The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
RAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKKGKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U4 snRNA
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| total genus |
15
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| structure length |
94
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| sequence length |
94
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| chains with identical sequence |
m
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| j | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4N0A A; 5GAO p; 3JCM P; 3RES A; 4Y91 A; 4F7U A; 4XTV A; 2YLB A; 2VXE A; 2YLC A; 2DZ9 A; 5LJ5 f; 2E1H A; 1JRI A; 4XTY A; 3RIR A; 3L2Z A; 3QUI A; 3FJP A; 4M75 A; 4XQ3 A; 3JCM f; 5I21 A; 5LJ3 e; 5GAN g; 2DTI A; 5GMK l; 3HFN A; 5GAO l; 3QO3 A; 4XU1 A; 3SB2 A; 4V2S A; 1N9S A; 2Y90 A; 3QHS A; 1Y96 A; 4JUV A; 4C92 A; 5GAN 8; 4JRK A; 4M7D A; 5LJ3 j; 4PJO C; 2E10 A; 2E41 A; 3V8J A; 4WF2 A; 4M7A E; 2RM4 A; 3V7S A; 3PGG A; 4M7A B; 3HFO A; 4HA8 A; 5GMK i; 5LJ5 d; 5GAM d; 4F7U G; 3JCM Q; 2EJ9 A; 1U1T A; 5GAN e; 4NL2 A; 4M77 E; 3JB9 I; 4X9C A; 4OP0 A; 4X9D A; 4M77 B; 2DXT A; 4C92 D; 1U1S A; 4A54 A; 2EJF A; 1WPY A; 4M78 E; 4M7D D; 4C92 G; 4C92 F; 5GAN j; 2DKG A; 1D3B B; 2VXF A; 1I8F A; 2E64 A; 3BW1 A; 4M78 B; 4EMK B; 4M7D F; 4M7D G; 4PJO E; 4PJO B; 4MML A; 1TH7 A; 3SWN B; 4M77 C; 1I5L A; 4J6W A; 1LNX A; 4XTU A; 2E65 A; 3RKW A; 4C8Q C; 2YHT A; 4EMK C; 4M78 C; 2DZC A; 4QVC A; 3JB9 J; 3AHU A; 4M7A D; 3SWN C; 3V8L A; 5CAI A; 5LJ3 f; 1LOJ A; 4HT8 A; 5GAM h; 3VU3 C; 5GAN 5; 5LJ5 h; 4M7A G; 4HT9 A; 4M7A F; 4M75 E; 2DJZ A; 3L1A A; 3JCM V; 1I4K 1; 2DVE A; 3JCM d; 3RKY A; 5GAO m; 5GAM j; 5GMK m; 2DTO A; 3V8K A; 4EMH A; 4JRI A; 4M77 F; 4M7A A; 5GAM g; 3EFS A; 4C8Q E; 5LJ5 g; 2ZGW A; 1M8V A; 5GAO n; 4M75 C; 4XTZ A; 4C8Q B; 5GMK h; 2DEQ A; 2RB6 A; 5LJ3 d; 3JCM g; 4PJO D; 1WNL A; 5DY9 A; 1HXD A; 2EJG A; 4M75 G; 4XU3 A; 4PJO