The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
NGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKNAPLFK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
|
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| total genus |
14
|
| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| chains with identical sequence |
n
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| d | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JCM c; 4M7D D; 3JB9 F; 1HK9 A; 2VC8 A; 5GAM d; 1N9R A; 3QHS A; 4PJO C; 1TH7 A; 2RM4 A; 4M75 B; 4OP0 A; 1WNL A; 1D3B A; 1WPY A; 3EFR A; 4JUV A; 4XU3 A; 1YCY A; 3RKY A; 4M75 F; 4M7A G; 4PJO D; 3JCM W; 2VXF A; 5GAN 5; 4HT9 A; 4PNO A; 4QVC A; 5LJ5 f; 5GAM j; 5GAO p; 1I4K 1; 3L2Z A; 1H64 1; 1LJO A; 3JCM f; 5GMK h; 2E10 A; 2FYK A; 4J6X A; 2JN0 A; 4JLI A; 5LJ3 f; 4M7A B; 4EMK C; 5GAN 4; 3VU3 C; 2QTX A; 1U1S A; 4XTW A; 4M7A F; 2ZGW A; 4XTY A; 3SB2 A; 4M7A A; 2DJZ A; 4MML A; 3JCM J; 5GMK m; 3JCM g; 2DXU A; 4M77 G; 4NL3 A; 3FJP A; 5GAN e; 1M5Q 1; 5LJ3 g; 3BDU A; 4XTV A; 3JCM h; 5CAI A; 5GAO l; 1JRI A; 2EAY A; 3RKX A; 5LJ3 h; 3JCM V; 5GAN d; 3JB9 I; 1D3B B; 4M78 G; 2EJG A; 4XU1 A; 2YLC A; 4RCB A; 4X9D A; 5GAM f; 4QVD A; 4M77 B; 3V7C A; 5GAN 7; 4V2S A; 3V8J A; 4M77 F; 5GMK i; 5GAN j; 3JB9 D; 4M7D G; 1I8F A; 2DZ9 A; 2EWN A; 2FB7 A; 2YLB A; 1WQ7 A; 2DVE A; 3PGG A; 4M77 A; 4M75 C; 3RES A; 5I21 A; 3JCM P; 4A53 A; 5GAO q; 4XTU A; 4M75 D; 4M77 E; 3BFM A; 3JCM Q; 4XTZ A; 1BIA A; 4N0A A; 4M78 A; 3QO3 A; 2RA2 A; 4M7D B; 4C8Q E; 2DTO A; 5LJ5 g; 4M7D F; 4M78 E; 4M7D A; 4M7A C; 4HA8 A; 5LJ5 h; 2E41 A; 2E1H A; 1KQ2 A; 4C92 E; 4X9C A; 4M7A D; 4DQ2 A; 3INZ A; 3V8K A; 4M7D E; 2E64 A; 2DZC A; 4C8Q G; 3EFS A; 2EJF A; 3SWN B; 2DKG A; 3JCM X; 4A54 A; 2E65 A; 3JB9 J; 1HXD A; 4PJO E; 3JCM e; 5LJ5 d; 2DTH A; 5GMK j; 3SWN A; 1M8V A; 3FB9 A; 5LJ3 e; 4C92 G; 1N9S A; 3JCM b; 1LNX A; 3JCM d; 2K57 A; 5GAO n; 3AHU A; 5GMK l; 4J6W A; 3HFO A; 4M77 C; 5LJ3 d; 