A; 2L0A A; 2MCN A; 3PVL A; 1W6X A; 1SRM A; 1Y0M A; 3EG3 A; 4HVV A; 2V1R A; 1KIK A; 1YWP A; 1YNZ A; 1UHC A; 2JM8 A; 2LQN A; 1X2K A; 3TVT A; 1SPK A; 1GFD A; 2YUP A; 3PE0 A; 3EHR A; 1KFZ A; 1SHF A; 3VS1 A; 1VYU A; 4IIM A; 2JT4 A; 2CRE A; 4QT7 A; 1UG1 A; 2K79 A; 1OOT A; 1ABO A; 1SHG A; 2L3Q A; 3LH5 A; 4RUG A; 1B07 A; 4OMQ A; 2KT8 A; 4LN2 A; 3QWY A; 1BK2 A; 2KT1 A; 1FMK A; 1Z9Z A; 1ZSG A; 5GJW B; 3EG1 A; 1A0N B; 4X1V A; 1H8K A; 4CC3 A; 2EPD A; 1AZG B; 3M0Q A; 5FWC A; 2DJQ A; 1E7O A; 1PHT A; 4RTV A; 1GBQ A; 2ECZ A; 1M3B A; 2JXB A; 1T3S A; 1GCQ C; 1CKA A; 1V1C A; 4FSS A; 2DBK A; 4RTW A; 5ECA A; 1GRI A; 1G83 A; 2M0Y A; 2OI3 A; 2JM9 A; 2RQW A; 3IQL A; 4LUD A; 1SRL A; 4AFZ C; 4HXJ A; 1EFN A; 2X3X D; 5I22 A; 1UTI A; 3GBQ A; 5IH2 A; 1NG2 A; 2HCK A; 3VRZ A; 2MOX A; 3VS7 A; 1AWX A; 3H41 A; 1X6B A; 2W10 A; 2I0N A; 4JJB A; 2KRS A; 2DVJ A; 1UJ0 A; 2DL3 A; 1E6G A; 1ZLM A; 2HSP A; 1AD5 A; 1TUC A; 2K9G A; 2P4R A; 5HCK A; 1BU1 A; 3QWX X; 1K0X A; 1HSQ A; 2J05 A; 1OEB A; 1Z9Q A; 1GCP A; 2JS0 A; 2EYY A; 2KRN A; 2DA9 A; 1OV3 A; 2GNC A; 4JPB W; 2BZY A; 1YWO A; 1FYN A; 1NYG A; 3TSW A; 2DNU A; 3UA7 A; 4CC4 B; 3THK A; 3VS4 A; 3JV3 A; 2LMJ A; 1X27 A; 2FEI A; 2MIO A; 2LNH B; 1QWF A; 4HVU A; 1H92 A; 2L2P A; 1S1N A; 2K3B A; 1XOV A; 2JMC A; 3FJ5 A; 2K7A A; 2C0O A; 4LE9 A; 1ZX6 A; 1JQQ A; 1NLP C; 4RTY A; 4HVW A; 2V1Q A; 4RTT A; 1WIE A; 1ZUK A; 2B86 A; 1WA7 A; 2D0N A; 3EG0 A; 1QWE A; 1K9A A; 2LZ6 B; 2NWM A; 2F2W A; 4J9D A; 2G6F X; 3TSZ A; 1I0C A; 1X69 A; 2DRM A; 2JW4 A; 3ZL7 C; 2GGR A; 3PVQ A; 2PZ1 A; 2EYZ A; 2DMO A; 2PTK A; 1K76 A; 2FPD A; 1UFF A; 2LCS A; 1OPK A; 1HJD A; 1AWW A; 3O5Z A; 3EGU A; 1YCS B; 1GL5 A; 2DX1 A; 3VRY A; 3CQT A; 2FPE A; 2DE0 X; 5FW9 A; 2AZV A; 2YUO A; 4OMN A; 4JZ4 A; 1N5Z A; 1NYF A; 2A08 A; 2DM1 A; 2BZ8 A; 5EC7 A; 4RTZ A; 2CT3 A; 2KRM A; 4CC7 