G; 4PJO F; 2EAY A; 2RA2 A; 4J5Y A; 4RCB A; 5GAN f; 1HK9 A; 4M77 A; 3GIB A; 3BDU A; 3JCM J; 1X01 A; 1D3B A; 1B34 B; 4M78 A; 4EMK A; 4F7U E; 5GAN 4; 2DXU A; 3QSU A; 4PJO A; 3SWN A; 1BIB A; 1MGQ A; 3EFR A; 2QTX A; 3JCM c; 4F7U B; 3V7R A; 5GAM e; 3FIF A; 2EWN A; 5LJ5 e; 3HSB A; 4XTW A; 5GAO q; 1KQ2 A; 3JCM e; 4A53 A; 5GAN d; 1WQW A; 3INZ A; 3JCM h; 3RER A; 4M75 B; 1M5Q 1; 2HNI A; 3BY7 A; 2FB7 A; 4J6X A; 4N0A C; 1N9R A; 4M77 D; 4C92 E; 3JCM b; 5LJ5 j; 4M7D E; 3FB9 A; 2CGH A; 4M77 G; 1Y96 B; 4C8Q D; 4C92 B; 4DQ2 A; 5GAM f; 3JCM W; 1LJO A; 5GAO r; 3JB9 D; 4M78 D; 4M7D B; 4JLI A; 3JB9 G; 5LJ3 h; 2VC8 A; 4C8Q G; 1BIA A; 4C8Q F; 5GMK e; 4XTX A; 3JB9 F; 4M78 G; 4M78 F; 4MMK A; 3JCM X; 2FYK A; 3JB9 H; 5GAN 2; 4NL3 A; 4C92 C; 4NOY A; 4M7D C; 4EMG A; 5GAN 3; 5GMK j; 4XU2 A; 4RCC A; 4C8Q A; 5GAN 7; 5LJ3 g; 1JBM A; 4XU0 A; 2RD1 A; 1H64 1; 4PNO A; 2JN0 A; 3RKX A; 2K57 A; 4F7U F; 1YCY A; 1WQ7 A; 3M4G A; 3V7C A; 4QVD A; 4J6Y A; 2I2L A; 4M75 D; 3BFM A; 3RUX A; 2DTH A; 5GAN h; 5GAN 6; 1KQ1 A; 4M75 F; 1B34 A; 1I81 A; 4M7A C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4N0A A; 1IB8 A; 1H3Z A; 4CC3 A; 5IH2 A; 1N5Z A; 5KH6 A; 1T3L A; 2QTV A; 2GTJ A; 2V8I A; 5I21 A; 2L5Q A; 1QVF P; 2JMC A; 3HFN A; 1MNE A; 1GCQ A; 4Z89 A; 2Y90 A; 3G4S A; 2J6K A; 4RG2 A; 4OGE A; 4A4G A; 2RM4 A; 1WGS A; 3V7S A; 2HBP A; 4HA8 A; 3NTK A; 4UC4 A; 5D6X A; 3MJX A; 4C0Z A; 4J9C A; 1M1K U; 2KVQ G; 1YHQ T; 3VS2 A; 2BE7 D; 1YP5 A; 3EGD B; 2JS2 A; 3VS5 A; 2A37 A; 4KBM B; 1R8O B; 2YHT A; 3I56 T; 3GLX A; 2L89 A; 2PUO B; 3M58 A; 1YIT T; 3DKM A; 5LJ3 f; 1QP2 A; 1TTH B; 5CO7 A; 2KDS A; 3L1A A; 3J81 E; 4F14 A; 1PRM C; 2WSF E; 1T0J A; 3I9Q A; 4OB0 B; 2RA2 A; 2RJF A; 4RCB A; 1VQM T; 1HK9 A; 2RK2 A; 2W10 A; 1CSK A; 2EQJ A; 2DA9 A; 4M78 A; 3GNF B; 5A0L A; 2KY9 A; 3EFR A; 3JCM c; 3CQT A; 1GBQ A; 5IT9 E; 3UT1 A; 2DL5 A; 4A53 A; 3JAM E; 2RHY A; 1SF9 A; 3G1J A; 4DQ2 A; 2LVM A; 4M7D B; 4M78 D; 4HVV A; 4C8Q F; 3M54 A; 5GAN 2; 4HCC A; 4R56 A; 4II1 A; 2FRW