The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
|
sequence length |
55
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structure length |
55
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Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEGNGRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain double mutant V46G-D48G
rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
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| total genus |
12
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| structure length |
55
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| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-02-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HEQ A; 1W1F A; 1T0H A; 2ECZ A; 2W0Z A; 2F2X A; 4JJC A; 3M0Q A; 2KXD A; 3VS5 A; 4OMP A; 2DBM A; 3KFV A; 2NUZ A; 1GCQ C; 1E6G A; 1AOJ A; 3UAT A; 1GCP A; 4F14 A; 2AZS A; 2LP5 A; 1BU1 A; 1H8K A; 4DEX A; 1K4U S; 2DL8 A; 4Z88 A; 1UDL A; 4LUD A; 3FJ5 A; 2LX7 A; 4F17 A; 1AVZ C; 1QWF A; 2FEI A; 1JXO A; 4FSS A; 2CDT A; 1Z9Q A; 2RQR A; 2LCS A; 4QT7 A; 4HXJ A; 2DA9 A; 4JJB A; 1UJY A; 1T3S A; 4R0K A; 2DM1 A; 4Y92 A; 3PVQ A; 2FG0 A; 1YN8 A; 1G83 A; 1UJ0 A; 1QWE A; 1WLP B; 2GQI A; 3UA7 A; 3ULR B; 2D1X A; 4A63 B; 4OMO A; 2EPD A; 2CT3 A; 1X27 A; 1YCS B; 1PHT A; 2KRN A; 3VS3 A; 3NMZ C; 1X2Q A; 1K0X A; 1CKB A; 2AKK A; 2KNB B; 2JMC A; 3QWX X; 3VS0 A; 4K11 A; 3PVL A; 2NWM A; 2DBK A; 2ABL A; 3GBQ A; 2FO0 A; 1U5S A; 4OMQ A; 1UHC A; 4RTX A; 1E6H A; 2KT1 A; 3O5Z A; 3EG2 A; 3LH5 A; 4HVW A; 3H0F A; 1K9A A; 1WXB A; 2FPD A; 3SEM A; 2DIL A; 4CC7 A; 3EHQ A; 2J05 A; 2JS0 A; 2DX1 A; 3M0U A; 2DRM A; 1U3O A; 3EHR A; 1YWP A; 2CUB A; 1SRM A; 2L3Q A; 2FPE A; 2L3S A; 1HSQ A; 1BK2 A; 1SRL A; 2HBW A; 4J9I A; 3H0I A; 2KE9 A; 2YUQ A; 2KT8 A; 2J06 A; 2KXC A; 1ABO A; 2E5K A; 1NLO C; 1N5Z A; 1WDX A; 4AFU C; 2A37 A; 2RN8 A; 1UEC A; 2L3P A; 2RF0 A; 3VS6 A; 5IH2 A; 3NPF A; 1ZSG A; 3SHW A; 1X6G A; 2BZX A; 3PE0 A; 1AZE A; 1PKT A; 5ECA A; 2DF6 A; 2PNI A; 1CKA A; 1J3T A; 