The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
77
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structure length |
77
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Chain Sequence |
TPLDLLKLNLDERVYIKLRGARTLVGTLQAFDSHCNIVLSDAVETIYQLNNEELSESERRCEMVFIRGDTVTLISTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U4 snRNA
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| total genus |
10
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| structure length |
77
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| sequence length |
77
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| 3 | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KQ1 A; 2VC8 A; 1WQW A; 1B34 B; 2VXF A; 5GAN 7; 4J6W A; 5GAN 8; 5GAN 6; 4MML A; 4N0A C; 3V8J A; 3V7R A; 4EMH A; 5GAN 5; 4M7D F; 2EAY A; 1B34 A; 4M7D G; 3JCM X; 4RCB A; 3JCM J; 4C8Q F; 2EJF A; 2DJZ A; 2VXE A; 2QTX A; 4C8Q G; 5GMK j; 4EMG A; 3VU3 C; 5LJ5 f; 4M7A G; 5GMK h; 2YHT A; 1LJO A; 4J6Y A; 1HXD A; 4F7U E; 3JCM e; 4A53 A; 3L2Z A; 3SWN B; 5GMK i; 5LJ5 d; 2E65 A; 3JCM d; 4M77 G; 4M78 D; 2HNI A; 4M7A D; 1D3B B; 4XU0 A; 2E10 A; 4XTX A; 4PJO G; 3INZ A; 1U1S A; 3SWN A; 2DZC A; 4J6X A; 4M78 E; 4QVC A; 4Y91 A; 5GAN 3; 4M7A E; 4V2S A; 4M77 D; 3QUI A; 1D3B A; 4RCC A; 1X01 A; 1WNL A; 2RM4 A; 4PJO D; 5LJ3 h; 3JB9 H; 4M77 E; 4M75 E; 5GMK m; 4PJO E; 5LJ5 g; 4X9C A; 1LOJ A; 1WPY A; 3FJP A; 3SWN C; 3JCM g; 1JRI A; 3BY7 A; 4F7U F; 4M7D B; 4F7U G; 1LNX A; 4XU3 A; 3JCM P; 4C92 G; 2E41 A; 4NOY A; 4C8Q B; 4JRK A; 5GAO r; 3M4G A; 5GAM f; 5GAN f; 3GIB A; 2DXT A; 4M7D A; 2FB7 A; 4M78 F; 4M7A F; 3RER A; 3V7C A; 4C92 D; 4C8Q A; 2RD1 A; 4M78 G; 5GAM d; 4DQ2 A; 4JLI A; 2I2L A; 5LJ5 j; 5LJ5 e; 3JCM V; 3HSB A; 1N9S A; 4M77 F; 4C92 E; 5CAI A; 1H64 1; 4M75 F; 4PJO F; 1BIB A; 2Y90 A; 2EJ9 A; 4M75 G; 3JCM h; 4JRI A; 4M7D C; 1MGQ A; 2CGH A; 5DY9 A; 4A54 A; 5GAO m; 4C8Q C; 4XTZ A; 2DTI A; 2YLC A; 2DTH A; 3JB9 G; 1M8V A; 3AHU A; 4M75 D; 2E1H A; 3FIF A; 4M7A C; 1BIA A; 4HA8 A; 5GAM