The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
NGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKNAPLFK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U4 snRNA
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| total genus |
13
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| chains with identical sequence |
n
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| d | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4J6W A; 5GAN j; 1N9S A; 2DEQ A; 4F7U G; 4OP0 A; 4MMK A; 4WF2 A; 4M77 E; 4C92 G; 4PJO F; 3JCM d; 4XTX A; 3RES A; 3JCM P; 5LJ3 h; 1M8V A; 1H64 1; 2DXT A; 3JCM e; 2CGH A; 3V8K A; 2QTX A; 4XTY A; 1WQ7 A; 3RKX A; 4RCC A; 4A53 A; 4C8Q F; 1LNX A; 3JCM Q; 5GAM h; 1M5Q 1; 3BW1 A; 5LJ5 j; 4M7D D; 4PJO B; 4N0A C; 1I81 A; 3RUX A; 3JCM g; 4HT8 A; 4M7A A; 3INZ A; 5LJ5 f; 4M75 G; 4C8Q B; 4V2S A; 3JB9 I; 4M7A C; 1D3B B; 3RIR A; 4EMH A; 5GAN h; 5GAN 4; 4M78 A; 2FYK A; 2ZGW A; 4M78 C; 4MML A; 3RKY A; 2YLC A; 3JCM f; 4XTV A; 5DY9 A; 2DXU A; 2E64 A; 1I8F A; 3JB9 D; 4M77 G; 4PJO D; 4HA8 A; 1KQ2 A; 4M77 A; 5LJ5 h; 4C8Q D; 2E10 A; 4M77 C; 3JCM X; 3HSB A; 4F7U A; 4M7A F; 5GAO n; 5LJ3 d; 5GAN 2; 3FJP A; 2JN0 A; 4C92 A; 3M4G A; 1YCY A; 2EJF A; 1I5L A; 5LJ3 e; 2DTI A; 4N0A A; 3JCM V; 3V7S A; 4C92 C; 1B34 A; 2FB7 A; 4M78 F; 5GAM d; 2EJG A; 4JRK A; 4M7A B; 5GAN 6; 3JCM J; 4XTW A; 3QUI A; 5CAI A; 5GAM e; 5GAN 8; 5GMK j; 1BIB A; 3L2Z A; 3V8L A; 3VU3 C; 4M7D G; 4M75 B; 4Y91 A; 4QVD A; 4M78 B; 1WQW A; 1HK9 A; 3JCM W; 4M75 A; 1U1T A; 3QO3 A; 4M77 F; 4X9D A; 4JLI A; 4X9C A; 4XTZ A; 5GAN d; 3EFR A; 4RCB A; 4M75 C; 5GMK m; 4M7D E; 4XTU A; 4EMK A; 4PJO C; 2RB6 A; 4F7U F; 5GAN e; 3BDU A; 2DZC A; 3FIF A; 3JCM h; 3V8J A; 4C92 F; 4EMK C; 5GAO q; 4M77 B; 2VXF A; 2YHT A; 4M7A D; 2EAY A; 4NOY A; 1N9R A; 4XU0 A; 4J5Y A; 3JCM c; 1X01 A; 4F7U B; 5I21 A; 5LJ5 d; 3JB9 G; 5GAN g; 4C92 B; 2DTO A; 4M78 D; 5GMK i; 4XU2 A; 3QSU A; 1TH7 A; 5GMK h; 2I2L A; 5LJ5 e; 3AHU