4C8Q B; 4NL2 A; 2DTI A; 4M78 B; 5LJ5 j; 2I2L A; 4C8Q F; 5GAM g; 4PJO G; 3JB9 G; 4J5Y A; 4M78 F; 1MGQ A; 4RCC A; 3RUX A; 4C8Q A; 4N0A C; 4C92 B; 4XU0 A; 5GAM h; 4MMK A; 1WQW A; 1KQ1 A; 4F7U E; 2DEQ A; 4XU2 A; 4C92 F; 4JRI A; 4C92 D; 5LJ3 j; 4HT8 A; 2VXE A; 1BIB A; 4C92 A; 2RD1 A; 5GMK e; 1B34 B; 4M7D C; 3RKW A; 4PJO B; 3HSB A; 4WF2 A; 4PJO F; 1B34 A; 2Y90 A; 4PJO A; 5GAN 8; 4XTX A; 1U1T A; 4F7U G; 5LJ5 e; 3FIF A; 4J6Y A; 5GAN f; 5GAN 6; 2HNI A; 4M75 A; 3GIB A; 3JB9 H; 4JRK A; 2DXT A; 1Y96 B; 3V7R A; 1I5L A; 3BY7 A; 2CGH A; 1X01 A; 3SWN C; 3QSU A; 4EMK B; 5GAO m; 4M75 E; 5GAN 2; 4Y91 A; 1Y96 A; 4F7U B; 5GAN g; 2EJ9 A; 4EMK A; 4F7U F; 3V8L A; 4M77 D; 3QUI A; 5GAN h; 3HFN A; 4F7U A; 4NOY A; 5DY9 A; 5GAO r; 3RER A; 4C8Q C; 1JBM A; 3L1A A; 4M78 C; 1I81 A; 4EMG A; 4C8Q D; 2YHT A; 4M75 G; 4XQ3 A; 4M78 D; 5GAN 3; 4M7A E; 2RB6 A; 4C92 C; 3M4G A; 3BW1 A; 5GAM e; 1LOJ A; 3V7S A; 3RIR A; 4EMH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CC4 T; 4MZP A; 5CIU A; 3C12 A; 1YIT T; 1TH7 A; 3RKW A; 1OYX A; 3G4S Q; 4N4I A; 2WSE E; 4HT9 A; 3OS0 A; 4QQD A; 4KGV B; 3HRS A; 1VQ7 T; 5LJ3 f; 3OW2 P; 1OPK A; 3OYM A; 4OF1 A; 2RF0 A; 3PIO A; 4C0G A; 1T0H A; 4F14 A; 3JCM g; 3CXC S; 3M54 A; 2CDT A; 2M0Y A; 2KAF A; 5GAO l; 2YUQ A; 4HCZ A; 4OB3 B; 2GQI A; 4LE9 A; 3JV3 A; 2E5Q A; 2DK3 A; 1FX7 A; 2H3E B; 4RTW A; 1JU5 C; 3VKI A; 3OBW A; 2DVJ A; 3GNG A; 1BK2 A; 4M7A C; 4J7I A; 3I5R A; 1GBR A; 4BD3 A; 4M7D E; 2E65 A; 4ANJ A; 4FT2 A; 3CBO A; 1FMK A; 4FW2 A; 2XG8 D; 2DNU A; 2M0O A; 2LQK A; 3DB4 A; 2NUT A; 2W0Z A; 1QCF A; 3RUX A; 4CRI A; 5A0D A; 4WCI A; 2IPO B; 3VS5 A; 1IXD A; 2LCC A; 1Q86 C; 1OX9 A; 1UGQ B; 1BIB A; 2RQR A; 1Y07 A; 3LGL A; 4J9G A; 4RKU E; 2BZY A; 2QAS A; 1BYM A; 4DOV A; 2HKQ B; 1IB8 A; 2M51 A; 4X1V A; 5LJ5 e; 3E19 A; 2YRC A; 1VYU A; 2EKH A; 2K4Y A; 1I5L A; 3TVT A; 2L3P A; 3OA6 A; 4AT1 B; 1R8O B; 2QEX A; 2BZX A; 1G3S A; 2CUB A; 3X25 B; 5FW9 A; 5IXF A; 4C8Q C; 1XQH A; 1WIE A; 