The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
75
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structure length |
69
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Chain Sequence |
VSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U5 snRNA
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| total genus |
8
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| structure length |
69
|
| sequence length |
75
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| g | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HNI A; 2YLB A; 3V8J A; 4XQ3 A; 3RES A; 3JCM c; 3JCM W; 2DTH A; 1N9S A; 3V7S A; 4F7U A; 4M7D C; 4M78 A; 5I21 A; 1KQ2 A; 4F7U G; 3JCM e; 4PJO F; 1I5L A; 3QSU A; 4EMK C; 3RER A; 3JCM J; 4M75 E; 4XU3 A; 4C92 E; 3SB2 A; 4A53 A; 4XU2 A; 5GAM d; 3AHU A; 3JCM h; 3VU3 C; 2ZGW A; 4M7D A; 4PJO B; 4Y91 A; 4WF2 A; 2K57 A; 3RKY A; 1YCY A; 4DQ2 A; 1WQW A; 3BDU A; 4M75 C; 5GAM f; 4C92 C; 5GAN 7; 2RB6 A; 2JN0 A; 1N9R A; 1TH7 A; 4J5Y A; 3SWN B; 5GAN g; 3HFN A; 3RKW A; 1I4K 1; 2RD1 A; 5GAN f; 1JRI A; 4XTZ A; 5LJ5 e; 1MGQ A; 1U1T A; 2EJG A; 4M75 A; 4C92 A; 4PJO E; 4M75 G; 5LJ5 h; 3HFO A; 3JCM V; 4C92 G; 4QVC A; 3FB9 A; 2DZ9 A; 5LJ3 d; 3M4G A; 1BIA A; 4M77 D; 4QVD A; 2DVE A; 2FB7 A; 5GAO p; 5GAO q; 5CAI A; 1WQ7 A; 4XU1 A; 3JCM b; 2DTO A; 3JB9 D; 4PJO C; 4M7A D; 5LJ3 f; 3GIB A; 3QO3 A; 4C8Q D; 1D3B B; 3V7C A; 2VC8 A; 4RCC A; 1LOJ A; 1B34 B; 2VXF A; 4EMG A; 4EMK A; 4N0A C; 1M5Q 1; 5GAM g; 3SWN C; 3JCM d; 5GAN 5; 2RA2 A; 4EMH A; 1Y96 B; 2DXT A; 4XU0 A; 5GAM e; 5GMK i; 5GMK l; 4M78 D; 2DKG A; 5DY9 A; 5GAO m; 4PJO A; 2RM4 A; 2DXU A; 1HK9 A; 4J6W A; 2QTX A; 3L2Z A; 4PJO G; 4M77 F; 5GMK e; 4MMK A; 1JBM A; 5GAN e; 4HT8 A; 4XTW A; 5GAM h; 3JCM P; 3QUI A; 4N0A A; 5GAN 4; 3JB9 F; 4M77 C; 5GMK j; 5GMK h; 5LJ5 j; 1WNL A; 5GAN h; 2I2L A; 4OP0 A; 5GAO r; 5GAN j; 4C8Q F; 4JUV A; 4X9C A; 4M7D D; 4M7A F; 4M77 B; 1X01 A; 2EAY A; 3L1A A; 4NOY A; 2VXE A; 1WPY A; 4NL3 A; 4NL2 A; 3EFR A; 