The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
90
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structure length |
74
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Chain Sequence |
MLPLYLLTNAKGQQMQIELKNGEIIQGILTNVDNWMNLTLSNVTEYSVKLNEIYIRGTFIKFIKLQDNIIDKVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U4 snRNA
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| total genus |
10
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| structure length |
74
|
| sequence length |
90
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| 4 | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HK9 A; 4XTU A; 1Y96 B; 4DQ2 A; 4HT8 A; 3JB9 J; 1LNX A; 5LJ3 h; 5GAN g; 4JLI A; 3AHU A; 2ZGW A; 3GIB A; 2YLC A; 4M7A B; 5GAN 5; 5GAO n; 3JB9 D; 4PJO C; 1D3B B; 4C92 B; 2YHT A; 4M75 F; 4M7D C; 2RD1 A; 2DTI A; 3JCM X; 1N9R A; 4NL2 A; 3RER A; 1B34 B; 3L2Z A; 4N0A C; 5GMK h; 4X9D A; 5LJ5 f; 3V8L A; 4F7U B; 4M78 F; 1LOJ A; 4EMK A; 2DZC A; 2E1H A; 2HNI A; 4M75 A; 3RKW A; 2E41 A; 1JBM A; 2EJF A; 2EJG A; 2EAY A; 4M75 D; 3RKX A; 1KQ2 A; 1U1S A; 5LJ5 e; 2K57 A; 1N9S A; 5LJ3 f; 5GAN h; 1I8F A; 4M78 A; 3V8J A; 2RB6 A; 5DY9 A; 5CAI A; 5GAM h; 3PGG A; 5GAN 7; 3JCM W; 4C8Q A; 2DTH A; 4WF2 A; 5GMK i; 1TH7 A; 3JB9 F; 4C8Q D; 3QHS A; 3SWN C; 4PNO A; 2DXU A; 1LJO A; 4Y91 A; 4C8Q E; 4EMK B; 4M75 B; 5LJ3 e; 1WPY A; 2FYK A; 2E64 A; 3QSU A; 3BY7 A; 4PJO G; 4M77 G; 1X01 A; 4XU1 A; 3QUI A; 1I5L A; 3VU3 C; 5GAM g; 4XQ3 A; 2VXF A; 3JCM Q; 4M7D G; 4XU3 A; 5GAO q; 4M77 C; 4M78 B; 1M8V A; 3EFS A; 3RIR A; 3SB2 A; 4XU0 A; 3V7C A; 4XTV A; 4C8Q B; 2DZ9 A; 1I4K 1; 4C92 G; 5GMK e; 2EJ9 A; 5LJ5 d; 3JCM d; 5GAN f; 4XU2 A; 5GAM f; 4M7A C; 4PJO D; 4J5Y A; 4C92 C; 3RKY A; 4HT9 A; 3INZ A; 4PJO E; 4M77 E; 5LJ5 j; 3FIF A; 2I2L A; 4F7U G; 4C8Q F; 4QVD A; 4M7D E; 2E65 A; 5GAN e; 3JB9 I; 5LJ3 d; 5GAM e; 3V8K A; 2RM4 A; 3V7S A; 4EMG A; 5GMK l; 4MMK A; 1M5Q 1; 2DKG A; 3QO3 A; 4JRK A; 5LJ3 j; 3JCM g; 1I81 A; 2FB7 A; 5GAN 3; 2DTO A; 5GAO p; 