1W6X A; 2ROL A; 2K79 A; 2YUN A; 2KRO A; 1RLP C; 1JO8 A; 1T3L A; 2EYX A; 2V1Q A; 4J9C A; 1NYG A; 2C0I A; 1OOT A; 1X69 A; 4HVV A; 2RNA A; 1SSH A; 1VYV A; 1YNZ A; 2KRS A; 1NM7 A; 2EVR A; 2ROT A; 1Z9Z A; 2P4R A; 1ZUY A; 1M8M A; 2ED0 A; 2A36 A; 1GFD A; 2RQT A; 4OMN A; 5IHK A; 1RI9 A; 4GLM A; 4GBQ A; 1NEB A; 2MIO A; 2JS2 A; 2LJ1 A; 4ESR A; 1GFC A; 2KYB A; 3H41 A; 1U06 A; 1QCF A; 2JM9 A; 1GRI A; 4OMM A; 4D8D A; 2EGC A; 2VWF A; 4AG2 C; 2GTJ A; 2DVJ A; 2VVK A; 2O2O A; 2DMO A; 2LMJ A; 2FPF A; 2B86 A; 1ZBJ A; 1H92 A; 2EYW A; 3UF4 A; 2DLP A; 1Y57 A; 2EGA A; 4RTU A; 1WYX A; 2MCN A; 5HCK A; 2CH4 W; 2F2V A; 2JTE A; 1UE9 A; 2D0N A; 3ZL7 C; 4LE9 A; 1E7O A; 3RBB B; 2AK5 A; 2OAW A; 2LZ6 B; 2JW4 A; 4AFQ C; 3U23 A; 2M0Y A; 1TUC A; 2AZV A; 3VS4 A; 4JPB W; 4RTZ A; 1MUZ A; 2GGR A; 1VYT A; 2K9G A; 3I35 A; 2BTT A; 3VRZ A; 2F2W A; 2ED1 A; 1BB9 A; 2IIM A; 1WXT A; 2CSI A; 1YP5 A; 2J7I A; 2M51 A; 1HJD A; 3EGU A; 1M3A A; 4AFZ C; 1SHF A; 4LUE A; 4RTY A; 3M0S A; 2YT6 A; 3I5S A; 1H3H A; 2YUO A; 2DYB A; 2YUP A; 4RUG A; 3R6N A; 1AWJ A; 1SPK A; 2KEA A; 4LN2 A; 3TSW A; 5L23 A; 1LCK A; 1PWT A; 2RMO A; 5IXB A; 1IO6 A; 3M0P A; 1UFF A; 1CSK A; 2GNC A; 1T0J A; 1GBQ A; 1NG2 A; 1NYF A; 1MV0 B; 2CUD A; 1OEB A; 1NLP C; 1A0N B; 2BZ8 A; 2RPN A; 2DE0 X; 4J9H A; 3M0R A; 1JEG A; 2BZY A; 2LQW A; 2G6F X; 4IIM A; 1OPL A; 2EW3 A; 2LJ3 A; 2KGT A; 2DL7 A; 2AKL A; 1EFN A; 2K6D A; 3NHN A; 1KFZ A; 4J9E A; 2RQW A; 1I0C A; 1ABQ A; 2OJ2 A; 2HDA A; 1RUW A; 5GJW B; 1PNJ A; 1SEM A; 2YDL A; 1FMK A; 2CRE A; 4E6R A; 2LQN A; 3TSZ A; 2DNU A; 2PTK A; 1BBZ A; 3JV3 A; 1UTI A; 2GBQ A; 1AWX A; 4AG1 C; 1RLQ C; 4J9F A; 1M30 A; 2A28 A; 1I07 A; 2C0O A; 2CSQ A; 2J6K A; 1NEG A; 2EYY A; 1KJW A; 4KRT A; 1KSW A; 1K76 A; 2DL3 A; 4M4Z A; 1KIK A; 2LJ0 A; 2XMF A; 3NGP A; 1ZUU A; 2GTO A; 2O9V A; 3EG1 A; 3VS7 A; 3A98 A; 2MOX A; 1B07 A; 2L0A A; 5FW9 A; 1GL5 A; 3VS2 A; 1M3B A; 4CC4 B; 2EGE A; 2ENM A; 4DEY A; 3I9Q A; 5IHI A; 2PZ1 A; 2JMA A; 1OV3 A; 4CC2 A; 2RQV A; 1HD3 A; 1ZUK A; 4J9G A; 1UGV A; 5FWB A; 2H8H A; 