1JOWB

Crystal structure of a complex of human cdk6 and a viral cyclin
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
291
structure length
277
Chain Sequence
DQQYECVYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEEGMPLSTIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGVPTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMALTSVVVTLWYRAPEVLLQSSYATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGLPGEEDWPQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALSHPYF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for CDK6 activation by a virus-encoded cyclin.
pubmed rcsb
molecule keywords CYCLIN HOMOLOG
molecule tags Cell cycle/transferase
source organism Saimiriine herpesvirus 2
total genus 63
structure length 277
sequence length 291
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2001-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 1jowB02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1jowB01
1Y6AA 3HDMA 4MXXA 2Z7LA 1PYEA 3MFTA 2BALA 4WRGA 5LQFA 4IM0A 5AUZA 3FHIA 4QMQA 3NUYA 4L01A 4WUNA 3L9MA 3IOPA 4X0MA 4EK8A 3EOCA 3ENHA 2VTMA 2UW6A 3HV4A 3LM5A 4KB8A 2O63A 5GJDA 4ZSAA 2VTIA 4FR4A 2XKDA 3AT3A 3U87A 4EUUA 2VTOA 2QD9A 5ACBC 4D2VA 4DCEA 5IEVA 1HCKA 4EH9A 2YJSA 1UNHA 3VULA 2OG8A 4BDGA 3HV7A 1U5RA 2YIRA 3NWWA 4O21A 3U54A 3KXXA 2Y6MA 3O7LD 2YHVA 3VBWA 4ZY6A 3MJ1A 4WNMA 1SNXA 3E92A 4GK4A 2VTAA 4QQCA 3QA0A 3ZOSA 4NTSA 4D0WA 4DEEA 5GINE 3K3IA 4A9RA 3AMAA 2WKMA 2WMTA 4CMOA 4DTKA 2P4IA 4F1OA 1NVRA 2CGUA 1J3HA 1JKTA 1YKRA 3R01A 3V8TA 5L2SA 3R7IA 2ZB0A 3L8XA 3IDCA 2WMSA 3RBWA 5IMEA 4XP3A 2O64A 4F4PA 3LJ1A 4F08A 3CTQA 4TWCA 3HP5A 1ZOGA 4FOCA 4IB0A 3MJ2A 2HK5A 4S30A 1TQIA 2YCFA 3GOPA 4BIDA 3D7ZA 3TZ8A 4BDAA 5M4CA 3DQWA 3EQIA 2JD5A 3VQHA 4KBCA 3AT4A 5D7VA 5HLWA 5AIKA 3CD3A 1ZOHA 3MGYA 4RSSA 5TO8A 3VUDA 1QPEA 4BKYA 1K9AA 4ACMA 4FA2A 4P2KA 1CSNA 2HZ0A 3F2AA 3GFEA 3OOMA 5HCYA 4ZZNA 5T6KA 4PP7A 2ZJWA 3I1AA 2JKOA 2XM9A 2Q83A 2BZKB 2JKQA 2OW3A 4IHPA 2WTWA 4JLCA 3H9FA 5HICA 1SVHA 2VV9A 3OWPA 4LRMA 4RQVA 4KIOA 2YM7A 1P4FA 5HBHA 1CMKE 4C61A 3I4BA 4Y72A 