The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
72
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structure length |
70
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Chain Sequence |
PVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLYIRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a yeast catalytic step I spliceosome at 3.4 angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor 8
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| total genus |
8
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
72
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| chains with identical sequence |
w
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| h | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DXU A; 4HA8 A; 4PJO C; 4C92 F; 1LNX A; 2EAY A; 2RB6 A; 5GMK i; 4M7D F; 2E1H A; 4M77 G; 2DTI A; 4C8Q F; 4JRK A; 4X9C A; 4NL2 A; 3HSB A; 4M75 G; 3L2Z A; 1Y96 A; 4EMK C; 2K57 A; 1I4K 1; 3FJP A; 1KQ2 A; 5GAM f; 2RD1 A; 3V8J A; 2EJF A; 3JB9 H; 3RKW A; 4M75 C; 3V8K A; 4C92 B; 5GAN 8; 5LJ3 j; 4M7D B; 4C8Q B; 4F7U G; 4QVD A; 5LJ5 f; 2I2L A; 3JCM X; 5GAN 2; 5GAM e; 2E41 A; 4PNO A; 3JCM g; 4M7A B; 4M77 F; 2EWN A; 4J6X A; 4RCC A; 4XU2 A; 4JUV A; 2VC8 A; 4C92 E; 3VU3 C; 4DQ2 A; 1H64 1; 3HFN A; 5GAO q; 4M7D E; 1D3B A; 4C8Q E; 2RM4 A; 2DTO A; 3JCM d; 2QTX A; 5GAN 5; 1WPY A; 1U1T A; 4M77 B; 4M7A E; 1JRI A; 2DTH A; 4C92 A; 2DXT A; 5GAN 4; 1I5L A; 4J6Y A; 5GAO m; 4C8Q A; 5GAM h; 5GAO r; 1MGQ A; 4NOY A; 3SWN B; 5GAO p; 1BIA A; 4XU1 A; 3V7C A; 4M78 G; 5GMK l; 5GAN g; 4C92 D; 5LJ5 h; 4M7D D; 4EMG A; 4F7U B; 4M77 E; 2JN0 A; 2YLB A; 2YLC A; 4C8Q D; 3JB9 G; 3QSU A; 4M7A F; 4M78 C; 4M7A D; 2DKG A; 2FYK A; 4PJO F; 4QVC A; 5GAN d; 5LJ3 f; 2VXF A; 4HT8 A; 3JCM b; 2EJ9 A; 4F7U E; 3M4G A; 4EMH A; 3RKX A; 4M77 D; 5LJ3 e; 1I8F A; 4M75 F; 4MMK A; 5GMK j; 4OP0 A; 4PJO B; 3BY7 A; 1TH7 A; 3EFS A; 4Y91 A; 4XTZ A; 4EMK B; 5GAN j; 4HT9 A; 3FB9 A; 1WQ7 A; 4F7U F; 1LJO A; 1B34 B; 4M75 B; 3RER A; 3RES A; 3L1A A; 4PJO E; 