2DJZ A; 3SWN A; 3V7R A; 5GAN 8; 4PJO F; 4M77 F; 4QVC A; 1KQ1 A; 3BDU A; 4JUV A; 4M7D F; 5GAO l; 4NL3 A; 2DVE A; 3HFN A; 3BFM A; 4M7A G; 2QTX A; 3BW1 A; 3RUX A; 3HSB A; 4MML A; 4PJO A; 5GAN d; 4M77 A; 3FB9 A; 4M77 D; 4NOY A; 2DXT A; 4M78 C; 3JCM V; 3JCM c; 4M7D A; 4M7D D; 5GAN j; 2RA2 A; 4N0A A; 4M7A A; 1HXD A; 3JCM h; 3M4G A; 4C92 A; 4M7A D; 4XTY A; 4V2S A; 4C92 D; 3EFR A; 5GAN 6; 4M7A E; 2CGH A; 2Y90 A; 4C92 E; 1YCY A; 1H64 1; 1JRI A; 5I21 A; 1WQW A; 3RES A; 2YLB A; 4XTW A; 2JN0 A; 4F7U A; 3JCM J; 4A54 A; 4M77 B; 4PJO B; 4J6Y A; 3JCM b; 2DEQ A; 5GAN 4; 4M7D B; 5LJ5 g; 4F7U E; 4J6X A; 2VC8 A; 4JRI A; 5GMK m; 3FJP A; 4EMH A; 4M75 G; 2EWN A; 5GMK j; 1BIB A; 3JCM f; 3L1A A; 1BIA A; 1WNL A; 4EMK C; 4HA8 A; 4M75 C; 4M7A F; 5LJ3 g; 1WQ7 A; 4C92 F; 4M78 G; 4XTZ A; 5GAO r; 1U1T A; 4RCC A; 1Y96 A; 5GAM d; 4C8Q G; 4XTX A; 3HFO A; 3JCM e; 5GAO m; 2VXE A; 4M75 E; 4X9C A; 4C8Q C; 3SWN B; 4OP0 A; 5GAM j; 4F7U F; 1D3B A; 5LJ5 h; 3JB9 H; 4RCB A; 4M78 D; 4A53 A; 1B34 A; 1MGQ A; 4M78 E; 4J6W A; 3JB9 G; 2E10 A; 3JCM P; 5GAN 2; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AHU A; 1SRM A; 1X43 A; 2RJF A; 1M1K U; 3UA6 A; 1T3L A; 2EQK A; 5HY6 A; 2JJ9 A; 2LX7 A; 2E1H A; 2XHC A; 3QPH A; 2D6F A; 2LQN A; 2CZ0 B; 3DB4 A; 1U8R A; 4IUT A; 1RI9 A; 5GMK i; 4C8Q D; 4RG2 A; 4PNO A; 1SHF A; 1RI0 A; 2DRM A; 3I5S A; 1QKW A; 1YBY A; 1UFF A; 1BCM A; 4XQ3 A; 2CP2 A; 4C5I A; 2XKO C; 1HD3 A; 2NYS A; 4QQD A; 5GAN f; 2LCC A; 5IHI A; 3A5Z B; 1B7T A; 1GCQ A; 4PJN A; 3CPW S; 4JRK A; 3H0I A; 4HKE A; 1X75 C; 5KCO A; 2FB7 A; 1RAD B; 3NMZ C; 1LCK A; 4QVC A; 1ZHI A; 3LW5 E; 1AWX A; 4NL3 A; 1SSH A; 2QQ9 A; 1HJD A; 4JJC A; 4X34 A; 3CPW P; 4M7A A; 1SEM A; 1QCF A; 2OJ2 A; 2HMA A; 3S6W A; 1PD0 A; 3CCE T; 3MP8 A; 1YIT T; 2XID A; 2YRD A; 4KRT A; 1G2B A; 3I55 A; 5A0G A; 1Q81 C; 1JXM A; 1M2V B; 1YJ9 T; 5GAM d; 1WJQ A; 1K73 U; 4M75 E; 4KUL A; 3KXT A; 1SSF A; 2EYQ A; 1VQM T; 2LMJ A; 1YJN T; 1FMV A; 4MZT A; 4HT8 A; 2DLP A; 2OTL Q; 2RPN A; 2OAU A; 3DKM A; 4C92 