2HSP A; 1TUD A; 2CT4 A; 4J9D A; 1X2K A; 5IHN A; 4F16 A; 4RTT A; 1VA7 A; 2J6O A; 2K2M A; 4Z8A A; 1W70 A; 2HCK A; 2EYZ A; 1WFW A; 1ZX6 A; 2A08 A; 1AWO A; 1M3C A; 1I1J A; 5FWC A; 3M0T A; 2JM8 A; 2O88 A; 3IQL A; 1K1Z A; 4CC3 A; 3EG0 A; 1Y0M A; 2X3W D; 1UG1 A; 2KYM A; 4Z89 A; 1WI7 A; 1WIE A; 2X3X D; 1S1N A; 2EKH A; 3UA6 A; 3C0C A; 3VRY A; 1GCQ A; 2QDL A; 2D8J A; 4ZNX A; 1WX6 A; 2J6F A; 1QLY A; 2EQI A; 2DJQ A; 2JXB A; 1PRM C; 2VKN A; 1UHF A; 2ESW A; 1AD5 A; 3TVT A; 4JZ3 A; 1QKW A; 4X1V A; 4D8K A; 2YSQ A; 1OPK A; 2K7A A; 4OML A; 2KBT A; 1MV3 A; 1FYN A; 4JZ4 A; 1TG0 A; 1X43 A; 3VS1 A; 1PKS A; 1VYU A; 2D8H A; 4JJD A; 5GJV B; 3CQT A; 2W10 A; 1SHG A; 1XOV A; 1ARK A; 1QKX A; 1ZLM A; 4J9B A; 2DRK A; 2O31 A; 1JQQ A; 2K3B A; 1V1C A; 2KR3 A; 2L2P A; 2OI3 A; 4WCI A; 2C0T A; 2CH4 A; 2SRC A; 2DL5 A; 2LNH B; 1PRL C; 1WXU A; 5EC7 A; 2DL4 A; 1WA7 A; 1UUE A; 1X6B A; 1B3Q A; 4RTV A; 2SEM A; 3I5R A; 4IIO A; 4RTW A; 2JT4 A; 5I11 A; 1AEY A; 2O9S A; 1AWW A; 2FRY A; 2RQU A; 1JU5 C; 3QWY A; 5IXF A; 2V1R A; 2FRW A; 1GBR A; 1YWO A; 1AZG B; 2EBP A; 3REB B; 1K0S A; 3REA B; 4HVU A; 1G2B A; 4EIK A; 3H0H A; 4ORZ A; 1M27 C; 3RNJ A; 4AFS C; 2KRM A; 3EG3 A; 1JXM A; 4HCK A; 2I0N A; 4LNP A; 3THK A; 5I22 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CZ1 B; 2HEQ A; 3SD4 A; 4OMF B; 4QVZ A; 2E65 A; 1YIT T; 2VAS A; 4JDS A; 4M75 A; 2L3R A; 2LVM A; 4C92 B; 3HKS A; 1RAH B; 1K8A C; 3VS5 A; 3JB9 D; 5LJ3 d; 2DBM A; 5KYU B; 1SG5 A; 1E6G A; 2ZPF B; 3UAT A; 5IAY A; 5I2S A; 1BU1 A; 4DEX A; 3CD6 T; 5J39 A; 3GPL A; 1K4U S; 1YFN A; 4LUD A; 3FJ5 A; 2LX7 A; 2RI5 A; 1VQL T; 1AVZ C; 4BUG A; 4OB1 B; 4BDY A; 4FSS A; 2LCS A; 3KXT A; 2IVW A; 4A4G A; 2FZG B; 2DA9 A; 4GLK A; 1UJY A; 4LDW A; 5FU7 B; 3OYK A; 1YN8 A; 1M1G A; 1QQJ A; 1YIT A; 1QWE A; 2GQI A; 3OYC A; 1UGS B; 2RJF A; 2DIG A; 3ULR B; 3VYG A; 1U8R A; 2D1X A; 3EH1 A; 4A63 B; 1YHQ Q; 3M9Q A; 1QVF S; 5KYY B; 5D6X A; 1X27 A; 1SKU B; 2H3E B; 4M77 D; 1UGR B; 1M90 C; 4J6W A; 1YIT Q; 3QDF A; 2FZK B; 3CD6 A; 3CPW A; 1OI1 A; 1VQL A; 