A; 4IUV A; 3LW5 E; 2CDT A; 2ZPE B; 3OA6 A; 2MAM A; 1PC0 A; 2JTE A; 4M75 D; 2LT4 A; 1G3T A; 3M0T A; 4ZNX A; 3CCU Q; 4CI0 C; 2X4X A; 3CCM Q; 3QKJ A; 2PVO B; 2GBQ A; 3R6O A; 2BUD A; 4E2F B; 1R0C B; 3OW2 P; 3A8M B; 2C06 A; 2BZ8 A; 3CEY A; 1BBZ A; 3UPU A; 2BZY A; 2J7I A; 1JJ2 S; 4PFP A; 3CCS T; 4OP0 A; 4M77 B; 1O75 A; 3CCV T; 1OX8 A; 4QQ6 A; 1VQN T; 3M5A A; 4PFO A; 3C4S A; 2DJQ A; 1JXM A; 2K5I A; 1D0Z A; 5L8R E; 2K3X A; 3OS0 A; 3H8Z A; 4KGV B; 2QA4 T; 1SSF A; 4IUU A; 2XU8 A; 1YHQ Q; 4N4H A; 4A63 B; 3JCM d; 2RN8 A; 2LZ6 B; 4JRQ A; 3VKI A; 2EQU A; 2ENM A; 4ELZ C; 3I56 Q; 1K73 R; 2X4Y A; 2GTO A; 2LDM A; 2MWP A; 3EFO A; 1GFD A; 1EIF A; 3CCJ T; 3RMQ A; 1N27 A; 4JLG A; 2WSE E; 1QWE A; 3CCU A; 1MMA A; 3CCM A; 4GY5 A; 3EH2 A; 2JM8 A; 2RI5 A; 3LWI A; 4YTL A; 4M7D E; 2VB6 A; 1BB9 A; 3JB9 D; 3CXC S; 5GAO r; 1M8V A; 2KRM A; 2DET A; 2QQA A; 2BIV A; 4E7S A; 5IHK A; 1X2K A; 4BY6 B; 1RAH B; 4EMG A; 5GMK j; 4XU2 A; 3LLR A; 4PNO A; 2JN0 A; 3ME9 A; 5HY6 A; 3GF5 A; 4XAX B; 2M16 A; 1M90 C; 2DL4 A; 3JCM P; 4Y91 A; 2F2V A; 4XTV A; 1IHW A; 2O01 E; 2DYI A; 1JRI A; 2IG0 A; 2D6F A; 3X20 B; 5GMK l; 1NJI C; 2EGA A; 2X4W A; 3TRE A; 1YHQ A; 2D8J A; 3M0Q A; 3QHS A; 3EG2 A; 2LJ0 A; 2ZPI B; 1R77 A; 4F16 A; 1ABQ A; 1G3W A; 3JCM Q; 3I56 A; 3CC4 T; 3NTI A; 4M77 E; 2SRC A; 2EYW A; 4OB1 B; 1U1S A; 3OMG A; 4D8D A; 2JTM A; 4E7Z A; 3QWX X; 1YJN Q; 2RK1 A; 4WCI A; 1UHC A; 2NUT B; 4A4E A; 3RKW A; 2DIG A; 1QKX A; 2CSQ A; 3CCS Q; 2COZ A; 3JB9 J; 2XID A; 3EG3 A; 3HRS A; 3V8L A; 5FLX E; 1JJ2 P; 1LOJ A; 1GBR A; 4D6W A; 2DXC A; 3VU3 C; 5LJ5 h; 1ABO A; 2O4X B; 4OMN A; 3QII A; 1H3H A; 2DL8 A; 2M02 A; 2P84 A; 3C95 A; 3RKY A; 3NMZ C; 4EMH A; 2LQK A; 2YUP A; 3CPF A; 4MZT A; 2EJG A; 4J9H A; 1M30 A; 2F2X A; 4J7I A; 2ECZ A; 2JM9 A; 3TCJ A; 4OB3 B; 3EGD A; 4Y28 E; 3M56 A; 1I0C A; 5CIU A; 2MK5 A; 4EIK A; 2NUZ A; 3O5Z A; 4N0A C; 2FB7 A; 1VQ7 Q; 1Y96 B; 3CCJ Q; 3VYH B; 2PVG B; 3CBM A; 3DLL A; 1GCQ C; 1AEY A; 3C12 A; 1WIE A; 2YSQ A; 3HRT A; 2K5L A; 3VV0 