The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
75
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structure length |
69
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Chain Sequence |
VSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
|
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| total genus |
8
|
| structure length |
69
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| sequence length |
75
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| chains with identical sequence |
r
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| g | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1B34 B; 4MML A; 5GMK h; 4EMG A; 4M75 G; 1WQW A; 1KQ1 A; 4WF2 A; 4J6Y A; 2YLC A; 4XQ3 A; 5LJ3 g; 3JB9 J; 5GAN 6; 5GAO r; 4C8Q B; 4QVD A; 4XU3 A; 2E1H A; 4M7D G; 4HA8 A; 4M75 A; 5LJ5 g; 2Y90 A; 4C92 B; 5LJ3 d; 5LJ3 e; 2RD1 A; 4C92 C; 1MGQ A; 3QO3 A; 4N0A C; 5GAO m; 5GAN 4; 3JB9 H; 3V8J A; 4PJO E; 3JCM c; 4M7D A; 5LJ5 d; 4J5Y A; 4M77 D; 2EJF A; 4M77 F; 4RCC A; 2DTH A; 4PJO G; 3RUX A; 4DQ2 A; 5LJ5 e; 3JCM Q; 1HXD A; 3JCM V; 2I2L A; 1Y96 B; 2DZ9 A; 4XTZ A; 3SWN B; 3BW1 A; 5GMK m; 5DY9 A; 3JCM J; 1I4K 1; 3M4G A; 3SWN C; 3JCM f; 4PJO A; 5GAN 7; 2DXT A; 5LJ3 h; 5LJ3 j; 2EJ9 A; 2K57 A; 5GAN g; 4XTY A; 2E10 A; 4EMH A; 3RER A; 4M77 B; 4M7A F; 2DEQ A; 3V7R A; 5LJ5 h; 5LJ5 j; 4M7A D; 1JBM A; 4JRK A; 2E64 A; 3FB9 A; 4F7U A; 3L2Z A; 4C8Q E; 4NOY A; 5GAM f; 5GAN d; 4OP0 A; 1I81 A; 2EWN A; 5GAN e; 3JCM b; 4C8Q G; 2ZGW A; 2VC8 A; 4Y91 A; 2DTI A; 1B34 A; 4C92 E; 3JCM X; 3QSU A; 2VXF A; 4C92 G; 4C8Q C; 3JB9 G; 4XTW A; 4V2S A; 4M7A B; 2YHT A; 4C8Q A; 3VU3 C; 1BIA A; 2RM4 A; 4M75 D; 1D3B B; 4M75 F; 4XU1 A; 4C92 A; 3PGG A; 4N0A A; 4EMK B; 5GAN j; 2FYK A; 2QTX A; 3BY7 A; 1M5Q 1; 4EMK C; 4PNO A; 3JB9 I; 2VXE A; 1LOJ A; 2HNI A; 2RB6 A; 2E65 A; 3QUI A; 4M7D D; 4M7D F; 4M78 D; 4M78 F; 3BFM A; 4A54 A; 5GAO p; 2EAY A; 2DXU A; 2EJG A; 3SWN A; 3HSB A; 4XU0 A; 4M75 B; 1WNL A; 3FJP A; 4PJO F; 3RES A; 