4M78 C; 4YTL A; 1RUW A; 2RJE A; 4M75 G; 1MMA A; 3VS6 A; 4C92 C; 4Q5W A; 3QYG B; 2LJ3 A; 2ROL A; 2QQS A; 4R0K A; 2EYX A; 1K9M R; 1AWJ A; 4A4H A; 1N8R R; 3QWX X; 2P0Q A; 1ZSZ C; 4PK4 A; 1S72 A; 3J81 E; 3L2Z A; 5A0G A; 1TXQ A; 2KGT A; 3CME Q; 1PKS A; 1KIK A; 1M3B A; 1M5Q 1; 4C0Z A; 4P5N A; 2EKO A; 1V1C A; 2KEA A; 4E7H A; 3PMT A; 2PUK B; 3OB9 A; 2RPN A; 4OMF B; 2KRO A; 3JB9 D; 1ZUY A; 4DEY A; 2X4Y A; 3JCM P; 2W10 A; 3UT1 A; 2QA4 A; 2QQB A; 4M78 A; 3UDC A; 1D09 B; 2EBP A; 2NYS A; 2GGR A; 3M0Q A; 4DQ2 A; 1VQ5 A; 1RAI B; 3AT1 B; 4JRQ A; 4PJO E; 3REA B; 2K3B A; 3CCR A; 2PZ1 A; 1MUZ A; 4BI8 B; 1VQN Q; 1PSE A; 5IHK A; 2NUT B; 4IKF A; 2DTI A; 3DB3 A; 2E12 A; 2RHI A; 2DL7 A; 1WHL A; 4OB0 B; 2K3Y A; 5GAM h; 4MMK A; 3G4S T; 1ZA2 B; 5LJ3 j; 4IUV A; 2VXE A; 1YP5 A; 1WYX A; 2HL3 A; 3DLL A; 2DO3 A; 3S3M A; 2EYZ A; 3NFC A; 3FIF A; 4KGZ B; 1I1J A; 2K7A A; 2FZK B; 4HVV A; 3SWN C; 4ZGE B; 2ZPH B; 5GAN g; 3G71 T; 1UGV A; 4F7U A; 1YNZ A; 1XTD A; 2KY9 A; 2KVQ G; 2L0A A; 1JBM A; 3SHW A; 3HP9 A; 3OYD A; 1VA7 A; 5GJV B; 2VVK A; 4EMH A; 3QYH B; 1EFN A; 3LYI A; 1W4S A; 1X69 A; 4XU3 A; 5GAN 5; 2FPD A; 3CCV A; 3A98 A; 1NEB A; 4QVC A; 5GAO p; 1S1N A; 3EG9 A; 4OB2 B; 4RTZ A; 1U1S A; 2WAC A; 3RMQ A; 2EQJ A; 3CPW P; 3UPU A; 5J26 A; 3BDU A; 3FRN A; 2EYW A; 3URG A; 3A8H B; 1R0B G; 4ELZ C; 5CQX A; 1T3S A; 1M2V A; 2JJ9 A; 2P0P A; 1JEG A; 3A8L B; 3A5Z B; 1ZQ1 A; 1K0S A; 1QVG P; 4M75 C; 3CCU T; 3O5Z A; 4L5G A; 2XDP A; 4M4Z A; 3G1J A; 1Q7Y C; 1JB0 E; 2CZ6 B; 1N27 A; 1IRE B; 3L2R A; 1K8A C; 3NPF A; 3EGX A; 3OW2 A; 3E1S A; 1SKU B; 1MND A; 3INZ A; 1LCK A; 2JZ2 A; 1K76 A; 1IO6 A; 2DFU A; 1KD1 R; 1QCO A; 3FB9 A; 2XDB A; 5GMK l; 1NEG A; 2CP2 A; 5LJ3 d; 1WFW A; 2PVG B; 1AD5 A; 4EIK A; 2YWW A; 2ZPI B; 2F2V A; 2E6Z A; 2JMA A; 5GMK e; 5HK3 A; 1MV3 A; 8AT1 B; 1JJ2 P; 1X2Q A; 1YFN A; 5IHN A; 1TOV A; 3MET A; 2HD0 A; 4PFP A; 1RLQ C; 4M75 A; 2CS7 A; 3SFM A; 2RI5 A; 4LD9 K; 4F7U B; 4JLG A; 3VS4 A; 2ZCF B; 2R5M A; 