5JKGA 3PIZA 3QTSA 1W98A 1XHAA 2R3NA 3HP2A 4DFXE 3RCDA 4FV7A 4RVLA 3UZPA 4M3QA 4RWJA 4KUJA 5J9LA 4C3PA 3LXPA 3MS9A 3PVWA 4XG3A 4RQKA 3E88A 4IWOA 4M0ZA 4MD7E 3EN9A 5TE0A 3FKOA 5CU3A 2B52A 3F3WA 4YTCA 1H28A 2IO6A 4RIOA 4DGLC 5BMSA 5HTBA 3B2TA 3UIUA 4L3JA 3QTZA 3AGLA 2YM4A 5I0BA 4G1WA 4PQNA 4U3ZA 3RZBA 4EHEA 4EOJA 2J50A 1XBCA 3NW5A 5AV4A 4BRXA 4A4LA 1XBAA 4C57A 5EK7A 1PYXA 2RG5A 4R6VA 1SM2A 4G16A 4JDKA 2VWUA 3FPQA 4FKPA 1UV5A 2YIWA 3EQHA 2G2FA 4CMUA 4S33A 4NM7A 4IAKA 4MQ1A 1R0EA 4BBMA 2IW8A 3IOKA 2B1PA 2J9MA 4YZDA 3R9NA 4PRJA 3RAKA 2OGVA 3FQEA 5I5ZA 5ITAA 4ZMEA 3F88A 5K0KA 3GBZA 4OLIA 3OD6X 5K3YA 3TIYA 3UZTA 3W2SA 4DH3A 4EYJA 5DEYA 3I5NA 4GU9A 4GYGA 5KO1A 5JFXA 3A4OX 4LRKA 1BX6A 5L2WA 1G8SA 3UVPA 3ZXTA 4PNIA 2R2PA 4I24A 5BVKA 2EVAA 2ITOA 3Q60A 4ZJJA 4BTJA 2R7BA 3OUNB 4R5SA 2GNHA 2C6MA 3QWKA 3FI8A 4PPBA 2H8HA 2HENA 4IB3A 3TIZA 5AA9A 3OHTA 4XOYA 2JKMA 3OBJA 2ACXA 4AE9A 1OITA 3ANQA 4IX3A 4BHZA 5CLPA 4PNKA 2RKUA 2VTRA 3PPJA 5AUUA 4D1XA 3IW7A 2PZIA 4XV3A 2O2UA 2V7OA 2WTVA 3SQQA 3JPVA 4XG7A 4NTTA 2UW4A 4R8QA 2EB2A 5F95A 3EB0A 4A9SA 2F2CB 3K54A 4LV8A 5FDXA 3UZRA 3NIEA 4M12A 3VQUA 3TCPA 4C58A 2J90A 5D10A 4BWXA 4EOLA 3DA6A 3ROYA 2YDKA 5FDPA 4XCUA 3D94A 4MXOA 3A4PA 2J0KA 4GCJA 3VUMA 2J0JA 5CI6A 1IR3A 1TKIA 3FE3A 4XMOA 5CVFA 4YJVA 3DKCA 4YJPA 4Y83A 3DXPA 2G9XA 1DAYA 3LJ2A 1GIJA 2JIIA 3KULB 4FTTA 3MIYA 3PG1A 4IQ6A 4LMUA 4K8AA 5CNOA 2WMBA 5DIAA 5AUWA 3FC2A 3QKMA 3WYXA 2ONLA 4ZJVA 1QL6A 5JGAA 4K33A 5CNNA 4DEGA 2VX1A 4TYGA 3EN5A 5DT0A 3IK3A 1KE5A 2ITPA 4FL1A 4Q5HA 4W8EA 3OWLA 4FC0A 2XIKA 4QD6A 1RW8A 4RFYA 3VS1A 5HBEA 3UOHA 4EOQA 3HAMA 4KSQA 2XK4A 4Y46A 2AC3A 5DT3A 5FM2A 3TNPC 3UIXA 1YXVA 4NZWB 4X6QC 2GNFA 3IW4A 4YTFA 4QP4A 2WMWA 1FVVA 4AW0A 1J7IA 1AGWA 5DG5A 5I9ZA 2HY81 3ETAA 1OL7A 4L8MA 3SDJA 4RFMA 4APPA 3IS5A 4PMSA 2PHKA 1FPUA 3BHYA 1UKIA 3TZ9A 4C02A 5IA0A 3OXTA 4RWIA 3G6HA 3EYGA 1CTPE 4YJNA 3RP9A 4G3CA 5JN2A 3V3VA 3OT3A 4E8AA 3EFWA 4C59A 4DFYA 1NXKA 2QU5A 4A9YA 2Z7QA 3POZA 2ITXA 4PDYA 1EH4A 5ETCA 3LFFA 4AS0A 4H58A 3DAKA 3LPBA 4QP7A 3II5A 2C6EA 3NAYA 5CZHA 1O6LA 3ZYAA 3FLNC 2HY0A 1GZKA 