The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
80
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structure length |
66
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Chain Sequence |
AILDLAKYKDSKIRVKLMGGKLVIGVLKGYDQLMNLVLDDTVEYMNARKLGLTVIRGTILVSLSSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U4 snRNA
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| total genus |
6
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| structure length |
66
|
| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| 7 | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LOJ A; 4JRK A; 3V8L A; 5GAN 8; 3SWN C; 3V8J A; 2RM4 A; 4XU1 A; 1BIA A; 1D3B B; 1Y96 A; 4XQ3 A; 5GAN 6; 1LNX A; 4M78 G; 3JB9 G; 2E10 A; 4NL3 A; 4M7A D; 2E64 A; 4EMG A; 5GMK e; 4M7D A; 4M75 F; 4M77 D; 4C8Q C; 4M7A A; 2EJG A; 2HNI A; 3QSU A; 5LJ3 j; 5GAN 5; 4M77 A; 5LJ3 g; 1WPY A; 4XTW A; 3FB9 A; 1I4K 1; 2DTH A; 1N9R A; 4X9C A; 4F7U F; 5GAN j; 2DZC A; 2E1H A; 3BFM A; 1LJO A; 2VC8 A; 4C92 G; 1B34 A; 5GMK h; 5GAN g; 4N0A A; 1HK9 A; 4M7A E; 1U1T A; 2QTX A; 4A53 A; 3JCM X; 4MMK A; 3BY7 A; 4MML A; 4M78 E; 2FB7 A; 3RER A; 3FIF A; 4Y91 A; 2YHT A; 4C8Q G; 4C92 A; 1KQ2 A; 5GAO p; 1KQ1 A; 3SWN A; 3JCM P; 2DXU A; 1N9S A; 4M7D F; 4M7A F; 4XTY A; 4M75 B; 4M7D E; 4M77 F; 4EMK B; 5GAM f; 4C92 E; 3QO3 A; 1U1S A; 4M7D D; 3HFO A; 3JB9 J; 4F7U B; 1I81 A; 3V7C A; 5GAO r; 3JCM b; 3JB9 F; 5LJ5 e; 4XTU A; 3HFN A; 4C8Q A; 3BW1 A; 2RA2 A; 4XTX A; 3M4G A; 3FJP A; 1H64 1; 5LJ5 f; 3GIB A; 4M78 D; 1M8V A; 2JN0 A; 4DQ2 A; 3RKY A; 4C8Q E; 3JCM g; 5LJ5 h; 4M78 A; 3V8K A; 1Y96 B; 2DTI A; 2VXF A; 5I21 A; 3EFS A; 2DZ9 A; 3SB2 A; 4PJO C; 2RB6 A; 2DXT A; 4XU0 A; 1I5L A; 4WF2 A; 4M7D B; 4M7A B; 4JUV A; 4C92 D; 3L2Z A; 4XTV A; 4M77 B; 3JB9 D; 3VU3 C; 5GAM e; 5GAM d; 5GAN 4; 2RD1 A; 1JRI A; 1B34 B; 1I8F A; 2K57 A; 2I2L A; 2YLB A; 3RIR A; 4XTZ A; 4C8Q F; 4EMH A; 2EWN A; 4XU3 A; 4QVC A; 5GAO n; 4HT9 A; 2ZGW A; 1BIB A; 4M77 C; 5GAN d; 5GAN e; 5GAM h; 4C8Q D; 