4PJO D; 3EFR A; 4M77 C; 4XTV A; 3RKY A; 2DJZ A; 1BIB A; 4A53 A; 5CAI A; 5GAM g; 4M7D B; 4M78 B; 5I21 A; 1I5L A; 1LNX A; 4JRI A; 4M78 C; 2JN0 A; 4F7U F; 2FB7 A; 2CGH A; 5GMK i; 5GAM d; 5GAM e; 1WQ7 A; 3JCM P; 4X9D A; 4PJO B; 4M7A C; 4HT9 A; 3V8K A; 1I8F A; 5GAO n; 3JCM W; 1N9R A; 1TH7 A; 3EFS A; 3INZ A; 5GAN h; 4J6W A; 3RIR A; 3V7S A; 4JUV A; 4QVC A; 3RKW A; 5GAN 2; 4F7U B; 1HK9 A; 3FIF A; 1D3B A; 4EMK A; 4NL3 A; 2DVE A; 2E41 A; 3JCM g; 4M77 E; 5GAM j; 5GAM h; 1U1S A; 5GMK j; 1Y96 A; 1WPY A; 3HFO A; 4M77 G; 5GMK l; 1X01 A; 4XTU A; 4JLI A; 2YLB A; 5LJ3 f; 4M7D E; 4M75 C; 4M78 E; 3JCM e; 1H64 1; 3JCM d; 4RCB A; 3L1A A; 4J6X A; 3QHS A; 5LJ5 f; 4M78 G; 4M77 A; 5GAO q; 1M8V A; 1YCY A; 5GAN 5; 4M7A E; 4M7D C; 2DKG A; 1KQ2 A; 2DTO A; 3V7C A; 4M7A G; 4M78 A; 3GIB A; 3RKX A; 4XTX A; 5GMK e; 5GAN 8; 1LJO A; 1U1T A; 1N9S A; 3JCM h; 3V8L A; 5GAN 3; 2RA2 A; 4X9C A; 4PJO C; 4F7U E; 4M7A A; 4XU2 A; 4NL2 A; 3BDU A; 4C8Q D; 4C8Q F; 1JRI A; 4F7U G; 5GAO l; 5GAN f; 3SB2 A; 4C92 F; 4C92 D; 4HT8 A; 4MMK A; 3JB9 D; 4M75 E; 3JB9 F; 3HFN A; 3AHU A; 2DZC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FXX A; 5GMK h; 4FW1 A; 2QI2 A; 1H92 A; 1VQ8 Q; 2AKK A; 2LNH B; 3AT1 B; 1YHQ Q; 3I35 A; 1VOM A; 4A4G A; 2KAF A; 4C92 C; 1M9S A; 4J5Y A; 2I0N A; 2VGM A; 1OYX A; 2LQW A; 3SWN B; 5GMK m; 2J6O A; 2EJ9 A; 2L0A A; 3REB B; 1NPP A; 5GAN g; 2HD0 A; 1JBM A; 2FVU A; 2V1R A; 1SRM A; 1RL2 A; 2EKO A; 4N4H A; 3CCE Q; 3QSU A; 2AK5 A; 3EG3 A; 5KYU A; 4C8Q C; 2RQT A; 3CC7 Q; 4C8Q A; 1RLQ C; 4EMK B; 2L2P A; 3L2R A; 2DA9 A; 1X6G A; 3JB9 I; 3H6Z A; 1VQ8 T; 3A8L B; 4M7D F; 2EPD A; 1YHQ T; 4B9X A; 3EH2 A; 4AFZ C; 2M0O A; 2B8A A; 1NPR A; 2J06 A; 4JS4 A; 1Y71 A; 2HQH A; 3VJP A; 3CD6 A; 1K4U S; 1RAE B; 1BIB A; 2DFU A; 4LE9 A; 1JJ2 S; 2JN0 A; 1YCS B; 3P8H A; 2FB7 A; 2ZPE B; 2G3R A; 5IN1 A; 2JOY A; 2BTT A; 4QKU A; 2NLU A; 4FCY A; 4JUV A; 1Y0M A; 3CCL A; 1F1B B; 2A28 A; 3CC7 T; 3A98 A; 3C94 A; 3PVQ A; 4L59 A; 2RPN A; 2AZV A; 4GLM A; 2EYY A; 2YDL A; 