g; 2DTO A; 4HT9 A; 3JB9 D; 3FB9 A; 4M77 C; 4F7U B; 4XQ3 A; 4WF2 A; 4PJO C; 4C92 F; 3BFM A; 2DEQ A; 5GAO q; 3QO3 A; 5GAN 4; 4HT8 A; 4F7U A; 3V8L A; 3JCM c; 1N9R A; 4C92 A; 4M78 B; 3JCM Q; 4M7A B; 5GAM e; 4QVD A; 5GAM j; 5GAN e; 5GAN 2; 5GAN j; 1I5L A; 1M5Q 1; 1Y96 B; 1TH7 A; 5GAN d; 3QHS A; 5GAO n; 4M78 A; 4M77 B; 5LJ3 f; 3HFN A; 3JCM b; 4M7A A; 4M75 B; 1U1T A; 4PJO B; 1Y96 A; 2DVE A; 2FYK A; 4C92 C; 5LJ5 h; 5GAO p; 5LJ3 d; 4M77 A; 3JB9 F; 4M75 A; 4OP0 A; 4PJO A; 4MMK A; 3RKX A; 1I4K 1; 4JUV A; 2DXU A; 1I8F A; 4M78 C; 3RIR A; 4EMK B; 5GAN g; 4XTY A; 1KQ2 A; 3JCM W; 1HK9 A; 2DZ9 A; 4NL2 A; 4X9D A; 4M75 C; 4C92 B; 3V7S A; 4EMK A; 4XTW A; 5GMK e; 3JB9 I; 5LJ3 g; 3BW1 A; 2RA2 A; 3EFS A; 4XTV A; 2JN0 A; 1YCY A; 2ZGW A; 3BDU A; 3EFR A; 4M7D D; 1WQ7 A; 3JCM f; 3JB9 J; 3RUX A; 3SB2 A; 2EJG A; 4C8Q D; 5GAO l; 3HFO A; 3PGG A; 4M7D E; 3QSU A; 3L1A A; 4XU2 A; 2DKG A; 4EMK C; 5I21 A; 5GAM h; 4C8Q E; 5GAN h; 4NL3 A; 2EWN A; 2E64 A; 4XU1 A; 2K57 A; 3RKY A; 2YLB A; 4XTU A; 5LJ3 e; 4N0A A; 5GMK l; 5LJ3 j; 3RKW A; 1JBM A; 4PNO A; 4J5Y A; 3RES A; 1I81 A; 2RB6 A; 3V8K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DD4 A; 3JRZ A; 2VC8 A; 1Y07 A; 1WQW A; 2NUP A; 3S3O A; 2BZX A; 2D8H A; 4QT7 A; 3LLR A; 1BBZ A; 2JTF A; 1W70 A; 1J3T A; 4IKF A; 4A4H A; 2ZPE B; 3H0F A; 1UUE A; 1QVG S; 1SKU B; 3L2Z A; 1NEG A; 1WZO A; 1YIT Q; 3NFC A; 2A7Y A; 2LQK A; 1Q81 R; 2O9V A; 3UAT A; 1D0Z A; 2R5A A; 4TVR A; 3TU4 K; 1RUW A; 1JRI A; 2G3R A; 1LNX A; 1E6G A; 2F1L A; 2O01 E; 5J26 A; 2FB7 A; 2QQA A; 4LDX A; 3CME T; 3OYK A; 2K5L A; 3I55 T; 1FXX A; 2KRS A; 1QVG A; 1VQ4 A; 4LNP A; 3OSV A; 4C8Q C; 4F16 A; 2DA9 A; 2EVR A; 2LZ6 B; 2OTL Q; 1OX9 A; 2LP5 A; 2EPD A; 3THK A; 2AKL A; 4UC4 A; 4M77 C; 2QDL A; 2YDL A; 3QO3 A; 1ARK A; 3JCM c; 1KIK A; 2K3B A; 1YHQ A; 4J9G A; 1G3W A; 2QDY B; 1Y96 A; 3M0S A; 2K7A A; 1W2B P; 1KG1 A; 2DXU A; 1I8F A; 1M4Z A; 4RG8 A; 5L23 A; 2EYW A; 2O88 A; 1I07 A; 2DMO A; 4EMK A; 1R0C B; 1UEC A; 2KRO A; 1O75 A; 2O31 A; 4XTV A; 2QQR A; 1QVF