4J5Y A; 4V2S A; 1MGQ A; 2DJZ A; 5LJ3 f; 1TH7 A; 3PGG A; 4M78 F; 4PJO G; 5GMK j; 4J6X A; 4M75 C; 5LJ5 d; 5GAN 3; 5GAN f; 5LJ3 h; 1D3B A; 4A54 A; 4EMK C; 4QVD A; 2EJ9 A; 3JCM W; 4OP0 A; 4C92 B; 3HSB A; 3RES A; 3JCM V; 5GAN h; 3QUI A; 3JCM J; 3SWN B; 2Y90 A; 4RCB A; 3V7R A; 5GAN 7; 4JLI A; 3QHS A; 4PJO D; 1M5Q 1; 3RKW A; 1YCY A; 5DY9 A; 3RUX A; 4C92 F; 2DKG A; 2CGH A; 3JCM Q; 5GAN 2; 4F7U E; 3JB9 I; 1WQW A; 4PJO A; 4M77 G; 4X9D A; 3JCM c; 1WQ7 A; 2E65 A; 4C8Q B; 1HXD A; 1JBM A; 2EAY A; 3EFR A; 4PJO E; 4M75 G; 3V7S A; 5GAM j; 4RCC A; 2FYK A; 5GAM g; 4NL2 A; 5GAO l; 4M7D C; 5CAI A; 5GAO m; 4F7U G; 2DTO A; 4M78 B; 5GMK i; 4M7A C; 5LJ3 d; 5LJ3 e; 3RKX A; 5GMK l; 5GMK m; 2YLC A; 4PNO A; 4XU2 A; 4PJO B; 2VXE A; 1X01 A; 2DEQ A; 4M75 D; 3JCM e; 3JCM d; 1WNL A; 4JRI A; 4N0A C; 3BDU A; 4J6W A; 4M78 C; 4M75 A; 5LJ5 j; 5LJ5 g; 5GAO q; 4M77 E; 4EMK A; 3JB9 H; 4PJO F; 4HA8 A; 3JCM f; 4F7U A; 4HT8 A; 4NOY A; 3JCM h; 4J6Y A; 2E41 A; 2DVE A; 4M75 E; 3L1A A; 3INZ A; 3AHU A; 4M7D G; 4M7A G; 2EJF A; 4C92 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LOJ A; 4JRK A; 2QQS A; 2GTO A; 3SWN C; 4X34 A; 4B9X A; 1K73 R; 1YIT A; 3EAE A; 3NMZ C; 1Y96 A; 5GAN 6; 1KC8 R; 3O5Z A; 4GBQ A; 3CEY A; 5GMK e; 1IGQ A; 2C06 A; 2DF6 A; 1AWO A; 2P0Q A; 4CC2 A; 2RHX A; 3H9N A; 2AK5 A; 3BFM A; 1AVZ C; 1NYG A; 2JNG A; 4J9G A; 4BY6 C; 1Q7Y R; 5ECA A; 2JMA A; 1YBY A; 5FU7 B; 1VQ9 Q; 3CBP A; 3TRE A; 1KC8 U; 2ZAE A; 2OTJ A; 5FWB A; 5FWC A; 3OYK A; 3ME9 A; 5C0M A; 2D1X A; 2OTL Q; 3VS1 A; 3OYB A; 4M7D D; 3A1P A; 4KUI A; 4PJJ A; 2GFU A; 1Q7Y U; 1G3Y A; 3CC4 T; 2AZV A; 4M78 D; 2JN0 A; 2DA9 A; 1ZQ1 A; 4FSS A; 2J6F A; 1M3C A; 4OVA A; 3U23 A; 1VQN Q; 2EKH A; 2COW A; 2M0O A; 2LQN A; 4E7H A; 1G2B A; 2RQU A; 3PMI A; 2J6O A; 4JDS A; 2R58 A; 1VQK A; 1ZSG A; 1U06 A; 1Y7X A; 4MDX A; 5C6S A; 2DJZ A; 1TH7 A; 5GAN f; 4A54 A; 2QGF B; 1MMA A; 5GAN h; 2VV5 A; 3SWN B; 2O9V A; 3GNG A; 1N8R C; 1QP2 A; 1U3O A; 2K2V A; 1WQW A; 5AT1 B; 3OW2 P; 1NJI R; 1HYO A; 1HXD A; 