3HSB A; 4M7A B; 4F7U F; 3JB9 J; 4M78 F; 5LJ3 g; 1LJO A; 2DJZ A; 4C8Q B; 5GAN 6; 2DEQ A; 4M77 G; 5LJ3 e; 4MML A; 4J6X A; 5GAN 3; 4HT9 A; 1H64 1; 3BY7 A; 2FYK A; 4F7U B; 4JLI A; 4M78 B; 4M77 E; 4X9D A; 4XTU A; 5LJ3 h; 1D3B A; 4C8Q G; 4M7A G; 2E41 A; 4M7D F; 1M8V A; 2E1H A; 3QHS A; 4V2S A; 1B34 A; 3V7R A; 2YLC A; 3RKX A; 3JCM Q; 3INZ A; 2Y90 A; 3JCM g; 5GAM j; 4M7A E; 3JCM f; 3FJP A; 1Y96 A; 4JRI A; 4RCB A; 4C8Q E; 5GAN 2; 4M78 G; 3SWN A; 5GAO n; 4M7D B; 2DZC A; 4HA8 A; 3RUX A; 4EMK B; 2E64 A; 4A54 A; 2E65 A; 1HXD A; 1U1S A; 4XTV A; 2DTI A; 4M78 E; 4M75 F; 4F7U E; 4XTY A; 3RIR A; 2E10 A; 2EJ9 A; 4C92 F; 4C8Q C; 4M7A C; 5LJ5 d; 1KQ1 A; 5GAN d; 4PNO A; 3FIF A; 4M7D G; 4PJO D; 3PGG A; 4M77 A; 2EWN A; 3JCM X; 3JB9 I; 2YHT A; 2CGH A; 1I8F A; 2EJF A; 3EFS A; 3BFM A; 4XTX A; 3V8K A; 3BW1 A; 5GAN 8; 1LNX A; 4M75 B; 4J6Y A; 3V8L A; 5LJ5 g; 5GAO l; 4M78 C; 4C92 B; 3JB9 H; 4M75 D; 5LJ5 f; 4M7D E; 4M7A A; 4JRK A; 4C92 D; 3JB9 G; 1I81 A; 4C8Q A; 5LJ3 j; 1BIB A; 5GMK m; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IGQ A; 1Q81 C; 2EQI A; 4DBQ A; 5CKE A; 4ELZ C; 1KQS S; 8ATC B; 2YUP A; 4BY6 B; 5FRO A; 1YIT A; 3EG3 A; 1ZA2 B; 2RQT A; 4C0D B; 3FJ5 A; 4WF2 A; 3EH2 A; 2EYQ A; 4BDZ A; 5ECA A; 2R5M A; 3O8V A; 2OJ2 A; 4C5H A; 2M9U A; 3CCL A; 2XIC A; 1Q7Y C; 3CD6 A; 1OX9 A; 4ZN1 A; 2D8H A; 1W6X A; 2FZK B; 3HRU A; 3MEU A; 3L2U A; 4HCZ A; 3EG9 A; 1VQ5 A; 3JB9 D; 2X51 A; 2GNC A; 3QYG B; 2XG8 D; 1SG5 A; 2VC8 A; 3TVT A; 8AT1 B; 1HD3 A; 2CP5 A; 2ZCF B; 4QQD A; 2NYS A; 1I0C A; 4C0F A; 3LGL A; 4J9C A; 2QXF A; 5GAN 4; 5CKD A; 1QCF A; 3TEE A; 3CCU A; 4M7A F; 4PJL A; 4C8Q F; 4MZP A; 3G71 A; 1RAI B; 4E7Z A; 2ATC B; 1UHC A; 3SFM A; 2K4Y A; 3I5R A; 2EQJ A; 1QVF S; 1V29 B; 4K11 A; 3JB9 J; 3CME Q; 4ZNX A; 1BI3 A; 2DEQ A; 1XOV A; 2RJF A; 5IAY A; 2HMA A; 4J6X A; 4E7H A; 4BI8 B; 2DD5 A; 2DXB A; 3C4S A; 3ZL7 C; 4MZT A; 4E7L A; 4BE2 A; 2IG0 A; 2EGE A; 2DZC A; 3RUX A; 2L89 A; 4LUE A; 3A8M B; 3MEW A; 2EYW A; 1D1B A; 2DIQ A; 2PTK A; 