A; 3P8B B; 2K9G A; 1YJN A; 1QVP A; 4Z02 A; 3CXC P; 2QDL A; 2K3B A; 1M90 R; 3M53 A; 3FC3 A; 1WX6 A; 2O31 A; 4XQ3 A; 5GAO l; 1YI2 T; 1IXD A; 2YRV A; 5M9O A; 4JUV A; 4BDZ A; 4M7D A; 1SSH A; 2E41 A; 4FU6 A; 1QCO A; 1C6V X; 1GCP A; 2V1R A; 2DFU A; 3OMC A; 1WDX A; 2ED1 A; 2Y4Y A; 3A98 A; 2KXD A; 3QZ5 B; 1WHL A; 1KC8 U; 2DXT A; 4QQG A; 1VYT A; 4M7D D; 1KHC A; 4C92 F; 3L2U A; 4EMK B; 2PVD B; 3I5R A; 4KH0 B; 2KR3 A; 4OMM A; 1VQ6 T; 3J7A F; 2PUK B; 4DOV A; 1ZUU A; 4M78 C; 3CC4 Q; 4JJB A; 3OSV A; 1VQ7 A; 4Z8A A; 5GAN 5; 4KT0 E; 2ZPF B; 3CCJ A; 4HT9 A; 1YJW T; 2CP5 A; 1MUZ A; 3EHQ A; 3G7Z A; 3CCR T; 1WI7 A; 1FWZ A; 2K2V A; 2DTO A; 3H6Z A; 3MP1 A; 4M75 C; 4XTZ A; 1WA7 A; 3M0R A; 4B9X A; 2QAS A; 3CPW S; 4M77 A; 3JCM J; 3CCQ T; 3GBQ A; 1X6G A; 4PJN A; 3FEO A; 1RUW A; 2GQV A; 4MDX A; 2DAQ A; 4F7U B; 5LJ5 e; 3WVD B; 2ZPG B; 2AKK A; 3INZ A; 4M75 B; 1RAG B; 3EAE A; 2XG8 D; 4M77 D; 2EIF A; 2LQW A; 4LDY A; 1Q86 R; 2VC8 A; 2XKO C; 1YCS B; 2L2P A; 2M0O A; 2GQI A; 3REA B; 2JS0 A; 4KGX B; 4DBR A; 3KBG A; 1W6X A; 1H64 1; 2DBM A; 4DBF A; 3M4G A; 4C0D B; 4QVD A; 2XD0 A; 2KBT A; 5GAN h; 2CZ0 B; 1PSE A; 2YUQ A; 5GAO p; 1X27 A; 1K9M R; 3CCL T; 2DK3 A; 4C5E A; 2RNA A; 5C6S A; 4LDU A; 1C1A A; 2IVW A; 3PGG A; 2WSC E; 1Q81 C; 2V26 A; 2NLU A; 1U1T A; 3M59 A; 2K2M A; 1YI2 Q; 4X9C A; 3MEA A; 2E70 A; 2AK5 A; 2YDL A; 2EJF A; 1ARK A; 5A0D A; 1YNZ A; 3SD4 A; 4RMO A; 2EYZ A; 1KD1 C; 4C5G A; 3SWN B; 5LL6 S; 1BCM A; 1YIJ T; 2MMP A; 3VS3 A; 2ZCF B; 2MYS A; 1AD5 A; 1AWX A; 1VOM A; 1CKB A; 4FW1 A; 1X69 A; 3GPL A; 4M7A D; 2O9S A; 2D0N A; 2DVE A; 2LQN A; 4R55 A; 4OF1 A; 3GOX A; 1WHM A; 1VQ6 Q; 1YBY A; 1JQQ A; 2VUB A; 2LCS A; 5KYY B; 4BI8 B; 1KFZ A; 5GAO n; 4BI3 A; 3MP8 A; 3VYG A; 4PJO D; 1SRM A; 2DX1 A; 4CC2 A; 2K3Y A; 1WHH A; 4IIM A; 4ANJ A; 4DA4 A; 1TOV A; 1SHG A; 4F7U E; 2OTJ T; 2NUT A; 1WQW A; 4L59 A; 3BY7 A; 1N9R A; 5CK9 A; 2KYB A; 3ZEH A; 7AT1 B; 3CMA Q; 4E7I A; 2O4X A; 2JVV A; 5KCO A; 2A28 A; 3O8V A; 4CC4 B; 3CPW P; 4XTX A; 4M78 