The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
72
|
structure length |
72
|
Chain Sequence |
PVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLYIRE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
|
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
|
| total genus |
8
|
| structure length |
72
|
| sequence length |
72
|
| chains with identical sequence |
q
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| f | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5DY9 A; 5LJ3 d; 4XU0 A; 3JCM P; 2DVE A; 1I4K 1; 4XTV A; 3V7C A; 1M8V A; 4N0A A; 1KQ2 A; 4J6Y A; 1HK9 A; 4C8Q F; 4PJO F; 4PJO D; 3BFM A; 3PGG A; 4A53 A; 3QO3 A; 3JCM f; 2YLC A; 4M77 B; 3RES A; 1JBM A; 3L1A A; 4M78 B; 3V7S A; 4C92 C; 1LNX A; 4JRI A; 4M75 E; 5GMK j; 4EMK A; 5GAN 6; 4XTY A; 1WQW A; 5GAM f; 4A54 A; 2DZ9 A; 4C92 E; 5GAM j; 4JLI A; 3JCM d; 4C8Q C; 4EMK B; 1MGQ A; 4F7U A; 2HNI A; 4PJO C; 4XTX A; 4M75 G; 2E10 A; 2VC8 A; 3BY7 A; 3RUX A; 3SWN A; 4F7U B; 4M7A F; 3JCM J; 4M78 F; 3V7R A; 4C92 G; 5GAM d; 3JB9 G; 3SWN B; 2FYK A; 4PJO E; 3RKX A; 2RD1 A; 5LJ5 e; 1N9R A; 4M7D B; 1BIB A; 2EJF A; 4RCC A; 4C8Q G; 1U1S A; 1H64 1; 4PJO G; 4V2S A; 4NL2 A; 3GIB A; 1YCY A; 4M75 A; 5GAN d; 4PNO A; 5GAN e; 5GMK h; 2Y90 A; 4M7A G; 4M7A C; 4M77 C; 4C8Q D; 4M78 C; 2FB7 A; 4DQ2 A; 1HXD A; 1KQ1 A; 3FJP A; 4XU1 A; 4OP0 A; 4Y91 A; 2K57 A; 5GAN 5; 2RB6 A; 4MMK A; 5GMK l; 4NOY A; 2I2L A; 5LJ3 g; 5LJ3 h; 5GAN 7; 3L2Z A; 1BIA A; 3HFN A; 2YHT A; 3QUI A; 4J5Y A; 4QVD A; 5GMK m; 1WPY A; 4M78 G; 5GAO q; 5LJ5 f; 2EJ9 A; 5LJ5 j; 1I8F A; 3V8J A; 4RCB A; 4M7A D; 4M77 F; 5GAO r; 4M77 D; 3RKW A; 4C8Q E; 4M78 D; 2DZC A; 4M7D C; 3V8K A; 1D3B A; 5GAN f; 4XTW A; 5LJ5 d; 5GAN j; 3RKY A; 3RIR A; 1D3B B; 3HFO A; 3JCM W; 3JCM g; 3JCM h; 4JUV A; 4N0A C; 1B34 A; 3VU3 C; 4F7U F; 2CGH A; 2DXU A; 3RER A; 3JCM b; 5GAM g; 1B34 B; 5GAM h; 4C92 A; 4M75 B; 3FB9 A; 3QHS A; 2E65 A; 5I21 A; 1I5L A; 3JCM V; 5GAN 2; 4M7A E; 1M5Q 1; 2VXF A; 4XU2 A; 4C92 B; 4M7D F; 4M77 E; 4XTU A; 4M7D D; 4M78 E; 4J6X A; 4EMK C; 3SB2 A; 2DTO A; 4C8Q A; 2QTX A; 1WNL A; 4EMH A; 5GMK e; 4PJO A; 3BDU A; 3JCM X; 2RM4 A; 4C8Q B; 4NL3 A; 4M77 G; 4X9D A; 3SWN