S; 2P0P A; 1GXI E; 3OYA A; 3I56 T; 3CCR Q; 1Q95 G; 3CCU Q; 1YJW Q; 1VOM A; 3M5A A; 4N0A A; 1UJY A; 1UJ0 A; 2M0O A; 1U8R A; 1BB9 A; 1XJW B; 2FG0 A; 1K73 U; 3V8J A; 5GAN 5; 3CD6 Q; 2B86 A; 3JCM J; 2DF6 A; 1ZQ1 A; 3OYJ A; 1FWZ A; 3GPL A; 2VGN A; 5LJ5 f; 2SRC A; 1PD0 A; 4E7K A; 2NLU A; 2JTE A; 4OMF B; 2COZ A; 2EKO A; 5IXF A; 1QVF A; 4A63 B; 3ER0 A; 5GAN 3; 2Y4X A; 3R6N A; 4RCC A; 3QWX X; 2BTT A; 2RQU A; 2CP2 A; 5KYN A; 3JCM g; 1C1A A; 3BY7 A; 2KGT A; 1BK2 A; 4IUT A; 4ZTJ A; 1V1C A; 4C8Q B; 4AFU C; 4C92 D; 1AWX A; 3R6O A; 4AG2 C; 4DA4 A; 3E19 A; 2I2L A; 1QKW A; 1YWP A; 1JQQ A; 3GLX A; 1UTI A; 2IVW A; 2DTH A; 1GRI A; 5D6X A; 2XDP A; 1VA7 A; 4J8O A; 3DB4 A; 1YIT A; 3A8M B; 2LJ1 A; 2JMA A; 1V29 B; 2CSI A; 4RTY A; 2MK5 A; 5IHN A; 1YCS B; 3L2R A; 2CH4 W; 4Z89 A; 3OS2 A; 1C6V X; 1UB4 A; 2CT4 A; 2X51 A; 4OP0 A; 2DD5 A; 3S6W A; 1CKB A; 3TCJ A; 2RQR A; 3L42 A; 4X34 A; 1N8R U; 1WHH A; 3OYF A; 3MP8 A; 1BCO A; 3QBY A; 3BDU A; 3JCM f; 3JB9 J; 2OTL A; 4OMN A; 3HFO A; 4AFQ C; 2YUN A; 3VRY A; 3OYC A; 6AT1 B; 1OX8 A; 4OF1 A; 2KI7 A; 4M4Z A; 2RJE A; 2KE9 A; 1B34 B; 2MAM A; 2VXF A; 4J9D A; 2RK2 A; 5I11 A; 4AFS C; 1X43 A; 3V7R A; 4M7D F; 2GNC A; 2EAY A; 3G1J A; 1PNJ A; 4DEX A; 5IAY A; 3VUZ A; 4HCZ A; 4EMG A; 2X4X A; 3M0Q A; 1Y7X A; 5HK0 A; 4ZGE B; 1RAC B; 2K2V A; 4M78 D; 3REA B; 4M7A D; 2J7I A; 2SEM A; 4FW1 A; 1N27 A; 4FM4 B; 3MP1 A; 3H8Z A; 3CCR A; 3CCU A; 1YJW A; 3QXE B; 1TUC A; 1QWF A; 1JJ2 P; 4DEY A; 2EQM A; 2X9H A; 5GAM f; 5IH2 A; 1M30 A; 4JRQ A; 1SSF A; 2EYQ A; 3CD6 A; 3CCL Q; 2EYY A; 2A36 A; 2F2W A; 4Z8A A; 2D8J A; 2X3X D; 1VQL T; 1R8O B; 2GQI A; 2KAF A; 2MI6 A; 3E1S A; 4RTW A; 2LDM A; 2DLP A; 2RJD A; 3M57 A; 4OVA A; 4LDU A; 4M77 A; 2DXC A; 4N4H A; 4C0D B; 4C0G A; 3EHQ A; 1WYX A; 3VYH B; 1GCQ C; 3MCA B; 2K3Y A; 3OMG A; 3VS0 A; 3EG0 A; 2YWW A; 1K9M R; 1XOV A; 2AKK A; 4BI8 B; 3EFR A; 1AWJ A; 1WQ7 A; 3M0T A; 1LCK A; 3LGL A; 4M7D E; 4QQ6 A; 3WXM B; 3NMZ C; 2CRE A; 2ED1 A; 3HTR A; 3MJX A; 1SF9 A; 4JJC A; 4J9I A; 1K4U S; 2NYS A; 3CEY A; 