A; 2DYB A; 2KEA A; 1GBR A; 2RN8 A; 2SRC A; 2GTJ A; 2SEM A; 2RMO A; 2ABL A; 4GLM A; 1NEG A; 2GQI A; 3VS3 A; 2O9S A; 1W1F A; 5GJV B; 4Z8A A; 2AZS A; 1PKT A; 1UHF A; 2FRY A; 2DL8 A; 4HCK A; 4OML A; 3H0I A; 1UGV A; 1WXT A; 2OJ2 A; 2O88 A; 1NLO C; 5I11 A; 1TUD A; 1I1J A; 1AEY A; 2O2O A; 2EYX A; 2FO0 A; 1BB9 A; 2CT4 A; 2AKK A; 1HD3 A; 2YUQ A; 5IXB A; 1QLY A; 2IIM A; 2K2M A; 4D8D A; 1T0H A; 2D8H A; 3I5S A; 4Y92 A; 1QKW A; 1RLQ C; 1OPL A; 4K11 A; 4RTU A; 1MUZ A; 2ROL A; 1K1Z A; 2DF6 A; 2A37 A; 4GBQ A; 4DEY A; 4Z89 A; 2LJ0 A; 2J6F A; 3NHN A; 2LQW A; 2DLP A; 4OMO A; 1MV0 B; 2CUB A; 3H0H A; 2JTE A; 2QDL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QQR A; 2DVE A; 3UA6 A; 4XAX B; 4C92 F; 3JCM V; 1K73 C; 2ZPB B; 3GF5 A; 1JXO A; 4JUV A; 3HKS A; 4A4K A; 2QGG A; 1WXB A; 5KYW A; 1YJN A; 3CCM T; 2M0O A; 4RG8 A; 1UEC A; 4RCB A; 4DBF A; 1M9S A; 4ESR A; 5LJ5 g; 4J9G A; 1I4K 1; 1AWJ A; 2J06 A; 4C8Q C; 1VQK T; 1VQ7 A; 3VS2 A; 2JMA A; 3EGD B; 1WQ7 A; 5IHN A; 2QEX A; 1KD1 C; 2EW3 A; 2DTI A; 2FL7 A; 1Y07 A; 5AT1 B; 2RQV A; 1R0B G; 2WSC E; 1JJ2 S; 2ZPE B; 1VQO Q; 1NE8 A; 2VKN A; 4BAC A; 2CH4 A; 2ED0 A; 1WZO A; 3EFR A; 3CCU A; 2V8I A; 4J9I A; 1TH7 A; 4E7S A; 2KBT A; 1PWT A; 1M1G A; 4XK8 E; 1BYM A; 1NJI U; 1GFC A; 4A63 B; 1RUW A; 2LVM A; 3NGP A; 1RAG B; 1KC8 U; 4ZGJ B; 4FT2 A; 1VQ6 Q; 4DOW A; 1IGU A; 3HRS A; 4AFU C; 2EWN A; 4YTL A; 7AT1 B; 1MGQ A; 4XU3 A; 3JCM X; 1PNJ A; 1JBM A; 2EGA A; 4DA4 A; 2YLC A; 1M3C A; 3OYM A; 3LGF A; 3HRU A; 5DLO A; 2HEQ A; 1YFN A; 4EMK B; 3SWN A; 2X4Y A; 1Y7X A; 2EQI A; 1MHN A; 3G6E T; 2HD0 A; 4KT0 E; 1R77 A; 2YSQ A; 3PGG A; 2QQB A; 2VUB A; 2FZC B; 5LJ5 h; 1ARK A; 1Q81 C; 1N27 A; 2HZY A; 3RER A; 5KCO A; 1VQP T; 4D6W A; 2XDD A; 3JCM P; 1IB8 A; 1VYT A; 3CC4 T; 3HSB A; 5IAY A; 3MCA B; 2A28 A; 1VQM Q; 2F5T X; 3CCJ A; 1U3O A; 5CKD