3RUX A; 4N0A A; 3INZ A; 4A54 A; 2Y90 A; 5GAN e; 3QO3 A; 3QUI A; 5LJ3 h; 4M7A A; 1M5Q 1; 1U1S A; 1WNL A; 3JB9 I; 4NL3 A; 1HXD A; 2DZC A; 2VXE A; 3AHU A; 4PJO A; 3JCM f; 3JCM c; 2HNI A; 4M75 E; 3RKY A; 5CAI A; 4A53 A; 5GAN 6; 3JB9 J; 4PJO D; 4M77 A; 4C92 G; 4M7D G; 3JCM P; 2E65 A; 1Y96 B; 4M75 A; 4C8Q G; 4XTW A; 3JCM e; 5GAN 3; 5GMK m; 4XU0 A; 4XTY A; 4M78 F; 3SWN A; 1KQ1 A; 5LJ5 g; 4C92 C; 4M7D C; 2E10 A; 1WQW A; 2ZGW A; 5GAO n; 4C8Q C; 3JCM Q; 4XTV A; 5GAM d; 3JB9 F; 4N0A C; 4JLI A; 4M75 D; 4F7U A; 4XU3 A; 1M8V A; 3FIF A; 5GAN f; 4M7A C; 5LJ5 d; 4XTU A; 4M78 B; 5DY9 A; 2RA2 A; 4XTX A; 5GMK e; 3GIB A; 4M7D A; 3JCM h; 4X9D A; 3V7R A; 3HFO A; 1D3B B; 3V8L A; 1BIB A; 2DJZ A; 3JCM W; 1HK9 A; 4M77 C; 5GAM j; 3BDU A; 4WF2 A; 2E64 A; 4M78 E; 1N9S A; 4RCB A; 4J5Y A; 3SWN C; 5LJ5 j; 4MML A; 2CGH A; 3BW1 A; 1N9R A; 2DEQ A; 3EFR A; 4JRI A; 4EMK A; 3RIR A; 5GMK h; 5GAO l; 4M78 A; 5GAM g; 5GAN 7; 2EJG A; 1B34 A; 5GAN h; 5LJ5 e; 5LJ3 g; 1LOJ A; 2FB7 A; 2YHT A; 3QHS A; 3JCM J; 1I81 A; 4V2S A; 2DZ9 A; 5I21 A; 4XQ3 A; 4M78 D; 4M7A G; 4PJO G; 1JBM A; 3JB9 D; 4J6W A; 3BFM A; 1X01 A; 3SB2 A; 5LJ3 d; 1YCY A; 2DVE A; 3V7S A; 3JCM V; 3PGG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M7D F; 4QQ6 A; 4D8K A; 2RD1 A; 3MP8 A; 1D1C A; 3CMA A; 3JB9 H; 3RKW A; 4C5H A; 3CC7 T; 1EFN A; 2F2W A; 3NTK A; 3SFM A; 4M7A B; 1K73 R; 2QI2 A; 2LX9 A; 1PHT A; 1K8A C; 4CC7 A; 2E6N A; 2CT4 A; 3CCJ A; 1JJ2 A; 1W4S A; 3EGD B; 2YUP A; 4Z02 A; 3FRN A; 2EQK A; 3CCU T; 1UE9 A; 4M78 G; 2HKN A; 2R57 A; 4RG8 A; 1V29 B; 3OYL A; 1W70 A; 2RMO A; 1VQ9 T; 1VYU A; 3I5S A; 3CXC S; 1RL2 A; 2AKL A; 1NJI R; 2BUD A; 1MNE A; 2HZY A; 4FSS A; 1ZQ1 A; 4E7Z A; 2PTK A; 3OYB A; 2AZS A; 3EG9 A; 3FJ5 A; 1VQ5 T; 4J7F A; 2MCN A; 4C5I A; 3MKD A; 1ZSZ B; 4PJO A; 2JS0 A; 1VQ7 A; 2CP0 A; 1R8O B; 4PJO D; 2D6F A; 3L42 A; 1VQ4 Q; 4IKF A; 3OYF A; 3UA6 A; 3SD4 A; 1UEC A; 1WQW A; 2MWO A; 1VYT A; 2PUO B; 5LJ5 d; 2BIV A; 1QKW A; 3MEA A; 3CCV T; 1SF9 A; 4N4I A; 1HK9 A; 3VS3 A; 1HJD A; 2QGG A; 2QA4 