3VS0 A; 4IUQ A; 1MMG A; 2DBK A; 4M78 B; 2ABL A; 3GBQ A; 1U5S A; 3QDR B; 3DLM A; 4QQ6 A; 4OGC A; 1IGU A; 2FZC B; 1VQL Q; 4M7D E; 2FPD A; 2DIL A; 1FX7 A; 3EHQ A; 1FMV A; 2LDM A; 1R0C B; 2J05 A; 2YHT A; 3M0U A; 1YWP A; 3QZ9 B; 3SFM A; 3H0I A; 4FYX B; 1SSF A; 2KE9 A; 1M1K U; 4PJL A; 1LPL A; 4AFU C; 2L3P A; 3NPF A; 3OYJ A; 1Q81 U; 1TOV A; 1SF9 A; 2BE7 D; 4MZT A; 4OB3 B; 1AZE A; 4P5N A; 4J5Y A; 1J3T A; 5A0D A; 3MP8 A; 2XDP A; 2YUN A; 2KRO A; 2XKO C; 5CQY A; 4C92 D; 4FYV B; 4F7U G; 2X4Y A; 2C0I A; 4LXC A; 1X69 A; 3VJP A; 2EAY A; 4HVV A; 3RMS A; 1SSH A; 1NM7 A; 1Q82 C; 4ME7 A; 3EAE A; 1NPR A; 2RHY A; 4FT2 A; 4RG8 A; 1M8M A; 2A36 A; 4MDX A; 1JB0 E; 3ASK A; 4OMN A; 1S72 T; 3MHX A; 4KGX B; 5J26 A; 1N8R U; 1WHJ A; 4RCB A; 3F70 A; 4QQD A; 2X51 A; 1K9M C; 5HY6 A; 4MZM A; 4D8D A; 5DM7 R; 4M7A G; 2QTV A; 2GTJ A; 2CZ6 B; 2JTM A; 2NUP A; 4JLG A; 1VQ5 Q; 3OYM A; 1ACM B; 2LMJ A; 1ZBJ A; 1H92 A; 1OYX A; 1Y57 A; 4RTU A; 1WYX A; 4X9C A; 2MCN A; 2JTE A; 1S72 A; 3ZL7 C; 4J6Y A; 4FM4 B; 4JS5 A; 2LZ6 B; 3SWN A; 2NUT A; 2M0Y A; 5CKF A; 3EGX A; 5LJ5 e; 3CCM T; 4RTZ A; 1MHN A; 1M2V B; 1S72 Q; 3CEY A; 4NS5 A; 1PSE A; 3A8O B; 4IKF A; 3G71 T; 3JCM g; 5GAN d; 4M7D F; 1NE8 A; 3MKD A; 4HT8 A; 2J7I A; 1M3A A; 5LJ3 f; 4AFZ C; 4IUV A; 1SHF A; 3M0S A; 4CI0 C; 4A4H A; 2K57 A; 4LDY A; 1M9S A; 5L8R E; 1LNX A; 2QQR A; 5L23 A; 4E7Z A; 5IXB A; 3A1P A; 2RHU A; 3CCM A; 2HMA A; 1T0J A; 4RMO A; 4D6W A; 1NYF A; 1M8V A; 4ZN1 A; 4FIB A; 3G71 A; 5GAN 2; 2BZ8 A; 3CCM Q; 2DD5 A; 4ELY C; 5LJ3 g; 3JAM E; 4J9H A; 2LQK A; 2O4X B; 3V7S A; 3X25 B; 1N9S A; 1JJ2 P; 3P8B B; 1JEG A; 1QCO A; 2LQW A; 2G6F X; 2DKG A; 3CCQ Q; 1JJ2 S; 3OYL A; 3X28 B; 2K6D A; 4X9D A; 3NHN A; 1G3T A; 4J9E A; 4KUL A; 3QBY A; 1YCY A; 2HZY A; 2C06 A; 3ZBD A; 2GQV A; 3RIR A; 5GAM h; 5IT9 E; 4V2S A; 4C92 F; 1AWX A; 1IHV A; 1VQ8 A; 4J7F A; 1M30 A; 4E7J A; 2J6K A; 4QVD A; 4N4I A; 2MYS A; 4L6V 5; 1U1S A; 2MI6 A; 4FCY A; 4M4Z A; 2XMF A; 4C5G A; 2PVO B; 2E3H A; 5FRO A; 3ZEH A; 3VS7 A; 2KY9 A; 1B07 A; 3JCM P; 2QQA A; 