C; 5GMK i; 1X01 A; 3JCM c; 5GAO n; 4PJO B; 4F7U E; 4XTZ A; 3BW1 A; 2DJZ A; 4XQ3 A; 3FIF A; 2JN0 A; 4X9C A; 2EJG A; 5LJ3 e; 3JB9 I; 1JRI A; 1U1T A; 2DKG A; 4F7U G; 5GAO p; 4HT9 A; 2E41 A; 2DXT A; 1TH7 A; 4M7A A; 4M7D E; 4M77 A; 4M75 C; 1LOJ A; 4M78 A; 4EMG A; 3JB9 H; 1I81 A; 2DEQ A; 2YLB A; 4M7A B; 3HSB A; 4M7D G; 2DTH A; 2VXE A; 4WF2 A; 5GAO l; 4MML A; 4XU3 A; 3M4G A; 1Y96 A; 1LJO A; 2RA2 A; 3INZ A; 5LJ5 g; 4HT8 A; 3EFS A; 2E1H A; 2EAY A; 5LJ5 h; 3JCM Q; 5GAO m; 3V8L A; 2EWN A; 3JCM e; 5GAN 4; 1Y96 B; 5GAN 8; 3JB9 J; 3EFR A; 3QSU A; 5GAN g; 5GAN h; 3AHU A; 5GAM e; 2ZGW A; 5LJ3 f; 5GAN 3; 2E64 A; 4HA8 A; 4M75 F; 4M75 D; 4QVC A; 5CAI A; 4J6W A; 1N9S A; 2DTI A; 5LJ3 j; 4M7D A; 4JRK A; 4C92 F; 4C92 D; 3JB9 F; 3JB9 D; 1WQ7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1G3W A; 1U8R A; 1I4K 1; 1KSW A; 4N0A A; 4A63 B; 2E70 A; 5DLQ E; 2QG9 B; 1FXX A; 4JRQ A; 3OYH A; 2HQX A; 2RMO A; 1ZA2 B; 2CSI A; 2DZ9 A; 3UWN A; 1Q81 C; 4J83 A; 2QI2 A; 2EYW A; 2M02 A; 2AZS A; 1OUL A; 3SWN A; 1NPR A; 1Q81 R; 1Q82 U; 3I56 Q; 1YJN A; 1QKX A; 1IRX A; 4KUL A; 1H64 1; 4J9F A; 1OYX A; 1VQL Q; 2ABL A; 3PIO A; 5GAN e; 3LYI A; 2LCS A; 4BI8 B; 3CCE Q; 1I0C A; 4OMN A; 4MMK A; 3A8G B; 5HKC A; 1K73 C; 1P92 A; 4B6M A; 5LJ5 f; 1K73 R; 1JO8 A; 2RI5 A; 5LJ5 j; 3PMT A; 1UHF A; 4M77 F; 5GAO r; 1YWO A; 2DAQ A; 2DF6 A; 3UA7 A; 2BTT A; 3CMA T; 4HKE A; 9ATC B; 2K7A A; 3RBB B; 2VAS A; 5CCA A; 2ZPE B; 1AHJ B; 3CCQ A; 1D09 B; 2M0O A; 3M56 A; 4M7D D; 1K8A U; 3CBM A; 2D0N A; 5AT1 B; 1GFD A; 2FG0 A; 4NL3 A; 1JXM A; 1KQS A; 4Z8A A; 1WXU A; 1KD1 U; 2GQV A; 1K8A C; 1JJ2 A; 4HT9 A; 4M7A A; 4M78 A; 3R6O A; 3MKD A; 1K8A R; 5M9O A; 4ZGD B; 1TG0 A; 5DLO A; 2HQH A; 1KD1 C; 4WF2 A; 2QXF A; 3M4G A; 3CQT A; 1VOM A; 1YNZ A; 3CBP A; 5CKE A; 3VS6 A; 3M55 A; 3OW2 A; 3E19 A; 4F16 A; 2NUP B; 1AZE A; 2JM9 A; 4D8D A; 2KE9 A; 2YDL A; 3KBG A; 3JCM P; 1TOV A; 4J6Y A; 1A0N B; 1VQ8 T; 2YUO A; 2MMP A; 2YLC A; 1JBM A; 2HL5 C; 1VQL T; 3OYE A; 1J3T A; 4FYW B; 2E6N A; 4J9D A; 3CCE T; 2R58 A; 2M0Y A; 3FC3 A; 2FHD A; 4BY6 C; 1SSF A; 5CQX A; 4MZT A; 4OMF B; 3ASK A; 2R57 A; 2J7I A; 3MET A; 2OAU A; 1NZ9 A; 5GMK h; 2Y90 A; 1R8O B; 1AOJ A; 2EPD