1MUZ A; 2GQV A; 3G71 T; 2K9G A; 4BY6 B; 1YWP A; 3A8O B; 2A3L A; 2EGA A; 4BE2 A; 2K5L A; 3D7S B; 3CME Q; 1NJI U; 3L1A A; 2V1R A; 1K0X A; 1JJ2 S; 1SHG A; 1NEB A; 5GAN 8; 1R8O B; 4E7Z A; 3H6Z A; 3JB9 G; 2MOX A; 3MO8 A; 1HSQ A; 3QXE B; 3BE3 A; 4IUP A; 1NG2 A; 3PVL A; 1WPY A; 5J3B A; 3SFM A; 3TCJ A; 3UDC A; 1QCF A; 2EVR A; 2MAM A; 3RDV A; 3EG0 A; 2YUO A; 3MEU A; 1IB8 A; 2FRY A; 2R5A A; 2EW3 A; 2L3R A; 1YIJ T; 2MIO A; 1QVG P; 3QPH A; 2XHC A; 3RBB B; 2LJ0 A; 3VS5 A; 3VYH B; 4RTT A; 1NLO C; 1IXD A; 3G4S Q; 2NUP B; 3GLX A; 4IUT A; 1VOM A; 3E9F A; 2RD1 A; 4C8Q F; 3OYL A; 4LD9 K; 4HT9 A; 4M77 C; 4M78 F; 2BKD N; 4PKC C; 1UUE A; 2DL8 A; 3CCJ Q; 2K6D A; 1NLP C; 2J7I A; 3FJ5 A; 1IRX A; 2DMO A; 4MZT A; 2RJC A; 1OEB A; 3ASK A; 3EG3 A; 4PJO E; 3CD6 T; 5GAO l; 2RQR A; 5LJ3 d; 2E4H A; 2HD0 A; 2CZ6 B; 2VWF A; 2E5Q A; 3VRY A; 3L2R A; 1OZ2 A; 4UC4 A; 4JJB A; 1QQJ A; 4BE1 A; 3CPW A; 3V8J A; 5KYW B; 4LD6 A; 1KQS S; 3VJP A; 1YJW A; 1BCO A; 2D8H A; 1Q95 G; 3GNF B; 4ZTF A; 3MPU B; 5GJW B; 1XJW B; 1RI9 A; 5LJ3 g; 4Y92 A; 1G83 A; 3VRZ A; 4M7D E; 1M2V B; 1WLP B; 3TQ7 P; 3CCM A; 2MCN A; 8AT1 B; 2K3Y A; 1VQ8 Q; 3JCM X; 2QQR A; 4KH1 B; 4M78 E; 1D1A A; 1EFN A; 2EQM A; 2ZZD A; 2QDY B; 2DXB A; 3SWN A; 2F5K A; 4KT0 E; 1M1F A; 4JS5 A; 4KRT A; 1VQP T; 2QDL A; 4DQ2 A; 2ZPI B; 3V8K A; 3M9Q A; 2DTI A; 5I21 A; 2DE0 X; 1UHF A; 2YRV A; 4C92 D; 3G71 Q; 1Q86 U; 3QWX X; 3VUZ A; 1YIT T; 5GAM d; 2DET A; 3WXM B; 2LDM A; 3P8D A; 1XOV A; 1RLP C; 1WYX A; 2COY A; 5GAN e; 4PJO G; 1GCP A; 5GMK j; 3M53 A; 5A0D A; 2XIC A; 1P92 A; 1O75 A; 2L5Q A; 3JCM Q; 3JB9 I; 1BI3 A; 2CGH A; 2KDS A; 2OTJ T; 4QVZ A; 5DLQ E; 2L8D A; 5GAM g; 2HCK A; 5GAO m; 1O9S A; 3EH2 A; 2FZK B; 4Z89 A; 3JCM d; 1V76 A; 2QXF A; 2R5M A; 5EC7 A; 1VQ7 T; 2E3I A; 4BAC A; 4LNP A; 2RHZ A; 1YJN A; 1SPK A; 2R57 A; 1QWF A; 1AOJ A; 1YIJ Q; 3CCE Q; 3KFV A; 2CRE A; 4M7D G; 3HTR A; 2VGN A; 4ANJ A; 4M78 G; 2EYX A; 3C4S A; 1X43 A; 1M27 C; 1VQK T; 2NUP A; 1WHL A; 2L0A A; 3MHX A; 3QSU A; 3Q1J A; 2QK0 A; 