1KQS A; 2MIO A; 4JRK A; 4C92 D; 4J9G A; 4EMG A; 3X25 B; 1H92 A; 2QA4 Q; 4GLM A; 2JW4 A; 2ZPH B; 4RTT A; 1X6B A; 3SB2 A; 3MEV A; 2YXY A; 4ZGJ B; 1E6G A; 4PFZ A; 2RK2 A; 1RAA B; 2HAX A; 4QW2 A; 2HQH A; 2V8I A; 1YJN A; 2ED0 A; 4NS5 A; 1VQ4 A; 1VYT A; 2ROL A; 1QP3 A; 1SHG A; 2CDT A; 3EH1 A; 1WHH A; 3G6E A; 1OZ2 A; 1B3Q A; 3A5Z B; 1WQ7 A; 4AG2 C; 4XU1 A; 4RTX A; 5KCH A; 3OYK A; 2DXC A; 2X4X A; 2PUO B; 4EMK A; 9ATC B; 1TUC A; 1SSH A; 2A7Y A; 4XU0 A; 1N6A A; 1M90 C; 1X27 A; 1QP2 A; 1W4S A; 2DD4 A; 2EQK A; 5KYY A; 1QVF A; 1G83 A; 4M77 B; 1K9M R; 1UGR B; 4LN2 A; 3SD4 A; 1MMD A; 2KMT A; 2WSC E; 2VAS A; 4L5G A; 2CZ0 B; 5LJ3 g; 1X69 A; 3VS5 A; 1H64 1; 3D7S B; 2FZC B; 2IPO B; 2ZAE A; 1JJ2 P; 2OTL Q; 1UJY A; 2YLC A; 2Y90 A; 5GAN 2; 5GJW B; 2L8D A; 1S1N A; 2YSQ A; 5GAO n; 4JRQ A; 3CCE T; 2DER A; 4F7U E; 1D0Z A; 5C0M A; 3M59 A; 4M77 A; 1FYN A; 2JXB A; 2GBQ A; 4JZ4 A; 3EFS A; 1FWZ A; 3BW1 A; 4M75 B; 1WGS A; 3PE0 A; 3I55 A; 2K2M A; 2MCN A; 3VS0 A; 2K2V A; 5IH2 A; 2HNI A; 2K5I A; 2YLB A; 1OYX A; 3UPU A; 1Q82 C; 2A0F B; 4RTZ A; 4RTV A; 5AT1 B; 3QBY A; 2K6D A; 4B9W A; 1GFC A; 5CO7 A; 1WLP B; 3PFS A; 1QWE A; 3QDR B; 2CS7 A; 1M1K C; 3RKY A; 2RK1 A; 2SEM A; 5GAM f; 2OTL T; 2RQU A; 2P84 A; 3CC7 A; 1ZSZ B; 2OTJ A; 2QGF B; 4M75 A; 4IIM A; 3U23 A; 4MDW A; 1KK7 A; 3M55 A; 3M4G A; 4ORZ A; 3A98 A; 1YIJ A; 5GAO p; 1WHM A; 2DL5 A; 2VGM A; 1ZSG A; 1NYF A; 2EKH A; 4N4G A; 3RBB B; 2D8J A; 4M78 D; 5GAO m; 5FLX E; 1AD5 A; 4M77 F; 2KY9 A; 1LCK A; 1ZSZ A; 4J9F A; 4MDX A; 1NEG A; 3GPL A; 2NUT B; 1GL5 A; 5CKF A; 1VQP T; 2EGC A; 1KHC A; 2BUD A; 2QA4 A; 2YRD A; 2KXC A; 3FEO A; 3I56 Q; 2DX1 A; 2LDM A; 2CKK A; 5LJ3 h; 3CXC P; 4N4H A; 1K73 U; 2RJC A; 3S6W A; 2KEA A; 4JRI A; 1K9M C; 3NMZ C; 1KG1 A; 4II1 A; 3LYI A; 2CRE A; 2MYS A; 1OZ3 A; 3FDR A; 3QDF A; 2E65 A; 2XDB A; 4M75 F; 2CH4 W; 3L2W A; 4EDU A; 4PJO D; 2DL7 A; 3M9Q A; 1QLY A; 1R8O B; 4A4K A; 1YI2 Q; 2P4R A; 4M7D E; 1VIE A; 2RJE A; 2E70 A; 2A28 A; 4E7J A; 4KUI A; 2EQM A; 2FPD A; 