2YUQ A; 4E7S A; 1M8V A; 1T0J A; 1H8K A; 1I0C A; 2PZ1 A; 1GFD A; 2KVQ G; 3L2V A; 3E9F A; 1VIF A; 1JQQ A; 3MHX A; 2EQM A; 4XTX A; 1LJO A; 3LLR A; 3CCR Q; 4O6J A; 2L3Q A; 2BIV A; 2COZ A; 4F7U G; 4LDU A; 1FMW A; 3CC4 Q; 1VQ8 A; 3FC3 A; 3M0P A; 3VV0 A; 1YHQ A; 4C5G A; 2DZC A; 4M75 G; 2QK0 A; 2E12 A; 3C4S A; 1KD1 R; 4OB1 B; 1X6O A; 2D1X A; 5LJ3 e; 4N0A C; 5DM7 R; 4RCC A; 4DQ2 A; 4A4E A; 3I5S A; 5DY9 A; 2DPP B; 4Z8A A; 1TTH B; 5FRN A; 2DVJ A; 5I2S A; 3CCU T; 2Y4X A; 2MWP A; 1YN8 A; 3CCR T; 4IKF A; 5FW9 A; 3HRS A; 3ZEH A; 3CC4 T; 3F70 A; 3OYY A; 2XDP A; 3M0R A; 1UGP B; 1PWT A; 2RM4 A; 1AZG B; 3PGG A; 1S1N A; 2LNV A; 4AFQ C; 2RB6 A; 1KC8 U; 1QWF A; 3HP9 A; 2XD0 A; 3HSB A; 3LWI A; 1ABO A; 1OZ2 A; 1U5S A; 1JJ2 P; 1NG2 A; 4M77 C; 2L3R A; 2PVD B; 4F17 A; 4OML A; 5CAI A; 1RAH B; 4E7J A; 1I5L A; 1ZSZ C; 1PRL C; 4QQ6 A; 8AT1 B; 2JM9 A; 4LD6 A; 4R0K A; 2GCX A; 3RKW A; 3CCJ A; 1QMC A; 3SDZ A; 3OYN A; 1NYF A; 1UG1 A; 4ELY C; 2RI2 A; 5FRO A; 3JCM d; 3CCU A; 1NJI C; 2DYB A; 4O5V A; 2K3Y A; 4RTU A; 3OYF A; 3TU4 K; 1CKB A; 2RJE A; 1M2V B; 2QDY B; 3A5Z B; 2KRO A; 2E5Q A; 2GTJ A; 2HZY A; 1VQ5 Q; 2JNG A; 1G2B A; 1Z9Z A; 5FU6 C; 2CUB A; 2DL8 A; 4L5G A; 4HCC A; 2VVK A; 1U1T A; 3OS0 A; 4QT7 A; 3FLG A; 2RQW A; 2MI6 A; 4AG1 C; 2L3P A; 1YJ9 A; 2EYZ A; 3PIO A; 5DLO A; 4CI0 C; 4MMK A; 3JB9 D; 2KI7 A; 3AHU A; 3QJY A; 5KYX B; 2CT3 A; 3OYB A; 1M30 A; 3C12 A; 4C5E A; 3NTI A; 3OW2 A; 5GAN 6; 3PNW C; 3TSZ A; 4KRT A; 1IRE B; 4HCK A; 1K8A R; 3JCM c; 1Q95 G; 4LUE A; 5IAY A; 3UA7 A; 1R0C B; 2HL5 C; 4E7K A; 2DZ9 A; 4JJC A; 3OYE A; 3VYG A; 3HPW A; 1GBQ A; 4N4G A; 1YWO A; 3OYA A; 1VQ5 T; 3MCA B; 4D8K A; 4F7U A; 1LPL A; 1QWE A; 2X4Y A; 2EWN A; 4FYV B; 3UPU A; 5FWB A; 3JCM X; 1T3L A; 2J6K A; 3WVE B; 1M90 U; 3DKM A; 3GP8 A; 4V2S A; 1VIE A; 2M02 A; 1HD3 A; 4DOW A; 1R8O B; 3M9Q A; 3SEM A; 1LCK A; 5C6S A; 1VQK A; 2DIQ A; 2EJG A; 2HMA A; 3SWN A; 2KT1 A; 3HKS A; 1K76 A; 2DF6 A; 3RES A; 2RN8 A; 1IXD A; 1UGQ B; 4X1V A; 3E9G A; 2EIF A; 3CBP A; 4OMP A; 