B; 1X69 A; 4P5N A; 2DTI A; 2NUT B; 1YIJ Q; 3EG9 B; 3EGX B; 1UGV A; 3OS0 A; 2DA9 A; 2JT4 A; 1UGP B; 3DLM A; 1JJ2 S; 1QCN A; 2EBP A; 3SEM A; 3CC7 A; 2M0Y A; 5FWC A; 3SWN C; 3M57 A; 2JOY A; 3A1P A; 4EMK B; 4M77 G; 1DJ7 B; 3CD6 T; 5GAM g; 5IT9 E; 4E7H A; 1NEG A; 3A8G B; 2K3X A; 1NE8 A; 4C8Q F; 1MUZ A; 1ZUU A; 4BAC A; 5LJ3 d; 2MWO A; 2RM4 A; 3V7S A; 5GMK l; 3HP9 A; 2EGA A; 3OYB A; 4ZGJ B; 3VRZ A; 2RNA A; 1BB9 A; 2F2X A; 2QEX A; 4OMF B; 4TVR A; 4LN2 A; 1QWE A; 4ANJ A; 3C95 A; 2HZY A; 1GL5 A; 2FL7 A; 4M7A G; 3OYG A; 2QA4 Q; 2L3Q A; 1TS9 A; 2Y4Y A; 1HYO A; 3FB9 A; 3MEA A; 1BYM A; 5IH2 A; 4C5H A; 1YI2 Q; 5CVI A; 2YUP A; 4GLM A; 2V1R A; 2GTJ A; 1G3T A; 2CGH A; 2RO0 A; 2LJ3 A; 2XD0 A; 3CCS T; 5FRO A; 1UB4 A; 2E3H A; 4M77 B; 1X2K A; 5GAN 4; 1VQ5 Q; 4ZTF A; 5FLX E; 1PHT A; 2LZ6 B; 1PRM C; 1D0Z A; 4B9X A; 1VQN Q; 2DVJ A; 5LJ3 g; 3EG3 A; 4N4H A; 3SDZ A; 1QLY A; 4J9E A; 4ZGE B; 4XTX A; 4PFP A; 3JCM e; 3TU4 K; 2VXE A; 1IZ6 A; 1MMN A; 2J6K A; 5D6W A; 1VQ4 Q; 5CCA A; 3CCM Q; 2KMT A; 2K79 A; 1VIE A; 2JS0 A; 4KGZ B; 4EDU A; 3C0C A; 1JXO A; 4ZGD B; 2HKN A; 5KYU A; 1VQ6 T; 1Q7Y U; 4M7A B; 1QW1 A; 4YTL A; 3VKI A; 5A0L A; 1YCS B; 1FMW A; 1M3B A; 4OB2 B; 3VUB A; 1W70 A; 1ZSZ B; 3QJY A; 1VYT A; 5KYY A; 2K57 A; 3PVQ A; 4BD3 A; 3CCL T; 2J6F A; 1J3T A; 3GPL A; 4Z02 A; 2JVV A; 4LD9 K; 2RHZ A; 3OBW A; 3GOX A; 1OU9 A; 1IRX A; 2FZG B; 2GQI A; 1YJW A; 2QDL A; 4FW2 A; 3CCQ Q; 3QYH B; 2VVK A; 3VS3 A; 3OYY A; 3V7C A; 4F04 B; 1KC8 C; 4C92 C; 2RK1 A; 1WJS A; 5LJ5 j; 2I2L A; 4F7U G; 4J9C A; 2K6D A; 1JEG A; 1K9M U; 2J05 A; 3M56 A; 3BDL A; 3P8D A; 2E70 A; 2JTM A; 1BCO A; 5IHK A; 3KUF A; 5GAN 3; 4C0D C; 3CCR A; 1KQ1 A; 1QKX A; 3M0R A; 2KSS A; 2HSE B; 2BE7 D; 1K9A A; 4QKU A; 1VQK T; 2PU9 B; 1G8X A; 2RHU A; 3HSB A; 2RN8 A; 4MML A; 2P4T A; 2RHI A; 4M77 D; 2EKO A; 2FZC B; 2EKH A; 1IB8 A; 2B8A A; 2KXC A; 2KYM A; 1H92 A; 2E5Q A; 4F7U E; 2ZCF B; 1QVF S; 1Q86 C; 1VQ8 A; 1SHG A; 1GFD A; 1MMA A; 2W10 A; 2DL7 A; 3A98 A; 4MDX A; 5FW9 A; 4AMC A; 2AKK A; 4ZN1 