2LX9 A; 4F7U G; 4LE9 A; 3QZ9 B; 1MMG A; 4C92 E; 4IUV A; 3CC2 Q; 4FW1 A; 4LDY A; 1UEB A; 3I56 T; 3OYE A; 2O88 A; 5KYU A; 3CCS Q; 2RO0 A; 2L2P A; 1TH7 A; 3QJ6 A; 2HQX A; 1RI9 A; 3VS1 A; 3JCM V; 2E5Q A; 5LJ3 d; 1U5S A; 2FO0 A; 1AOJ A; 3L2V A; 2D1X A; 3OQ5 A; 4WTO B; 5GJV B; 1M4Z A; 3M54 A; 4BAC A; 2ECZ A; 2V1R A; 2V8J A; 4AT1 B; 1VQM Q; 1KD1 R; 2HEQ A; 4FL6 A; 1MNE A; 2FPE A; 1VQ6 A; 3QUI A; 2GFA A; 2DO3 A; 4IIO A; 5FU7 C; 5GMK h; 3OMC A; 1WX6 A; 3CC2 T; 2KYM A; 1KIK A; 5KYW B; 2LT4 A; 2BZY A; 2LQW A; 3R6N A; 2RF0 A; 3P8H A; 3OBY A; 3CCS T; 1QKW A; 4JJN K; 2XK0 A; 1WA7 A; 5L8R E; 1NJI U; 2DEU A; 3KBG A; 4LD9 K; 1AHJ B; 2HL3 A; 2R57 A; 1Q81 U; 5KE2 A; 1RAF B; 2K3B A; 2OAU A; 1G5V A; 1BI2 A; 1NE8 A; 3CMA T; 2LCL A; 2RMO A; 4CI0 C; 1HJD A; 1I1J A; 2EJ9 A; 2HZY A; 4J7I A; 3UA6 A; 3JCM X; 5IXF A; 2RHY A; 4TVR A; 4J6Y A; 5LJ5 g; 2ZPG B; 5CQY A; 1NEB A; 5LJ3 j; 4LNP A; 3P8D A; 2EQU A; 2DPP B; 5KYN A; 3QXE B; 1Q7Y U; 2XD0 A; 2X35 A; 3G4S A; 4FW2 A; 4M4Z A; 3NTH A; 4J9H A; 4EMK C; 2AZV A; 4E47 A; 2CT4 A; 1G3Y A; 3OS0 A; 7AT1 B; 2RHX A; 4DQ2 A; 1X2Q A; 4A63 B; 4BD3 A; 3C94 A; 4J5Y A; 3SWN B; 2E12 A; 2YT6 A; 1G2B A; 4JZ3 A; 4OMP A; 2EJG A; 2D0N A; 1BU1 A; 3JAM E; 4IKF A; 4C92 G; 2JTF A; 4HXJ A; 5GAO q; 2MAM A; 3ULR B; 3NTK A; 4J8O A; 2DVJ A; 4M7A D; 4C8Q D; 1N5Z A; 3V7C A; 1M3A A; 1PD0 A; 4OF1 A; 3CCM Q; 1B34 B; 1PSF A; 1IHW A; 5GAM g; 3T9N A; 2DBM A; 2RM4 A; 4MMK A; 3CCL T; 4N0A A; 4M77 C; 3DB3 A; 3M57 A; 1N8R U; 2L5Q A; 1X01 A; 2VXE A; 1WPY A; 2GQV A; 3URG A; 1MV0 B; 3CCV T; 2ZPF B; 1KD1 C; 5FWC A; 4PKC C; 3CCR Q; 1W2B P; 3OYJ A; 3IQL A; 4XTU A; 3X20 B; 1BKB A; 4L59 A; 5KYX B; 5DM7 R; 1B34 A; 3VYH B; 3I5S A; 2DL3 A; 1IO6 A; 3TSW A; 3CCM T; 1MHN A; 1QVP A; 1VQN A; 1SF9 A; 2E4H A; 4DBF A; 2K79 A; 4FIB A; 5C6S A; 1AWX A; 1DJ7 B; 2OX7 A; 2HQE A; 3CXC S; 5FRM A; 1U3O A; 5CCA A; 1YNZ A; 2VUB A; 1X43 A; 2KNB B; 1M2V B; 2JM8 A; 2FL7 A; 1G3T A; 2LT1 A; 1N9S A; 4E7S A; 1PRM C; 5KYX A; 3AHU A; 2H3J A; 5D6Y A; 