A; 4WF2 A; 2FZC B; 3EHQ A; 5A0G A; 1N9S A; 2XD0 A; 2LRQ A; 2WSF E; 1BU1 A; 1N9R A; 4OMP A; 4FIB A; 1ZBX A; 1H8K A; 4M78 A; 2QEX A; 2ZPI B; 5FU7 C; 4J7I A; 4OML A; 3A1P A; 2PQW A; 3OS1 A; 2WSC E; 4M78 D; 2A3L A; 4M7A G; 1FX7 A; 4ZTF A; 1QVG S; 2QAS A; 4GLM A; 5CVI A; 4HA8 A; 1LNX A; 1Q81 R; 2RJC A; 4C8Q F; 3L2Z A; 2KRM A; 2G6F X; 3V8K A; 5LJ3 j; 1DJ7 B; 1SSH A; 1VOM A; 5GAN 2; 1QVF A; 2XK0 A; 1YWO A; 2V8K A; 4C92 E; 2RF0 A; 2KXD A; 3REA B; 3UPU A; 2VGN A; 2FG0 A; 5GAO m; 3C4S A; 2CH4 W; 1OZ3 A; 4AMC A; 3CD6 T; 1U3O A; 4EMG A; 2LQW A; 3SHW A; 2XIC A; 1G83 A; 2EYY A; 1W2B P; 5IT9 E; 1VQ8 T; 1W1F A; 5L23 A; 3RKX A; 5I22 A; 1K4U S; 4TVR A; 2DM1 A; 1Z9Q A; 3O5Z A; 3OW2 S; 5FU6 C; 3OYN A; 3INZ A; 2Y90 A; 3VS5 A; 4PFZ A; 1OPK A; 3N5B B; 2CZ0 B; 3QWY A; 2CYZ B; 4M7A A; 1K1Z A; 2K3Y A; 4BE2 A; 1UFF A; 3L2R A; 2MI6 A; 2ZPG B; 2NUT A; 2XDB A; 3J7A F; 4FL6 A; 2NUP B; 3MJX A; 3UA7 A; 4X1V A; 3GIB A; 2KSS A; 1WHJ A; 1YJ9 A; 3VV0 A; 1O9S A; 1KD1 C; 2JS2 A; 4QKU A; 3I55 Q; 3HKS A; 1WLP B; 1RLP C; 2CT3 A; 3MET A; 3RIR A; 1ZUY A; 1WJS A; 1T0J A; 2VKN A; 3P8H A; 1YJN A; 1EZZ B; 2HL5 C; 2RHI A; 2DNU A; 5LL6 S; 3CCS A; 3OYM A; 1BCO A; 2K5L A; 2DIL A; 3PGG A; 2E1H A; 1GBR A; 4OGE A; 4UC4 A; 2GQI A; 3LGF A; 1K0S A; 2KEA A; 3OBY A; 3V8J A; 2EGA A; 1VQM A; 2LJ3 A; 3CCQ T; 2ROL A; 1WJQ A; 2EWN A; 1AVZ C; 1ABO A; 3HFN A; 5A0L A; 4PL6 A; 3RBB B; 2A08 A; 2DTO A; 2V1Q A; 2QTX A; 1GCQ C; 4HVW A; 4J8O A; 2NUZ A; 3MEV A; 3DB3 A; 1C0M A; 4C0D B; 1ZLM A; 1XJW B; 2JW4 A; 2HSP A; 1C6V X; 1JO8 A; 4K11 A; 1K9M U; 2PVG B; 1NG2 A; 2RN8 A; 4PK4 A; 2K5F A; 4LDU A; 3M4G A; 2M02 A; 3OYJ A; 1I8F A; 1Q82 R; 2DK3 A; 2YRC A; 3E1S A; 4EMK B; 4ORZ A; 4J9D A; 2YT6 A; 4LN2 A; 2LQN A; 4JRQ A; 4OMN A; 1WHM A; 3CCL A; 2X4W A; 1NPP A; 2DBK A; 4J9H A; 1KHI A; 4M75 E; 2XU8 A; 3ZFJ A; 3HRS A; 4FW2 A; 4M7D G; 1Y0M A; 1GFC A; 1X43 A; 5LJ5 g; 2KR3 A; 4C92 C; 5AYF A; 1TOV A; 1M90 C; 1ZUU A; 4JS4 A; 1YWP A; 1I5O B; 4C0Z A; 2OTJ T; 2SEM A; 1UGQ B; 4CC2 A; 3A8L B; 1QVG A; 1X27 A; 