G; 2DBK A; 1GFC A; 4PLI A; 3SFM A; 4N4G A; 2MI6 A; 1TUG B; 4RCC A; 2HSE B; 3PVL A; 4F17 A; 1YI2 A; 2PTK A; 4J9I A; 4RUG A; 3CC2 T; 1VA7 A; 4DBQ A; 2ZZD A; 3NTH A; 4J9F A; 4AFU C; 1IRX A; 2DTH A; 2P0P A; 2D8H A; 4M75 G; 2QGF B; 2XMF A; 3HP9 A; 1JEG A; 1X2Q A; 3UDC A; 3VS4 A; 1VQL T; 2QXF A; 3OYL A; 3PVQ A; 3ULR B; 1MHN A; 2DER A; 1Y96 A; 3MCA B; 2JW4 A; 3S6W A; 2E10 A; 3OBW A; 1VQ6 A; 2OTL Q; 1VQK T; 2LRQ A; 5GAN e; 4C0F A; 1GRI A; 4ZN1 A; 3OYA A; 2R58 A; 1KSW A; 2DLP A; 4MZP A; 2CT3 A; 3PMI A; 2COW A; 4LNP A; 1FX7 A; 1TH7 A; 2HL5 C; 4MML A; 1NLO C; 1KD1 R; 1BI0 A; 3LGF A; 1LNX A; 4RTU A; 4QVC A; 5DLQ E; 1ZUY A; 3BE3 A; 2GCX A; 2NUP B; 4HT8 A; 2HD0 A; 3CMA A; 3PIO A; 4F04 B; 2DJZ A; 4CC7 A; 2LX7 A; 3EG9 B; 1V76 A; 5GMK m; 5FRO A; 1M1K R; 2HQE A; 1VQ9 Q; 2CP2 A; 1QVG A; 4FCY A; 4J8O A; 2XHC A; 3D7S B; 1AT1 B; 3OYM A; 2EPD A; 1PCX A; 3TU4 K; 5DM7 R; 4EMK A; 4HXJ A; 2H3J A; 2DXU A; 1XNI A; 3UA6 A; 2QAZ A; 5KYU B; 2RHZ A; 3JCM e; 2RQR A; 2HNI A; 1G2B A; 3JCM b; 3X25 B; 5HK0 A; 4PJL A; 2QEX T; 1K73 C; 1VQ8 A; 4HVW A; 3JB9 G; 1Q7Y U; 1BIA A; 1QW1 A; 4LE9 A; 1OUL A; 2OTL A; 2LCC A; 1AZG B; 4M7D C; 2A08 A; 2KE9 A; 2OX7 A; 4XU0 A; 2KAF A; 4JS4 A; 4BUG A; 1WQ7 A; 3E9G A; 1AWJ A; 1HSQ A; 2E12 A; 3CCE T; 1X6O A; 1Z9Z A; 5I2M A; 3CME T; 1M3B A; 2EYX A; 1VIE A; 4F7U A; 1N6A A; 4OMF B; 5IXF A; 4GLK A; 1NPR A; 3T9N A; 1BI2 A; 4M75 A; 2IPO B; 3CC2 Q; 3PE0 A; 1M1F A; 5CVI A; 5KE2 A; 3JV3 A; 4JZ4 A; 2RQW A; 4KH1 B; 2CP7 A; 1VQ9 A; 1MND A; 1H92 A; 1QVF A; 4QKU A; 2RJE A; 1VQL Q; 4NL2 A; 2QYZ A; 2E5Q A; 2HBW A; 2JNG A; 3DB3 A; 1UGP B; 1Y0M A; 2HKN A; 2E64 A; 2ROT A; 3GP8 A; 1A0N B; 2L3S A; 4M77 C; 2EGC A; 1YJ9 T; 2D1X A; 3VUB A; 3RR6 A; 1M9S A; 3QPH A; 4IKF A; 4ATO A; 1UE9 A; 2ZPB B; 4AMC A; 3AHU A; 2MWO A; 3H9N A; 4RTX A; 3JCM V; 4C5H A; 5GAO m; 3A1P A; 5GAM j; 3KUF A; 5CKE A; 2RQU A; 2RHX A; 2PQW A; 4CRI A; 2K79 A; 1NLP C; 2LT1 A; 1VIF A; 1E7O A; 3OSS C; 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