The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
83
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structure length |
75
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Chain Sequence |
MVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSKGTPLGKILLKGDNITLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
|
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
|
| total genus |
9
|
| structure length |
75
|
| sequence length |
83
|
| chains with identical sequence |
p
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| e | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GMK h; 2E65 A; 4M7A G; 2RD1 A; 2HNI A; 5DY9 A; 3BW1 A; 4M78 A; 4N0A C; 3V8K A; 3JB9 D; 3JCM h; 2I2L A; 3GIB A; 4M78 E; 2CGH A; 4J6X A; 4XU2 A; 1KQ2 A; 2QTX A; 4PJO A; 2FYK A; 4M78 D; 5GAN h; 4Y91 A; 5GAO p; 4XU1 A; 2DEQ A; 2DJZ A; 5GMK m; 1LJO A; 4PJO D; 1D3B A; 4WF2 A; 5LJ3 h; 2DXT A; 3JCM d; 5GAM e; 3RIR A; 4OP0 A; 3BFM A; 4PJO G; 5LJ5 d; 5GAN d; 3HFO A; 4M77 C; 4NOY A; 3RKW A; 3JB9 H; 1Y96 B; 1U1T A; 4XU0 A; 5LJ3 d; 1I8F A; 4J6W A; 4XTV A; 1WPY A; 4XTX A; 5GAN 6; 4XTW A; 4M7D G; 4JUV A; 4M77 B; 3BY7 A; 4JLI A; 1H64 1; 2DTO A; 4XQ3 A; 1JBM A; 3RKY A; 1MGQ A; 4JRI A; 4M75 G; 4M77 F; 4QVC A; 3V8L A; 1JRI A; 2DZC A; 1TH7 A; 2ZGW A; 4C8Q C; 3V7C A; 3EFR A; 3RKX A; 2EWN A; 4C92 C; 3JCM f; 3SWN A; 4XTZ A; 3JCM b; 2E1H A; 3JB9 G; 4J6Y A; 2DXU A; 1WQW A; 1U1S A; 1WQ7 A; 1N9R A; 3INZ A; 4EMK C; 3RUX A; 5LJ5 f; 5GAN f; 5I21 A; 3JCM V; 3JB9 I; 4M78 G; 4M7D C; 2VXF A; 3FIF A; 3FJP A; 4C8Q B; 4M7A C; 4C92 B; 5LJ3 f; 4C8Q F; 4M77 A; 5GAM h; 4F7U B; 3SB2 A; 3BDU A; 3V7R A; 4QVD A; 4C92 F; 3V8J A; 4M77 E; 4DQ2 A; 4EMK B; 4F7U F; 5GAN 8; 4M77 D; 3FB9 A; 5GAO n; 1B34 B; 3EFS A; 4XU3 A; 1LOJ A; 4M7A B; 5GAO l; 3JCM g; 2RM4 A; 1N9S A; 3JB9 J; 5GAM d; 5GAO q; 4M78 C; 4XTU A; 4M7D F; 2DTI A; 4M7A F; 5LJ5 g; 5GAN g; 4N0A A; 2RA2 A; 4PJO C; 2DTH A; 1I5L A; 5GAN 4; 4XTY A; 4A53 A; 4C92 A; 5GAN 5; 4C8Q E; 2E64 A; 5LJ3 g; 5LJ5 