A; 4HT9 A; 1B34 B; 5GAN 3; 2K57 A; 5GAO l; 4JRI A; 4M75 F; 1LOJ A; 5GAO r; 4PJO E; 4XU1 A; 5GAO m; 1HXD A; 1WPY A; 5GAN 7; 3SWN A; 4M7A E; 1LJO A; 5LJ5 g; 4M77 D; 3SWN C; 2DKG A; 2RA2 A; 4C8Q E; 4M78 E; 5LJ3 g; 1WNL A; 5GAO p; 1U1S A; 3GIB A; 4C92 D; 4EMK B; 5GMK l; 3JB9 J; 4M7D A; 1KQ1 A; 5GAN 5; 5GAM g; 3HFO A; 4M7D C; 4XU3 A; 3V7R A; 1JBM A; 3V7C A; 1Y96 B; 2VC8 A; 3JB9 F; 5LJ3 f; 4QVC A; 4EMG A; 3L1A A; 4J6Y A; 1Y96 A; 3HFN A; 3QHS A; 4DQ2 A; 2VXE A; 2YLB A; 2Y90 A; 3FB9 A; 5GAM f; 4F7U E; 2EJ9 A; 4XQ3 A; 4NL3 A; 3SB2 A; 3BY7 A; 4M75 D; 4PJO G; 4C92 E; 4A54 A; 4M7A G; 3BFM A; 4J6X A; 2RD1 A; 4PNO A; 5LJ3 j; 2DZ9 A; 4PJO A; 3SWN B; 3EFS A; 4C8Q G; 4NL2 A; 2RM4 A; 2DVE A; 1I4K 1; 4M78 G; 5GMK e; 2E1H A; 3JB9 H; 3JCM b; 5GAN f; 2E65 A; 4M7D F; 5GAM j; 3RER A; 2DJZ A; 2E41 A; 1BIA A; 3RKW A; 4C8Q A; 4C8Q C; 1D3B A; 4M75 E; 1JRI A; 2EWN A; 4M7D B; 4JUV A; 1MGQ A; 2DTH A; 2HNI A; 3PGG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4X34 A; 1OU9 A; 2O88 A; 1P92 A; 1WJQ A; 1JB0 E; 1M2V A; 1HJD A; 1YFN A; 5KYW A; 3CC7 A; 1Y71 A; 2RH2 A; 3MP1 A; 1I1J A; 1QWE A; 1BI1 A; 2LQ8 A; 1VQO T; 1NJI C; 1OUL A; 1PD1 A; 1RAF B; 1YJ9 T; 3A98 A; 4M78 C; 4LE9 A; 3E9G A; 4M77 A; 2LCL A; 3HRS A; 4N0A A; 4C0D B; 2C0O A; 2EJG A; 4RTX A; 5CAI A; 1SSF A; 4IUR A; 1K9M C; 2RQV A; 3CCE T; 1WJR A; 2M02 A; 3QO3 A; 3OY9 A; 4HCK A; 4EMK A; 2BZX A; 1GCQ C; 5A0L A; 1NEB A; 1YNZ A; 2GTO A; 2R58 A; 1X2K A; 1ZSZ B; 3JB9 G; 4EPC A; 3H9N A; 2P0K A; 1VQP A; 1OX8 A; 5CVI A; 7AT1 B; 1M1K C; 2KEA A; 1YHQ T; 1N8R R; 3EG2 A; 4E6R A; 2BTT A; 3REA B; 2JTM A; 4QQG A; 4LNP A; 3MP6 A; 4GY5 A; 3CCJ T; 1WHK A; 3OS1 A; 3JB9 F; 2DRK A; 2D9T A; 2EJ9 A; 4M7A G; 1GL5 A; 1S72 A; 1TTH B; 4PJO C; 1YIT Q; 3CCR Q; 2YRD A; 2MF2 A; 2EQM A; 2JXB A; 2F5T X; 5A0G A; 2NUP B; 3CCL Q; 1YN8 A; 2DTH A; 1M3C A; 2C0I A; 4ZTF A; 2DEQ A; 1M2O A; 4M77 E; 1WHG A; 1YWO A; 5KCO A; 2I0N A; 1M8V A; 3UF4 A; 3JCM e; 4ME7 A; 1VQL A; 1QKW