2LNH B; 3S3M A; 4HCB A; 1UGP B; 4DEY A; 3QDR B; 3DKM A; 1VQL Q; 1WGS A; 1BYM A; 5GAO l; 2BZX A; 3VRY A; 2MMP A; 2FB7 A; 3HRT A; 2HCK A; 3NHN A; 2RI2 A; 5I21 A; 3ULR B; 2VYT A; 1YCY A; 1MMA A; 3PMI A; 1PG5 B; 2F1L A; 2KQW A; 1N5Z A; 1RAI B; 2DTI A; 5FW9 A; 4JRK A; 3CCU A; 4ZGE B; 1E7O A; 3CC2 Q; 1IHV A; 1VQ7 T; 1YHQ A; 3ZL7 C; 4BE1 A; 5DLO A; 3QZ9 B; 2E6Z A; 1Y07 A; 2LVM A; 2O2O A; 1OI1 A; 2RHX A; 4MDX A; 2MPX C; 5IHN A; 4M7A E; 4M7D A; 1VQ5 A; 3T9N A; 3V7C A; 3CC4 Q; 4M7D D; 2OTL Q; 2KVQ G; 1WIE A; 5HK3 A; 1VQK Q; 3OW2 A; 4HT8 A; 2FYK A; 3JSC A; 2QEX T; 2DMO A; 1X2Q A; 2YWW A; 2QDY B; 3RR6 A; 2QGF B; 5C6S A; 3G6E A; 1K73 C; 2FO0 A; 3QBY A; 2EFI A; 2ED1 A; 3RES A; 3MPU B; 4N0A A; 4A54 A; 5GAN e; 3TSZ A; 1U1S A; 3CCM A; 2GCX A; 4WCI A; 2LT1 A; 2MWP A; 3KFV A; 2ECZ A; 2X3W D; 5CKE A; 4C8Q G; 5GAN 3; 2K7A A; 4XTY A; 2R5A A; 2F2V A; 4BI4 A; 1AEY A; 3OYG A; 3FIF A; 3I56 Q; 2M9U A; 5KE3 A; 3L2Q A; 3G1J A; 4HCZ A; 4HCK A; 4LNP A; 3OS0 A; 2D0N A; 4A4K A; 1AHJ B; 2YSQ A; 3TSW A; 4JZ4 A; 3GNF B; 4EMK A; 4DOW A; 4RG2 A; 4D8D A; 3H9N A; 1AD5 A; 1RAB B; 4KGX B; 4OB3 B; 4KH1 B; 2FVU A; 3V7S A; 2J6K A; 4PJM A; 2CSI A; 2EAY A; 2W10 A; 1I0C A; 3CD6 A; 3NTH A; 1M3C A; 1KQ2 A; 1Q86 R; 4M75 C; 1VQP Q; 4QQG A; 3OYD A; 3BE3 A; 5EG2 A; 1VQ8 A; 4M77 F; 3TQ7 P; 6AT1 B; 4JRP A; 1QCF A; 3JCM d; 3CME Q; 1X75 C; 4E7S A; 1SRM A; 4BY6 C; 3M0T A; 4C8Q A; 3PT9 A; 3QII A; 5GAO p; 2EQI A; 4RTX A; 1YJ9 T; 3CMA Q; 3CQT A; 4C8Q D; 1UG1 A; 2H8H A; 2JN0 A; 2HAX A; 1Q81 C; 1FMK A; 1BI3 A; 2J6O A; 2X4X A; 3EG9 B; 2YUQ A; 1GRI A; 4VUB A; 3EHR A; 1YIT T; 3G71 A; 1OU9 A; 4OMQ A; 4PJO B; 3CCJ Q; 1Z9Z A; 3CCS T; 4HT9 A; 5CQX A; 2NLU A; 3RER A; 3L1A A; 4FYX B; 4FW1 A; 1YJW T; 1QVF S; 2CZ1 B; 1NE8 A; 2LNV A; 5GAN 6; 1KC8 R; 4OB0 B; 4FU6 A; 3LWI A; 1PD1 A; 1UTI A; 1D1A A; 1YN8 A; 3M55 A; 5I2M A; 1AWO A; 4JLG A; 4LDY A; 4BE0 A; 4M7A C; 1IRE B; 2MF2 A; 1WJR A; 4M78 B; 5IAY A; 3UT1 A; 1M1K R; 2P4R A; 2RH2 A; 1RLQ C; 3VYH B; 3CPW P; 5FWC A; 2X9H A; 1AT1 B; 1M1G A; 5CK9 A; 