2BRBA 4ZSEA 1WBPA 3DBEA 4J98A 1PXIA 3GCUA 4IDVA 1FQ1B 2ZMDA 3QU0A 4UMRA 2EB3A 2X6DA 3FMJA 4BR3A 4XV2A 3SGCA 3CTHA 3QHRA 3HMMA 3KXHA 5HGIA 1R0PA 4PDSA 4DEAA 2BCJA 3ANRA 2G1TA 5EM7A 3FQHA 4TRLA 5AUVA 2PUNA 2ETKA 4JIAA 4B99A 1OBDA 3TEIA 4F9BA 5BVNA 3MH3A 5EYCA 2QC6A 4KRCA 5AX9A 1H25A 1Q8ZA 4HGSA 3RKBA 4EEVA 5DH3A 3OY1A 5C4LA 4O91A 3VRZA 2WNTA 4CRLA 3SW4A 2VZ6A 4RC4A 1K3AA 3RHXA 3TXOA 5KMIA 3MSSA 1A9UA 4NUSA 3LFBA 2J5EA 3OC1A 3QQLA 4DHFA 4U5JA 2CN5A 5M4IA 2XP2A 3QUEA 2I0HA 3LFEA 3BGQA 2QODA 4GSBA 3THBA 2PE0A 3NRMA 3CY3A 4YR8A 1L8TA 2IZTA 2GNJA 3OY3A 5I9XA 2QOIA 3MY5A 5E8TA 2RF9A 5G6VA 2X9FA 4RRVA 4U43A 2BRNA 5L3AA 4B8LA 4NFMA 2VGPA 3QGWA 3QLGA 3ORXA 2ZM3A 4GIHA 4CSVA 1KE7A 4CLIA 3ZMMA 3Q9XA 4FVRA 4BZDA 5DMZA 3IW6A 3JVSA 2YM6A 4FSUA 5H8EA 3PXZA 3V5PA 4C4GA 3LKMA 3HX4A 3KN5A 3JXWA 5CXZA 5HX8A 2JITA 1BI7A 5EI8A 4EZ5A 4O0VA 3RPRA 4I5MA 4F99A 3R9HA 4G2FA 3MA6A 2IW9A 2QKRA 4FTJA 4D5HA 5CF8A 3P86A 3T8OA 3PIXA 3CEKA 1Q62A 3PPZA 1JKKA 2OF2A 3NYNA 3PPKA 4L9IA 5AR3A 2UVZA 3ZFMA 4C8BA 3AC1A 2YZLA 2CKOA 5IQGA 3BQRA 3A7FA 2X39A 3DKOA 5J9YA 4Z7GA 4DFZE 5L8KA 4O0XA 3D7TA 3EFLA 2C69A 2JC6A 4DA5A 5BVFA 2J7TA 3M1SA 3QXPA 4GUBA 3W2RA 1DAWA 2EXCX 5F4NA 5K0XA 4XS2A 3U4UA 4EH3A 3HUBA 4U44A 2X8EA 5IQHA 3RMFA 3TNHA 3R7EA 4D2SA 4M13A 4G17A 4BDJA 4O7NA 4R77A 5HTIA 4O6EA 3D83A 1ZYDA 1JQHA 3F6XA 3BWFA 1OZ1A 2Z8CA 3QRIA 5JFSA 4RIWA 4IX6A 4OAUC 1PJKA 4C2VA 4AN3A 4CV9A 4F7JA 3BHTA 4PWNA 2GHGA 5IMXA 2HZNA 5EQYA 5EM6A 4G6OA 4TWNA 5ANOA 4UN0C 4FKIA 4O86A 3FMNA 3LZBA 3QX2A 4MK0A 4YZCA 5FG8A 4XG9A 1OI9A 1WBVA 3UIBA 3QQKA 4OTQA 3LMHA 4USDA 3BYMA 3KMUA 4GU6A 4AACA 1YRPA 3C4XA 2XIRA 5KZIA 3GC0A 3KF7A 5CAUA 1H1RA 2ZV2A 3QYWA 4IFCA 4BCFA 4DCAA 3ZEWA 1QPJA 4X2GA 5CU4A 4Y95A 1O6YA 4FNWA 4RT7A 3ZLYA 4JAJA 2PZ5A 3R1QA 2QLUA 4DFNA 4RFZA 1U59A 4QMXA 3V8WA 3VS4A 3O51A 2ESMA 2XZSA 2B9IA 4JDHA 4PMTA 2OJFE 3QLFA 3VS3A 3FZOA 2C3LA 4FSZA 3EQFA 1M7QA 2FSLX 2OWBA 5JRQA 4FV3A 3Q6UA 4EL9A 3OOGA 4K2RA 5FEEA 3ATSA 4O38A 4WD5A 2W4JA 4FTOA 3S2PA 4ZIMA 1JSUA 4Y8DA 3ULZA 3ORKA 4A9TA 3DBDA 3EHAA 4I0RA 4ZP5A 4NWMA 5HE1A 2YM8A 4FIHA 3GOKA 3HRBA 