A; 4PJO D; 4M7A G; 3OYD A; 1WI7 A; 3MHX A; 2X9H A; 1X6G A; 3JCM g; 1Q95 G; 4ATO A; 3CME T; 2DIL A; 4XU0 A; 1R8O B; 2LTO A; 1KSW A; 4M78 D; 2E65 A; 3S3O A; 6AT1 B; 2EQU A; 2BKD N; 4PLL A; 1JXM A; 1YIJ Q; 1M3A A; 3NMZ C; 4NL2 A; 3CCE T; 5IXF A; 4J7F A; 4KH1 B; 1NPP A; 3ULR B; 4WF2 A; 4M75 B; 3M58 A; 2JUF A; 2LCC A; 1W2B P; 1NEB A; 4JZ3 A; 1KK7 A; 2K4Y A; 2O31 A; 4XU1 A; 1M30 A; 2EBP A; 4M75 E; 2FRW A; 2J6O A; 5C0M A; 2VB6 A; 3KUF A; 4BI8 B; 1RAC B; 3G7Z A; 4JJN K; 1YN8 A; 3DLL A; 4LDY A; 1BI0 A; 4LUE A; 1M90 R; 2LRQ A; 1SKU B; 2XIC A; 3I35 A; 3OBW A; 5FWB A; 5KCH A; 2OTL A; 2DXC A; 3G4S Q; 4M4Z A; 3X20 B; 3JSC A; 2EAY A; 4EMG A; 3OMG A; 2EJF A; 4F7U G; 3L2U A; 4B6M A; 1VQ4 T; 3LX7 A; 2YDL A; 2QQA A; 4N4H A; 3OYK A; 2RA2 A; 2DD5 A; 3X28 B; 1SRM A; 5KE2 A; 1LVK A; 1Q86 R; 1WNL A; 4BE1 A; 1VQ5 Q; 4C92 C; 2YWW A; 1WGS A; 2LQN A; 1OX9 A; 1GXI E; 4OGC A; 1YHQ Q; 1SPK A; 1W2B A; 4XTW A; 1SG5 A; 5GAO q; 3JCM h; 4NS5 A; 3T9N A; 4Q5W A; 4NL3 A; 1SHF A; 4IIM A; 2R5A A; 1UG1 A; 1OOT A; 3CCQ A; 4RUG A; 1B07 A; 3SWN B; 5GAO r; 2WAC A; 2QG9 B; 3NTK A; 2PVG B; 1QVG A; 1Z9Z A; 2RJC A; 3JCM J; 1RAF B; 2X4W A; 3L2V A; 1H8K A; 2EPD A; 3I55 A; 1AZG B; 3GNF B; 2DJQ A; 3H8Z A; 3V8K A; 5KYU A; 1T3S A; 1GCQ C; 3CCV A; 2DBK A; 4RTW A; 3S3M A; 5LL6 S; 1YBY A; 2RM4 A; 4CRI A; 5ECA A; 4ZGE B; 2M0Y A; 4E2F B; 4L5G A; 2JM9 A; 4PKC C; 3IQL A; 2K3X A; 4HXJ A; 1XTD A; 2DET A; 3GBQ A; 1XQH A; 4MDX A; 2KI7 A; 3VRZ A; 3CXC P; 2ZCF B; 4BDY A; 2Y4Y A; 4IUV A; 1YJN Q; 3RR6 A; 4BE0 A; 5J3B A; 1UJ0 A; 1Y96 A; 2YLB A; 1E6G A; 2DO3 A; 4LDV A; 3JB9 G; 1QCN A; 1IRX A; 2K9G A; 3M57 A; 3FEO A; 2NUT A; 1K0X A; 1HSQ A; 3I56 A; 1Z9Q A; 2CP6 A; 2JS0 A; 3M53 A; 1OV3 A; 2GNC A; 2KQW A; 1VQ7 Q; 1B34 B; 2QEX Q; 3QHS A; 1FYN A; 3CCL A; 2DNU A; 1YJ9 Q; 4EPC A; 1BI3 A; 4F7U B; 2LMJ A; 1WHG