A; 4DBR A; 2X51 A; 2O01 E; 2A7Y A; 1X6B A; 3EG0 A; 1QVF P; 4M78 E; 4J6W A; 1N8R C; 1Y96 B; 3M9Q A; 1NLO C; 2BZX A; 2HEQ A; 4M75 F; 4QVZ A; 4PFZ A; 2KQW A; 4DBF A; 1LOJ A; 1UJY A; 2D9T A; 2ZZD A; 2MMP A; 1M90 U; 1UTI A; 3O8V A; 4IUQ A; 4C8Q A; 3EGD B; 3X28 B; 2PVG B; 3G1J A; 2DXU A; 4II1 A; 2EQJ A; 3QSU A; 2LNV A; 4XU1 A; 3JCM Q; 2YXY A; 4OF1 A; 1I07 A; 5GMK e; 2E3I A; 4XTV A; 1OV3 A; 2LP5 A; 1RAB B; 4M7A C; 4OMN A; 2DF6 A; 3OYJ A; 2DM1 A; 5KYU B; 2X4X A; 1PG5 B; 2ZPI B; 3P8B B; 1M5Q 1; 1ZSZ C; 2P4R A; 3CCE A; 1YIT A; 4XK8 E; 1Z9Z A; 3M0P A; 1OI1 A; 1IGQ A; 3QWX X; 3GBQ A; 2NWM A; 1WLP B; 1WGS A; 3L2U A; 1YJ9 A; 3A8O B; 2DXT A; 3OSV A; 5FWB A; 1YWO A; 2EQM A; 1UHC A; 5IN1 A; 4V2S A; 4BI4 A; 4EPC A; 3X24 B; 1VQM A; 2P0Q A; 1OPL A; 4XTW A; 2KI7 A; 1OYX A; 2OTL T; 2HL3 A; 2MWP A; 2DL3 A; 2PVO B; 3M5A A; 3PMI A; 1YIJ T; 3JCM f; 3CC2 A; 1OUL A; 3CCJ Q; 1V1C A; 3EG1 A; 2ENM A; 2KXD A; 1NJI U; 1GBQ A; 3MHX A; 3CME A; 3G4S Q; 4M78 D; 4A4G A; 1GXI E; 3OMC A; 3HRS A; 5LJ3 h; 1D09 B; 2FO0 A; 1IHV A; 2E6Z A; 2DE0 X; 2X9H A; 1D3B B; 1WHG A; 3JRZ A; 3MCA B; 4FM4 B; 2J06 A; 3URG A; 2CZ7 B; 3OYA A; 1AZE A; 1VIF A; 2CT3 A; 3UF4 A; 3RKX A; 1KFZ A; 3QYG B; 4DBH A; 1X2Q A; 3VYG A; 4BY6 B; 2YWW A; 3TVT A; 3JAM E; 2H8H A; 1SRL A; 3CC4 Q; 4J8O A; 1U06 A; 1RAF B; 2FYK A; 4E47 A; 2WSE E; 2KDS A; 3VU3 C; 2QA4 T; 4LDX A; 2CUD A; 1M8V A; 4HCK A; 4BI3 A; 1YI2 T; 3VS4 A; 4PJO E; 2PNI A; 2EVR A; 4E7J A; 4M7D E; 3HHT B; 5GAM e; 2M51 A; 3CCS A; 2YDL A; 1VQ5 T; 3EAE A; 1XTD A; 3G6E Q; 1MHN A; 3HKS A; 1VQN T; 1V76 A; 5GAO l; 1NLP C; 2ROL A; 1D0X A; 4Y92 A; 1AZG B; 2FEI A; 3CCV Q; 3BW1 A; 2GCX A; 5A0D A; 2JW4 A; 2QGF B; 1QVG S; 1M1K R; 1VQ4 T; 3CCM T; 2DRK A; 4GLK A; 4RKU E; 1OZ2 A; 1NM7 A; 2E5K A; 2RI2 A; 2JN0 A; 2LT4 A; 4DEX A; 1M2V A; 3CEY A; 2W0Z A; 2P84 A; 1VQ6 A; 4E7S A; 2C0I A; 2PUO B; 2K2V A; 2EYW A; 2QQR A; 2HQH A; 4C0G A; 1MMD A; 3HFO A; 4F7U F; 1VYU A; 3CCL A; 2NUT A; 1QWF A; 1YWP A; 5CKH A; 2AZS A; 2A28 A; 3H0F A; 3CXC P; 3EG9 