3GCVA 2QHNA 3ACJA 4L67A 3AMYA 4ERWA 4CLJA 1M52A 3LQ5A 3QZGA 2Y4PA 4WG4A 4NT4A 3BWJA 2A1AB 3PXFA 2E9PA 3DAEA 3OW4A 4WBBB 5HE3A 4YJSA 3FLQA 3NUNA 5KZ0A 3RPYA 4IEBA 4LUDA 4JT3A 2J0MB 4TWOA 5DGZA 3CGFA 4LFIA 1M2RA 2A0CX 2O8YA 3R8MA 2C5XA 3UP7A 4LL0A 4YBKA 1YXXA 3T9IA 1BI8A 3BU5A 2W05A 4K18A 3H9RA 4ASXA 4ZS4A 4QYHA 1JKLA 3ZU7A 4QMVA 3F2RA 5EI6A 2YDJA 3UOLA 4BWPA 4DBNA 2ERKA 2C30A 2E9VA 4AW1A 4KKGA 3KQ7A 1NA7A 3C7QA 3OVVA 5AMNA 3MPAA 4O6LA 4ZS0A 5FP5A 4I21A 3WZEA 3ZONA 2V62A 5M55A 4AGCA 4KA3A 1YDRE 1W0XC 3ULIA 5IA1A 3FMLA 4W4VA 3U6HA 3QWJA 1REJA 3ZUUA 2GU8A 2W1CA 5TOZA 1MQBA 3K2LA 4K9YA 4M69B 4CMTA 5AM7A 4GG7A 4ZTLA 4WOVA 3UNJA 4BDHA 2ZV8A 4C4EA 3UOKA 4CV8A 4DAWA 3PJ3A 5HCXA 4O7YA 3PDTA 4L7FA 4D2RA 3QTUA 2ONLC 3UTOA 2P55A 5ANDA 4JDIA 2VTQA 4LOOA 3QUPA 3ZHPC 4EJNA 3S0OA 3W2PA 1LEWA 3RAIA 1T45A 2BUJA 2GS7A 3FMDA 3P7CA 5C8KA 3DZOA 4EOIA 2OU7A 3U9NA 1ZWSA 3QKLA 1V0PA 2NPQA 4FOBA 4AWIA 3OCSA 4QMWA 5DT4A 4AZEA 4D4RA 3OMVA 4X2FA 1Q61A 4GS6A 5EQPA 5HG5A 1GAGA 3F66A 1W7HA 4IZ7A 2VRXA 1PMNA 3C51A 4F9YA 4GL9A 2R9SA 4YC3A 4YURA 2WZJA 2UZDA 2EUFB 2H96A 3KXGA 3E5AA 4D4SA 3BCEA 3LMGA 3DJ5A 2AYPA 3M11A 5KKRB 3TNIA 3V5TA 5E8VA 2NO3A 3R21A 2FO0A 3U6JA 3MPTA 4E4XA 4ZSGA 3MFRA 4ALVA 4B7TA 2JFLA 3R8VA 4E26A 4Q5EA 1JAMA 3WOWA 4O1OA 3RM7A 4LUEA 3IGGA 4ZTMA 2ITQA 2PVFA 4ID7A 1NW1A 2CCIA 4QNAA 4XG2A 5AIRA 3ZXZA 2VGOA 3KC3A 3OCGA 4X3JA 1PXLA 4QMNA 4R78A 3D5UA 5AP4A 2X7FA 3R9OA 3WIKA 1T46A 4GFMA 3EQPA 3TNWA 4E6DA 4M84A 2XH5A 5HX6A 3NUXA 3TT0A 1CDKA 2HZIA 2DWBA 4P90A 5HO6A 2OH4A 3ITZA 3G33A 3R7OA 4MBJA 3AD4A 3GI3A 4NCTC 1H07A 2BDWA 3MWUA 3PJ2A 3QD4A 4O84A 4ALWA 5I9YA 1LEZA 4ZTRA 4GK2A 2JBPA 2HWPA 3PSBA 5DA3A 3F5GA 3IPHA 4IAYA 4CFMA 4H36A 4IX4A 4D2WA 4I0SA 2OI4X 3LXKA 3OROA 4MEDA 4B4LA 4CFVA 3N4TA 4M14A 4IX5A 4QMPA 2OJ9A 3UDBA 4FSNA 1UKHA 3NNVA 4U0IA 1H0WA 4YZ9A 3O50A 4TYEA 3TI1A 2E2BA 3O17A 4FKUA 1V0BA 2GQRA 3WE4A 1YOLA 4IZYA 4X3FA 3TL8A 2YM3A 4YLJA 3HA8A 4BC6A 1WZYA 3MESA 3NPCA 2WHBA 4DG0E 5IQAA 2OIBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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