j; 2YHT A; 5GAN j; 4EMG A; 1X01 A; 1BIA A; 4JRK A; 4C92 E; 2EJG A; 4F7U E; 1HK9 A; 2RB6 A; 1Y96 A; 1YCY A; 3HFN A; 4C92 D; 3AHU A; 5LJ3 j; 3PGG A; 4M78 F; 2YLB A; 2YLC A; 3RES A; 4PJO B; 1B34 A; 2E41 A; 3VU3 C; 1I4K 1; 4PJO F; 2EJF A; 4M7A E; 2DKG A; 4PNO A; 4HA8 A; 4M75 C; 4X9D A; 5GAN 3; 3QSU A; 1D3B B; 1HXD A; 2K57 A; 5GAM f; 1M8V A; 1M5Q 1; 2VC8 A; 3JCM X; 3JCM W; 2Y90 A; 3JCM e; 2EJ9 A; 4EMH A; 4M7D B; 3L1A A; 3V7S A; 5GMK j; 3QUI A; 4M75 B; 3L2Z A; 1WNL A; 4MMK A; 4J5Y A; 5GAN e; 4M77 G; 5LJ5 e; 5GAO m; 3RER A; 5GAN 2; 4M75 F; 5GMK l; 4NL2 A; 5LJ5 h; 3JCM Q; 3JCM P; 4PJO E; 3SWN C; 4C8Q A; 1LNX A; 4X9C A; 5LJ3 e; 4HT8 A; 2DVE A; 4F7U A; 3JB9 F; 1KQ1 A; 4C8Q D; 2JN0 A; 4M78 B; 4EMK A; 3JCM J; 5GAM g; 4RCC A; 1I81 A; 4M7D A; 4HT9 A; 3SWN B; 4M7A A; 2VXE A; 4C8Q G; 4NL3 A; 4RCB A; 5GAO r; 4M7D E; 4V2S A; 4M75 A; 4C92 G; 5GAM j; 4A54 A; 4MML A; 3QHS A; 3JCM c; 4F7U G; 2FB7 A; 4M75 E; 4M7D D; 4M7A D; 3M4G A; 5CAI A; 5GMK i; 3QO3 A; 3HSB A; 2DZ9 A; 5GMK e; 4M75 D; 1BIB A; 5GAN 7; 2E10 A; 2EAY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HPW A; 5GMK h; 1JJ2 P; 2QTX A; 3OYY A; 4Y91 A; 3CCL Q; 3PIO A; 1NEB A; 2O4X B; 2P0P A; 5GMK m; 2Z0W A; 1KD1 R; 1YFN A; 3PTA A; 3RIR A; 3QZ5 B; 3RKW A; 3JB9 H; 2EIF A; 1D0X A; 2RN8 A; 1ARK A; 2EQK A; 3WVD B; 2E3H A; 3TSW A; 2XHC A; 1VQ4 T; 4QVC A; 4ME7 A; 1K9M C; 1I5O B; 2EBP A; 3CCQ T; 1QLY A; 3ER0 A; 4RTW A; 2CP6 A; 4D8K A; 3CMA Q; 1NPP A; 2QXF A; 1B34 B; 1LOJ A; 2DM1 A; 1Q82 R; 2YT6 A; 4AFQ C; 5LJ5 g; 2LDM A; 2D1X A; 2RQT A; 3HRS A; 2QK0 A; 4FYV B; 1E6H A; 4CC4 B; 2KXC A; 5GJW B; 3CC4 Q; 3VS6 A; 1UGV A; 5FW9 A; 3CCS T; 1WGS A; 4R56 A; 2JW4 A; 2CSI A; 1QKX A; 4X1V A; 2EJ9 A; 3QYG B; 2CZ7 B; 4MMK A; 4MDW A; 2CP0 A; 4M75 F; 3NGP A; 3SWN C; 4C5I A; 4EPC A; 1Y7X A; 2LJ0 A; 3A98 A; 1VQ7 Q; 1LPL A; 1I81 A; 1M30 A; 1VQK Q; 1OPL A; 3NHN A; 4M7A A; 1FMK A; 3L2V A; 1IGU A; 3M4G A; 3HSB A; 2OJ2 A; 2W0Z A; 1SPK A; 1PNJ A; 1WHG A; 3PIP A; 4JJN K; 2ZCF B; 3BW1 A; 3GOX A; 