1GFC A; 5I22 A; 3CC4 A; 3OYA A; 2CP3 A; 2LQK A; 3RER A; 4Z88 A; 1T3L A; 4FSX A; 3ZL7 C; 1YP5 A; 2PTK A; 5CKD A; 1BYM A; 3VYG A; 1RAI B; 3OYH A; 2JZ2 A; 4F7U B; 2K3X A; 1AWX A; 2PUK B; 1WHJ A; 5KE2 A; 3DB3 A; 4XTU A; 4RTZ A; 3VS0 A; 2NWM A; 1KD1 R; 1H64 1; 5LJ5 f; 1HD3 A; 2WSC E; 2E6N A; 2FEI A; 4LE9 A; 5LJ5 h; 1TUG B; 3FLG A; 4J9E A; 2O31 A; 2EYQ A; 4JUV A; 2B8A A; 3CD6 Q; 2QAZ A; 3LH0 A; 2H3E B; 3GBQ A; 2ATC B; 2DFU A; 1PHT A; 2JVV A; 5GAN 4; 1RAC B; 4FW1 A; 3S3M A; 2CZ0 B; 4CI0 C; 3AT1 B; 1I0C A; 2VB6 A; 4V2S A; 2Z0W A; 2FPE A; 5KYW A; 4M75 C; 2XID A; 2HL5 C; 4CC7 A; 4OP0 A; 1PD1 A; 2CZ1 B; 2COZ A; 1VYT A; 2FVU A; 4JZ3 A; 1GRI A; 2ZPH B; 5DY9 A; 4C92 F; 3OW2 A; 3OYC A; 2HKN A; 2F2X A; 2NYS A; 2K7A A; 1M2V A; 1LCK A; 3M5A A; 5I2S A; 1OU8 A; 3CXC P; 3J80 E; 3V7S A; 1Q82 R; 2Y4X A; 4M7A C; 2CDT A; 1PRL C; 3SDZ A; 3C12 A; 1M90 R; 3TSW A; 2HEQ A; 4CC4 B; 3CC2 A; 3RR6 A; 2BUD A; 5FU6 B; 2GTJ A; 2CH4 W; 1Q82 U; 3GP8 A; 1AZE A; 2CSI A; 3QJ6 A; 4QQG A; 1NE8 A; 4PLL A; 2KRO A; 1UFF A; 2FZC B; 4Y28 E; 4E7K A; 3OBY A; 1VQP Q; 2HNI A; 3RMQ A; 2LCL A; 3OYN A; 2DZC A; 1R0B G; 3I9Q A; 2LZ6 B; 3CMA A; 3M54 A; 1QVG A; 1YIT Q; 3CC7 T; 3M0S A; 2L2P A; 3G7Z A; 2HZY A; 1ZLM A; 1KQ2 A; 3OW2 S; 3JRZ A; 2HQE A; 4M75 B; 3M0P A; 3X28 B; 1AT1 B; 2LRQ A; 4C92 E; 3CCS A; 3JCM b; 3VKI A; 2P0K A; 3VV0 A; 3FJP A; 1X75 C; 6AT1 B; 1VYU A; 2OTJ Q; 3QG1 A; 2ZPF B; 3SB2 A; 1MMN A; 4KH0 B; 3H41 A; 4M7A B; 4OB1 B; 1K8A U; 3H0H A; 4R0K A; 2LJ3 A; 5KH6 A; 3QWY A; 2RO0 A; 4AG1 C; 4F04 B; 3MEW A; 3P8H A; 5IH2 A; 1YI2 A; 4LUD A; 4PFZ A; 5CKF A; 3VUB A; 2L3P A; 3CCM T; 2KSS A; 2YSQ A; 4OMF B; 2XKO C; 3HPW A; 2KEA A; 4J7F A; 3QHS A; 2AIR B; 2M02 A; 2DKG A; 4HCC A; 5L23 A; 4DA4 A; 2I0N A; 1K1Z A; 1QVG S; 1VQ5 A; 1VQK Q; 1TWB A; 4DOW A; 2PNI A; 5IT9 E; 2O9S A; 2CH4 A; 5HCK A; 2F5T X; 5IHN A; 3JB9 H; 2EQK A; 2K2M A; 4HA8 A; 4PJN A; 3HHT B; 4F7U A; 1BBZ A; 2A28 A; 1WJR A; 3SEM A; 3UPU A; 5CVI A; 3CBM A; 4FYW B; 4C5H A; 5D6W A; 4AMC A; 4PLI A; 