1SRL A; 1VA7 A; 1C1A A; 4QT7 A; 3H41 A; 1RLP C; 3OBW A; 2D0Q B; 4HKE A; 5HCK A; 1LVK A; 2EYZ A; 1ZA1 B; 4X34 A; 2DMO A; 3GBQ A; 1YJW Q; 4QVC A; 2ZPE B; 3GNF B; 1FX7 A; 1SSF A; 1VQ9 T; 4AMC A; 1M2V A; 2DVE A; 2FB7 A; 1EIF A; 1VUB A; 1JO8 A; 4LDU A; 3GIB A; 1JXO A; 3VS4 A; 1OPK A; 2L3Q A; 4ZGD B; 1Y96 B; 1ZBJ A; 3J80 E; 2DKG A; 5FWB A; 5GAM h; 1Y71 A; 3GLX A; 1VQ4 T; 1RI0 A; 1M90 R; 3G6E T; 4OB2 B; 4NOY A; 4NL3 A; 3KFV A; 3RMQ A; 4ELY C; 5LJ3 e; 1AZG B; 2XDP A; 4X1V A; 2M1H A; 3OS2 A; 3FC3 A; 3BY7 A; 2MWO A; 2JUF A; 5FU6 C; 2DBK A; 4F7U B; 1YJW T; 2XDD A; 4KUD K; 2EVR A; 3INZ A; 3JCM g; 2HBP A; 1Y96 A; 1QCO A; 4M78 G; 2PU9 B; 2WSE E; 1VQL T; 5KCO A; 1M8M A; 3CXC A; 2QAS A; 2E10 A; 4PNO A; 4QKU A; 2EWN A; 2LJ1 A; 2XU8 A; 1WI7 A; 2RPN A; 3CCQ A; 5GAO l; 1YJ9 A; 1Z9Q A; 2DFU A; 4M78 C; 2QEX A; 4XQ3 A; 1VQK Q; 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3VJP A; 2VVK A; 1W2B S; 1SHF A; 4FYV B; 4C92 B; 5LJ5 f; 1OEB A; 4FU6 A; 4PLL A; 2YRC A; 2HD0 A; 2MWP A; 3MCA B; 5J26 A; 1AWO A; 2KRM A; 1K0S A; 1D1C A; 3JCM c; 2DTH A; 1IRX A; 4MZM A; 4N4I A; 3QSU A; 2XID A; 4DBH A; 2ZGW A; 2KRN A; 2QDY B; 3OYM A; 4M7D A; 2DRM A; 1NLP C; 1PCX A; 2QTV A; 3BDU A; 2JMC A; 1VQ7 Q; 1UGV A; 1X6G A; 1XQH A; 4XTZ A; 1MGQ A; 4BB7 A; 2F2X A; 1BCO A; 4C92 A; 3EHR A; 2X4Y A; 3M0P A; 1ZUU A; 3REA B; 1OUL A; 3EG2 A; 2DTO A; 4RTW A; 2M51 A; 3LX7 A; 3CCJ Q; 2EFI A; 1ARK A; 3JCM d; 1VQP Q; 5GAN 5; 1WJR A; 1KC8 C; 1W70 A; 2DXU A; 2CH4 A; 4JLG A; 4QQG A; 1UGS B; 2YRV A; 1EX4 A; 3CME A; 2KT1 A; 1I07 A; 2KE9 A; 4D6W A; 3HHT B; 5A0L A; 2M16 A; 2LP5 A; 2EAY A; 2O9S A; 4NL2 A; 3M0R A; 1VQ7 T; 3G1J A; 2XKO C; 1LJO A; 1M3B A; 4EIK A; 2LQK A; 1WJS A; 5IHK A; 1GXI E; 1K9A A; 4ATO A; 2L3S A; 4M7A G; 4C8Q G; 4M7D F; 2E1H A; 4HVW A; 3JCM Q; 4HCC A; 3FJP A; 4IUQ A; 3CCJ T; 4RKU E; 3OW2 P; 1W2B A; 3UT1 A; 2E64 A; 4LDV A; 5DLO A; 4M7A C; 4C92 F; 4C8Q C; 3UWN A; 5GAN d; 4CC3 A; 3X28 B; 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