1VQM A; 1R77 A; 2RK2 A; 3THK A; 3OYJ A; 3JAM E; 4JS4 A; 1VQ8 Q; 2EPD A; 2OTL T; 3JCM d; 1X27 A; 4LDU A; 3GPL A; 1QP3 A; 1BI3 A; 4KGV B; 4ELY C; 1YIT A; 1U1T A; 1M2V A; 1I8F A; 4C0F A; 1ZSZ A; 4ZGE B; 2LTO A; 3A8O B; 2B86 A; 4KH0 B; 4P5N A; 2VAS A; 1PM3 A; 2A3L A; 3RKY A; 5FWB A; 2OTJ Q; 2GFU A; 1D1C A; 2PTK A; 2J6O A; 2EWN A; 2Y4Y A; 4J6Y A; 1WQW A; 1U1S A; 3X20 B; 2FL7 A; 1UHF A; 2E5Q A; 3BDU A; 3PVQ A; 4A4G A; 2BUD A; 1Q7Y U; 1KG1 A; 5LL6 S; 2FPF A; 1W2B P; 2RM4 A; 4X34 A; 4OB0 B; 2JTF A; 1IB8 A; 4TVR A; 4N0A A; 3KBG A; 1K9M R; 1RAD B; 1Q81 C; 2QA4 A; 1EIF A; 2KE9 A; 4VUB A; 4PJL A; 9ATC B; 1CKB A; 1UJY A; 1VQ9 T; 1ZUK A; 2KMT A; 5GAM f; 3IQL A; 3JCM X; 2LQN A; 3CME T; 5CCA A; 3L2Z A; 3RER A; 1VYU A; 5GAN 2; 1WXB A; 2KRM A; 2DAQ A; 2X4J A; 4XK8 E; 3QYH B; 1BI0 A; 2YDL A; 3LLR A; 3F70 A; 3R6O A; 4M7D A; 2DXB A; 5KYX A; 4V2S A; 2VXE A; 1BKB A; 4M75 A; 3PNW C; 3P8D A; 4M7A D; 1AZE A; 1R0C B; 2A7Y A; 1ABQ A; 2DL8 A; 4HCC A; 2J6F A; 4PJM A; 5FU7 B; 5L23 A; 3G6E A; 1YI2 A; 2O9S A; 1YN8 A; 2DL7 A; 2BZX A; 1S1N A; 2E12 A; 4CC3 A; 2J05 A; 1QMC A; 3PVL A; 2DK3 A; 1VQ5 Q; 2LT4 A; 2CDT A; 5AYF A; 1VQ6 T; 5I11 A; 3CCV T; 1TG0 A; 2YRC A; 3CPF A; 3G7Z A; 2K79 A; 3MET A; 2CZ1 B; 2L3S A; 2DD5 A; 1KSW A; 1YJW A; 4JLI A; 3I35 A; 2KYB A; 2DZC A; 2YXY A; 3CCJ T; 1VIE A; 3A8M B; 2DA9 A; 4BUG A; 3VS2 A; 4BY6 C; 2WSC E; 1M90 R; 3M58 A; 4OB1 B; 2EGC A; 2FO0 A; 2GFA A; 2JM9 A; 3ULR B; 3TU4 K; 4M7A C; 2RJE A; 3VJP A; 1M1F A; 3WXM B; 4EMK B; 2OAW A; 1RAC B; 2V8K A; 2QGG A; 3R6N A; 1VQN A; 4ELZ C; 2LQ8 A; 3UA7 A; 2RA2 A; 5I22 A; 4RTZ A; 1R8O B; 2HEQ A; 3I55 A; 4AG1 C; 1IRE B; 3PMI A; 5D6X A; 3PGG A; 4IUR A; 2YLB A; 3LWH A; 2JXB A; 1UB4 A; 2COY A; 1LVK A; 1QKW A; 2PNI A; 1HJD A; 1NLP C; 1M5Q 1; 3OMG A; 4HXJ A; 2GQI A; 2MI6 A; 4ZTF A; 1K9A A; 3QUI A; 2D6F A; 2FZG B; 3VRY A; 1SSF A; 1Q81 R; 1SRM A; 4KUI A; 5KCO A; 2DVE A; 4AT1 B; 3X26 B; 2LX9 A; 3JCM J; 4Y28 E; 3ME9 A; 1G5V A; 2BTT A; 4A54 A; 4MML A; 4M7D D; 2F5K A; 4OGC A; 5DLO