A; 2COZ A; 4RKU E; 1D0X A; 2RHZ A; 3LGF A; 2EQK A; 1GRI A; 1I8F A; 4PL6 A; 2ATC B; 2O31 A; 2AT1 B; 1RL2 A; 2KRS A; 4QQ6 A; 3NHN A; 2CH4 W; 2B86 A; 2EGC A; 2CGH A; 1I5O B; 1ZBX A; 2XDD A; 5CKH A; 2KNB B; 4C92 A; 4M75 B; 1WHH A; 2F1L A; 4M7A E; 2LQW A; 4M78 E; 3UF4 A; 1QVF S; 2DD4 A; 2QTX A; 3BDU A; 4IIM A; 3JCM X; 2DL5 A; 4M77 G; 1TS9 A; 1RAF B; 1SPK A; 1YHQ T; 3ZL7 C; 3QWX X; 2F2W A; 5HK0 A; 1WGS A; 2EGA A; 2GFU A; 1EX4 A; 3QDF A; 3CXC P; 2RI3 A; 2P4T A; 1GBQ A; 3INZ A; 1BI2 A; 2E5Q A; 3E9G A; 2YUQ A; 4JZ4 A; 3JCM Q; 3A1P A; 1V76 A; 4X1V A; 3AHU A; 2E64 A; 2KVQ G; 3OYJ A; 1VQ8 A; 5FRO A; 2HEQ A; 3GNG A; 1YFN A; 1X2Q A; 2DE0 X; 1HD3 A; 2ZPH B; 5KYN A; 4PJO F; 2ROT A; 2OTL Q; 2RJE A; 2FRW A; 2A3L A; 3G6E Q; 1NJI U; 2W0Z A; 1RAB B; 1WI7 A; 4C0Z A; 3H0I A; 4ZN3 A; 4KUD K; 3EGX A; 3SWN B; 2IIM A; 2D8J A; 1QCN A; 3VUB A; 1PKS A; 1ZSZ C; 2EYY A; 2G3R A; 2QGF B; 1SRL A; 4JJD A; 4L5G A; 3THK A; 3OYN A; 3CEY A; 2HAX A; 1HXD A; 4XU1 A; 4KH0 B; 5GAN 5; 1FYN A; 4N4I A; 4NOY A; 4QQG A; 2P0Q A; 1GCP A; 5LJ3 g; 3CME A; 1YJ9 A; 3L2Z A; 3QUI A; 4E7I A; 4OB0 B; 1XNI A; 2CP3 A; 4JJN K; 1X2K A; 3CD6 Q; 2RHX A; 3RKW A; 3V8K A; 1D3B A; 1S1N A; 4DOV A; 1PSF A; 1RAD B; 2RJF A; 4DOW A; 1VQ4 Q; 4F7U F; 1G8X A; 5KYU A; 3UPU A; 1QP2 A; 2CZ0 B; 4J7I A; 5C6S A; 4J9C A; 2KBT A; 4E7K A; 1YHQ A; 4LN2 A; 2KSS A; 3H6Z A; 2X51 A; 1SF9 A; 1QVG S; 2RHY A; 4XQ3 A; 2L8D A; 1Y7X A; 1YJW A; 1K4U S; 3CPF A; 2RQT A; 2AZV A; 2YLB A; 4M7A B; 1VIF A; 2EKH A; 3I55 A; 1ZLM A; 2E6Z A; 2KXC A; 1H3H A; 1YCS B; 3TCJ A; 3EFR A; 1NYF A; 5CKF A; 4RTY A; 3ZBD A; 3G6E T; 8ATC B; 3NTK A; 2EFI A; 2LJ3 A; 1M8M A; 4C5G A; 4QW2 A; 1PWT A; 1K9A A; 4OGE A; 2COW A; 1D0Z A; 3CCV Q; 2DVE A; 1K76 A; 1TXQ A; 4PJL A; 1KJW A; 3BFM A; 3PGG A; 3QO3 A; 4C5I A; 1WHG A; 1LNX A; 1MND A; 4A54 A; 3RR6 A; 2BUD A; 3UA6 A; 4KUI A; 1HSQ A; 1CSK A; 5KYW B; 4NS5 A; 1K9M U; 3JSC A; 1BB9 A; 3EGU A; 2Z0W A; 3VS3 A; 1BIB A; 4RCC A; 1UHC A; 4MDX A; 4PJO G; 3CD6 T; 5C0M A; 2DL4 A; 2J06 A; 2M51 A; 1YIJ Q; 3MCA B; 3HRU A; 1FWZ A; 4FL6 A; 1VQM A; 1IO6 A; 1M1F A; 3CCS T; 5LJ3 h; 2QDY B; 2ECZ A; 2CP2 A; 4M7A D; 2HCK A; 4J9E A; 4M78 D; 2A08 A; 2RQR A; 4JDS A; 