A; 3RDV A; 4KGV B; 2DYI A; 2KXC A; 3CBP A; 3JCM g; 4HT8 A; 2ZZD A; 3DLM A; 3OW2 S; 2CRE A; 2WSE E; 2ZPI B; 3RIR A; 3EGD B; 1AWO A; 2ZGW A; 3A1P A; 5D6W A; 2CSQ A; 2CH4 W; 2HL5 C; 4JJD A; 2DL7 A; 3D7S B; 4J8O A; 5HK3 A; 2D0N A; 3OW2 P; 4KBM B; 2QGF B; 3MCA B; 3HSB A; 2LQW A; 2LQN A; 1Q86 R; 3LGL A; 3CPF A; 2VUB A; 1B34 A; 1W2B A; 4M7A B; 1G3Y A; 3VU3 C; 4M7D G; 4M75 B; 4PLL A; 4QVD A; 2F5K A; 4XTZ A; 2FZK B; 4M75 C; 1PRL C; 2EAY A; 2DAQ A; 2EFI A; 3LH5 A; 2OI3 A; 2X4Y A; 3A8O B; 4BUG A; 1W1F A; 5KH6 A; 3CCQ Q; 2EQI A; 4E47 A; 3PVQ A; 2DPP B; 3CCM T; 2QQS A; 2FZG B; 1X6B A; 2RQT A; 1IZ6 A; 3ZFJ A; 2K5I A; 1NJI R; 3CC2 A; 3OMC A; 4C0G A; 2JT4 A; 4UC4 A; 3CCU T; 4C5E A; 3G71 T; 2RHY A; 2E6Z A; 4L59 A; 3VS0 A; 5HY6 A; 3RNJ A; 4B9X A; 2BZ8 A; 2HSE B; 4PFZ A; 2EPD A; 4FSX A; 2DZ9 A; 1OZ2 A; 2RM4 A; 3MO8 A; 3I55 A; 2RHZ A; 3PTA A; 2OAU A; 1M27 C; 2NWM A; 2JM9 A; 4FYX B; 1K9M R; 4M7D B; 4JUV A; 4IUP A; 3GBQ A; 3TU4 K; 3MET A; 2HNI A; 1O75 A; 1N9S A; 3M0U A; 3H8Z A; 1H64 1; 1LVK A; 1TUG B; 1YIJ A; 1I81 A; 3RUX A; 1AZG B; 4C8Q B; 4KT0 E; 2FHD A; 2G3R A; 1VQ4 Q; 1SF9 A; 1MHN A; 4GBQ A; 1M1K R; 3RKY A; 4XTV A; 1VQK A; 5FU7 B; 3OYL A; 1VQ8 Q; 1YI2 Q; 4A4H A; 2HQE A; 5J3B A; 3L2V A; 3VS7 A; 1KQ2 A; 3PE0 A; 5D6Y A; 2KRO A; 1E7O A; 4M77 C; 2H3E B; 5CKE A; 2EVR A; 1TG0 A; 4JJB A; 1KIK A; 2QEX Q; 2HKN A; 4OB2 B; 4JRK A; 3JCM J; 1BIB A; 2X51 A; 3G4S Q; 5J26 A; 1ZLM A; 2ECZ A; 1U1T A; 4OB3 B; 4DBR A; 2CS7 A; 1LCK A; 2A36 A; 3FIF A; 1NG2 A; 2XG8 D; 4EMK C; 3WXM B; 4Q5W A; 3ME9 A; 4M78 D; 4XU2 A; 1Y7X A; 2I2L A; 5CKB A; 2QA4 T; 1KK7 A; 2KDS A; 3L42 A; 5GAN 7; 3LLR A; 2GNC A; 2BZY A; 1T3L A; 5A2Q E; 3LGF A; 4PLI A; 3J7A F; 5D6X A; 2CZ0 B; 2E5Q A; 1ZUK A; 1HSQ A; 3L1A A; 3QXE B; 3A8L B; 2YLB A; 4MDW A; 2FVU A; 2VGN A; 3THK A; 4MZP A; 4P5N A; 2CSI A; 1VQ5 Q; 4PJN A; 4M4Z A; 5CO7 A; 1PSE A; 3LW5 E; 3UDC A; 1BIA A; 4QKU A; 4EIK A; 5FU6 B; 1RAA B; 3G6E Q; 1GXI E; 2XD0 A; 1VYV A; 2KT1 A; 