4D6W A; 1Q7Y R; 1D1B A; 2DER A; 3C94 A; 1QW1 A; 1IGQ A; 1K8A U; 4AFZ C; 1MMD A; 4C0G A; 2EQM A; 3P8D A; 3I5R A; 3MHX A; 5A0D A; 1M3A A; 2ESW A; 3WVD B; 3BDL A; 2ZPH B; 3OSS C; 5I2S A; 4X9C A; 1K9M R; 2QA4 Q; 2O31 A; 2K57 A; 2E3I A; 4ESR A; 2E3H A; 2CP2 A; 3JCM X; 2IIM A; 2DA9 A; 3VS4 A; 4EPC A; 2AK5 A; 2D0Q B; 4OB2 B; 2HBP A; 5GAN 5; 1IHW A; 2AT1 B; 1QMC A; 1WFW A; 3M54 A; 3SWN B; 2CUD A; 4OMO A; 2D8J A; 2K2M A; 1OU8 A; 5LJ5 h; 4II1 A; 2A36 A; 3QSU A; 3QXE B; 5D6X A; 3A8O B; 2IVW A; 2ZZD A; 3D7S B; 2EJ9 A; 3OS5 A; 1TUD A; 5J39 A; 1SRL A; 4QT7 A; 2CZ7 B; 2ENM A; 5IN1 A; 3IQL A; 3A8G B; 3BY7 A; 1TH7 A; 2KE9 A; 1RAG B; 3OYI A; 2E5Q A; 1M9S A; 4GLK A; 4F7U F; 4RTY A; 3OBW A; 1QP3 A; 2NUT B; 3KUF A; 2OTJ A; 3FC3 A; 4LUE A; 1N8R R; 2VGM A; 2XKO C; 2C0O A; 5KYW B; 1YHQ T; 3RMS A; 2LTO A; 1IGU A; 5KCH A; 2DIQ A; 4ZNX A; 4C0F A; 1UHC A; 5FLX E; 5GAM d; 2RHZ A; 1Q82 C; 4XTU A; 4E7J A; 2YUO A; 5IH2 A; 1ARK A; 3V7R A; 3EG0 A; 2QYZ A; 1D3B B; 1PRM C; 3ME9 A; 4DBH A; 3QJY A; 2A28 A; 4BI8 B; 4J5Y A; 2A37 A; 2DLP A; 2EKO A; 2EJG A; 1YFN A; 4OF1 A; 4RTW A; 1M2V B; 3G6E T; 2KYM A; 3GF5 A; 2DVE A; 2KMT A; 3FEO A; 2YRV A; 3M56 A; 1TU0 B; 2FZG B; 2P0K A; 4DA4 A; 3CCM T; 4IUU A; 2YXY A; 2C06 A; 5LJ5 f; 3C12 A; 4PNO A; 3JCM g; 3CBO A; 1PNJ A; 1YJN Q; 2ATC B; 4JUV A; 4F17 A; 4RTZ A; 4FYV B; 2D8H A; 1I5L A; 1AWX A; 1KK7 A; 2LCL A; 4LUD A; 1MV3 A; 2VWF A; 1WX6 A; 1VQM Q; 4M4Z A; 3EG3 A; 4MZP A; 5GAN d; 4PLI A; 4F16 A; 3OA6 A; 2KY9 A; 5CKD A; 3M57 A; 4XK8 E; 1S72 Q; 2X4Y A; 4OP0 A; 5J26 A; 3EFS A; 1YIJ T; 1PM3 A; 4L6V 5; 3GNG A; 1LJO A; 5KE2 A; 1SEM A; 4ELZ C; 1ZA2 B; 4KRT A; 3CPF A; 1M30 A; 4PLL A; 2L3P A; 1KD1 U; 3VJP A; 3JCM c; 2XDD A; 4Y92 A; 2GTJ A; 3JB9 J; 2LX7 A; 2LCC A; 1Y96 B; 3F70 A; 3JCM e; 1JJ2 P; 5GMK m; 4XU0 A; 3SWN A; 2X51 A; 2YUN A; 4N0A C; 1M8V A; 3H41 A; 4FT4 A; 1M3B A; 1SKU B; 2HL3 A; 3CCL Q; 4EIK A; 5GJW B; 1RAC B; 3V8L A; 3G4S Q; 1GXI E; 2DYI A; 1KHC A; 3M5A A; 2D1X A; 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