3M4G A; 5EG2 A; 3I9Q A; 5IHI A; 3PIP A; 2JMA A; 3HPW A; 1ZSZ B; 1HD3 A; 5KCO A; 4M7A C; 2EJG A; 1ZUK A; 4J9G A; 5DLO A; 1M1K R; 4JJN K; 2HSP A; 2HL3 A; 1WHK A; 3TEE A; 5CCA A; 4PJO B; 4F16 A; 1Q81 R; 4RTT A; 1VA7 A; 4M78 F; 3WVE B; 2CP5 A; 1I4K 1; 1Y96 B; 4Z8A A; 2EYQ A; 1W70 A; 2HCK A; 1WFW A; 1ZX6 A; 2A08 A; 3QHS A; 1K1Z A; 1OU8 A; 1Y0M A; 1BI0 A; 2KYM A; 2QYZ A; 4Z89 A; 3M56 A; 4M7A A; 4C8Q B; 2CP6 A; 1S1N A; 3UA6 A; 3DB4 A; 5GAN 7; 3VRY A; 1ZBX A; 2QDL A; 2XU8 A; 2QA4 T; 4F7U E; 2M02 A; 1D0X A; 3CPF A; 1QCN A; 4E7I A; 3TVT A; 1LJO A; 3KBG A; 3CCE T; 2YSQ A; 3LWI A; 2KBT A; 4JZ4 A; 1N8R R; 3PFS A; 1PKS A; 2VYT A; 1VYU A; 3A8G B; 3CQT A; 2W10 A; 2D9T A; 3BE3 A; 1XOV A; 3S3O A; 1QKX A; 1ZLM A; 1UB4 A; 3VKI A; 2EQM A; 2LT4 A; 1RAA B; 4HA8 A; 3MEW A; 2IG0 A; 3H6Z A; 1V1C A; 3PIO A; 3S3N A; 2QA4 A; 2SRC A; 3JB9 G; 2CP3 A; 3RDV A; 4M7A E; 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2M1H A; 3CCS T; 1YIJ A; 2FO0 A; 2HQH A; 4M75 B; 4OMQ A; 1Q81 C; 1RAE B; 2VGM A; 3GOX A; 4BY6 C; 2CZ7 B; 1XTD A; 3OBW A; 3EG2 A; 4HVW A; 5D7U A; 3OS1 A; 3A8M B; 1K9A A; 2JZ2 A; 1OZ3 A; 1YIJ Q; 2DRM A; 1U3O A; 3EHR A; 3CPW P; 1W2B A; 3CPW S; 2FL7 A; 1HSQ A; 3CC7 A; 1VQ6 Q; 3OYG A; 3EGD B; 1NLO C; 3RUX A; 3CCS A; 3HL8 A; 2E1H A; 3CC7 Q; 3SHW A; 4M75 C; 2COZ A; 1W6X A; 3JCM J; 2CP0 A; 3L2Z A; 3CCS Q; 4XTU A; 3JCM d; 2K79 A; 1N8R C; 1R77 A; 1RLP C; 4LDV A; 2F5T X; 1D09 B; 5A0G A; 1RAF B; 4ELZ C; 4J9C A; 1OOT A; 2RNA A; 3EG9 B; 2KRS A; 1VYV A; 1C6V X; 2EVR A; 2WSE E; 4A4F A; 3GIB A; 3CMA Q; 2RM4 A; 3GP8 A; 5IHK A; 5CKB A; 1WZO A; 4PNO A; 1RI9 A; 4E7L A; 4GY5 A; 3VYH B; 4PJO F; 4M77 C; 1HK9 A; 2NLU A; 1NEB A; 3ZFJ A; 1JRI A; 2JS2 A; 2HNI A; 2LJ1 A; 4ESR A; 3OYB A; 1U06 A; 2JM9 A; 3JB9 H; 1GRI A; 2CGH A; 2RB6 A; 3M58 A; 1M5Q 1; 2DVJ A; 5GAO p; 3G6E T; 1VOM A; 2EYW A; 2DLP A; 4C8Q F; 2DTH A; 2CH4 W; 1JBM A; 2F2V A; 1UE9 A; 3EH2 A; 2E10 A; 4PL6 A; 1EZZ B; 2ZPE B; 1E7O A; 1OUL A; 2AK5 A; 1QVF P; 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