1K73 U; 4ZTF A; 4R55 A; 1EFN A; 4JJB A; 1WHJ A; 2OX7 A; 4DBR A; 1VQO Q; 4BDY A; 2HQE A; 2FHD A; 1JO8 A; 2EQI A; 2LZ6 B; 1D1C A; 4J6W A; 1GXI E; 1K9M U; 4TVR A; 1TUC A; 2VAS A; 4VUB A; 4EMK A; 1TS9 A; 1PHT A; 3I56 A; 1RAD B; 2YLB A; 5FU7 B; 2O9V A; 3H8Z A; 3C0C A; 5GAO q; 5GAN 5; 3QBY A; 1WHH A; 1IGU A; 4ZTJ A; 2DTO A; 5FRM A; 4FIB A; 1MND A; 3X24 B; 2CP6 A; 3TEE A; 4RUG A; 2QGF B; 3ME9 A; 4LUD A; 4PFP A; 3MKD A; 5CK9 A; 2QG9 B; 4C92 D; 2JS2 A; 4XTV A; 3M58 A; 3OYK A; 1VQO T; 5D7U A; 1VQP A; 2FEI A; 2DYI A; 2FPD A; 5GAO r; 4XU3 A; 4M7D G; 1VA7 A; 4C92 B; 5KH6 A; 3N5B B; 1OZ3 A; 5GAN 4; 4RTV A; 5LJ5 e; 1G3S A; 2VB6 A; 2D8H A; 3M4G A; 3L2U A; 2NUT A; 1NBE B; 3OYG A; 1NLO C; 4XTY A; 2F5K A; 3RER A; 1RAC B; 3ZBD A; 4JRK A; 1KHI A; 2XMF A; 1SKU B; 1UB4 A; 1V29 B; 4C8Q E; 2E6Z A; 3M0S A; 4FT4 A; 1WHM A; 2AZS A; 2CKK A; 2JJ9 A; 3CCQ A; 3CC2 A; 3OB9 A; 2KXD A; 3OMC A; 2FRW A; 1NEB A; 3BY7 A; 2RO0 A; 3PMI A; 2QEX A; 2DXU A; 3JV3 A; 4PJO D; 3EFR A; 2BUD A; 1VQO A; 2JMA A; 5D6Y A; 4M78 C; 4F7U F; 4F16 A; 1OPL A; 4P5N A; 5GAM e; 2K6D A; 4PJO B; 5A0L A; 3L2W A; 2LMJ A; 3RIR A; 2R5M A; 2M1H A; 3M57 A; 1EIF A; 1Y7X A; 2P0P A; 4NL3 A; 3GOX A; 2MMP A; 1VYU A; 5CQX A; 4ZGE B; 2WSC E; 2MYS A; 1X01 A; 4JLI A; 1RLP C; 2DIL A; 3OY9 A; 4A4F A; 2COY A; 3L1A A; 1Y57 A; 1IZ6 A; 2PTK A; 1YCY A; 4MZP A; 4Y28 E; 1VYT A; 1G83 A; 2DKG A; 1VQL A; 3U23 A; 3MP1 A; 1RI0 A; 2GFU A; 3UWN A; 4E7I A; 3TVT A; 2O4X B; 1MMN A; 1X27 A; 3BDU A; 2ZPG B; 1OEB A; 2RHU A; 1Q7Y R; 4IIO A; 4DBH A; 2RI3 A; 1MMD A; 4EMG A; 3O8V A; 2DD5 A; 2AKL A; 3NMZ C; 4JS5 A; 4K11 A; 4UC4 A; 2MAM A; 3CQT A; 3S3M A; 1M3A A; 1DJ7 B; 3PIP A; 1M2V A; 2GF7 A; 3OW2 S; 1I4K 1; 1X43 A; 1UJY A; 4PKC C; 2K4Y A; 1WHK A; 2ED0 A; 3QWX X; 2QGG A; 4M7A D; 2FG0 A; 5DLQ E; 1FMK A; 2DRK A; 4E7L A; 4JRQ A; 1XNI A; 1NJI R; 1YI2 Q; 5GAN e; 4C8Q G; 4J8O A; 1ACM B; 2XKO C; 2O01 E; 1ZSG A; 2Y4Y A; 4KUI A; 4M7A B; 1B07 A; 2MCN A; 2L8D A; 3CXC P; 1M5Q 1; 2NUP B; 2VXE A; 2KY9 A; 1N8R