3CMA T; 3J80 E; 2EJF A; 2VXE A; 1M2V B; 2OTJ T; 3QZ5 B; 3A8H B; 3G6E A; 2LQW A; 4D6W A; 5LJ5 d; 1KHC A; 2K5F A; 4J6X A; 4D8D A; 3TSZ A; 4ME7 A; 1WNL A; 4GLM A; 1PSF A; 1BI0 A; 3VKI A; 2XID A; 2J6F A; 4IUP A; 2JVV A; 2PUK B; 2E5K A; 1OZ3 A; 4PJO F; 2LJ0 A; 1KJW A; 2QAZ A; 1MUZ A; 2V8I A; 3BE3 A; 3RBB B; 2FRW A; 2CSQ A; 2KEA A; 3OYY A; 5L8R E; 1VQ5 A; 3CCM A; 4ELY C; 2CZ1 B; 2FZG B; 2ROL A; 1GCP A; 4JJD A; 2ABL A; 4E7S A; 1YFN A; 3M53 A; 3URG A; 3CC7 T; 1G5V A; 5GAN d; 2JJ9 A; 5GAO n; 2NUT B; 1Q7Y U; 1RAI B; 2BZ8 A; 2BE7 D; 1D1C A; 2QEX Q; 4MMK A; 1Z9Z A; 4JUV A; 4O6J A; 2EQU A; 3CCL A; 2E3I A; 1KQ2 A; 1K73 C; 3VS1 A; 5KYY B; 1P92 A; 3LGF A; 4HCB A; 3ZBD A; 1I5O B; 2R57 A; 3N5B B; 3BW1 A; 2JS0 A; 2KMT A; 2MWP A; 1MMD A; 2EJG A; 2DBK A; 4C8Q D; 4EDU A; 1WHL A; 5KYU B; 4EMK C; 2EWN A; 3MEU A; 2RHI A; 2NUP B; 5I22 A; 1N6A A; 4FYY B; 1KQS P; 1M1G A; 3VS4 A; 4BDY A; 1A0N B; 3MET A; 3ASK A; 1GFD A; 1T0H A; 5GAN 8; 2RNA A; 4Y92 A; 1LVK A; 4N0A C; 4JPB W; 1WHJ A; 2DJZ A; 3RMS A; 1ZUU A; 1RAF B; 4ZGJ B; 5GMK h; 4KT0 E; 4ZTF A; 2R5M A; 5IHK A; 1OYX A; 4HCK A; 3KFV A; 2MOX A; 2MYS A; 2M02 A; 1W4S A; 3I5S A; 3CCE Q; 4KH0 B; 1AWW A; 1CKA A; 1LPL A; 4RMO A; 1MV0 B; 2KQW A; 3PTA A; 1BI3 A; 4PJO E; 1WJS A; 3VJP A; 2DER A; 2RHY A; 4F7U G; 1WJQ A; 4XU3 A; 1K8A U; 3M4G A; 4FIB A; 2G6F X; 4C5G A; 4M78 G; 5GAM d; 1SG5 A; 4DQ2 A; 3CCS Q; 2RI2 A; 2LCC A; 2HQE A; 4M75 G; 1D0Y A; 1FMV A; 3GF5 A; 5DY9 A; 3JB9 G; 3CCJ T; 2PNI A; 2HL5 C; 4E7H A; 2YRD A; 2K2M A; 1RAE B; 2RQW A; 1N8R C; 1EX4 A; 3CPW P; 1KHI A; 1Y96 B; 1M3C A; 3OQ5 A; 2ZPB B; 4Y28 E; 1VQK Q; 1M1F A; 3JCM b; 3LH5 A; 2XD0 A; 2LQ8 A; 2AK5 A; 2DXB A; 3LW5 E; 1AVZ C; 1NLP C; 4OB2 B; 3RIR A; 2YUQ A; 4EMK B; 1HK9 A; 1G3T A; 2E4H A; 1QP2 A; 5FRM A; 2K79 A; 3C0C A; 4KBM B; 3E9G A; 2CZ0 B; 5CQY A; 1YIJ T; 5KYX A; 4XU2 A; 1VQ7 T; 4J9E A; 3HKS A; 4AG1 C; 4XU1 A; 5I2S A; 2M0Y A; 2KY9 A; 1WGS A; 2A08 A; 1VQ9 A; 1ABQ A; 2M1H A; 4PFO A; 2AZS A; 3VYG A; 4RKU E; 4MML A; 2L3S A; 1NM7 A; 3UF4 A; 