3CCL A; 3RIR A; 3HFO A; 3REB B; 3CPW A; 3CCR T; 3CC4 Q; 2DER A; 1RLP C; 2LZ6 B; 2DXU A; 1TTH B; 2K5L A; 3FB9 A; 4LDY A; 1VQ5 T; 1NPP A; 3FJ5 A; 4C92 B; 3GP8 A; 2H8H A; 1LVK A; 2DK3 A; 2WSF E; 2LC4 A; 4C8Q A; 4C0G A; 1WYX A; 1T3S A; 3CCM A; 5GJW B; 2KEA A; 1YIT A; 1T3L A; 2QEX Q; 1KQS S; 3OSS C; 5IHK A; 1U1T A; 4F7U G; 1S72 Q; 1TUG B; 1TH7 A; 2PU9 B; 4M77 A; 5CQY A; 1LOJ A; 3CCV T; 2BE9 B; 2QK0 A; 1VQK Q; 4RTZ A; 1PG5 B; 1M90 C; 3OYY A; 3EHQ A; 1Q86 U; 2O88 A; 1R77 A; 3P8H A; 3JB9 D; 2AIR B; 2QQS A; 1W2B A; 5DY9 A; 3UAT A; 1M90 R; 2OJ2 A; 2QQB A; 4XTV A; 4ZGE B; 1UTI A; 2M16 A; 1WXB A; 3VJP A; 1OI1 A; 1Q95 G; 2QGG A; 2DBK A; 2J6F A; 3X28 B; 1RAA B; 2LP5 A; 2DXB A; 1YIJ T; 1OV3 A; 2KXD A; 4OMM A; 2RK2 A; 1KIK A; 3VKI A; 2KI7 A; 4JS5 A; 1Y71 A; 1NBE B; 2BZ8 A; 3EGX B; 1VQ6 A; 3H41 A; 3VUZ A; 1IZ6 A; 1SG5 A; 2L0A A; 1FMK A; 2RN8 A; 3TRE A; 1VYV A; 3DLM A; 3CCS A; 4EIK A; 2YUN A; 3GBQ A; 1E7O A; 1YBY A; 2K57 A; 4X34 A; 1PC0 A; 3CC4 T; 2C0T A; 4FW1 A; 1PHT A; 1IHW A; 2DET A; 4QKU A; 2IG0 A; 2EBP A; 2XID A; 1UEC A; 4R56 A; 3QBY A; 4RCB A; 3CCR A; 1D1B A; 2CUB A; 3CC7 Q; 3CXC A; 2L3R A; 4C8Q E; 4KGZ B; 4R0K A; 3BDL A; 2FPE A; 3JAM E; 1VQ5 A; 3HPW A; 1D3B B; 1PM3 A; 1DJ7 B; 4OB1 B; 3CC2 A; 3TU4 K; 1RI9 A; 4E2F B; 1B34 A; 4BE2 A; 1MMN A; 1LCK A; 1AWX A; 1RAE B; 3JCM b; 5FRM A; 4QQD A; 5KYU B; 1S72 T; 3VYH B; 3G71 Q; 2JS2 A; 1VQ7 A; 4M77 E; 1GBR A; 1WHM A; 2CZ6 B; 2ZCF B; 2RM4 A; 3EG1 A; 4O6J A; 1VQK T; 3TVT A; 3SEM A; 1UGR B; 4QT7 A; 3JRZ A; 1M3A A; 2DEQ A; 2EW3 A; 1KHI A; 2XDP A; 4MML A; 2RO0 A; 2RK1 A; 1TSF A; 3P8B B; 1Y96 A; 3EG9 B; 1UFF A; 2EWN A; 4BAC A; 2DRM A; 1PKT A; 4LD6 A; 5GAN g; 3C0C A; 2P0P A; 5GAM e; 1GCQ C; 4HA8 A; 1T0H A; 2MWO A; 2EKO A; 1C0M A; 2X4W A; 1D0Y A; 2XK0 A; 3CCJ Q; 3OYB A; 4DEX A; 3I5S A; 5KYY A; 2LT1 A; 2GFA A; 3M9Q A; 4ME7 A; 2O9V A; 2ZAE A; 2YT6 A; 4BDZ A; 1N8R C; 3DB4 A; 3I9Q A; 2NUT A; 2ZPB B; 1N8R R; 2CZ1 B; 2JT4 A; 4IUT A; 2CDT A; 1TWB A; 2E10 A; 3OB9 A; 2YUP A; 4Y92 A; 4ORZ A; 3V7R A; 1K0X A; 2YRD A; 2FYK A; 3VRZ A; 4M7D B; 2XHC A; 1Q81 U; 5CKD A; 4IUP A; 2YWW A; 4CC3 A; 3OYC A; 1VQ9 A; 1OZ2 A; 3PNW C; 1AWO A; 4DQ2 A; 3PIP A; 2YRC A; 4OP0 