A; 2GFU A; 3CCS T; 3RUX A; 3A8M B; 4F7U E; 5A0L A; 1QMC A; 3G1J A; 4RTY A; 2X4J A; 3CCU Q; 2FB7 A; 1LJO A; 2B86 A; 5GAN d; 2KVQ G; 2G6F X; 2MWO A; 3ZL7 C; 1N8R C; 5KYY A; 1KQ2 A; 4EMK C; 3CXC A; 2DMO A; 1KQ1 A; 2FPD A; 1OPK A; 1HJD A; 2DXU A; 3CD6 A; 5GAM j; 3CCR T; 2OAU A; 1GL5 A; 4M77 G; 2DE0 X; 5FW9 A; 2AZV A; 5KYN A; 2YRC A; 2M9U A; 2YUO A; 4X9D A; 1BI2 A; 2XDP A; 2RHU A; 2V8K A; 4A4E A; 1YI2 A; 3OYN A; 3A8G B; 2CT3 A; 1GBR A; 4LD9 K; 3BE3 A; 2SEM A; 4KGV B; 4M78 A; 2PVD B; 1NEG A; 3VS3 A; 5GJV B; 4BD3 A; 3G71 T; 2R58 A; 4OML A; 3H0I A; 4FYW B; 1VQ8 A; 1UGV A; 2OJ2 A; 3OY9 A; 3LWH A; 2O88 A; 5KYU B; 1AEY A; 2O2O A; 2FO0 A; 1BB9 A; 5A0G A; 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2O9V A; 5CIU A; 4RTX A; 1D0Z A; 1K4U S; 2KYM A; 3GPL A; 3EG2 A; 4M78 E; 4FYX B; 3I55 Q; 1K9M R; 4O6J A; 3OYA A; 4PJO F; 2VYT A; 2DKG A; 1ZSZ A; 1PKS A; 2XMF A; 4E7Z A; 1ZUU A; 3UAT A; 1JU5 C; 2HQE A; 1VQ9 T; 3HHT B; 2MAM A; 5A0D A; 3DB4 A; 1JB0 E; 4M78 F; 5CKE A; 4IUU A; 2YXY A; 5CQX A; 4XTX A; 1NPR A; 1Q7Y U; 1EIF A; 3VUZ A; 1BCM A; 2QDY B; 1D1C A; 3M0P A; 3M0R A; 1U06 A; 2C0T A; 1WYX A; 2LC4 A; 1ZBJ A; 3HL8 A; 5GMK h; 2EQJ A; 2QQS A; 5CR2 A; 1ZBX A; 2ATC B; 2COZ A; 2RQR A; 1FMV A; 2QXF A; 3VUB A; 3H0F A; 1QW1 A; 3O8V A; 3I56 Q; 1M27 C; 2H3J A; 2LCL A; 1WFW A; 2RI5 A; 4L6V 5; 3PMI A; 1MND A; 4GLK A; 3CCL Q; 3UF4 A; 3JCM d; 1WPY A; 2D6F A; 3X26 B; 2PUK B; 2CP2 A; 4VUB A; 1VQN A; 2DIG A; 3HTR A; 2MWP A; 5HY6 A; 4M75 A; 3SEM A; 5GAN e; 3CC2 A; 1WX6 A; 4WCI A; 3J81 E; 4X9C A; 4KUI A; 1BIA A; 3JB9 D; 4M7D G; 4ZN1 A; 1YJ9 A; 2DIQ A; 2VXF A; 1VQO T; 1Q82 U; 3VS0 A; 3I5R A; 2HL3 A; 3OYB A; 4HCB A; 4O5V A; 3SDZ A; 1E6H A; 4AFS C; 2RJF A; 4A53 A; 3GLX A; 1AVZ C; 3EH1 A; 3CD6 Q; 2E3H A; 2YT6 A; 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