2QEX T; 2E4H A; 2FRW A; 5GAO r; 4EMG A; 3LGF A; 4M7A E; 1VQ6 A; 4PJM A; 3M4G A; 1SF9 A; 3BW1 A; 1PNJ A; 3JCM c; 5FRO A; 3KXT A; 1UB4 A; 2HSP A; 3OW2 S; 3M0P A; 1M4Z A; 3RDV A; 5L23 A; 2K5F A; 2K79 A; 3MEU A; 3GBQ A; 3EG0 A; 1SSH A; 1JXO A; 3UWN A; 2DRK A; 3EG9 B; 5C6S A; 5IN1 A; 3CCL Q; 1GCQ A; 1S72 T; 3OSV A; 1HYO A; 4RUG A; 1SRL A; 3CCQ Q; 1VQN T; 3OMG A; 1X6B A; 1AWO A; 1R0C B; 2DIL A; 2C06 A; 2IVW A; 2OTL A; 4IUR A; 2KQW A; 2OX7 A; 4ORZ A; 1M2V B; 1NLP C; 1FMW A; 3EHQ A; 3V7C A; 2CSQ A; 1VQO Q; 3CBM A; 1M3C A; 1IHW A; 3VS1 A; 4XTZ A; 4CC2 A; 1YJN A; 2XKO C; 2QA4 T; 2DYB A; 3EGX B; 4C8Q E; 1YI2 A; 2P4T A; 2DTO A; 5LJ5 g; 4M7D F; 4M78 E; 4BUG A; 3FJ5 A; 2RNA A; 4HA8 A; 2E6N A; 2XDD A; 4C92 E; 3QG1 A; 2ZPB B; 3UA6 A; 1TU0 B; 2DKG A; 3P8D A; 1VQ5 T; 2QQ9 A; 3MHX A; 1AWW A; 1M9S A; 2JS2 A; 3CCR T; 5KCO A; 1G2B A; 3A8O B; 2AHJ B; 3GF5 A; 3CC4 Q; 4QW2 A; 2DEQ A; 1CKB A; 1YIT Q; 1VQ7 Q; 3JB9 H; 1X01 A; 2E5K A; 5FU6 C; 2DL8 A; 1Y96 A; 2X4X A; 4BI4 A; 2DE0 X; 4B9X A; 2CUD A; 1OU8 A; 5CO7 A; 1GXI E; 5I22 A; 4KGX B; 4FU6 A; 2YHT A; 3X20 B; 2D9T A; 4A4E A; 4XQ3 A; 1SEM A; 3M53 A; 3R6O A; 4QQ6 A; 4M7D D; 1D1C A; 1Q82 R; 1Q95 G; 4OP0 A; 2EQI A; 3RKY A; 1D3B A; 1FWZ A; 3M58 A; 1YCY A; 1YJW A; 5D6X A; 1QP2 A; 4AG2 C; 1UJ0 A; 5GAM j; 4BDY A; 1C0M A; 1VQL A; 3CCV T; 1HD3 A; 2E10 A; 2COW A; 2HL5 C; 1KK7 A; 1WHK A; 3OS2 A; 4OMQ A; 3QDR B; 2DJZ A; 3I35 A; 1Q86 U; 1BCO A; 2EQK A; 2KT1 A; 1K8A R; 1MMN A; 3I55 A; 2MK5 A; 2A08 A; 2DZ9 A; 2EWN A; 1DJ7 B; 3LH0 A; 3UA7 A; 8ATC B; 1U06 A; 1UGS B; 4N0A A; 3MP8 A; 1W6X A; 5IXB A; 2D8J A; 2DX1 A; 2KYM A; 5ECA A; 3E9G A; 1K9M C; 1KC8 U; 2E64 A; 1N8R C; 3CPW A; 3Q1J A; 2EJF A; 1RAG B; 3OSS C; 1TWB A; 3VJP A; 4IIM A; 2KMT A; 3PNW C; 4AG1 C; 1YCS B; 2M02 A; 4NS5 A; 2LMJ A; 5CKH A; 5GAO n; 2SRC A; 2ENM A; 5LL6 S; 3JB9 G; 1VQM T; 3QZ9 B; 1ZHI A; 1QVG A; 3VYG A; 4BE2 A; 4RTY A; 5CCA A; 3PFS A; 1XNI A; 4CC7 A; 1WHG A; 2O9V A; 4XK8 E; 2MMP A; 4PJO