2HQX A; 2DL3 A; 3DLL A; 3I35 A; 3CCL A; 4PFO A; 5CKE A; 2MWO A; 4XTW A; 3M0R A; 5DLO A; 3M57 A; 1V1C A; 5GAN j; 3M58 A; 1YWO A; 2IG0 A; 4C92 G; 3OYY A; 1KC8 C; 1HK9 A; 2O4X B; 1M4Z A; 3N5B B; 2CP2 A; 3URG A; 2C0O A; 3X25 B; 4JPB W; 5CO7 A; 5EG2 A; 1Q7Y C; 2DIQ A; 4AT1 B; 4BE0 A; 2E3H A; 3ZFJ A; 2RI3 A; 1M1K R; 3IQL A; 5LJ5 e; 3DLM A; 1W2B P; 2CUD A; 2RA2 A; 1H3H A; 2BZX A; 1MHN A; 1N5Z A; 1YJN T; 3OYG A; 2XD0 A; 4O5V A; 5IXB A; 2RHI A; 1UEB A; 2DXT A; 1K73 U; 4ZNX A; 1B7T A; 1C1A A; 2DIL A; 5IN1 A; 3VU3 C; 3S3N A; 3AHU A; 2EYY A; 2YLB A; 4EMH A; 1M30 A; 3CBO A; 4QVC A; 3I56 A; 4C8Q D; 4J6X A; 2VAS A; 2PU9 B; 1BCM A; 3JCM J; 1S72 A; 4RCB A; 1JJ2 A; 3M59 A; 1JB0 E; 2P0P A; 1VQ7 A; 2VYT A; 1M5Q 1; 4Z8A A; 4YTL A; 1Y57 A; 1YJ9 A; 2DPP B; 4OMQ A; 4IUR A; 3CQT A; 1WQ7 A; 2EGE A; 3HKS A; 4QW2 A; 2KR3 A; 2A7Y A; 3VS3 A; 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2GF7 A; 2LVM A; 4RCC A; 2RK2 A; 4M7D C; 5CAI A; 3CCS T; 2D0N A; 4F14 A; 1WX6 A; 3EHQ A; 2ABL A; 4XU2 A; 2RMO A; 2DEQ A; 2E12 A; 2ENM A; 4RTU A; 4M78 C; 3CCV T; 1RAD B; 2JUF A; 2Y4Y A; 2E41 A; 2F69 A; 3C95 A; 4OMP A; 3SD4 A; 2SEM A; 1W6X A; 3CC7 A; 1RAA B; 4XU1 A; 1X69 A; 3LW5 E; 1SRM A; 5LL6 S; 4LDV A; 4RG2 A; 2M9U A; 4DBH A; 2BZ8 A; 1YI2 T; 4PJO B; 2VGM A; 3M4Y A; 3MKD A; 1YJN Q; 2BE7 D; 5D7U A; 4ESR A; 3FRN A; 1M3B A; 2QTX A; 3MP1 A; 1H92 A; 1B07 A; 1UG1 A; 2YXY A; 1OUL A; 3GPL A; 5GAO p; 1KQ1 A; 1VQ5 T; 2DXU A; 4FU6 A; 1CKB A; 5GAM f; 4RMO A; 1NPR A; 4D6W A; 3CXC S; 4C5G A; 2KQW A; 1NBE B; 2DL4 A; 4HCB A; 1JQQ A; 3HFN A; 2RI2 A; 3CC4 Q; 4EDU A; 3M0U A; 1IO6 A; 1TSF A; 2KRS A; 4C8Q E; 1Q86 C; 2CS7 A; 2VKN A; 3S6W A; 2SRC A; 4FM4 B; 3CCQ A; 4M7D B; 2HMA A; 1XTD A; 4B9W A; 4M77 B; 3X26 B; 1VQL T; 4HVW A; 3E9G A; 2LTO A; 4KBM B; 5GAO n; 3MEV A; 1BIB A; 3CCL T; 3EG9 A; 3OYJ A; 4ZN1 A; 2V1Q A; 1KFZ A; 3HSB A; 1NEG A; 1WIE A; 1VA7 A; 4OMO A; 5KE3 A; 1WZO A; 3OS5 A; 5J26 A; 2KBT A; 1FMK A; 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