A; 1VQL Q; 1M1G A; 4LXC A; 4FIB A; 1RAE B; 2F5K A; 4XTU A; 2YT6 A; 4FW1 A; 5J3B A; 3CCQ T; 1UDL A; 3ZL7 C; 2QDY B; 2VWF A; 4JZ3 A; 1OZ3 A; 3PT9 A; 2MI6 A; 5IXB A; 1VQ7 Q; 2RK2 A; 3L2Z A; 3NFC A; 4KT0 E; 4M78 F; 4EMK A; 1WHK A; 1KQ2 A; 5LJ5 e; 1WYX A; 1M8M A; 5I22 A; 3NTK A; 3PGG A; 1W1F A; 2JM9 A; 2K2M A; 2HSP A; 1AEY A; 1TU0 B; 2CP6 A; 4KGV B; 3X20 B; 3LX7 A; 3ZFJ A; 4E2F B; 1VQK A; 2EPD A; 2RQW A; 5IAY A; 4PJO D; 2J7I A; 1AWW A; 3WVD B; 2KK4 A; 2K5F A; 5FU7 B; 4QVD A; 2COZ A; 3CCU Q; 3PIP A; 3M59 A; 3A8L B; 4R56 A; 1M30 A; 5J39 A; 1K73 R; 2RMO A; 4M4Z A; 2PZ1 A; 4BY6 C; 2KAF A; 1OOT A; 2QXF A; 3L2W A; 4E7Z A; 4A63 B; 2LTO A; 3CPF A; 4B9W A; 2DL8 A; 1ZA1 B; 2QTX A; 5GAN d; 4M77 A; 1UGQ B; 1TWB A; 2E4H A; 3CPW A; 2CT4 A; 1KD1 U; 2R58 A; 3NPF A; 2JNG A; 1YP5 A; 2QTV A; 4O6J A; 5KYX B; 4NS5 A; 2AK5 A; 2GFA A; 1WXT A; 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2LRQ A; 4FSS A; 4IUU A; 3JCM b; 4J7F A; 3SHW A; 1MMG A; 2CDT A; 1ACM B; 5GMK m; 4EMH A; 2ABL A; 1TOV A; 3X26 B; 4HA8 A; 4RTX A; 1C6V X; 5CQY A; 4RCC A; 1Y96 A; 3A8H B; 3H8Z A; 4KBM B; 3CC4 T; 5GAM j; 3EFO B; 4RCB A; 1ZUY A; 4PLI A; 4IUP A; 3RNJ A; 4VUB A; 2DXB A; 2K9G A; 2ZPE B; 1K9M R; 5GAO n; 2JUF A; 4CRI A; 3Q1J A; 7AT1 B; 1VUB A; 4NL2 A; 1B34 B; 4N0A C; 5LJ5 f; 4FYW B; 3EGD A; 1YI2 A; 4OGC A; 1BI3 A; 1O75 A; 4BDZ A; 4E7L A; 3G7Z A; 5ECA A; 4M75 D; 1UE9 A; 1V29 B; 3MPU B; 2ROT A; 3ASK A; 2D0N A; 2RB6 A; 4LD6 A; 4EIK A; 1VQ5 A; 1K8A C; 2DTH A; 3G6E T; 4WF2 A; 3PNW C; 2X4Y A; 3M0T A; 4N4I A; 4Y91 A; 3U23 A; 3CCV T; 1VQN A; 3QUI A; 5IXF A; 2F2W A; 2E12 A; 4XU0 A; 2DIQ A; 2MIO A; 1PWT A; 1VQ4 A; 4JRP A; 5L23 A; 3CCM A; 1PRL C; 2LDM A; 2FRW A; 1VQ9 A; 4IUR A; 1RAG B; 3CQT A; 5KYW B; 5LJ3 j; 4X1V A; 1UEC A; 4A4F A; 1S72 Q; 1UJ0 A; 2GNC A; 4JJD A; 1JO8 A; 5A2Q E; 4E6R A; 3HFN A; 2L0A A; 2KT1 A; 2V1Q A; 2DYI A; 3VS7 A; 2RJE A; 3QXE B; 4DEY A; 5GAN 6; 4PJJ A; 2ZPB B; 1VQL T; 3NGP A; 3E9G A; 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