2RJC A; 1YIT T; 3CCR T; 2RJD A; 2VKN A; 4F04 B; 5HKC A; 2CGH A; 2KVQ G; 4PK4 A; 3V8K A; 3CCL T; 1H3H A; 2QDY B; 5LJ5 j; 2F69 A; 2KRM A; 5HK0 A; 2E12 A; 1GFD A; 2ED0 A; 1Q81 C; 1ARK A; 3CEY A; 3L2Q A; 4RTY A; 5GAN 4; 1UUE A; 1BKB A; 5DY9 A; 5KE2 A; 2JNG A; 1WIE A; 4PJO D; 4KH0 B; 2D0Q B; 1W4S A; 5LJ5 h; 1UFF A; 4AFZ C; 1D1A A; 1FX7 A; 3FJP A; 3OS0 A; 4J9C A; 1YCY A; 3G1J A; 4E7Z A; 1CSK A; 1WHJ A; 3MEW A; 4DOV A; 3OYA A; 1OQK A; 2ABL A; 3UAT A; 1M8M A; 2DL8 A; 3P8H A; 1ZHI A; 1Q82 U; 3OW2 A; 3S3M A; 4FYY B; 2K2M A; 2NLU A; 1AD5 A; 2EKH A; 4BI3 A; 1V76 A; 4Z88 A; 5I21 A; 4MZM A; 5LJ5 e; 3SDZ A; 1UE9 A; 4XU1 A; 1Q7Y U; 1KD1 C; 5LJ5 g; 3REB B; 5IT9 E; 4ZNX A; 2F1L A; 3JV3 A; 1K8A U; 2CP6 A; 2RNA A; 2VGM A; 2X4X A; 4QT7 A; 3CCQ T; 3M5A A; 3V7R A; 4J6Y A; 3S3O A; 1G83 A; 3QHS A; 1X2Q A; 4F7U E; 3SD4 A; 3KXT A; 3SB2 A; 2MCN A; 2XMF A; 4M75 D; 2NUT A; 4C92 E; 5M9O A; 4A54 A; 2RHU A; 3M0S A; 3SWN B; 3MEU A; 3VRZ A; 1VQ6 Q; 2KI7 A; 2E41 A; 2KAF A; 1OV3 A; 2O31 A; 2HDA A; 3JCM Q; 2FRW A; 4BE0 A; 3M54 A; 2DIQ A; 5GAN j; 1UDL A; 1VQ7 A; 2KSS A; 2DMO A; 2JTE A; 2CH4 A; 2YUN A; 3RES A; 1ACM B; 1D0X A; 1G3S A; 1WHM A; 2MMP A; 4LN2 A; 4A53 A; 4XTY A; 1WQ7 A; 1K0X A; 1CKB A; 2CZ1 B; 2E3H A; 4JS5 A; 3EG9 B; 2EGC A; 2HQX A; 3MKD A; 1HYO A; 3S6W A; 2D1X A; 3GF5 A; 2MK5 A; 5GAN h; 3VUB A; 2ED1 A; 2IPO B; 4A63 B; 4RTV A; 4J7F A; 1UHC A; 4RG2 A; 3PMI A; 3TEE A; 3TVT A; 1VQ4 T; 1YCS B; 4PKC C; 2KE9 A; 2E4H A; 2YDL A; 2ROT A; 2DIL A; 5I2S A; 1VQ8 T; 4KRT A; 1YI2 T; 1KJW A; 2PQW A; 2JW4 A; 2LRQ A; 4LDY A; 4VUB A; 2XDD A; 2QEX T; 3MPU B; 4N4I A; 1LPL A; 1NYF A; 2FPE A; 2ZPH B; 4F7U F; 5GAN e; 3VUZ A; 1YJN Q; 4Y92 A; 4C92 F; 3G4S T; 1K9A A; 2CP3 A; 4HVV A; 2GFA A; 5GAN g; 1RAH B; 2PU9 B; 3MP8 A; 1RAC B; 1LOJ A; 1T0J A; 2XU8 A; 2E3I A; 3U23 A; 2LT4 A; 4JDS A; 3FEO A; 4M77 D; 8ATC B; 2W0Z A; 1Q81 R; 1E6H A; 2VV5 A; 4LUD A; 5DM7 R; 4GLM A; 4AG1 C; 2K3B A; 3FJ5 A; 4RTZ A; 4BI4 A; 3CC7 Q; 2K9G