A; 1RAF B; 2V8K A; 4DOW A; 3MJX A; 3CD6 A; 1V76 A; 5GAN 6; 1WGS A; 1Y96 B; 2O88 A; 3QSU A; 4M75 E; 2DJQ A; 3M56 A; 2JMC A; 3QUI A; 4AFQ C; 1Y71 A; 3CC2 A; 1M90 U; 1I81 A; 4IIO A; 3OMC A; 5FLX E; 3VYH B; 1VQ6 T; 2FG0 A; 5GAM d; 2XK0 A; 1JJ2 A; 4PJO D; 1Y7X A; 4J7F A; 3CPW S; 1QVF P; 5KYN A; 1AT1 B; 3EH2 A; 3L42 A; 4EMK C; 3VU3 C; 4MDX A; 1AWX A; 3TCJ A; 1QVG S; 2ZPF B; 4FYY B; 1NBE B; 1J3T A; 2JVV A; 3D7S B; 1G83 A; 5KE2 A; 4JJB A; 3VUB A; 2WSC E; 1BI0 A; 2ZPG B; 4M77 A; 2E70 A; 1WJS A; 3L2Q A; 3TSZ A; 1YHQ A; 2RA2 A; 1GRI A; 4VUB A; 1YJN T; 5FU7 B; 1YI2 T; 1WXU A; 2DL4 A; 4II1 A; 4N4H A; 1RAE B; 3FLG A; 2EQU A; 3G71 Q; 2MIO A; 2J7I A; 1I5O B; 2A28 A; 1M8V A; 5LJ3 e; 1WXB A; 4ZTF A; 2K3X A; 3HFO A; 1JJ2 S; 1BCM A; 4E7J A; 1MGQ A; 2OTJ A; 1PG5 B; 1VUB A; 1WHJ A; 2F5T X; 1WZO A; 1OV3 A; 4PJO B; 2M9U A; 4BY6 C; 4E7L A; 1M1G A; 5GAN 8; 1X75 C; 2O4X B; 3J7A F; 1K0X A; 1NZ9 A; 1XJW B; 2EYQ A; 1G5V A; 1BI2 A; 3V7R A; 1VQK A; 3O8V A; 1ABQ A; 5GAO m; 3BDL A; 4Y91 A; 3PVQ A; 4D8K A; 4JRP A; 4J8O A; 1B07 A; 2LQN A; 1Q7Y U; 3N5B B; 1VQ4 A; 3L1A A; 4B6M A; 2HSE B; 5FRM A; 3DLM A; 2J6O A; 4LD6 A; 2RB6 A; 5I2S A; 9ATC B; 1KD1 C; 3NMZ C; 1KQS P; 3CCU Q; 3JB9 F; 1WA7 A; 2YDL A; 2RM4 A; 4A4K A; 1XOV A; 3JCM W; 1GCP A; 3C0C A; 4PNO A; 2VWF A; 4RTU A; 5LJ5 f; 1YJW T; 3MPU B; 2K6D A; 1AZE A; 1N5Z A; 2PVO B; 5J3B A; 4J6X A; 1VQL T; 2QK0 A; 3GNF B; 4R56 A; 1BI1 A; 2NWM A; 4M7A A; 4FIB A; 4L6V 5; 1VQP A; 2DXU A; 2DET A; 1K73 U; 3M55 A; 3CCJ A; 4A63 B; 3VRZ A; 1M1K R; 3GLX A; 4LDY A; 4XU1 A; 4M77 B; 2RK2 A; 1PC0 A; 1Q81 R; 2YLB A; 2PTK A; 3PGG A; 5I21 A; 1TUD A; 3QXE B; 2M16 A; 2GFA A; 3GOX A; 2RI3 A; 4KUL A; 4LN2 A; 1MMG A; 4M7A D; 1QW1 A; 2DZC A; 2RHZ A; 3ZBD A; 2LC4 A; 1ZX6 A; 2D6F A; 3EFS A; 2EGC A; 1ZSG A; 1WI7 A; 2QEX Q; 2OJ2 A; 4UC4 A; 2K57 A; 5KH6 A; 4NL2 A; 3I56 A; 4C8Q A; 4HCB A; 4XU0 A; 1WQW A; 2JOY A; 4XU2 A; 4C92 A; 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