1IRE B; 4CC2 A; 2QEX A; 3T9N A; 1VQM Q; 1K1Z A; 2D9T A; 4C5I A; 1HXD A; 2KSS A; 1NYG A; 3E9F A; 2IIM A; 2JM9 A; 1RAH B; 3M9Q A; 4BAC A; 1TWB A; 3RNJ A; 1K76 A; 4Q5W A; 2DAQ A; 1M90 R; 1OQK A; 1H3H A; 1VQN Q; 2LT4 A; 5FW9 A; 5GMK m; 1WFW A; 2P4T A; 2EQJ A; 1XTD A; 5FLX E; 3I9Q A; 2NUZ A; 2BKD N; 2RO0 A; 2DK3 A; 3CBP A; 1S72 Q; 2RHZ A; 2D0Q B; 4Z88 A; 1MMN A; 1VQ4 T; 2NWM A; 2ZPH B; 3OYG A; 2DIL A; 4JRP A; 3UA7 A; 3OYE A; 1G83 A; 2A3L A; 1ZSZ A; 1YJ9 Q; 2QA4 Q; 1UFF A; 5IN1 A; 2YLC A; 1UGQ B; 1X2Q A; 3FIF A; 3QYH B; 1BIA A; 1MND A; 2DM1 A; 1E7O A; 3CC4 T; 1YHQ T; 1UGP B; 2GFU A; 4PJO C; 5GAN 4; 2BUD A; 3CCE A; 4C92 A; 4RUG A; 5HCK A; 3LX7 A; 1M1K R; 2HMA A; 1X69 A; 2QI2 A; 3A8O B; 2L89 A; 2JZ2 A; 3MEV A; 3O8V A; 2BZY A; 3WVD B; 3CCS A; 2CP3 A; 4DOW A; 2LVM A; 2LCL A; 4XTY A; 1X27 A; 2DZ9 A; 4NL2 A; 1WXB A; 1ZBJ A; 1NG2 A; 2EW3 A; 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2OTL T; 4J83 A; 1YJ9 A; 4JJB A; 2QA4 A; 4XTW A; 5GMK e; 1RI9 A; 4ELZ C; 1Q82 R; 1U06 A; 5J3B A; 2QGG A; 4LN2 A; 4JLG A; 3MO8 A; 5GAN h; 3OB9 A; 5IXB A; 1BI2 A; 5LJ3 j; 5HY6 A; 4MDW A; 1WI7 A; 2ED0 A; 2CZ6 B; 1IRX A; 2KXD A; 3BDL A; 3G4S Q; 4GY5 A; 2HBW A; 1QMC A; 3TVT A; 1K8A C; 1K0X A; 1YJN Q; 3UPU A; 2YHT A; 3CCQ Q; 4MZP A; 4A53 A; 4OB3 B; 4ANJ A; 2DEU A; 1MV3 A; 3CCR T; 3CCU T; 2X3W D; 1YJW T; 2XU8 A; 1JJ2 A; 5DLQ E; 2COW A; 2OAW A; 1EIF A; 2MMP A; 4F7U F; 1T0J A; 3FJP A; 2ECZ A; 5CKH A; 1VQ8 Q; 4MZT A; 1PCX A; 2CDT A; 3CD6 T; 2HL3 A; 2QTV A; 4M78 F; 4M7A F; 1PRL C; 1VQ6 A; 4B9X A; 1IB8 A; 4C92 E; 4M75 F; 4D8K A; 1QQJ A; 3FEO A; 2EJ9 A; 4JRI A; 2OJ2 A; 3NHN A; 1SRM A; 1VQO Q; 2KDS A; 1OEB A; 4M75 D; 2DIG A; 3OBY A; 5A0G A; 2WAC A; 3JB9 D; 3QWY A; 4DBR A; 2J6K A; 2ZPI B; 3VUB A; 3G71 Q; 2YUP A; 5IHI A; 2CUD A; 3ZEH A; 3OS1 A; 5GAN j; 4LDW A; 1M5Q 1; 5KYW A; 2DBM A; 4A4E A; 4PFZ A; 2EFI A; 1YN8 A; 4PJO A; 4OGE A; 4LE9 A; 1FMK A; 1NBE B; 1I1J A; 2KVQ G; 2IPO B; 3UA6 A; 5KH6 A; 2EKH A; 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