U; 1H3Z A; 4OMN A; 1A0N B; 2GBQ A; 1WNL A; 1ZBJ A; 3RKY A; 4GBQ A; 3NFC A; 2D8J A; 2JTF A; 3HRU A; 1SHG A; 3I55 A; 1RAI B; 2CDT A; 1OX8 A; 2IG0 A; 2XDD A; 3EG9 A; 2KEA A; 1QKW A; 1C1A A; 1YI2 T; 1K9M C; 2VGN A; 4HCZ A; 3VRY A; 2DL4 A; 5AT1 B; 2KYM A; 3PFS A; 3D7S B; 1AVZ C; 1H64 1; 8ATC B; 1WXU A; 4LN2 A; 3VUB A; 4AFU C; 3CD6 Q; 2QQB A; 2KNB B; 3M59 A; 5GAO l; 5CKE A; 4J7F A; 3EHR A; 2KMT A; 2DER A; 2RHX A; 2HL3 A; 4J9E A; 2AHJ B; 4J6Y A; 1B7T A; 2FZK B; 3CCL Q; 5FU7 C; 3M53 A; 2ESW A; 3CBO A; 3EG2 A; 1Q81 U; 2RD1 A; 2L3S A; 3HL8 A; 2QA4 A; 2BE9 B; 1QCO A; 4XAX B; 2D6F A; 2DL7 A; 2J05 A; 1YNZ A; 2DD4 A; 1GCQ A; 5LJ3 h; 1YI2 A; 5ECA A; 3O5Z A; 2BZ8 A; 4M4Z A; 3CD6 T; 1AEY A; 5C0M A; 1FMV A; 1WHG A; 4HKE A; 2MIO A; 3QII A; 2E70 A; 4Y91 A; 2RQR A; 2LX9 A; 1TG0 A; 4M75 D; 3ULR B; 4C92 A; 1VQN T; 1I1J A; 2E65 A; 3CCL T; 3IQL A; 2K79 A; 4M75 B; 2J7I A; 3M0Q A; 2ATC B; 2KXC A; 2XU8 A; 1HYO A; 4HCB A; 5A0G A; 1XTD A; 4OB2 B; 4PJN A; 2PVO B; 5GAO n; 3JCM W; 4E2F B; 1TH7 A; 3E19 A; 3EFS A; 2DRM A; 4Z02 A; 1B3Q A; 1HK9 A; 1AWJ A; 4ME7 A; 1U1S A; 4PJL A; 1Y96 A; 3S3N A; 1K0S A; 1M1K U; 5LJ3 f; 1D1A A; 1MV0 B; 4QVZ A; 1EX4 A; 1TWB A; 3X28 B; 4PJO C; 4XU2 A; 2A3L A; 5EG2 A; 1VQN A; 1X75 C; 3G7Z A; 2CZ6 B; 3SB2 A; 5CO7 A; 2FZC B; 3R6O A; 3VS7 A; 1B34 B; 4IUP A; 3CCJ Q; 4XQ3 A; 2R58 A; 2ROL A; 4QVD A; 1YJW A; 1Q86 U; 2PVG B; 1UGS B; 3QO3 A; 1MHN A; 3CCU Q; 3EAE A; 1MV3 A; 2J6F A; 2HSP A; 2ABL A; 3JCM V; 3OBY A; 2RJC A; 1Q82 U; 3KUF A; 2KRM A; 2O4X A; 3REA B; 1NM7 A; 2H3J A; 4C0D B; 1PCX A; 2E64 A; 3A8G B; 1YJ9 Q; 1PM3 A; 1M1F A; 2CSQ A; 3ASK A; 1QLY A; 1ZHI A; 4XTW A; 2DAQ A; 2K2V A; 2K5I A; 3KXT A; 5FLX E; 3FRN A; 4N0A A; 1BB9 A; 5L8R E; 2A7Y A; 2DXC A; 3QKJ A; 3CCJ T; 3E1S A; 4RTZ A; 3PVL A; 3QUI A; 4RKU E; 1UHF A; 4Q5W A; 4M78 D; 4A54 A; 1SSF A; 3OMG A; 2EAY A; 3EGX A; 1X2Q A; 1YJN A; 4M78 B; 1PSF A; 3RMS A; 4MZM A; 3H0H A; 3BE3 A; 5GMK i; 2EGC A; 3CXC A; 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