A; 4M75 D; 1H8K A; 2ECZ A; 3LW5 E; 2RD1 A; 2HNI A; 4N0A C; 4M78 E; 1M2V B; 1ZSZ B; 5D7U A; 4AMC A; 2QTV A; 1QVG P; 1Y07 A; 5IHN A; 2QQ9 A; 2CT3 A; 1KC8 U; 5GAM e; 4A4F A; 2B8A A; 1K4U S; 2A36 A; 3CCM Q; 1SHF A; 2FRW A; 1C6V X; 3EFO A; 1MNE A; 1K73 C; 3E2U A; 1NBE B; 4LXC A; 1QVF S; 2G3R A; 1X43 A; 1TH7 A; 2BE9 B; 2ZGW A; 2EYZ A; 1OU9 A; 4JPB W; 2G6F X; 4HCK A; 2M9U A; 4DOW A; 4M7D C; 1I0C A; 5FLX E; 3L2U A; 4PFP A; 4CC2 A; 1S72 Q; 3GBQ A; 3REB B; 3M0Q A; 2ZPH B; 3JCM g; 4ANJ A; 2XG8 D; 2O4X A; 2CZ6 B; 2K2V A; 4Z88 A; 4DBQ A; 2RHX A; 1RLQ C; 4JRP A; 1D0Z A; 2EGA A; 4N4G A; 4F7U E; 2D0N A; 1ZBJ A; 4M78 F; 1YJN A; 4B9X A; 2LRQ A; 4D6W A; 1UGP B; 1WIE A; 4KGX B; 1D3B B; 2LJ1 A; 4ZN1 A; 3JV3 A; 3JCM W; 1FMW A; 4M7D B; 5KYX B; 1BCO A; 1BCM A; 2XKO C; 5IXB A; 5GMK j; 4M75 B; 2DE0 X; 2P84 A; 2X35 A; 2EYY A; 1H92 A; 4E7H A; 5HK0 A; 2QEX Q; 3CEY A; 1OUL A; 4FT4 A; 1ABO A; 1YHQ A; 1EX4 A; 1YJ9 A; 2VB6 A; 3H0F A; 3MEW A; 3G71 Q; 1NJI C; 2OTL A; 1D0Y A; 3H8Z A; 3NTK A; 2VGN A; 2KGT A; 2QAS A; 2DZ9 A; 3LWI A; 1MUZ A; 3FEO A; 1K76 A; 1Q86 C; 3G1J A; 3ASK A; 1GFC A; 3OSS C; 1W2B A; 1V1C A; 3UF4 A; 3JCM h; 4IKF A; 4XU2 A; 1KQ2 A; 1QWE A; 1G8X A; 4R55 A; 1UDL A; 2ABL A; 1K0X A; 5CKB A; 1JJ2 S; 2V8J A; 1RAB B; 5IT9 E; 4OB2 B; 4E47 A; 2AKL A; 4RTY A; 2LMJ A; 3GLX A; 1BI1 A; 1K8A U; 5KYY A; 2NUT A; 2IIM A; 1M3C A; 4M7D G; 4F16 A; 2AIR B; 4M75 G; 5CVI A; 4ESR A; 2YSQ A; 4BI3 A; 1JXO A; 2DRK A; 4R0K A; 1Y57 A; 1HSQ A; 3CCL A; 1SKU B; 2KNB B; 3L2Q A; 2DD4 A; 3I9Q A; 2RHY A; 3CC7 Q; 4EDU A; 5DLQ E; 2YUP A; 3V8J A; 4JJB A; 3EHR A; 2GNC A; 5IN1 A; 4XAX B; 1VQO T; 1ZA1 B; 3G6E T; 1KK7 A; 1EZZ B; 1Q82 C; 3OYL A; 2MCN A; 2QQS A; 1WHL A; 2RQV A; 3SFM A; 3RDV A; 4EMG A; 1BIA A; 2F2X A; 3FRN A; 2MMP A; 4D8D A; 4II1 A; 1TWB A; 4PJO F; 3UPU A; 4M7A E; 3G4S Q; 4GLM A; 5GAN 3; 1D1B A; 1YJW T; 5FU6 C; 1JXM A; 3H0I A; 4E7I A; 1PG5 B; 1NM7 A; 3DB4 A; 1RAH B; 2RNA A; 3JCM Q; 3JB9 F; 1FYN A; 4KGZ B; 4RCC A; 3X25 B; 1X6G A; 4IIM A; 3A5Z