A; 3NTI A; 4OMQ A; 1OQK A; 2JXB A; 2C0O A; 5GAN 7; 2K6D A; 4FYY B; 3HFN A; 2GGR A; 5GMK m; 4N4G A; 2KRM A; 4ATO A; 4GBQ A; 2O2O A; 2RQU A; 4MDW A; 3G71 T; 5I22 A; 3ER0 A; 2DYI A; 2ESW A; 3RKY A; 1K73 U; 3EGD A; 1TUD A; 4IUV A; 3MEW A; 1W70 A; 1W4S A; 4PK4 A; 4HCB A; 5GAN 2; 4HVV A; 2KAF A; 1GFC A; 4OB3 B; 1MNE A; 4F17 A; 2OTJ A; 2SEM A; 4DBH A; 4IUQ A; 4PJJ A; 4C8Q B; 2DJZ A; 4FSX A; 4PJM A; 2R5A A; 3P8D A; 4M75 C; 4EMG A; 3HL8 A; 1NEB A; 4E7J A; 3HSB A; 3EG3 A; 3WXM B; 3J7A F; 3CCJ T; 3TQ7 P; 3CCU Q; 2CP6 A; 3V8L A; 3JCM e; 1BI3 A; 5DM7 R; 3JB9 J; 2XD0 A; 5FU6 C; 2DNU A; 1IRE B; 1KFZ A; 5GAN h; 4FYX B; 5L23 A; 4JZ3 A; 1WHJ A; 1ARK A; 3OYI A; 2GTO A; 2DVJ A; 3HRS A; 1GL5 A; 2MYS A; 2K2V A; 3M5A A; 1RLQ C; 3G4S A; 4PJO C; 3D7S B; 3FLG A; 5GAM d; 5AYF A; 4PJO E; 1YN8 A; 2VV5 A; 3A8H B; 3PTA A; 2DYB A; 2EYQ A; 3VS4 A; 2D1X A; 4C8Q D; 4J7F A; 4RTU A; 3I56 T; 1OX8 A; 4RUG A; 2JUF A; 2JM8 A; 2G6F X; 1BKB A; 2YHT A; 4J5Y A; 4GY5 A; 4RMO A; 2F5K A; 1G83 A; 3V8J A; 3SD4 A; 4M77 D; 2XU8 A; 3QXE B; 1YI2 Q; 2HBW A; 2DFU A; 5KYX A; 2MIO A; 1WDX A; 1B34 B; 2HZY A; 3WVE B; 4MZP A; 3CPW S; 1UGP B; 4FYV B; 3AT1 B; 2CT4 A; 3QYG B; 2PQW A; 3F70 A; 4X9D A; 3CMA A; 5GAO n; 2QA4 Q; 3CCU T; 5CVI A; 4F7U E; 1OU8 A; 1QVF P; 1JQQ A; 2L2P A; 4A4K A; 4F14 A; 1ZSZ A; 2LQK A; 1I81 A; 1WJS A; 2OI3 A; 4O5V A; 2KDS A; 2KT1 A; 2K3X A; 4ZNX A; 1KQ2 A; 3VS7 A; 1B07 A; 1Y96 B; 3QDR B; 3EFO A; 5LJ3 f; 1XJW B; 4M75 F; 5LJ3 j; 1CKA A; 3OY9 A; 2HMA A; 4GLK A; 4Z89 A; 4BDY A; 4DBR A; 5CKB A; 1VQP Q; 4B9W A; 1PD1 A; 1W2B S; 5KYY B; 3SDZ A; 1NEG A; 1SSH A; 4JRI A; 4PFP A; 2FZK B; 2AK5 A; 2PNI A; 3LH5 A; 2NUT B; 3JCM d; 1AVZ C; 3M4Y A; 2H3E B; 2V1R A; 2XIC A; 2EQM A; 3BY7 A; 1D1C A; 3LH0 A; 1PRM C; 2PUK B; 4JPB W; 1EZZ B; 2HD0 A; 2GNC A; 4RTW A; 5LJ5 e; 3I56 A; 4HCC A; 4KGX B; 1W1F A; 1U1S A; 1V29 B; 3EHR A; 1VQL A; 3RMS A; 3L2U A; 2FB7 A; 3CCE A; 3FJP A; 1M2V A; 1FX7 A; 4DBQ A; 5EC7 A; 2E3H A; 1SHF A; 2V26 A; 1BIA A; 1VQN Q; 3LW5 E; 1OPL A; 1QW1 A; 2EJ9 A; 1YWP A; 2RHI A; 3J81 E; 4LDX A; 4RTX A; 2FZG B; 3L2V A; 1G2B A; 3PVL A; 2BKD N; 2QA4 T; 3VU3 C; 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