A; 2HZY A; 3C4S A; 2RD1 A; 3KUF A; 4J9D A; 2IIM A; 5C6S A; 3L2U A; 4M78 G; 1N5Z A; 3J81 E; 3RER A; 4LUE A; 2WSF E; 1M3B A; 1VQM A; 2QGG A; 1VQ5 T; 2V8I A; 4J9E A; 3OA6 A; 1ZA1 B; 4RUG A; 2DXC A; 5LJ5 f; 1T3S A; 1ZSG A; 1V29 B; 1YJN A; 2COZ A; 1MV3 A; 3CXC A; 3QZ5 B; 1IO6 A; 1Z9Q A; 3G6E T; 1M5Q 1; 3P8D A; 2J6O A; 4ANJ A; 1FXX A; 2D8H A; 1WZO A; 4RG8 A; 5KCH A; 2XI9 A; 1VYT A; 1OOT A; 1VQN Q; 5I11 A; 5AT1 B; 1V1C A; 1KG1 A; 2L0A A; 1KD1 R; 3HRU A; 2GF7 A; 4J9B A; 1D0Y A; 2YLC A; 2DXU A; 2LTO A; 4R55 A; 1OX9 A; 1KQS S; 2AIR B; 2EBP A; 4Y28 E; 1YJW A; 3EFO A; 1WHH A; 3RBB B; 2DBK A; 3OS5 A; 3OYK A; 1VQP Q; 1NBE B; 2A28 A; 2ZCF B; 3P8B B; 2D8J A; 3V7S A; 1MMD A; 1KQS P; 1UB4 A; 1OPL A; 1FMW A; 2DL3 A; 4M78 B; 1K4U S; 4X9C A; 3VS1 A; 4AFQ C; 2LVM A; 1M1G A; 2RB6 A; 2HBW A; 1PWT A; 1M30 A; 2X3W D; 5IHI A; 4O6J A; 5CCA A; 1KC8 C; 1WJS A; 5GMK i; 3FLG A; 5GAN 3; 1S72 Q; 5KE3 A; 1PG5 B; 1N27 A; 3CME A; 3EAE A; 3TRE A; 4M7A E; 4J9F A; 4JZ3 A; 5DLQ E; 2J05 A; 4AFS C; 4FYW B; 1VQN A; 2QXF A; 3QG1 A; 3VKI A; 1IXD A; 2PVD B; 1ABQ A; 1QVP A; 3ZBD A; 2COY A; 1SKU B; 2Y90 A; 2NUT B; 3CCS A; 2DLP A; 1VQL Q; 2LCS A; 4ESR A; 4A4G A; 5I22 A; 4DA4 A; 3X24 B; 3EFS A; 2K5L A; 1I4K 1; 4LDU A; 5GAN f; 1OZ3 A; 2NUZ A; 4F14 A; 3GP8 A; 1WXB A; 4J7I A; 1TU0 B; 2O4X A; 2R57 A; 3EGX A; 3UA6 A; 1VQ6 T; 3JCM d; 3OYI A; 1EZZ B; 1JJ2 S; 1RI0 A; 2HKQ B; 2QTX A; 1RAI B; 2XHC A; 1SG5 A; 1RAE B; 4PJO B; 5FRM A; 3AT1 B; 3URG A; 2Y4Y A; 2O2O A; 1WA7 A; 1ZBJ A; 4M75 G; 1VIF A; 3CC4 A; 2F2W A; 1JJ2 P; 1D3B B; 2OJ2 A; 1UGS B; 2GTJ A; 2E64 A; 1RAG B; 1B3Q A; 2VWF A; 3BE3 A; 1KSW A; 2PUK B; 3F70 A; 4E7J A; 1WI7 A; 2QAZ A; 4FYV B; 3SHW A; 2FEI A; 2K3X A; 4M7A F; 5GAO n; 4RTT A; 2O01 E; 1JQQ A; 5GAN 6; 3EG3 A; 5KYN A; 1XJW B; 2A7Y A; 3V8L A; 2LJ3 A; 3M57 A; 4ZGJ B; 3CC2 Q; 4RTW A; 3PT9 A; 2JS2 A; 1BI0 A; 3GNG A; 4XU0 A; 3JCM c; 4JLG A; 4R0K A; 5GAO l; 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