B; 2CZ0 B; 1VQ6 A; 2MOX A; 3QG1 A; 1W4S A; 3C4S A; 4Q5W A; 4J9D A; 5FU6 B; 2BIV A; 2JTE A; 2QYZ A; 3CCJ A; 1WI7 A; 2X4W A; 1G3W A; 1VQ7 A; 1TXQ A; 2J06 A; 2MIO A; 1VQK A; 1OX9 A; 1YWO A; 2P0Q A; 1M1K C; 1Q86 R; 2M1H A; 2X4Y A; 1WXU A; 3J80 E; 2F2V A; 1PD0 A; 3VS3 A; 1ACM B; 2EQM A; 3CCU Q; 2COW A; 2ESW A; 3EHQ A; 4M77 F; 3CC2 Q; 1IHW A; 4OGE A; 4DEX A; 3EAE A; 1I1J A; 4OMM A; 1N9R A; 1OU8 A; 2DVJ A; 2QDY B; 3L2W A; 2CH4 A; 2CKK A; 3VS5 A; 2O2O A; 1UTI A; 1X69 A; 1TSF A; 4NS5 A; 1G2B A; 1AT1 B; 5LJ3 f; 4F04 B; 4C8Q F; 4C92 F; 3MEU A; 1RLP C; 5GAO n; 3MKD A; 1N6A A; 4BDZ A; 3E9G A; 3EGX A; 1TU0 B; 3M55 A; 5GAM d; 1U5S A; 3EG0 A; 4AFZ C; 1AWJ A; 3DKM A; 4DEY A; 2JNG A; 2LQK A; 1AZG B; 1DJ7 B; 2P4R A; 2SEM A; 3HFN A; 1W2B S; 3OY9 A; 4J9E A; 1QVG A; 3TRE A; 3E9F A; 2EJF A; 1VQ9 Q; 1GRI A; 1GBQ A; 3GP8 A; 3CCE T; 2D8J A; 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1WJQ A; 3CCL T; 5LJ3 e; 1WLP B; 4B6M A; 4BD3 A; 1TS9 A; 2V26 A; 1KHC A; 1G83 A; 2PUO B; 4HT9 A; 4O6J A; 4QT7 A; 4E2F B; 2DNU A; 3MP1 A; 2MF2 A; 5GAM j; 3WVE B; 7AT1 B; 5FU7 C; 4HVW A; 5CR2 A; 2HCK A; 2E65 A; 2ED0 A; 4MZP A; 1KC8 C; 5AT1 B; 3JB9 D; 2KI7 A; 3GIB A; 1IGQ A; 3ZFJ A; 2LQW A; 5CIU A; 3M56 A; 4HVV A; 5FRN A; 1D3B A; 2MPX C; 2LP5 A; 2D8H A; 4OF1 A; 3SD4 A; 1MV3 A; 2OI3 A; 3OB9 A; 1VQP Q; 2HL3 A; 2HKQ B; 4AFU C; 3CMA T; 2RH2 A; 1MMA A; 2L89 A; 5D6W A; 3VV0 A; 1QVG S; 2LNV A; 3JRZ A; 2LZ6 B; 4LD6 A; 3BDL A; 1VOM A; 3EH2 A; 4OB3 B; 3BY7 A; 1JBM A; 2EYX A; 4RTV A; 1FX7 A; 4J7I A; 1VQO A; 2D9T A; 4M4Z A; 2GBQ A; 1SSH A; 2HMA A; 3EGX B; 4EMK C; 5GAN f; 3CC4 T; 1ZA2 B; 2DLP A; 3A8G B; 4FYY B; 1JB0 E; 3S3M A; 5KYW A; 4M77 D; 2COZ A; 1R0B G; 2DX1 A; 5A0L A; 4N4H A; 4JZ3 A; 4DA4 A; 1VQM Q; 4J9H A; 1NYF A; 3OYN A; 3JSC A; 2RK1 A; 5GAN 4; 4BI4 A; 1YP5 A; 2CSQ A; 1Y0M A; 5M9O A; 3MP8 A; 4C92 D; 1VQ7 T; 2RI2 A; 4PJO B; 1YIT Q; 1VQK T; 1TTH B; 4YTL A; 5HK3 A; 1KIK A; 4JS5 A; 2ZPF B; 5CKH A; 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